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        核酸試紙條快速檢測蠟樣芽胞桿菌entFM毒素基因方法的建立

        2022-10-18 11:43:24賈慧建李昊宇姜菲菲趙瀟穎董婧瑤孫麗媛
        吉林大學學報(醫(yī)學版) 2022年5期
        關(guān)鍵詞:蠟樣芽胞條帶

        賈慧建,李昊宇,王 丹,姜菲菲,趙瀟穎,董婧瑤,孫麗媛

        (1.北華大學醫(yī)學技術(shù)學院分子生物教研室,吉林 吉林 132013;2.山東省聊城市人民醫(yī)院檢驗科,山東 聊城 252000;3.中國鐵路沈陽局集團有限公司吉林疾病預(yù)防控制所,吉林 吉林 132001)

        蠟樣芽胞桿菌(Bacillus cereus)是一種能形成芽胞的革蘭陽性需氧菌或兼性厭氧菌,其菌體細長直或稍彎曲,末端呈方形,大小為(1.0~1.3)μm×(3.0~5.0)μm,可形成鏈狀。在甘露醇卵黃多黏菌素瓊脂培養(yǎng)基(mannitol egg yolk polymyxine agar,MYP)瓊脂平板上典型菌落為不發(fā)酵甘露醇的微粉紅色菌落,可產(chǎn)生卵磷脂酶,菌落周圍有白色至淡粉紅色沉淀環(huán)[1]。蠟樣芽胞桿菌是常見的食源性致病菌,根據(jù)其引起食物中毒的癥狀可分為致嘔吐型腸毒素和致腹瀉型腸毒素[2]。其中編碼相關(guān)毒素的毒力基因主要為腸毒素基因(entFM)、細胞毒素基因(cytK)、溶血性基因(hbl)、非溶血性基因(nhe)和嘔吐毒素基因(ces)[3]。

        entFM現(xiàn)已被鑒定為一種細胞壁肽酶,并被重新命名為CwpFM[4]。盡管CwpFM對上皮細胞和巨噬細胞均無直接細胞毒性,但其誘導(dǎo)巨噬細胞空泡化,誘導(dǎo)蠟樣芽胞桿菌的毒力產(chǎn)生[5]。研究[6-8]顯示:entFM毒素基因攜帶率較高,在嬰幼兒奶粉和米粉中均有檢出,是導(dǎo)致嬰幼兒和抵抗力差人群感染的潛在致病因素。目前,蠟樣芽胞桿菌毒素的檢測方法主要包括質(zhì)譜法、免疫學法和分子生物學法[9]。針對entFM的檢測方法主要為分子生物學法,其他檢測方法鮮有報道。FORGHANI等[10]開發(fā)了一種高靈敏度的多重反轉(zhuǎn)錄PCR(reverse transcription PCR,RT-PCR)高分辨率熔解曲線檢測方法,用于同時檢測4種主要的毒素基因(cytK、entFM、hblD和nheA)和嘔吐毒素基因ces,但該方法需采用費力、耗時和低分辨率的凝膠電泳檢測PCR產(chǎn)物。核酸試紙條擺脫了凝膠電泳可視化觀察結(jié)果,本研究采用核酸試紙條的方法檢測entFM毒素相關(guān)合成基因,方法簡單,可快速診斷蠟樣芽胞桿菌感染患者,并可應(yīng)用于食品安全、基層診斷和流行性病學調(diào)查等方面。

        1 材料與方法

        1.1 細菌、主要試劑和儀器ATCC11778蠟樣芽胞桿菌標準菌株(廣東環(huán)凱微生物有限公司),大腸埃希菌、金黃色葡萄球菌、銅綠假單胞菌和沙門氏菌等其他菌株均為北華大學醫(yī)學技術(shù)學院分子生物教研室保存菌種。100 bp DNA Marker和2×Taq PCR Master Mix[天根生化科技(北京)有限公司],生物素化牛血清白蛋白(北京博爾西科技有限公司),鏈霉親和素(北京環(huán)球興達生物科技有限公司),兔抗FITC多克隆抗體[生工生物工程(上海)股份有限公司],膠體金(上海華藍化學科技有限公司),牛血清白蛋白(上海碧云天生物技術(shù)有限公司),試紙條快速診斷整合方案(上海杰一生物技術(shù)有限公司),其他試劑均為國產(chǎn)分析純。多功能梯度PCR儀TC9600-G(美國Labnet公司),通用型電泳儀JY300E(北京君意東方電泳設(shè)備有限公司),紫外凝膠成像分析儀UV WHITE-2020D(美國BioRad公司),微量核酸蛋白測定儀NanoDrop One(美國Thermo公司)。

        1.2 蠟樣芽胞桿菌DNA提取采用煮沸法提取蠟樣芽胞桿菌DNA,將待測菌株由培養(yǎng)基挑取2~3個菌落,加入至500 μL生理鹽水中研磨,金屬浴100℃煮沸10 min。12 000 r·min-1離心10 min,取EP管中上清液,分裝備用。

        1.3 蠟樣芽胞桿菌entFM毒素基因PCR引物設(shè)計和產(chǎn)物鑒定GenBank數(shù)據(jù)庫中查找蠟樣芽胞桿菌entFM毒素的基因序列,利用NCBI-BLAST設(shè)計引 物:上 游 引 物5′-GTGGCAAAACAGGAACGACT-3′,下 游 引 物5′-CTCCACCGATTACAGCGTTG-3′。分別于5′端標記異硫氰酸熒光素(fluorescein isothiocyanate,F(xiàn)ITC)和生物素(Biotin),并由寶生物工程(大連)有限公司合成。

        PCR反 應(yīng) 體 系:2×Taq PCR Master Mix 10 μL,上下游引物各0.5 μL,DNA模板1 μL,雙蒸水8 μL。

        PCR反應(yīng)參數(shù):94℃預(yù)變性5 min;94℃變性30 s,56℃退火30 s,72℃延伸30 s,30個循環(huán);72℃延伸10 min,4℃保存。PCR產(chǎn)物檢測:6 μL PCR產(chǎn) 物1.5%瓊 脂 糖 凝 膠,85 V電泳85 min。紫外凝膠成像儀觀察檢測結(jié)果,entFM毒素基因于363 bp處出現(xiàn)目的條帶即為陽性結(jié)果。

        entFM363毒素特異性基因片段克隆,克隆后的基因序列結(jié)果經(jīng)NCBI-Nucleotide BLAST分析,與GenBank數(shù)據(jù)庫中已登記的序列進行比對驗證,分析PCR產(chǎn)物。采用瓊脂糖凝膠DNA回收試劑盒純化PCR產(chǎn)物并測量回收DNA的濃度,pGM-T連接試劑盒將pGM-T載體和產(chǎn)物DNA連接,并轉(zhuǎn)化至大腸桿菌DH5α感受態(tài)細胞,根據(jù)藍白斑篩選陽性菌克隆。LB液體培養(yǎng)基增菌后,質(zhì)粒小提試劑盒提取質(zhì)粒DNA,檢測質(zhì)粒DNA濃度,以質(zhì)粒DNA為模板進行PCR擴增,紫外凝膠成像儀觀察。分裝提取后的質(zhì)粒DNA,由生工生物工程(上海)股份有限公司測序分析比對。采用微量核酸蛋白測定儀檢測基因DNA濃度和吸光度(A)值,計算A(260)/A(280),每個樣品檢測3次,取平均值,以A(260)/A(280)比值代表DNA純度。

        1.4 核酸試紙條設(shè)計原理[11]及鑒定采用核酸試紙條檢測樣品時,需將PCR產(chǎn)物和待測樣品分別添加至樣品墊,由于液體毛細作用向前流動,當有擴增產(chǎn)物時,擴增產(chǎn)物一端標記的生物素會先與膠體金修飾的鏈霉親和素結(jié)合,到達檢測線后擴增產(chǎn)物另一端修飾的FITC與檢測線上標記的兔抗FITC抗體結(jié)合,形成類似于酶聯(lián)免疫吸附測定(enzyme linked immunosorbent assay,ELISA)中的雙抗體夾心,從而使檢測線顯色。剩余的膠體金修飾鏈霉親和素與質(zhì)控線上的生物素化牛血清白蛋白結(jié)合,使質(zhì)控線顯色。當無擴增產(chǎn)物時,檢測線膠體金修飾的鏈霉親和素無法與檢測線兔抗FITC抗體結(jié)合則不顯色,但可與質(zhì)控線生物素化牛血清白蛋白結(jié)合從而顯色。見圖1。

        圖1 核酸試紙條原理Fig.1 Principle of nucleic acid test strip

        分別將已標記的PCR引物和未標記的PCR引物混合反應(yīng),驗證核酸試紙條原理。實驗分為以全標記的引物組(全標記組)、以上游引物5′端標記的FITC和下游未標記的引物組(FITC標記組)、以上游未標記的引物和5′端標記生物素的下游引物組(生物素標記組)和全部未標記的引物組(未標記組)。預(yù)期僅全標記組顯色。

        1.5 鏈霉親和素最佳標記量和抗體工作濃度確定采用0.1 mmol·L-1碳酸鉀調(diào)整膠合金pH值為最適pH值7.0,并分別取100 μL膠體金置于EP管中。分別加入1 g·L-1待標記的鏈霉親和素0、1、2、3、4、5和6 μL,搖晃混勻,室溫混合20 min后,各組分別加入10%生理鹽水,靜置2 h,觀察膠體金顏色變化,按照參考文獻[12]方法,采用膠體金標記鏈霉親和素。

        兔抗FITC抗體和生物素化牛血清白蛋白稀釋后分別劃于硝酸纖維素上,形成質(zhì)控線與檢測線,37℃烘干,根據(jù)實驗結(jié)果確定2種抗體的工作濃度。

        1.6 核酸試紙條檢測將裁剪后的PVC底板、標記C和T線的硝酸纖維素膜、膠體金墊、吸水墊和樣品墊組裝。檢測樣品時將PCR產(chǎn)物6 μL和樣品展開液90 μL依次加入樣品墊后,10 min后觀察檢測結(jié)果。C、T線同時出現(xiàn)紅色條帶為陽性結(jié)果;C線出現(xiàn)紅色條帶,T線未出現(xiàn)紅色條帶為陰性結(jié)果;其他結(jié)果為無效結(jié)果。

        1.7 核酸試紙條靈敏度試驗將蠟樣芽胞桿菌DNA模板雙蒸水稀釋,制備10~10-5mg·L-1梯度混懸液。各組PCR體系含DNA模板(10~10-5mg·L-1)0.5 μL、PCR引物1 μL、2×Taq PCR Master Mix 10 μL和雙蒸水8 μL。進行PCR擴增,1.5%瓊脂糖凝膠電泳,根據(jù)電泳結(jié)果比對分析核酸試紙條靈敏度。

        1.8 核酸試紙條特異性試驗根據(jù)蠟樣芽胞桿菌的DNA提取方法分別提取金黃色葡萄球菌、銅綠假單胞菌、大腸埃希菌和沙門氏菌DNA,并分別稀釋至10 mg·L-1。制備DNA混合液(含各菌種DNA各1 μL),徹底混勻后進行PCR擴增,1.5%瓊脂糖凝膠電泳,根據(jù)電泳結(jié)果進行比對分析核酸試紙條特異性。

        1.9 核酸試紙條穩(wěn)定性試驗完成試紙條組裝后,配制檢測試劑并保存。分別于組裝后第6、9和12個月檢測核酸試紙條穩(wěn)定性,進行PCR擴增,1.5%瓊脂糖凝膠電泳,根據(jù)電泳結(jié)果分析核酸試紙條穩(wěn)定性。

        2 結(jié) 果

        2.1 蠟樣芽胞桿菌entFM毒素基因PCR產(chǎn)物鑒定檢測提取的蠟樣芽胞桿菌DNA濃度為300 mg·L-1,DNA純度約為1.60。見表1。瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果顯示:電泳圖中1~2號泳道依次出現(xiàn)蠟樣芽胞桿菌大小目的條帶,且質(zhì)粒殼完好,條帶明顯,證明PCR產(chǎn)物DNA成功轉(zhuǎn)入質(zhì)粒,并成功提取質(zhì)粒DNA。見圖2?;驕y序結(jié)果顯示:蠟樣芽胞桿菌DNA序列分別與GenBank數(shù)據(jù)庫中已登記的蠟樣芽胞桿菌entFM毒素基因相似性為100%,表明克隆DNA片段即為目的基因片段,可作為陽性質(zhì)粒。見圖3。

        圖3 entFM363目的基因序列分析結(jié)果Fig.3 Analysis results of sequence of target gene of entFM363

        表1 蠟樣芽胞桿菌DNA濃度和純度Tab.1 Concentrations and purities of Bacillus cereus DNA(n=3,±s)

        表1 蠟樣芽胞桿菌DNA濃度和純度Tab.1 Concentrations and purities of Bacillus cereus DNA(n=3,±s)

        Sample 1 2 3 Concentration[ρB/(mg·L-1)]337.79±0.14 345.64±1.54 362.43±0.45 Purity 1.62±0.12 1.64±0.13 1.66±0.16

        圖2 蠟樣芽胞桿菌entFM基因表達電泳圖Fig.2 Electrophoregram of expression of entFM gene of Bacillus cereus

        2.2 鏈霉親和素最佳標記量和抗體工作濃度膠體金與鏈霉親和素的結(jié)合實質(zhì)上是靜電結(jié)合,高濃度鹽會使不穩(wěn)定的膠體金聚合沉淀變色。N管添加了高濃度的鹽作為對比,檢測結(jié)果顯示:1 g·L-1鏈霉親和素的最佳標記量為3 μg,為介于紫色和粉紅色的過渡色。但實際標記量要增加10%,即3.3 μg。

        兔抗FITC抗體濃度為1.8 g·L-1和生物素化牛血清白蛋白濃度為1 g·L-1時,硝酸纖維素膜上檢測線和質(zhì)控線均可產(chǎn)生較為清晰的條帶。

        2.3 核酸試紙條檢測核酸試紙條檢測時僅PCR產(chǎn)物兩端形成FITC-生物素結(jié)合物時才會發(fā)生顯色反應(yīng)。各組引物PCR產(chǎn)物核酸試紙條結(jié)果顯示:僅有全標記組核酸試紙條顯色,表明核酸試紙條設(shè)計原理驗證成功。見圖4。

        圖4 核酸試紙條設(shè)計原理檢測Fig.4 Detection design principle of nucleic acid test strips

        2.4 核酸試紙條靈敏度電泳結(jié)果顯示:DNA模板濃度同時稀釋至10-1mg·L-1時,仍可觀察到目的條 帶,最 低 檢 測 濃 度 為10-1mg·L-1。稀 釋 至10-3mg·L-1可見檢測線和質(zhì)控線同時出現(xiàn)2條清晰可見的紅色條帶,為陽性結(jié)果,核酸試紙條的最低檢測濃度為10-3mg·L-1,表明本研究核酸試紙條結(jié)果較普通PCR靈敏性高100倍。見圖5和6。

        圖5 核酸試紙條靈敏度檢測電泳圖Fig.5 Electrophoregram of sensitivities of nucleic acid test strips

        2.5 核酸試紙條特異性PCR電泳結(jié)果顯示:僅蠟樣芽胞桿菌出現(xiàn)了目的條帶,金黃色葡萄球菌、銅綠假單胞菌、大腸埃希菌、沙門氏菌和空白對照無目的條帶出現(xiàn),為陰性結(jié)果。核酸試紙條的特異性檢測結(jié)果顯示:僅蠟樣芽胞桿菌的檢測線和質(zhì)控線均出現(xiàn)紅色條帶,為陽性結(jié)果。金黃色葡萄球菌、銅綠假單胞菌、大腸埃希菌、沙門氏菌和空白對照的核酸試紙條中,僅在質(zhì)控線(C線)出現(xiàn)紅色條帶,在檢測線(T線)無紅色條帶,為陰性結(jié)果。PCR電泳結(jié)果與核酸試紙條結(jié)果一致。見圖7和8。

        圖7 核酸試紙條特異性檢測電泳圖Fig.7 Electrophoregram of specificities of nucleic acid test strips

        圖6 核酸試紙條靈敏度Fig.6 Sensitivities of nucleic acid test strips

        2.6 核酸試紙條穩(wěn)定性組裝后核酸試紙條穩(wěn)定性檢測結(jié)果顯示:在第6、9和12個月進行核酸試紙條穩(wěn)定性檢測結(jié)果一致,僅蠟樣芽胞桿菌的菌株出現(xiàn)陽性結(jié)果,即質(zhì)控線(C線)和檢測線(T線)2條紅色條帶;空白對照為陰性結(jié)果,即只出現(xiàn)質(zhì)控線(C線)1條紅色條帶。見圖9。

        圖9 核酸試紙條穩(wěn)定性Fig.9 Stabilities of nucleic acid test strips

        3 討 論

        目前蠟樣芽胞桿菌的檢測方法主要為培養(yǎng)法,其可靠性較高,且相對簡單、設(shè)備要求低,是多種微生物檢驗的金標準。盡管細菌培養(yǎng)分離鑒定法應(yīng)用十分廣泛,但也存在檢測過程繁瑣和耗時較長等不足,同時無法檢測毒素的存在。戚衍博等[13]利用動物實驗腹腔注射檢測產(chǎn)嘔吐毒素較為直觀,但具有半定性且不夠準確,費用較高;TSILIA等[14]采用質(zhì)譜方法直接檢測毒素蛋白,并使用特征m/z光譜位置來鑒定不同蠟樣芽胞桿菌培養(yǎng)上清液中CytK1和NHe蛋白,但該方法需要依靠尖端設(shè)備、較高的投資和維護[15-17]。

        圖8 核酸試紙條特異性Fig.8 Specificities of nucleic acid test strips

        核酸試紙條因其特異性強、靈敏度高、可視化和更適合檢測人員現(xiàn)場檢測的特點得到廣泛應(yīng)用。張力支等[18]基于納米金核酸探針的新型核酸試紙條對燦爛弧菌快速檢測,該試紙條與5種常見水產(chǎn)病原菌不發(fā)生陽性反應(yīng),特異性強;王之瑩等[19]利用側(cè)流核酸試紙條快速檢測非洲豬瘟病毒,應(yīng)用于實際樣品的檢測,靈敏度可達103copies·μL-1,靈敏度高;QIN等[20]基于側(cè)流條帶平臺可在2 h內(nèi)快速、方便地對鴨肉摻假牛肉進行可視化鑒別,適合資源有限的環(huán)境和現(xiàn)場檢測中的應(yīng)用。核酸檢測試紙條應(yīng)用到蠟樣芽胞桿菌毒素基因檢測,能夠為檢查人員的現(xiàn)場診斷提供更準確便捷的檢測手段。

        entFM是一種主要的蠟樣雙歧桿菌毒素,參與細菌分裂、真核細胞的黏附及促進其毒力作用,在從不同食物基質(zhì)分離的蠟樣芽胞桿菌中廣泛分布,檢出率為68%~98%,與食源性疾病相關(guān)的菌株中均可檢測到[21-25]。本研究以蠟樣芽胞桿菌特異性毒素基因為研究對象,以基因為靶標構(gòu)建核酸試紙條方法檢測蠟樣芽胞桿菌毒素基因,煮沸法提取其基因組DNA,通過克隆完成PCR產(chǎn)物的鑒定并可作為陽性對照。本研究結(jié)果顯示:組裝后的核酸試紙條與金黃色葡萄球菌、銅綠假單胞菌、大腸埃希菌和沙門氏菌均不發(fā)生反應(yīng),特異性強,其最低檢測濃度為10-3mg·L-1,比普通PCR靈敏度高100倍,且于第6、9和12個月檢測穩(wěn)定性結(jié)果一致,穩(wěn)定性強。檢測時只需在核酸試紙條的樣品墊上滴加6 μL的PCR產(chǎn)物與90 μL樣品展開液,10 min觀察結(jié)果,即可實現(xiàn)entFM毒素基因核酸可視化和特異性檢測。隨著等溫擴增PCR技術(shù)的興起,將其與核酸試紙條相結(jié)合,為未來快速檢測蠟樣芽胞桿菌提供新的方向。

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