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        基于數(shù)據(jù)挖掘分析ASF1B在肺腺癌中的表達(dá)及臨床意義

        2022-01-07 05:46:36王佶楊崢李海林
        浙江醫(yī)學(xué) 2021年23期
        關(guān)鍵詞:細(xì)胞周期腺癌數(shù)據(jù)庫(kù)

        王佶 楊崢 李海林

        肺腺癌是肺癌最常見(jiàn)的組織學(xué)亞型,是人類(lèi)因癌 癥死亡的主要原因之一[1]。盡管目前肺腺癌的治療手段較多,包括靶向治療、免疫治療等,但面對(duì)晚期肺腺癌,治療結(jié)果仍難以令人滿(mǎn)意。相較于肺鱗狀細(xì)胞癌,肺腺癌主要發(fā)生在末端細(xì)支氣管和肺泡內(nèi),很難用支氣管鏡檢查[2]。因此,肺腺癌的早期階段更加難以識(shí)別,如何盡早診斷肺腺癌就顯得尤為重要。了解肺腺癌的潛在發(fā)病機(jī)制將為發(fā)現(xiàn)早期診斷性生物標(biāo)志物提供新的見(jiàn)解,從而為肺腺癌患者提供個(gè)體化的治療策略。

        抗沉默功能蛋白1(anti-silencing function 1,ASF1)最初在酵母中被發(fā)現(xiàn),屬于組蛋白H3-H4伴侶蛋白[3]。ASF1在組蛋白的聚合、轉(zhuǎn)運(yùn)、修飾等過(guò)程中發(fā)揮著重要的作用[4]。ASF1有2個(gè)主要的亞型,分別是ASF1A和ASF1B[5]。已有研究顯示ASF1B在乳腺癌、宮頸癌、前列腺癌等腫瘤中異常表達(dá),有望成為多種惡性腫瘤新的預(yù)后因子[6-8]。然而在肺腺癌中,ASF1B基因表達(dá)及其臨床意義尚不清楚。本研究基于生物信息學(xué)分析ASF1B基因在肺腺癌中的表達(dá)及其對(duì)預(yù)后的影響,初步探索ASF1B參與肺腺癌進(jìn)程的潛在分子機(jī)制。

        1 材料和方法

        1.1 Oncomine數(shù)據(jù)庫(kù)分析 Oncomine數(shù)據(jù)庫(kù)(https://www.oncomine.org/resource/login.html)的一項(xiàng)重要功能就是進(jìn)行腫瘤組織和癌旁正常組織的基因表達(dá)差異分析。本研究設(shè)置的檢索條件如下:(1)Gene:ASF1B;(2)Analysis Type:Cancer vs.Normal Analysis;(3)Date Type:mRNA;(4)臨界值設(shè)定條件(P<0.0001,fold change 2,gene rank=Top10%)。

        1.2 基因表達(dá)譜動(dòng)態(tài)分析(gene expression profiling interactive analysis,GEPIA2)數(shù)據(jù)庫(kù)分析 GEPIA2數(shù)據(jù)庫(kù)(http://gepia2.cancer-pku.cn/#index)是北京大學(xué)張澤民教授實(shí)驗(yàn)室開(kāi)發(fā)的一個(gè)網(wǎng)站,能夠?qū)δ[瘤基因圖譜(the cancer genome atlas,TCGA)與基因型-組織表達(dá)(the genotype-tissue expression,GTEx)數(shù)據(jù)庫(kù)共 9 736個(gè)腫瘤樣本、8 587個(gè)正常樣本的RNA測(cè)序(RNA sequencing,RNA-seq)表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。本研究使用GEPIA2數(shù)據(jù)庫(kù)驗(yàn)證之前挖掘Oncomine數(shù)據(jù)庫(kù)所得出的相關(guān)結(jié)果,然后通過(guò)“Correlation Analysis”模塊分析ASF1B mRNA與肺腺癌發(fā)生關(guān)系密切的細(xì)胞周期調(diào)控因子表達(dá)的相關(guān)性,應(yīng)用“Survival Plots”模塊進(jìn)一步分析ASF1B mRNA與肺腺癌臨床分期及生存預(yù)后之間的關(guān)系。

        1.3 UALCAN數(shù)據(jù)庫(kù)分析 UALCAN數(shù)據(jù)庫(kù)(http://ualcan.path.uab.edu/)是一個(gè)有效的交互式的癌癥數(shù)據(jù)挖掘工具,可以執(zhí)行對(duì)TCGA基因表達(dá)數(shù)據(jù)的深入分析。本研究利用UALCAN對(duì)Oncomine和GEPIA2所得出的表達(dá)差異結(jié)果再次進(jìn)行驗(yàn)證,并初步探索ASF1B mRNA表達(dá)水平與TP53突變的相關(guān)性。

        1.4 Kaplan-Meier Plotter數(shù)據(jù)庫(kù)分析 Kaplan-Meier Plotter數(shù)據(jù)庫(kù)(http://kmplot.com/analysis/index.php?p=background)基于基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫(kù)(gene expression omnibus,GEO)、歐洲基因表型數(shù)據(jù)庫(kù)(European genomephenome archive,EGA)及TCGA等公共數(shù)據(jù)庫(kù)的基因芯片和RNA-seq數(shù)據(jù)構(gòu)建而成,評(píng)估了54 675個(gè)基因在21種癌癥中對(duì)于生存率的影響。本研究利用Kaplan-Meier Plotter數(shù)據(jù)庫(kù)觀察ASF1B mRNA表達(dá)與肺腺癌患者總生存率(overall survival,OS)和首次進(jìn)展生存率(first progression,FP)的關(guān)系。

        1.5 Linked Omics數(shù)據(jù)庫(kù)分析 Linked Omics數(shù)據(jù)庫(kù)(http://www.linkedomics.org/login.php)包含來(lái)自 TCGA、臨床蛋白質(zhì)組腫瘤分析協(xié)作組(clinical proteomic tumor analysis consortium,CPTAC)等多平臺(tái)32種癌癥類(lèi)型的多組學(xué)數(shù)據(jù)和臨床數(shù)據(jù)。本研究利用Linked Omics數(shù)據(jù)庫(kù)分析ASF1B mRNA與肺腺癌患者臨床資料的相關(guān)性,采用Pearson相關(guān)篩選與ASF1B具有正負(fù)相關(guān)性的共表達(dá)基因,將相關(guān)性最高的前50個(gè)基因生成在線熱圖。

        1.6 統(tǒng)計(jì)學(xué)處理 采用數(shù)據(jù)庫(kù)自帶模塊進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析。肺腺癌組織與正常肺組織中ASF1B基因表達(dá)的比較采用兩獨(dú)立樣本t檢驗(yàn);不同臨床分期ASF1B基因表達(dá)比較采用單因素方差分析;采用Pearson相關(guān)分析ASF1B基因表達(dá)與細(xì)胞周期調(diào)控因子表達(dá)的相關(guān)性;利用Kaplan-Meier Plotter數(shù)據(jù)庫(kù)分析ASF1B基因與肺腺癌患者預(yù)后之間的關(guān)系。P<0.05為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

        2 結(jié)果

        2.1 ASF1B mRNA在不同類(lèi)型腫瘤中的表達(dá)情況 按照設(shè)置的檢索條件,Oncomine數(shù)據(jù)庫(kù)中共收集401項(xiàng)ASF1B mRNA在不同類(lèi)型腫瘤組織與正常組織中表達(dá)比較的研究。ASF1B mRNA表達(dá)差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的研究結(jié)果共47項(xiàng),其中ASF1B mRNA表達(dá)增高的研究有44項(xiàng),表達(dá)降低的研究只有3項(xiàng)。有8項(xiàng)肺癌相關(guān)的研究表明ASF1B mRNA表達(dá)升高。同樣,在GEPIA2數(shù)據(jù)庫(kù)中檢索ASF1B在常見(jiàn)腫瘤類(lèi)型中的表達(dá)情況,結(jié)果與Oncomine數(shù)據(jù)庫(kù)類(lèi)似(圖1,見(jiàn)插頁(yè))。

        圖1 抗沉默功能蛋白1B(ASF1B)mRNA在不同類(lèi)型腫瘤中的表達(dá)情況[a:Oncomine數(shù)據(jù)庫(kù);b:基因表達(dá)譜動(dòng)態(tài)分析(GEPIA2)數(shù)據(jù)庫(kù)]

        2.2 ASF1B在肺腺癌組織中的表達(dá)情況 利用Oncomine數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)一步分析ASF1B在肺腺癌中的表達(dá)情況,其中4個(gè)數(shù)據(jù)集中,肺腺癌組織中ASF1B mRNA表達(dá)水平均高于正常肺組織(均P<0.05)。通過(guò)GEPIA2和UALCAN數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)一步驗(yàn)證,發(fā)現(xiàn)肺腺癌組織中ASF1B mRNA表達(dá)水平均高于正常肺組織(均P<0.05),見(jiàn)圖 2。

        圖2 抗沉默功能蛋白1B(ASF1B)在正常肺組織和肺腺癌組織中的表達(dá)情況[a-d:Oncomine數(shù)據(jù)庫(kù);e:UALCAN數(shù)據(jù)庫(kù);f:基因表達(dá)譜動(dòng)態(tài)分析(GEPIA2)數(shù)據(jù)庫(kù);*P<0.05]

        2.3 ASF1B mRNA表達(dá)水平與肺腺癌TNM臨床分期的關(guān)系 在GEPIA2數(shù)據(jù)庫(kù)中分析ASF1B mRNA表達(dá)與TNM臨床分期的關(guān)系,發(fā)現(xiàn)不同TNM臨床分期的肺腺癌患者ASF1B mRNA表達(dá)水平差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(F=3.14,P<0.05),見(jiàn)圖 3。

        圖3 抗沉默功能蛋白1B(ASF1B)表達(dá)水平與肺腺癌TNM臨床分期的關(guān)系

        2.4 ASF1B mRNA表達(dá)水平與肺腺癌TP53突變的相關(guān)性 通過(guò)UALCAN數(shù)據(jù)庫(kù)發(fā)現(xiàn),正常肺組織中ASF1B mRNA表達(dá)水平均低于肺腺癌TP53突變組和無(wú)突變組(均P<0.05),且肺腺癌TP53無(wú)突變組ASF1B mRNA表達(dá)水平低于突變組(P<0.05),見(jiàn)圖4。

        圖4 抗沉默功能蛋白1B(ASF1B)mRNA表達(dá)水平與肺腺癌TP53突變的相關(guān)性(*P<0.05)

        2.5 肺腺癌ASF1B mRNA表達(dá)水平與細(xì)胞周期調(diào)控因子表達(dá)的相關(guān)性分析 應(yīng)用GEPIA2數(shù)據(jù)庫(kù)中相關(guān)性分析功能,對(duì)肺腺癌中ASF1B mRNA表達(dá)與細(xì)胞周期蛋白(Cyclins)和細(xì)胞周期蛋白依賴(lài)性激酶(cyclindependent kinases,CDKs)的表達(dá)進(jìn)行相關(guān)性分析,證實(shí)ASF1與上述絕大多數(shù)基因的表達(dá)呈正相關(guān),見(jiàn)表1~2。

        表1 肺腺癌ASF1BmRNA表達(dá)水平與Cyclins表達(dá)的相關(guān)性分析

        2.6 ASF1B mRNA表達(dá)水平與肺腺癌患者預(yù)后的關(guān)系 檢索Kaplan-Meier Plotter數(shù)據(jù)庫(kù)發(fā)現(xiàn),ASF1B低表達(dá)組肺腺癌患者OS和FP均優(yōu)于ASF1B(均P<0.05)。GEPIA2數(shù)據(jù)庫(kù)也顯示,ASF1B低表達(dá)組肺腺癌患者OS和無(wú)病生存期均優(yōu)于ASF1B高表達(dá)組(均P<0.05),見(jiàn)圖5。

        圖5 抗沉默功能蛋白1B(ASF1B)mRNA與肺腺癌患者預(yù)后的關(guān)系[a-b:Kaplan-Meier Plotter數(shù)據(jù)庫(kù);c-d:基因表達(dá)譜動(dòng)態(tài)分析(GEPIA2)數(shù)據(jù)庫(kù)]

        2.7 肺腺癌組織中ASF1B的共表達(dá)基因分析 檢索Linked Omics數(shù)據(jù)庫(kù),采用Pearson相關(guān)篩選出與ASF1B具有正負(fù)相關(guān)性的共表達(dá)基因,并將相關(guān)性最高的前50個(gè)基因生成在線熱圖。結(jié)果表明 CDCA5、CDCA8、RAD54L等 50個(gè)基因與ASF1B在轉(zhuǎn)錄水平上呈正相關(guān)(均 P<0.05),ZBTB4、CRY2、VAMP2 等 50個(gè)基因與ASF1B在轉(zhuǎn)錄水平上呈負(fù)相關(guān)(均P<0.05),初步探討了ASF1B參與肺腺癌進(jìn)程的潛在分子機(jī)制,為后續(xù)的進(jìn)一步研究奠定了基礎(chǔ),見(jiàn)圖6(插頁(yè))。

        表2 肺腺癌ASF1B mRNA表達(dá)水平與CDKs表達(dá)的相關(guān)性

        圖6 肺腺癌組織中抗沉默功能蛋白1B(ASF1B)的共表達(dá)基因分析(a:正相關(guān);b:負(fù)相關(guān))

        3 討論

        ASF1具有調(diào)節(jié)染色質(zhì)功能,并已證明有助于腫瘤的發(fā)生[9]。ASF1包括ASF1A和ASF1B兩個(gè)主要的亞型。其中ASF1B主要定位于細(xì)胞核內(nèi),優(yōu)先參與細(xì)胞的增殖活動(dòng),可能作為潛在的腫瘤靶標(biāo)參與多種惡性腫瘤的發(fā)生、發(fā)展[10]。

        Liu等[7]研究發(fā)現(xiàn),ASF1B在宮頸癌細(xì)胞中起癌基因的作用。ASF1B的沉默抑制了體內(nèi)和體外宮頸癌細(xì)胞的生長(zhǎng),誘導(dǎo)了細(xì)胞周期停滯,并促進(jìn)了細(xì)胞凋亡,而ASF1B的過(guò)表達(dá)則促進(jìn)了癌細(xì)胞的增殖。其主要機(jī)制是ASF1B與CDK9形成穩(wěn)定的復(fù)合物,并積極調(diào)節(jié)CDK9的穩(wěn)定性。本研究同樣分析了ASF1B與調(diào)控細(xì)胞周期的兩個(gè)重要相關(guān)因子Cyclins和CDKs之間的關(guān)系,發(fā)現(xiàn)ASF1B與多數(shù)相關(guān)因子的表達(dá)呈正相關(guān),提示ASF1B可能在腫瘤細(xì)胞增殖過(guò)程中起到重要作用,值得進(jìn)一步深入探討分析。Corpet等[6]研究表明,ASF1B在乳腺癌細(xì)胞中具有特異性增殖作用,這是ASF1A所無(wú)法比擬的。當(dāng)細(xì)胞周期結(jié)束時(shí),與 ASF1B相對(duì)應(yīng)的mRNA和蛋白表達(dá)量均減少,并且ASF1B的缺失嚴(yán)重影響細(xì)胞增殖,導(dǎo)致異常的核結(jié)構(gòu)和明顯的異常轉(zhuǎn)錄特征。通過(guò)研究ASF1B表達(dá)水平與乳腺癌臨床預(yù)后的關(guān)系,證明了ASF1B是乳腺癌預(yù)后新的標(biāo)志物,可高度預(yù)測(cè)轉(zhuǎn)移的發(fā)生。筆者通過(guò)多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù),發(fā)現(xiàn)ASF1B高表達(dá)預(yù)示著肺腺癌患者的不良預(yù)后,提示ASF1B或許同樣可以作為肺腺癌患者預(yù)后的獨(dú)立標(biāo)志基因,后期研究需進(jìn)一步擴(kuò)大樣本量,驗(yàn)證該結(jié)論。Han等[11]發(fā)現(xiàn)沉默ASF1B可以抑制前列腺癌細(xì)胞的增殖,并促進(jìn)其凋亡和細(xì)胞周期停滯,這種抑制作用可能與PI3K/Akt信號(hào)通路失活有關(guān)。這些結(jié)果均提示ASF1B有望作為腫瘤治療的分子靶點(diǎn)。

        本研究首先通過(guò)Oncomine和GEPIA2數(shù)據(jù)庫(kù)探索ASF1B mRNA在常見(jiàn)腫瘤中的表達(dá)情況,結(jié)果顯示,相較于癌旁組織,在大多數(shù)腫瘤組織中ASF1B mRNA表達(dá)水平都呈現(xiàn)高表達(dá)狀態(tài)。進(jìn)一步從Oncomine數(shù)據(jù)庫(kù)中篩選出4項(xiàng)數(shù)據(jù)集均提示ASF1B mRNA在肺腺癌中高表達(dá)。擴(kuò)大GEPIA2和UALCAN數(shù)據(jù)庫(kù)分析再次證實(shí)ASF1B mRNA的高表達(dá),并且與患者的TNM臨床分期相關(guān)。TP53是迄今為止發(fā)現(xiàn)的與人類(lèi)腫瘤發(fā)生相關(guān)性最高的抑癌基因,有報(bào)道稱(chēng)甚至有50%以上的腫瘤患者存在TP53基因的突變[12]。本研究通過(guò)UALCAN數(shù)據(jù)庫(kù)發(fā)現(xiàn)肺腺癌TP53突變組ASF1B mRNA表達(dá)水平高于TP53無(wú)突變組,這一結(jié)論提示了ASF1B與TP53突變存在某種聯(lián)系,這對(duì)后續(xù)的研究提供了重要的參考意義。

        綜上所述,ASF1B在肺腺癌組織中高表達(dá),且與肺腺癌的進(jìn)展和預(yù)后有一定相關(guān)性,通過(guò)后續(xù)深入研究,或許能夠作為預(yù)測(cè)患者預(yù)后的新型分子標(biāo)志物和腫瘤治療的新靶點(diǎn)。本研究亦有不足之處,上述多個(gè)在線數(shù)據(jù)庫(kù)研究結(jié)果僅僅是在轉(zhuǎn)錄水平上得出的,具有一定局限性,有待在蛋白翻譯水平得到進(jìn)一步驗(yàn)證。此外,ASF1B參與肺腺癌進(jìn)程的具體作用機(jī)制尚不明確,需要深入的基礎(chǔ)研究來(lái)闡明ASF1B的作用和調(diào)控機(jī)制,為臨床肺腺癌的治療及靶向藥物的研制提供扎實(shí)的理論依據(jù)。

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