于永樂,姚延珠,韓先杰,張傳美,秦志華,楊瑞梅,張洪亮,劉維全,單 虎*
(1.青島農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物醫(yī)學(xué)院 山東省預(yù)防獸醫(yī)學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,青島 266109;2.青島農(nóng)業(yè)大學(xué)植物醫(yī)學(xué)學(xué)院,青島 266109;3.中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)生物學(xué)院 農(nóng)業(yè)生物技術(shù)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,北京 100193)
犬源牛犬細(xì)小病毒(canine bocavirus, CBoV)屬于細(xì)小病毒科(Parvoviridae)、細(xì)小病毒亞科(Parvovirinae)、牛犬細(xì)小病毒屬(Bocaparvovirus)的成員,為單鏈線狀DNA病毒,CBoV的基因組大小約為5.4 kb,在結(jié)構(gòu)蛋白和非結(jié)構(gòu)蛋白編碼區(qū)之外存在第三個(gè)開放閱讀框,編碼NP蛋白[1-3]。目前,已經(jīng)發(fā)現(xiàn)3種不同亞型的犬源牛犬細(xì)小病毒,即CBoV-1、CBoV-2和CBoV-3[4-7]。
犬圓環(huán)病毒(canine circovirus, CCV)屬于圓環(huán)病毒科(Circoviridae)、圓環(huán)病毒屬(Circovirus)的成員,基因組為環(huán)狀單鏈DNA,包含兩個(gè)大的開放閱讀框,其中,一個(gè)編碼Rep蛋白,另一個(gè)編碼Cap蛋白[8]。CCV往往導(dǎo)致腸炎、肺炎、壞死性血管炎等相關(guān)疾病,但是在健康犬的糞便中也發(fā)現(xiàn)了該病毒的存在,因此,迄今為止,對(duì)于CCV的致病機(jī)制尚不清楚[9]。
CBoV和CCV均可以導(dǎo)致犬腹瀉相關(guān)疾病,在我國(guó)已有多篇報(bào)道,但能同時(shí)檢測(cè)上述兩種病原的多重PCR檢測(cè)方法尚未見報(bào)道。本研究成功建立了可同時(shí)檢測(cè)CBoV和CCV的二聯(lián)PCR診斷方法,并對(duì)山東地區(qū)送檢的病料進(jìn)行了實(shí)際驗(yàn)證,證實(shí)了該方法的可靠性,可用于臨床樣品的快速篩查。
犬細(xì)小病毒2a亞型(canine parvovirus type 2a, CPV2a)CPV-QN5株、犬瘟熱病毒(canine distemper virus, CDV)CDV-QN1株及犬副流感病毒(canine parainfluenza virus, CPIV)CPIV-QN1株均由本實(shí)驗(yàn)室分離、保存。
質(zhì)粒:pMD-CBoV-NS1和pMD-CCV-Rep均由本實(shí)驗(yàn)室構(gòu)建、保存,將質(zhì)粒濃度調(diào)整為30 ng·μL-1。
送檢的病料來自山東某地養(yǎng)殖場(chǎng)發(fā)病犬肛拭子,共計(jì)30份。按照1∶9的比例加入滅菌PBS緩沖液充分振蕩溶解,5 000 r·min-1離心5 min,取上清液保存?zhèn)溆谩?/p>
D1000 plus DNA Ladder、2×primeSTAR Max Premix購自北京寶生物(TaKaRa)工程有限公司;QIAEX II膠回收試劑盒購自上海玉博生物科技公司;質(zhì)粒小量快速提取試劑盒購自艾德萊生物科技有限公司。
根據(jù)GenBank中CBoVNS1基因和CCVRep基因序列,利用Primer Primier 5軟件,設(shè)計(jì)兩對(duì)二聯(lián)PCR引物,引物由青島志遠(yuǎn)生物工程有限公司合成,引物序列:CBoV-P1(5′-GTGATGGGCGGTGACGGCTTGA-3′),CBoV-P2:(5′-CTGGTAGA-CGCAGCCGATGAGA-3′);CCV-P3(5′-GAAAA-TGGTGGGACGGTTACGAT-3′),CCV-P4(5′-CAAAGTGAGACGCCGATAGAGGG-3′);上述引物預(yù)期擴(kuò)增目的片段大小分別為170(CBoV)和239 bp(CCV)。
分別將CBoV和CCV的臨床病料300 μL置于離心管中,沸水浴 10 min 后,迅速冰浴2 min,然后用微量離心機(jī)于室溫以 8 500 r·min-1離心6 min,吸取上清液用于后續(xù)PCR反應(yīng)。
所有PCR反應(yīng)總體積為25 μL,其中,2×primeSTAR Max Premix 12.5 μL,不同引物終濃度(0.10、0.15、0.20、0.25、0.30 μmol·L-1),質(zhì)粒模板1 μL,ddH2O 10.5 μL。PCR條件為98 ℃預(yù)變性5 min;98 ℃變性10 s,不同退火溫度(52、54、56、58、60 ℃)退火10 s,72 ℃延伸10 s,30個(gè)循環(huán);72 ℃延伸1 min。取6 μL PCR擴(kuò)增產(chǎn)物在2.5%的瓊脂糖凝膠上進(jìn)行電泳,觀察并照相,確定其最適引物濃度和退火溫度,并對(duì)所有擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行膠回收,目的片段送公司測(cè)序驗(yàn)證。
在二聯(lián)PCR反應(yīng)體系中,各病毒引物終濃度:CBoV 0.10 μmol·L-1、CCV 0.20 μmol·L-1。二聯(lián)PCR反應(yīng)退火溫度確定為58 ℃,其他條件與“1.6”一致,分別對(duì)上述質(zhì)粒模板進(jìn)行檢測(cè)。
按照“1.7”的方法,進(jìn)行二聯(lián)PCR重復(fù)性和特異性檢測(cè)。將CBoV與CCV質(zhì)粒的10-1、10-2、10-3、10-4、10-5和10-6倍稀釋度的DNA模板組合,進(jìn)行二聯(lián)PCR靈敏度檢測(cè)。
以已建立的二聯(lián)PCR對(duì)送檢的30份病料進(jìn)行檢測(cè),并與單項(xiàng)PCR檢測(cè)結(jié)果進(jìn)行比較分析。
由圖1可知,應(yīng)用優(yōu)化后的最佳反應(yīng)體系和條件,二聯(lián)PCR一次性成功擴(kuò)增出170 bp(CBoV)和239 bp(CCV)的2條目的條帶(圖1),經(jīng)測(cè)序證實(shí),所有擴(kuò)增的片段與CBoV和CCV相應(yīng)基因序列高度一致。
圖1 二聯(lián)PCR擴(kuò)增結(jié)果
由圖2A可知,二聯(lián)PCR重復(fù)3次均可以獲得一致的擴(kuò)增結(jié)果,而且與犬相關(guān)的3種病毒——CPV-2、CDV和CPIV檢測(cè)結(jié)果均為陰性,證明該方法具有很高的特異性(圖2B);靈敏度試驗(yàn)結(jié)果顯示,二聯(lián)PCR至少可檢出約3.0 pg DNA(圖2C)。
A~C.重復(fù)性、特異性和靈敏度試驗(yàn)結(jié)果;M.DNA相對(duì)分子質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn);ddH2O.陰性對(duì)照;10-1~10-6.稀釋度
在30份送檢樣品中,應(yīng)用二聯(lián)PCR方法進(jìn)行檢測(cè),結(jié)果如圖3所示,其中,CBoV陽性4份,CCV陽性3份。與單項(xiàng)PCR檢測(cè)結(jié)果完全一致(圖3)。
M.DNA相對(duì)分子質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn);1~30.樣品;ddH2O.陰性對(duì)照;P.陽性對(duì)照
CBoV和CCV是導(dǎo)致犬腹瀉病的兩種重要病原體,在我國(guó)已有多篇報(bào)道,但目前對(duì)于兩種病毒的致病機(jī)制及流行情況尚不清楚,因此建立快速診斷方法,加強(qiáng)對(duì)兩種新發(fā)病原的檢測(cè)十分必要。陳意偉等[10]于2016年首先建立了CBoV的PCR檢測(cè)方法,曹亮等[11]于2017年建立了可同時(shí)檢測(cè)犬圓環(huán)病毒和犬細(xì)小病毒的雙重PCR檢測(cè)方法,以上研究對(duì)兩種病毒的流行情況均進(jìn)行了詳細(xì)的描述。Niu(牛江婷)等[12]報(bào)道在1只貓糞便中檢測(cè)到CBoV的核酸,經(jīng)比對(duì)分析發(fā)現(xiàn)貓?jiān)碈BoV與犬源CBoV具有相同的基因結(jié)構(gòu),提示CBoV已經(jīng)具有了跨物種傳播的能力,因此,加強(qiáng)對(duì)CBoV的流行病學(xué)監(jiān)測(cè)十分必要。而且近年來CCV感染的報(bào)道也逐漸增多,從重慶[13]到黑龍江[14]均有不同程度病例出現(xiàn),可見CCV流行范圍較廣。此外,一種新發(fā)病原豬圓環(huán)病毒3型(porcine circovirus 3,PCV 3)在犬的腹瀉及血清樣本中檢到[15],提示在對(duì)犬臨床樣本檢測(cè)過程中,也要增加對(duì)PCV 3等跨宿主感染和傳播的病原進(jìn)行檢測(cè),才能獲得更加準(zhǔn)確的研究結(jié)果。
隨著CBoV與CCV感染的病例不斷出現(xiàn)[7],迫切需要更加快速、簡(jiǎn)便的檢測(cè)方法用于臨床實(shí)際,而且國(guó)內(nèi)尚未有CBoV和CCV二聯(lián)PCR檢測(cè)方法的報(bào)道,限制了對(duì)兩種新發(fā)犬腹瀉病的流行情況的監(jiān)測(cè)。本研究在前人研究的基礎(chǔ)上,通過多重序列比對(duì)、反應(yīng)體系及條件優(yōu)化,經(jīng)反復(fù)試驗(yàn)后建立了更加簡(jiǎn)便快捷的雙重PCR方法,其操作簡(jiǎn)單,靈敏度更高,可完全滿足臨床檢測(cè)要求。
成功建立了可同時(shí)檢測(cè)犬源牛犬細(xì)小病毒(CBoV)和犬圓環(huán)病毒(CCV)的二聯(lián)PCR檢測(cè)方法,方法的最低檢測(cè)限度為3.0 pg總DNA,對(duì)犬細(xì)小病毒2型、犬瘟熱病毒和犬副流感病毒的檢測(cè)結(jié)果均為陰性。臨床樣品檢測(cè)顯示,可用于臨床犬腹瀉病的流行病學(xué)調(diào)查。