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        融合VGG16和TextCNN的心電信號智能診斷模型

        2023-01-13 06:42:24龐偉馬樂榮何進榮丁蒼峰
        延安大學學報(自然科學版) 2022年4期
        關鍵詞:電信號導聯(lián)心電圖

        龐偉,馬樂榮,何進榮,丁蒼峰

        (延安大學數(shù)學與計算機科學學院,陜西 延安 716000)

        心電信號是臨床醫(yī)學領域患者心臟健康狀況非常重要的衡量標準,成為診斷各類心臟疾病的有效手段。在分類識別心電信號的領域中,快速精準且高效的識別算法一直是學者們探索的主要方向。普通的心電圖只能記錄、分析,表示心電圖當時的情況,但是有很多異常情況在當時做心電圖的時候不能被及時發(fā)現(xiàn),從而不能被記錄,動態(tài)心電圖的出現(xiàn)解決了這個問題,在做心電圖時探測電極的安放位置有3個肢導聯(lián)、3個加壓肢導聯(lián)、6個胸導聯(lián),稱為十二導聯(lián)心電圖。對于單心拍心電信號的識別以及診斷,深度學習之前的傳統(tǒng)分類方法主要有支持向量機、模糊數(shù)學、隨機森林等。例如,F(xiàn)ENG等[1]提出將心電信號使用多重小波算法進行濾波之后,再采用SVM分類器進行分類與識別。VENKATESAN等[2]提出基于K最鄰近分類算法的心律失常分類方法,實現(xiàn)對正常和異常受試者的分類識別。

        隨著人工智能的發(fā)展,深度學習的方法被應用到了許多領域中,在近幾年的心電信號分類研究中,更多的研究人員采用了深度學習的方法。ACHARYA等[3]使用深度卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(Convolutional Neural Network,CNN)來進行心搏的識別;ALI等[4]在單心拍心電信號分類研究中,使用了AlexNet網(wǎng)絡模型,平均精度達到92%;楊春德等[5]人利用改進的一維U-Net++模型在單心拍心電信號分類任務中,達到了98.10%的準確率;張培玲等[6]使用改進殘差網(wǎng)絡的方法進行分類研究,先使用提出的新閾值函數(shù)對ECG單心拍信號進行去噪處理,再使用inception模塊加殘差網(wǎng)絡的模型進行分類,最終得到了95.1%的準確率。孫夢麗等[7]與吳雪等[8]使用遷移學習的方法應用于心電信號分類任務,得到了相當優(yōu)秀的結果;SIMONYAN等[9]利用I-DCNN的方式進行心電信號分類,相比較傳統(tǒng)分類方法得到了性能上的提高。

        大多數(shù)分類識別算法都是基于單心拍心電圖進行分類識別,對于訓練數(shù)據(jù)量有很大的需求,處理數(shù)據(jù)步驟繁瑣,且只能針對單心拍進行分類,無法從患者整體的心率角度分析病灶,在一些單心拍分類任務中取得較好準確率的方法,在十二導聯(lián)心電圖分類中,可能因為多通道的影響使得實驗模型的準確率不夠理想。

        十二導聯(lián)數(shù)據(jù)集規(guī)模小,在神經(jīng)網(wǎng)絡模型構建過程中要盡可能降低網(wǎng)絡復雜程度。文本神經(jīng)網(wǎng)絡TextCNN[10]被廣泛應用于醫(yī)療圖像處理,由于文本神經(jīng)網(wǎng)絡TextCNN模型簡單,不能夠有效的捕捉波形的變化,因此本文提出基于卷積神經(jīng)網(wǎng)絡VGG16[11-12]與文本神經(jīng)網(wǎng)絡TextCNN模型融合分類識別算法。文本神經(jīng)網(wǎng)絡TextCNN模型融合卷積神經(jīng)網(wǎng)絡VGG16模型進行優(yōu)化來處理十二導聯(lián)電信號,從而實現(xiàn)對十二導聯(lián)電信號分類的識別及疾病的診斷分類。

        1 相關工作

        1.1 數(shù)據(jù)集預處理

        十二導聯(lián)心電圖由3個肢導聯(lián)、3個加壓肢導聯(lián)、6個胸導聯(lián)組成,包括6個肢體導聯(lián)(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、aVR、aVL、aVF)和6個胸導聯(lián)(V1~V6)。單個數(shù)據(jù)集維度尺寸為12×5 000(500 Hz頻率,10 s的獲取時間),需要對數(shù)據(jù)集進行切分,使得數(shù)據(jù)集尺寸符合神經(jīng)網(wǎng)絡輸入尺寸。為了保證后續(xù)神經(jīng)網(wǎng)絡學習與訓練的效率,需要對十二導聯(lián)心電信號進行預處理操作,主要是多通道數(shù)據(jù)歸一化。十二導聯(lián)心電圖數(shù)據(jù)庫將數(shù)據(jù)保存為12×5 000的二維數(shù)組格式,為了便于后續(xù)TextCNN-VGG16神經(jīng)網(wǎng)絡的卷積、池化、Dropout、全連接等操作,將十二導聯(lián)心電數(shù)據(jù)的二維數(shù)組表示為多通道的一維數(shù)組。

        1.2 分類模塊

        目前對于心電圖診斷方面的分類方法,大都使用傳統(tǒng)機器學習的分類方法進行分類,得到了不錯的準確率,它們主要由數(shù)據(jù)預處理、人工提取特征以及設計分類器3部分組成。首先消除各種噪聲,再將人工提取的時域、頻域以及小波域的特征輸入分類器中,雖準確率較高,但步驟相比較深度學習較為繁瑣,需要大量訓練集,并且在動態(tài)的心電圖分類信號中準確率較低。神經(jīng)網(wǎng)絡的訓練方法可以通過更為簡單的特征模式進行提取,從而得到更為全面的心電信號特征,實現(xiàn)心電信號的自動分類,在臨床診斷中的應用更為廣泛。

        本文主要在TextCNN與VGG16模型融合的神經(jīng)網(wǎng)絡框架下對十二導聯(lián)心電圖數(shù)據(jù)集進行自動分類:

        1)TextCNN使用多個不同大小的卷積對心電數(shù)據(jù)集進行卷積操作,得到多個Feature Map,再對多個Feature Map進行池化操作,將其拼接起來,最后使用Softmax全連接層進行激活。TextCNN網(wǎng)絡模型如圖1所示。

        2)VGG16是深度學習中最經(jīng)典的CNN模型之一,由5層的卷積層、3層全連接層以及Softmax輸出層構成,層與層之間使用最大池化分開,所有隱層激活函數(shù)都使用Relu函數(shù),在殘差網(wǎng)絡集構出來之前,VGG16在加深網(wǎng)絡結構方向上做出了極大貢獻,結構圖如圖2所示。

        本文在TextCNN網(wǎng)絡結構的基礎上,將VGG16的層數(shù)與卷積核大小復刻到TextCNN中,將TextCNN中的多個大小不同的卷積核設置為3個長度為3的卷積核與2個長度為2的卷積核,對傳入的十二導聯(lián)數(shù)據(jù)集進行卷積操作,得到多個Feature Map,按順序?qū)eature Map進行池化操作,使用大小不同的卷積核進行卷積操作,得到的特征具有全局性,通2層全連接層,1層Softmax輸出層,最終得到分類結果,如圖3所示。

        2 試驗與分析

        2.1 實驗數(shù)據(jù)

        本文采用paddle競賽AIWIN心電圖智能診斷競賽公開數(shù)據(jù)集進行試驗[13],該數(shù)據(jù)集包含兩類ECG數(shù)據(jù),正常心率數(shù)據(jù)與非正常心率數(shù)據(jù)。

        圖2 VGG16網(wǎng)絡模型

        圖3 VGG16-TextCNN融合模型

        該數(shù)據(jù)集的數(shù)量相對非常小,符合few-shotlearning的數(shù)據(jù)集尺寸,每條數(shù)據(jù)都由1個Mat文件構成,標簽單獨存放在Csv文件當中,共包含1 600條訓練集十二導聯(lián)數(shù)據(jù)記錄與400條測試集十二導聯(lián)數(shù)據(jù)記錄,心電數(shù)據(jù)的單位為mV,采樣率為500 Hz,每條記錄長度為5 s。文件中存儲了12導聯(lián)的電壓信號(包含了Ⅰ,Ⅱ,Ⅲ,aVR,aVL,aVF,V1,V2,V3,V4,V5和V6),十二導聯(lián)心電圖如圖4所示,橫坐標表示時間t(ms),縱坐標表示電壓U(mV),心電圖記錄的是電壓隨時間變化的曲線。

        2.2 模型性能指標

        在數(shù)據(jù)集中,心電信號分為正常心拍與異常心拍兩類。在本文中采用混淆矩陣的性能指標對模型性能進行評判[14]。在心電信號分類輸出結果中,可以得到模型分類的正常心拍判定數(shù)與異常心拍判定數(shù),稱為正類數(shù)與負類數(shù)。所以可以分為真實情況正類(TP)、真實情況負類(TN)、模型判定的正類(FP)、模型判定的負類(FN)。為了更加直觀的對試驗結果性能進行評判,利用得到的混淆矩陣,計算出模型的精確率(Pre)、召回率(Recall)、平衡F分數(shù)(F1-score)以及準確率(Acc),通過上述4個指標,就可以對模型性能進行評估。

        心電圖分類模型中判斷正確的數(shù)量占總觀測數(shù)量的比重為準確率:

        圖4 十二導聯(lián)心電圖圖示

        分類模型預測是正類數(shù)的所有結果中,預測對的比重為精確率:

        分類模型預測正確的結果占所有正確結果的比重稱為召回率:

        F1-score被定義為精準率和召回率的調(diào)和平均數(shù):

        2.3 Dropout

        在神經(jīng)網(wǎng)絡訓練過程中,很容易出現(xiàn)過擬合的情況,常用的方法有數(shù)據(jù)增強、L1L2正則化、Dropout等。本文采用的是Dropout的方法解決過擬合現(xiàn)象,Dropout參數(shù)設置為0.5。

        2.4 優(yōu)化器

        網(wǎng)絡中優(yōu)化器選擇為自適應據(jù)估計(Adam)優(yōu)化器,beta1參數(shù)設置為0.9,beta2參數(shù)設置為0.999,學習率初始化為0.005。

        2.5 激活函數(shù)

        選擇ReLU函數(shù)作為卷積池化層的激活函數(shù),在全連接層選擇Softmax函數(shù)作為激活函數(shù)。相比較Sigmoid函數(shù),在計算過程中,Sigmoid函數(shù)的計算量明顯大于ReLU函數(shù),采用ReLU函數(shù)使得整個計算過程精簡很多。而Softmax函數(shù)的目的是為了使分類結果以概率的形式展現(xiàn)出來。

        ReLU函數(shù)作為神經(jīng)網(wǎng)絡中的激活函數(shù),為神經(jīng)元在線性變換wTx+b之后的非線性輸出結果,公式如下:

        對于上層神經(jīng)網(wǎng)絡的輸入向量x,使用ReLU激活函數(shù)的神經(jīng)元會輸出:

        其中,w為網(wǎng)絡神經(jīng)網(wǎng)絡層之間的權重,b為神經(jīng)網(wǎng)絡層之間的偏置。

        2.6 損失函數(shù)

        使用交叉熵損失函數(shù)(Cross Entropy Loss)作為損失函數(shù)。對于同一個隨機變量X的2個單獨的概率分布p(x)和q(x),使用KL散度來衡量概率分布之間的差異,KL散度的公式如下:

        機器學習中,p(x)表示樣本的真實分布,q(x)表示模型預測的分布,x表示分類標簽。首先將KL散度拆開:

        前者表示信息熵,后者表示交叉熵,即KL散度=信息熵+交叉熵,交叉熵公式為

        由于機器學習的過程中,標簽與數(shù)據(jù)已經(jīng)確定,所以信息熵為常量,而KL散度可以表示真實概率分布p(x)與預測概率分布q(x)的差異性,差異越小,效果越好。由于KL散度中信息熵的值為常量,所以最小化交叉熵就是最小化KL散度,且公式比KL散度更易于計算,所以采用交叉熵損失函數(shù)。

        2.7 K-折交叉驗證

        開始訓練前,先隨機初始化權重。在模型訓練過程中,使用K折交叉驗證[15]方法來減少數(shù)據(jù)集劃分所帶來的影響,經(jīng)過多次數(shù)的平均可以學習得到更符合真實數(shù)據(jù)分布的模型,本文選擇K=5,為5折交叉驗證,如圖5所示。

        圖5 5折交叉驗證

        2.8 試驗分析

        試驗過程使用Python語言,利用Tensorflow中的Keras庫與Sk-Learn庫作為神經(jīng)網(wǎng)絡試驗的工具。本次試驗采用經(jīng)典的VGG16、InceptionNet、LeNet方法進行對比分析。InceptionNet是以橫向卷積層堆疊的方法進行分類任務的網(wǎng)絡模型,LeNet利用七層網(wǎng)絡模型進行分類,具有卷積層、池化層、全連接層的經(jīng)典七層網(wǎng)絡模型。由于數(shù)據(jù)集數(shù)量較少,在訓練過程中會導致訓練集正確率高,但驗證集的正確率不高,使得泛化能力太差,VGG16如 圖6所示,InceptionNet如圖7所 示,LeNet如圖8所示,橫坐標代表訓練波數(shù)(Epoch),縱坐標代表準確率(Acc)。

        在TextCNN與VGG16Net分類模型試驗中,訓練集得到的準確率為83.64%,而驗證集準確率為82.54%,相比較VGG16、InceptionNet、LeNet,具有良好的泛化能力,并且由于訓練集屬于小樣本訓練,在實際應用當中會有更加良好的表現(xiàn)。TextCNN與VGG16Net分類模型試驗的準確率如圖9所示。

        圖6 VGG16試驗準確率

        圖7 InceptionNet試驗準確率

        圖8 LeNet試驗準確率

        如表1所示,在消融實驗中,VGG16模型的訓練集準確率為98.86%,驗證集上的準確率為58.64%;LeNet模型的訓練集準確率為97.42%,驗證集上的準確率為57.42%;InceptionNet模型的訓練集準確率為99.41%,但在驗證集上的準確率為54.26%;而VGG16-TextCNN的訓練集準確率為83.64%,驗證集上的準確率為82.54%。在小樣本數(shù)據(jù)集的訓練過程中,經(jīng)典的二維卷積在心電信號數(shù)據(jù)集上由于特征提取器的大小形狀限值,使得VGG16與LeNet的驗證集表現(xiàn)較為一般;而InceptionNet的復雜結構在處理高維數(shù)據(jù)集的結果較為優(yōu)秀,但是在處理小樣本低維數(shù)據(jù)集的過程中會出現(xiàn)比較嚴重的過擬合情況;而VGG16-TextCNN在處理過程中既保留了數(shù)據(jù)集原有特征,也避免了嚴重的過擬合情況,有相當優(yōu)秀的泛化能力。

        圖9 VGG16Net-TextCNN試驗準確率

        表1 3種試驗方法與VGG16-TextCNN方法比較

        3 結論

        在常規(guī)使用的公開數(shù)據(jù)集中,預處理的數(shù)據(jù)為單通道數(shù)據(jù),而ECG十二導聯(lián)心電圖信號是十二通道數(shù)據(jù)集,特征具有全局性,并且數(shù)據(jù)集本身樣本數(shù)量較少,所以采取比較簡單的神經(jīng)網(wǎng)絡模型,避免過擬合的發(fā)生。

        本文先將Mat文件轉(zhuǎn)換稱Csv文件,再將Csv文件中二維數(shù)據(jù)切片成為一維數(shù)據(jù),通過VGG16-TestCNN模型一維卷積方法提取特征,共有三層卷積層,每個卷積層大小不一,以便于得到全局特征,再將部分提取到的特征進行整合,最后由2個全連接層輸出分類結果,在小樣本驗證集中準確率達到82.54%,可以有效地識別正常心拍與異常心拍。

        接下來的關注點應在對小樣本數(shù)據(jù)集的研究上。實際生活中樣本數(shù)據(jù)不能夠完全滿足部分神經(jīng)網(wǎng)絡的訓練需求,使用少量數(shù)據(jù)來提升分類準確率的神經(jīng)網(wǎng)絡模型,這是未來臨床診斷中的重要手段。

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