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        基于MRI的機(jī)器學(xué)習(xí)模型預(yù)測(cè)PI-RADS 3病變的良惡性及侵襲性

        2021-12-08 08:19:22李天平駱訓(xùn)容羅明芳張涵謝海柱王培源
        關(guān)鍵詞:前列腺惡性效能

        李天平 駱訓(xùn)容 羅明芳 張涵 謝海柱 王培源

        前列腺癌(prostate cancer,PCa)是中老年男性最常見的泌尿生殖系統(tǒng)腫瘤,在全球男性的腫瘤發(fā)病率及死亡率中位居前五[1]。2019年發(fā)布的前列腺影像報(bào)告數(shù)據(jù)系統(tǒng)2.1版(Prostate Imaging-Reporting and Data System version 2.1,PI-RADS v2.1)[2]將前列腺病變分為5類,其中PI-RADS 3前列腺病變包括良性病變以及侵襲性不同的惡性病變,但PI-RADS v2.1并未明確PI-RADS 3病變是否需要活檢。有研究[3]在292例PI-RADS 3病人的穿刺活檢結(jié)果中發(fā)現(xiàn)32%(92/292)為PCa,其中23%(69/292)為臨床有意義PCa(clinically significant PCa,csPCa),提示并非所有病人都需要進(jìn)行活檢。因而,準(zhǔn)確判斷病變的良惡性,有助于減少病人非必要活檢帶來的痛苦。此外,PI-RADS 3病變會(huì)向惡性或更高級(jí)別的病變轉(zhuǎn)變,隨診研究顯示4%的病變可轉(zhuǎn)為更高級(jí)別的腫瘤[4]。因此,明確腫瘤的侵襲性并及時(shí)檢測(cè)和識(shí)別高級(jí)別腫瘤,進(jìn)而對(duì)病人及時(shí)治療,可延緩腫瘤進(jìn)展,延長(zhǎng)病人的生命。病理學(xué)Gleason評(píng)分(Gleason score,GS)是判斷PCa侵襲性最主要的獨(dú)立預(yù)測(cè)因素,PI-RADS v2.1將GS≥7(3+4)定義為csPCa,即侵襲性PCa;GS≤6定義為臨床無意義PCa(clinically insignificant PCa,ci PCa),即非侵襲性PCa。

        影像組學(xué)可對(duì)影像數(shù)據(jù)進(jìn)行定量分析,從而無創(chuàng)性地評(píng)估腫瘤生物學(xué)行為,已經(jīng)廣泛應(yīng)用于PCa的診斷、侵襲性評(píng)估及臨床決策等方面[5]。影像組學(xué)方法用于PCa良惡性的診斷及GS評(píng)分已表現(xiàn)出良好的預(yù)測(cè)效能[6]。目前尚未見采用影像組學(xué)機(jī)器學(xué)習(xí)模型對(duì)PI-RADS 3前列腺病變的良惡性鑒別和侵襲性評(píng)估的研究,本研究擬探討機(jī)器學(xué)習(xí)預(yù)測(cè)模型預(yù)測(cè)PI-RADS 3前列腺病變的良惡性及PCa侵襲性的預(yù)測(cè)價(jià)值。

        1 資料與方法

        1.1 研究對(duì)象 回顧性分析2015年1月—2020年7月于煙臺(tái)毓璜頂醫(yī)院進(jìn)行前列腺M(fèi)RI掃描的296例PI-RADS 3病人資料,年齡47~91歲,平均(70.44±7.68)歲。其中,PCa病人141例,非PCa病人155例。納入標(biāo)準(zhǔn):①進(jìn)行前列腺3.0 T MRI檢查后的2個(gè)月內(nèi)完成手術(shù)治療或行MR-超聲融合靶向穿刺活檢;②經(jīng)放射科醫(yī)生診斷為PI-RADS 3病變;③MRI上可見單一病灶。排除標(biāo)準(zhǔn):①既往有前列腺手術(shù)、穿刺、放化療或內(nèi)分泌治療史;②影像信息不全,影像質(zhì)量差無法進(jìn)行評(píng)估者;③病變較小(體積<0.5 cm3)或無法確定病變邊界者。記錄病人的病理結(jié)果、血清前列腺特異性抗原(prostate specific antigen,PSA)濃度。根據(jù)GS評(píng)分判斷病灶的侵襲性,將PCa病人分為csPCa[GS≥7(3+4)]和ciPCa(GS<7)。

        1.2 設(shè)備與方法 采用GE 750W 3.0 T MR掃描設(shè)備,8通道相陣控腹部線圈,掃描范圍從骶髂關(guān)節(jié)至恥骨聯(lián)合水平。掃描序列及參數(shù):①T2WI抑脂序列,F(xiàn)OV 200 mm×200 mm,TR 3 500 ms,TE 90 ms,矩陣240×220,層厚為3 mm,層間距為0;②DCE-T1WI序列,TR 4.0 ms,TE 1.5 ms,經(jīng)肘靜脈注射釓螯合物對(duì)比劑(釓雙胺,濃度0.5 mmol/mL,GE Healthcare,Ireland)0.1 mmol/kg體質(zhì)量,注射流率3.0 mL/s,共掃描15個(gè)時(shí)相;③DWI序列,F(xiàn)OV 220 mm×220 mm,矩陣128×130,b值為0、100、800、1 000 s/mm2。

        1.3 病灶勾畫與特征提取 由2名不知曉病理和臨床檢驗(yàn)結(jié)果的放射科醫(yī)師(分別具有5年和10年腹部MRI診斷經(jīng)驗(yàn))使用3D Slicer(Version 4.10.0)軟件中的“Segment Editor”模塊分別在T2WI、DCET1WI、DWI橫斷面影像上逐層手動(dòng)勾畫病變的興趣區(qū)(ROI),盡可能大地包括病變區(qū)域,避開病變邊緣、囊變、尿道、射精管及鈣化的區(qū)域(圖1)。DCE序列選擇第1時(shí)相影像,DWI選擇b值為1 000 s/mm2的影像。在3D Slicer的“Radiomics”模塊中對(duì)ROI進(jìn)行特征提取,自動(dòng)提取出灰度相關(guān)矩陣、灰度共生矩陣、形狀、一階、灰度游程長(zhǎng)度矩陣、灰度大小區(qū)域矩陣、鄰域灰度差異矩陣及小波共8類影像組學(xué)特征。其中,隨機(jī)選擇30例病人的病灶來評(píng)估病灶勾畫的穩(wěn)定性。由上述2名醫(yī)師分別勾畫ROI并分析提取的特征值,隨后由其中的有5年工作經(jīng)驗(yàn)的醫(yī)師間隔1周再次進(jìn)行勾畫及特征提取。記錄以上前后2次提取的特征值,計(jì)算觀察者內(nèi)和觀察者間的組內(nèi)相關(guān)系數(shù)(intra-class correlation coefficients,ICC)。ICC>0.75則認(rèn)為可重復(fù)性較好;若存在ICC≤0.75的特征,則剔除所有病灶中提取的該類特征。

        圖1 PI-RADS 3病變ROI勾畫示意圖。A圖為T2WI橫斷面影像;B圖為DWI橫斷面影像;C圖為DCE-T1WI橫斷面影像。

        1.4 特征篩選及模型構(gòu)建 采用Python(Version 3.9.0)軟件進(jìn)行特征篩選及模型構(gòu)建。將296個(gè)病灶按7∶3的比例隨機(jī)劃分為訓(xùn)練集(70%,207個(gè))和獨(dú)立驗(yàn)證集(30%,89個(gè))。對(duì)訓(xùn)練集數(shù)據(jù)采用t檢驗(yàn)進(jìn)行特征篩選,選取特征標(biāo)簽間差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的特征;然后采用適合高維數(shù)據(jù)的最小絕對(duì)值收斂和選擇算子(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)算法對(duì)特征進(jìn)一步篩選,挑選出系數(shù)不為零的特征。使用支持向量機(jī)(support vector machine,SVM)算法構(gòu)建機(jī)器學(xué)習(xí)模型,使用10折交叉驗(yàn)證法確定模型的最佳核函數(shù)及超參數(shù)。在PCa的侵襲性預(yù)測(cè)中,模型的預(yù)測(cè)效能會(huì)受到訓(xùn)練集數(shù)據(jù)分類不平衡的影響,所以采用合成少數(shù)類過采樣技術(shù)(synthetic minority oversampling technique,SMOTE)對(duì)訓(xùn)練集數(shù)據(jù)進(jìn)行分類平衡。為評(píng)估模型的魯棒性,采用Bootstrap方法分別在訓(xùn)練集及驗(yàn)證集中進(jìn)行1 000次有放回抽樣,每次抽取500個(gè)樣本,計(jì)算模型在訓(xùn)練集及獨(dú)立驗(yàn)證集的置信區(qū)間。

        1.5 統(tǒng)計(jì)學(xué)方法 采用Python(Version 3.9.0)軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。計(jì)數(shù)資料以例表示。符合正態(tài)分布的計(jì)量資料采用均數(shù)±標(biāo)準(zhǔn)差()表示,組間比較采用t檢驗(yàn)。非正態(tài)分布的計(jì)量資料采用中位數(shù)(四分位間距)[M(P25,P75)]表示,組間比較采用Mann-Whitney U檢驗(yàn)。采用受試者操作特征(ROC)曲線分析評(píng)價(jià)模型在訓(xùn)練組和驗(yàn)證組中的預(yù)測(cè)效能,并計(jì)算曲線下面積(AUC)、準(zhǔn)確度、敏感度及特異度。P<0.05為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

        2 結(jié)果

        2.1 病人一般資料分析 PCa病人的平均年齡[(71.57±8.04)歲]高于非PCa病人[(69.41±7.21)歲](t=2.44,P=0.015),PSA水平[18.63(11.95,35.8)ng/mL]也高于非PCa病人[10.28(5.77,17.76)ng/mL](Z=6 673.5,P<0.001)。141例PCa病人中有csPCa 100例。其PSA水平為[22.06(12.42,39.64)ng/mL]且高于41例ciPCa病人[12.77(8.46,23.97)ng/mL](Z=1 479.5,P=0.004)。

        2.2 病灶特征提取與篩選 共分析296個(gè)病灶,每個(gè)病灶均提取2 553個(gè)特征(每個(gè)序列上的ROI均提取851個(gè)特征)。觀察者間(ICC為0.81)和觀察者內(nèi)(ICC為0.84)均具有很好的一致性。對(duì)全部PIRADS 3病變進(jìn)行良惡性鑒別,經(jīng)t檢驗(yàn)篩選后剩余313個(gè)特征,經(jīng)LASSO回歸模型最終篩選出14個(gè)特征(9個(gè)來自DWI,3個(gè)來自T2WI,2個(gè)來自DCE)(圖2)。對(duì)141個(gè)PI-RADS 3病變進(jìn)行PCa侵襲性預(yù)測(cè),經(jīng)t檢驗(yàn)篩選出106個(gè)特征,經(jīng)LASSO回歸模型最終篩選出12個(gè)特征(4個(gè)來自T2WI,5個(gè)來自DWI,3個(gè)來自DCE)(圖3)。

        圖2 預(yù)測(cè)PI-RADS 3病變良惡性的特征篩選。A圖為L(zhǎng)ASSO回歸模型中,最佳參數(shù)λ(黑色垂直線)對(duì)應(yīng)的特征系數(shù);B圖為篩選出的14個(gè)特征及其所對(duì)應(yīng)的系數(shù)。

        圖3 預(yù)測(cè)PI-RADS 3 PCa侵襲性的特征篩選。A圖為L(zhǎng)ASSO回歸模型中,最佳參數(shù)λ(垂直黑線)對(duì)應(yīng)的特征系

        2.3 機(jī)器學(xué)習(xí)模型預(yù)測(cè)效能評(píng)估 在良惡性預(yù)測(cè)中,訓(xùn)練集中共207個(gè)病灶(104個(gè)為PCa,103個(gè)為非PCa),驗(yàn)證集中共89個(gè)病灶(37個(gè)為PCa,52個(gè)為非PCa)。在侵襲性預(yù)測(cè)中,訓(xùn)練集中共98個(gè)病灶(67個(gè)為csPCa,31個(gè)為ciPCa),驗(yàn)證集中共43個(gè)病灶(33個(gè)為csPCa,10個(gè)為ciPCa)。機(jī)器學(xué)習(xí)模型在訓(xùn)練集及驗(yàn)證集對(duì)PI-RADS 3病變的良惡性鑒別和侵襲性預(yù)測(cè)中均表現(xiàn)出較好的診斷效能(表1,圖4、5)。在良惡性的鑒別中,訓(xùn)練集和驗(yàn)證集中的AUC分別為0.93(95%CI:0.91~0.95)、0.89(95%CI:0.86~0.92);在侵襲性預(yù)測(cè)中,訓(xùn)練集和驗(yàn)證集中的AUC分別為0.92(95%CI:0.89~0.94)、0.85(95%CI:0.81~0.89)。

        圖4 機(jī)器學(xué)習(xí)模型預(yù)測(cè)PI-RADS 3病變良惡性的ROC曲線

        表1 2個(gè)數(shù)據(jù)集基于機(jī)器學(xué)習(xí)模型對(duì)PI-RADS 3病變的良惡性鑒別和侵襲性預(yù)測(cè)效能

        3 討論

        影像組學(xué)利用高通量方法對(duì)腫瘤影像內(nèi)的信息進(jìn)行定量、定性分析,從而無創(chuàng)性地評(píng)估腫瘤異質(zhì)性[7]。本研究采用影像組學(xué)機(jī)器學(xué)習(xí)方法對(duì)PIRADS 3前列腺病變的MRI影像進(jìn)行定量分析,實(shí)現(xiàn)病變良惡性及侵襲性的預(yù)測(cè)分析,可為該類前列腺病變病人的診斷提供一種新的方法,為臨床治療、管理提供指導(dǎo)意見。

        本研究發(fā)現(xiàn),PCa組的年齡和PSA水平明顯高于非PCa,且GS評(píng)分高的PCa的PSA水平較高,提示年齡較大和高PSA水平的人群宜進(jìn)行MRI檢查明確診斷。在本研究中,為減小穿刺活檢空間采樣誤差,提高PCa的檢出率及確保穿刺病灶與ROI的一一對(duì)應(yīng),本研究采用前列腺M(fèi)R-超聲融合靶向活檢作為穿刺活檢結(jié)果。

        在PI-RADS 3病變的PCa侵襲性預(yù)測(cè)中,由于訓(xùn)練集中csPCa與ciPCa分類不平衡,將會(huì)影響訓(xùn)練模型的預(yù)測(cè)效能,使模型預(yù)測(cè)結(jié)果更偏向于多數(shù)類。本研究使用SMOTE算法對(duì)訓(xùn)練集中的數(shù)據(jù)進(jìn)行分類平衡,該算法旨在對(duì)少數(shù)類樣本進(jìn)行分析和模擬,并將人工模擬的新樣本添加到數(shù)據(jù)集中,進(jìn)而使原始數(shù)據(jù)中的分類不再嚴(yán)重失衡。Fehr等[8]比較了使用與不使用樣本擴(kuò)增方法及使用不同樣本擴(kuò)增方法后的預(yù)測(cè)模型的表現(xiàn),結(jié)果發(fā)現(xiàn)使用SMOTE樣本擴(kuò)增方法后模型的預(yù)測(cè)效能最高。

        本研究中影像組學(xué)的特征篩選采用t檢驗(yàn)和LASSO算法,此方法可以快速剔除冗余的特征,降低模型的計(jì)算復(fù)雜程度,避免模型過度擬合[9-10]。本研究結(jié)果發(fā)現(xiàn),篩選后特征中基于DWI序列的特征占比最大,與Litjens等[11]的研究結(jié)果一致。原因可能為腫瘤組織內(nèi)的細(xì)胞數(shù)目較密集、體積較大、排列緊密等特點(diǎn),且高級(jí)別腫瘤細(xì)胞異型性大、排列雜亂,而DWI能敏感地檢測(cè)出這些變化[12]。Bonekama等[13]發(fā)現(xiàn)ADC能夠提高前列腺良惡性病變的鑒別效率,且ADC對(duì)于csPCa的評(píng)估比PIRADS更準(zhǔn)確。本研究未能探究ADC在PCa診斷中的作用,有待將來納入ADC以進(jìn)一步研究。

        圖5 機(jī)器學(xué)習(xí)模型預(yù)測(cè)PI-RADS 3 PCa侵襲性的ROC曲線

        本研究構(gòu)建的機(jī)器學(xué)習(xí)模型對(duì)PI-RADS 3前列腺病變的良惡性(訓(xùn)練集AUC:0.93,驗(yàn)證集AUC:0.89)及侵襲性預(yù)測(cè)(訓(xùn)練集AUC:0.92,驗(yàn)證集AUC:0.85)中取得良好的診斷效能。Sidhu等[14]通過聯(lián)合ADC峰度特征與DCE-T1WI熵特征對(duì)移行帶PCa進(jìn)行預(yù)測(cè),其在測(cè)試集中的預(yù)測(cè)效能(AUC=0.86)低于本研究(AUC=0.89),可能是由于該研究將整個(gè)前列腺移行帶的特征進(jìn)行分析,其中一些冗余的特征降低了模型的診斷效能。Li等[15]構(gòu)建的基于T2WI、ADC的MRI影像組學(xué)模型能夠提高csPCa的診斷,其在驗(yàn)證集中的效能(AUC=0.98)高于本研究(AUC=0.85),其原因可能是Li等的研究納入了ADC和臨床風(fēng)險(xiǎn)因子。Chen等[16]也構(gòu)建了影像組學(xué)模型,在對(duì)PCa的鑒別和侵襲性評(píng)估中發(fā)現(xiàn),影像組學(xué)模型較PI-RADS v2評(píng)估具有更好的預(yù)測(cè)效能;在PCa的鑒別中,模型在驗(yàn)證集中AUC為0.999,評(píng)估侵襲性的AUC為0.93。本研究中的效果較其略低,可能是本研究只對(duì)PI-RADS 3類的病變進(jìn)行分析。另外,Nketiah等[17]將T2WI提取的紋理特征、定量ADC值和DCE藥代動(dòng)力學(xué)參數(shù)聯(lián)合,用于預(yù)測(cè)PCa的GS分級(jí),其預(yù)測(cè)效能(AUC=0.91)與本研究(AUC=0.92)相當(dāng),但其納入的病人數(shù)量(23例)較小,且沒有獨(dú)立驗(yàn)證集。

        本研究存在以下局限性:①使用了手動(dòng)分割方法對(duì)病變進(jìn)行分割,盡管觀察者內(nèi)與觀察者間ICC較高,但分割結(jié)果可能仍存在一定的主觀偏差。②研究中的部分病理結(jié)果是基于穿刺活檢,盡管采用了前列腺M(fèi)R-超聲融合靶向活檢以減少采樣誤差,但仍可能與前列腺全切結(jié)果存在偏差。③樣本量較小,且為單中心回顧性研究,故需進(jìn)行多中心前瞻性研究進(jìn)行驗(yàn)證。

        綜上所述,本研究構(gòu)建的機(jī)器學(xué)習(xí)預(yù)測(cè)模型能對(duì)PI-RADS 3前列腺病變進(jìn)行無創(chuàng)性地評(píng)估,能夠有效地預(yù)測(cè)其良惡性及侵襲性。

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