李 茵,古宏峰,鄒 毅,王淑平,徐云根
(中國(guó)藥科大學(xué)藥物化學(xué)系,南京211198)
在真核生物中,多聚腺苷二磷酸核糖聚合酶(PARPs)以煙酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD+)為底物,將單個(gè)或直鏈、分支鏈的ADP-核糖轉(zhuǎn)移到自身或其他靶蛋白上,從而調(diào)控各種細(xì)胞反應(yīng)。所有的PARPs共享保守的C 端催化域,N 端基序的差異決定了他們各自獨(dú)特的生物學(xué)功能(圖1)[1-2]。迄今已有17 個(gè)PARPs 成員被報(bào)道,其中16 個(gè)具有PARPs催化活性。根據(jù)催化功能的不同,PARPs分為多聚-PARPs(PARP1、PARP2、PARP5a、PARP5b),單-ADP 核糖 轉(zhuǎn) 移 酶(MARTs)(PARP3、PARP4、PARP6-PARP12、PARP14-PARP16)[3-4],以及無 催化活性的PARP(PARP13)[2,5]。其中,MARTs 在細(xì)胞增殖、代謝與凋亡、細(xì)胞周期調(diào)節(jié)、蛋白降解、病毒抑制、免疫應(yīng)答及腫瘤抑制中均發(fā)揮著重要作用[6]。根據(jù)MARTs 結(jié)構(gòu)域的差異,又可將MARTs分為DNA 依賴型MARTs(PARP3),含有CCCH 鋅指結(jié)構(gòu)域的MARTs(PARP7、PARP12),含有Macro結(jié)構(gòu)域的MARTs(PARP9、PARP14、PARP15)及其他類型的MARTs(PARP4、PARP6、PARP8、PARP10、PAPR11、PARP16)[5,7]。
Figure 1 Domains and classification of PARPs family membersCCCH: CCCH domain in PARPs protein; F1, F2, F3, NLS, BRCT, WGR, HPS, SAM, H, Y, E, NES, ZnF, WWE, RRM, Macro, VIT, VWFA, MVP-BD,Myc: they are all regulatory motifs with specific functions in PARPs protein
與PARP1/2 類似,多數(shù)MARTs 是腫瘤治療的潛在靶點(diǎn)。盡管MARTs 的研究尚處于初步階段,一些PARP(如PARP8)的生理功能未被揭示[8],但現(xiàn)有的研究表明,MARTs 的表達(dá)確實(shí)與腫瘤進(jìn)程密 切 相 關(guān),尤 其 是PARP7、PARP9、PARP10、PARP14 等。經(jīng)過分析腫瘤基因組圖譜(TCGA)中33 種腫瘤的MARTs 表達(dá)情況,發(fā)現(xiàn)在不同腫瘤中MARTs 表達(dá)水平不同,且MARTs 過度表達(dá)可能與腫瘤進(jìn)程相關(guān)(圖2)。首先,MARTs在多種腫瘤中過度表達(dá),例如PARP14在胰腺癌(PAAD)、胃腺癌(STAD)、多形性膠質(zhì)母細(xì)胞瘤(GBM)等腫瘤細(xì)胞中過度表達(dá),它與這些腫瘤發(fā)展相關(guān),是這些腫瘤的潛在治療靶點(diǎn)。其次,相同腫瘤中存在多種MARTs 過度表達(dá)。例如,PARP4、PARP7、PARP9、PARP10、PARP12 與PARP14 均在PAAD 中過度表達(dá),它們有望成為這一難治愈腫瘤的潛在治療靶點(diǎn),抑制這些MARTs 表達(dá)可以抑制腫瘤進(jìn)展。因此,闡明這些MARTs 與腫瘤的關(guān)系及其抑制劑的開發(fā)至關(guān)重要。本文將根據(jù)MARTs的結(jié)構(gòu)分類聚焦腫瘤中過表達(dá)的MARTs,對(duì)其在腫瘤中的價(jià)值及抑制劑的研究進(jìn)展進(jìn)行綜述。
Figure 2 Expression of MARTs family in different cancer tissuesA: Distribution of PARP1, PARP2 and MARTs expression in different cancer tissues; B: Distribution of MARTs in different cancers; C: Distribution of overexpression MARTs in cancers; D: Distribution of cancers with MARTs overexpression.Over expression represents the expression of MARTs in cancer tissue is higher than in para-cancerous tissue and the difference is statistically significant.Low expression represents the expression of MARTs in cancer tissue is lower than in para-cancerous tissue and the difference is statistically significantACC: Adrenocortical carcinoma; BLCA: Bladder urothelial carcinoma; BRCA: Breast invasive carcinoma; CESC: Cervical squamous cell carcinoma and endocervical adenocarcinoma; COAD: Colon adenocarcinoma; DLBC: Lymphoid neoplasm diffuse large B-cell lymphoma; ESCA: Esophageal carcinoma;GBM: Glioblastoma multiforme; HNSC: Head and neck squamous cell carcinoma; KIRC: Kidney renal clear cell carcinoma; LAML: Acute myeloid leukemia; LUSC: Lung squamous cell carcinoma; LUAD: Lung adenocarcinoma; LGG: Brain lower grade glioma; OV: Ovarian serous cystadenocarcinoma;PRAD: Prostate adenocarcinoma;PAAD: Pancreatic adenocarcinoma;READ: Rectum adenocarcinoma;SKCM: Skin cutaneous melanoma; STAD: Stomach adenocarcinoma; TGCT: Testicular germ cell tumors; THCA: Thyroid carcinoma; THYM: Thymoma; LUSC: Lung squamous cell carcinoma;UCEC: Uterine corpus endometrial carcinoma; UCS: Uterine carcinosarcoma
DNA 依賴型MARTs 是一類能夠識(shí)別并結(jié)合損傷的DNA 來發(fā)揮催化作用的MARTs,屬于這一類 的MARTs 是PARP3。 PARP3 在DNA 損 傷 反應(yīng)、DNA 代謝、染色質(zhì)構(gòu)建及細(xì)胞有絲分裂中發(fā)揮作用,并被證明可作為治療放療耐藥性腫瘤的潛在增敏靶點(diǎn)[9-11]。研究表明,沉默PARP3 基因或中斷其與叉頭盒蛋白M1(FOXM1)的相互作用會(huì)抑制FOXM1 下游靶點(diǎn)Rad51,降低細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄水平,增強(qiáng)原發(fā)性膠質(zhì)母細(xì)胞瘤對(duì)放療的敏感性[12]。Beck 等[13]證明了敲除PARP3 會(huì)加劇中心體擴(kuò)增與基因組不穩(wěn)定性,選擇性地抑制乳腺癌基因BRCA1缺陷的三陰性乳腺癌(TNBC)細(xì)胞的發(fā)生與發(fā)展。PARP3 的缺失可減弱雷帕霉素機(jī)制性靶標(biāo)復(fù)合物2(mTORC2)介導(dǎo)的Akt 激酶在Ser473 的磷酸化,減弱轉(zhuǎn)化生長(zhǎng)因子β(TGFβ)依賴的mTORC2/RICTOR 通路的激活,增加RICTOR蛋白的泛素化水平,從而抑制乳腺癌細(xì)胞中ROS激酶誘導(dǎo)的上皮間質(zhì)轉(zhuǎn)化(EMT)、遷移和干細(xì)胞形成[14]。
PARP3 是治療多種腫瘤的潛在靶點(diǎn),但目前尚無選擇性的PARP3 抑制劑被報(bào)道。化合物1(olaparib)和2(rucaparib)(圖3)最初被鑒定 為PARP1/PARP2 抑制劑,在乳腺癌、宮頸癌、卵巢癌、膀胱癌、胰腺癌等惡性腫瘤中發(fā)揮療效,研究表明它們對(duì)PARP3 也有一定抑制活性[15-19]。有報(bào)道稱,聯(lián)合使用PARP3 抑制劑與DNA 損傷劑、細(xì)胞周期檢查點(diǎn)抑制劑可對(duì)腫瘤細(xì)胞產(chǎn)生明顯的協(xié)同殺傷作用,這為PARP3 聯(lián)合用藥提供了理論基礎(chǔ)[20]。
Figure 3 Olaparib, Rucaparib and PARP7, PARP10, PARP15 inhibitors
CCCH 型MARTs 是一類結(jié)構(gòu)中含有3 個(gè)半胱氨酸和1個(gè)組氨酸(CCCH)型鋅指結(jié)構(gòu)域的MARTs,這類MARTs 包括PARP7 和PARP12。CCCH 結(jié)構(gòu)域能識(shí)別并結(jié)合RNA,在抗病毒感染、免疫與炎癥反應(yīng)、腫瘤抑制中發(fā)揮著重要的作用[21-25]。
PARP7 又名ARTD14 或TIPARP,其通過負(fù)向調(diào)控致癌轉(zhuǎn)錄因子參與腫瘤抑制過程。它以ADP核糖化依賴的方式形成不同的核體,核體激活E3泛素連接酶HUWE1 和HIF-1α,通過加速HIF-1α的泛素化和降解來抑制乳腺癌與結(jié)腸癌移植瘤模型中的腫瘤發(fā)生與Warburg 效應(yīng)[26]。目前只有一款口服特異性的PARP7抑制劑3(RBN2397)(圖3)處于臨床Ⅰ期。該化合物對(duì)PARP7 的抑制活性IC50為3 nmol/L,相對(duì)于其他PARPs 有50 倍以上選擇性[27]。臨床前試驗(yàn)表明,RBN2397 通過恢復(fù)干擾素信號(hào)通路抑制腫瘤免疫逃逸,進(jìn)而抑制腫瘤生長(zhǎng)[28],它對(duì)實(shí)體瘤、胰腺癌、卵巢癌和非小細(xì)胞肺癌均有效。由于PARP7 與腫瘤密切相關(guān),開發(fā)其抑制劑具有重要意義。
PARP12又名ARTD12,其在抗病毒感染、先天性免疫反應(yīng)、炎癥反應(yīng)及誘導(dǎo)細(xì)胞自噬中發(fā)揮著重要的作用。目前有關(guān)PARP12 在腫瘤治療中的報(bào)道較少,但已有研究表明,PARP12 缺陷通過提高其功能合作蛋白FHL2 的泛素化來降低FHL2 的蛋白水平,進(jìn)而負(fù)反饋調(diào)節(jié)降低TGF-β1 的表達(dá)水平來促進(jìn)EMT 過程,促進(jìn)肝癌細(xì)胞(HCC)在體內(nèi)外的侵襲和遷移[29]。
Macro 型MARTs 是一類結(jié)構(gòu)中含有macro 結(jié)構(gòu)域的MARTs。這類MARTs 在功能上與DNA 修復(fù)、染色質(zhì)重塑、轉(zhuǎn)錄調(diào)控等生物活動(dòng)相關(guān),其家族成員包括PARP9、PARP14和PARP15[30]。
PARP9又名為ARTD9或BAL1,它含有兩個(gè)保守的Macro 結(jié)構(gòu)域[31-32]。最初人們發(fā)現(xiàn)PARP9 在彌漫性大B 細(xì)胞淋巴瘤(DLBCLs)中過度表達(dá),其作為轉(zhuǎn)錄共激活因子,被證明與干擾素基因(ISGs)的表達(dá)及細(xì)胞免疫的調(diào)節(jié)相關(guān)[33-35]。在DLBCLs 中,過表達(dá)PARP9 可抑制IFNγ-STAT1-IRF1-p53 軸,進(jìn)而降低ISGs 表達(dá),阻斷細(xì)胞凋亡,最終促進(jìn)B 細(xì)胞淋巴瘤的發(fā)展[31]。隨后的研究表明,PARP9 與前列腺癌的發(fā)生發(fā)展、侵襲轉(zhuǎn)移密切相關(guān)。其可與DTX3L(一種參與DNA 損傷修復(fù)的組蛋白E3 連接酶)及PARP14 形成復(fù)合物促進(jìn)轉(zhuǎn)移 性mPCa 細(xì) 胞 的 存 活 與 增 殖[4,36]。 PARP9 在43.8% 的人乳腺癌病例中過度表達(dá),敲除PARP9基因可以抑制乳腺癌細(xì)胞的遷移[37]。 此外,PARP9 的表達(dá)也與膠質(zhì)瘤的發(fā)生發(fā)展密切相關(guān)。聯(lián)合PARP9抑制劑與免疫檢查點(diǎn)分子來治療膠質(zhì)瘤被證明具有潛在的價(jià)值[38]。目前尚無PARP9抑制劑被報(bào)道,但其過表達(dá)與多種腫瘤細(xì)胞的相關(guān)性提示PARP9在腫瘤治療中的潛在價(jià)值。
PARP14,又名為ARTD8/BAL2/CoaST6,是由1801 個(gè)氨基酸組成的Macro 型MART。其過表達(dá)或突變會(huì)導(dǎo)致Macro 結(jié)構(gòu)域功能失調(diào),最終促使腫瘤等疾病發(fā)生[39]。PARP14 與多種惡性腫瘤的發(fā)展密切相關(guān),包括多發(fā)性骨髓瘤(MM)、肝癌、B 細(xì)胞淋巴瘤、乳腺癌、前列腺癌、胃癌等[40-41]。其中,PARP14 在80% 以上的MM 細(xì)胞系中過表達(dá)。PARP14 作為JNK2 依賴的一個(gè)新生下游效應(yīng)基因,通過結(jié)合并抑制JNK1 激酶的活性促進(jìn)MM 細(xì)胞 存 活[40,42]。 PARP14 可 以 提 高 肝 癌 細(xì) 胞 內(nèi)NADPH 和谷胱甘肽的水平來提高細(xì)胞的抗氧化能力,它通過PARP14-JNK1-PKM2 軸使丙酮酸激酶M2(PKM2)維持在低活性狀態(tài),促進(jìn)HCC 細(xì)胞的有氧糖酵解并調(diào)節(jié)Warburg 效應(yīng),在細(xì)胞代謝中發(fā)揮著重要的作用[43]。此外,PARP14 在小鼠B-淋巴瘤細(xì)胞中呈過表達(dá),它通過增加細(xì)胞能量代謝率,促進(jìn)B 細(xì)胞生存,進(jìn)而加速c-MYC 基因誘導(dǎo)的B淋巴癌的發(fā)生[41,44]。
Moustakim 等[45]通過高通量篩選5萬種化合物得到的先導(dǎo)物4(GeA-69)及同系物5(MnK2-13)(圖4),對(duì)PARP14 具有較好的選擇性[39]。這類化合物能在細(xì)胞中抑制PARP14 轉(zhuǎn)位到DNA 損傷位點(diǎn)。 共晶結(jié)構(gòu)顯示MnK2-13 深埋于PARP14 的Macro2 結(jié)構(gòu)域,不占據(jù)ADPR 結(jié)合位點(diǎn),不與溶劑相接觸[39]。2017年,Upton 等[46]報(bào)道的化合物6(4t,圖4)對(duì)PARP14 表現(xiàn)出較強(qiáng)的抑制活性,IC50為160 nmol/L,但對(duì)PARP1 未表現(xiàn)出明顯的選擇性。同年,Yoneyama 等[47]從一個(gè)約含50 萬個(gè)小分子的化合物庫(kù)得到化合物7(圖4),其對(duì)PARP14的抑制作用,優(yōu)于PARP1。化合物8(H10,圖4)也顯示出對(duì)PARP14 有效的體外抑制活性及良好的選擇性(約為PARP1 的24 倍,TNKS1 的18 倍)[48]。2020年由Ribon Therapeutics 公司開發(fā)的化合物9(RBN-012759,圖4)對(duì)PARP14 的抑制活性達(dá)到納摩爾水平,選擇性至少是其他PARPs 成員的300倍,可作為PARP14 的探針研究抗腫瘤免疫反應(yīng)[49]。其他處于生物活性測(cè)試階段的PARP14 抑制劑化合物10 ~12 如圖4 所示。因此,PARP14 是潛在的腫瘤治療靶點(diǎn),開發(fā)其抑制劑有望得到治療腫瘤的新藥物。
PARP15,也被稱為ARTD7 或BAL3,其與抗病毒感染及多種腫瘤相關(guān)[33,50]。PARP15 最初被證實(shí)為彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤的風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)基因,其在B細(xì)胞淋巴瘤中高表達(dá),并與細(xì)胞凋亡相關(guān)[51]。研究表明PARP15與肺癌(LUAD)治療的良好預(yù)后相關(guān)[52]。 此外,染 色體內(nèi)融合形成的融合基 因PARP15-AHSG 在HCC 中具有潛在的治療價(jià)值[53]。PARP15 可能是鼻咽癌、舌癌、急性髓系白血病與宮頸癌放療相關(guān)的血液毒性的潛在預(yù)測(cè)因子[52]。目前針對(duì)PARP15 的小分子抑制劑報(bào)道較少。化合物13(A101-(ConH2)-B322,圖3)對(duì)PARP15 抑制的選擇性是其他測(cè)試PARPs的50倍[51]。
Figure 4 PARP14 inhibitors
PARP4 又名ARTD4 或VPARP,是具有催化活性的vault蛋白的組成成分[54]。其被證明參與調(diào)節(jié)人類細(xì)胞的端粒酶活性[54]、對(duì)抗病毒感染[33,55]、DNA 損傷修復(fù)及誘導(dǎo)癌基因表達(dá)[56-57]。有報(bào)道顯示PARP4 與DNA 損傷和修復(fù)通路相關(guān),在結(jié)直腸神經(jīng)內(nèi)分泌腫瘤(NETs)中會(huì)發(fā)生突變[58]。PARP4是原發(fā)性甲狀腺癌、乳腺癌、胰腺癌等多種腫瘤的易感基因,降低其表達(dá)能夠抑制腫瘤生長(zhǎng)[56,59]。此外,PARP4 參與細(xì)胞轉(zhuǎn)運(yùn),與一些腫瘤細(xì)胞的耐藥性相關(guān)[55]。目前尚沒有PARP4抑制劑被報(bào)道。
PARP10 又 名ARTD10,在 調(diào) 節(jié)DNA 損 傷 修復(fù)、細(xì)胞代謝、細(xì)胞凋亡及多種腫瘤中發(fā)揮作用[60-61]。PARP10 最初被鑒定為MYC 相互作用蛋白,在大多數(shù)人類腫瘤中過度表達(dá)。它可減輕細(xì)胞對(duì)復(fù)制應(yīng)激的敏感性,促進(jìn)停滯的復(fù)制叉重新啟動(dòng)以推動(dòng)腫瘤發(fā)展[62]。研究表明PARP10 參與延緩HCC 進(jìn)展。PARP10 在T601 位點(diǎn)的磷酸化顯著降低了其與NEMO 蛋白的結(jié)合,破壞了PARP10對(duì)NEMO泛素化的抑制作用,從而增強(qiáng)NF-κB對(duì)多個(gè)靶基因的轉(zhuǎn)錄活性,促進(jìn)HCC 的發(fā)展[63]。此外,PARP10也被證實(shí)能促進(jìn)結(jié)直腸癌細(xì)胞增殖[64]。
由于PARP10 與腫瘤的發(fā)生發(fā)展密切相關(guān),其抑制劑的開發(fā)受到了廣泛關(guān)注,目前已有幾個(gè)PARP10 抑制劑被報(bào)道[65]?;衔?4(OUL35,圖3)對(duì)PARP10的IC50遠(yuǎn)高于其他PARPs。在對(duì)接模型中,OUL35 與Gly888 的酰胺和羰基以及Ser927的側(cè)鏈羥基形成氫鍵[66]。保留OUL35 母核,經(jīng)過結(jié)構(gòu)改造得到化合物15(圖3),其活性優(yōu)于OUL35,并顯示出類似的選擇性[67]。進(jìn)一步結(jié)構(gòu)改造所得的化合物16(圖3)對(duì)PARP10(IC50=0.40 μmol/L)的抑制活性優(yōu)于PARP14(IC50= 5.2 μmol/L)和PARP1(IC50>100 μmol/L)[61]。2019年,基于3,4-二氫異喹啉骨架設(shè)計(jì)的化合物17(圖3)對(duì)PARP10 也表現(xiàn)出一定的抑制活性及優(yōu)良的選擇性[68]。因此,PARP10 是腫瘤治療的重要靶點(diǎn),開發(fā)其抑制劑具有重要意義。
除了調(diào)節(jié)腫瘤進(jìn)程,一些MARTs 具有其獨(dú)特的生理學(xué)調(diào)節(jié)功能。PARP6 又稱ARTD17,它由630 個(gè)氨基酸組成,在細(xì)胞中主要參與調(diào)節(jié)細(xì)胞周期與脂質(zhì)代謝,與中心體聚集的抑制過程相關(guān)[69-70];PARP11 又名ARTD11,其結(jié)構(gòu)中存在一個(gè)球狀的WWE 結(jié)構(gòu)域。與PARP12 類似,PARP11在對(duì)抗病毒感染方面發(fā)揮作用[71-72];PARP16 又名ARTD15,它是一種尾部錨定在內(nèi)質(zhì)網(wǎng)的跨膜蛋白,主要參與調(diào)節(jié)內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激與血管生成,在細(xì)胞衰老與凋亡中發(fā)揮作用[73-74]。TCGA 數(shù)據(jù)顯示,這些MARTs 的表達(dá)與腫瘤的發(fā)生、侵襲、轉(zhuǎn)移相關(guān),但它們與腫瘤的關(guān)系需要進(jìn)一步研究確證。
PARPs 家族在體內(nèi)通過翻譯后修飾參與多種生物學(xué)功能。過去的幾十年中,PARP1 和PARP2已經(jīng)得到了廣泛的研究,而MARTs 的相關(guān)研究還處于起步階段。然而,很多文獻(xiàn)表明,MARTs 與腫瘤密切相關(guān)并且參與調(diào)控這些腫瘤的進(jìn)展。例如PARP7 在GBM、PAAD 等腫瘤中過表達(dá),其抑制劑RBN2397 處于Ⅰ期臨床試驗(yàn),已被證實(shí)可以治療實(shí)體瘤、胰腺癌、卵巢癌和非小細(xì)胞肺癌。PARP7作為腫瘤躲避免疫系統(tǒng)的關(guān)鍵分子,其抑制劑有望應(yīng)用于腫瘤治療。PARP10 在DLBC、急性髓系白血?。↙AML)、THYM 以及GBM、PAAD 等一些難以治療的腫瘤中過度表達(dá),與這些腫瘤的發(fā)生發(fā)展密切相關(guān)。目前已有一些PARP10 抑制劑被報(bào)道,說明開發(fā)PARP10抑制劑在腫瘤治療中具有重大意義。類似的具有較大開發(fā)潛力的靶點(diǎn)還有PARP14、PARP15等。
MARTs 在抗腫瘤方面表現(xiàn)出巨大的潛力。如何根據(jù)PARP 蛋白之間的差異設(shè)計(jì)高選擇性、強(qiáng)效的小分子抑制劑,系統(tǒng)并且全面地研究PARP 蛋白家族的相關(guān)功能與作用機(jī)制,是研究人員面臨的巨大挑戰(zhàn)。文中所提到的小分子化合物對(duì)研究MARTs 蛋白及其抑制劑具有重要的價(jià)值,它們不僅有望成為新的腫瘤治療藥物,還可以作為探針進(jìn)一步探索MARTs 的生物學(xué)功能。 總之,以MARTs 蛋白及其抑制劑為背景的藥物開發(fā)有望為精準(zhǔn)醫(yī)療時(shí)代的腫瘤治療帶來新的希望。