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        6種非洲豬瘟熒光PCR試劑盒對(duì)比試驗(yàn)

        2022-01-24 03:22:40彭苗苗杜麗飛邱美珍劉伯承周望平
        湖南畜牧獸醫(yī) 2021年6期
        關(guān)鍵詞:核酸豬瘟靈敏度

        彭苗苗,杜麗飛,王 慧,楊 俊,邱美珍,劉伯承,周望平,危 婷

        (1.湖南省畜牧獸醫(yī)研究所,湖南長沙410131;2.湖南鑫廣安農(nóng)牧股份有限公司,湖南長沙410131)

        非洲豬瘟(African swine fever,ASF)是由非洲豬瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)引起的一類烈性動(dòng)物傳染病,主要感染動(dòng)物為家豬、疣豬和野豬[1]。發(fā)病特征主要是廣泛出血、高熱,按照病程長短可分為最急性、急性型、慢性型,最急性型和急性型的發(fā)病病程短,死亡率可達(dá)100%,我國將非洲豬瘟列為一類動(dòng)物傳染病,也是世界動(dòng)物衛(wèi)生組織(World Organization for Animal Health,OIE)法定報(bào)告的動(dòng)物疫病[2]。非洲豬瘟自2018年8月傳入中國以來,流行面大而廣,給我國的生豬全產(chǎn)業(yè)鏈造成了前所未有的打擊和極大的經(jīng)濟(jì)損失[3]。我國乃至全世界均未研制出有效的非洲豬瘟商業(yè)化疫苗,也沒有可靠的治療藥物,目前對(duì)于我國的養(yǎng)豬企業(yè)和養(yǎng)殖戶來說防控非洲豬瘟的有效手段就是做好豬場的生物安全[4]。

        養(yǎng)豬場生物安全的核心在于防止外來病原傳入豬場,這也是非洲豬瘟防控的核心所在,豬場需要建立嚴(yán)格的生物安全體系,通過對(duì)進(jìn)場的人員、物資、車輛等進(jìn)行一系列的洗消隔離措施,防止非洲豬瘟病毒被攜帶進(jìn)入豬場,同時(shí)養(yǎng)殖企業(yè)甚至養(yǎng)豬場需要建立可靠的熒光PCR實(shí)驗(yàn)室,對(duì)受威脅的豬群進(jìn)行全面嚴(yán)格的主動(dòng)監(jiān)測,作為豬場非洲豬瘟疫情預(yù)警的一種基本手段,才能做到及時(shí)發(fā)現(xiàn)疫情,以便采取隔離、撲殺、消毒燈嚴(yán)格的下一步處置措施,防止疫情的進(jìn)一步擴(kuò)大[5];對(duì)日常進(jìn)場的人員、物資、車輛等可能攜帶非瘟病毒的載體進(jìn)行采樣檢測,為科學(xué)了解非瘟病毒傳入豬場的途徑提供依據(jù),做到有的放矢,重點(diǎn)突出;目前市面上商品化的非洲豬瘟熒光PCR檢測試劑盒品類眾多,但檢測的靈敏度和準(zhǔn)確度卻不盡相同,給使用者帶來不小的困惑和麻煩。為了解不同廠家的非洲豬瘟熒光PCR檢測試劑盒檢測的靈敏度和穩(wěn)定性,使用已知濃度的核酸作為標(biāo)準(zhǔn)樣品,評(píng)估非洲豬瘟熒光PCR檢測試劑盒檢測的敏感性和一致性,選擇一種到兩種最優(yōu)的非洲豬瘟熒光PCR檢測試劑盒,以便有目的、有重點(diǎn)地開展相應(yīng)的豬群監(jiān)測,制定合理的采樣程序,同時(shí)也為試劑盒生產(chǎn)廠家改進(jìn)試劑盒提供參考,我們開展了不同廠家非洲豬瘟熒光PCR試劑盒檢測效果的對(duì)比試驗(yàn)。

        1 材料與方法

        1.1 材料

        1.1.1 非洲豬瘟核酸檢測試劑盒:使用5個(gè)不同廠家的6種非洲豬瘟核酸檢測試劑盒,分別標(biāo)注為A1、A2、B、C、D、E,具體如表1。

        表1 五種不同廠家的非洲豬瘟核酸檢測試劑盒

        1.1.2 核酸提取試劑盒:使用某品牌DNA核酸手動(dòng)提取試劑盒

        1.1.3 標(biāo)準(zhǔn)陽性核酸樣本:本次試驗(yàn)使用已知陽性的核酸樣品作為待測樣品,經(jīng)熒光定量PCR試驗(yàn)測定的核酸濃度為3×105copies/mL。

        1.1.4 試驗(yàn)儀器:本次對(duì)比試驗(yàn)使用的主要儀器如表2。

        表2 主要儀器

        1.2 方法

        1.2.1 核酸樣品梯度稀釋:將已知陽性的樣品,將其進(jìn)行10倍的梯度稀釋,每管吹打100次混勻,取100、10-1、10-2、10-3、10-45個(gè)濃度作為待測樣本,分別編號(hào)1~5,并設(shè)置3個(gè)平行重復(fù)。

        核酸提?。喊凑赵噭┖姓f明書給出的方法對(duì)待測品進(jìn)行核酸提取。

        1.2.2 熒光PCR反應(yīng):選取已提取好的核酸樣本,每個(gè)待測核酸樣本設(shè)置3個(gè)平行重復(fù),并設(shè)置空白對(duì)照,按照各試劑盒說明書給出的方法和步驟,進(jìn)行熒光定量PCR反應(yīng),具體的反應(yīng)體系和反應(yīng)條件如表3。

        表3 不同試劑盒的反應(yīng)體系和反應(yīng)條件

        1.2.3 各對(duì)比因素得分計(jì)算:對(duì)每種對(duì)比因素進(jìn)行排名,并依據(jù)排名計(jì)算每個(gè)試劑盒的得分,最后按各試劑盒的總得分進(jìn)行最終進(jìn)行對(duì)比排名,以排名最低或最高得6分,隨排名升高或降低分別得分54321。(同樣排名時(shí)取同分,其中對(duì)比ct值均值時(shí)無ct值的得0分)

        2 結(jié)果

        2.1 試劑盒檢測原始結(jié)果

        從表4和圖1可以看出,6種試劑盒均能檢測到陽性樣品,顯示出不同的ct值,且大部分擁有正常熒光曲線,但仍有部分樣品的檢測雖然有ct值的,沒有表現(xiàn)為正常的指數(shù)型曲線,依據(jù)各試劑盒說明書,判定結(jié)果為陰性。

        表4 各試劑盒檢測ct值記錄表

        圖1 不同試劑盒熒光PCR曲線

        2.2 試劑盒檢測靈敏度

        2.2.1 試劑盒檢測出ct值的樣品數(shù)量(正常熒光曲線)

        從圖2可以看出,6種試劑盒能夠檢測出ct值且有正常熒光曲線的樣品數(shù)量不一,按檢出數(shù)量由高至低排列依次為試劑盒C(得6分)=試劑盒D(得6分)>試劑盒A2(得4分)>試劑盒E(得3分)>試劑盒B(得1分)=試劑盒A1(得1分)。

        圖2 各試劑盒檢測出ct值的樣品數(shù)量圖(正常熒光曲線)

        2.2.2 各試劑盒檢出的核酸最低拷貝數(shù)

        從表5可以看出,6種試劑盒能夠檢測出的最低核酸拷貝數(shù)不一,按檢出限度量由低至高排列依次為試劑盒C(得6分)=試劑盒D(得6分)<試劑盒A2(得4分)<試劑盒E(得1分)=試劑盒B(得1分)=試劑盒A1(得1分),其中試劑盒C和D在本次對(duì)比試驗(yàn)中的檢測極限為3×101copies/mL。

        表5 各試劑盒檢出的核酸最低拷貝數(shù)對(duì)比

        2.2.3 各試劑盒在不同稀釋度檢出的ct值平均值對(duì)比

        從表6可以看出,6種試劑盒能夠檢測出的ct值均值大小不一,經(jīng)計(jì)算,各試劑盒在不同稀釋度檢出的ct值平均值項(xiàng)的得分分別為試劑盒D(5.6)>試劑盒C(5.2)>試劑盒A2(2.4)>試劑盒E(1.4)>試劑盒B(0.8)>試劑盒A1(0.4)。

        表6 各試劑盒在不同稀釋度檢出的ct值平均值對(duì)比

        綜合檢出ct值的樣品數(shù)量、檢出的核酸最低拷貝數(shù)和不同稀釋度檢出的ct值平均值三種因素來分析各試劑盒檢測非瘟病毒核酸的靈敏度,并計(jì)算得分的平均值,可以得出靈敏度得分由高至低的排名為試劑盒D>試劑盒C>試劑盒A2>試劑盒E>試劑盒B>試劑盒A1,試劑盒D靈敏度最高,試劑盒C次之,試劑盒A2、E處于居中水平,試劑盒B和試劑盒A1靈敏度最低。2.3試劑盒檢測數(shù)據(jù)一致性

        從表7可以看出,6種試劑盒能夠檢測出的ct值離散度不一,經(jīng)計(jì)算,各試劑盒在不同稀釋度檢出ct值離散度得分分別為試劑盒D(5)>試劑盒C(4.8)>試劑盒A2(3.2)>試劑盒E(1.2)>試劑盒B(0.8)=試劑盒A1(0.8)。

        表7 各試劑盒同稀釋度檢測ct值的離散度對(duì)比

        3 最終對(duì)比結(jié)果

        表8 各試劑盒在不同因素對(duì)比時(shí)的得分

        通過比較6種試劑盒對(duì)已知核酸含量標(biāo)準(zhǔn)樣品的不同稀釋度樣品的檢測結(jié)果發(fā)現(xiàn),試劑盒D和C的檢測靈敏性最高,試劑盒A2次之,試劑盒E處于居中水平,試劑盒B和A1靈敏性最低;從檢出的ct值離散度來判斷各試劑盒檢測的一致性,試劑盒D和C的檢測一性最好,試劑盒A2次之,試劑盒E處于居中水平,試劑盒B和A1一致性最差。

        根據(jù)檢出ct值的樣品數(shù)量、檢出核酸最低拷貝濃度、檢出ct值的平均值和檢出ct值的離散度四個(gè)維度的得分來綜合判斷試劑盒,得出的最終結(jié)果試劑盒D的靈敏度和一致性最好,試劑盒C得分稍低,但與試劑盒D差距很小,幾乎在同一水平,試劑盒A2靈敏度和一致性次之,其余三種試劑盒E>試劑盒B>試劑盒A1。

        4 討論

        目前我國在市面上流通的商品化非洲豬瘟熒光PCR試劑盒的廠家眾多,雖然農(nóng)業(yè)部已經(jīng)對(duì)部分廠家的非瘟熒光試劑盒進(jìn)行了檢測能力評(píng)估,但沒有提供具體的對(duì)比數(shù)據(jù),對(duì)于養(yǎng)豬企業(yè)和散養(yǎng)戶來說,他們的檢測實(shí)驗(yàn)室需要設(shè)計(jì)標(biāo)準(zhǔn)化的科學(xué)實(shí)驗(yàn),從琳瑯滿目、良莠不齊的眾多商品化試劑盒中選擇一款或兩款檢測能力優(yōu)秀的試劑盒來為實(shí)際的防非場景提供依據(jù),由于實(shí)際的各種限制,這種評(píng)估試驗(yàn)在部分企業(yè)尤其是小型養(yǎng)殖場中并不能完成,大多只是在使用時(shí)通過主觀感受或者簡單的數(shù)據(jù)對(duì)比來評(píng)估試劑盒的檢測效果,本試驗(yàn)從檢出ct值的樣品數(shù)量、檢出核酸最低拷貝濃度、檢出ct值的平均值和檢出ct值的離散度四個(gè)維度來評(píng)估對(duì)6種試劑盒的敏感性和一致性進(jìn)行數(shù)據(jù)對(duì)比,綜合對(duì)比6種試劑盒的檢測效果。

        從最終對(duì)比結(jié)果可以看出,采用50μL體系的試劑盒C、D、A2相較30μL、25μL體系的試劑盒B、A1和E在靈敏度和一致性具有明顯優(yōu)勢,這可能與不同體系加入的樣品量及體系中模板含量有關(guān),這與王金良[6]等的研究結(jié)論一致;同時(shí)可以看出所有試劑盒對(duì)高濃度的核酸進(jìn)行檢測時(shí)都有較好的一致性,6種試劑盒檢測原濃度的核酸(3×105copies/mL)得到的三組ct值的離散度均小于2%,而隨著稀釋倍數(shù)的增加,各試劑盒檢出的ct值逐漸升高,并于不同的濃度將ct值提升為可疑區(qū)間,所有試劑盒在可疑區(qū)間的檢測一致性都相對(duì)較差,說明對(duì)達(dá)到試劑盒檢測極限前的低濃度核酸進(jìn)行檢測時(shí),所有試劑盒的檢測結(jié)果都不太穩(wěn)定,需要更換試劑盒進(jìn)行一次或多次復(fù)檢才能得到一個(gè)相對(duì)可靠的判斷結(jié)果;在養(yǎng)殖一線的檢測中應(yīng)根據(jù)檢測目的來選擇不同的試劑盒,比如進(jìn)行普遍的豬群篩查時(shí)應(yīng)優(yōu)先使用靈敏度較好的試劑盒進(jìn)行監(jiān)測,對(duì)于可疑結(jié)果的復(fù)檢一般應(yīng)優(yōu)先選擇一致性好、特異性強(qiáng)的試劑盒。 □

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