閔 勇,劉曉艷,陳 凌,朱 鐳,邱一敏,周榮華
(湖北省生物農(nóng)藥工程研究中心,武漢 430064)
自1978 美國奧本大學(xué)的J.W.Kloepper 首次提出植物根際促生細(xì)菌(Plant growth-promoting rhizobacteria,PGPR)的概念以來,PGPR 研究始終是農(nóng)業(yè)微生物學(xué)和植物病理學(xué)領(lǐng)域的熱點。PGPR 可以通過多種機制來促進(jìn)作物的生長,具體的作用機制主要有以下幾個方面:一、直接分泌植物生長激素來促進(jìn)植物生長;二、分泌有機酸和水解酶類增加植物對營養(yǎng)成分的吸收;三、抑制植物的病害;四、誘導(dǎo)作物系統(tǒng)抗性[1]。在大多數(shù)研究中,一種PGPR 通常是通過多種方式協(xié)同作用來促進(jìn)植物的生長。
芽胞桿菌由于其產(chǎn)生芽胞,能夠在不同的生境中生存,是研究廣泛、深入的PGPR 類群??莶菅堪麠U菌(Bacillus subtilis)普遍存在于多種植物的根際土壤中,通過產(chǎn)生伊枯草菌素A(Iturin A)、豐原素(Fengycin)和表面活性素(Surfactin)等脂肽類抗生素來抑制土傳真菌性病害,同時還能產(chǎn)生IAA,具有生物固氮能力[2];某些多粘類芽胞桿菌(Paenibacillus polymyxa)具有生物固氮能力,還產(chǎn)生吲哚乙酸(IAA)、細(xì)胞分裂素等植物激素;同時,多粘類芽胞桿菌還產(chǎn)生殺鐮孢菌素(Fusaricidin)、多粘菌素(Polymyxin)等抗生素類物質(zhì)來抑制植物細(xì)菌和真菌性病害[3]。部分巨大芽胞桿菌(Bacillus megateri-um)具有溶磷、解磷能力,能促進(jìn)作物對磷元素的吸收;部分地衣芽胞桿菌(Bacillus licheniformis)具有解鉀的能力,促進(jìn)作物對鉀元素的吸收利用。PGPR類芽胞桿菌通過協(xié)同作用共同促進(jìn)植物的生長。
長期以來,化肥農(nóng)藥的使用對中國現(xiàn)代農(nóng)業(yè)生產(chǎn)起到了至關(guān)重要的作用,但長期不合理的使用對生態(tài)環(huán)境、糧食安全和人類健康都構(gòu)成了嚴(yán)重威脅,迫切需要轉(zhuǎn)變生產(chǎn)方式,利用環(huán)境友好的生物有機肥產(chǎn)品來部分替代化肥,使用生物農(nóng)藥部分替代化學(xué)農(nóng)藥。吲哚乙酸(IAA)作為一種重要的植物激素,能夠促進(jìn)植物的生長,利用IAA 產(chǎn)生菌生產(chǎn)生物有機肥具有重要的生產(chǎn)意義[4]。
本研究對實驗室保藏的芽胞桿菌進(jìn)行產(chǎn)IAA 能力篩選,以期篩選獲得產(chǎn)IAA 能力較強的芽胞桿菌菌株,為下一步制備功能生物有機肥奠定基礎(chǔ)。
試驗菌株:湖北省生物農(nóng)藥工程研究中心從土壤中分離并保藏的1 920 株芽孢桿菌。
化學(xué)試劑:色氨酸(L-tryptohane,純度>99%,上海阿拉丁生化科技股份有限公司生產(chǎn)),吲哚乙酸標(biāo)準(zhǔn)品(Indole-3-aceticacid,純度>99.9%,上海阿拉丁生化科技股份有限公司生產(chǎn))。
Salkowski 顯色劑:配置濃度為0.5 mol/L FeCl3溶液,取1 mL FeCl3溶液到50 mL 35% HClO4中搖勻,現(xiàn)配現(xiàn)用,操作時避光。
種子LB 培養(yǎng)基:胰蛋白胨10 g、酵母浸粉5 g、NaCl 5 g,溶于1 000 mL去離子水中(pH=7.0);篩選培養(yǎng)基:LB培養(yǎng)基中加入終濃度為3 mmol/L的色氨酸。
1.2.1 芽孢桿菌活化 在96孔板中每孔各加入0.5 mL LB 培養(yǎng)基,滅菌后接種芽孢桿菌菌株,將96 孔板放置在粘板上于30 ℃,250 r/min條件下振蕩培養(yǎng)48 h。
1.2.2 產(chǎn)IAA 芽孢桿菌的初篩 在滅菌的96 孔板中每孔加入0.5 mL 初篩培養(yǎng)基,吸取10 μL 活化好的芽孢桿菌菌液轉(zhuǎn)移其中,于30 ℃、250 r/min 條件下振蕩培養(yǎng)48 h。吸取200 μL 菌懸液于96 孔無菌細(xì)胞培養(yǎng)板孔中,于4 ℃、4 000 r/min 離心10 min,吸取100 μL 上清液于96 孔細(xì)胞培養(yǎng)板中,加入等體積Salkowski 顯色劑。以初篩培養(yǎng)基作為陰性對照,以20 mg/L IAA 標(biāo)準(zhǔn)液作為陽性對照。將96 孔板置于室溫、避光環(huán)境下反應(yīng)30 min,細(xì)胞培養(yǎng)板上孔的顏色變紅則表示該菌株具有產(chǎn)生IAA的能力。
1.2.3 產(chǎn)IAA 菌株的定量復(fù)篩 將初篩中顏色反應(yīng)明顯的菌株進(jìn)一步定量IAA的產(chǎn)量。標(biāo)準(zhǔn)曲線采用IAA 標(biāo)準(zhǔn)品制作,配置的IAA 標(biāo)準(zhǔn)曲線濃度依次為10,20,30,40,50,60,80,100 mg/L,分別吸取IAA 標(biāo)準(zhǔn)溶液100 μL,等體積加入Salkowski 顯色劑,置于室溫、避光環(huán)境下反應(yīng)30 min,取出后立即用酶標(biāo)儀測定A535nm,以加入了顯色劑的培養(yǎng)基調(diào)零,重復(fù)3次,獲得數(shù)據(jù)制作標(biāo)準(zhǔn)曲線。取1 mL 芽孢桿菌的菌懸液以4 000 r/min 離心10 min,取上清100 μL,等體積加入Salkowski 顯色劑,置于室溫、避光環(huán)境下反應(yīng)30 min,測定其A535nm,根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)曲線,計算單位體積發(fā)酵液中IAA的含量。
1.2.4 菌株的鑒定
1)形態(tài)觀察。菌株接種于LB 固體培養(yǎng)基平板上,30 ℃培養(yǎng)48 h,觀察菌落形態(tài)、色澤,顯微鏡觀察細(xì)胞形狀等。
2)細(xì)菌16S rDNA 序列測定。提取細(xì)菌基因組DNA;16S rDNA 基因序列的PCR 擴增,引物為27F 5′-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3′、1492R 5′AAGGAGGTGATCCAGCCGCA-3′;PCR 產(chǎn)物送測序;測序結(jié)果在EzBioCloud 網(wǎng)站上進(jìn)行比對,從網(wǎng)站數(shù)據(jù)庫中獲取與菌株16S rDNA 同源的基因序列數(shù)據(jù),利用MEGAX 軟件做系統(tǒng)發(fā)育分析。
通過96 孔板微培養(yǎng),對保藏的1 920 株芽孢桿菌進(jìn)行了活化,通過Salkowski 比色法對1 920 株芽孢桿菌進(jìn)行了初篩,再通過測量吸光度初步選取12株具有明顯產(chǎn)IAA 能力的芽胞桿菌菌株進(jìn)入后續(xù)的定量復(fù)篩。
表1 產(chǎn)IAA 芽孢桿菌初篩結(jié)果
將系列IAA 標(biāo)準(zhǔn)溶液(10,20,30,40,50,60,80,100 mg/L)與Salkowski 顯色劑反應(yīng),測得不同IAA 濃度下對應(yīng)的吸光度A535,如表2。
表2 不同IAA 濃度下樣品的吸光度
以IAA 標(biāo)準(zhǔn)溶液濃度為橫坐標(biāo),縱坐標(biāo)為對應(yīng)濃度在535 nm的吸光值,繪制散點圖并添加線性趨勢線,得到IAA 標(biāo)準(zhǔn)曲線見圖1。由圖1 可知,線性回歸方程y=0.020 1x+0.117 7,R2=0.995 9,擬合優(yōu)度較好。故可根據(jù)此方程計算發(fā)酵液中IAA的含量。
圖1 IAA 標(biāo)準(zhǔn)曲線
根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)曲線,對初篩的12 株芽孢桿菌進(jìn)行了產(chǎn)IAA 能力的復(fù)篩,結(jié)果見表3。由表3 可知,2750號菌株的產(chǎn)IAA 能力達(dá)到(118.23±5.55)mg/L,明顯優(yōu)于其他11 株芽胞桿菌。
表3 產(chǎn)IAA 芽孢桿菌復(fù)篩結(jié)果
將2750 號芽胞桿菌菌株的16S rDNA 基因測序結(jié)果在EzBioCloud 網(wǎng)站上進(jìn)行序列比對,從網(wǎng)站數(shù)據(jù)庫中選取與菌株16S rDNA 同源的基因序列數(shù)據(jù),然后用MEGAX 軟件進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育分析。結(jié)果如圖2 所示。由圖2 可知,2750 號芽胞桿菌與巴基斯坦賴氨酸芽孢桿菌(Lysinibacillus pakistanensis)位于同一分支,同源性100%。
圖2 2750 號芽胞桿菌系統(tǒng)進(jìn)化樹
隨著人們生活水平的提高,對農(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量和生態(tài)環(huán)境保護(hù)的關(guān)注度也在持續(xù)提高,化肥已不能滿足現(xiàn)代農(nóng)業(yè)發(fā)展的需要。為實現(xiàn)農(nóng)業(yè)的健康可持續(xù)發(fā)展,開發(fā)新型高效環(huán)保肥料勢在必行。同時,農(nóng)業(yè)污染已經(jīng)超過了工業(yè)和城市生活污染,成為中國最大的面源污染源。積極探索農(nóng)業(yè)廢棄物資源化利用的方式,已成為了中國農(nóng)業(yè)研究的熱點。在此背景下,生物有機肥以其獨特的優(yōu)勢為農(nóng)業(yè)廢棄物和作物生長搭建起一座橋梁,開辟出一條“農(nóng)業(yè)廢棄物—生物有機肥—作物”循環(huán)模式的可持續(xù)發(fā)展道路[5]。與化肥相比,生物有機肥具有提高作物產(chǎn)量、改善作物品質(zhì)、增強作物抗逆性、提高化肥利用率和改善土壤微生態(tài)環(huán)境的作用。生物有機肥要發(fā)揮的這些功能,就要添加具有特定功能的微生物菌種。PGPR類芽胞桿菌具有促進(jìn)作物生長的功效,是生物有機肥產(chǎn)品開發(fā)中重點關(guān)注的一類功能菌株。
由于IAA的類似物與Salkowski 顯色劑也能產(chǎn)生顏色反應(yīng),采用高效液相色譜法測量實際的IAA的產(chǎn)量應(yīng)該比比色法要低。在產(chǎn)品開發(fā)過程中將采用更為準(zhǔn)確的高效液相色譜法對該菌株進(jìn)行深入評價。
本研究未對巴基斯坦賴氨酸芽孢桿菌產(chǎn)IAA 能力進(jìn)行培養(yǎng)基優(yōu)化,培養(yǎng)基優(yōu)化后的菌株產(chǎn)IAA 能力尚未知。在后續(xù)的研究中將通過培養(yǎng)基優(yōu)化進(jìn)一步提高該菌株的產(chǎn)IAA 能力,同時進(jìn)行盆栽和田間試驗評價其作用。