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        可用于表征可電離化合物離子化影響的描述符研究進(jìn)展

        2022-01-20 03:09:30楊先海劉會(huì)會(huì)王連軍
        生態(tài)毒理學(xué)報(bào) 2021年5期
        關(guān)鍵詞:離子化描述符毒性

        楊先海,劉會(huì)會(huì),王連軍

        南京理工大學(xué)環(huán)境與生物工程學(xué)院,江蘇省化工污染控制與資源化高校重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,南京 210094

        可電離有機(jī)化合物(ionizable organic chemicals, IOCs)是指分子結(jié)構(gòu)中包含解離基團(tuán)(如羥基(—OH)、羧基(—COOH)、磺酸基(—SO3H)和氨基(—NH2)等)的有機(jī)酸堿、有機(jī)兩性離子和有機(jī)鹽等。在人為有意生產(chǎn)的化學(xué)品或無(wú)意識(shí)產(chǎn)生的化學(xué)品中,IOCs均占有較大比例。據(jù)估計(jì),在歐盟《化學(xué)品的注冊(cè)、評(píng)估、授權(quán)和限制法規(guī)》(REACH法規(guī))中登記注冊(cè)的14多萬(wàn)種化學(xué)品中,約半數(shù)屬于IOCs[1-3];在目前使用的藥物中,約80%屬于IOCs[4],而85%~95%的原料藥也屬于IOCs[5]。在水消毒副產(chǎn)物等無(wú)意識(shí)產(chǎn)生的化學(xué)品中,也存在大量的取代有機(jī)羧酸類(lèi)、取代酚類(lèi)等IOCs[6]。由于IOCs在生產(chǎn)、生活中的大量使用,以及在水消毒等過(guò)程中無(wú)意識(shí)的產(chǎn)生,導(dǎo)致其會(huì)通過(guò)多種途徑進(jìn)入各環(huán)境介質(zhì)。人群、環(huán)境生物也會(huì)通過(guò)經(jīng)皮、經(jīng)口和呼吸等多種途徑暴露于IOCs,進(jìn)而引發(fā)潛在的健康和/或生態(tài)危害效應(yīng)。因此,有必要從人工化學(xué)品或無(wú)意識(shí)產(chǎn)生的化學(xué)品中篩選識(shí)別具有潛在健康和/或生態(tài)危害效應(yīng)的IOCs,并對(duì)其采取適當(dāng)?shù)墓芸卮胧?,以期保護(hù)人群健康和生態(tài)安全[7]。

        與不可電離化合物相比,IOCs的重要特點(diǎn)是在環(huán)境水體、生理或?qū)嶒?yàn)不同pH條件下,會(huì)解離,從而以不同比例的分子和離子形態(tài)共存。分子和離子形態(tài)存在比例取決于其本身的酸堿解離常數(shù)(pKa)和環(huán)境/生理/試驗(yàn)pH條件(圖1)。式(1)顯示了一元酸堿解離程度的計(jì)算方程[8]:

        (1)

        δ分子和δ離子分別是分子態(tài)和離子態(tài)的比例分?jǐn)?shù);Iab是酸和堿指示系數(shù),酸和堿的Iab分別取1和-1。對(duì)IOCs而言,存在如下2個(gè)問(wèn)題需要回答:一是其共存的分子和離子形態(tài)是否具有不同的物理化學(xué)、環(huán)境歸趨和行為、生態(tài)和健康毒性效應(yīng)?二是哪個(gè)形態(tài)對(duì)化合物的表觀屬性和效應(yīng)貢獻(xiàn)更大?

        圖1 五氯酚、2,3-二氯酚和3-氯酚形態(tài)分布曲線注:HA和A-分別代表分子態(tài)和離子態(tài);化合物pKa實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù) 來(lái)源于EPI Suit 4.1TM的PhysProp數(shù)據(jù)庫(kù)[9]。Fig. 1 Species distribution of pentachlorophenol, 2,3-dichlorophenol and 3-chlorophenolNote: HA and A- are the neutral and anionic forms, respectively; the pKa values of those compounds were obtained from PhysProp Database in EPI Suit 4.1TM[9].

        過(guò)去數(shù)十年的研究表明,IOCs的不同形態(tài)確實(shí)表現(xiàn)不同的物理化學(xué)、環(huán)境歸趨和行為、生態(tài)和健康毒性效應(yīng)[10-14]。受到離子化影響的參數(shù)包括但不僅限于分配參數(shù)(包括有機(jī)碳-水分配系數(shù)[15-16]、牛血清白蛋白-水分配系數(shù)[17-18]、肌肉蛋白-水分配系數(shù)[19-20]、脂質(zhì)體-水分配系數(shù)[3,21-23])、光解速率常數(shù)[24-25]、羥基自由基速率常數(shù)[26]、沸石的吸附能力[27]、生物富集[28]、魚(yú)、大型溞、綠藻和梨形四膜蟲(chóng)等水生生物的急性毒性[29-32]、蛋白相互作用[33-34]等。相關(guān)研究已證實(shí),部分IOCs的表觀屬性或毒性效應(yīng)值,受其分子態(tài)對(duì)應(yīng)的屬性或毒性效應(yīng)值控制,如生物富集、水生生物毒性效應(yīng)等參數(shù)[32,35-37];而有的則取決于其離子態(tài)對(duì)應(yīng)的屬性或毒性效應(yīng)值。我們前期的研究表明,在IOCs與人運(yùn)甲狀腺素蛋白(hTTR)相互作用的過(guò)程中,陰離子形態(tài)的酚類(lèi)化合物、全氟/多氟類(lèi)化合物與hTTR的親和力強(qiáng)于對(duì)應(yīng)的分子態(tài)[34,38]。Goss等[39]的研究也表明,有機(jī)酸的生物分配系數(shù)主要受陰離子控制。因此,現(xiàn)有的研究結(jié)果,一方面表明IOCs的表觀物理化學(xué)、環(huán)境歸趨和行為、生態(tài)和健康毒性效應(yīng)參數(shù)確實(shí)受其離子化的影響,這意味著在開(kāi)展IOCs相關(guān)的實(shí)驗(yàn)或理論研究時(shí),不應(yīng)忽視離子化的影響[40];二是部分IOCs的表觀屬性或毒性效應(yīng)參數(shù)值雖然取決于分子或離子態(tài)的相應(yīng)參數(shù)值,但不可否認(rèn)的是僅考慮分子態(tài)或離子態(tài)貢獻(xiàn)時(shí),往往會(huì)導(dǎo)致低估其屬性或毒性效應(yīng)參數(shù)值[41],這說(shuō)明在進(jìn)行IOCs相關(guān)的研究中,應(yīng)同時(shí)考慮其分子態(tài)和離子態(tài)的貢獻(xiàn)[42]。

        目前,無(wú)論是人為有意生產(chǎn)的化學(xué)品,亦或無(wú)意識(shí)產(chǎn)生的化學(xué)品,大部分仍缺乏基本的物理化學(xué)、環(huán)境歸趨和行為、生態(tài)和健康毒性效應(yīng)參數(shù)數(shù)據(jù)[43-45]。而由于實(shí)驗(yàn)方法面臨成本高、耗時(shí)長(zhǎng)等問(wèn)題,很難對(duì)所有化學(xué)品一一進(jìn)行實(shí)驗(yàn)測(cè)試。為了應(yīng)對(duì)和解決該問(wèn)題,歐美等國(guó)家及經(jīng)濟(jì)合作與發(fā)展組織(OECD)等國(guó)際組織都積極倡導(dǎo)使用預(yù)測(cè)技術(shù)來(lái)進(jìn)行化學(xué)品優(yōu)先級(jí)設(shè)定、填補(bǔ)數(shù)據(jù)缺失等[46-50],如(定量)結(jié)構(gòu)活性/屬性關(guān)系((Q)SA/PR)模型。在過(guò)去幾十年里,科學(xué)家構(gòu)建了許多能夠預(yù)測(cè)化學(xué)品物理化學(xué)、環(huán)境歸趨和行為、生態(tài)和健康毒性效應(yīng)參數(shù)的定量、定性預(yù)測(cè)模型/軟件/工具或?qū)<蚁到y(tǒng)。但是研究發(fā)現(xiàn),絕大部分預(yù)測(cè)模型/軟件/工具或?qū)<蚁到y(tǒng)并不適用于IOCs[43,51-53]。一方面的原因是這些預(yù)測(cè)工具或?qū)<蚁到y(tǒng)的模型應(yīng)用域不含有IOCs[54-55];二是現(xiàn)有預(yù)測(cè)模型選用的描述符未考慮離子化的影響,而僅是基于IOCs分子態(tài)的描述符而構(gòu)建的。而且僅采用IOCs分子態(tài)的描述符,有時(shí)很難構(gòu)建可接受的模型。例如,Endo課題組在研究IOCs與牛血清蛋白之間的分配系數(shù)(KBSA/W)時(shí),就發(fā)現(xiàn)常規(guī)描述符不能構(gòu)建具有較好預(yù)測(cè)能力的IOCsKBSA/W模型[18]。因此,為了構(gòu)建能夠涵蓋IOCs的預(yù)測(cè)模型,需要從兩方面著手,一是在選擇建?;瘜W(xué)品時(shí),需涵蓋IOCs;二是選用能夠表征離子化影響的描述符進(jìn)行建模。

        考慮到描述符是預(yù)測(cè)模型構(gòu)建的核心要素之一[43,50],選用合適的描述符來(lái)表征離子化的影響,對(duì)于構(gòu)建能預(yù)測(cè)IOCs物理化學(xué)、環(huán)境歸趨和行為、生態(tài)和健康毒性效應(yīng)參數(shù)的模型具有重要意義?;诖耍疚目偨Y(jié)了可用于表征可電離化合物離子化影響的描述符,即酸堿解離常數(shù)及其衍生參數(shù)、考慮離子化影響的分配系數(shù)、考慮離子參數(shù)的多參數(shù)線性自由能關(guān)系、基于形態(tài)修正的量化參數(shù),對(duì)其主要特點(diǎn)進(jìn)行了分析,并提出了研究展望。

        1 酸堿解離常數(shù)及其衍生參數(shù)(Acid dissociation constant and derived parameters)

        根據(jù)Henderson-Hasselbalch方程(式2),給定化合物的pKa值取決于其在平衡條件下分子態(tài)和離子態(tài)的濃度[56-57]。在某一特定pH條件下,具有較小pKa值的化合物,在平衡溶液中存在更大比例的離子態(tài)濃度(式3)。

        (2)

        (3)

        式中:[HA]、[A-]和[H+]分別是酸性物質(zhì)平衡條件下對(duì)應(yīng)的分子態(tài)、陰離子和氫離子濃度。

        -logIGC50=-0.772+0.627logKOW

        (4)

        -logIGC50=-0.120+0.614logKOW-0.077pKa

        (5)

        -logIGC50是梨形四膜蟲(chóng)急性毒性效應(yīng)值;logKOW是正辛醇-水分配系數(shù);n訓(xùn)練集是訓(xùn)練集化合物數(shù)量;s是標(biāo)準(zhǔn)誤差。

        使用該方法表征離子化影響時(shí),前提是能獲取準(zhǔn)確的pKa值。然而,部分化合物卻很難準(zhǔn)確測(cè)定其pKa值。例如,全氟辛酸的實(shí)驗(yàn)pKa值介于1.0~3.8[68],其他全氟/多氟化合物的pKa值也存在類(lèi)似問(wèn)題[69]。對(duì)于無(wú)法獲取準(zhǔn)確pKa值的IOCs,該如何處理呢?在這種情況下,可采用分子態(tài)(δ分子)和離子態(tài)(δ離子)的比例分?jǐn)?shù)作為預(yù)測(cè)變量,而替代pKa值。根據(jù)式(1),化合物δ分子和δ離子的值取決于環(huán)境/生理/實(shí)驗(yàn)pH值和其pKa。在一定程度上,使用δ分子和δ離子可減少因pKa變化帶來(lái)的偏差。比如,在生理pH=7.40的條件下,pKa值介于1.0~3.8的全氟辛酸δ離子值取值均為1。目前,已有很多模型采用δ分子和δ離子作為預(yù)測(cè)變量。例如,梨形四膜蟲(chóng)、發(fā)光菌、大型溞和鯉魚(yú)急性毒性[32,70-72]、土壤-水分配系數(shù)[73]、溶解有機(jī)質(zhì)-水分配系數(shù)[74]等參數(shù)預(yù)測(cè)模型。例如,Qin等[70]采用δ分子作用預(yù)測(cè)變量構(gòu)建了能預(yù)測(cè)中性分子、IOCs對(duì)發(fā)光菌(V.fischeri) (式6)、大型溞(D.magna)(式7)和鯉魚(yú)(式8)急性毒性的預(yù)測(cè)模型:

        -logEC50(發(fā)光菌)=1.04+0.701logKOW+1.11S+1.12INO2-0.157logδ分子

        (6)

        -logEC50(大型溞)=1.73+0.628logKOW+0.772S+0.899INO2+0.542logδ分子

        (7)

        -logEC50(鯉魚(yú))=1.52+0.581logKOW+0.767S+1.33INO2+0.461logδ分子

        (8)

        -logEC50(發(fā)光菌)、-logEC50(大型溞)和-logEC50(鯉魚(yú))分別是發(fā)光菌、大型溞和鯉魚(yú)急性毒性效應(yīng)值;S是化合物極化性參數(shù);INO2是分子中硝基個(gè)數(shù)。在構(gòu)建全氟和多氟化合物的hTTR干擾效應(yīng)預(yù)測(cè)模型時(shí),我們選取了δ離子值作為預(yù)測(cè)變量(式9)[38]:

        (9)

        pKa實(shí)驗(yàn)值可從文獻(xiàn)或數(shù)據(jù)庫(kù)查詢(xún),如eChemPortal (https://www.echemportal.org/echemportal/),Drugbank (https://www.drugbank.ca/),ChemIDplus (https://chem.nlm.nih.gov/chemidplus/),Physprop (http://esc.syrres.com/fatepointer/search.asp),OECD QSAR toolbox (https://qsartoolbox.org/)等。若無(wú)實(shí)驗(yàn)pKa值,可采用ChemAxon (http://www.chemaxon.com),Virtual Computational Chemistry Laboratory (http://www.vcclab.org/lab),SPARC (http://www.archemcalc.com/sparc.html),SciFinder (https://scifinder.cas.org)等軟件預(yù)測(cè)。

        2 考慮離子態(tài)貢獻(xiàn)的分配系數(shù)(Distribution coefficient with ionization correction)

        logKOW可表征不可電離化合物或IOCs的分子態(tài)從水相分配到有機(jī)相的能力,因而從20世紀(jì)60年代開(kāi)始[75],logKOW就被用來(lái)預(yù)測(cè)各種涉及分配的環(huán)境歸趨和行為、生態(tài)和健康毒性效應(yīng)參數(shù)[76]。例如,EPI Suit 4.1TM的ECOSARTM模塊主要通過(guò)logKOW來(lái)預(yù)測(cè)化合物魚(yú)、大型溞和綠藻急慢性毒性效應(yīng)數(shù)據(jù)。但是,在涉及IOCs的場(chǎng)合,logKOW的預(yù)測(cè)能力可能變差。例如,圖2(a)顯示了在pH=6.0、7.8和9.0條件下,logKOW與IOCs對(duì)大型溞24 h急性毒性數(shù)據(jù)(-logEC50)之間的關(guān)系。由該圖可知,logKOW與-logEC50之間不存在顯著線性相關(guān)性(pH=7.8和9.0)或僅存在較弱的相關(guān)性(pH=6.0)。如何提高二者之間的相關(guān)性呢?一般認(rèn)為,考慮離子態(tài)貢獻(xiàn)的正辛醇-水分布系數(shù)(logDOW(pH))比logKOW更適合IOCs[77-78]。如圖2(b)所示,在pH=6.0、7.8和9.0條件下,logDOW(pH)與-logEC50的Pearson線性相關(guān)系數(shù)分別從與logKOW的0.350 (P<0.01)、0.250 (P>0.05)和0.174 (P>0.05)提高到0.678 (P<0.0001)、0.798 (P<0.0001)和0.845 (P<0.0001)。這進(jìn)一步說(shuō)明了考慮離子化的重要性。

        logDOW(pH)可以通過(guò)式(10)或(11)計(jì)算:

        logDOW(pH)=logKOW-log(1+10pH-pKa)

        (10)

        (11)

        式中:i指分子或離子態(tài);[species]i,octanol和[species]i,water分別指第i種形態(tài)在正辛醇和水中的濃度。目前,logDOW(pH)已被廣泛用于預(yù)測(cè)可電離環(huán)境污染物的相關(guān)屬性或毒性效應(yīng)[32,79-82]或可電離藥物分子相關(guān)參數(shù)[12,78,83]。例如,Ou等[80]基于logDOW(pH)構(gòu)建了預(yù)測(cè)IOCs魚(yú)類(lèi)肌肉蛋白-水分配系數(shù)(logKMP/w)的預(yù)測(cè)模型(式12):

        logKMP/w=-0.715+0.743logDOW(pH=7.0)+0.0604nCar

        (12)

        圖2 logKOW, logDOW(pH)與-logEC50的關(guān)系注:logKOW表示正辛醇-水分配系數(shù),logDOW(pH)表示正辛醇-水分布系數(shù);可電離有機(jī)化合物(IOCs)的大型溞急性毒性數(shù)據(jù)(-logEC50, 24 h)和 相應(yīng)的logKOW數(shù)據(jù)來(lái)源于Li等[84];logDOW(pH)數(shù)據(jù)采用MarvinSketch 15.6.29.0, 2015(ChemAxo, http://www.chemaxon.com)軟件預(yù)測(cè)。Fig. 2 Correlation between logKOW, logDOW(pH) and -logEC50Note: logKOW is n-octanol/water partition coefficient, and logDOW is n-octanol/water distribution coefficient; the acute toxicity data (-logEC50, 24 h) of ionizable organic chemicals (IOCs) to Daphnia magna, corresponding logKOW values were obtained from Li et al[84], and logDOW(pH) values of those IOCs were predicted employing MarvinSketch 15.6.29.0, 2015 (ChemAxon, http://www.chemaxon.com).

        從結(jié)構(gòu)上看,測(cè)定logKOW和logDOW(pH)使用的辛醇是均相體系,而真實(shí)的生物膜含有磷脂雙分子層,屬于非均相體系。這意味著化合物在辛醇相的分配行為與其在真實(shí)生物膜中的分配或跨膜行為具有較大的差異。因此,相比于logKOW或logDOW(pH),使用膜-水分配系數(shù)(logKm/w)來(lái)表征化合物的膜通透性或膜累積能力具有更大的優(yōu)勢(shì)。然而,由于真實(shí)的生物膜很難獲取及開(kāi)展實(shí)際的測(cè)試,一般采用脂質(zhì)體-水分配系數(shù)(logKlip/w)來(lái)近似替代logKm/w[85]。對(duì)于不可電離化合物,可以采用分子態(tài)的logKlip/w-分子作為預(yù)測(cè)變量。但是對(duì)于IOCs,需要使用在特定pH條件下進(jìn)行形態(tài)修正的脂質(zhì)體-水分配系數(shù)((logDlip/w(pH))來(lái)表征。其定義如下[86]:

        (13)

        式中:logKlip/w-分子和logKlip/w-離子-i分別是IOCs分子態(tài)和第i種離子態(tài)的脂質(zhì)體-水分配系數(shù);δ離子-i是第i種離子態(tài)的比例分?jǐn)?shù)。目前,已有較多模型采用logDlip/w(pH)作為預(yù)測(cè)變量預(yù)測(cè)IOCs的相關(guān)屬性或毒性。如,細(xì)菌毒性[87-88]、藻毒性[22]、斑馬魚(yú)胚胎毒性[10,89]、發(fā)光菌生物發(fā)光抑制毒性[90]、生物累積性[91-92]和吸附屬性[93]等。例如,Klüver等[89]采用logDlip/w(pH)來(lái)預(yù)測(cè)IOCs的斑馬魚(yú)胚胎急性毒性參數(shù)(-logLC50)(式14):

        -logLC50=-2.22+0.99logDlip/w(pH)

        (14)

        化合物的logKOW和logDOW值可以從文獻(xiàn)、數(shù)據(jù)庫(kù)查詢(xún)得到,也可通過(guò)軟件預(yù)測(cè)。如EPI Suit 4.1TM、VEGA (https://www.vegahub.eu/)、OECD QSAR toolbox (https://qsartoolbox.org/)、ChemAxon (http://www.chemaxon.com)等。logKlip/w和logDlip/w(pH)數(shù)據(jù)可通過(guò)查閱文獻(xiàn)獲取或根據(jù)文獻(xiàn)報(bào)道的模型進(jìn)行預(yù)測(cè)。例如,在前期的研究中,我們查詢(xún)了290種化合物的分子態(tài)脂質(zhì)體-水分配系數(shù)(logKlip/w-分子)、106種化合物的離子態(tài)脂質(zhì)體-水分配系數(shù)(logKlip/w-離子)和306種化合物進(jìn)行形態(tài)修正的脂質(zhì)體-水分配系數(shù)((logDlip/w(pH))數(shù)據(jù),同時(shí)構(gòu)建了能預(yù)測(cè)logKlip/w-分子、logKlip/w-離子和logDlip/w(pH)數(shù)據(jù)的模型[85]。

        3 考慮離子參數(shù)的多參數(shù)線性自由能關(guān)系(Ionic descriptors in polyparameter linear free energy relationship (pp-LFER) equation)

        傳統(tǒng)的多參數(shù)線性自由能關(guān)系(pp-LFER)模型可用于預(yù)測(cè)中性化合物從水相/氣相到各種有機(jī)相的分配參數(shù)[94]。pp-LFER模型一般采用如下3個(gè)方程來(lái)表征[95-97]:

        SP=c+eE+sS+aA+bB+vV

        (15)

        SP=c+eE+sS+aA+bB+lL

        (16)

        SP=c+sS+aA+bB+lL+vV

        (17)

        式中:SP一般指分配系數(shù);E是化合物過(guò)量摩爾折射率;S是化合物極化性參數(shù);A和B是分子整體氫鍵酸度和堿度;V是McGowan分子體積;L是298 K條件下,正十六烷-空氣分配系數(shù)的對(duì)數(shù)值;c是常數(shù)項(xiàng);e、s、a、b和v是系數(shù)。目前,該方程在預(yù)測(cè)不可電離化合物的相關(guān)分配系數(shù)方面得到了較多的應(yīng)用,例如在Web of Science數(shù)據(jù)庫(kù),通過(guò)“polyparameter linear free energy relationship”作為關(guān)鍵詞,可以檢索到數(shù)十篇相關(guān)論文,在這里我們就不詳細(xì)列出相關(guān)應(yīng)用。為了適用于IOCs,Abraham和Zhao[98]在傳統(tǒng)pp-LFER方程基礎(chǔ)上通過(guò)引入了2個(gè)新的離子描述符,即J+和J-,提出了考慮離子參數(shù)的pp-LFER方程:

        SP=c+eE+sS+aA+bB+vV+j+J++j-J-

        (18)

        通過(guò)采用考慮離子參數(shù)的pp-LFER方程,前人構(gòu)建了可預(yù)測(cè)IOCs的多種參數(shù),包括有機(jī)溶劑-水分配系數(shù)[99-101]、脂質(zhì)體-水分配系數(shù)[3]、血清白蛋白-水分配系數(shù)[18]、肌肉蛋白水分配系數(shù)[20]、活性炭-水分配系數(shù)[102]和針鐵礦-溶劑分配系數(shù)[103]等。例如,Henneberger等構(gòu)建了能夠預(yù)測(cè)IOCs雞類(lèi)肌肉蛋白-水分配系數(shù)(logKMP/w)的預(yù)測(cè)模型[20]:

        logKMP/w=-0.24+0.68E-0.76S-0.20A-2.29B+ 2.51V-0.68J++2.89J-

        (19)

        pp-LFER建模所需參數(shù)E、S、A、B、V和L可通過(guò)查詢(xún)UFZ-LSER數(shù)據(jù)庫(kù)(https://www.ufz.de/ index.php?en=31698&contentonly=1&m=0&lserd_data[mvc]=Public/start)或大連理工大學(xué)陳景文教授團(tuán)隊(duì)開(kāi)發(fā)的在線程序預(yù)測(cè)所需參數(shù)(http://www.pplfer.online/)。離子描述符J+和J-可通過(guò)查閱文獻(xiàn)獲取。

        4 基于形態(tài)修正的量化參數(shù)(Chemical form adjusted quantum chemical descriptors)

        化合物的量子化學(xué)描述符一般具有明確的物理化學(xué)意義,有利于進(jìn)行模型機(jī)理解釋[59,104]。為了預(yù)測(cè)IOCs的相關(guān)屬性或毒性效應(yīng),可對(duì)量化描述符進(jìn)行形態(tài)修正[34,105]:

        (20)

        (21)

        (22)

        在表1中列出了18種形態(tài)修正的量化描述符?;谶@些參數(shù),我們已成功構(gòu)建了IOCs與人運(yùn)甲狀腺素蛋白(hTTR)親和力[34,38,107-110]、牛血清白蛋白-水分配系數(shù)[106]、脂質(zhì)體-水分配系數(shù)[85]和大型溞急性毒性[8]等參數(shù)預(yù)測(cè)模型。從定義可知,基于形態(tài)修正的量化參數(shù)具有2個(gè)方面的特點(diǎn):(1)可以直接根據(jù)IOCs的分子態(tài)和離子態(tài)結(jié)構(gòu)計(jì)算得到;(2)可以同時(shí)考慮分子態(tài)和共存的多種離子態(tài)的貢獻(xiàn)。

        表1 基于形態(tài)修正的(Q)SA/PR模型量化參數(shù)Table 1 Proposed chemical form adjusted quantum chemical descriptors used in the (Q)SA/PR modeling

        5 總結(jié)與展望(Conclusion and prospect)

        IOCs的分子態(tài)和離子態(tài)對(duì)其物理化學(xué)、環(huán)境歸趨和行為、生態(tài)和健康毒性效應(yīng)參數(shù)均具有不同貢獻(xiàn)。在開(kāi)展IOCs相關(guān)實(shí)驗(yàn)和理論研究時(shí),不應(yīng)忽視IOCs離子化的影響。截止目前,研究人員針對(duì)在建模中如何考慮IOCs離子化影響的問(wèn)題,提出了4種可用于表征IOCs離子化影響的描述符,即酸堿解離常數(shù)及其衍生參數(shù)、考慮離子化影響的分配系數(shù)、考慮離子參數(shù)的多參數(shù)線性自由能關(guān)系、基于形態(tài)修正的量化參數(shù),并成功將其應(yīng)用于IOCs各種分配系數(shù)、水生毒性和蛋白結(jié)合效應(yīng)等參數(shù)的(Q)SA/PR模型構(gòu)建。

        針對(duì)現(xiàn)有研究進(jìn)展,對(duì)今后IOCs建模研究提出了以下建議。(1) 預(yù)測(cè)指標(biāo)方面:需要進(jìn)一步識(shí)別還有哪些參數(shù)受離子化的影響;(2) 描述符方面:需要研究如何更準(zhǔn)確獲取所需描述符。如前所述,在建模中要考慮離子化的影響,核心是獲取pKa、logDOW(pH)、logDlip/w(pH)、J+和J-、量化參數(shù)等相關(guān)描述符。但是,在現(xiàn)有IOCs中,僅部分具有可靠的pKa、logDOW(pH)和logDlip/w(pH)等參數(shù)的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)。例如,僅幾百種IOCs擁有l(wèi)ogDlip/w(pH)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)[85],幾千種IOCs有pKa實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)[58]。因此,需要進(jìn)一步測(cè)定IOCs的pKa、logDOW(pH)和logDlip/w(pH)等參數(shù)的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù);同時(shí)也可以構(gòu)建更多能夠準(zhǔn)確預(yù)測(cè)這些參數(shù)的模型工具。對(duì)量化參數(shù)而言,已引入了18種參數(shù)用于建模。根據(jù)Mamy等[111]的研究結(jié)果,目前文獻(xiàn)中已報(bào)道的量化參數(shù)已達(dá)248種。需要進(jìn)一步研究是否還存在其他量化參數(shù)適合用于進(jìn)行形態(tài)修正并用于建模。(3) (Q)SA/PR模型構(gòu)建方面:針對(duì)受離子化影響的參數(shù),構(gòu)建更多預(yù)測(cè)模型,同時(shí)考慮將其集成到現(xiàn)有軟件工具中或開(kāi)發(fā)新的軟件工具。(4) 非(Q)SA/PR方法的開(kāi)發(fā)與應(yīng)用:需積極探索其他適合用于表征離子化影響的非(Q)SA/PR方法。IOCs的一些屬性或毒性效應(yīng)參數(shù)涉及小分子與生物大分子(如生物膜、蛋白等)的相互作用。而分子對(duì)接、分子動(dòng)力學(xué)和耦合量子力學(xué)/分子力學(xué)(QM/MM)等分子模擬方法常用于研究小分子與生物大分子的相互作用。是否可以采用分子模擬方法來(lái)表征IOCs離子化的影響呢?在這方面,已有部分研究進(jìn)行探討,例如,Bittermann等[3,112]采用COSMOmic方法成功預(yù)測(cè)了IOCs生物膜-水分配系數(shù)。我們采用QM/MM方法研究了酚類(lèi)化合物與hTTR的相互作用,發(fā)現(xiàn)實(shí)驗(yàn)測(cè)定的酚類(lèi)化合物與hTTR親和力數(shù)據(jù)(logRP)與基于酚類(lèi)化合物分子態(tài)計(jì)算的結(jié)合能(E結(jié)合能-分子態(tài))之間無(wú)顯著性線性相關(guān)性。但是,當(dāng)采用形態(tài)修正的結(jié)合能(E結(jié)合能-形態(tài)修正)后,其與logRP則存在顯著性線性相關(guān)性[34]。因此,需要進(jìn)一步探索采用分子模擬等非(Q)SA/PR方法來(lái)預(yù)測(cè)IOCs相關(guān)屬性或毒性參數(shù)的可行性。

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