馬玉博,潘 博,張乃文,劉曉雪,任鳳云
(1.牡丹江醫(yī)學院,黑龍江 牡丹江 157011; 2.牡丹江醫(yī)學院附屬紅旗醫(yī)院 影像科,黑龍江 牡丹江 157011)
肝細胞癌是國內(nèi)外患病率高、致死率高的惡性癌癥[1-2]。影像學檢查的進步極大地提高了肝細胞癌的診斷水平,但這些程序?qū)τ诟渭毎┗颊邅碚f過于昂貴[3]。約70%的肝細胞癌病人被臨床診斷時已處在患病中后期,故失去了醫(yī)治的最佳時期[4]。發(fā)現(xiàn)有價值的生物標志物對肝細胞癌的臨床診斷、預后是極為重要的。
TOP2A基因參與近乎所有DNA代謝的過程,涉及有絲分裂過程中的染色體分離、RNA轉(zhuǎn)錄[5-6]。這些年來,研究人員已確認了TOP2A在癌癥中的功能。研究表明,TOP2A在乳腺癌、胰腺癌、胃癌及食管癌等惡性癌癥中表達上調(diào)[7-10],證實了其充當各種癌癥預后生物標志物的價值。
在癌癥的臨床診斷和預后中,TOP2A發(fā)揮著關(guān)鍵作用。目前,關(guān)于TOP2A與肝細胞癌的研究較少。通過研究TOP2A基因表達和預后,為TOP2A基因在肝細胞癌中的作用研究確定方向。
在Oncomine數(shù)據(jù)庫中,依據(jù)研究要求,設(shè)置篩選條件:(1)GENE:TOP2A;(2)CANCER TYPE:LIVER CANCER;(3)ANALYSIS TYPE:CANCER VS NORMAL;(4)DATA TYPE:mRNA;(5)臨界值設(shè)定條件:FOLD CHANGE>2,P-VALUE<0.0001,GENE RANK=TOP 10%。
在GEPIA數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)中,對肝細胞癌數(shù)據(jù)集進行生存分析。檢索條件:(1)GENE:TOP2A;(2)METHODS:OS OR DFS;(3)GROUP CUTOFF:MEDIAN;(4)HAZARDAS RATIO(HR):NO;(5)95% CONFIDENCE INTERVAL:NO;(6)AXIS UNITS:MONTHS;(7)DATASETS SELECTION(CANCER NAME):LIHC。
借助TCGA數(shù)據(jù)集,分析腫瘤基因表達與生存分析的是UALCAN在線數(shù)據(jù)庫。在UALCAN數(shù)據(jù)庫中驗證TOP2A在肝細胞癌中的表達及預后。 篩選條件:(1)GENE:TOP2A;(2)TCGA DATASET:LIVER HEPATOCELLULAR CARCINOMA;(3)LINKS FOR ANALYSIS:EXPRESSION OR SURVAVIL。
憑借t檢驗分析肝細胞癌和正常組織中TOP2A表達的區(qū)別,對滿足要求的研究進行薈萃分析。通過單因素方差分析TOP2A mRNA 表達水平與肝細胞癌病人病理分期之間的聯(lián)系,并通過GEPIA數(shù)據(jù)庫的肝細胞癌數(shù)據(jù)集的在線生存分析,分析TOP2A表達與肝細胞癌預后的關(guān)系,其具有統(tǒng)計學意義(P<0.05)。
Oncomine系統(tǒng)數(shù)據(jù)庫中,涉及462項不同類別的科學研究,132項研究分析數(shù)據(jù)顯示差異有統(tǒng)計學意義,7項科學研究分析數(shù)據(jù)是低表達的,其余的研究分析數(shù)據(jù)是TOP2A高表達的,見圖1。
圖1 Oncomine 數(shù)據(jù)庫中TOP2A在不同類型腫瘤研究中的表達Fig.1 Expression of TOP2A in different tumor researches in Oncomine database
TOP2A在Oncomine數(shù)據(jù)庫中8個不同的肝細胞癌基因芯片數(shù)據(jù)集中,對比腫瘤組織與正常組織表達的區(qū)別。薈萃分析顯示,TOP2A在全部差異表達基因中的中位數(shù)值排名為 839.0,P=3.97E-5,在肝細胞癌病人中TOP2A高表達,見圖 2。
圖2 Oncomine數(shù)據(jù)庫分析肝細胞癌中TOP2A的表達Fig.2 Expression of TOP2A in hepatocellular carcinoma in Oncomine database
在Oncomine 數(shù)據(jù)庫中,不同肝癌研究芯片中的TOP2A表達情況如圖 3 所示,在這 8 項研究中,7項研究顯示,TOP2A在肝細胞癌病人中的表達差異有統(tǒng)計學意義,分別是研究芯片,Roessler Liver[11](t=10.641,P<0.05)、Wurmbach Liver[12](t=9.859,P<0.05)、Wurmbach Liver[12](t=1.925,P<0.05)、Roessler2 Liver[11](t=28.481,P<0.05)、Chen Liver[13](t=10.968,P<0.05)、Mas Liver[14](t=4.106,P<0.05)、Mas Liver[14](t=3.151,P<0.05),其余一項研究差異無統(tǒng)計學意義(t=1.489,P>0.05)。
圖3 8個研究芯片中TOP2A在肝細胞癌組織與正常組織中的表達Fig.3 Expression of TOP2A in hepatocellular carcinoma and normal tissues in 8 research chips
GEPIA數(shù)據(jù)庫腫瘤基因的相關(guān)性分析結(jié)果表明,TOP2AmRNA在肝細胞癌組織中的表達水平與EXO1、RBL1、TPX2和TROAP 基因 mRNA 表達水平有很大的相關(guān)性(P<0.05,R=0),見圖4。
圖4 TOP2A mRNA表達水平在肝細胞癌患者中與其他基因mRNA表達水平的相關(guān)性Fig.4 Correlation of TOP2A mRNA expression level in hepatocellular carcinoma patients and other gene mRNA expression level
從GEPIA數(shù)據(jù)庫下載 TOP2A mRNA表達水平與肝細胞癌患者病理分期的相關(guān)數(shù)據(jù),在Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ期肝細胞癌患者中,TOP2A基因表達水平逐漸增高[Fvalue=8.15,Pr(>F)=2.96E-05]。這些結(jié)果顯示,TOP2A表達水平能夠作為分辨Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ期肝細胞癌病人的指標。結(jié)果表明,TOP2A mRNA在不同病理階段的肝細胞癌病人的表達中有統(tǒng)計學意義,見圖5。
圖5 TOP2A mRNA表達水平與肝細胞癌患者病理分期的關(guān)系Fig.5 Correlation of TOP2A mRNA expression level and pathological stage of hepatocellular carcinoma patients
為了進一步明確TOP2A mRNA表達與肝細胞癌患者預后之間的關(guān)系,研究人員借助GEPIA系統(tǒng)數(shù)據(jù)庫開展生存分析。結(jié)果顯示,TOP2A表達和肝細胞癌的OS和DFS都有相當大的相關(guān)性。此外,OS和DFS長的肝細胞癌病人的TOP2A mRNA 表達下調(diào),見圖6。
圖6 TOP2A基因表達與預后的關(guān)系Fig.6 Correlation of TOP2A gene expression and prognosis
UALCAN數(shù)據(jù)庫在線分析發(fā)現(xiàn),與正常組織相比,TOP2A在肝細胞癌組織中高表達,見圖7。與表達較低的患者相比,高表達TOP2A的肝細胞癌患者總生存期縮短(P<0.05),見圖8。
圖7 TOP2A在TCGA數(shù)據(jù)集肝細胞癌患者中的表達情況Fig.7 Expression of TOP2A in hepatocellular carcinoma patient of TCGA database
圖8 TCGA 數(shù)據(jù)集中TOP2A表達水平與肝細胞癌患者生存時間的相關(guān)性分析Fig.8 Correlation analysis of TOP2A expression level with the survival time of hepatocellular carcinoma patient in TCGA database
肝細胞癌是全球各地癌癥有關(guān)致死的常見要素[15],是癌癥相關(guān)死亡升高較快的常見因素[16]。免疫療法、肝切除和肝移植是肝細胞癌病人的主要治療手段。肝細胞癌常見的肝硬化和肝細胞癌兩者之間具有密不可分的聯(lián)系:肝硬化被認為是肝細胞癌的癌前病變,肝細胞癌是肝硬化病人最常見的死因[17],故而,找到肝細胞癌發(fā)生發(fā)展的潛在靶點一直是國內(nèi)的研究熱點。
拓撲異構(gòu)酶是一個蛋白質(zhì)家族,拓撲異構(gòu)酶2A (TOP2A)是這個家族至關(guān)重要的成員。TOP2A是DNA復制和轉(zhuǎn)錄中的一種關(guān)鍵酶,調(diào)節(jié)和更改DNA的拓撲狀態(tài)[18],它催化雙鏈DNA斷裂且有利于促進有絲分裂期間的基因轉(zhuǎn)錄[19-20]。TOP2A對維持有絲分裂染色體結(jié)構(gòu)至關(guān)重要,有絲分裂染色體形成的基本核心要素是TOP2A、核小體及凝聚素[21]。大量實驗可知,TOP2A在腫瘤的發(fā)生、進展中扮演著重要角色。Guo等[22]認為TOP2A與UBE2C的共表達與肺腺癌較差的預后相關(guān)。Zeng等[23]研究表明,TOP2A基因敲除后,膀胱尿路上皮癌遷移和侵襲能力受到強烈抑制,TOP2A高表達與癌癥的無復發(fā)生存率有很大關(guān)系。Zeng等[24]發(fā)現(xiàn),過表達TOP2A與肝細胞癌較差預后有關(guān),這種基因很有可能成為肝細胞癌未知的預后標志和診治靶標。
在Oncomine數(shù)據(jù)庫中發(fā)現(xiàn)TOP2A基因在肝細胞癌中表達上調(diào),在GEPIA數(shù)據(jù)庫中發(fā)現(xiàn)其表達與患者的預后有關(guān)聯(lián)。目前,針對TOP2A基因的作用機理報道較少,且作用機制依然不是很顯然,需要更深層次地探索,為肝細胞癌的臨床研究診治和藥物研發(fā)提供關(guān)鍵性的理論研究根據(jù),這對肝細胞癌的預后十分重要。