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        非小細(xì)胞肺癌預(yù)后預(yù)測(cè)模型的建立與驗(yàn)證

        2022-01-29 03:53:28桂思語(yǔ)桂思吟
        關(guān)鍵詞:肺癌模型

        桂思語(yǔ) 桂思吟

        肺癌作為一種惡性程度極高的腫瘤,是2018 年全球癌癥相關(guān)死亡主要原因(發(fā)病率11.6%,死亡率18.4%),近一半新發(fā)肺癌病例和半數(shù)以上死亡病例發(fā)生在亞洲[1],約占男性癌癥患者癌癥死亡率的19%[2]。肺癌總診斷率中,非小細(xì)胞肺癌(NSCLC)約占85%,預(yù)后差[3]。癌細(xì)胞異常突變是表觀遺傳和表位轉(zhuǎn)錄組改變等的結(jié)果[4]?;煯a(chǎn)生的耐藥性[5]和多發(fā)性高頻轉(zhuǎn)移極大限制了其臨床療效和患者中位生存時(shí)間,所以尋找一種簡(jiǎn)便有效的預(yù)測(cè)模型、為肺癌患者提供個(gè)性化的治療手段顯得尤為重要。本文研究了不同因素對(duì)NSCLC 患者預(yù)后的影響[6],包括年齡、性別和吸煙狀況、電離輻射[7]、空氣污染(職業(yè)接觸和環(huán)境致癌物也是增加肺癌發(fā)病率的因素)等,發(fā)現(xiàn)ANN 具有良好的預(yù)后預(yù)測(cè)性能。

        1 資料與方法

        1.1 一般資料

        本研究資料來(lái)源于淮南東方醫(yī)院集團(tuán)腫瘤醫(yī)院肺癌診斷中心、微創(chuàng)中心和肺癌患者。本研究中的患者數(shù)據(jù)在收集前獲醫(yī)院批準(zhǔn)且每個(gè)受試者均簽署了知情同意書。研究對(duì)2016 年1 月—2019 年6 月收治的507 例NSCLC 患者,男性356 例,女性151 例,年齡58~74歲,腺癌254 例,鱗癌101 例,大細(xì)胞癌12 例,其他類型140 例,匯總所有資料人口統(tǒng)計(jì)學(xué)特征。數(shù)據(jù)集按8 ∶2 隨機(jī)分為訓(xùn)練集和驗(yàn)證集,訓(xùn)練集的患者的年齡58~74,平均(66±4.31)歲;驗(yàn)證集的患者的年齡60~74 歲,平均(65±3.96)歲。訓(xùn)練集包括405 個(gè)樣本單元,221 例預(yù)后良好,184 例較差。其余55 例預(yù)后良好,47 例預(yù)后差。利用訓(xùn)練集建立模型和諾莫圖,缺失數(shù)值被多重插補(bǔ)代替,驗(yàn)證集被用來(lái)評(píng)估每個(gè)模型的有效性,研究遵循TRIPOD 聲明。

        1.2 研究方法

        病歷進(jìn)行回顧性分析,腫瘤分期和病理分型的確診基于第8 版TNM 分期系統(tǒng)和國(guó)際癌癥控制聯(lián)合會(huì)發(fā)表的病理學(xué)文獻(xiàn)。

        1.3 統(tǒng)計(jì)學(xué)方法

        采用SPSS 20.0 和R(3.4.1 版)軟件分析數(shù)據(jù),采用Pearson 檢驗(yàn)或Fisher 精確概率法進(jìn)行計(jì)數(shù)資料單因素分析,用t檢驗(yàn)比較分類變量和連續(xù)變量的分布。采用logistic 多元回歸、cox 多元回歸模型、神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型、決策樹模型、隨機(jī)森林模型和諾莫圖,P<0.05 被認(rèn)為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

        2 結(jié)果

        將不同人口學(xué)特征的變量(P<0.05 和P<0.001)納入各模型,得到各模型具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的因子和指標(biāo)的C 指數(shù)結(jié)果,如表1 所示。同時(shí)繪制ROC 曲線并計(jì)算相應(yīng)曲線下面積的AUC,如圖1。決策樹調(diào)整后模型如圖2;隨機(jī)樹森林調(diào)整后模型如圖3;神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)調(diào)整后模型如圖4。根據(jù)各自變量大小回歸系數(shù)制定評(píng)分標(biāo)準(zhǔn),計(jì)算每個(gè)患者的諾莫圖如圖5、6。

        表1 調(diào)整前后神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)、隨機(jī)森林、決策樹、Logistic 多元回歸和Cox 多元回歸模型的評(píng)價(jià)指標(biāo)

        3 模型概述

        經(jīng)過(guò)不同模型的多向分析,可見(jiàn):神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型的預(yù)測(cè)性能最高(AUC=0.985),其次是隨機(jī)森林模型(AUC=0.881),而logistic 回歸模型(AUC=0.746)略低于cox 回歸模型(AUC=0.855),決策樹的預(yù)測(cè)性能最低(AUC=0.723)。

        與線性模型(包括logistic 回歸和cox 回歸)相比,非線性模型對(duì)NSCLC 患者的預(yù)后有更好的預(yù)測(cè)效果。其次,泛化能力弱的樹突狀模型(如決策樹)對(duì)NSCLC患者預(yù)后的預(yù)測(cè)性能低于線性模型(如logistic 回歸),但線性模型的預(yù)測(cè)性能低于泛化能力強(qiáng)的樹模型(如隨機(jī)森林)。

        4 討論

        4.1 模型比較

        臨床應(yīng)用中建立預(yù)測(cè)模型需要考慮以下幾個(gè)方面:自變量選擇、自變量與因變量之間的關(guān)系、自變量之間的關(guān)系、選型(簡(jiǎn)單線性,廣義線性,混合線性,降維,彈性處理線性和非線性的能力,可視化等)。Logistic 回歸和Cox 回歸屬于廣義線性方程,神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)和決策樹屬于分類模型,隨機(jī)森林屬于非線性擬合模型。這些模型的優(yōu)缺點(diǎn)不盡相同,在臨床預(yù)測(cè)中均得到了廣泛的應(yīng)用,因此分析模型的特點(diǎn)對(duì)于臨床工作者和預(yù)測(cè)模型在臨床疾病中的應(yīng)用都極為重要。

        Logistic 和cox 回歸模型用來(lái)描述不隨時(shí)間變化的多個(gè)特征對(duì)某一時(shí)間死亡率的影響,是廣義線性半?yún)?shù)回歸模型[8],而ANN 是按不同層次組織的多個(gè)物流單元的網(wǎng)絡(luò),每一層的輸出變量作為下一層的輸入變量,原始特征是輸入層。在NSCLC 預(yù)測(cè)模型中,ANN 是生物神經(jīng)系統(tǒng)數(shù)學(xué)模型的推廣,具有最高的預(yù)測(cè)精度和性能(AUC=0.985),對(duì)于給定數(shù)據(jù)集的輸入輸出映射關(guān)系有極好的學(xué)習(xí)能力[9],具有固有的非線性特性,更適于復(fù)雜數(shù)據(jù)模式的精確建模,被應(yīng)用于許多醫(yī)學(xué)領(lǐng)域如心臟病、胃腸病、神經(jīng)內(nèi)科、兒科、肺內(nèi)科、腫瘤學(xué)等[10],如Hart 團(tuán)隊(duì)[11]通過(guò)對(duì)年齡、BMI、吸煙史、心臟病等信息的處理得到ANN 預(yù)測(cè)肺癌危險(xiǎn)性的敏感度為75.3%,特異性為80.6%。ANN 反映了生物神經(jīng)系統(tǒng)處理外界事物的基本過(guò)程,反映了人腦功能的多種反應(yīng)[12],它是在模擬人腦神經(jīng)組織的基礎(chǔ)上開發(fā)的計(jì)算系統(tǒng)。數(shù)學(xué)理論證明,三層神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)能以任意精度逼近任意非線性連續(xù)函數(shù)。

        樹模型根據(jù)給定的預(yù)測(cè)變量對(duì)所有特征進(jìn)行逐一處理,線性模型將所有特征相加得到新的值,這正是決策樹與logistic 回歸的分類差異之處。Logistic 回歸是將所有特征轉(zhuǎn)化為概率后,將其劃分為大于某一概率閾值的特征,將小于某一概率閾值的特征劃分為另一類;決策樹是每個(gè)特征的分區(qū)。此外,logistic 回歸能找到線性分割(除非x 是多維映射的,否則輸入特征x 與logit 之間是線性的),而決策樹只能找到非線性分割。因此,樹模型更接近人類的思維方式,產(chǎn)生可視化的分類規(guī)則,并且生成的模型是可解釋的(規(guī)則可以提?。?。樹模型擬合的函數(shù)實(shí)際上是分區(qū)間的階躍函數(shù)。隨機(jī)森林是一種Bagging 算法。由于樹的組合,RF 可以處理非線性數(shù)據(jù),屬于非線性分類(擬合)模型。作為非線性擬合的代表,其優(yōu)良的非線性映射能力使其特別適用于解決內(nèi)部機(jī)制復(fù)雜的問(wèn)題,如非小細(xì)胞肺癌的預(yù)后預(yù)測(cè)。決策樹模型對(duì)異常缺失值的處理能力較強(qiáng),但數(shù)據(jù)不穩(wěn)定、準(zhǔn)確性較差。隨機(jī)森林解決了其泛化能力弱的問(wèn)題,每棵樹獨(dú)立生成,處理高維數(shù)據(jù)無(wú)需特征選擇,適應(yīng)性強(qiáng),精度高,方法易于并行化,尤其適用于解決內(nèi)部機(jī)制復(fù)雜如NSCLC 的預(yù)后預(yù)測(cè)的問(wèn)題。我們的評(píng)估參數(shù)顯示,隨機(jī)森林(調(diào)整后AUC=0.881)的預(yù)測(cè)能力大于決策樹(調(diào)整后AUC=0.723)。決策樹模型代表了一系列屬性與結(jié)果之間的映射關(guān)系。

        諾莫圖能預(yù)測(cè)所有已知變量單獨(dú)或組合情況下的中值生存時(shí)間或生存概率,作為評(píng)估腫瘤預(yù)后的新工具,在Logistic、Cox 回歸結(jié)果可視化應(yīng)用中倍受關(guān)注。

        4.2 高血壓(HTN)預(yù)測(cè)能力的論證

        HTN 作為全身基礎(chǔ)狀態(tài)的評(píng)價(jià)指標(biāo)之一,診斷準(zhǔn)確率高,假陽(yáng)性率低,可作為監(jiān)測(cè)治療效果和患者預(yù)后的指標(biāo)。HTN 可能是由于血管內(nèi)皮生長(zhǎng)因子(VEGF)途徑的抑制而導(dǎo)致的功能性或結(jié)構(gòu)性血管稀疏。治療誘導(dǎo)的HTN 的存在意味著VEGF 信號(hào)通路的成功阻斷,因此HTN 被認(rèn)為是抗血管生成藥物臨床療效的替代生物標(biāo)志物。二期臨床試驗(yàn)初步結(jié)果表明,阿帕蒂尼在晚期非鱗狀NSCLC 和晚期NSCLC 患者中具有顯著臨床活性。Fang 等人[13]對(duì)接受阿帕蒂尼治療的晚期NSCLC患者進(jìn)行了回顧性分析,結(jié)果顯示HTN 患者有效率是非HTN 患者的5 倍以上,提示HTN 可作為預(yù)測(cè)晚期NSCLC 患者預(yù)后的生物標(biāo)志物,此結(jié)論在本研究中得到了驗(yàn)證。

        4.3 治療策略對(duì)NSCLC 患者生存時(shí)間的顯著影響

        Cox 分析顯示,影響NSCLC 患者生存時(shí)間的重要因素包括NSCLC 分型、M 分期、放療和化療次數(shù),優(yōu)化前后影響因素?zé)o差異,AUC 分別為0.726 和0.746。肺癌的生物學(xué)特性與腫瘤本身的惡性程度如是否有轉(zhuǎn)移、NSCLC 的類型、M 分期等有高度的相關(guān)性。由此推斷,生存時(shí)間更依賴于后期治療的效果,包括治療策略和個(gè)體因素:臨床干預(yù)包括放化療次數(shù)、劑型和劑量;個(gè)體因素包括患者依從性、藥物耐受性,影響藥物療效的因素(如肝抑制劑)、遺傳因素、營(yíng)養(yǎng)狀況(吸煙、飲酒)和精神狀態(tài)。因此后續(xù)研究需要擴(kuò)大樣本量,對(duì)評(píng)價(jià)因子進(jìn)行細(xì)致劃分,以獲得更準(zhǔn)確的信息,做出更有效的評(píng)價(jià)。

        4.4 人群選擇偏差

        決策樹優(yōu)化前有M 分期、淋巴細(xì)胞計(jì)數(shù)、矽肺與否、輔助化療次數(shù)4 個(gè)節(jié)點(diǎn),調(diào)整后有年齡、N 期、M 期、輔助化療次數(shù)、淋巴細(xì)胞計(jì)數(shù)6 個(gè)節(jié)點(diǎn)。矽肺不是決策樹最終模型中的節(jié)點(diǎn)之一,其發(fā)生反映了人群地理區(qū)域和職業(yè)環(huán)境。本研究地區(qū)矽肺病患者數(shù)量高于其他居住區(qū),導(dǎo)致決策樹模型在調(diào)整前發(fā)生偏差。因此,矽肺作為一個(gè)不穩(wěn)定因素在調(diào)整后被消除,模型精度也得到了提高。為了提高正電子發(fā)射斷層掃描/計(jì)算機(jī)斷層掃描(PET/CT)對(duì)NSCLC 轉(zhuǎn)移淋巴結(jié)(LN)的診斷性能,Pak K 建立了一個(gè)九變量決策樹模型,包括115 名NSCLC 患者、66 名NSCLC 患者和49 名驗(yàn)證集患者[14],該模型的敏感性和特異性分別為50%、40%、99.28% 和96.23%。敏感性低,特異性好,陰性預(yù)測(cè)值高。

        4.5 諾莫圖

        根據(jù)各自變量的大小回歸系數(shù)制定評(píng)分標(biāo)準(zhǔn),對(duì)每個(gè)自變量的每個(gè)取值水平進(jìn)行評(píng)分。對(duì)于每個(gè)患者,可以計(jì)算出總得分,根據(jù)得分與結(jié)果概率之間的轉(zhuǎn)換函數(shù)計(jì)算每個(gè)患者的結(jié)果時(shí)間概率,此方法得到的即諾莫圖。在諾莫圖中,預(yù)測(cè)模型的變量列在左側(cè),繪制頂部β 項(xiàng)線以顯示每個(gè)項(xiàng)目的分?jǐn)?shù)。這些數(shù)字之和位于總分軸上,每個(gè)患者的值位于每個(gè)可變軸上,向上繪制一條線以確定每個(gè)變量值接收的點(diǎn)數(shù)。這些數(shù)字的總和位于總點(diǎn)的軸上,因此很容易看到對(duì)應(yīng)的可能性關(guān)系。

        諾莫圖可以方便地查詢中值生存時(shí)間或預(yù)測(cè)生存概率。該方法是在相應(yīng)的線段中查詢已知預(yù)測(cè)變量的值,然后結(jié)合圖線的對(duì)應(yīng)關(guān)系。因此,可以獲得在所有已知預(yù)測(cè)變量單獨(dú)或組合的情況下的中值生存時(shí)間或預(yù)測(cè)生存概率。諾莫圖作為一種評(píng)估腫瘤和醫(yī)學(xué)預(yù)后的新工具,在Logistic 回歸或Cox 回歸結(jié)果可視化的應(yīng)用中日益受到重視,可視化工具的有效應(yīng)用為臨床醫(yī)生快速掌握流行病學(xué)工具帶來(lái)了方便,提高了模型的實(shí)際應(yīng)用能力[15-16]。

        機(jī)器學(xué)習(xí)的目的是預(yù)測(cè),統(tǒng)計(jì)學(xué)的主要目的是解釋,預(yù)測(cè)模型必須依靠?jī)烧叩挠行ЫY(jié)合。隨著機(jī)器學(xué)習(xí)理論和方法在臨床決策中的日益廣泛應(yīng)用,如何建立一個(gè)有效的臨床預(yù)測(cè)模型逐漸受到重視。神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)可以不加選擇地包含盡可能多的預(yù)測(cè)變量,具有最高的預(yù)測(cè)性能,但若想強(qiáng)調(diào)結(jié)果的狀態(tài),我們的研究結(jié)果建議使用非線性模型來(lái)預(yù)測(cè)NSCLC的預(yù)后。非小細(xì)胞肺癌,包括鱗癌、腺癌、大細(xì)胞癌等類型,生物學(xué)機(jī)制不一致,死亡率高,晚期轉(zhuǎn)移,影響預(yù)后的各種因素尚不清楚,因此,神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型是一種非線性擬合模型,具有較強(qiáng)的泛化能力和容錯(cuò)能力,可以高精度地預(yù)測(cè)非小細(xì)胞肺癌患者的預(yù)后。本文分析的危險(xiǎn)因素和模型的結(jié)論有助于進(jìn)一步研究NSCLC 患者預(yù)后因素、模型選擇和循證醫(yī)患溝通等諸多問(wèn)題。

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