劉振亞,張 萍,訾莉莉,朱天生
(1.塔里木大學(xué)農(nóng)學(xué)院,新疆 阿拉爾 843300;2.塔里木大學(xué)園藝與林學(xué)學(xué)院,新疆 阿拉爾 843300)
棗系鼠李科(Rhamnaceae)棗屬(Zizyphus Mill.)植物[1],其對(duì)環(huán)境的適應(yīng)能力強(qiáng),主要表現(xiàn)在耐鹽堿和耐干旱方面[2]。棗樹的種植可以在一定程度上改善南疆地區(qū)的生態(tài)環(huán)境,對(duì)減少揚(yáng)沙和浮沉天氣起到一定作用[3]。同時(shí),種植棗樹的經(jīng)濟(jì)效益較高,嫁接后四年生的棗園年均收益可達(dá)1 萬元/667m2。因此,種植棗樹已經(jīng)成為南疆農(nóng)民增收的主要途徑。但是近年來?xiàng)棙淙~緣褐斑病呈現(xiàn)逐漸加重的趨勢(shì),主要表現(xiàn)為下部葉片首先葉緣出現(xiàn)褐色斑點(diǎn),病斑直徑為2~4 mm,病斑常沿葉緣連在一起;果枝或棗吊頂生的2~3片新葉無癥狀,向下葉片癥狀逐漸加重,可在9 月引起葉片提前脫落,影響第2 年樹勢(shì),進(jìn)而影響產(chǎn)量。目前,關(guān)于棗樹葉緣褐斑病的報(bào)道較少見,引發(fā)該病的致病菌種類也尚不明確,給其防治工作帶來一定的困難。基于此,筆者從南疆地區(qū)棗樹主要種植區(qū)采集典型的葉緣褐斑病的病葉,從病葉中分離獲得病原菌,對(duì)其形態(tài)特征進(jìn)行分析,并結(jié)合rDNA-ITS、EF-1α、β-tubulin 多基因聯(lián)合序列分析對(duì)其進(jìn)行分子生物學(xué)鑒定,以期明確南疆地區(qū)棗樹葉緣褐斑病的病原菌種類,進(jìn)而為防治此類病害提供依據(jù)。
從新疆阿克蘇、喀什、和田等主要棗樹種植區(qū)采集病葉,進(jìn)行分離培養(yǎng)。
1.2.1 病原菌的分離與培養(yǎng)采用常規(guī)組織分離法對(duì)病原菌進(jìn)行分離與純化[4]。將分離物置于25℃培養(yǎng)箱中培養(yǎng),并進(jìn)行2~3 次純化[5],最后以單孢純化保存?zhèn)溆谩?/p>
1.2.2 致病性測(cè)定將在PDA 上培養(yǎng)10 d 的病原菌,用無菌水制成孢子懸浮液,置于10×40 倍顯微鏡下鏡檢,每個(gè)視野懸浮液中分生孢子量為20~40 個(gè)。選擇健康的棗葉,采用有傷方式接種病原菌孢子懸浮液,每個(gè)處理10 片,重復(fù)3 次。具體做法是用清水清洗棗葉,再用75%酒精表面消毒,最后用無菌水沖洗2~3 次,晾干,用滅過菌的接種針刺傷棗葉,將孢子懸浮液噴霧接種到有傷的棗葉上,以無菌水作為對(duì)照,然后放入事先鋪有濕潤濾紙的搪瓷盆中,在25℃培養(yǎng)箱中按12 h/12 h 光暗交替培養(yǎng),接種后觀察發(fā)病情況,統(tǒng)計(jì)發(fā)病率[6-7]。將接種后發(fā)病的棗葉進(jìn)行病原物的再次分離,通過培養(yǎng)外觀及顯微鏡等觀察病原物的特征,確定分離得到的病菌為同一病原菌。
1.2.3 病原菌的鑒定(1)形態(tài)學(xué)鑒定。將病原菌接種到PCA 培養(yǎng)基上置于25℃培養(yǎng)箱中,12 h/12 h 黑暗交替培養(yǎng)5 d 后,觀察分生孢子的形態(tài)特征,并在在徠卡熒光數(shù)碼顯微鏡下觀察病原菌的產(chǎn)孢表型[8-9]。根據(jù)分生孢子、分生孢子梗和產(chǎn)孢表型等特征,對(duì)照《中國真菌志 第十六卷 鏈格孢屬》[10]中的記錄初步確定病原菌的屬種。(2)分子生物學(xué)鑒定。參照劉振亞等[2]的研究方法獲取菌絲體,將菌絲體在40℃烘干后,放入滅菌EP 管中備用。采用CTAB 法提取菌絲基因組DNA[11-12]。病原菌rDNA-ITS 擴(kuò)增采用ITS1 和ITS4 引物,EF-1α基因擴(kuò)增采用EF1-728F和EF1-986R 引物;β-tubulin基因擴(kuò)增采用Beta-F 和Beta-R[12-13]引物,引物序列見表1,擴(kuò)增體系和擴(kuò)增程序參考唐淬[14]和臧睿[15]的方法。將擴(kuò)增產(chǎn)物送到華大基因科技有限公司進(jìn)行測(cè)序。獲得序列后,登陸NCBI 網(wǎng)站,下載鏈格孢屬不同種的序列和相似序列,使用MEGA6. 06 軟件建立系統(tǒng)發(fā)育樹,用Bootstrap對(duì)系統(tǒng)樹進(jìn)行檢驗(yàn),設(shè)置1 000 次重復(fù)。
表1 PCR 所需引物及其序列
用常規(guī)組織分離法,從病葉上分離純化出2 種真菌分離物,分別編號(hào)為HTYT-1 和HTYT-2。
將HTYT-1和HTYT-2接種到棗葉上,如圖1所示,HTYT-2 菌種刺傷接種7 d 后,葉片上刺傷處可見褐斑,15 d 后刺傷接種的葉片發(fā)病率達(dá)到73%(圖1),其發(fā)病癥狀與田間自然發(fā)病的癥狀一致,而HTYT-1 刺傷接種以及對(duì)照處理均未見發(fā)病癥狀。從發(fā)病的葉片病健交界處取葉片組織再次分離微生物[16],獲得了與原分離菌株一致的病原菌。依據(jù)柯赫氏法則,可以確定HTYT-2 為棗樹葉緣褐斑病的致病菌。
圖1 棗樹葉緣褐斑病的發(fā)病癥狀
將HTYT-2 接種在PCA 平板上,于25℃在近紫外燈和日光燈下12 h/12 h 光暗交替培養(yǎng)5 d,菌落初期為白色,后期逐漸變深為綠色與褐色相間,邊緣灰白色,圓形、邊緣整齊。在PCA+濾紙上培養(yǎng)5 d 后,觀察發(fā)現(xiàn)其分生孢子為棒狀(圖2),孢子基部鈍圓,具橫縱隔2~5 個(gè),分隔處略縊縮;孢身大小為(15.49~45.73)×(7.48~17.36) μm,平均27.49×12.03 μm;喙呈短柱狀,大小為(0~14.68)×(0~6.02) μm,平均4.56×3.76 μm;分生孢子梗略彎曲、分枝,大小為(11.82~47.62)×(3.49~4.73) μm,平均4.25×26.31 μm。根據(jù)病原菌的形態(tài)特征,參照《中國真菌志 第十六卷 鏈格孢屬》中的記載,初步鑒定該病原菌為鏈格孢屬鏈格孢[Alternaria alternata(Fr.)Keissler]。
圖2 病原菌HTYT-2 的形態(tài)特征
2.4.1 單基因的分子系統(tǒng)學(xué)分析獲得序列后,登陸NCBI 網(wǎng)站,下載鏈格孢屬不同種的序列和相似序列,用MEGA6. 06 軟件中的 Neighbour-joining 方法生成NJ 系統(tǒng)發(fā)育樹進(jìn)行分析?;贗TS 序列構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹(圖3)顯示,HTYT-2 與A.solani、A.alternata、A.gaisen、A.tenuissima、A. brassicae聚在一個(gè)大的分枝下,其相似率為64%,因此僅通過ITS 序列不能將HTYT-2 鑒定到具體的種。基于EF-1α 序列構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹(圖4)顯示,HTYT-2 與A.alternata(KJ008710、KF644357、KJ638247、KJ008705、KF644357、AY438647S1)聚為一組,其相似率為64%?;讦?tubulin 序列構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹(圖5)顯 示,HTYT-2 與A.alternata(KJ008681、KJ008682、KF680871)聚在一起,其相似率為90%。根據(jù)EF-1α序列和β-tubulin 序列建立的系統(tǒng)發(fā)育樹分析結(jié)果,將HTYT-2 鑒定為鏈格孢屬鏈格孢A.alternata。
圖3 基于ITS 序列構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹
圖4 基于EF-1α 序列構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹
圖5 基于β-tubulin 序列構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹
2.4.2 多基因序列的分子系統(tǒng)學(xué)分析使用Sequence Matrix 將ITS、EF-1α、β-tubulin 序列按前后順序串聯(lián),利用PAUP4b10 軟件,采用uncorrected("p")核苷酸取代模型,以Plespora herbarum為外群,建立多基因的Neighbor-joining (NJ)系統(tǒng)發(fā)育樹對(duì)病原菌進(jìn)行分子系統(tǒng)學(xué)分析。由圖6 可知,菌株HTYT-2 與不同登錄號(hào)的A.alternata(KU324782、KX783388、KX783397)聚在一個(gè)分支,說明菌株HTYT-2 與A.alternata的親緣關(guān)系最近,由此可以確定菌株HTYT-2 的種類為A.alternata。
圖6 基于ITS、EF-1α、β-tubulin 多序列構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹
該研究從南疆棗樹主要種植區(qū)采集典型的葉緣褐斑病的病葉,從中分離純化獲得HTYT-1 和HTYT-2這2 種菌株,經(jīng)過柯赫氏法則驗(yàn)證,明確HTYT-2 菌株為棗樹葉緣褐斑病的致病菌。經(jīng)形態(tài)特征和多基因序列聯(lián)合分析,確定該菌株為鏈格孢菌[Alternaria alternata(Fr.)Keissler]。
在實(shí)驗(yàn)室條件下培養(yǎng)的鏈格孢屬種級(jí)分生孢子形態(tài)特征有較大的變化,同屬不同種的分生孢子形態(tài)特征在一定培養(yǎng)條件下具有趨同現(xiàn)象[8],給準(zhǔn)確鑒定到種以及小孢子種帶來了較大的困難[17],而采用分子生物學(xué)方法結(jié)合形態(tài)學(xué)鑒定可以解決這一問題[18]。但單靠ITS 序列不能提供足夠的信息位點(diǎn)來分析屬以下某些種間的差異[19],有時(shí)基于ITS 序列建立的系統(tǒng)發(fā)育樹并不準(zhǔn)確,甚至可能得出錯(cuò)誤的種類鑒定結(jié)果[20],因此僅僅通過ITS 序列無法準(zhǔn)確鑒定菌株的種類。而多基因聯(lián)合序列分析具有選擇基因數(shù)量存在靈活性、結(jié)果準(zhǔn)確、適用物種范圍廣等優(yōu)點(diǎn)[21],被廣泛應(yīng)于鏈格孢屬的種別鑒定。羅歡等[22]使用rDNA-ITS、EF-1α、GAPDH 多基因序列分析將波斯菊葉枯病新病原菌確定為侵染向日葵鏈格孢A. helianthiinficiens;李番等[23]利用ITS 和β-tubulin 序列建立聯(lián)合系統(tǒng)發(fā)育樹,將石竹葉斑病病原鑒定為石竹鏈格孢A.nobilis。因此,利用形態(tài)學(xué)鑒定,并結(jié)合多基因聯(lián)合序列[24-25]建立系統(tǒng)發(fā)育樹,可提高對(duì)鏈格孢屬種別鑒定的準(zhǔn)確性,并明確病原菌的分類地位,從而為防治棗樹葉緣褐斑病提供了理論依據(jù)。