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        水稻葉和籽粒鎘積累機(jī)制及QTL定位研究

        2022-09-14 04:43:40黃婧朱亮薛蓬勃付強(qiáng)
        生物技術(shù)通報(bào) 2022年8期
        關(guān)鍵詞:花楸水槽籽粒

        黃婧 朱亮,2 薛蓬勃,2 付強(qiáng)

        (1. 廣西大學(xué)亞熱帶農(nóng)業(yè)生物資源保護(hù)與利用國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,南寧 530004;2. 廣西大學(xué)生命科學(xué)與技術(shù)學(xué)院,南寧 530004)

        鎘(cadmium,Cd)是生物毒性最強(qiáng)的重金屬之一,低劑量(0.1-1 mg/kg)即抑制動(dòng)植物的生長(zhǎng)繁殖[1]。隨著工業(yè)化的發(fā)展,我國受鎘、砷、鉛等重金屬污染的耕地面積近2 000萬hm2,約占耕地總面積的20%,每年生產(chǎn)鎘含量超標(biāo)的農(nóng)產(chǎn)品達(dá)14.6億kg,且有逐漸加重的趨勢(shì)[2]。水稻(Oryza sativaL.)是世界上約一半人口的主食,稻米是很多國家飲食中攝取鎘的最主要來源[3]。鎘在人體內(nèi)積累不易排出,且半衰期長(zhǎng),對(duì)腎臟、肝臟和骨骼等造成危害,甚至引起癌癥[4]。因此,選育籽粒低鎘積累的水稻品種,最大限度減少鎘攝入量,對(duì)于保障糧食安全和人類健康具有重要意義[5]。

        鎘在植物體內(nèi)的分布是一個(gè)由根質(zhì)膜轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白介導(dǎo)的根吸收、木質(zhì)部裝載和卸載,以及韌皮部裝載和卸載所共同控制的連續(xù)的動(dòng)力學(xué)過程[6]。水稻Cd積累相關(guān)性狀屬數(shù)量性狀,遺傳機(jī)制復(fù)雜,同時(shí)受環(huán)境因素影響。不同基因型的水稻地上部分和籽粒中Cd的含量存在很大的差異,這為研究水稻低Cd積累的生理和遺傳機(jī)制提供了非常有用的種質(zhì)資源[7]。近年來,已有研究利用不同的低Cd/高Cd水稻品種組合構(gòu)建的F2、RIL、CSSLs等群體鑒定出不少控制Cd積累的QTL,在水稻12條染色體上均有分布[8-19]。除了OsHMA3[12]、OsCAL1[15]等基因外,上述研究中鑒定的QTL均未克隆到主效基因,關(guān)于控制Cd從根到莖轉(zhuǎn)運(yùn)繼而進(jìn)入籽粒的遺傳機(jī)制仍不明確,亟待研究。

        本研究通過離子組學(xué)技術(shù),系統(tǒng)分析中國栽培稻核心種質(zhì)資源209個(gè)品種籽粒的離子譜,鑒定了一批Fe、Zn等籽粒部位高富集以及Cd低積累的水稻品種,為優(yōu)良品種的篩選和雜交育種提供了種質(zhì)資源。另一方面,開展水稻Cd積累生理試驗(yàn)和QTL定位分析,為闡明水稻Cd積累遺傳機(jī)制、運(yùn)用分子標(biāo)記輔助選育籽粒Cd含量低而Fe、Zn等營養(yǎng)元素均衡富集的水稻品種奠定基礎(chǔ)。

        1 材料與方法

        1.1 材料

        中國栽培稻(Oryza sativaL.)核心種質(zhì)資源209份,由上海市農(nóng)業(yè)生物基因中心提供。秈稻花楸03和粳稻SKC為親本構(gòu)建DH群體,包含137個(gè)株系。

        1.2 方法

        1.2.1 水稻種質(zhì)資源籽粒的離子譜測(cè)定 中國栽培稻核心種質(zhì)資源的209份,每份隨機(jī)挑選5粒籽粒至50 mL FalconTM管中,80℃烘箱中,24-48 h。加入5 mL硝酸(MOS級(jí)),在 SPB 50-48型石墨消解儀(Perkin Elmer)上進(jìn)行消解(120℃,30 min)。冷卻至室溫后,用Milli-Q水定容至50 mL,選取上清10 mL,并用電感耦合等離子質(zhì)譜儀ICP-MS(ELAN DRC-e,Perkin-Elmer)測(cè)量其中14種必需元素和Cd、Pb等有毒重金屬元素的含量,計(jì)算測(cè)量群體的平均值和標(biāo)準(zhǔn)差,最后計(jì)算出Z值[Z值=(樣本元素濃度-平均值)/標(biāo)準(zhǔn)差],用以表示樣品中某元素含量偏離群體平均值的程度。

        1.2.2 水稻的培養(yǎng)條件 生理學(xué)試驗(yàn)中,SKC和花楸03的種子浸泡于Milli-Q水中,28℃,避光48 h。去除液體,用濕的布巾包裹種子,密封,28℃避光24 h,萌發(fā)的種子轉(zhuǎn)入水稻培養(yǎng)液。人工氣候箱設(shè)置為相對(duì)濕度70%,光照周期為13 h光照(溫度為28℃)/11 h黑暗(溫度為25℃),光照強(qiáng)度80-200 mol/(m2·s)。大田及水槽種植試驗(yàn)區(qū)位于廣西省南寧市郊的鎘污染農(nóng)田,于當(dāng)年4月在秧田播種,5月移栽,各株系分別挑選20株長(zhǎng)勢(shì)一致的秧苗移栽,每株系插4行,每行5株。在秧苗生長(zhǎng)期間進(jìn)行常規(guī)田間管理,及時(shí)除草除蟲,注意避免雨天水位上漲淹沒秧苗。

        1.2.3 生理學(xué)試驗(yàn)

        1.2.3.1 Cd的耐受性分析 對(duì)照組和試驗(yàn)組水稻種子萌發(fā)后,分別種植于添加了0、0.2、1和5 μmol/L CdCl2的水稻培養(yǎng)液中,并置于人工氣候箱培養(yǎng)12 d后,分別選取地上和地下部分材料測(cè)量鮮重并進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析。

        1.2.3.2 不同試驗(yàn)中的Cd處理?xiàng)l件 水稻種子萌發(fā)后直接在添加0、0.2、1或5 μmol/L CdCl2的培養(yǎng)液中培養(yǎng)2周,然后取地上部材料,測(cè)量水稻葉中Cd的積累。分別以0、0.2、1、5、10或25 μmol/L CdCl2處理兩葉一心期苗7 d后,分別對(duì)地上部和地下部取材,進(jìn)行Cd濃度梯度試驗(yàn)。兩葉一心期苗經(jīng)10 μmol/L CdCl2分別處理0、1、2、3、4或5 d后,分別對(duì)地上部和地下部取材,進(jìn)行Cd時(shí)間梯度處理試驗(yàn)。兩葉一心期苗在正常培養(yǎng)條件(28℃,A)和低溫條件(4℃,B)下分別用0、0.2、1、2和5 μmol/L CdCl2處理20 min后,選取根進(jìn)行根吸收動(dòng)力學(xué)試驗(yàn)。

        1.2.3.3 水稻組織中Cd含量的測(cè)定 按照1.2.3.1和1.2.3.2處理后取材,將水稻地上部和根材料分別用Milli-Q水、CaCl2及Milli-Q水清洗,置于80℃烘箱中,24-48 h。烘干的植物材料,稱取10-20 mg至50 mL FalconTM管中。加入5 mL硝酸(MOS級(jí)),在石墨消解儀上進(jìn)行消解(120℃,30 min)。冷卻至室溫后,用Milli-Q水定容至50 mL,選取上清10 mL,并用ICP-MS測(cè)定各組織材料中的Cd含量。

        1.2.4 土壤中元素含量的測(cè)定 在大田及污染、對(duì)照水槽土壤中元素含量的測(cè)定試驗(yàn)中,采用等間距采樣法,共設(shè)10個(gè)采樣點(diǎn),采集深度為5 cm左右的耕層土壤,自然風(fēng)干并將土塊碾碎后封存。將各點(diǎn)采集的試樣混合后,反復(fù)按四分法棄取,每個(gè)樣品設(shè)3個(gè)重復(fù)。每份準(zhǔn)確稱取0.1 g土壤,采用王水回流法酸解樣品,用Milli-Q水定容至50 mL后,選取上清10 mL,并用ICP-MS進(jìn)行測(cè)定。

        1.2.5 水稻Cd積累的QTL定位 以秈稻花楸03和粳稻SKC為親本構(gòu)建包含137個(gè)單株的DH群體。對(duì)葉中Cd積累進(jìn)行QTL定位時(shí),將DH群體植株種植于水稻營養(yǎng)液中,并置于人工氣候箱培養(yǎng)。兩葉一心期苗以10 μmol/L CdCl2處理7 d后取樣。每個(gè)株系取5個(gè)單株的地上部分混收為一份材料,設(shè)置4個(gè)重復(fù),并用ICP-MS測(cè)定Cd含量。對(duì)籽粒中Cd積累進(jìn)行QTL定位時(shí),將DH群體植株種植于Cd污染的水槽土壤中,每個(gè)株系種植20個(gè)單株。收種后脫粒取谷粒測(cè)量Cd含量,每個(gè)株系取5個(gè)單株,每個(gè)單株隨機(jī)選取10粒谷?;焓諡橐环莶牧希O(shè)置4個(gè)重復(fù),并用ICP-MS測(cè)定Cd含量。

        利用MAPMARKER/EXP3.0程序[20]進(jìn)行連鎖分析,構(gòu)建高密度SRR(simple sequence repeat)分子標(biāo)記連鎖圖譜,SSR分子標(biāo)記引物序列信息來源于Gramene網(wǎng)站(www.gramene.org)。結(jié)合分子標(biāo)記連鎖圖和Cd含量測(cè)定結(jié)果,利用MAPMAKER/QTL程序[21]進(jìn)行QTL分析。

        2 結(jié)果

        2.1 水稻核心種質(zhì)資源籽粒的離子譜

        系統(tǒng)分析中國栽培稻核心種質(zhì)資源209個(gè)品種籽粒(見附表)的金屬離子譜,鑒定出20余個(gè)Cd、Fe、Zn、Mn等含量差異顯著的水稻品種(圖1)。從中挑選出Cd含量差異顯著而Fe、Zn、Mn等含量差異不顯著的秈稻品種花楸03(HQ03)和粳稻品種SKC進(jìn)行后續(xù)研究。另一方面,如圖2所示,DPS軟件統(tǒng)計(jì)學(xué)分析表明,水稻籽粒中Cd2+與Fe2+、Zn2+、Mn2+無拮抗關(guān)系(P>0.05),而Fe2+、Zn2+和Mn2+之間存在極顯著的協(xié)同關(guān)系(P<0.01)。

        圖1 核心種質(zhì)資源水稻籽粒中Cd的積累Fig. 1 Profiling of Cd accumulation in grains of rice core germplasm

        圖2 水稻籽粒中Cd2+、Fe2+、Zn2+和Mn2+元素的相關(guān)關(guān)系Fig. 2 Correlation among Cd2+, Fe2+, Zn2+ and Mn2+ elements in rice grains

        2.2 花楸03與SKC籽粒中的Cd含量的測(cè)定

        為在同樣生境下比較花楸03與SKC籽粒中的Cd含量,將這兩個(gè)品種分別在受污染大田、Cd污染水槽和對(duì)照水槽土壤中種植。如表1所示,土壤中Cd含量高低依次為:污染水槽>大田土壤>對(duì)照水槽,F(xiàn)e、Zn、Cu和As等元素含量在污染水槽和大田中差異不顯著。

        表1 大田、鎘污染水槽和對(duì)照水槽土壤中Cd等元素的含量Table 1 Contents of Cd and other metals in the soil of contaminated paddy field,contaminated sink and control sink(μg·g-1 DW)

        籽粒中Cd含量高低依次為:污染水槽>大田土壤>對(duì)照水槽,與土壤中Cd含量高低的趨勢(shì)一致(圖3-A)。除了對(duì)照水槽中兩品種的Cd含量均在檢測(cè)限附近外,其余情況下花楸03籽粒中的Cd含量均顯著高于SKC,與圖1結(jié)果一致(圖3-A,P<0.01)。而污染水槽中的花楸03與SKC精米中的Cd含量較低且差異不顯著(圖3-B,P>0.05)。

        圖3 花楸03與SKC的籽粒和精米中的Cd含量Fig.3 Cd accumulation in the grains and milled rice of HQ03 and SKC

        2.3 花楸03與SKC葉中Cd積累差異顯著,而對(duì)Cd的耐性和吸收無顯著差別

        鑒于花楸03與SKC籽粒中Cd積累差異顯著,首先檢測(cè)這兩個(gè)品種地上部和地下部Cd積累是否也存在差異。種子萌發(fā)后直接在添加CdCl2的培養(yǎng)液中生長(zhǎng),葉片中的Cd含量隨著CdCl2處理濃度的升高而升高,且花楸03葉中的Cd含量始終顯著高于SKC(圖4-A,P<0.01)。兩者葉中Fe、Zn、Mn等金屬元素和K、Mg、Ca等大量元素的含量無顯著差異(圖4-B、C)。

        圖4 花楸03與SKC葉片中的元素積累Fig.4 Elements accumulation in the leaves of HQ03 and SKC

        對(duì)兩葉一心期苗分別進(jìn)行CdCl2濃度梯度和時(shí)間梯度的處理,發(fā)現(xiàn)葉片中的Cd含量具有濃度梯度和時(shí)間梯度的依賴性(圖5)。除Cd含量均較低情況外,花楸03葉中的Cd含量始終顯著高于SKC(圖5-A、B),而根中Cd含量則無顯著差異(圖5-C、D)。

        圖5 不同濃度和不同時(shí)間CdCl2處理后花楸03和SKC幼苗葉片與根中Cd的積累Fig.5 Cd accumulation in the leaves and roots of HQ03 and SKC from rice seedlings exposed to CdCl2 for indicated concentrations and days

        由于兩品種葉中Cd積累差異顯著,接下來檢測(cè)它們對(duì)Cd的耐受性。種子萌發(fā)后直接在添加CdCl2的培養(yǎng)液中生長(zhǎng),對(duì)照及不同濃度Cd處理下,花楸03和SKC地上部(圖6-A)和地下部(圖6-B)的鮮重均無顯著差異,說明這兩個(gè)品種對(duì)Cd的耐受性無顯著差別。

        圖6 花楸03與SKC對(duì)Cd的耐受性分析Fig. 6 Tolerance assay of HQ03 and SKC to Cd

        為明確花楸03與SKC葉中Cd積累差異是由根吸收還是從根向莖的轉(zhuǎn)運(yùn)差異所導(dǎo)致,對(duì)兩品種進(jìn)行了根吸收的動(dòng)力學(xué)研究。如圖7所示,無論是在正常培養(yǎng)條件(圖7-A)還是低溫條件下(圖7-B),兩品種根吸收Cd的動(dòng)力學(xué)曲線均基本重合,說明花楸03和SKC對(duì)Cd的吸收能力無顯著差異。

        圖7 花楸03和SKC的根吸收試驗(yàn)Fig.7 Root uptake assay of HQ03 and SKC

        2.4 DH群體的QTL定位

        以秈稻花楸03和粳稻SKC為親本構(gòu)建了包含137個(gè)單株的DH群體,各株系葉和籽粒中的Cd積累量數(shù)據(jù)呈連續(xù)正態(tài)分布,表現(xiàn)出數(shù)量性狀的遺傳特點(diǎn),符合QTL區(qū)間的作圖要求。共檢測(cè)到8個(gè)控制Cd在水稻葉和籽粒中積累的QTL,分別位于第2、3、4、7、8、10和11染色體上(表2、表3和圖8)。

        圖8 水稻葉和籽粒Cd積累的QTL定位示意圖Fig.8 QTLs mapping of Cd accumulation in the rice leaves and grains

        表2 水稻葉Cd積累的QTL定位Table 2 Quantitative trait loci(QTLs)mapping for Cd accumulation in rice leaves

        表3 水稻籽粒Cd積累的QTL定位Table 3 Quantitative trait loci(QTLs)mapping for Cd accumulation in rice grains

        3 討論

        水稻是我國最重要的糧食作物,土壤重金屬鎘的污染不僅導(dǎo)致水稻生長(zhǎng)發(fā)育受阻,產(chǎn)量下降,還會(huì)在水稻體內(nèi)大量累積并通過食物鏈傳遞,危害國民健康[1,3-5]。因此,研究水稻鎘耐受和積累的機(jī)制,降低水稻籽粒中Cd含量從而最大限度的減小Cd的攝入量,對(duì)于保障糧食安全和人類健康具有重要意義。

        不同基因型水稻地上部分和籽粒中Cd的積累存在很大的差異,為研究水稻低Cd積累的生理和遺傳機(jī)制提供了非常有用的種質(zhì)資源[9]。利用不同低Cd/高Cd積累水稻組合構(gòu)建的群體鑒定出不少控制Cd積累的QTL。如Xue等[8]報(bào)道了水稻中6個(gè)與Cd耐性相關(guān)和3個(gè)與Cd濃度相關(guān)的QTL。Ueno等[9]在第11染色體上鑒定到控制水稻地上部分Cd含量的主效QTL。Ishikawa等[10]將控制水稻籽粒Cd積累的QTL定位到第2和7染色體上,并將其中主效QTLqGCd7定位到第7染色體的短臂上。Hu等[16]利用DH群體定位到18個(gè)糙米和14個(gè)精米QTL,分別定位于2、3、4、5、7、9和11染色體上。Liu等[17]在第2、3、6、7、8和10染色體上鑒定到7個(gè)控制籽粒Cd濃度的QTL。Ueno等[11]利用Nipponbare/Anjana Dhan構(gòu)建的群體,Miyadate等[12]利用Cho-Ko-Koku/Akita 63構(gòu)建的群體,先后克隆出根液泡膜上Cd的轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白基因OsHMA3;Luo等[15]利用CJ06/TN1構(gòu)建的群體,鑒定出控制Cd在葉中積累的防御素類似蛋白CAL1。除此之外,其他研究中鑒定出的QTL均未克隆到主效基因,關(guān)于控制Cd從根到莖繼而向籽粒中轉(zhuǎn)運(yùn)的遺傳機(jī)制仍不明確。

        本研究首先利用ICP-MS離子組學(xué)高通量分析手段測(cè)定了中國栽培稻核心種質(zhì)資源209個(gè)品種籽粒的離子譜,從中鑒定出Fe、Zn等高積累以及Cd低積累的品種20余個(gè),為優(yōu)良品種的篩選和雜交育種提供了較為詳實(shí)的參考資料。統(tǒng)計(jì)學(xué)分析籽粒中各元素的相關(guān)關(guān)系,發(fā)現(xiàn)Fe2+、Zn2+和Mn2+之間存在協(xié)同關(guān)系,這些元素同屬二價(jià)重金屬,在化學(xué)結(jié)構(gòu)上具有很大的相似性,很可能在一定程度上共享植物體內(nèi)的吸收轉(zhuǎn)運(yùn)機(jī)制。本研究中未觀察到Fe2+、Zn2+、Mn2+與Cd2+等重金屬元素存在拮抗關(guān)系,原因可能在于籽粒中Cd2+、Pb2+等重金屬含量較低,且其產(chǎn)地重金屬污染狀況可能并不一致。

        QTL定位的親本選擇對(duì)于基因挖掘至關(guān)重要,親本差異越顯著越有利于發(fā)現(xiàn)更多更穩(wěn)定的QTL。因此,本研究挑選了Cd含量差異顯著的秈稻品種花楸03和粳稻品種SKC作為親本構(gòu)建DH群體,并對(duì)它們進(jìn)行了一系列的生理學(xué)實(shí)驗(yàn)分析。盡管花楸03和SKC對(duì)Cd的耐性無顯著差異,花楸03葉和籽粒中的Cd含量顯著高于SKC。此外,這兩個(gè)品種精米中的Cd含量均很低且差異不顯著,說明Cd在籽粒中可能積累于胚、糊粉層或者穎殼?;ㄩ?3和SKC根中的Cd含量以及根吸收動(dòng)力學(xué)研究均表明,它們對(duì)Cd的吸收能力不顯著。該結(jié)果與文獻(xiàn)中報(bào)道的結(jié)果一致,普遍認(rèn)為木質(zhì)部介導(dǎo)的根-莖長(zhǎng)途轉(zhuǎn)運(yùn)是決定水稻地上部分和籽粒Cd積累的主要生理過程[22]。而這兩個(gè)品種籽粒和地上部分中Fe、Zn、Mn等微量元素及K、Mg等大量元素的含量均無顯著差異,說明這兩個(gè)品種Cd積累差異可能與Fe2+、Zn2+等二價(jià)陽離子的轉(zhuǎn)運(yùn)系統(tǒng)無關(guān)。因此,利用這兩個(gè)親本開展QTL定位對(duì)于選育籽粒Cd低積累的優(yōu)良品種具有重要價(jià)值,該過程中基因的鑒定有助于了解控制Cd向地上部分以及籽粒中轉(zhuǎn)運(yùn)的過程。

        DH群體定位共檢測(cè)到8個(gè)控制Cd積累的QTL,分別位于第2、3、4、7、8、10和11染色體上,能解釋10.6%-39.4%的表型變異。QTL分析表明,無論是葉還是籽粒中,Cd與Fe、Zn均未參與共定位(數(shù)據(jù)待發(fā)表),與葉和籽粒中Fe等金屬元素積累結(jié)果相一致。說明這兩個(gè)品種的Cd積累差異可能與Fe2+、Zn2+等二價(jià)陽離子的轉(zhuǎn)運(yùn)系統(tǒng)無關(guān),暗示控制Cd轉(zhuǎn)運(yùn)的QTL可能是特異性的。研究發(fā)現(xiàn)控制Cd向地上部分和籽粒轉(zhuǎn)運(yùn)的QTL存在較大差異,推測(cè)水稻中這兩個(gè)過程可能具有不同的調(diào)控機(jī)制。第2染色體上同時(shí)檢測(cè)到控制Cd向葉和籽粒轉(zhuǎn)運(yùn)的QTL,在染色體上位置與OsCAL1[15]接近;第7染色體上檢測(cè)到的QTL與OsHMA3[12]和OsNRAMP5[23]接近;第10染色體上檢測(cè)到的QTL與Xue等[8]接近。此外,其余4個(gè)QTL未見已報(bào)道的Cd積累相關(guān)基因落在相關(guān)區(qū)域。其中,第3染色體上檢測(cè)到的控制Cd向籽粒轉(zhuǎn)運(yùn)的QTL(qGCd3)定位至RM6266-RM2334的21 cM區(qū)間,LOD值(3.81)和貢獻(xiàn)率(39.4%)均較高。試驗(yàn)誤差、環(huán)境影響以及定位群體的背景差異,會(huì)造成同一QTL的貢獻(xiàn)率及LOD值在不同定位群體中會(huì)有所變化。LOD值的變化相對(duì)較小,是QTL定位中較為可靠的參數(shù),一般說來LOD值在2以上該位點(diǎn)就有QTL的存在。本研究結(jié)果說明此位點(diǎn)QTL存在的可能性很高。但這兩個(gè)標(biāo)記之間約21 cM距離,包含近400個(gè)基因,需要進(jìn)一步進(jìn)行高精確度連鎖分析。目前已構(gòu)建以花楸03為供體親本,SKC為輪回親本的片段替換系,擬通過高精確度連鎖分析,找到控制鎘向水稻籽粒轉(zhuǎn)運(yùn)的主效基因,解析水稻鎘積累的分子機(jī)理。

        4 結(jié)論

        從花楸03和SKC構(gòu)建的DH群體中共檢測(cè)到8個(gè)控制Cd在葉和籽粒中積累的QTL。水稻中控制Cd向地上部分和籽粒轉(zhuǎn)運(yùn)的調(diào)控機(jī)制不同,其中木質(zhì)部介導(dǎo)的根-莖長(zhǎng)途轉(zhuǎn)運(yùn)是決定水稻地上部分和籽粒Cd積累的主要生理過程。第3染色體上檢測(cè)到的QTLqGCd3處可能存在一個(gè)控制鎘向籽粒轉(zhuǎn)運(yùn)的重要基因。

        文章所有附表數(shù)據(jù)請(qǐng)到本刊官網(wǎng)下載(http://biotech.aiijournal.com/CN/1002-5464/home.shtml)。

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