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        黃瓜疫霉菌拮抗內(nèi)生細(xì)菌的篩選與鑒定

        2022-06-07 01:59:40梁樂(lè)霞宣倩倩郭慧瀅周志國(guó)孫澤敏左國(guó)才
        廣東農(nóng)業(yè)科學(xué) 2022年4期
        關(guān)鍵詞:疫霉內(nèi)生霉菌

        鄭 京,梁樂(lè)霞,宣倩倩,郭慧瀅,周志國(guó),孫澤敏,左國(guó)才

        (1.廊坊師范學(xué)院生命科學(xué)學(xué)院,河北 廊坊 065000;2.北京理工大學(xué)生命學(xué)院,北京 100081)

        【研究意義】疫霉菌在全球廣泛分布,包括一些破壞性侵染重要作物和森林的毀滅性病原體。卵菌綱霜霉目腐霉科疫霉屬Phytophthora[1-2]是植物病原菌中危害最大的屬之一,其中肉桂疫霉菌(Phytophthora cinnamomi)是世界上最具毀滅性的植物病原菌之一[3-4]。本研究涉及到的掘氏疫霉菌(Phytophthora drechsleri)具短絨毛狀氣生菌絲體,這種氣生菌絲體能夠引起黃瓜疫病(Epidemic Disease,簡(jiǎn)稱(chēng)ED)的發(fā)生。ED 是一種土傳病害,具有較強(qiáng)的毀滅性。黃瓜在感染掘氏疫霉菌后,發(fā)病兇猛,擴(kuò)散迅速,在世界范圍內(nèi)引起嚴(yán)重危害,然而利用植物內(nèi)生菌(endophyte)與植物的互作可以防治這種病害。植物內(nèi)生菌是微生物學(xué)和植物微生態(tài)學(xué)的交叉研究領(lǐng)域,有著很好的發(fā)展前景。目前“資源節(jié)約,環(huán)境友好”已經(jīng)成為產(chǎn)業(yè)發(fā)展主流,植物內(nèi)生菌的研究已經(jīng)成為生態(tài)農(nóng)業(yè)發(fā)展的重要方向,該領(lǐng)域的相關(guān)研究成果不僅在微生物基礎(chǔ)研究方面具有十分重要的理論價(jià)值,而且在解決人口過(guò)快增長(zhǎng)、資源短缺、環(huán)境污染和農(nóng)業(yè)可持續(xù)性發(fā)展等方面也具有重要的實(shí)踐意義。

        【前人研究進(jìn)展】20 世紀(jì)40 年代末,日本的黃瓜被一種疫霉菌所侵染,發(fā)生了腳腐病,經(jīng)Katsura 實(shí)地仔細(xì)觀察和深入研究,將該疫霉菌認(rèn)定為一種霉菌新種(命名為Phytophthora melonisKatsura)。1970 年代,我國(guó)的黃瓜也大面積遭遇疫病,南京農(nóng)學(xué)院植物病理教研組陸家云等對(duì)侵染我國(guó)黃瓜的疫霉屬真菌進(jìn)行了生物學(xué)及分類(lèi)學(xué)研究,表明Phytophthora melonis和Phytophthora drechsleri之間的差異極小,只是Phytophthora melonis的致病性?xún)H限于葫蘆科植物,因此認(rèn)為可以將原來(lái)在黃瓜上鑒定的病原菌重新鑒定為Phytophthora drechsleri[5]。之后便有研究者開(kāi)始利用生物方法防治由該病原菌引起的疫病。Kim等從土壤中分離得到176 株菌株,其中49 株對(duì)Phytophthora drechsleri有拮抗作用,最明顯的為腸桿菌Enterobacter asburiae[6]。疫霉菌通常有著廣泛的寄主,除黃瓜外還有辣椒、大豆等。有研究者將多粘類(lèi)芽孢桿菌進(jìn)行固體發(fā)酵制成肥料用于防治辣椒疫霉病[7]。也有研究者從基因水平上篩選出抗大豆疫霉病的基因,種植含有抗病基因的大豆品種從而預(yù)防大豆疫病的發(fā)生[8]。

        【本研究切入點(diǎn)】21 世紀(jì)以來(lái),生物防治逐漸成為熱點(diǎn)。由于生存形式獨(dú)特,植物內(nèi)生菌逐漸被專(zhuān)家們廣泛關(guān)注。通過(guò)后續(xù)深入研究發(fā)現(xiàn),植物內(nèi)生菌能產(chǎn)生水解酶、植物生長(zhǎng)調(diào)節(jié)劑、抗菌物質(zhì)等多種化合物,以增強(qiáng)植物抗病能力,促進(jìn)植物快速生長(zhǎng)[9-10]。植物內(nèi)生菌還可使植物天然定殖,且能夠在植物體內(nèi)穩(wěn)定生存下來(lái)。因此,利用植物內(nèi)生菌這種手段會(huì)使防治效果更加穩(wěn)定、持久且無(wú)污染?!緮M解決的關(guān)鍵問(wèn)題】本研究的植物內(nèi)生細(xì)菌分離篩選自黃瓜葉片,通過(guò)平板對(duì)峙法和發(fā)酵液拮抗法篩選出對(duì)掘氏疫霉菌具有拮抗作用的內(nèi)生細(xì)菌并對(duì)其進(jìn)行鑒定。分析此內(nèi)生細(xì)菌對(duì)掘氏疫霉菌的拮抗作用,為進(jìn)一步開(kāi)展理論研究和應(yīng)用提供材料。

        1 材料與方法

        1.1 試驗(yàn)材料

        黃瓜(中農(nóng)26 號(hào),由中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院蔬菜花卉研究所研制)葉片于2021 年6 月25 日采自天津市武清區(qū)下朱莊。

        掘氏疫霉,目前存于本實(shí)驗(yàn)室,于2021 年6 月15 日由北京理工大學(xué)生命學(xué)院馮永君先生惠贈(zèng)。

        NA 培養(yǎng)基:1.5 g 牛肉膏、5.0 g 蛋白胨、7.5 g NaCl,加入去離子水定容至500 mL,調(diào)節(jié)pH 值至7.2~7.4,加入7.5 g 瓊脂混勻;121℃條件下蒸汽滅菌20 min。

        PDA 培養(yǎng)基:100.0 g 除去表皮的馬鈴薯塊、10.0 g 葡萄糖、7.5 g 瓊脂,加去離子水至500 mL;115℃、0.1 MPa 條件下蒸汽滅菌30 min。

        1.2 試驗(yàn)方法

        1.2.1 內(nèi)生菌的分離和初步鑒定 2021 年6 月27日于廊坊師范學(xué)院生命科學(xué)學(xué)院實(shí)驗(yàn)教學(xué)中心開(kāi)始展試驗(yàn)。

        取黃瓜葉片,清理表面并洗凈吸干。對(duì)進(jìn)行了初步處理的黃瓜葉片的表面完成相關(guān)消毒處理,具體操作為:(1)將濃度為75%的乙醇浸泡黃瓜葉片60 s;(2)將濃度為2.5%的次氯酸浸泡黃瓜葉片5 min;(3)將濃度為75%的乙醇沖洗黃瓜葉片30 s;(4)使用無(wú)菌水反復(fù)沖洗黃瓜葉片5 次;(5)為了檢查黃瓜葉片表面是否已徹底消毒,取最后一次洗滌水100 μL,涂布到NA 平板;(6)在超凈工作臺(tái)中取經(jīng)過(guò)處理的黃瓜葉片(對(duì)角線(xiàn)處)1 g 放入研缽,并且加入9 mL 無(wú)菌水,研磨至勻漿;(7)靜置20 min 后,設(shè)置3 個(gè)試驗(yàn)處理,每個(gè)處理3 次重復(fù),分別取100 μL 稀釋液(按3 個(gè)稀釋濃度梯度),涂布NA 平板后置于30 ℃恒溫培養(yǎng)箱中2 d 左右。

        根據(jù)待檢菌株的鏡檢特征、革蘭氏染色反應(yīng)、菌落排列方式和菌落形態(tài)特征等進(jìn)行初步篩選,篩選出存在比較明顯差異的菌落,將篩選出的菌落采用平板劃線(xiàn)法進(jìn)行3 次純化操作,純化后,再使用甘油管進(jìn)行冷凍,保存?zhèn)溆谩?/p>

        1.2.2 拮抗內(nèi)生菌的篩選與拮抗作用測(cè)定 平板對(duì)峙法:取掘氏疫霉菌接種至PDA 平板,置于28 ℃恒溫培養(yǎng)箱中48 h 左右,直至菌絲生長(zhǎng)至鋪滿(mǎn)平板(達(dá)到生長(zhǎng)旺盛),在平板邊緣取直徑為6 mm 的菌絲塊,置于距離中央等距打有4 孔的空白PDA 平板中央,在其中的1 個(gè)孔中滴加NA 液體培養(yǎng)基100 μL 作為空白陰性對(duì)照,剩下3 孔作為試驗(yàn)處理,分別滴加100 μL 待測(cè)內(nèi)生細(xì)菌培養(yǎng)液(1 × 108CFU/mL 濃度);同時(shí)設(shè)置1 個(gè)中央接種菌絲塊但不打孔接種待測(cè)細(xì)菌的空白PDA 平板作為掘氏疫霉菌菌絲生長(zhǎng)距離的對(duì)照。在30 ℃恒溫培養(yǎng)箱中培養(yǎng),直至掘氏疫霉菌菌絲生長(zhǎng)距離徹底滿(mǎn)過(guò)對(duì)照孔并延伸至平板邊沿,每個(gè)處理3 次重復(fù),計(jì)算菌絲生長(zhǎng)抑制率:

        發(fā)酵液拮抗法:將待測(cè)菌株活化后接種至NA液體培養(yǎng)基中,恒溫?fù)u床培養(yǎng)(30℃,2.67 r/s)5 d 后,吸取適量培養(yǎng)液用過(guò)濾器(0.22 μm)過(guò)濾,在16 mL 溫?zé)岬腜DA 培養(yǎng)基中加入4 mL 濾液(同時(shí)作為陰性對(duì)照設(shè)置添加4 mL 無(wú)菌水處理)充分混合均勻后倒平板,在平板中央接種直徑為6 mm的掘氏疫霉菌菌絲塊,移入30 ℃恒溫培養(yǎng)箱中倒置培養(yǎng),每個(gè)處理3 次重復(fù),計(jì)算抑菌率:

        1.2.3 拮抗內(nèi)生菌的分子鑒定

        在液體NA 培養(yǎng)基中接種待測(cè)拮抗細(xì)菌,置恒溫?fù)u床(30℃,2.67 r/s)培養(yǎng)至對(duì)數(shù)生長(zhǎng)期,取培養(yǎng)液利用天根生化科技有限公司生產(chǎn)的細(xì)菌基因組DNA 提取試劑盒提取細(xì)菌基因組DNA,以待測(cè)菌株基因組DNA 為模板,采用引物(27f:5′-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3′;1492r:5′-GGTTACCTTGTTACGACTT-3′) 擴(kuò)增其16S rDNA 序列。

        PCR 反應(yīng)體系:30 μL 2×PCR Buffer,引物各3 μL,9 μL DNA 模板,超凈水補(bǔ)足至60 μL;PCR擴(kuò)增程序如下:94℃ 10 min;94℃ 45 s,55℃ 45 s,72℃ 90 s,30 個(gè)循環(huán);72℃延伸10 min。

        PCR產(chǎn)物回收后用pMD18-T載體進(jìn)行T連接,提取重組質(zhì)粒測(cè)序(蘇州金唯智生物科技有限公司)。

        將所獲序列導(dǎo)入NCBI 數(shù)據(jù)庫(kù)(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)中的BLAST 查詢(xún)系統(tǒng)進(jìn)行比對(duì)分析,用CLUSTAL_X 程序?qū)δ繕?biāo)菌株及相關(guān)菌株16S rDNA 序列進(jìn)行處理獲得ALN 文件,然后用MEGA 7 軟件對(duì)ALN 文件進(jìn)行轉(zhuǎn)化,最后進(jìn)行分類(lèi)分析、數(shù)據(jù)距離度量和系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)的構(gòu)建(鄰域連接法Neighbor-Jioning,NJ)。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 黃瓜葉內(nèi)生菌的分離與初步鑒定

        以黃瓜葉片為原材料,進(jìn)行內(nèi)生菌分離與純化操作,根據(jù)待測(cè)菌株的鏡檢、革蘭氏染色反應(yīng)、菌落排列方式和菌落形態(tài)等差異,獲得32 株內(nèi)生細(xì)菌編號(hào)為CL1~CL3,其中革蘭氏陰性桿菌10 株、革蘭氏陽(yáng)性桿菌13 株、革蘭氏陽(yáng)性球菌9 株。

        2.2 掘氏疫霉菌拮抗內(nèi)生菌的篩選

        以分離得到的32 株黃瓜內(nèi)生細(xì)菌為材料,利用平板對(duì)峙法進(jìn)行相關(guān)拮抗試驗(yàn),發(fā)現(xiàn)8 株對(duì)掘氏疫霉有較強(qiáng)抑制作用的拮抗菌株(表1),菌絲抑制率為10.3%~54.3%,抑菌半徑為1~7 mm;抑菌效果較好的菌株有3 株分別為CL7、CL9 和CL15,抑菌半徑及菌絲抑制率分別為:6 mm,45.2%;7 mm,54.3%;6 mm,40.2%。

        表1 抗掘氏疫霉內(nèi)生拮抗菌的抑菌半徑和菌絲抑制率Table 1 Inhibition radius and mycelial inhibition rate of endophytic antagonists against Phytophthora drechsleri

        圖1 展示了具有較強(qiáng)抑制作用的3 株拮抗菌株,從圖1 可以看出3 株拮抗菌均能有效抑制掘氏疫霉的生長(zhǎng)。

        圖1 黃瓜內(nèi)生細(xì)菌對(duì)掘氏疫霉平板對(duì)峙實(shí)驗(yàn)的結(jié)果Fig.1 Results of plate confrontation experiment of endophytic bacteria against Phytophthora drechsleri in cucumber

        通過(guò)發(fā)酵液拮抗法實(shí)驗(yàn),對(duì)菌株CL7、CL9、CL15 作進(jìn)一步測(cè)定,結(jié)果表明,3 個(gè)菌株的發(fā)酵濾液均對(duì)掘氏疫霉有拮抗效果(圖2),其中CL9 菌株發(fā)酵液對(duì)掘氏疫霉菌的抑菌率達(dá)到72.2%(表2)。

        圖2 CL9 菌株對(duì)掘氏疫霉菌的抑制效果Fig.2 Inhibitory effect of CL9 strain on Phytophthora drechsleri

        表2 抑制作用較強(qiáng)菌株發(fā)酵液對(duì)抗掘氏疫霉的抑制作用Table 2 Inhibitory effect of strong strain fermentation liquor against Phytophthora drechsleri

        2.3 掘氏疫霉菌拮抗內(nèi)生細(xì)菌的分子鑒定

        將抑菌效果較強(qiáng)的拮抗菌(抑菌半徑>6 mm,菌絲抑制率> 40.0%)進(jìn)行16S rDNA 序列測(cè)定及同源性分析(表3),并構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)(圖3)。從表3 可以看出,CL9 和CL15 分別與Pseudomonas f lavescens和Staphylococcussp.親 緣關(guān)系最近,同源性分別達(dá)到99.72%和99.93%;CL7 與Pantoea wallisii同源性為99.58%。

        圖3 基于16S rDNA 序列構(gòu)建的拮抗內(nèi)生細(xì)菌系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)Fig.3 Phylogenetic tree of antagonistic endophytic bacteria based on 16 SrDNA sequences

        表3 拮抗內(nèi)生細(xì)菌的16S rDNA 序列相似性分析Table 3 Similarity analysis of 16S rDNA sequences of antagonistic endophytic bacteria

        經(jīng)分子鑒定,確定具備較強(qiáng)拮抗效果的3 株內(nèi)生細(xì)菌分別屬于泛菌屬Pantoeasp.(CL7)、假單胞菌屬Pseudomonassp.(CL9)和葡萄球菌屬Staphylococcussp.(CL15)。

        3 討論

        黃瓜疫病發(fā)生普遍,黃瓜各個(gè)部位均可被侵染,造成幼苗猝倒、莖桿枯死、果實(shí)腐爛,嚴(yán)重時(shí)可導(dǎo)致絕產(chǎn),對(duì)黃瓜產(chǎn)量影響很大。黃瓜疫病暴發(fā)突然,采瓜季節(jié)易造成黃瓜植株成片枯死,使黃瓜減產(chǎn)60%以上。青海、海南、江蘇等地都曾有過(guò)黃瓜疫病大面積暴發(fā)的案例。黃瓜疫病的防治方法主要以農(nóng)業(yè)防治(利用云南黑籽南瓜作砧木與黃瓜嫁接,利用太陽(yáng)能對(duì)土壤進(jìn)行消毒等)和化學(xué)防治(用72.2%霜霉威水、18.7%烯?!み吝蝓ニ龋橹鳌_@些防治措施受地理氣候等因素影響,有多種局限性;而且化學(xué)試劑毒性強(qiáng),在植物和土壤中停留時(shí)間長(zhǎng),容易使霉菌產(chǎn)生抗藥性,對(duì)人類(lèi)和環(huán)境造成威脅[11-13]?,F(xiàn)有研究報(bào)道稱(chēng),植物內(nèi)生細(xì)菌不僅可以促進(jìn)宿主植物生長(zhǎng)、產(chǎn)生次生代謝產(chǎn)物,還可以增強(qiáng)宿主的抗逆性[14]。馬東麗等以曼陀羅葉片為材料分離得到的內(nèi)生細(xì)菌MY1 對(duì)谷瘟病菌等14 種植物病原真菌均有良好的抑菌效果,可以證實(shí)植物內(nèi)生細(xì)菌具有增強(qiáng)宿主抗逆性的特點(diǎn)[15]。本研究以黃瓜葉片為材料發(fā)現(xiàn)對(duì)掘氏疫霉菌有較強(qiáng)抑制作用的3 株拮抗菌株,這3 株拮抗菌株分別屬于泛菌屬Pantoeasp.、假單胞菌屬Pseudomonassp.和葡萄球菌屬Staphylococcussp.,為植物內(nèi)生菌相關(guān)研究提供材料,同時(shí)為利用植物內(nèi)生細(xì)菌進(jìn)行生物防治提供了有效思路。

        利用植物內(nèi)生菌防治植物病害異于傳統(tǒng)方法,從植物-微生物互作、微生物之間互作、微生態(tài)等角度研究植物病原菌的防治綠色環(huán)保,具有很強(qiáng)的潛在應(yīng)用價(jià)值[16]。Gao 等發(fā)現(xiàn)芽孢桿菌SXKF16-1 對(duì)茄花鐮刀菌和尖葉鐮刀菌具有明顯的拮抗作用,能增加根區(qū)土壤細(xì)菌多樣性,在防治土傳病害黃芪根腐病的應(yīng)用上有良好的研究前景[17];Wang 等研究證實(shí)丹參內(nèi)生真菌抗真菌效果顯著,對(duì)改善作物品質(zhì)和生產(chǎn)具有重要意義[18]。目前,應(yīng)用最廣泛的拮抗微生物主要有鏈霉菌、芽孢桿菌、類(lèi)芽孢桿菌及假單胞菌等[19-21]。芽孢桿菌具有促進(jìn)植物生長(zhǎng)的功能并應(yīng)用于多種植物病原菌的生物防治,通過(guò)分泌細(xì)胞外代謝物如抗生素、細(xì)胞壁水解酶和鐵載體等表現(xiàn)出拮抗活性[22]。而本研究篩選出的內(nèi)生細(xì)菌假單胞菌屬(Pseudomonassp.)CL9 對(duì)掘氏疫霉菌表現(xiàn)出較強(qiáng)的拮抗效果,其發(fā)酵液也存在很強(qiáng)的抑菌作用,說(shuō)明該菌株也產(chǎn)生了某種抗菌物質(zhì),為后續(xù)深入研究?jī)?nèi)生拮抗細(xì)菌的抑菌作用機(jī)制提供良好的材料。

        4 結(jié)論

        本研究以黃瓜葉片為材料,根據(jù)菌株的特征差異分離得到32 株內(nèi)生細(xì)菌,隨后利用平板對(duì)峙法及發(fā)酵液拮抗法實(shí)驗(yàn)進(jìn)行復(fù)篩,最終得到3 株掘氏疫霉拮抗菌株。通過(guò)分子鑒定確定其分別屬于泛菌屬Pantoeasp.(CL7,菌絲抑制率45.2%)、假單胞菌屬Pseudomonassp.(CL9,菌絲抑制率54.3%)和葡萄球菌屬Staphylococcussp.(CL15,菌絲抑制率40.2%)。

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