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        頭頸部鱗狀細(xì)胞癌焦亡相關(guān)lncRNA對(duì)預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)模型的構(gòu)建與評(píng)估

        2022-11-12 11:20:34羅倩詹雪冰況云舒陶香香王俊梁簫王俊杰孫恩濤陳冰
        關(guān)鍵詞:焦亡檢查點(diǎn)標(biāo)志物

        羅倩,詹雪冰,況云舒,陶香香,王俊,梁簫,王俊杰,孫恩濤,陳冰

        (1. 皖南醫(yī)學(xué)院病理教研室,安徽 蕪湖 241002;2. 皖南醫(yī)學(xué)院檢驗(yàn)學(xué)院,安徽 蕪湖 241002)

        頭頸部鱗狀細(xì)胞癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)是全球第六大最常見(jiàn)的惡性腫瘤,年發(fā)病率超過(guò)60萬(wàn)[1]。它通常與人類乳頭瘤病毒(HPV)感染、酗酒或接觸煙草致癌物有關(guān)[2]。目前手術(shù)、放療和同步全身治療技術(shù)在不斷進(jìn)步,但大多數(shù)HNSCC患者的早期臨床癥狀不明顯,發(fā)現(xiàn)時(shí)已處于中晚期,預(yù)后較差,且HNSCC患者的5年總生存率為50%[3-4]。因此,尋找有效的生物標(biāo)志物和建立可靠的新的預(yù)后模型是十分必要的。

        細(xì)胞焦亡(pyroptosis)又稱細(xì)胞炎性壞死,是一種程序性細(xì)胞死亡,表現(xiàn)為細(xì)胞不斷脹大直至細(xì)胞膜破裂,導(dǎo)致細(xì)胞內(nèi)容物釋放進(jìn)而激活強(qiáng)烈的炎癥反應(yīng)[5]。據(jù)報(bào)道[6],細(xì)胞焦亡可被部分非編碼RNA及其他分子調(diào)控進(jìn)而影響腫瘤的增殖、侵襲和遷移。長(zhǎng)鏈非編碼RNA(long noncodingRNAs,lncRNAs)是轉(zhuǎn)錄長(zhǎng)度超過(guò)200個(gè)核苷酸的非編碼RNA,沒(méi)有或幾乎沒(méi)有蛋白質(zhì)編碼能力,且在正常的生物環(huán)境和包括腫瘤發(fā)生在內(nèi)的病理過(guò)程中,lncRNAs是調(diào)控靶基因不可或缺的[7-8]。REN N S等[9]發(fā)現(xiàn)lncRNAADAMTS9-AS2通過(guò)激活NLRP3介導(dǎo)的細(xì)胞焦亡,與miR-223-3p結(jié)合,抑制胃癌細(xì)胞增殖,提高順鉑敏感性。CHEN Z H等[10]發(fā)現(xiàn),在肝癌中,NLRP3依賴的細(xì)胞焦亡通過(guò)lncRNA SNHG7/miR-34a/SIRT1軸被抑制。以上例子說(shuō)明lncRNAs可作為腫瘤發(fā)生、發(fā)展的關(guān)鍵分子,通過(guò)直接或間接作用介導(dǎo)細(xì)胞焦亡。

        為了尋找HNSCC新的治療靶標(biāo),并準(zhǔn)確預(yù)測(cè)HNSCC患者的預(yù)后,制定精準(zhǔn)的治療方案,本研究利用癌癥基因組圖譜(The Cancer Genome Atlas,TCGA)數(shù)據(jù)庫(kù)[11]的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,構(gòu)建了一種新的預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)模型。但轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)是采用高通量基因測(cè)序技術(shù)得到的,而這一技術(shù)得到的基因表達(dá)數(shù)據(jù)有一定的局限性,即基因表達(dá)檢測(cè)的平臺(tái)和時(shí)間不同,對(duì)檢測(cè)到的基因表達(dá)水平存在批次效應(yīng),可能導(dǎo)致分析結(jié)果不準(zhǔn)確[12]。所以本研究采用了一種新的方法,以克服不同平臺(tái)的批量效應(yīng)。該方法是根據(jù)基因表達(dá)水平的相對(duì)排序?qū)Ρ磉_(dá)矩陣進(jìn)行歸一化和縮放[13],即將每個(gè)樣本中的焦亡相關(guān)lncRNAs(prlncRNA)的基因表達(dá)水平進(jìn)行兩兩比較并構(gòu)建焦亡相關(guān)lncRNA對(duì)(PRLPs)。在某樣本中,如果某PRLPs的第一個(gè)lncRNA的表達(dá)值大于第二個(gè)lncRNA,則該P(yáng)RLPs在該樣本中的得分為1;否則為0。計(jì)算所有樣本中每個(gè)PRLPs的得分,剔除低變異性的PRLPs,即在任何數(shù)據(jù)集中,某一PRLPs的得分為1或0的樣本低于20%,被剔除。最后,鑒定出具有較高變異性的PRLPs,以供進(jìn)一步分析。該方法構(gòu)建的預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)模型具有臨床實(shí)用性,能夠區(qū)分臨床病例的高低風(fēng)險(xiǎn),且已被證明是可行的[14-15]?;诖?,本研究從TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)獲取HNSCC的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)及臨床資料,篩選出prlncRNA并以成對(duì)的形式顯示,構(gòu)建HNSCC預(yù)后PRLPs預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)模型并進(jìn)行評(píng)估,有望為HNSCC治療策略的制定提供幫助。

        1 材料和方法

        1.1數(shù)據(jù)來(lái)源 HNSCC的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)及臨床資料于2021年5月18日從TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)(https://portal.gdc.cancer.gov/)下載。轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)共546例,包含44例正常頭頸部組織和502例頭頸部鱗狀細(xì)胞癌組織。臨床資料包括年齡、性別、生存時(shí)間、生存狀態(tài)、腫瘤病理分期、腫瘤分級(jí)、TNM分期,剔除生存時(shí)間未知或小于30 d的患者腫瘤樣本,納入491例HNSCC樣本,并以1∶1的比例隨機(jī)分為訓(xùn)練集(246例)和驗(yàn)證集(245例)。

        1.2數(shù)據(jù)預(yù)處理 使用perl語(yǔ)言腳本提取HNSCC的基因表達(dá)矩陣。從Ensembl (http://asia.ensembl.org)下載基因注釋文件,將HNSCC基因表達(dá)矩陣中的ID轉(zhuǎn)換為基因名稱,并區(qū)分lncRNA和mRNA,獲取HNSCC lncRNA表達(dá)矩陣。引用YE Y等[16]總結(jié)的33個(gè)焦亡相關(guān)基因,并采用與前述相同方法得到33個(gè)焦亡相關(guān)基因的HNSCC基因表達(dá)矩陣。使用perl語(yǔ)言腳本提取HNSCC的臨床信息,用于后續(xù)研究分析。

        1.3PRLPs的獲取 利用R語(yǔ)言“l(fā)imma”包,對(duì)HNSCC lncRNA表達(dá)矩陣與33個(gè)焦亡相關(guān)基因的HNSCC基因表達(dá)矩陣進(jìn)行共表達(dá)分析,篩選出prlncRNA(相關(guān)系數(shù)Cor>0.4和P<0.001),并利用R包“igraph”可視化共表達(dá)關(guān)系,得到共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)。同時(shí)以FDR<0.05和logFC>2作為臨界值對(duì)prlncRNA進(jìn)行差異分析,得到差異表達(dá)的prlncRNA。為了解決數(shù)據(jù)批次校正問(wèn)題,將所有差異prlncRNA以兩兩組合的形式進(jìn)行分析,即lncRNA A | lncRNA B,稱之為PRLPs。當(dāng)lncRNA A的表達(dá)高于lncRNA B時(shí),將PRLPs記為1;否則,記為0。得分為0或1的總數(shù)占所有樣品的20%~80%,是有效組合。

        1.4PRLPs預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)模型的構(gòu)建及評(píng)估 對(duì)PRLPs進(jìn)行單因素Cox回歸分析,得到與預(yù)后相關(guān)的PRLPs。再進(jìn)行10次交叉驗(yàn)證的Lasso回歸分析,在此之前需要進(jìn)行Lasso回歸過(guò)濾,使相對(duì)不顯著的變量系數(shù)為0的PRLPs排除在建模之外,得到最小的誤差值去構(gòu)建Lasso回歸預(yù)測(cè)模型,并采用分步法生成Cox比例風(fēng)險(xiǎn)模型。計(jì)算每個(gè)HNSCC樣本的風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分,并根據(jù)風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分的中位數(shù)將HNSCC患者分為高、低風(fēng)險(xiǎn)組。風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分大于中位數(shù)為高風(fēng)險(xiǎn)組;反之,則為低風(fēng)險(xiǎn)組。風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分=coef1*Exp1+coef2*Exp2...+coefN*ExpN(Exp:某PRLPs比較之后的值;ef:回歸系數(shù))。計(jì)算所有樣本的風(fēng)險(xiǎn)得分,并以散點(diǎn)圖的形式顯示出來(lái)。Kaplan-Meier分析顯示高風(fēng)險(xiǎn)組與低風(fēng)險(xiǎn)組的預(yù)后情況。繪制ROC曲線評(píng)估PRLPs模型的靈敏度和特異度,其通過(guò)ROC曲線下方面積大小展示,即AUC值。進(jìn)行單因素和多因素獨(dú)立預(yù)后分析,并繪制多指標(biāo)ROC曲線。對(duì)不同臨床病理特征進(jìn)行相關(guān)性分析,并以箱線圖和熱圖的形式展現(xiàn)。以上使用了R語(yǔ)言“l(fā)imma”、“survival”、“timeROC”、“caret”、“survminer”、“glmnet”和“survivalROC”包。

        1.5風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估模型與免疫檢查點(diǎn)相關(guān)生物標(biāo)志物之間的分析 免疫檢查點(diǎn)相關(guān)的生物標(biāo)志物有CTLA4、PDCD1、LAG3、HAVCR2和TIGIT。采用相關(guān)檢驗(yàn)方法和差異分析方法對(duì)免疫檢查點(diǎn)相關(guān)生物標(biāo)志物進(jìn)行相關(guān)性分析。分析免疫治療與腫瘤微環(huán)境和干細(xì)胞指數(shù)的關(guān)系。采用免疫亞型分析來(lái)評(píng)估免疫治療的療效。上述分析用到了UCSC Xena數(shù)據(jù)庫(kù)(https://xena.ucsc.edu/)的Subtype和StemnessScores數(shù)據(jù)。

        2 結(jié)果

        2.1差異prlncRNA的鑒定及PRLPs的建立 本研究的流程圖,見(jiàn)圖1。TCGA中HNSCC的詳細(xì)臨床特征,見(jiàn)表1。本研究用到的33個(gè)焦亡基因見(jiàn)表2。首先對(duì)HNSCC樣本中的lncRNA和33個(gè)焦亡基因進(jìn)行Person相關(guān)性分析(相關(guān)系數(shù)Cor>0.4和P<0.001),共鑒定出187個(gè)prlncRNA,結(jié)果見(jiàn)共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)圖(見(jiàn)圖2A)。隨后以FDR<0.05和logFC>2作為臨界值進(jìn)行差異分析,得到53個(gè)差異prlncRNA(見(jiàn)圖2B),其中4個(gè)下調(diào),49個(gè)上調(diào)(見(jiàn)圖2C)。最后對(duì)差異prlncRNA進(jìn)行循環(huán),以0.2

        圖1 研究流程圖

        2.2風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估模型的建立 將HNSCC患者生存時(shí)間未知或小于30 d的樣本刪除,隨后以1∶1的比例隨機(jī)分為訓(xùn)練集(246例)和驗(yàn)證集(245例)。然后對(duì)上述篩選出的877對(duì)PRLPs進(jìn)行單因素Cox回歸分析,得到124個(gè)預(yù)后相關(guān)的PRLPs,其中60個(gè)PRLPs是高風(fēng)險(xiǎn)(HR>1,P<0.05),64個(gè)是低風(fēng)險(xiǎn)(HR<1,P<0.05)。再對(duì)預(yù)后相關(guān)的PRLPs進(jìn)行Lasso回歸分析得到最小誤差值18,并計(jì)算相應(yīng)回歸系數(shù)(見(jiàn)圖3A、圖3B)。最后,利用上述得到的18個(gè)PRLPs構(gòu)建Lasso回歸預(yù)測(cè)模型,并采用分步法生成Cox比例風(fēng)險(xiǎn)模型(見(jiàn)圖3C)。

        表1 491例HNSCC患者臨床病理特征

        表2 33個(gè)焦亡基因

        2.3風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估模型的驗(yàn)證 在訓(xùn)練集(246例)和驗(yàn)證集(245例)中,根據(jù)訓(xùn)練集的風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分的中位數(shù)將HNSCC患者分為高風(fēng)險(xiǎn)組和低風(fēng)險(xiǎn)組(見(jiàn)圖4A、圖4B)。結(jié)果發(fā)現(xiàn)低風(fēng)險(xiǎn)組患者預(yù)后更好(見(jiàn)圖4C、圖4D)。說(shuō)明低風(fēng)險(xiǎn)組的臨床治療效果更好。隨后,進(jìn)一步通過(guò)1年、3年和5年ROC曲線評(píng)估PRLPs模型的靈敏度和特異度,在訓(xùn)練集中1年、3年和5年總生存AUC值分別為0.746、0.761、0.762(見(jiàn)圖4E),

        注:33個(gè)焦亡相關(guān)基因和lncRNA的共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)圖(A);篩選出53個(gè)差異prlncRNAs的熱圖(B)和火山圖(C)。

        在驗(yàn)證集中1年、3年和5年總生存AUC值分別為0.715、0.660、0.660(見(jiàn)圖4F)。表明PRLPs預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)模型能較準(zhǔn)確地預(yù)測(cè)HNSCC患者的生存預(yù)后。

        2.4HNSCC患者的獨(dú)立預(yù)后因素 為驗(yàn)證PRLPs預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)模型是否可以獨(dú)立于其他的臨床性狀作為獨(dú)立的預(yù)后因子,進(jìn)行單因素和多因素獨(dú)立預(yù)后分析。圖5A和圖5B分別是訓(xùn)練集和驗(yàn)證集單因素和多因素獨(dú)立預(yù)后分析的結(jié)果,結(jié)果表明模型風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分與患者總生存時(shí)間相關(guān)(P<0.05)。多指標(biāo)聯(lián)合分析的ROC曲線結(jié)果表明訓(xùn)練集(見(jiàn)圖5C)和驗(yàn)證集(見(jiàn)圖5D)各自的1年總生存AUC值分別為0.746和0.715,均高于其他臨床病理參數(shù)。以上結(jié)果表明,PRLPs預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)模型可作為預(yù)測(cè)HNSCC患者預(yù)后的獨(dú)立預(yù)后因素。

        2.5風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估模型與臨床病理特征的關(guān)系 根據(jù)臨床病理資料對(duì)HNSCC患者進(jìn)行了分層分析。在年齡≤65歲、年齡>65歲、男性、G1-2、G3-4、T1-2、T3-4、M0、N0、N1-3和Ⅲ~Ⅳ期中, HNSCC高風(fēng)險(xiǎn)組患者的總生存時(shí)間較低風(fēng)險(xiǎn)組患者的總生存時(shí)間短(P<0.001),見(jiàn)圖6。而女性、M1和Ⅰ~Ⅱ期這3個(gè)分層中,輸出結(jié)果無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,說(shuō)明所構(gòu)建的風(fēng)險(xiǎn)模型只

        A:Lasso回歸系數(shù)分布的剖面圖;B:10倍交叉驗(yàn)證選擇最優(yōu)λ值;C:分步法生成的Cox比例風(fēng)險(xiǎn)模型。

        A、B為頭頸部鱗狀細(xì)胞癌中位風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分的分布情況及風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分與生存時(shí)間的關(guān)系,黑色虛線是把患者分為高風(fēng)險(xiǎn)組和低風(fēng)險(xiǎn)組的最佳分界線;C、D為頭頸部鱗狀細(xì)胞癌的生存曲線,紅色代表高風(fēng)險(xiǎn)組,藍(lán)色代表低風(fēng)險(xiǎn)組;E、F為預(yù)后模型的ROC曲線。

        A、B為單因素和多因素Cox回歸分析;C、D為多指標(biāo)ROC曲線。

        圖6 頭頸部鱗狀細(xì)胞癌患者不同病理特征分層的高低風(fēng)險(xiǎn)生存分析

        能在某些人群中適用,存在局限性。以上結(jié)果表明,PRLPs預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)模型在不同分層中具有較好的預(yù)測(cè)能力。根據(jù)Wilcoxon符號(hào)秩檢驗(yàn)計(jì)算不同臨床病理特征之間的風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分差異。結(jié)果顯示,性別(見(jiàn)圖7A)、分級(jí)(見(jiàn)圖7B)、分期(見(jiàn)圖7C)、T分期(見(jiàn)圖7D)與風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分存在顯著相關(guān)性(P<0.05)。采用卡方檢驗(yàn)來(lái)探討HNSCC發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)與臨床病理特征之間的關(guān)系。結(jié)果如圖7E所示。

        2.6風(fēng)險(xiǎn)模型與免疫治療的關(guān)系 免疫檢查點(diǎn)相關(guān)生物標(biāo)志物的相關(guān)性檢驗(yàn)和差異分析結(jié)果分別如圖8A和圖8B所示,結(jié)果表明免疫檢查點(diǎn)相關(guān)生物標(biāo)志物的表達(dá)與風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分存在顯著相關(guān)性和差異性。圖8C顯示了HNSCC中免疫檢查點(diǎn)相關(guān)生物標(biāo)志物與DNA stemness score(DNAss)、RNA stemness score (RNAss)、StromalScore、ImmuneScore和ESTIMATEScore之間的相關(guān)性。免疫分型表明HNSCC中的CTLA4、LAG3、PDCD1、TIGIT和HAVCR2的表達(dá)在不同免疫亞型中存在明顯差異,其中CTLA4、PDCD1、TIGIT和HAVCR2在C6中高表達(dá),LAG3在C2中高表達(dá)(見(jiàn)圖8D)。

        A~D:Wilcoxon符號(hào)秩檢驗(yàn),性別(A)、分級(jí)(B)、分期(C)和T分期(S)與風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分存在顯著相關(guān)性(P<0.05);E:χ2檢驗(yàn),結(jié)果以熱圖展示(<0.01=**,<0.05=*)。

        A:免疫檢查點(diǎn)相關(guān)生物標(biāo)志物的相關(guān)性檢驗(yàn);B:免疫檢查點(diǎn)相關(guān)生物標(biāo)志物的差異分析;C:免疫檢查點(diǎn)相關(guān)生物標(biāo)志物與DNAss、RNAss、Stromal Score、Immune Score和ESTIMATEScore之間的相關(guān)性;D:免疫檢查點(diǎn)相關(guān)生物標(biāo)志物的免疫分型。

        3 討論

        隨著高通量基因測(cè)序技術(shù)的發(fā)展和大規(guī)?;虮磉_(dá)數(shù)據(jù)集的建立,腫瘤研究人員能夠準(zhǔn)確識(shí)別與腫瘤預(yù)后相關(guān)的生物標(biāo)志物[17]。但高通量基因測(cè)序技術(shù)得到的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)有一定的局限性,即存在批次效應(yīng),可能會(huì)導(dǎo)致結(jié)果不準(zhǔn)確[12]。因此,為了更精準(zhǔn)地預(yù)測(cè)HNSCC患者的預(yù)后和療效,本研究采用一種有效的新方法去構(gòu)建預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)模型。研究表明,在癌癥預(yù)測(cè)模型的準(zhǔn)確性方面,基因?qū)M合形式優(yōu)于單基因組合形式[12]。與傳統(tǒng)的由單基因組成的預(yù)后模型不同,由基因?qū)M成的預(yù)后模型不需要在不同患者基因表達(dá)矩陣測(cè)序平臺(tái)上進(jìn)行歸一化處理,即:只需要在基因?qū)Φ臉?gòu)建過(guò)程中考慮數(shù)據(jù)內(nèi)基因的比較,而不需要對(duì)數(shù)據(jù)間的基因進(jìn)行批量校正。因此本研究采用基因?qū)θ?gòu)建預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)模型,以期更精準(zhǔn)地預(yù)測(cè)腫瘤患者的預(yù)后和療效。

        細(xì)胞焦亡是一種程序性細(xì)胞死亡,由炎性小體誘導(dǎo)。研究表明,誘導(dǎo)腫瘤細(xì)胞焦亡去消滅腫瘤細(xì)胞在腫瘤治療中尤為重要[18]。如在非小細(xì)胞肺癌中,轉(zhuǎn)錄因子p53通過(guò)促進(jìn)腫瘤細(xì)胞焦亡抑制腫瘤生長(zhǎng)[19];在腎細(xì)胞癌中,抑制BRD4可增強(qiáng)NLRP3炎癥小體的轉(zhuǎn)錄活性,誘導(dǎo)細(xì)胞焦亡進(jìn)而一直腫瘤細(xì)胞的增殖和上皮-間質(zhì)轉(zhuǎn)化[20]。目前研究主要從分子機(jī)制方面闡明細(xì)胞焦亡對(duì)腫瘤的影響,對(duì)腫瘤患者的預(yù)后研究仍較少,因此,利用細(xì)胞焦亡構(gòu)建預(yù)后模型對(duì)于腫瘤患者的個(gè)性化治療和預(yù)后預(yù)測(cè)具有重要意義。

        LncRNAs是轉(zhuǎn)錄長(zhǎng)度超過(guò)200個(gè)核苷酸的非編碼RNA,沒(méi)有或幾乎沒(méi)有蛋白質(zhì)編碼能力[7]。WANG B L等[21]研究表明在多種癌癥類型中l(wèi)ncRNA-ATB的高表達(dá)是不良預(yù)后的標(biāo)志,且標(biāo)志著腫瘤患者淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移和神經(jīng)浸潤(rùn)的高風(fēng)險(xiǎn)。ZHANG Y等[22]研究表明lncRNADSCAM-AS1可能作為一種新的預(yù)后標(biāo)志物和潛在的治療靶點(diǎn),lncRNADSCAM-AS1主要是通過(guò)與YBX1相互作用,調(diào)節(jié)FOXA1和ERα的表達(dá),促進(jìn)腫瘤進(jìn)展。以上研究表明,lncRNAs在腫瘤的發(fā)生、發(fā)展和預(yù)后中具有重要作用。

        鑒于lncRNA和細(xì)胞焦亡在腫瘤的發(fā)生發(fā)展中都起著重要作用。因此,本研究利用生物信息學(xué)分析prlncRNA在HNSCC進(jìn)展預(yù)后中的預(yù)測(cè)效能。首先對(duì)TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中HNSCC lncRNA表達(dá)矩陣與33個(gè)焦亡基因的表達(dá)矩陣進(jìn)行共表達(dá)分析,篩選出prlncRNA,進(jìn)行差異表達(dá)分析,并以lncRNA對(duì)的形式進(jìn)行展示,其中具有較高變異性的lncRNA對(duì)用于后續(xù)分析。然后,將HNSCC樣本分為訓(xùn)練集和驗(yàn)證集,進(jìn)行單因素Cox回歸分析和Lasso回歸分析,得到18個(gè)預(yù)后相關(guān)的PRLPs并構(gòu)建預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)模型。隨后用中位風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分區(qū)分高風(fēng)險(xiǎn)組和低風(fēng)險(xiǎn)組并進(jìn)行生存分析,結(jié)果表明低風(fēng)險(xiǎn)組患者的總生存時(shí)間更長(zhǎng),表明其臨床治療效果更好,且訓(xùn)練集和驗(yàn)證集的AUC值均>0.7。說(shuō)明所構(gòu)建的PRLPs模型對(duì)于HNSCC患者的預(yù)后具有較好的預(yù)測(cè)效能。此外,采用單因素和多因素Cox回歸分析及多指標(biāo)聯(lián)合分析的ROC曲線,研究發(fā)現(xiàn)PRLPs預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)模型可以獨(dú)立于其他的臨床性狀作為獨(dú)立的預(yù)后因子。最后,據(jù)臨床病理資料對(duì)HNSCC患者進(jìn)行分層分析,發(fā)現(xiàn)PRLPs預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)模型在不同分層中具有較好的預(yù)測(cè)能力。

        此外,本研究還對(duì)風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估模型和免疫檢查點(diǎn)相關(guān)生物標(biāo)志物之間的關(guān)系進(jìn)行了聯(lián)合分析。風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估模型和免疫檢查點(diǎn)相關(guān)生物標(biāo)志物結(jié)果顯示,高風(fēng)險(xiǎn)組中LAG3、PDCD1、TIGIT、CTLA4表達(dá)上調(diào)。在RNA或DNA水平上,免疫檢查點(diǎn)相關(guān)的生物標(biāo)志物也與干細(xì)胞指數(shù)評(píng)分呈負(fù)相關(guān),與StromalScore、ImmuneScore和ESTIMATEScore呈正相關(guān)。此外,本研究還分析了免疫檢查點(diǎn)相關(guān)生物標(biāo)志物的免疫亞型:C1(傷口愈合型)、C2 (IFN-γ主控型)、C3(炎癥型)、C4(淋巴細(xì)胞消減型)、C5(免疫靜默型)和C6 (TGF-β主導(dǎo)型)[23]。C1、C2和C3型對(duì)免疫治療敏感,若術(shù)前確定患者病理標(biāo)本屬于這3種亞型,可采用新輔助免疫治療;若為C4、C5和C6型,則不適合新輔助免疫治療術(shù)[23-25]。但是,免疫亞型僅僅適用于手術(shù)前,而手術(shù)后還需要ctDNA監(jiān)測(cè)。ctDNA不僅是早期癌癥的重要篩查指標(biāo),還可用于預(yù)測(cè)腫瘤患者術(shù)后病情的變化[26]。由于ctDNA是動(dòng)態(tài)監(jiān)測(cè),因此收集HNSCC患者血液存在一定困難。

        綜上所述,本研究采用一種新穎的、可靠的方法構(gòu)建了一個(gè)PRLPs預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)模型,該模型可能為HNSCC患者早期診斷和預(yù)后提供新思路,并可能為HNSCC的預(yù)后診療提供新的方法和新的理論依據(jù)。

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