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        基于化學(xué)空間和分子對(duì)接探討人參在治療骨關(guān)節(jié)炎中發(fā)揮抗炎鎮(zhèn)痛作用的可行性*

        2022-04-02 03:24:58鄭春松楊燕妮段辛威黃蕾葉蕻芝朱曉勤曾建偉
        關(guān)鍵詞:化學(xué)

        鄭春松 楊燕妮 段辛威 黃蕾 葉蕻芝 朱曉勤 曾建偉#

        (1福建中醫(yī)藥大學(xué)中西醫(yī)結(jié)合研究院 福州 350122;2福建中醫(yī)藥大學(xué)藥學(xué)院 福州 350122;3福建省中西醫(yī)結(jié)合老年性疾病重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室 福州 350122)

        骨關(guān)節(jié)炎(Osteoarthritis,OA)是最常見的慢性退行性骨關(guān)節(jié)疾病,其臨床表現(xiàn)主要為關(guān)節(jié)疼痛和腫脹,《中醫(yī)骨傷科學(xué)》教材的臨證備要中顯示健脾法可以抑制炎癥、消除腫痛[1]。由于OA歸屬于中醫(yī)學(xué)痹癥的范疇,肝腎虧虛是其發(fā)病基礎(chǔ),國(guó)內(nèi)學(xué)者對(duì)OA治療的研究大多聚焦在補(bǔ)腎柔肝法或補(bǔ)肝腎中藥[2~3],有關(guān)健脾法治療OA的研究甚少,特別是有關(guān)健脾中藥在OA治療中抗炎鎮(zhèn)痛作的現(xiàn)代科學(xué)解讀未見報(bào)道。

        人參為健脾要藥,是治療OA古方獨(dú)活寄生湯的重要組成中藥[4],其成分人參皂苷Rg1緩解OA軟骨損傷作用已有報(bào)道[5],證實(shí)了人參可用于OA的治療,而且,實(shí)驗(yàn)也證實(shí)了人參皂苷Rg1的抗炎鎮(zhèn)痛作用[6]。人參在《神農(nóng)本草經(jīng)》中被列為上品,屬于藥食同源中藥,提示人參在OA疼痛治療中具有開發(fā)前景。

        化學(xué)空間是小分子化合物多個(gè)描述符形成的多維空間,分子對(duì)接可用于研究小分子化合物與靶點(diǎn)相互作用,兩者結(jié)合已經(jīng)用于尋找中藥中治療疾病的潛在藥物分子,是目前中藥活性成分預(yù)測(cè)和篩選的重要計(jì)算機(jī)模擬手段之一[7~8]。本研究以人參為例,從化學(xué)空間和分子對(duì)接的角度,系統(tǒng)探討人參在治療OA中發(fā)揮抗炎鎮(zhèn)痛作用的可行性,為健脾法運(yùn)用于OA臨床治療提供新依據(jù)。現(xiàn)報(bào)道如下:

        1 工具與方法

        1.1 人參和抑制劑分子數(shù)據(jù)集建立 在中藥系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)及分析平臺(tái)(TCMSP)網(wǎng)站[9]中Herb name一欄輸入“人參”,篩選人參中口服生物利用度≥30%和類藥性≥0.18的化合物[10];在活性化合物專家(https://www.selleck.cn/)網(wǎng)站中檢索已經(jīng)報(bào)道的IL-1β、IL-6和TNF-α抑制劑化合物。在Discovery Studio(DS)模擬平臺(tái)上[11],構(gòu)建以上化合物的三維分子結(jié)構(gòu),用默克分子力場(chǎng)優(yōu)化[7],建立人參和抑制劑分子數(shù)據(jù)集,保存成SD文件。

        1.2 人參和抑制劑分子數(shù)據(jù)集的化學(xué)空間構(gòu)建與分析 在DSQSAR模塊下,選擇分子量、氫鍵受體數(shù)目、氫鍵給體數(shù)目、脂水分配系數(shù)、可旋轉(zhuǎn)鍵數(shù)目和分子表面面積等75個(gè)分子描述符參數(shù),構(gòu)建人參和抑制劑分子數(shù)據(jù)集化合物的多維空間,分別定義為兩分子數(shù)據(jù)集的化學(xué)空間[7,12]。利用主成分分析技術(shù)[13],將上述數(shù)據(jù)集的多維數(shù)據(jù)有效映射到三維化學(xué)空間上。若兩數(shù)據(jù)集中的化合物在化學(xué)空間上距離越近,代表具有相似作用的可能性越大[14],由此揭示人參抗炎鎮(zhèn)痛的可能性。

        1.3 人參分子數(shù)據(jù)集中抗炎鎮(zhèn)痛活性成分篩選根據(jù)OA相關(guān)抗炎鎮(zhèn)痛靶點(diǎn)的文獻(xiàn)[15~16],確定IL-1β、IL-6和TNF-α為研究靶點(diǎn),從RCSB Protein Data Bank(https://www.rcsb.org/)網(wǎng)站上,下載其蛋白質(zhì)-配體復(fù)合物三維結(jié)構(gòu),代碼分別為6Y8M、1ALU和2AZ5。在DS模擬平臺(tái)上,使用Hierarchy和Chemistry模塊對(duì)蛋白結(jié)構(gòu)去溶劑、去配體、加氫處理后,使用Binding Site模塊定義原配體為活性位點(diǎn),并使用LigandFit模塊進(jìn)行人參化學(xué)成分和靶點(diǎn)的對(duì)接研究[7,17]。對(duì)接成功后,以蛋白與原配體的DOCK-SCORE為閾值,大于閾值的化合物分別視為人參中抗炎鎮(zhèn)痛的潛在活性化合物[7]。

        2 結(jié)果

        2.1 人參和抑制劑的分子數(shù)據(jù)集 在DS平臺(tái)上,建立人參分子數(shù)據(jù)集,含有22個(gè)化合物。見表1。建立抑制劑分子數(shù)據(jù)集,含有26個(gè)化合物。見表2。

        表1 人參中口服生物利用度≥30%和類藥性≥0.18的化合物

        表2 IL-1β、IL-6和TNF-α的抑制劑及作用靶點(diǎn)信息

        2.2 人參和抑制劑分子數(shù)據(jù)集的化學(xué)空間 利用IL-1β、IL-6和TNF-α抑制劑構(gòu)建了抗炎鎮(zhèn)痛的化學(xué)空間,將人參分子數(shù)據(jù)集映射到此化學(xué)空間,發(fā)現(xiàn)人參分子數(shù)據(jù)集中化合物在化學(xué)空間上主要分布在后背部,與抑制劑化合物距離較近。見圖1。兩分子數(shù)據(jù)集在分子量、氫鍵受體數(shù)目、氫鍵給體數(shù)目和脂水分配系數(shù)等描述符值分別在區(qū)間[263.33,622.87]、[1.00,9.00]、[0.00,6.00]和[1.39,5.67]存在交集。見表3。

        表3 人參和抑制劑分子數(shù)據(jù)集的重要描述符值

        圖1 人參和抑制劑分子數(shù)據(jù)集的化學(xué)空間

        2.3 人參抗炎鎮(zhèn)痛的活性化合物 分別以抗炎鎮(zhèn)痛的靶點(diǎn)IL-1β、IL-6、TNF-α與各自原配體對(duì)接的DOCK-SCORE等于40.70、36.87和52.56為閾值,大于閾值的人參分子集中化合物對(duì)應(yīng)有9個(gè)、7個(gè)和3個(gè)。見表4。即人參抗炎鎮(zhèn)痛的潛在活性化合物有 11個(gè),分別為脫氧三尖杉酯堿(Deoxyharringtonine)、石竹胺(Dianthramine)、蘇齊內(nèi)酯(Suchilactone)、花生四烯酸(Arachidonate)、山柰酚(Kaempferol)、人參皂苷Rg5(Ginsenoside Rg5)、人參皂苷Rh2(Ginsenoside Rh2)、五味子酯乙(Gomisin B)、苯代南蛇堿(Celabenzine)、菊黃質(zhì)(Chrysanthemaxanthin)和5-苯甲?;?4-乙?;F序南蛇藤呋喃四醇(Malkangunin)。

        表4 人參抗炎鎮(zhèn)痛的活性成分及其作用靶點(diǎn)

        續(xù)表4

        3 討論

        中醫(yī)學(xué)認(rèn)為OA屬標(biāo)痹,具有痹痛的臨床癥狀,“風(fēng)、寒、濕”等常為其誘因[18~19]?!端貑枴け哉摗分兄赋?,“榮者,水谷之精氣也……衛(wèi)者,水谷之悍氣也……逆其氣則病,從其氣則愈,不與風(fēng)寒濕氣合,故不為痹”?!夺t(yī)宗金鑒·痹證總括》也指出:“痹虛,謂氣虛之人病諸痹也”,提示脾虛容易導(dǎo)致痹痛,在治療痹痛中應(yīng)健脾。而且,脾為生痰之源,在《醫(yī)門法律·中風(fēng)門》有記載:“風(fēng)寒濕三痹之邪,每借人胸中之痰為相援,故治痹方中,多兼用治痰之藥。”由此進(jìn)一步證明在治療OA痹痛的過(guò)程中,應(yīng)重視健脾的作用?,F(xiàn)代醫(yī)學(xué)認(rèn)為,在OA疾病的進(jìn)程中,炎癥會(huì)導(dǎo)致疼痛,疼痛也會(huì)刺激炎癥反應(yīng),即炎癥反應(yīng)和疼痛相互作用。其中,炎癥細(xì)胞因子IL-1β、IL-6和TNF-α水平的異常升高,是OA疼痛的重要原因之一[20]?;谝陨媳尘?,本文選擇健脾要藥人參作為研究對(duì)象,利用化學(xué)空間和分子對(duì)接技術(shù)研究其與IL-1β、IL-6和TNF-α相互作用的可能性,以進(jìn)一步探討健脾法在治療OA中發(fā)揮抗炎鎮(zhèn)痛的可行性。

        根據(jù)化學(xué)空間理論[21],我們知道功能相近的化合物在一定的化學(xué)空間中往往存在分類聚集趨向,且具有相似化學(xué)空間的化合物也往往具有相似的功能屬性?;瘜W(xué)空間結(jié)果顯示,人參和抑制劑分子數(shù)據(jù)集主要聚集在三維化學(xué)空間的后背部,且兩數(shù)據(jù)集的化合物距離較近,提示人參分子數(shù)據(jù)集可能存在抑制劑分子數(shù)據(jù)集的功能屬性,即人參分子數(shù)據(jù)集可能具有抑制劑分子數(shù)據(jù)集相似的藥理作用。在此基礎(chǔ)上,基于分子對(duì)接研究人參分子數(shù)據(jù)集化合物與抗炎鎮(zhèn)痛靶點(diǎn)(IL-1β、IL-6和TNF-α)相互作用情況,結(jié)果從人參分子數(shù)據(jù)集中發(fā)現(xiàn)了11個(gè)潛在的活性化合物。其中,山奈酚(MOL000422)、蘇齊內(nèi)酯(MOL005384)等化合物具有抗炎的作用已經(jīng)報(bào)道[22~23],提示人參中小分子物質(zhì)能通過(guò)與IL-1β、IL-6和TNF-α相互作用而產(chǎn)生抗炎鎮(zhèn)痛的藥效。

        綜上所述,本研究從化學(xué)空間和活性成分的角度,揭示了人參在治療OA中發(fā)揮抗炎鎮(zhèn)痛作用具有一定的合理性。未來(lái)將圍繞篩選出來(lái)的潛在活性成分,進(jìn)行其抗炎鎮(zhèn)痛活性的實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證,為人參治療OA疼痛提供更堅(jiān)實(shí)的依據(jù),也為健脾法在OA中治療的臨床應(yīng)用提供新線索。

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