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        梨形環(huán)棱螺11個(gè)地理種群遺傳多樣性和遺傳分化

        2022-03-23 12:30:50曹靜越馬學(xué)艷呂國(guó)華聞海波1顧若波1
        淡水漁業(yè) 2022年2期

        金 武,曹靜越,馬 騁,馬學(xué)艷,呂國(guó)華,聞海波1,,3,顧若波1,,3

        (1.中國(guó)水產(chǎn)科學(xué)研究院淡水漁業(yè)研究中心,農(nóng)業(yè)農(nóng)村部淡水漁業(yè)與種質(zhì)資源利用重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,江蘇無(wú)錫 214081;2.南京農(nóng)業(yè)大學(xué)無(wú)錫漁業(yè)學(xué)院,江蘇無(wú)錫 214128;3.中國(guó)水產(chǎn)科學(xué)研究院淡水漁業(yè)研究中心,中美淡水貝類種質(zhì)資源保護(hù)及利用國(guó)際聯(lián)合實(shí)驗(yàn)室,江蘇無(wú)錫214081;4.上海海洋大學(xué),農(nóng)業(yè)農(nóng)村部淡水水產(chǎn)種質(zhì)資源重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,上海 201306)

        梨形環(huán)棱螺()是腹足綱(Gastropoda)田螺科(Viviparidae)環(huán)棱螺屬()中個(gè)體最大的種,該種分布廣、產(chǎn)量大、用途多,是青魚()、寬體金線蛭(Whitman)、中華絨螯蟹()和中華鱉()等水產(chǎn)經(jīng)濟(jì)動(dòng)物及部分水禽的餌料之一,同時(shí)也是廣大居民“菜籃子”的重要組成部分。以中華絨螯蟹需求為例,全國(guó)每年平均約需100~150萬(wàn)噸梨形環(huán)棱螺,但2019年全國(guó)養(yǎng)殖產(chǎn)量?jī)H為9.289萬(wàn)噸,市場(chǎng)缺口巨大。對(duì)梨形環(huán)棱螺的研究集中在形態(tài)特征、生長(zhǎng)性狀遺傳參數(shù)、殼色、水體修復(fù)等方面,對(duì)梨形環(huán)棱螺種群遺傳多樣性和遺傳分化的研究仍較少。

        微衛(wèi)星(microsatellite)即短串聯(lián)重復(fù)序列(short tandem repeats,STRs)或簡(jiǎn)單重復(fù)序列(simple sequence repeats,SSR),它廣泛應(yīng)用在三角帆蚌()、釘螺(Gredler)、橄欖蟶蚌()等淡水貝類種群遺傳多樣性和群體結(jié)構(gòu)方面的研究。與傳統(tǒng)分子標(biāo)記相比,它具有分辨率高,可以檢測(cè)共顯性遺傳的顯著優(yōu)點(diǎn)。已有對(duì)梨形環(huán)棱螺種群遺傳多樣性的研究集中于少數(shù)幾個(gè)群體,為了進(jìn)一步對(duì)更大范圍內(nèi)梨形環(huán)棱螺遺傳多樣性進(jìn)行系統(tǒng)背景研究,采用微衛(wèi)星分子標(biāo)記分析目前我國(guó)梨形環(huán)棱螺群體的遺傳資源多態(tài)性并篩選最適合養(yǎng)殖和育種的群體,從而為資源實(shí)現(xiàn)有序合理開(kāi)發(fā)、開(kāi)展苗種規(guī)?;嘤峁┲?。

        1 材料與方法

        1.1 樣本采集

        2021年3-4月,梨形環(huán)棱螺樣本采集于山東微山湖(SDWS)、江蘇高郵湖(JSTZ)、上海明珠湖(SHCM)、浙江淳安(ZJCA)、安徽黃陂湖(AHLJ)、湖北長(zhǎng)湖(HBQJ)、江西仙女湖(JXYC)、湖南耒水(HNHY)、貴州夜郎湖(GZAS)、廣西千畝湖(GXLZ)、廣東榕江(GDJY)11個(gè)不同水域,每個(gè)群體30個(gè)個(gè)體。根據(jù)采集時(shí)間不同,在貝類養(yǎng)殖系統(tǒng)中暫養(yǎng)至所有群體采集完成。具體采集地點(diǎn)如圖1所示。

        圖1 梨形環(huán)棱螺采樣點(diǎn)分布圖

        1.2 基因組DNA提取、PCR擴(kuò)增與測(cè)序

        剪取約50 mg新鮮腹足肌肉,利用動(dòng)物組織基因組DNA提取試劑盒(上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司)提取DNA。聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)總體積為10 μL:模板1.5 μL,Buffer 1 μL,DNA聚合酶0.3 μL,dNTP 0.8 μL,ddHO 5.4 μL,引物1 μL。引物序列來(lái)自文獻(xiàn)[20],上游引物5′端進(jìn)行熒光修飾,詳細(xì)信息如表1所示。PCR擴(kuò)增程序?yàn)椋?5 ℃ 預(yù)變性2 min,94 ℃變性30 s,退火90 s(退火溫度見(jiàn)表1),72 ℃延伸60 s,共40循環(huán),72 ℃補(bǔ)齊延伸10 min,4 ℃保存。PCR產(chǎn)物用3%的瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)后,將目的片段送上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司,用ABI Prism 3730 XI測(cè)序儀進(jìn)行毛細(xì)管電泳,采用Genemapper V3.0分析各個(gè)位點(diǎn)的基因型。

        表1 梨形環(huán)棱螺7對(duì)微衛(wèi)星引物序列

        1.3 數(shù)據(jù)分析

        利用Popgene32軟件分析各個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)在11個(gè)地理種群的等位基因數(shù)()、有效等位基因數(shù)()、觀測(cè)雜合度()、期望雜合度()、Shannon信息指數(shù)(),并計(jì)算群體間的Nei′s遺傳距離。Hardy-Weinberg平衡偏離指數(shù)()按照以下公式計(jì)算:

        =(-)/

        用Cervus 3.2 軟件計(jì)算各位點(diǎn)的多態(tài)信息含量()?;谌后w間的Nei′s遺傳距離用Mega X軟件繪制NJ聚類圖。用Arlequin3.1軟件計(jì)算兩兩群體間的遺傳分化指數(shù)(),采用分子方差分析(AMOVA)計(jì)算群體的遺傳結(jié)構(gòu),通過(guò)1 000次模擬重復(fù)抽樣檢驗(yàn)群體間的顯著性。

        2 結(jié)果

        2.1 微衛(wèi)星位點(diǎn)的多態(tài)性

        7對(duì)微衛(wèi)星引物在11個(gè)群體中檢測(cè)到96個(gè)等位基因(表2),11個(gè)群體的介于8~20,為5.882~9.783,平均和為13.714和6.809。其中ATG146位點(diǎn)最多(20個(gè)),CAG41最少(8個(gè))。Shannon信息指數(shù)介于1.895~2.614。7個(gè)位點(diǎn)的介于0.4~0.8,介于0.844~0.913,7個(gè)位點(diǎn)全部偏離Hardy-weinberg平衡(<0)。多態(tài)信息含量為0.848~0.980,平均是0.915。7個(gè)位點(diǎn)均為高度多態(tài)位點(diǎn)(>0.5)。

        表2 梨形環(huán)棱螺7個(gè)微衛(wèi)星標(biāo)記的遺傳多態(tài)性

        2.2 梨形環(huán)棱螺11個(gè)群體的遺傳多樣性

        梨形環(huán)棱螺11個(gè)群體的遺傳多樣性見(jiàn)表3。11個(gè)群體的平均為9.286~20.429,為4.766~11.175。為1.723~2.606。平均和平均分別為0.510~0.535和0.772~0.905。從看,11個(gè)群體的均較高(>0.5),遺傳多樣性均較豐富。

        表3 梨形環(huán)棱螺11個(gè)群體的遺傳多樣性

        2.3 遺傳分化

        梨形環(huán)棱螺11個(gè)群體間的Nei′s遺傳相似度和遺傳距離見(jiàn)表4。11個(gè)群體間的遺傳距離介于0.143~0.937,Nei′s遺傳相似度介于0.392~0.867之間。HBQJ和JXYC之間遺傳距離最短,GZAS和HNHY之間的遺傳距離最長(zhǎng)?;谌后w間Nei′s遺傳距離的NJ聚類樹(shù)結(jié)果如圖2所示。AMOVA分析結(jié)果顯示(表5),11個(gè)群體內(nèi)的遺傳變異占總體變異的94.84%。群體間的遺傳變異占5.16%,11個(gè)群體的遺傳分化指數(shù)為0.052,說(shuō)明這11個(gè)群體之間遺傳分化較小,且變異的來(lái)源主要是各個(gè)群體內(nèi)的個(gè)體之間。

        表4 梨形環(huán)棱螺11個(gè)群體的遺傳距離(下三角)和群體間遺傳相似度(上三角)

        表5 梨形環(huán)棱螺11個(gè)群體的AMOVA分析

        圖2 基于Nei′s遺傳距離構(gòu)建的梨形環(huán)棱螺11個(gè)群體的NJ聚類樹(shù)

        3 討論

        3.1 梨形環(huán)棱螺的遺傳多樣性

        山東微山湖為南四湖水域的組成之一,本研究中發(fā)現(xiàn)SDWS群體的7個(gè)位點(diǎn)的平均多態(tài)信息含量(=0.845)和文獻(xiàn)[19]中NS群體同樣7個(gè)位點(diǎn)的平均多態(tài)信息含量(=0.832)無(wú)顯著差異。對(duì)洞庭湖(DT)、鄱陽(yáng)湖(PY)、梁子湖(LZ)等8地的梨形環(huán)棱螺的遺傳多樣性分析發(fā)現(xiàn)平均遺傳多樣性在0.832~0.888之間,且各個(gè)種群內(nèi)部表現(xiàn)出明顯的遺傳變異,但是種群間的遺傳變異差別不大。此外,各個(gè)群體顯著偏離Hardy-weinberg平衡,這和本研究中11個(gè)地理種群的分析結(jié)論一致,且雜合體缺失和無(wú)效等位基因的存在是各個(gè)群體顯著偏離Hardy-weinberg平衡的原因。截至目前,對(duì)全國(guó)梨形環(huán)棱螺的19個(gè)群體進(jìn)行了遺傳多樣性分析,說(shuō)明梨形環(huán)棱螺種群雖然分布廣,但其遺傳多樣性仍處于較高水平,且不同地理種群之間的遺傳變異不大。長(zhǎng)江水系在很長(zhǎng)一段時(shí)間與兩岸湖泊相互連通,湖泊水系連通性好,以及長(zhǎng)江流域頻發(fā)的洪水可能促進(jìn)了長(zhǎng)江流域梨形環(huán)棱螺的擴(kuò)散和種群之間的交流。根據(jù)BOTSTEIN等提出的衡量基因變異程度高低的指標(biāo)可見(jiàn),表明這7個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)均具有高度多態(tài)性,能確切提供遺傳信息,可以應(yīng)用于梨形環(huán)棱螺的遺傳多樣性、遺傳結(jié)構(gòu)、種質(zhì)鑒定等分析。對(duì)銅銹環(huán)棱螺的微衛(wèi)星標(biāo)記進(jìn)行種間擴(kuò)增也表現(xiàn)出較高的多態(tài)性,為我國(guó)環(huán)棱螺遺傳多樣性研究提供依據(jù)。

        遺傳分化指數(shù)是衡量群體間遺傳分化的重要指標(biāo),群體間遺傳距離越小,遺傳分化程度越低,群體間的親緣關(guān)系越近。一般而言,當(dāng)<0.05時(shí),群體間遺傳分化較??;0.05<<0.15時(shí)群體間有中等程度的遺傳分化;當(dāng)0.15<<0.25時(shí),群體間遺傳分化程度較大;當(dāng)>0.25時(shí),群體間遺傳分化顯著。以長(zhǎng)江為界,大尺度范圍內(nèi)對(duì)長(zhǎng)江以北、長(zhǎng)江流域、長(zhǎng)江以南三大區(qū)域進(jìn)行AMOVA分析也發(fā)現(xiàn),種群間的遺傳變異比例很低,主要的遺傳變異(91.57%)來(lái)自群體內(nèi),與本研究結(jié)論一致。

        3.2 梨形環(huán)棱螺繁殖方式

        螺類的一些種具有孤雌生殖的繁殖方式,這有利于種群快速擴(kuò)散,即使只有一個(gè)個(gè)體也能快速占領(lǐng)特定的生態(tài)位并形成種群,孤雌生殖的同一世代個(gè)體絕大多數(shù)都是雌性個(gè)體,少數(shù)是雄性個(gè)體。梨形環(huán)棱螺幼體能夠倒吸在水體表面下進(jìn)行漂浮,也能吸附在漂浮物上進(jìn)行水平移動(dòng),從而促進(jìn)了梨形環(huán)棱螺的擴(kuò)散和交流,可能是不同地理種群遺傳多樣性得以保持的原因之一。盡管孤雌生殖會(huì)導(dǎo)致群體遺傳多樣性降低,但營(yíng)孤雌生殖的生物(包括部分螺類)進(jìn)化出了兩套生殖方式,即有性生殖和孤雌生殖并存,但有性生殖和孤雌生殖在何種條件下進(jìn)行轉(zhuǎn)換的機(jī)制仍未能得到完全解釋,梨形環(huán)棱螺是否也存在類似系統(tǒng)以及這兩套系統(tǒng)在何種條件下進(jìn)行轉(zhuǎn)化仍需進(jìn)一步深入研究。

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