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        染色體微陣列分析在產(chǎn)前診斷中的應(yīng)用價(jià)值

        2022-05-25 07:05:38張慶娥董晶晶周月云鄭建麗
        中國(guó)婦幼健康研究 2022年5期

        李 敏,張慶娥,董晶晶,周月云,鄭建麗

        (鹽城市婦幼保健院產(chǎn)前診斷中心,江蘇 鹽城 224001)

        先天性遺傳缺陷是導(dǎo)致死胎、畸形、發(fā)育不良等不良妊娠結(jié)局的重要因素,其不僅降低新生兒出生質(zhì)量,還對(duì)社會(huì)和家庭造成極大的負(fù)擔(dān),因此產(chǎn)前及早發(fā)現(xiàn)并采取干預(yù)措施有利于提高人口素質(zhì)[1]。隨著我國(guó)產(chǎn)前超聲診斷技術(shù)、無(wú)創(chuàng)DNA產(chǎn)前檢測(cè)(non-invasive prenatal testing,NIPT)、唐氏血清學(xué)篩查等方法的普及,胎兒疾病高風(fēng)險(xiǎn)的檢出率得到提升,但其準(zhǔn)確性較低,易產(chǎn)生假陽(yáng)性結(jié)果,因此對(duì)于高風(fēng)險(xiǎn)孕婦宜采用介入性產(chǎn)前檢查輔助診斷[2]。染色體核型能通過(guò)分析染色體形態(tài)特征,判斷胎兒是否存在染色體數(shù)目、結(jié)構(gòu)異常,常作為金標(biāo)準(zhǔn);然而其分辨率較低,只能分辨較大的染色體缺失、重復(fù),無(wú)法獲取微小的變異片段,可能導(dǎo)致致病性變異漏診[3]。而染色體微陣列分析(chromosomal microarray analysis,CMA)則是對(duì)全基因組水平檢測(cè),可發(fā)現(xiàn)染色體亞結(jié)構(gòu)異常,已被臨床廣泛應(yīng)用,但CMA是否能代替染色體核型分析尚存爭(zhēng)議[4]。本研究分析了行染色體核型分析及CMA介入性產(chǎn)前檢查孕婦的診斷結(jié)果,探討CMA運(yùn)用于產(chǎn)前診斷的臨床價(jià)值。現(xiàn)報(bào)道如下。

        1 資料與方法

        1.1 一般資料

        選取2018年1月至2021年1月在鹽城市婦幼保健院接受介入性產(chǎn)前檢查染色體核型分析及CMA的孕婦808例為研究對(duì)象,其中不良孕產(chǎn)史148例、NIPT篩查異常148例、超聲檢查異常(結(jié)構(gòu)異常、軟指標(biāo)異常)167例、高齡孕婦132例、血清學(xué)篩查異常84例、父母染色體異常或其他原因129例。本研究通過(guò)倫理審查。納入標(biāo)準(zhǔn):①病歷資料完整;②所有孕婦均自愿接受介入性產(chǎn)前診斷;③簽署知情同意書(shū)。排除標(biāo)準(zhǔn):①羊水樣本不合格;②母血污染;③多胎妊娠;④輔助生殖受孕。

        1.2 方法

        1.2.1 胎兒羊水標(biāo)本的采集

        對(duì)妊娠16~24周孕婦采用超聲引導(dǎo)下經(jīng)腹羊膜腔穿刺術(shù),抽取胎兒羊水30mL;均在無(wú)菌條件下進(jìn)行所有操作。

        1.2.2 染色體核型分析

        取胎兒羊水標(biāo)本20mL,行羊水細(xì)胞培養(yǎng)、收獲、固定、制片、G顯帶、掃描、拍照,參照人類(lèi)細(xì)胞遺傳學(xué)國(guó)際命名體制[5]對(duì)染色體進(jìn)行分析和判讀。

        1.2.3 CMA的檢測(cè)

        取胎兒羊水樣本10mL,提取羊水基因組DNA,采用全基因組芯片(美國(guó)Affymetrix公司CytoScan 750H芯片)對(duì)羊水全基因組DNA樣本進(jìn)行CMA檢測(cè),步驟為:酶切、連接、PCR擴(kuò)增、純化、片段化、標(biāo)記、芯片雜交、洗滌及掃描,采用自帶軟件分析芯片數(shù)據(jù),結(jié)果與DGV、DECIPHER、OMIM等公開(kāi)數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)比,參照美國(guó)醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)與基因組學(xué)學(xué)會(huì)(American College of Medical Genetics and Genomics,ACMG)指南[6]將拷貝數(shù)目變異(copy number variations,CNVs)分為致病性、良性及臨床意義不明的CNV(variants of unknown significance,VUS)。

        1.3 統(tǒng)計(jì)學(xué)方法

        應(yīng)用SPSS 22.0統(tǒng)計(jì)學(xué)軟件處理數(shù)據(jù),計(jì)數(shù)資料以例數(shù)(百分率)[n(%)]表示,行χ2檢驗(yàn),以P<0.05表示差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

        2 結(jié)果

        2.1 不同臨床指征分類(lèi)染色體異常情況

        在808例胎兒羊水樣本中,CMA共檢出染色體數(shù)目異常79例(9.78%),其中21三體41例(51.90%)、18三體15例(18.99%)、X三體13例(16.46%)、X四體1例(1.27%)、Y三體6例(7.59%)、其他三體3例(3.80%),與染色體核型分析一致;染色體核型分析檢出染色體結(jié)構(gòu)異常9例(1.11%),其中缺失3例(33.33%)、重復(fù)2例(22.22%)、嵌合體4例(44.44%);CMA檢出CNVs異常93例(11.51%),其中微重復(fù)55例(59.14%)、微缺失38例(40.86%),雜合性缺失(LOH)/單親二倍型(UPD)10例,見(jiàn)表1。

        CMA染色體異常檢出率為23.02%(186/808),明顯高于染色體核型分析的10.89%(88/808),二者比較差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(χ2=42.208,P<0.001)。

        2.2 CMA的CNVs類(lèi)型檢查情況

        在93例CNVs異常中,9例為致病性,包括不良孕產(chǎn)史2例、NIPT篩查異常2例、超聲檢查異常4例、父母表型異常1例,分別與4、8、9、13、16、22號(hào)染色體有關(guān),異常片段大小為537.0Kb~70.8Mb,見(jiàn)表2。CNVs異常中,VUS占64.52%(60/93),良性占25.81%(24/93),致病性CNVs占9.68%(9/93);VUS和良性的發(fā)生率均明顯高于致病性CNVs發(fā)生率,差異均有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(χ2=62.004,P<0.001;χ2=8.392,P=0.004)。

        表1 不同臨床指征分類(lèi)CMA染色體異常檢測(cè)結(jié)果(n)Table 1 Chromosomal abnormalities in different clinical indication categories(n)

        表2 CMA的致病性CNVs檢查結(jié)果Table 2 Pathogenic CNVs examination results of CMA

        2.3 CMA的LOH/UPD檢查情況

        CMA共檢出10例LOH/UPD,包括NIPT篩查異常3例、不良孕產(chǎn)史1例、超聲檢查異常2例、高齡孕婦1例、血清學(xué)篩查高風(fēng)險(xiǎn)2例、父母表型異常1例,分別與1、3、5、6、8、11、12、13、19、20號(hào)染色體有關(guān),異常片段大小為10.1~18.5Mb,見(jiàn)表3。

        表3 CMA的LOH/UPD檢查結(jié)果Table 3 LOH/UPD inspection results of CMA

        3 討論

        隨著我國(guó)生育政策的放開(kāi),高危妊娠情況明顯增加,先天缺陷兒出生率有所增加,給其家庭和社會(huì)帶來(lái)了沉重的精神和經(jīng)濟(jì)負(fù)擔(dān),產(chǎn)前篩查及產(chǎn)前診斷對(duì)降低出生缺陷發(fā)生率、提高人口素質(zhì)具有重要意義。產(chǎn)前篩查是通過(guò)了解孕婦的孕產(chǎn)史、年齡、檢測(cè)其血液指標(biāo),以及超聲檢查等方式篩出染色體異常的高危孕婦,產(chǎn)前診斷則是通過(guò)遺傳學(xué)手段明確診斷產(chǎn)前高風(fēng)險(xiǎn)[7]。

        3.1 CMA與染色體核型分析

        染色體核型分析是通過(guò)獲取羊水中的細(xì)胞進(jìn)行培養(yǎng),借助G顯帶技術(shù),對(duì)比人染色體正常數(shù)目、長(zhǎng)度、著絲點(diǎn)位置、臂比等核型不同特征,對(duì)染色體進(jìn)行分析、配對(duì)、編號(hào)和排序,并進(jìn)行染色體結(jié)構(gòu)和數(shù)目形態(tài)分析,可有效地確定染色體的數(shù)量結(jié)構(gòu)異常,但結(jié)果具有一定的主觀性,與操作者技術(shù)水平相關(guān),檢查時(shí)間長(zhǎng)[8]。CMA技術(shù)可在全基因組水平檢測(cè)染色體異??截悾绕涫侨旧w核型分析無(wú)法檢測(cè)到的微缺失、微重復(fù)等情況。CMA技術(shù)可分為基于微陣列的比較基因組雜交技術(shù)和單核苷酸多態(tài)性微陣列(single nucleotide polymorphism array,SNP array)技術(shù)[9]。本研究使用的SNP assay技術(shù)只需將待測(cè)樣本DNA與已報(bào)道的正?;蚪M數(shù)據(jù)進(jìn)行對(duì)比,即可發(fā)現(xiàn)染色體亞結(jié)構(gòu)的異常;不僅能夠檢出CNVs,還能夠檢測(cè)出大多數(shù)的LOH和UPD。目前CMA成為一線臨床遺傳學(xué)檢測(cè)技術(shù),并應(yīng)用于產(chǎn)前診斷。本研究CMA染色體異常檢出率明顯高于染色體核型分析,染色體數(shù)目異常與染色體核型分析結(jié)果一致,但還檢出了較多的CNVs及LOH,因此CMA能提高染色體異常的檢出率。

        不良孕產(chǎn)史與子宮發(fā)育、內(nèi)分泌及父母染色體異常等多種因素有關(guān)。不良孕產(chǎn)史父母不平衡易位攜帶可使生殖細(xì)胞減數(shù)分裂過(guò)程中遺傳物質(zhì)分配不平衡,導(dǎo)致流產(chǎn)、早產(chǎn)、死胎、生育智力低下兒等不良妊娠結(jié)局[10]。本研究中,CMA共檢出2例不良孕產(chǎn)史的致病性CNVs,22號(hào)染色體與CLTCL1、HIRA、TBX1等29個(gè)OMIM基因相關(guān),涉及22q11.21微缺失綜合征關(guān)鍵區(qū)域,臨床表型包括先天性心臟病、腭裂、面容異常、認(rèn)知障礙、免疫缺陷等;16號(hào)染色體與NDE1、MYH11、ABCC6等9個(gè)OMIM基因相關(guān),涉及16p13.11微重復(fù)綜合征關(guān)鍵區(qū)域,臨床表型包括智力障礙、發(fā)育遲緩、自閉癥譜系障礙等;提示CMA可進(jìn)一步篩查染色體異常的因素,指導(dǎo)產(chǎn)前診斷,預(yù)防不良妊娠結(jié)局的發(fā)生。

        3.2 CMA與NIPT篩查

        NIPT篩查是對(duì)母體外周血的游離DNA片段高通量測(cè)序,主要用于篩查胎兒21三體綜合征、18三體綜合征、13三體綜合征等染色體情況,同時(shí)還可提示其他常染色體及性染色體數(shù)目或結(jié)構(gòu)異常問(wèn)題,具有較高的靈敏度和特異度。母體外周血游離DNA包含母體及胎兒的所有游離DNA,母體存在限制性胎盤(pán)嵌合、CNVs,致使游離DNA異常、而胎兒正常導(dǎo)致假陽(yáng)性,同時(shí)若孕周過(guò)小,染色體異常的胎兒游離DNA水平過(guò)低,會(huì)被母體的游離DNA掩蓋導(dǎo)致假陰性結(jié)果,增加了穿刺的風(fēng)險(xiǎn)[11]。本研究中,CMA共檢出2例NIPT篩查異常的致病性CNVs,其中1例位于13號(hào)染色體,包含RB1、ZIC2、EDNRB等164個(gè)OMIM基因,涉及13q14.11q3微重復(fù)綜合征關(guān)鍵區(qū)域,臨床表型包括不同程度的精神障礙、發(fā)育遲緩、面部特征等;另1例位于22號(hào)染色體,包含CLTCL1、HIRA、TBX1等44個(gè)OMIM基因,涉及22q11.21微缺失綜合征關(guān)鍵區(qū)域,臨床表型包括先天性心臟病、腭裂、面容異常、認(rèn)知障礙、免疫缺陷等;提示CMA檢測(cè)可進(jìn)一步確認(rèn)假陽(yáng)性,發(fā)現(xiàn)一些染色體核型分析無(wú)法發(fā)現(xiàn)的染色體微缺失微重復(fù)問(wèn)題。

        3.3 CMA與超聲檢查

        超聲檢查是產(chǎn)檢中最常用的影像學(xué)檢查方法,可以觀察胎兒的生長(zhǎng)發(fā)育狀況,安全快捷,主要觀測(cè)包含心臟、神經(jīng)系統(tǒng)、骨骼、泌尿系統(tǒng)等結(jié)構(gòu)異常,以及NT增厚、NB缺失、側(cè)腦室增寬、腸管回聲增強(qiáng)、脈絡(luò)叢囊腫、心室強(qiáng)光點(diǎn)、單臍動(dòng)脈、腎盂擴(kuò)張等軟指標(biāo)異常情況,但超聲軟指標(biāo)指導(dǎo)產(chǎn)前診斷尚存爭(zhēng)議,雖然染色體異常的胎兒超聲軟指標(biāo)異常發(fā)生率較高,但超聲軟指標(biāo)不具有特異性,不能完全提示胎兒的結(jié)構(gòu)異常,其可能隨著孕周增大而消失,屬一過(guò)性特征,染色體正常胎兒也可能發(fā)生超聲異常,造成一定的假陽(yáng)性[12-13]。本研究中,CMA檢出1例超聲結(jié)構(gòu)異常的致病性CNVs,16號(hào)染色體與PRRT2、TBX6、KCTD13等20個(gè)OMIM基因相關(guān),涉及16p13.11復(fù)發(fā)微重復(fù)綜合征關(guān)鍵區(qū)域,臨床表型包括發(fā)育遲緩、自閉癥譜系障礙、體重過(guò)輕、神經(jīng)行為異常等。本研究中,CMA共檢出3例超聲軟指標(biāo)異常致病性CNVs,9號(hào)染色體與DOCK8、SMARCA2、KANK1等32個(gè)OMIM基因相關(guān),臨床表型包括面部畸形、腸梗阻、發(fā)育遲緩、智力障礙等,4號(hào)染色體與FGFR3、LETM1、WHSC1、NELFA等177個(gè)OMIM基因相關(guān),包含Wolf-Hirschhorn綜合征疾病關(guān)鍵區(qū)域,臨床表型包括巨頭畸形、語(yǔ)言發(fā)育遲緩、面容異常等;16號(hào)染色體與PRRT2、TBX6、KCTD13等23個(gè)OMIM基因相關(guān),涉及16p11.2微重復(fù)綜合征關(guān)鍵區(qū)域,臨床表型包括發(fā)育遲緩,智力障礙,自閉癥譜系障礙,肥胖等;22號(hào)染色體與CLTCL1、HIRA、TBX1等44個(gè)OMIM基因相關(guān),涉及22q11.2微缺失綜合征關(guān)鍵區(qū)域,臨床表型包括先天性心臟病,腭裂,面容異常,認(rèn)知障礙,免疫缺陷等。上述均提示CMA能進(jìn)一步診斷超聲異常的孕婦,提高染色體異常檢出率。

        3.4 CMA與唐氏血清學(xué)篩查

        唐氏血清學(xué)篩查通過(guò)檢測(cè)孕中期血清妊娠相關(guān)血漿蛋白A、絨毛膜促性腺激素、甲型胎兒蛋白、游離雌三醇、抑制素等指標(biāo)水平,結(jié)合孕婦體征綜合評(píng)估胎兒發(fā)育狀態(tài),主要用于評(píng)估我國(guó)發(fā)病率高、危害性大的21三體綜合征(檢出率為60%~70%)和18三體綜合征(檢出率為60%~70%)及先天性神經(jīng)管缺陷(檢出率為85%~90%),因其成本低、快捷,臨床多用于大規(guī)模篩查,但只能評(píng)估染色體異常的風(fēng)險(xiǎn),準(zhǔn)確診斷需進(jìn)一步的檢查[14]。本研究中,CMA檢查未發(fā)現(xiàn)致病性CNVs,但有2例患者檢出LOH,LOH可能與抑癌基因相關(guān),患癌癥的風(fēng)險(xiǎn)較高。

        3.5 小結(jié)

        本研究除了檢出上述致病性CNVs,還檢出了大量的VUS,這些不明確的染色體變異可能與機(jī)體某些代謝疾病相關(guān),但無(wú)法得到明確的解釋?zhuān)黾恿嗽袐D及其家屬的心理負(fù)擔(dān),其與DGV、DECIPHER、OMIM數(shù)據(jù)庫(kù)不完整有關(guān)。

        總之,產(chǎn)前篩查后采用CMA技術(shù)與染色體核型分析對(duì)比,可明顯提高染色體異常的檢出率,但也檢出了較多的無(wú)意義拷貝數(shù)異常,因此需要廣大臨床工作者共同參與完善相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù),提高CNVs的準(zhǔn)確性,使CMA技術(shù)得到更廣泛的臨床運(yùn)用。本研究后期將對(duì)60例孕婦進(jìn)行隨訪,并記錄孕婦的妊娠結(jié)局,以補(bǔ)充有關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)。

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