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        糞便SDC2 和NDRG4 基因甲基化檢測在結(jié)直腸癌篩查中的應(yīng)用分析

        2022-01-12 08:32:22金文文毛玉環(huán)譚咸操譚黎明
        關(guān)鍵詞:檢測

        金文文,張 曉,劉 龍,周 瓊,毛玉環(huán),譚咸操,譚黎明

        (湖南師范大學(xué)附屬第一醫(yī)院/湖南省人民醫(yī)院,長沙 410000)

        引言在全球范圍內(nèi),結(jié)直腸癌是三大最常見的惡性腫瘤,也是癌癥死亡率的重要原因之一[1,2]。在中國,由于人們生活水平的提高,飲食習(xí)慣發(fā)生改變,結(jié)直腸癌的發(fā)病率和死亡率成逐年增長趨勢,在中國的發(fā)病率和死亡率居于第二位和第五位。結(jié)直腸癌早期通常無臨床癥狀,大約5%的早期結(jié)直腸癌可以得到確診,多數(shù)患者確診時已屬于中、晚期[3],其治療及預(yù)后情況不佳;而早期及時發(fā)現(xiàn)、早治療5 年生存率可達90%,所以,結(jié)直腸癌的早發(fā)現(xiàn)、早診斷是降低結(jié)直腸癌患者的發(fā)病率和死亡率的關(guān)鍵。因此,加強中國結(jié)直腸癌篩查及發(fā)現(xiàn)合適有效的篩查方法,從而提高早期腫瘤的檢出率和降低病死率有重要意義。近年來,腫瘤標記物的聯(lián)合檢測對提升腫瘤早期診斷在臨床應(yīng)用中較為多見。我國的一項研究結(jié)果表明血清AFP、CEA 及CA125 的聯(lián)合檢測可明顯提高原發(fā)性肝癌的陽性檢出率[4]。糞便基因甲基化作為一種易保存、高檢出率、靈敏度較高、特異性較好的無創(chuàng)性結(jié)直腸腫瘤標志物,能通過其陽性結(jié)果對疑似病例進行進一步檢測,可作為篩查診斷結(jié)直腸腫瘤的一種重要的輔助手段。結(jié)直腸細胞更新速度比較快,一般每天結(jié)直腸脫落細胞大約有1010 個,與正常大腸黏膜相比,結(jié)直腸癌時的大腸黏膜脫落細胞數(shù)量更多,所以通過分析糞便脫落癌細胞和游離DNA 甲基化的狀況可進行有效的大腸癌篩查[5-6]。SDC2 為syndecan 家族,可以編碼完整的膜蛋白,該膜蛋白被高度糖基化以充當(dāng)細胞外基質(zhì)成分的受體。在結(jié)直腸癌中,SDC2 基因啟動子區(qū)發(fā)生異常甲基化,可做為腫瘤標志物用于結(jié)直腸癌的篩查[7-10]。NDRG4(N-mycdownstream-regulatedgene4)為抑癌基因NDRG 基因家族成員,此基因家族在人體多數(shù)其他正常組織中高表達,在一些腫瘤組織中,NDRG4 不表達或低表達,而低表達則可能與DNA 啟動子區(qū)域的高甲基化相關(guān)。該基因5'端調(diào)控區(qū)域內(nèi)含有的CpG 島容易在結(jié)直腸癌發(fā)生發(fā)展過程中被檢出甲基化狀態(tài)[11-12]。因此,本研究作為研究對象,旨在通過對糞便SDC2 和NDRG4 基因甲基化檢測與結(jié)直腸癌的關(guān)聯(lián)性,來判斷人糞便SDC2 和NDRG4 基因在結(jié)直腸癌篩查中的臨床價值。

        1 資料與方法

        1.1 病例選擇與一般資料選擇 湖南省人民醫(yī)院2020年9 月1 日~2020 年12 月31 日期間住院收治的結(jié)直腸癌高危人群共32 例作為研究對象,年齡30~85 歲,其中男性16 例,女性16 例。納入標準:①有大便習(xí)慣改變(慢性腹瀉,慢性便秘);大便性質(zhì)改變(粘液便,便血);大便次數(shù)增多,>3/天,腹部固定部位疼痛的患者;②原因不明的貧血患者;③有炎癥性腸病病史;④有結(jié)直腸癌家族病史;⑤有腸息肉的患者;⑥大腸癌手術(shù)后的患者。收集其新鮮糞便標本置-20℃保存?zhèn)溆?。本研究?jīng)醫(yī)院倫理委員會討論通過,所有患者均簽署知情同意書。

        1.2 主要試劑與儀器 NDRG4 和SDC2 基因甲基化檢測試劑購自人和未來生物科技(長沙)有限公司,癌胚抗原(carcinoembryonicantigen,CEA)檢測試劑購自蘇州豐泰醫(yī)療用品貿(mào)易有限公司,糖類抗原19-9(carbohydrateantigen199,CA19-9)檢測試劑購自北京健安生物科技有限公司,DJE-9 基礎(chǔ)電泳儀購自北京中慧天誠科技有限公司,C1000TMPCR 儀、GelDocTM EZSystemDE 等購自BIO-RAD 公司,全自動電化學(xué)發(fā)光免疫分析儀(GBI-MAP800)購自武漢華大基因生物醫(yī)學(xué)工程有限公司,QIAampDNAStoolMiniKit(51604)、EpiTectBisulfiteKits(59104)等購自德國Qiagen 公司,Premix Taq(Ex Taq Version 2.0 plus dye)和TaKaRaEpiTaqTMHS(forbisulfite-treatedDNA)等購自Takara 公司,引物由引物由人和未來生物科技(長沙)有限公司合成。

        1.3 檢測方法

        1.3.1 甲基化NDRG4 和SDC2 檢測 每個受檢者領(lǐng)取一份糞便收集盒,受檢者在醫(yī)院按要求取5g 糞便放入糞便收集盒。嚴格按照試劑說明書進行檢測,使用糞便DNA 提取試劑盒從糞便樣本中提取基因組DNA,使用亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化試劑盒將基因組DNA 進行修飾,所有未發(fā)生甲基化的胞嘧啶被轉(zhuǎn)化為尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶不變;隨后設(shè)計針對甲基化和非甲基化序列的引物進行PCR。通過計算NDRG4、SDC2 基因與內(nèi)標基因ACTB 的擴增Ct 比差值是否在判定臨界值內(nèi),判斷甲基化水平。

        1.3.2 腫瘤標志物檢測 受檢者均采取空腹靜脈血3mL,進行離心處理,3800r/min,離心5min,血清CEA、CA19-9 采用全自動電化學(xué)發(fā)光免疫分析儀以及試劑為儀器配套試劑。正常參考值為:CEA ≤5ng/mL,CA19-9 ≤35U/mL。

        1.4 結(jié)果判斷 本試劑盒的陽性判斷值為:當(dāng)內(nèi)標基因ACTB 檢測Ct 值≤37 時,SDC 檢測Ct 值≤41.64 或NDRG4 檢測Ct 值≤36.07,檢測結(jié)果為陽性;當(dāng)內(nèi)標基因ACTB 檢測Ct 值≤37 時,SDC2 檢測CT 值>41.64 或無CT 值,且NDRG4 檢測CT 值>36.07 或無CT 值,檢測結(jié)果判定為陰性;當(dāng)內(nèi)標基因ACTB 檢測Ct 值>37或無CT 值時,檢測結(jié)果無效,需重新檢測。

        1.5 統(tǒng)計學(xué)方法采用 用SPSS 22.0 統(tǒng)計學(xué)軟件進行數(shù)據(jù)分析。計數(shù)資料以百分比表示,采用χ2檢驗,采用ROC 曲線來評判靈敏度及特異度,當(dāng)P<0.05 為差異有統(tǒng)計學(xué)意義。

        2 結(jié)果

        2.1 糞便SDC2 基因甲基化水平分析 表1 示,結(jié)直腸癌術(shù)后化療組、結(jié)直腸息肉組和結(jié)直腸癌組糞便SDC2 基因甲基化陽性檢出率差異有統(tǒng)計學(xué)意義,χ2=25.433,P<0.001,組間比較發(fā)現(xiàn),結(jié)直腸癌組SDC2基因甲基化陽性檢出率高于結(jié)直腸癌術(shù)后化療組、結(jié)直腸息肉組,差異有統(tǒng)計學(xué)意義。NDRG4 基因甲基化水平分析表2 示,結(jié)直腸癌術(shù)后化療組、結(jié)直腸息肉組和結(jié)直腸癌組糞便NDRG4 基因甲基化陽性檢出率差異有統(tǒng)計學(xué)意義,χ2=8.983,P<0.05,組間比較發(fā)現(xiàn),結(jié)直腸癌組NDRG4 基因甲基化陽性檢出率高于結(jié)直腸癌術(shù)后化療組、結(jié)直腸息肉組,差異有統(tǒng)計學(xué)意義。SDC2/NDRG4 基因甲基化水平分析表3 示,結(jié)直腸癌術(shù)后化療組、結(jié)直腸息肉組和結(jié)直腸癌組糞便SDC2/NDRG4 基因甲基化陽性檢出率差異有統(tǒng)計學(xué)意義,χ2=25.433,P<0.001,組間比較發(fā)現(xiàn),結(jié)直腸癌組SDC2/NDRG4 基因甲基化陽性檢出率高于結(jié)直腸癌術(shù)后化療組、結(jié)直腸息肉組,差異有統(tǒng)計學(xué)意義。

        表1 各組患者糞便SDC2甲基化檢測結(jié)果比較

        表2 各組患者糞便NDRG4甲基化檢測結(jié)果比較

        表3 各組患者糞便SDC2、NDRG4甲基化檢測結(jié)果比較

        2.2 血清腫瘤標志物水平分析 表4 示,結(jié)直腸癌術(shù)后化療組、結(jié)直腸息肉組和結(jié)直腸癌CA19-9 陽性檢出率差異無統(tǒng)計學(xué)意義。表5 示,結(jié)直腸癌術(shù)后化療組、結(jié)直腸息肉組和結(jié)直腸癌CEA 陽性檢出率差異有統(tǒng)計學(xué)意義,χ2=13.411,P<0.05。組間比較顯示,結(jié)直腸癌組CEA 陽性檢出率高于結(jié)直腸癌術(shù)后化療組、結(jié)直腸息肉組,差異有統(tǒng)計學(xué)意義。表6 示,結(jié)直腸癌術(shù)后化療組、結(jié)直腸息肉組和結(jié)直腸癌CA19-9/CEA 陽性檢出率差異有統(tǒng)計學(xué)意義,χ2=14.129,P<0.05。組間比較顯示,結(jié)直腸癌組CA19-9/CEA 陽性檢出率高于結(jié)直腸癌術(shù)后化療組、結(jié)直腸息肉組,差異有統(tǒng)計學(xué)意義。

        表4 各組患者血清腫瘤標志物CA19-9檢測結(jié)果比較

        表5 各組患者血清腫瘤標志物CEA檢測結(jié)果比較

        表6 3組患者血清腫瘤標志物CEA/CA19-9檢測結(jié)果比較

        2.3 糞便基因甲基化及血清腫瘤標志物曲線下面積分析 SDC2/ NDRG4、NDRG4、SDC2 基因甲基化檢測特異度高于CEA、CA19-9、CEA/CA19-9,NDRG4 特異度最高。SDC2/ NDRG4、SDC2 基因甲基化檢測靈敏度高于NDRG4、CEA、CA19-9、CEA/CA19-9。SDC2/NDRG4,SDC2 檢測陽性預(yù)測值及陰性預(yù)測值最高。分析ROCAUC 示,SDC2 和NDRG4 甲基化聯(lián)合檢測最高,其次為SDC2 基因檢測。

        表7 結(jié)直腸癌患者糞便SDC2、NDRG4、SDC2/NDRG4及CEA/CA19-9檢測效果比較

        圖1 3組受試者的SDC2甲基化(45-Ct)

        圖2 3組受試者的NDRG4甲基化(45-Ct)

        3 討論

        根據(jù)IARC 發(fā)布的2020 年全球最新癌癥統(tǒng)計數(shù)據(jù)顯示,直腸癌新發(fā)病例數(shù)和死亡病例數(shù)分別位于所有惡性腫瘤的第三位和第二位。目前結(jié)腸鏡是早期發(fā)現(xiàn)腸癌的最重要的檢查,其敏感度及特異度最好,但是結(jié)腸鏡作為侵入性檢查,檢查過程中要求患者做腸道準備及存在暴露隱私等缺點,使其難以廣泛應(yīng)用于篩查。還有一些檢測方法如糞便隱血試驗、直腸指檢、腫瘤標記物檢測、結(jié)腸CT 等,均存在不同程度的敏感度低及特異度不高的缺點。CEA、CA19-9 等血清學(xué)腫瘤標志物是CRC 臨床輔助診斷和預(yù)后判斷中常見的方式,但特異性不高,使其在臨床診斷的應(yīng)用中價值不高。SDC2 、NDRG4 基因甲基化是CRC 重要的生物學(xué)特征[13-16],因此通過分析糞便中游離DNA 甲基化的狀況可以進行有效的結(jié)直腸癌篩查。在糞便樣本中檢測特定基因的DNA 甲基化是實現(xiàn)結(jié)直腸癌檢測的一種有潛力的選擇[17-18],近來發(fā)布的直腸癌篩查指南中提出要將糞便DNA 檢測作為理想的篩查技術(shù)。DNA 甲基化是表觀遺傳學(xué)的主要范疇,可以通過各種機制來影響不同基因的表達,在結(jié)直腸癌的形成和發(fā)展過程中有著重要意義[19-21]。本研究結(jié)果顯示,結(jié)直腸癌組糞便基因SDC2 、NDRG4 陽性檢出率顯著高于結(jié)直腸癌術(shù)后化療組、直腸息肉組,說明糞便基因SDC2 、NDRG4甲基化檢測可作為結(jié)直腸癌患者篩查的有效指標;結(jié)直腸癌組陽性檢出率顯著高于術(shù)后化療組,說明糞便基因SDC2 、NDRG4 甲基化檢測不僅有助于結(jié)直腸癌手術(shù)效果的評價,還能用于監(jiān)測疾病的復(fù)發(fā)。糞便基因SDC2/ NDRG4、NDRG4、SD2 甲基化檢測特異度高于CEA、CA19-9、CEA/CA19-9。SDC2/ NDRG4,SDC2 檢測陽性預(yù)測值及陰性預(yù)測值最高。同樣根據(jù)ROCAUC分析顯示,SDC2 和NDRG4 甲基化聯(lián)合檢測最高,說明SDC2 、NDRG4 甲基化聯(lián)合檢測可作為CRC 篩查的有效指標。聯(lián)合糞便基因SDC2 、NDRG4 甲基化檢測優(yōu)于CEA 聯(lián)合CA19-9 的診斷效能。糞便基因SDC2 、NDRG4 甲基化檢測有助于CRC 患者的篩查及預(yù)后,對于指導(dǎo)臨床診療工作有重大意義。由于該研究中樣本量有限,要進一步證實SDC2 、NDRG4 甲基化水平與結(jié)直腸癌發(fā)展及預(yù)后的關(guān)聯(lián)性還需要開展更多大樣本研究。

        圖3 NDRG4、SDC2及由Logistic回歸所得預(yù)測概率P的ROC曲線

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