吳秀蘭,王富江,葛海濤,*
(1. 南京中醫(yī)藥大學 藥學院,江蘇 南京 210023;2. 江蘇蘇中藥業(yè)研究院有限公司,江蘇 南京 210031)
糖尿病腎?。―iabetic Nephropathy,DN)是糖尿病最主要的微血管疾病之一,嚴重威脅人類的健康。據(jù)報道,20% ~ 30%的糖尿病患者在患病5年或更長時間后容易發(fā)展為糖尿病腎病[1-3]。高血糖、高血壓、肥胖、久坐不動的生活方式以及遺傳等眾多因素都可導致糖尿病腎病的發(fā)生及發(fā)展[4]。目前,臨床主要通過控制血糖、血脂和血壓治療糖尿病腎病,但治療效果不佳,常伴隨著復發(fā)的風險[5]。
黃葵膠囊是治療腎病的專用藥物,與血管緊張素轉(zhuǎn)化酶抑制劑、血管緊張素受體阻滯劑等化藥相比,黃葵膠囊在降低患者尿蛋白、延緩腎損害方面具有獨特優(yōu)勢。研究表明,黃葵膠囊能明顯改善慢性腎病患者24 h尿蛋白定量、血肌酐和尿素氮等,在治療糖尿病腎病、慢性腎炎等方面療效肯定,臨床價值被評為A類[6]。黃葵膠囊含黃酮類、多糖、有機酸、核苷等化學成分,主要通過抑制免疫反應、抗炎、改善腎纖維化、保護腎小管上皮細胞等途徑發(fā)揮藥理作用[7-10],但目前尚不清楚有效成分如何作用于靶蛋白和調(diào)節(jié)信號傳導通路,從而達到抗炎和抗糖尿病的藥理作用。本研究以黃葵膠囊中治療糖尿病腎病的藥效成分為研究對象,運用網(wǎng)絡藥理學的研究方法,構建“藥物-成分-靶點-通路”網(wǎng)絡關系,探索黃葵膠囊治療糖尿病腎病的藥效物質(zhì)基礎及潛在分子機制,并采用動物實驗驗證其對核心靶點的調(diào)節(jié)作用,為其臨床使用提供一定的理論依據(jù)。
1.1.1 數(shù)據(jù)庫及軟件 TCMSP(http://tcmspw.com/tcmsp.php)、GeneCards(https://www.genecards.org/)、PubChem(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)、微 生信 網(wǎng) 站(http://www.bioinformatics.com.cn/)、STRING(https://www.string-db.org/)、Swiss Target Prediction(http://www.swisstargetprediction.ch/)、Uniprot(https://www.uniprot.org)、Cytoscape(3.7.1)、Metascape(https://metascape.org/gp/index.html#/main/step1)等。
1.1.2 實驗動物 SPF級雄性KM小鼠35只,體質(zhì)量為20 ~ 22 g,實驗動物許可證號SCXK(遼)2020-0001,倫理編號SZSW-2022041504(由遼寧長生生物技術股份有限公司提供)。
1.1.3 實驗儀器 Dimension EXL200型全自動生化分析儀(德國西門子公司);DM75M型倒置顯微鏡(德國Leica 公司)。
1.1.4 試劑與試藥 鏈脲佐菌素(批號:C2019162)購于aladdin公司;兔抗血管內(nèi)皮生長因子A(VEGFA)多克隆抗體(貨號:ab46154)、抗小鼠信號轉(zhuǎn)導與轉(zhuǎn)錄激活子3(STAT3)多克隆抗體(貨號:ab68153)、兔抗小鼠腫瘤壞死因子(TNF-α)多克隆抗體(貨號:ab215188)均購于英國Abcam公司;黃葵膠囊(批號:20091805)均購于江蘇蘇中藥業(yè)集團股份有限公司。
1.2.1 黃葵膠囊治療糖尿病腎病的靶點預測 通過Web of Science、Pubmed、CNKI等數(shù)據(jù)庫檢索黃葵膠囊的化學成分,篩選出文獻已報道的活性成分。將獲取的活性成分英文名稱輸入PubChem數(shù)據(jù)庫,找到該成分的sdf結構,并將該結構導入Swiss Target Prediction數(shù)據(jù)庫,預測其潛在靶點,Uniprot數(shù)據(jù)庫對蛋白名稱進行規(guī)范化。
將“Diabetic Nephropathy”作 為 關 鍵 詞 輸 入GeneCards數(shù)據(jù)庫,消除重復性基因,并使用中位數(shù)法篩選出合適的基因數(shù)。將以上兩者靶點去除重復值后導入微生信網(wǎng)站,在線分析黃葵膠囊治療糖尿病腎病的作用靶點。
1.2.2 黃葵膠囊-糖尿病腎病關鍵靶點的篩選運用STRING對共有靶點進行蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡構建(Protein-Proteininteraction,PPI),選擇物種為“Homo sapiens”,蛋白相互作用綜合得分>0.4。將PPI導入Cytoscape (3.7.1),根據(jù)網(wǎng)絡拓 撲 學 性 質(zhì),以中 心 度 值(betweenness bentrality)、親中心度值(closeness centrality)、等級值(degree)對PPI中的關鍵靶點進行篩選。
1.2.3 基因本體及京都基因與基因組百科全書富集分析 將作用靶點導入Metascape數(shù)據(jù)庫,以P值為0.01對作用靶點進行富集分析,并使用微生信在線作圖分析網(wǎng)站對富集分析結果進行可視化。
1.2.4 “藥物-成分-靶點-通路”網(wǎng)絡構建與分析
將黃葵膠囊治療糖尿病腎病的靶點及信號通路分別導入Cytoscape軟件,構建網(wǎng)絡圖并利用網(wǎng)絡分析功能對網(wǎng)絡圖的特征進行分析。黃葵膠囊有效成分與治療DN的靶點相關聯(lián), 同時映射到相關通路中,通過“藥物-成分-靶點-通路”網(wǎng)絡圖探討黃葵膠囊治療DN的作用機制。
1.2.5 分組及造模 取體質(zhì)量為20 ~ 22 g的SPF級雄性KM小鼠35只,在溫度(19±3)℃、濕度50%~70%,12 h光照/12 h黑暗交替的條件下,適應性飼養(yǎng)一周。隨機選取10只作為正常組,給予常規(guī)清潔級飼料。其余25只小鼠全部造模,腹腔注射(ip)鏈脲佐菌素以0.025 mmol/L檸檬酸-檸檬酸鈉緩沖液(pH = 4.4)配制100 mg/kg連續(xù)注射3 d,3 d后于尾靜脈連續(xù)采血2次,以血糖≥16.7 mmol/L者為合格。造模過程中小鼠給予高脂飼料飼養(yǎng)4周,期間有3只小鼠死亡。造模結束時,開始用代謝籠收集小鼠24 h尿液,以全自動生化分析儀檢測小鼠24 h尿蛋白定量、肌酐,以血糖水平≥16.7 mmol/L、尿蛋白陽性,作為糖尿病腎病動物模型建立標準。2只小鼠尿蛋白呈陰性,剔除。將造模成功的小鼠隨機分為模型組、黃葵膠囊組,每組10只。黃葵膠囊組灌胃(ig)黃葵膠囊,正常組和模型組灌胃(ig)等體積生理鹽水,每天1次,連續(xù)4周。每日觀察各組小鼠的精神狀態(tài)、飲食、飲水以及皮毛色澤變化等情況。分別于DN小鼠模型成模前后及給藥期間,定期檢測全部小鼠體質(zhì)量。給藥結束后,收集全部小鼠尿液。用戊巴比妥鈉麻醉后,眼球取血,靜置1 h后離心(3 000 r/min,4℃,10 min),分裝血清凍存。
1.2.6 腎組織病理學 取左、右側腎臟用4%多聚甲醛固定,石蠟包埋,切片,分別進行HE、PAS染色,顯微鏡下觀察腎組織病理變化情況。
1.2.7 免疫組化 采用免疫組織化學(Immunohistochemistry,IHC)SP 法定性分析各組小鼠VEGFA、TNF-α、STAT3的表達特征。組織切片常規(guī)脫蠟,梯度乙醇入水,抗原用檸檬酸緩沖液修復,蛋白一抗抗小鼠信號轉(zhuǎn)導與轉(zhuǎn)錄激活子3(STAT3)多克隆抗體、兔抗小鼠腫瘤壞死因子(TNF-α)多克隆抗體、兔抗小鼠β-肌動蛋白(β-actin)(內(nèi)參)多克隆抗體、兔抗血管內(nèi)皮生長因子A(VEGFA)多克隆抗體)濃度均為 1∶ 200,4 ℃孵育,過夜,37 ℃復溫。二抗[辣根過氧化物酶(Horseradish peroxidase,HRP)]標記的山羊抗兔疫球蛋白G(IgG)抗體,濃度為1∶1 000,37 ℃孵育,30 min,洗滌,DAB 顯色,蘇木素輕度復染,脫水、二甲苯透明、樹脂封片。每張切片從腎皮質(zhì)外側向內(nèi),自上而下隨機取5個高倍(×200)視野,觀察陽性細胞分布情況,并用 Image J圖像分析軟件進行半定量分析。VEGFA、TNF-α、STAT3蛋白表達以平均吸光度(累積吸光度/測量面積)表示。
1.2.8 統(tǒng)計學方法 用 Graphpad Prism 8.0.2軟件進行數(shù)據(jù)分析,計量資料用均數(shù)±標準差(±s)表示,多組間比較采用單因素方差分析。以P<0.05為差異具有統(tǒng)計學意義。
通過文獻查閱,黃葵膠囊活性成分有19種,包括11種黃酮類成分、3種核苷以及5種有機酸,靶點共273個,并建立“成分-靶點”網(wǎng)絡,見表1、圖1。
圖1 黃葵膠囊活性成分-靶點網(wǎng)絡Fig. 1 Active ingredients - target network of HKC
表1 黃葵膠囊活性成分及靶點相關信息Tab. 1 Relevant information of active components and targets of Huangkui capsule
PPI網(wǎng)絡圖中含有125個靶蛋白(2個靶蛋白未參與蛋白互)和1 700條互作邊。利用拓撲參數(shù)betweenness bentrality>0.001 8、closeness centrality>0.53、degree>21篩選出關鍵靶點47個,見圖2。該PPI網(wǎng)絡中,節(jié)點按degree值排列,節(jié)點越大,作用的基因數(shù)目越多,相關性越大;連接線按combined-score排列,連接線越粗,相關性越大。評分較高的核心靶點有EGFR 、CASP3、ALB、SRC、HIF1A、GAPDH、VEGFA、TNF、STAT3等。
圖2 黃葵膠囊治療DN核心靶點網(wǎng)絡Fig. 2 The key targets network of HKC in the treatment of DN
對127個靶點進行GO以及KEGG通路注釋分析,按顯著性程度對GO前10條分析結果(見圖3)以及KEGG前20條通路(見圖4)進行展示,GO富集分析主要涉及激素的反應、激酶活性的調(diào)節(jié)、細胞因子的調(diào)節(jié)等生物過程,以及蛋白絲氨酸/蘇氨酸/酪氨酸激酶活性、蛋白質(zhì)結構域特異性結合、磷酸酶結合、胰島素受體底物結合等分子功能。KEGG富集分析包括晚期糖基化產(chǎn)物(AGE-RAGE)信號通路、PI3KAkt 信號通路、低氧誘導因子(HIF-1)信號通路、MAPK信號通路、Ras信號通路、VEGF信號通路等。
圖3 BP-CC-MF柱狀圖Fig. 3 Biological Process(BP)-Cell Composition (CC)-Molecular Function (MF) histogram
圖4 KEGG富集分析氣泡圖Fig. 4 Bubble chart of KEGG enrichment analysis
使用Cytoscape(3.7.1)構建了“藥物-成分-靶點-通路”網(wǎng)絡分析,見圖5。該網(wǎng)絡通過多個靶點建立了藥物、成分與通路之間的聯(lián)系,包括10種活性成分、6條關鍵KEGG信號通路等。對網(wǎng)絡中各化合物作用通路進行分析,黃葵膠囊治療糖尿病腎病以槲皮素、異槲皮苷、楊梅素、咖啡酸為主要活性成分,作用于微血管、炎癥及免疫相關靶點,并通過不同的代謝途徑和生物過程,共同調(diào)節(jié)機體水平。
圖5 “藥物-成分-靶點-通路”網(wǎng)絡分析Fig. 5 “HKC - ingredients - targets - pathway” network
2.5.1 黃葵膠囊對糖尿病腎病小鼠尿蛋白及肌酐的影響 與正常組對比,模型組小鼠UCFP、ACR水平明顯升高(P< 0.05),結合血糖測量值,糖尿病腎病模型建立成功;與模型組相比,經(jīng)黃葵膠囊治療4周后,小鼠體內(nèi)UCFP、ACR水平明顯降低(P<0.05),見圖6。表明黃葵膠囊能明顯改善糖尿病腎病小鼠腎功能。
圖6 各組小鼠UCFP 、ACR 變化(n = 10)Fig. 6 UCFP and ACR for mice in various groups(n = 10)
2.5.2 黃葵膠囊對糖尿病腎病小鼠腎組織病理學分析 正常組小鼠腎小球、腎小管或間充質(zhì)均未見明顯的組織病理學改變,腎臟組織結構基本完整;而模型組小鼠腎小球系膜擴張,基底膜增厚,皮質(zhì)部腎小管上皮細胞重度壞死,說明模型組小鼠腎組織出現(xiàn)了病理性損傷;黃葵膠囊治療后,小鼠腎組織病理損傷均有不同程度的減輕。PAS 染色顯示:模型組小鼠糖原沉積,系膜擴張、腎小管空泡變性。黃葵膠囊治療后,模型組小鼠腎組織糖原累積及系膜擴張程度明顯降低,見圖7。
圖7 黃葵膠囊對糖尿病腎病小鼠腎組織病理變化的影響(×200)Fig. 7 Effect of HCK on renal pathological changes in DN mice (×200)
2.5.3 黃葵膠囊對糖尿病腎病小鼠腎組織VEGFA、TNF-α、STAT3蛋白表達的影響 TNF-α、STAT3是免疫和炎癥的關鍵蛋白,是發(fā)生炎癥反應的重要信號因子。與正常組相比,VEGFA、TNF-α在模型組中表達上調(diào)(P<0.05),STAT3的表達上調(diào),但差異無統(tǒng)計學意義(P>0.05)。與模型組相比,黃葵膠囊治療組中VEGFA、TNF-α蛋白明顯下調(diào)(P<0.05),STAT3蛋白下調(diào),但差異無統(tǒng)計學意義(P>0.05),見圖8。
圖 8 各組小鼠腎組織VEGFA、TNF-α、STAT3蛋白表達的影響Fig. 8 Renal tissue protein expressions of VEGFA, TNF-α and STAT3 in mice in various
研究結果表明,黃葵膠囊通過VEGFA、STAT3、TNF、HIF1A、GAPDH等多基因共同表達,AGERAGE信號通路、PI3K-Akt 信號通路、低氧誘導因子(HIF-1)信號通路、MAPK信號通路、Ras信號通路、VEGF 信號通路等多條通路調(diào)控,發(fā)揮對DN的治療作用。在DN等腎臟疾病早期時,VEGFA在足細胞中表達水平升高,而在DN晚期時,由于足細胞凋亡,VEGFA表達水平下降,抑制足細胞中VEGFA的表達可改善蛋白尿,但由于VEGFA能保護微血管,完全抑制VEGFA表達,則加重腎小球損害[11-17]。信號轉(zhuǎn)導與STAT3,是免疫和炎癥的關鍵蛋白,STAT3磷酸化并入核,結合靶基因, 使IL-6產(chǎn)生增加,從而加重炎癥[18]。STAT3蛋白表達越低,DN大鼠蛋白尿減少,腎小球系膜細胞增殖和系膜擴張減少,巨噬細胞浸潤減少[19-20]。TNF具有免疫調(diào)節(jié)和促炎作用,TNF-α作為TNF家族的主要表達蛋白,刺激單核細胞和巨噬細胞聚集,引起ROS的產(chǎn)生,增加血管通透性,從而導致白蛋白的產(chǎn)生,進一步損害腎小球[21]。
為進一步探討黃葵膠囊治療DN的潛在分子機制,本研究利用動物實驗證實了黃葵膠囊中的活性成分可通過下調(diào)VEGFA、TNF-α蛋白的表達,發(fā)揮治療作用。但與正常組相比,DN小鼠STAT3無明顯變化,HKC治療后,STAT3蛋白具有上調(diào)趨勢,但差異無統(tǒng)計學意義。已有研究證實,DN大鼠中STAT3總表達水平并不會明顯上調(diào), p-STAT3表達水平才會明顯上調(diào),從而使p-STAT3/ STAT3增大,敲除STAT3基因可明顯降低炎癥因子的表達,與本研究結果一致。根據(jù)本研究結果推測,黃葵膠囊可能通過下調(diào)VEGFA、TNF-α蛋白的表達,改善血液微循環(huán)、降低炎癥反應,從而降低DN患者尿蛋白。
網(wǎng)絡藥理學研究發(fā)現(xiàn)黃葵膠囊治療糖尿病腎病關鍵靶點47個,可能與AGE-RAGE、PI3K-Akt 等信號通路相關。動物實驗驗證了黃葵膠囊能降低VEGFA、TNF-α蛋白的表達,從而降低糖尿病腎病小鼠尿蛋白。本研究存在一定局限性,僅僅通過動物實驗驗證了預測到的靶點,針對于黃葵膠囊中何種活性成分發(fā)揮作用,以及如何作用于相關靶點及通路,還需要結合分子對接技術以及細胞實驗進行研究。