高 寧，黃 珍，謝水華，趙云翔，陳瑤生，劉小紅*

（1.中山大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院，廣東廣州 510006；2.廣東艾佩克科技有限公司，廣東廣州 510405；3.廣東省農(nóng)業(yè)技術(shù)推廣中心，廣東廣州 510520；4.佛山科學(xué)技術(shù)學(xué)院生命科學(xué)與工程學(xué)院，廣東佛山 528000）

全基因組選擇（Genomic Selection，GS）技術(shù)近年來在畜禽養(yǎng)殖行業(yè)已經(jīng)家喻戶曉，但受制于基因芯片檢測成本較高、基因組選擇技術(shù)平臺不完善以及育種企業(yè)對該技術(shù)的性價比了解不足等多方面因素，該技術(shù)在我國種畜禽遺傳選育中的應(yīng)用相對滯后。國際上，丹育、PIC、Topigs、加拿大種豬遺傳評估中心等先進(jìn)種豬育種實體相繼于2010—2012 年間啟動種豬全基因組選擇技術(shù)應(yīng)用，比奶牛基因組選擇晚5～7 年。根據(jù)近年來國際種豬育種企業(yè)的報告，基因組選擇技術(shù)的應(yīng)用使種豬遺傳進(jìn)展提高30%～35%，效果非常顯著。我國部分種豬育種企業(yè)通過與高校或科研機(jī)構(gòu)合作，較早地開展了部分種豬的基因組SNP 芯片檢測和相關(guān)研究，啟動了參考群構(gòu)建工作，但真正將該技術(shù)應(yīng)用于種豬選種，卻鮮見報道。

為促進(jìn)該技術(shù)在我國生豬育種中的應(yīng)用，全國生豬遺傳改良計劃領(lǐng)導(dǎo)小組于2017 年組織7 家科研單位和30 余家國家生豬核心育種場，啟動了全國生豬基因組選擇工作，標(biāo)志著我國種豬育種進(jìn)入基因組時代。經(jīng)過5 年的積累，我國生豬基因組選擇參考群構(gòu)建工作已經(jīng)取得了較好的進(jìn)展，為基因組選擇應(yīng)用于種豬遺傳改良打下堅實基礎(chǔ)?！度珖i遺傳改良計劃（2021—2035年）》提出，到2035 年，要培育區(qū)域性聯(lián)合育種實體8～10 個，預(yù)期基因組選擇技術(shù)將在區(qū)域聯(lián)合育種中發(fā)揮重要作用，其應(yīng)用效果以及在種豬聯(lián)合育種中的優(yōu)勢將得以體現(xiàn)?；诖吮尘埃N豬育種企業(yè)有必要根據(jù)自身情況，將基因組選擇技術(shù)納入公司育種方案，用該技術(shù)加快種豬遺傳進(jìn)展，同時為參與國家或區(qū)域聯(lián)合育種做好準(zhǔn)備。

1 種豬基因組選擇方案制定

1.1 基因組選擇與傳統(tǒng)育種的銜接 從技術(shù)層面來講，基因組選擇是對傳統(tǒng)BLUP 技術(shù)的升級，而非顛覆。傳統(tǒng)方法通過系譜計算個體間親緣關(guān)系，而基因組選擇采用覆蓋全基因組的遺傳標(biāo)記（通常為SNP），更準(zhǔn)確地反映了個體間的遺傳關(guān)系。育種企業(yè)以往積累的高質(zhì)量育種數(shù)據(jù)，為基因組選擇技術(shù)的應(yīng)用打下很好的基礎(chǔ)，也很容易實現(xiàn)基因組選擇技術(shù)與傳統(tǒng)育種技術(shù)的銜接，在現(xiàn)有的育種平臺下，通過對系統(tǒng)進(jìn)行升級，將基因芯片數(shù)據(jù)上傳到育種平臺，并完成質(zhì)控、填充、重編碼等過程，構(gòu)建基因組親緣關(guān)系矩陣并替代基于系譜構(gòu)建的親緣關(guān)系矩陣應(yīng)用于遺傳評估，即可完成對BLUP 技術(shù)的升級。當(dāng)然，對于沒有育種基礎(chǔ)的育種企業(yè)，直接采用基因組選擇技術(shù)搭建育種技術(shù)體系，也比傳統(tǒng)BLUP育種技術(shù)育種效率要高。

1.2 參考群建立 基因組選育參考群是指同時具有表型值和基因型的群體，參考群數(shù)據(jù)是候選群體基因組育種值估計的關(guān)鍵信息來源。參考群數(shù)據(jù)質(zhì)量、規(guī)模大小、與候選群體遺傳距離等多個因素會影響基因組選擇技術(shù)的實際應(yīng)用效果。一般而言，不同品種需要單獨(dú)建立參考群，根據(jù)當(dāng)前種豬育種企業(yè)基因組選育技術(shù)應(yīng)用經(jīng)驗，單個品種參考群積累達(dá)2 000 頭以上時，可采用基因組綜合選擇指數(shù)對候選群進(jìn)行選種選配。當(dāng)核心群體數(shù)量超過1 000 頭時，參考群構(gòu)建約需要2 年時間，如1 000 頭規(guī)模的大白豬核心群體，經(jīng)過2 年有計劃的參考群積累，即可以推進(jìn)基因組選擇技術(shù)落地應(yīng)用；當(dāng)核心群體僅有300～400 頭時，如長白豬和杜洛克等核心群規(guī)模較小的品種，基因組選育落地應(yīng)用需要積累的時間較長，可通過區(qū)域聯(lián)合育種平臺實現(xiàn)數(shù)據(jù)跨場聯(lián)合遺傳評估，加快基因組選育落地應(yīng)用。

1.2.1 育種基礎(chǔ)數(shù)據(jù)收集 基因組選擇成功應(yīng)用的前提是高質(zhì)量的育種基礎(chǔ)數(shù)據(jù)收集，主要包含以下內(nèi)容：

①種豬登記。主要包括系譜數(shù)據(jù)和性能測定數(shù)據(jù)，其中系譜數(shù)據(jù)包括耳號、品種、出生日期、性別、父母、初生重、乳頭數(shù)、遺傳缺陷等；性能測定數(shù)據(jù)包括繁殖性能測定和生長性能測定數(shù)據(jù)，如：分娩日期、總產(chǎn)總仔數(shù)、產(chǎn)活仔數(shù)、出生窩重、斷奶窩重、校正達(dá)120 kg體重日齡、校正達(dá)120 kg 體重背膘厚、30～120 kg 耗料增重比等。

②生長性能數(shù)據(jù)測定。種豬體重達(dá)到85～130 kg 范圍時進(jìn)行生長性能測定，測定終測體重、背膘、眼肌面積等，有條件的豬場可開展飼料轉(zhuǎn)化率測定。

③繁殖性能數(shù)據(jù)記錄。母豬分娩時，填寫母豬分娩登記表、后裔個體登記表，記錄母豬的繁殖數(shù)據(jù)，如：分娩日期、總產(chǎn)仔數(shù)、產(chǎn)活仔數(shù)、出生窩重、斷奶窩重等。

④屠宰性能測定。采集種豬宰前活重、胴體重、胴體長、后腿率、平均背膘厚、平均眼肌面積、肉色、大理石紋、pH 值、瘦肉率、骨率、皮率、脂肪率、系水力、肌內(nèi)脂肪含量等數(shù)據(jù)。

⑤公豬精液性狀數(shù)據(jù)記錄（備選）。記錄公豬個體號、采精日期、采精量、密度、活力、畸形率等指標(biāo)。

1.2.2 基因分型個體篩選 種豬基因組選擇參考群個體的選擇，不能只選擇性能優(yōu)秀的種豬。參考群生產(chǎn)性能數(shù)據(jù)測定個體要能夠充分代表群體的遺傳變異，才能獲得更加準(zhǔn)確的標(biāo)記效應(yīng)或者基因組遺傳參數(shù)估計值，進(jìn)而獲得準(zhǔn)確的候選群體基因組育種值，若只選擇生產(chǎn)性能優(yōu)異的種豬構(gòu)建參考群，顯然不能準(zhǔn)確反映群體遺傳變異和表型變異。為提高參考群體的使用效率，參考群個體盡量同時具備更多的生產(chǎn)性能測定數(shù)據(jù)，如生長速度、繁殖性能、飼料轉(zhuǎn)化效率等，至少也要求具有生長速度和繁殖性狀測定成績，且測定成績正常。其中，生長性能測定要求結(jié)測體重85～130 kg，校正120 kg 體重日齡為120～210 d，校正120 kg 體重背膘厚范圍為5～30 mm。繁殖性能測定要求至少有1 胎繁殖數(shù)據(jù)，總仔數(shù)范圍為3～25 頭。參考群中全同胞一般不超過3 頭。

參考群構(gòu)建完成后，候選群體基因分型的篩選方式參考如下標(biāo)準(zhǔn)。公豬：根據(jù)育種計劃、父母親指數(shù)、血統(tǒng)和EBV 挑選優(yōu)秀的前30%公豬作為送測目標(biāo)，每窩約測定1～2 頭，且要求健康、無遺傳缺陷。母豬：核心群后備母豬（生長性能測定后）全部采樣檢測，根據(jù)公司育種方向和預(yù)算決定出生小母豬是否采樣送檢，建議平均1～2 頭每窩。

1.2.3 樣品采集與基因組SNP 芯片檢測

1.2.3.1 血卡采集 ①采樣準(zhǔn)備。需要準(zhǔn)備一次性注射器及針頭、75%酒精棉球、保定器或保定繩、記號筆、采樣登記表、血卡等。

②編號核對。確定采樣編號（豬編號、性別、采集日期及其他需標(biāo)注信息），并在血卡上進(jìn)行標(biāo)識。

③采血。保定豬只，采用滅菌采血針采血。其中大豬一般通過耳緣靜脈或前腔靜脈采血，小豬一般通過前腔靜脈采血。

④血液涂卡。將血液均勻涂在血卡的點(diǎn)樣圈內(nèi)或小方格內(nèi)，以涂滿整個點(diǎn)樣圈為佳。

⑤樣本保存。采集好的血卡自然晾干3～4 h，血卡裝入自封袋常溫運(yùn)輸至檢測公司。

1.2.3.2 耳組織樣本采集 耳組織采樣可使用常規(guī)耳缺鉗或TSU 組織取樣鉗完成。其中TSU 組織取樣鉗配置的樣品管自帶編號，能夠高效、安全、準(zhǔn)確、便捷完成送測種豬耳樣組織的采取，采用類似打耳標(biāo)的方式避開大血管在耳朵邊緣采樣，TSU 取樣管保存于標(biāo)準(zhǔn)存儲架中，分裝打包后常溫運(yùn)輸至檢測公司。

1.2.3.3 樣本編號與保存 血卡：血卡一般自帶二維碼和編號，提前打印血卡編號列表用于現(xiàn)場登記種豬號。血液涂卡后分散自然晾干20 min，常溫保存運(yùn)輸。

組織樣：提前檢查取樣管編號，按順序整理管編號并打印好到現(xiàn)場登記種豬號。常溫保存運(yùn)輸。

1.2.3.4 DNA 樣本提取與SNP 芯片檢測 DNA 提取：主要包含取樣、消化、全自動核酸提取儀提取DNA、濃度檢測、凝膠電泳、DNA 保存等過程。

SNP 芯片檢測：目前國內(nèi)廣泛應(yīng)用的種豬商業(yè)化SNP 檢測芯片主要有紐勤GGP 50K SNP 芯片（GeneSeek，US）和“中芯一號”，2 款芯片包含了較大比例（約35%，共17 967 個SNP）的共有位點(diǎn)，可通過相互填充實現(xiàn)不同芯片間數(shù)據(jù)的統(tǒng)一。此外，近年來在植物上廣泛應(yīng)用的DNA 原位雜交技術(shù)（液態(tài)芯片），也開始在種豬育種中得到應(yīng)用，其較低的檢測成本、靈活的標(biāo)記密度和較高的檢測效率，在種豬育種中具有較好的應(yīng)用前景。

1.2.4 基因型數(shù)據(jù)填充 基因型填充一般有2 種情況，在種豬基因組選擇技術(shù)實施過程中均有可能涉及。第1種情況是缺失基因型的填充。SNP 分型過程中，由于樣品制備、芯片生產(chǎn)或檢測過程等環(huán)節(jié)可能出現(xiàn)異常，導(dǎo)致部分SNP 位點(diǎn)不能成功分型，表現(xiàn)在最終的芯片數(shù)據(jù)中部分位點(diǎn)或個體基因型存在不同程度的缺失。基因組育種值計算過程中，需要完整的基因型，因此需要采用Beagle等專用軟件對缺失基因型進(jìn)行推斷，這一過程稱為缺失基因型的填充。第2 種情況是不同芯片之間（低密度到高密度或SNP 芯片到序列水平）的填充。目前國內(nèi)應(yīng)用較多的豬商業(yè)化基因芯片有紐勤公司的GGP 50K SNP（GeneSeek，US）和康普森公司的“中芯一號”，此外，還有早期Illumina 60K 芯片等，因此，同一企業(yè)不同時期或不同分公司可能出現(xiàn)芯片型號或版本不統(tǒng)一的情況，為了實現(xiàn)不同型號或版本芯片數(shù)據(jù)在同一平臺下開展基因組選擇，需要將不同芯片數(shù)據(jù)進(jìn)行相互填充。此外，有條件的企業(yè)，可以基于芯片數(shù)據(jù)，篩選部分關(guān)鍵個體（建議每個品種30～50 頭）開展重測序，并基于重測序數(shù)據(jù)檢測序列水平的SNP，通過填充技術(shù)將基因芯片數(shù)據(jù)填充到序列水平，該策略能以比較經(jīng)濟(jì)的方式獲得大群體超高密度的SNP 數(shù)據(jù)，應(yīng)用于基因組選擇等。

1.3 基因芯片數(shù)據(jù)管理 樣本采集、編碼、運(yùn)輸、基因組SNP 芯片檢測和數(shù)據(jù)導(dǎo)入育種管理系統(tǒng)進(jìn)行遺傳評估最快需要15 d，評估結(jié)果即可應(yīng)用于豬場進(jìn)行選種選配。

芯片檢測完畢后，檢測公司會返回基因分型結(jié)果等數(shù)據(jù)。原始數(shù)據(jù)包括芯片檢測的光信號和芯片位置對應(yīng)表等?；蚍中徒Y(jié)果一般包括分型報告、分型質(zhì)量分析、樣本基本信息、DNA 質(zhì)檢報告及多種存儲格式的SNP基因型數(shù)據(jù)等。

根據(jù)育種信息平臺的要求，將基因型數(shù)據(jù)和樣品編號-種豬個體號對照表等資料整理后導(dǎo)入到種豬育種分析平臺。SNP 數(shù)據(jù)質(zhì)控、缺失基因型填充和重編碼等工作一般由育種信息平臺自動完成，繼而將常規(guī)育種數(shù)據(jù)與基因組育種數(shù)據(jù)相結(jié)合，進(jìn)行基因組遺傳評估并輸出評估結(jié)果。

1.4 基因組育種值估計 根據(jù)全國遺傳評估中心給出的建議，我國種豬基因組選擇采用一步法估計基因組育種值。一步法在充分利用系譜記錄、表型記錄和基因型數(shù)據(jù)的同時，可以實現(xiàn)對基因分型個體和未分型個體的遺傳評估，在豬育種中具有很大的優(yōu)越性。下面以動物模型為例，簡要概述BLUP、GBLUP、以及ssGBLUP 的關(guān)系。

基于動物模型，Henserson提出了BLUP 方法，其模型為：

在BLUP 中，個體間的親緣系數(shù)由預(yù)期的親緣關(guān)系（Expected Relationship）來確定，即父母與子女間的親緣系數(shù)為1/2，全同胞之間親緣系數(shù)為1/2，半同胞之間親緣系數(shù)為1/4 等。

GBLUP與傳統(tǒng)BLUP 的區(qū)別僅在于親緣關(guān)系矩陣構(gòu)建方式，因此很容易在原有平臺上實施GBLUP，只需將A 陣替換為G 陣即可，極大地簡化了基因組選擇的實施過程。研究表明，GBLUP 基因組選擇準(zhǔn)確性在多數(shù)性狀上明顯優(yōu)于傳統(tǒng)BLUP。

在GBLUP 中，可以通過遺傳標(biāo)記來準(zhǔn)確估計個體間的親緣系數(shù)。由于使用了覆蓋全基因組的遺傳標(biāo)記，能夠捕獲配子形成過程中的重組事件，基于遺傳標(biāo)記計算的親緣系數(shù)能更準(zhǔn)確地反映個體間真實的遺傳距離，因此也被稱為實現(xiàn)了的親緣關(guān)系。目前最常用的利用遺傳標(biāo)記構(gòu)建親緣關(guān)系矩陣的方法是VanRaden提出的，即：

其中，G 為基于遺傳標(biāo)記的親緣關(guān)系矩陣，M 為校正后的基因型矩陣，其元素為（0–2p），（1–2p）和（2–2p），分別代表3 種基因型，p為標(biāo)記的小等位基因頻率（Minor Allele Frequency，MAF）。

傳統(tǒng)BLUP 利用系譜來構(gòu)建親緣關(guān)系矩陣，而GBLUP 用標(biāo)記基因型來構(gòu)建親緣關(guān)系矩陣。通過一步法構(gòu)建親緣關(guān)系矩陣（一般用H 表示），可以同時利用系譜和基因型數(shù)據(jù)，其逆矩陣計算公式如下：

其中，A 為基于系譜的親緣關(guān)系矩陣，A為A 中有基因型個體對應(yīng)的分塊矩陣，G 為基因組親緣關(guān)系矩陣。針對部分種豬育種企業(yè)已經(jīng)積累了大量的歷史數(shù)據(jù)，但歷史個體無法獲得其遺傳物質(zhì)（無法開展SNP 芯片檢測）這一現(xiàn)實問題，一步法在我國種豬育種中具有很好的應(yīng)用前景。

1.5 參考群更新 參考群的建立不是一勞永逸的，而是需要在開展種豬基因組選擇技術(shù)應(yīng)用的同時，不斷補(bǔ)充和更新參考群。通過基因組早期選擇留測的種豬，應(yīng)保證較為優(yōu)越且盡量統(tǒng)一的飼養(yǎng)管理條件，如適宜的飼養(yǎng)密度、標(biāo)準(zhǔn)化的日糧、清潔且充足的飲水、干凈舒適的欄舍條件等，保證其各項生產(chǎn)性能充分發(fā)揮，獲得高質(zhì)量的性能測定數(shù)據(jù)。測定數(shù)據(jù)及時錄入到育種系統(tǒng)，一方面獲得更加準(zhǔn)確的遺傳評估結(jié)果，另一方面補(bǔ)充到參考群中，不斷更新參考群。

2 種豬基因組早期選擇

基因組早期選擇的主要優(yōu)勢在于種豬早期選留時，更準(zhǔn)確地選擇出遺傳潛力好的種豬。選留相同數(shù)量的種豬，通過早期選擇降低同批測定豬只數(shù)量，可大幅度降低測定成本，或者在測定設(shè)備和測定成本不增加的情況下，大大增加測定范圍。傳統(tǒng)的BLUP 方法，在完成個體登記后，也可以獲得初生個體的育種值，但由于同窩仔豬所有個體的遺傳評估信息（系譜與親屬測定成績）完全一致，同窩仔豬個體間育種值和綜合選擇指數(shù)是完全一致的，不能根據(jù)遺傳評估結(jié)果開展窩內(nèi)的早期選擇。通過基因組選擇在出生時進(jìn)行遺傳評估，由于個體間基因組信息的差異，同窩仔豬育種值和綜合選擇指數(shù)不同，可以實現(xiàn)窩內(nèi)個體間的早期選擇。

本文以某育種企業(yè)杜洛克種豬為例，模擬基因組選擇技術(shù)早期選種過程，探索基因組早期選擇的效果。以2017 年3 月至2017 年7 月出生的487 頭（全部進(jìn)行高密度基因芯片檢測）杜洛克公豬為候選群，模擬在3 個不同時間點(diǎn)，通過BLUP 和ssGBLUP 開展遺傳評估，3 個時間點(diǎn)如下：

早期選種（ST1）：遺傳評估數(shù)據(jù)截止2017 年7月31 日，候選個體本身、同胞和后裔均無測定成績。

測定后選留（ST2）：遺傳評估數(shù)據(jù)截止2018 年1 月6 日，包含候選個體本身及同胞測定成績。

后裔測定后選留（ST3）：遺傳評估數(shù)據(jù)截止2019年11 月29 日，包含候選個體本身、同胞及其后裔測定成績。

如圖1 所示，分別在3 個時間點(diǎn)采用BLUP 和ssGBLUP 開展遺傳評估，依據(jù)BLUP 父系指數(shù)和ssGBLUP 父系指數(shù)進(jìn)行3 個時間點(diǎn)的模擬留種。其中，基于2019 年11 月29 日（ST3）的基因組選擇遺傳評估結(jié)果進(jìn)行選種，因為包含了候選群本身、同胞及其后裔測定數(shù)據(jù)和基因組數(shù)據(jù)，遺傳評估準(zhǔn)確性最高（圖2），可作為留種的最佳標(biāo)準(zhǔn)用來評價早期留種的準(zhǔn)確性。采用各階段育種值估計可靠性和頂級公豬選中比例來評價各階段選種的準(zhǔn)確性。

圖1 不同模擬選留階段數(shù)據(jù)情況

頂級公豬選中比例：以2019 年11 月29 日ssGBLUP遺傳評估結(jié)果為金標(biāo)準(zhǔn)，選出前5%、10%、20%、30%的種豬，然后評估BLUP 和ssGBLUP 早期選擇在不同留測比例下選中頂級公豬的比例。其中留測比例定義為在斷奶前根據(jù)遺傳評估結(jié)果進(jìn)行預(yù)選留，并對預(yù)選留的小種豬開展保育育肥和性能測定的種豬所占比例，模擬預(yù)選留過程中未選上的仔豬不進(jìn)行育肥和性能測定。

無論在哪個時間段開展遺傳評估，基因組育種值可靠性總是高于BLUP 育種值，且隨著時間推移，增加候選個體本身、同胞及其后代的測定成績后，可明顯提高候選個體育種值可靠性（圖2）。但相比于ST1，BLUP 和ssGBLUP 在ST2 和ST3 2 個階段的育種值可靠性差距下降。在仔豬出生時（ST1），ssGBLUP 基因組育種值的可靠性大大超過BLUP 育種值，表明如果在出生時進(jìn)行早期選擇，ssGBLUP 基因組選擇估計育種值較BLUP 育種值更加可靠。

圖2 不同時間點(diǎn)BLUP 和ssGBLUP 育種值估計可靠性

圖3 展示了以ST3 選留結(jié)果為金標(biāo)準(zhǔn)，不同留種率（5%、10%、20%和30%）需求下，EBV 指數(shù)和GEBV指數(shù)早期選擇（ST1）的頂級公豬選中比例與ST1 留測比例的變化關(guān)系。如圖3 所示，基于BLUP 在ST1 進(jìn)行早期選擇，需要很大的留測比例（90%或以上）才能以較高的概率（80% 以上）選出頂級公豬，這實際上失去了早期選擇的意義。而基于ssGBLUP 進(jìn)行早期選擇，只需根據(jù)評估結(jié)果在斷奶前預(yù)選排名靠前的55%小公豬開展育肥和性能測定，即可準(zhǔn)確選出top5% 和top10% 的種豬，降低45% 的公豬測定量。當(dāng)留種率為5%或10%時，BLUP 指數(shù)早期選擇準(zhǔn)確性遠(yuǎn)遠(yuǎn)低于ssGBLUP，一方面是因為ssGBLUP 育種值估計準(zhǔn)確性高于BLUP，另一方面則是因為ssGBLUP 可以識別出同窩仔豬中的優(yōu)秀個體，而根據(jù)BLUP 指數(shù)進(jìn)行早期選擇，則基本上都是整窩留測或者整窩淘汰，因此在早期選出頂級公豬的準(zhǔn)確性會遠(yuǎn)遠(yuǎn)低于ssGBLUP。留種率增加到20%，則需要在斷奶前根據(jù)ssGBLUP 評估結(jié)果預(yù)選留更大比例（85%）的小公豬，才能有效選出所需的頂級公豬；而要想準(zhǔn)確選出所有top30%的公豬，幾乎需要對所有候選公豬進(jìn)行測定，即無法開展早期選擇。

圖3 早期選擇（ST1）留測比例與頂級種豬選中比例變化關(guān)系

綜上所述，候選個體出生時，采用基因組選擇技術(shù)開展遺傳評估，ssGBLUP 育種值可靠性遠(yuǎn)大于BLUP育種值。通過基因組綜合選擇指數(shù)開展早期選擇，在降低45% 測定量的情況下，依然能準(zhǔn)確選出top5% 和top10% 的公豬，表明可以通過基因組早期選擇，同時達(dá)到準(zhǔn)確選出頂級公豬和降低測定量的雙重目標(biāo)。但隨著目標(biāo)留種率的提高，需要大大增加測定量，才能保證準(zhǔn)確選出所有頂級公豬。

3 總結(jié)

基因組選擇已經(jīng)成為我國種豬遺傳改良的一項關(guān)鍵技術(shù)，近幾年的推廣應(yīng)用已經(jīng)取得一定的成效。通過制定合理的基因組選擇方案，可快速推動該項技術(shù)在集團(tuán)化種豬育種企業(yè)的落地應(yīng)用。在技術(shù)層面，基因組選擇可以與傳統(tǒng)育種技術(shù)和遺傳評估平臺實現(xiàn)很好的銜接，傳統(tǒng)育種扎實的數(shù)據(jù)基礎(chǔ)是開展基因組選擇技術(shù)應(yīng)用并取得預(yù)期效果的重要保障。在種公豬早期選擇與留測方面，通過基因組綜合選擇指數(shù)開展早期選擇，在斷奶前閹割基因組綜合選擇指數(shù)排名靠后的45%小公豬的情況下，依然能準(zhǔn)確選出top5%和top10%的公豬，表明通過基因組早期選擇，可以在保證選出優(yōu)秀公豬的同時，大大降低公豬選育成本。