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        基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)和細胞實驗探討小檗堿治療肺癌的作用機制

        2022-08-18 06:59:58鄒宇翔
        中國醫(yī)藥科學(xué) 2022年13期
        關(guān)鍵詞:肺癌數(shù)據(jù)庫分析

        鄒宇翔 柳 鑫 李 為▲

        1.華中科技大學(xué)同濟醫(yī)學(xué)院附屬同濟醫(yī)院藥學(xué)部,湖北武漢 430030;2.武漢市第四醫(yī)院藥學(xué)部,湖北武漢 430033

        肺癌是世界重大公共衛(wèi)生問題,其發(fā)病率與病死率均占惡性腫瘤的首位,全球范圍內(nèi)的肺癌中有80%~85%被歸為非小細胞肺癌,臨床治療主要采用手術(shù)、化學(xué)療法和放射療法等[1]?;瘜W(xué)藥物和分子靶向藥物的臨床應(yīng)用大大延長了晚期肺癌患者的生存期并改善其生活質(zhì)量[2],然而長期使用會產(chǎn)生耐藥性問題,因此,尋找新的治療肺癌有效藥物成為科學(xué)研究的重要方向[3-4]。小檗堿是中藥黃連發(fā)揮臨床療效的重要活性成分。研究發(fā)現(xiàn),小檗堿具有抗腫瘤、抗菌和調(diào)節(jié)血糖等作用[5-8],然而其治療肺癌的機制尚不清楚。本研究采用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)探究其治療肺癌的潛在作用機制并進行初步的實驗驗證,以期為臨床使用提供依據(jù)。

        1 材料與方法

        1.1 細胞

        人非小細胞肺腺癌細胞A549,由武漢大學(xué)中國典型培養(yǎng)物保藏中心提供。

        1.2 藥物與試劑

        小檗堿(成都格利普,批號:2086-83-1),經(jīng)高效液相色譜(HPLC)分析含量為99.3%;細胞計數(shù)試劑法(CCK-8,日本同仁,CK04);RPMI1640(Gibco,YS-R1018);胎牛血清(Ausbian,VS500T/WS500T);缺口末端標(biāo)記法(TUNEL)試劑盒(Vazyme,A113-03);p53抗體(AffinityBF8013)、Bax抗體(Affinity,AF0120)、Bcl-2抗體(Affinity,AF6139)。

        1.3 主要儀器

        二氧化碳培養(yǎng)箱(上海海向,CHW-80L);電子天平(廣東鼎恒,ME104);高壓滅菌鍋(上海博迅,YXQ-50SII);酶標(biāo)儀(BIOBASE,F(xiàn)C);電泳儀(北京六一,DYY-7C)。

        1.4 方法

        1.4.1 藥物和疾病靶點的獲取和網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建 從PubChem數(shù)據(jù)庫中獲取小檗堿結(jié)構(gòu)式,導(dǎo)入Swiss TargetPrediction數(shù)據(jù)庫預(yù)測化合物的靶點。在Genecards數(shù)據(jù)庫,以“l(fā)ung cancer”為關(guān)鍵詞,獲取肺癌的靶點,導(dǎo)入Cytoscape 3.7.2軟件,構(gòu)建化合物-疾病靶點(C-T)圖和“化合物-靶點-疾病”(C-T-P)圖。將潛在靶點導(dǎo)入STRING數(shù)據(jù)庫,設(shè)定物種為“智人(homo sapiens)”,構(gòu)建蛋白互作(PPI)關(guān)系網(wǎng)絡(luò)。

        1.4.2 基因本體功能(GO)及京都基因和基因組百科全書(KEGG)通路富集分析 將上述靶基因?qū)隓AVID 6.8數(shù)據(jù)庫,設(shè)定物種為“homo sapiens”,進行GO富集分析和KEGG信號通路分析,將數(shù)據(jù)可視化。

        1.4.3 CCK-8檢測小檗堿對A549細胞增殖的抑制作用 人非小細胞肺腺癌A549采用10%血清培養(yǎng),取對數(shù)生長期細胞,接種后于37℃、5%的CO2培養(yǎng)箱中孵育,貼壁后按實驗方案操作。將A549細胞以7000個/孔接種于96孔板中,貼壁后,加入小檗堿,濃度設(shè)置為0、1、2、4、8、10、20和40 μg/ml,每組3個復(fù)孔。CCK8法檢測作用12、24、48 h后細胞的存活率。將酶標(biāo)儀設(shè)置于波長450 nm,測量各孔的吸光度(OD)值,計算細胞存活率。

        1.4.4 TUNEL法檢測小檗堿對A549細胞凋亡作用 將爬好細胞的玻片固定后,按要求進行操作,在熒光顯微鏡下觀察采集圖像。

        1.4.5 蛋白質(zhì)印跡法(Western blotting)檢測A549細胞中p53、Bax和Bcl-2蛋白表達水平 細胞接種到6孔板中,分別根據(jù)上述結(jié)果按要求在各孔加入相應(yīng)試劑,作用24 h后,棄上清液。用PBS清洗后,提取總蛋白,檢測各組細胞中p53、Bax和Bcl-2蛋白表達水平。

        1.5 統(tǒng)計學(xué)處理

        采用SPSS 26.0統(tǒng)計學(xué)軟件進行分析,數(shù)據(jù)以均數(shù)±標(biāo)準(zhǔn)差()表示,多組間比較采用單因素方差分析,P< 0.05為差異有統(tǒng)計學(xué)意義。

        2 結(jié)果

        2.1 化合物-靶點-疾病的網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建

        從數(shù)據(jù)庫中共獲取化合物靶點100個和疾病靶點23469個,得到潛在靶點92個,構(gòu)建C-T圖。將交集靶點和化合物與疾病等導(dǎo)入Cytoscape 3.7.2軟件構(gòu)建C-T-P圖。見圖1~2。

        圖1 C-T圖

        圖2 C-T-P圖

        2.2 構(gòu)建PPI蛋白網(wǎng)絡(luò)

        將92個潛在靶點導(dǎo)入STRING數(shù)據(jù)庫,得到PPI網(wǎng)絡(luò)。并將其導(dǎo)入Cytoscape 3.7.2軟件,度值高的靶點有SRC、CDC42、CDK4、CDK2、CHEK1等,推測可能是小檗堿治療肺癌過程中發(fā)揮作用的關(guān)鍵靶點。見圖3。

        圖3 蛋白-蛋白互作網(wǎng)絡(luò)圖

        2.3 靶點富集分析

        2.3.1 GO功能富集分析 將篩選出的92個潛在靶點導(dǎo)入DAVID 6.8數(shù)據(jù)庫進行GO富集分析,以P<0.05為閾值,以Count值為標(biāo)準(zhǔn)排序。生物學(xué)過程(biological process,BP)涉及蛋白質(zhì)磷酸化、信號傳導(dǎo)和藥物反應(yīng)等;細胞組分(cellular component,CC)涉及質(zhì)膜、胞漿和核質(zhì)等;分子功能(molecular function,MF)涉及蛋白質(zhì)結(jié)合、ATP結(jié)合、蛋白激酶活性等。見圖4。

        圖4 GO功能富集分析

        2.3.2 KEGG通路富集分析 通過KEGG通路富集,分析靶標(biāo)信號通路,以P< 0.01為閾值,以Count值為標(biāo)準(zhǔn)排序,相關(guān)通路包括細胞生長、分化、凋亡等。為進一步探究小檗堿與凋亡生理過程的關(guān)聯(lián)性,挑選出富集程度和凋亡過程相關(guān)度較高的通路,包括P53等信號通路,構(gòu)建化合物-靶點-通路關(guān)系。見圖5~6。

        圖5 KEGG通路富集分析

        圖6 化合物-靶點-通路分析

        2.4 小檗堿對A549細胞增殖的抑制作用

        與空白組(小檗堿濃度為0 μg/ml)比較,小檗堿干預(yù)12 h后,濃度大于10 μg/ml時A549細胞存活率顯著降低(P<0.01);干預(yù)24 h后,濃度大于2 μg/ml時A549細胞存活率顯著降低(P< 0.01),其IC50值約為8.51 μg/ml;干預(yù)48 h后,除空白組外,各濃度小檗堿作用于A549細胞后存活率顯著降低(P< 0.01),提示小檗堿對A549細胞具有顯著的增殖抑制作用。見表1。綜合考慮選擇小檗堿作用時間為24 h,作用濃度為4、8和10 μg/ml開展后續(xù)試驗。

        表1 小檗堿對A549細胞存活率的影響(%,±s)

        表1 小檗堿對A549細胞存活率的影響(%,±s)

        注 與空白組(0 μg/ml)比較,**P < 0.01

        干預(yù)時間 n 0 μg/ml 1 μg/ml 2 μg/ml 4 μg/ml 8 μg/ml 10 μg/ml 20 μg/ml 40 μg/ml 12 h 3 100.00±0.00 96.80±5.10 94.75±2.72 94.91±10.55 95.32±9.10 93.90±3.06 80.05±2.30** 63.41±1.45**24 h 3 100.00±0.00 99.31±1.41 100.95±5.23 89.45±5.65** 69.87±2.19** 55.47±0.86** 31.39±1.92** 23.14±0.68**48 h 3 100.00±0.00 85.12±0.60** 75.04±4.90**53.36±4.90** 47.67±3.02**28.767±1.15** 16.94±2.18** 18.53±0.71**

        2.5 小檗堿對A549細胞凋亡的作用

        TUNEL結(jié)果顯示,與空白組比較,小檗堿濃度為4、8和10 μg/ml時,均能顯著促進A549細胞的凋亡,且細胞凋亡促進作用與小檗堿的干預(yù)濃度相關(guān)。見圖7。

        圖7 TUNEL法檢測A549細胞凋亡(400×,熒光顯微鏡下組織切片上凋亡的細胞呈紅色熒光,細胞核呈藍色熒光)

        2.6 p53、Bax和Bcl-2的蛋白表達水平

        結(jié)果顯示,隨著小檗堿干預(yù)濃度的增大,p53和Bax蛋白的表達水平上調(diào),Bcl-2蛋白的表達水平下調(diào),差異有統(tǒng)計學(xué)意義(P< 0.01)。見圖8和表2。

        圖8 Western blotting法檢測A549細胞中p53、Bax和Bcl-2蛋白的表達

        表2 Western blotting法檢測A549細胞中p53、Bax和Bcl-2蛋白的相對表達水平(±s)

        表2 Western blotting法檢測A549細胞中p53、Bax和Bcl-2蛋白的相對表達水平(±s)

        注 與空白組(0 μg/ml)比較,**P < 0.01

        濃度(μg/ml) n p53/GAPDH Bax/GAPDH Bcl-2/GAPDH 03 0.19±0.01 0.18±0.01 0.54±0.0143 0.42±0.01** 0.31±0.01** 0.40±0.02**83 0.56±0.01** 0.37±0.04** 0.29±0.02**10 3 0.72±0.01** 0.61±0.01** 0.11±0.02**

        3 討論

        研究報道,中醫(yī)藥治療腫瘤在改善癥狀、提高生活質(zhì)量、延長生存期和縮小腫瘤大小方面作用明顯[9]。中醫(yī)藥與西藥配合使用能起到減毒增效的作用,是我國創(chuàng)新性新藥研制的重要方向,也是藥物研發(fā)的熱點[10-11]。中醫(yī)藥治療肝癌作用機制比較廣泛,抑制腫瘤細胞增殖和誘導(dǎo)細胞凋亡是其中重要的治療途徑[12-13]。本研究通過網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)分析發(fā)現(xiàn)小檗堿涉及抗腫瘤和細胞凋亡等生理過程,提示其抑制腫瘤的作用機制可能與細胞凋亡有關(guān)。實驗證實小檗堿對A549細胞的增殖具有明顯的抑制作用,且作用與濃度成正比。p53蛋白是細胞正常運行所必需的調(diào)節(jié)因子,是細胞凋亡的關(guān)鍵蛋白[14-15]。進一步研究提示,小檗堿能夠通過上調(diào)p53和Bax蛋白,下調(diào)Bcl-2蛋白的表達水平,從而起到促進細胞凋亡的作用,驗證了網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)分析結(jié)果,為小檗堿的抗腫瘤研究提供了實驗依據(jù),有進一步研究的重要價值。然而該研究僅在細胞水平,具有一定的局限性,期待在體內(nèi)研究中出現(xiàn)更高級別證據(jù),完善研究結(jié)論。

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