徐 欣 朱緒偉 劉中文 周其明 張永君 郭 劍
(河南省蠶業(yè)科學研究院,河南鄭州 450008)
微孢子蟲是一類專性寄生的單細胞生物,廣泛寄生于脊椎和無脊椎動物,最先于家蠶體內發(fā)現(xiàn),柞蠶微孢子蟲是引起柞蠶微粒子病的病原物[1]。微管是細胞骨架的重要組成部分,也是纖毛、鞭毛等運動性器官及中心粒的重要組分[2],組成微管的蛋白質稱為微管蛋白,王勇[3]克隆得到了柞蠶微孢子蟲α、β、γ-微管蛋白基因并進行了進化分析,發(fā)現(xiàn)前2種是系統(tǒng)發(fā)育分析的靶基因,而γ-微管蛋白對α、β-微管的裝配、取向起著重要的調節(jié)作用。微管蛋白基因是一種持家基因(house-keeping genes),又稱管家基因,冷赫[4]曾用β-微管蛋白基因作為蝗蟲微孢子蟲的持家基因,來檢測蝗蟲微孢子蟲孢壁蛋白的表達情況。
微孢子蟲的生命周期有感染期、裂殖增殖期和孢子增殖期3個階段[5]。孢子階段是微孢子蟲生活史中成熟的及具有侵染力的階段,也是研究微孢子蟲侵染機制、生活史及檢測診斷的關鍵[6]。微孢子蟲感染細胞途徑認為主要有2種:一是孢子發(fā)射極絲注射孢原質到宿主細胞以達到感染的目的,有的同時形成寄生空泡再次感染[7];二是通過微孢子蟲孢壁的主要成分孢壁蛋白與宿主細胞的相互作用,來實現(xiàn)微孢子蟲對宿主的侵染,孢壁蛋白也是病原體免疫檢測的重要靶標蛋白[8]。孢壁蛋白在信號識別、細胞粘附和離子轉運等方面起著重要作用,并被證實是病原菌侵染過程中的重要蛋白[9],同時,還有研究發(fā)現(xiàn)微孢子蟲孢壁的某些蛋白質被破壞,其孢子的感染能力顯著下降[10]。
柞蠶微孢子蟲是柞蠶病害防治中的重要檢疫對象,其傳播方式有水平傳播與垂直傳播,水平傳播即經口感染,引發(fā)柞蠶各種生理機能障礙[11]。但是關于在水平傳播關鍵時期,柞蠶微孢子蟲是如何完成對柞蠶侵染的研究尚屬空白;因此,本試驗根據(jù)前人研究進展,選取柞蠶微孢子蟲的α、β和γ-微管蛋白基因(GenBank登錄號分別是KF154086、KF023271、KF740389),以及3條孢壁蛋白NpSWP8、NpSWP35、NpSWP1基因(GenBank登錄號分別是ABV48896.1、ABM30180.1、KJ573111),共6條基因作為目的基因,在轉錄水平上研究微管蛋白基因、孢壁蛋白基因與柞蠶微孢子蟲侵染的關系,找到侵染初期更靈敏的持家基因和檢測基因,為后續(xù)進行柞蠶微孢子蟲侵染相關分子機理的研究提供參考。
1.1.1 供試柞蠶品種 豫大一號,由河南省柞蠶育種研究室培育提供。
1.1.2 供試柞蠶微孢子 在柞蠶育種室柞蠶微粒子病鏡檢過程中,收集病娥,去翅和頭部。柞蠶微孢子蟲孢子的分離純化采用姜義仁等[12]的Percoll密度梯度離心法。純化后液氮速凍,-80 ℃保存?zhèn)溆谩?/p>
1.1.3 主要試劑 動物組織總RNA提取試劑盒(RNAprep Pure Tissue Kit)、FastQuant cDNA第一鏈合成試劑盒[FastQuant RT Kit(with gDNase)]、2×Taq PCR MasterMix、熒光定量PCR試劑盒[SuperReal PreMix Plus(SYBR Green)]、瓊脂糖、GeneGreen核酸染料、50×TAE Buffer(RT204),均購自天根生化科技(北京)有限公司。
1.1.4 主要儀器設備 超微量紫外可見分光光度計(DS-11),美國丹諾爾Denovix公司產品;高速冷凍離心機(TGL16M),湖南湘立科學儀器有限公司產品;PCR儀(9200型),Applied Biosystems公司產品;實時熒光定量PCR儀(CFX96),美國伯樂(Bio-Rad)公司產品;紫外可見分光光度計(UV2600),島津儀器(蘇州)有限公司產品;凝膠成像儀(1600),上海天能科技有限公司產品;熒光定量平蓋八排管(含蓋),購自PCRLABSELECT公司;恒溫干燥箱(101-3S),購自上海力辰儀器科技有限公司。
1.2.1 柞蠶的微孢子蟲人工感染 將純化后的柞蠶微孢子蟲用生理鹽水稀釋至2×107個/mL的孢子懸液。將稀釋好的孢子懸液均勻噴灑到干凈的柞樹葉上,選取100頭4齡起蠶進行添毒喂養(yǎng),保證每頭柞蠶食下的孢子數(shù)量為106個[13],24 h后換成正常無毒柞樹葉飼育。
1.2.2 柞蠶感染微孢子蟲后中腸總RNA的提取以及cDNA的合成 在添食柞蠶微孢子蟲后的4齡2 d、4 d、6 d的3個取樣時間點,每個取樣時間點隨機選取10頭柞蠶幼蟲解剖出中腸作為樣品,并進行樣品混合,用液氮速凍,-80 ℃保存?zhèn)溆?。用雙蒸水(ddH2O)把研缽、剪刀、鑷子等用具洗干凈,放在恒溫干燥箱內,160 ℃烘烤4 h備用。再使用動物組織總RNA提取試劑盒,按照其說明書的方法從感染柞蠶中腸中提取總RNA,提取的總RNA置于-80 ℃中保存?zhèn)溆谩H缓?,按照FastQuant cDNA第一鏈合成試劑盒說明書的步驟將RNA反轉錄為cDNA,反轉錄的cDNA置于-20 ℃中保存?zhèn)溆谩?/p>
1.2.3 引物設計 以各樣品cDNA為模板進行PCR擴增,采用柞蠶肌動蛋白基因(Antheraea pernyi Actin,ApA)做陽性對照,對目的基因表達作差異性表達分析。用引物設計軟件Primer Premier 5.0設計12對目的基因特異引物和2對ApA內參基因引物(表1)。其中ApA-A為半定量RT-PCR(Sq RT-PCR)所用的內參基因引物,ApA-B為實時熒光定量PCR(RT-qPCR)所使用的內參基因引物;其余目的基因的A、B分別表示Sq RT-PCR和RT-qPCR所用的引物。
表1 6種侵染相關基因及內參ApA基因的引物序列
1.2.4 基因表達量的半定量PCR分析 PCR反應體系:2×Taq PCR Mastermix 12.5 μL,正向引物(10 μM)1 μL,反向引物(10 μM)1 μL,cDNA模板1 μL,添加焦碳酸二乙酯處理過并經高溫高壓滅菌的雙蒸水(RNase-free ddH2O)至總體積25 μL。反應采用0.2 mL管在PCR儀上進行,反應條件:94 ℃預變性5 min;94 ℃ 30 s,50 ℃ 30 s,72 ℃ 30 s為1個循環(huán),循環(huán)數(shù)為35,然后72 ℃延伸7 min。
PCR產物在TAE電泳緩沖液(將50×TAE試劑稀釋成1×TAE電泳緩沖液)中,以1.2%瓊脂糖凝膠電泳0.5 h,經GeneGreen染色后在凝膠成像系統(tǒng)下觀察拍照?;虻南鄬Ρ磉_水平以其PCR產物電泳條帶和ApA基因PCR產物電泳條帶的積分光密度(integrated optical density,IOD)比值表示。
1.2.5 Real Time qPCR檢測 RT-qPCR的反應體系:2×SuperReal PreMix Plus(Probe)10 μL,正向引物(10 μM)0.6 μL,反向引物(10 μM)0.6 μL,cDNA模板1 μL,添加RNase-free ddH2O至總體積20 μL。RT-qPCR的反應程序:(1)預變性95 ℃ 15 min;(2)變性95 ℃ 10 s;(3)61 ℃ 1 min;(2)~(3)步40個循環(huán)(內參ApA基因為30個循環(huán))。溶解曲線分析:95 ℃ 15 s;60 ℃ 1 min;95 ℃ 15 s;60 ℃ 15 s。
1.2.6 標準曲線的制定 將cDNA樣本稀釋1倍、10倍、100倍、1 000倍、10 000倍,制定ApA基因和6個目的基因的標準曲線。用模板的稀釋倍數(shù)的以2為底的log值對每個稀釋樣本的Ct值(即標準曲線y值)作圖,兩者呈線性遞減關系。并優(yōu)化Tm值、循環(huán)數(shù)等條件,保證qPCR反應的R2>0.98。
1.2.7 各基因表達量的熒光定量分析 以各種時期的cDNA為模板進行qPCR,ApA基因和6個目的基因均采用相同的PCR反應體系和反應程序,每個樣本3次重復。根據(jù)標準曲線的Ct值,確定樣本的稀釋倍數(shù),用熒光定量PCR試劑盒[SuperReal PreMix Plus(SYBR Green)]測出Ct值,將該值代入相應的標準曲線,求出x值,然后再求該值的power以2為底的函數(shù),將目的基因的結果與A3基因的結果求比值,得到該基因表達量的相對定量值。
所有的試驗均重復3次,試驗數(shù)據(jù)采用SAS 9.0數(shù)據(jù)分析軟件進行統(tǒng)計分析。
提取感染柞蠶微孢子蟲后的4齡柞蠶中腸總RNA,利用紫外可見分光光度計測定RNA的純度和濃度,A260/A280比值處于1.8~2.2之間,濃度>3 μg/μL,RNA質量滿足反轉錄的要求。如圖1所示,經1%瓊脂糖凝膠電泳檢查RNA的完整性,結果核糖體RNA的幾條主帶28S、18S清晰可見。說明所抽提的RNA基本沒有降解,能夠進行反轉錄試驗。
0為RNase-free ddH2O,Maker為2 000 bp DNA Marke;圖2、圖3同。1、2、3分別為4齡柞蠶2、4、6 d中腸的RNA。圖1 甲醛變性凝膠電泳檢測提取的感染微孢子蟲后的4齡柞蠶中腸的RNA
以4齡柞蠶2 d、4 d、6 d中腸的cDNA為模板,用ApA引物進行PCR擴增,PCR產物可電泳檢測到468 bp的特異性條帶(圖2),與PCR產物的理論分子量相符,證明合成的cDNA可以進行后續(xù)試驗。
1、2、3分別為4齡柞蠶2 d、4 d、6 d中腸的cDNA。圖2 ApA基因cDNA的PCR產物電泳圖
1為α-微管蛋白基因,2為β-微管蛋白基因,3為γ-微管蛋白基因,4為孢壁蛋白NpSWP8基因,5為孢壁蛋白NpSWP35基因,6為孢壁蛋白NpSWP1基因;圖4、圖5同。圖3 目的基因克隆的電泳圖
根據(jù)各個引物最佳擴增條件,用感染柞蠶微孢子蟲的4齡柞蠶中腸cDNA作為模板進行PCR。電泳結果顯示,可特異性擴增出柞蠶微孢子蟲α、β和γ-微管蛋白基因和孢壁蛋白NpSWP8、NpSWP35以及NpSWP1基因(圖3)。測序結果顯示,PCR產物的序列與各自已知的基因序列一致,說明設計的引物具特異性,可以進行后續(xù)的試驗。
根據(jù)RT-qPCR標準曲線的制定方法,制定到α、β和γ-微管蛋白基因和孢壁蛋白NpSWP8、NpSWP35以及NpSWP1基因的標準曲線。其中,ApA基因的標準曲線為y=-0.934 2x+38.526,R2=0.992 4(x表示以2為底稀釋倍數(shù)的Log值,y表示Ct值,以下相同);α-微管蛋白基因的標準曲線為y=-1.453 2x+39.928,R2=0.990 6;β-微管蛋白基因的標準曲線為y=-1.088 6x+34.956,R2=0.995 6;γ-微管蛋白基因的標準曲線為y=-1.292 3x+38.621,R2=0.983 1;孢壁蛋白NpSWP8基因的標準曲線為y=-1.246 6x+38.073,R2=0.992 5;孢壁蛋白NpSWP35基因的標準曲線為y=-1.192 7x+39.330,R2=0.982 2;孢壁蛋白NpSWP1基因的標準曲線為y=-1.240 4x+32.731,R2=0.994 6。擴增效率均大于94%,R2均大于0.97,與最優(yōu)條件相近,可以采用。
在柞蠶4齡起蠶后添食柞蠶微孢子蟲,選取感染初期的3個時間點4齡2 d、4 d、6 d來檢測。由圖4的半定量RT-PCR分析結果可以看出,在添食柞蠶微孢子蟲后,與4齡2 d表達量對比,在4齡4 d的時間,3種微管蛋白基因和3種孢壁蛋白基因的表達量都先呈現(xiàn)顯著或者極顯著升高趨勢,由于微管蛋白基因是柞蠶微孢子蟲的持家基因,表達量較穩(wěn)定,其顯著升高,說明在添食后2~4 d時間內,柞蠶體內微孢子蟲的數(shù)量有增加趨勢;而孢壁蛋白基因NpSWP8顯著升高,NpSWP35、NpSWP1極顯著升高,且比微管蛋白基因的增加趨勢更加明顯,從這個結果可以看出該時間段伴隨著侵入數(shù)量的增加,柞蠶微孢子蟲侵染作用也增強,可能還存在多次侵染。然后到6 d時表達情況不一,α和γ-微管蛋白基因,孢壁蛋白NpSWP8、NpSWP35基因有持續(xù)增長,但增長幅度較4 d時降低,這符合侵染的一般規(guī)律,說明柞蠶微孢子蟲的侵染數(shù)量和效率先增加后趨于平緩;而β-微管蛋白基因、孢壁蛋白NpSWP1基因的表達量反而下降,在展示侵染過程中不合常規(guī),這可能與這2個基因還參與其他生化反應有關,因此在研究柞蠶微孢子蟲侵染過程中不適合作為指示基因。
圖4 4齡柞蠶感染柞蠶微孢子蟲后不同發(fā)育時期侵染相關基因的Sq RT-PCR的表達量
圖5顯示,β-微管蛋白基因在添食后4 d與6 d表達量與2 d相比有極顯著的升高,α-微管蛋白基因與孢壁蛋白NpSWP35基因在添食后4 d呈現(xiàn)顯著升高,孢壁蛋白NpSWP8基因在4 d時有所升高,β-微管蛋白基因也隨著時間的延長有一定的增加趨勢,而γ-微管蛋白基因和孢壁蛋白NpSWP1基因的變化情況不明顯。但是總體上定量PCR結果不是很理想,這與定量引物設計有關,今后還將對其他柞蠶微孢子蟲的孢壁蛋白進行特異性引物的設計,尋找適合進行RT-qPCR分析的孢壁蛋白基因。
圖5 4齡柞蠶感染柞蠶微孢子蟲后不同發(fā)育時期侵染相關基因的RT-qPCR表達量
綜合Sq RT-PCR和RT-qPCR的結果,幾種目的基因在柞蠶微孢子蟲侵染后4 d都有較高的表達量差異變化,可以將添食后4 d作為侵染相關基因檢測的初始時間,而α-微管蛋白基因較其他2種微管蛋白基因更適合作為持家基因進行侵染相關過程的研究,孢壁蛋白NpSWP35基因較其他2種孢壁蛋白基因在侵染相關基因的轉錄水平上更靈敏。
以前人相關基因的研究為基礎,本試驗克隆得到柞蠶微孢子蟲侵染相關的6個基因,α-微管蛋白基因、β-微管蛋白基因、γ-微管蛋白基因和孢壁蛋白NpSWP8、孢壁蛋白NpSWP35以及孢壁蛋白NpSWP1基因,并運用半定量PCR和熒光定量PCR的方法,在柞蠶4齡起蠶添食后的2 d、4 d、6 d這3個初期階段,進行了柞蠶微孢子蟲侵染相關的6個基因的表達差異分析。在進行結果分析時,試驗中采用的是柞蠶體內的ApA基因作為內參基因進行對比,3種微管蛋白基因的相對表達量會有較大變化,沒有傳統(tǒng)意義上持家基因表達量較穩(wěn)定的情況,是由于本試驗將其作為目的基因進行分析,正是利用其在柞蠶微孢子蟲中穩(wěn)定表達的特性來體現(xiàn)柞蠶微孢子蟲侵入柞蠶體內的數(shù)量情況,并且在后續(xù)侵染機理研究中還將作為陽性對照進行相關試驗。
孢壁蛋白已經被證實與柞蠶微孢子蟲的侵染相關,本試驗半定量PCR結果中,也發(fā)現(xiàn)孢壁蛋白基因的表達變化比微管蛋白基因要靈敏,這應該與侵染初期的檢測時間有關。與柞蠶微孢子蟲侵染相關的蛋白或基因,除了本試驗選用的孢壁蛋白基因之外,還有微孢子蟲的極管蛋白,有研究證明極管蛋白在宿主細胞粘附及侵染的最后階段發(fā)揮作用[14],但是還未在柞蠶微孢子蟲中分離和克隆到,今后將進行相關基因或蛋白的尋找,再將極管蛋白基因與孢壁蛋白基因進行對比,尋找更靈敏的柞蠶微孢子蟲侵染相關基因。