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        基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究黃芩治療慢性乙型病毒性肝炎的作用機(jī)制

        2022-06-08 07:10:22孟祥云丁瑞潔李明芳段賢春
        關(guān)鍵詞:數(shù)據(jù)庫(kù)

        胡 泊, 孟祥云, 丁瑞潔, 李明芳, 段賢春

        (1.安徽醫(yī)科大學(xué)附屬合肥市第二人民醫(yī)院,合肥 230001; 2. 合肥市蜀山區(qū)小廟鎮(zhèn)中心衛(wèi)生院,合肥 230012;3.安徽中醫(yī)藥大學(xué)第一附屬醫(yī)院藥學(xué)部,合肥 230031)

        慢性乙型病毒性肝炎(CHB)是我國(guó)常見傳染性疾病,一般以惡心、乏力、肝功能異常等臨床表現(xiàn)為主。該病治療周期長(zhǎng),若治療不當(dāng)最終可發(fā)展為肝硬化甚至肝癌。2014 年我國(guó)1~27 歲乙肝病毒易感染人群流行病學(xué)調(diào)查顯示,國(guó)內(nèi)該年齡段乙肝病毒易感人群構(gòu)成比約35%,其中5~14歲年齡段有乙肝病毒疫苗史者的構(gòu)成比較2006年提高了約8%[1],這得益于我國(guó)長(zhǎng)期以來對(duì)該病實(shí)施預(yù)防為主、防治結(jié)合的應(yīng)對(duì)策略[2]。目前我國(guó)CHB 患者約有7 000 萬例[3]。西醫(yī)治療CHB 以抗病毒為主,通常使用干擾素或核苷類藥物,但存在藥物治療效果差、不良反應(yīng)大、容易產(chǎn)生耐藥性等缺點(diǎn)[4-5]。中醫(yī)認(rèn)為該病病因病機(jī)主要是疫毒、濕熱、正虛、肝郁,故應(yīng)該采取疏肝理氣、清化濕熱的治療方法[6]。

        中藥黃芩為唇形科多年生草本植物黃芩(Scutellaria baicalensis Georgi)的干燥根,具有清熱燥濕、瀉火解毒的功效,主要產(chǎn)自我國(guó)黑龍江,遼寧等地區(qū)[7]。《神農(nóng)本草經(jīng)》中稱黃芩“味苦、性寒、主治諸熱黃疸”,《雷公藥性賦》中稱其“治諸熱、兼主五淋”。傳統(tǒng)中醫(yī)學(xué)認(rèn)為黃芩對(duì)多種疾病均具有明顯治療效果,但因治療疾病的藥物活性成分和作用機(jī)制不明確,在一定程度上限制了該藥的應(yīng)用。

        網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)是系統(tǒng)生物學(xué)的重要組成部分,是研究多靶點(diǎn)干預(yù)疾病網(wǎng)絡(luò)以達(dá)到理想藥物治療效果的理論[8]?;驹硎峭ㄟ^藥代動(dòng)力學(xué)相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)和分析平臺(tái),采用現(xiàn)在計(jì)算機(jī)分析技術(shù)構(gòu)建“藥物成分-疾病-基因”關(guān)系網(wǎng),明確藥物所含有的多種成分是通過哪種手段和途徑對(duì)疾病產(chǎn)生了治療作用,最終為臨床降低藥物不良反應(yīng)以及新藥研發(fā)等提供參考意見。本文運(yùn)用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的研究方法,探討黃芩治療CHB 的活性成分及其可能的作用機(jī)制,以期為深入研究和提高臨床用藥價(jià)值提供線索。

        1 研究方法

        1.1 篩選藥物活性成分

        對(duì)藥物而言,人體內(nèi)吸收、分布、代謝及排泄是四個(gè)最重要的藥物代動(dòng)力學(xué)過程。中藥的入血成分是中藥有效成分的體現(xiàn)[9]。本課題組選擇能夠評(píng)價(jià)藥物口服吸收入血速度、程度的生物利用度(OB)和能夠體現(xiàn)化合物、已知藥物相似度的類藥性(DL)這兩個(gè)指標(biāo),通過中藥系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)與分析平臺(tái)(TCMSP)對(duì)黃芩中活性成分進(jìn)行篩選。具體要求為生物利用度(OB)>30%,類藥性(DL)>0.18[10]。

        1.2 篩選藥物和疾病的共有靶基因

        通過中藥系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)與分析平臺(tái)(TCMSP)數(shù)據(jù)庫(kù)[11]收集黃芩活性成分靶點(diǎn),用Uniport 數(shù)據(jù)庫(kù)(http://associazione-uniport.org/)對(duì)其靶基因進(jìn)行標(biāo)注。通過Genecards 數(shù)據(jù)庫(kù)(https://www.genecards.org/)和Omim 數(shù)據(jù)庫(kù)(https://www.omim.org/)收集人CHB 靶基因,將二者比較后提取相同靶基因。

        1.3 構(gòu)建“藥物成分-疾病-靶點(diǎn)”關(guān)系圖

        將收集到藥物活性成分及共有靶基因等信息輸入可圖形化分析軟件Cytoscape 3.6.1[12]中建立“藥物成分-疾病-靶點(diǎn)”關(guān)系圖。

        1.4 繪制蛋白互作網(wǎng)絡(luò)圖

        在String 11.0[13]數(shù)據(jù)庫(kù)(https://string-db.org/cgi/input.pl)中,以人類(Homo Sapiens)為背景,將收集到的藥物-疾病共有靶基因信息輸入其中,繪制蛋白互作網(wǎng)絡(luò)(PPI)。PPI 中的節(jié)點(diǎn)(Node)代表基因或者蛋白,節(jié)點(diǎn)之間的相互作用以邊(Edge)來體現(xiàn),與某單個(gè)節(jié)點(diǎn)相互作用的節(jié)點(diǎn)總數(shù)稱為度(Degree)。

        1.5 GO 富集分析和KEGG 富集分析

        為了研究藥物活性成分在治療疾病時(shí)參與的生物學(xué)過程和作用通路,本課題組把該藥物-疾病共有靶基因ID 列表輸入到程序(版本號(hào)3.6.2)中使用Bioconductor 平臺(tái)(https://www.bioconductor.org/)提供的生物信息分析程序包,以P<0.05和Q<0.05 為條件進(jìn)行GO 和KEGG 富集分析,并將分析結(jié)果進(jìn)行圖文展示。

        2 結(jié)果

        2.1 藥物活性成分篩選結(jié)果

        按照OB>30%及DL>0.18 的篩選標(biāo)準(zhǔn),從TCMSP 數(shù)據(jù)庫(kù)中共篩選出黃芩活性成分36 種,后期又發(fā)現(xiàn)有4 種化合物靶點(diǎn)與目標(biāo)疾病相關(guān)基因無交集,故最終確定32 種活性化合物,見表1。

        表1 黃芩活性成分

        2.2 藥物-疾病共有靶基因預(yù)測(cè)

        從TCMSP 數(shù)據(jù)庫(kù)中得到了黃芩有效成分的靶點(diǎn)96 個(gè),用Uniport 數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)這96 個(gè)靶點(diǎn)進(jìn)行相應(yīng)靶基因的標(biāo)注。通過Genecards 和Omim數(shù)據(jù)庫(kù)以“chronic viral hepatitis B”為關(guān)鍵詞共得到人類CHB 相關(guān)基因6 388 個(gè)。將二者取交集最終得到黃芩和CHB 共有靶基因NOS2、PTGS1 等共計(jì)85 個(gè)。

        2.3 “藥物成分-疾病-靶點(diǎn)”可視化網(wǎng)絡(luò)

        通過Cytoscape 3.6.1 程序建立黃芩-CHB 的“藥物成分-疾病-靶點(diǎn)”可視化網(wǎng)絡(luò)圖(圖1),并使用程序自帶的“NetworkAnalyzer”工具對(duì)其進(jìn)行分析。分析結(jié)果中包含各網(wǎng)絡(luò)節(jié)點(diǎn)的度值(Degree)。度值的大小反映了該節(jié)點(diǎn)在“藥物成分-疾病-靶點(diǎn)”可視化網(wǎng)絡(luò)圖中的重要程度。度值越大,說明越可能是黃芩治療CHB 中的重要靶基因或活性分子。度值排名前10 的基因和藥物活性分子見表2。

        表2 排名前10 位的基因及活性成分的度值

        圖1 “藥物成分-疾病-靶點(diǎn)”可視化網(wǎng)絡(luò)圖

        2.4 蛋白互作網(wǎng)絡(luò)圖(PPI)的構(gòu)建

        以人類為背景,設(shè)最低蛋白互作值>0.9 為前提條件,將前述收集到的藥物-疾病共同靶基因信息輸入String 11.0 數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行PPI 網(wǎng)絡(luò)的繪制(圖2)。該網(wǎng)絡(luò)圖中共有節(jié)點(diǎn)85 個(gè),邊302條,平均節(jié)點(diǎn)度為7.11。以每個(gè)節(jié)點(diǎn)的鄰接節(jié)點(diǎn)數(shù)目為橫坐標(biāo),選取鄰接節(jié)點(diǎn)數(shù)排名前20 的節(jié)點(diǎn)繪制條形圖(圖3)。這20 個(gè)節(jié)點(diǎn)所代表的靶基因有可能是參與黃芩治療CHB 的關(guān)鍵基因,大部分都與機(jī)體炎癥反應(yīng)相關(guān)。

        圖2 黃芩-慢性乙型病毒性肝炎的PPI 網(wǎng)絡(luò)圖

        圖3 關(guān)鍵基因的柱狀圖

        2.5 GO 功能富集分析結(jié)果

        使用R 語言程序?qū)S芩和CHB 的共有靶基因進(jìn)行GO 富集分析,并將結(jié)果可視化(圖4)。GO富集分析得到132 種基因功能。按Q-Value 對(duì)這些功能進(jìn)行從小到大排列,排名前5 位的生物學(xué)功能依次為細(xì)胞核受體活性、轉(zhuǎn)錄因子活性、直接配體調(diào)節(jié)序列特異性DNA 結(jié)合、類固醇激素受體活性與RNA 聚合酶Ⅱ轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合以及與血色素結(jié)合。GO 富集分析結(jié)果提示黃芩通過多種生物學(xué)功能協(xié)同作用對(duì)CHB 產(chǎn)生出治療效果。

        圖4 黃芩-慢性乙型病毒性肝炎的GO 富集分析結(jié)果

        2.6 KEGG 通路富集分析結(jié)果

        在P<0.05,Q<0.05 的前提下,得到了124 條KEGG 通路并可視化(圖5)。對(duì)這些通路按照Q從小到大排列,排名前5 位的通路分別是糖尿病并發(fā)癥中的AGE-RAGE 信號(hào)通路、卡波西氏肉瘤相關(guān)皰疹病毒感染、乙型肝炎、人巨細(xì)胞病毒感染以及IL-17 信號(hào)通路。上述通路可能是黃芩對(duì)CHB 發(fā)揮治療作用的關(guān)鍵通路。

        圖5 黃芩-慢性乙型病毒性肝炎的KEGG 富集分析結(jié)果圖

        3 討論

        有研究[14]證實(shí)CHB 的肝細(xì)胞傷害并不完全在于乙肝病毒的直接作用,機(jī)體對(duì)乙肝病毒的免疫應(yīng)答是其中一個(gè)重要因素。通過分析,本課題組發(fā)現(xiàn)黃芩所含有的漢黃芩素(Wogonin)、黃芩素(Baicalein)、β-谷甾醇(Beta-sitosterol)、豆甾醇(Stigmasterol)等藥物活性分子是黃芩治療慢性乙型病毒性肝炎的關(guān)鍵成分。丙二醛是細(xì)胞脂質(zhì)過氧化的終產(chǎn)物,其細(xì)胞內(nèi)含量可間接反映細(xì)胞損傷的程度。國(guó)內(nèi)外研究[15-16]發(fā)現(xiàn)CHB 患者體內(nèi)的丙二醛水平明顯高于正常人。豆甾醇能夠降低CHB 患者體內(nèi)的丙二醛水平[17],有利于保護(hù)受損的肝細(xì)胞。β-谷甾醇在抑制脂質(zhì)過氧化的同時(shí)可降低血清總膽固醇和低密度脂蛋白的水平[18],同樣能起到保護(hù)受損肝細(xì)胞的作用。

        黃芩素和漢黃芩素都是黃芩中重要的黃酮類成分。有研究[19]表明這兩種物質(zhì)均能抑制對(duì)恩替卡韋耐藥的乙肝病毒的DNA、HBsAg 及cccD NA,二者聯(lián)用則效果更佳[20]。黃芩素在動(dòng)物體內(nèi)可迅速轉(zhuǎn)化為黃芩苷及其他代謝物[21]。黃芩苷因具有酚羥基結(jié)構(gòu),不僅能夠抑制體內(nèi)自由基脂質(zhì)過氧化反應(yīng),還可以減少乙肝病毒的復(fù)制和傳播[22]。目前國(guó)內(nèi)已經(jīng)出現(xiàn)采用黃芩苷為主要成分的中藥制品用于急慢性肝炎的輔助治療,如黃芩苷膠囊、茵梔黃顆粒等。2018 年版慢性乙型肝炎中醫(yī)診療指南還將茵梔黃顆粒作為濕熱蘊(yùn)結(jié)型慢性乙型肝炎治療推薦用藥[23]。黃新造等[24]發(fā)現(xiàn)肝蘇膠囊治療HBV 時(shí)聯(lián)用黃芩苷膠囊可以降低患者的HBV-DNA 水平,減輕肝臟纖維化的程度,效果優(yōu)于單一用藥。劉仁偉等[25]使用胸腺法新聯(lián)合黃芩苷膠囊治療HBV 亦得到與之相似的治療效果。漢黃芩素的活性代謝產(chǎn)物漢黃芩素苷(Wogonoside)對(duì)CHB 病毒也具有較強(qiáng)的抑制作用[26]。

        本研究中“藥物成分-疾病-靶點(diǎn)”網(wǎng)絡(luò)圖以及PPI 網(wǎng)絡(luò)圖均顯示PTGS2、AKT1 和SCN5A 等靶點(diǎn)參與了黃芩治療CHB 的過程。絲氨酸/蘇氨酸激酶B(AKT)是糖代謝的關(guān)鍵調(diào)控因子,由AKT1、AKT2 和AKT3 三個(gè)亞基組成,可間接調(diào)控核苷酸合成的重要原料5-磷酸核糖的生成。實(shí)驗(yàn)證實(shí)AKT 的活性與乙肝病毒DNA 在肝細(xì)胞中的載量呈正相關(guān)[27],提示使用AKT 抑制劑可減少病毒的復(fù)制和傳播。花生四烯酸(AA)代謝途徑可產(chǎn)生多種物質(zhì)誘導(dǎo)炎癥因子的生成和釋放。前列腺素內(nèi)過氧化物合酶2(PTGS2)是AA 代謝途徑中AA 轉(zhuǎn)化為前列腺素的限速酶,因此抑制PTGS2的活性有助于減輕炎癥因子對(duì)肝細(xì)胞的破壞。此外PTGS1、RELA、IL-6 等因子也是機(jī)體炎癥反應(yīng)中的重要參與者。黃芩對(duì)AA 代謝途徑多個(gè)環(huán)節(jié)具有明顯抑制作用[28]。維持機(jī)體抑炎因子和致炎因子的平衡可能是黃芩減少肝細(xì)胞損傷的重要手段。

        GO 和KEGG 富集分析結(jié)果顯示了黃芩的多種途徑治療CHB 的特點(diǎn),IL-17 通路是其中之一。有實(shí)驗(yàn)[29]證實(shí)IL-17 可通過輔助性T 細(xì)胞17(TH17)分泌。它作為促炎因子之一,參與了CHB的炎癥過程。在慢性肝病發(fā)展的過程中,IL-17 的血清水平與肝臟的損傷程度呈正相關(guān)[30],降低血清IL-17 水平亦能夠起到保護(hù)肝細(xì)胞的作用[31]。

        綜上所述,黃芩對(duì)CHB 的治療作用體現(xiàn)了中藥多成分、多靶點(diǎn)、多途徑綜合治療疾病的特點(diǎn),這些成分和靶點(diǎn)的發(fā)現(xiàn)為下一步通過體內(nèi)外實(shí)驗(yàn)論證本文的研究成果提供了有力的理論和數(shù)據(jù)支持。

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