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        夏秋茶大曲與傳統(tǒng)中溫大曲中微生物群落及多樣性研究

        2021-11-24 07:23:58潘天全陳興杰楊金玉杜先鋒
        釀酒科技 2021年11期
        關(guān)鍵詞:中溫大曲菌門

        張 杰,程 偉,李 娜,潘天全,陳興杰,楊金玉,杜先鋒

        (1.安徽金種子酒業(yè)股份有限公司,安徽阜陽236048; 2.安徽農(nóng)業(yè)大學(xué),安徽合肥238009)

        中國白酒是世界上最古老的蒸餾酒之一,根據(jù)風(fēng)味不同,白酒主要分為十二大類:濃香型、清香型和醬香型等[1-2]。其中濃香型白酒占白酒總量的70%,它是以高粱等谷物為原料,以酒曲為糖化發(fā)酵劑,經(jīng)蒸煮、發(fā)酵、蒸餾等工藝制作而成[3]。在傳統(tǒng)固態(tài)白酒的釀造過程中,微生物群落的多樣性對白酒不同風(fēng)格、產(chǎn)量及品質(zhì)起到關(guān)鍵性作用[4]。大曲是一種富含釀酒所需要的菌系、酶系、物系的復(fù)合載體,具有“糖化、發(fā)酵、生香”等功能,是傳統(tǒng)固態(tài)釀酒發(fā)酵的動力[5]。大曲中含有以霉菌和酵母菌為主的真菌以及較小的細(xì)菌,這些微生物菌落便是酒體風(fēng)味品質(zhì)形成的關(guān)鍵因素[6]。因此探究濃香型大曲培養(yǎng)過程中微生物群落組成和功能有助于解析大曲的風(fēng)味信息,在大曲培養(yǎng)過程中調(diào)整培養(yǎng)條件,對提高大曲及濃香型白酒質(zhì)量有深遠(yuǎn)意義[7]。

        傳統(tǒng)大曲微生物研究主要以各種微生物類型培養(yǎng)皿篩選,通過微生物群落形狀特征、理化特征及菌落數(shù)目進(jìn)行相關(guān)研究。大曲的研究多趨向于單一的風(fēng)味或者微生物[8],近年來隨著生物化學(xué)和分子生物技術(shù)的不斷發(fā)展,研究者可以借助高通量測序技術(shù),進(jìn)一步分析大曲中微生物群落的多樣性[9]。茶是世界上公認(rèn)的健康飲料,夏秋茶在夏秋季節(jié)光照強(qiáng)、溫度高的條件下生長速率快,導(dǎo)致其持嫩性差,茶葉易老化,其碳代謝程度較高,氮代謝程度相對較低,從而使得茶葉中多酚類物質(zhì)較高,而芳香物質(zhì)、維生素、氨基酸等含量低,質(zhì)量明顯低于春茶[10-11]。在大曲制作過程中,夏秋茶經(jīng)粉碎后與曲料混合制成茶曲,多酚含量高的夏秋茶對曲塊中的微生物具有選擇性的影響,并產(chǎn)生特征性的生物化學(xué)反應(yīng),導(dǎo)致曲塊微生物種類、生物酶類有顯著特點[12]。

        本研究通過高通量測序技術(shù),分別對同一時間入房培養(yǎng)的傳統(tǒng)中溫大曲、茶曲以及它們在培養(yǎng)階段的微生物群落結(jié)構(gòu)多樣性變化進(jìn)行研究,得出兩種大曲主要微生物群落構(gòu)成,結(jié)合培養(yǎng)階段環(huán)境條件記錄,根據(jù)所需大曲要求更好地調(diào)控大曲培養(yǎng)條件,以期為白酒提質(zhì)、增加健康因子提供理論依據(jù)。

        1 材料與方法

        1.1 材料、儀器

        大曲取樣:對安徽金種子生態(tài)釀酒基地培曲車間同一天入房傳統(tǒng)中溫大曲(以下簡稱中溫大曲)、夏秋茶大曲茶曲(以下簡稱茶曲)進(jìn)行取樣,兩種大曲培養(yǎng)時間均為27 d,分別取入房第1天、第3天、第5天、第7天、第12天、第17天、第22天、第27天曲樣,所對應(yīng)的樣品名稱分別為CHU1、CHU2、CHU3、CHU4、CHU5、CHU6、CHU7、CHU8(中溫大曲),CHA1、CHA2、CHA3、CHA4、CHA5、CHA6、CHA7、CHA8(茶曲)。每次取樣從固定的3個點(內(nèi)、中、外)周邊取并暫存于無菌塑封袋,帶回微生物實驗室并在無菌環(huán)境中進(jìn)行粉碎,采用四分濃縮法留樣保存于無菌袋中,存于-80℃冰箱中備用。

        儀器設(shè)備:SW-CJ-2D型超凈工作臺,深圳市瑞鑫達(dá)化玻儀器有限公司;小型多功能粉碎機(jī),永康市久品工貿(mào)有限公司;醫(yī)用低溫保存箱,安徽中科都菱商用電器股份有限公司。

        1.2 試驗方法

        1.2.1 大曲微生物DNA提取及PCR擴(kuò)增定量

        采用CTAB或SDS方法對樣本的基因組DNA進(jìn)行提取,之后利用瓊脂糖凝膠電泳檢測DNA的純度和濃度,取適量的樣本DNA于離心管中,使用無菌水稀釋樣本至1 ng/μL。

        以稀釋后的基因組DNA為模板,根據(jù)測序區(qū)域的選擇,使用帶Barcode的特異引物(Phusion?High-Fidelity PCR Master Mix with GC Buffer:New England Biolabs)和高效高保真酶進(jìn)行PCR,確保擴(kuò)增效率和準(zhǔn)確性。

        引物對應(yīng)區(qū)域:16S V4區(qū)引物(515F和806R):鑒定細(xì)菌多樣性。

        ITS1區(qū)引物(ITS5-1737F和ITS2-2043R):鑒定真菌多樣性。

        1.2.2 PCR產(chǎn)物的混樣和純化

        PCR產(chǎn)物使用2%濃度的瓊脂糖凝膠進(jìn)行電泳檢測;對檢測合格的PCR產(chǎn)物進(jìn)行磁珠純化,采用酶標(biāo)定量,根據(jù)PCR產(chǎn)物濃度進(jìn)行等量混樣,充分混勻后使用2%的瓊脂糖凝膠電泳檢測PCR產(chǎn)物,對目的條帶使用qiagen公司提供的膠回收試劑盒回收產(chǎn)物。

        1.2.3 文庫構(gòu)建和上機(jī)測試

        使用TruSeq?DNA PCR-Free Sample Preparation Kit建庫試劑盒進(jìn)行文庫構(gòu)建,構(gòu)建好的文庫經(jīng)過Qubit和Q-PCR定量,文庫合格后,使用Nova-Seq6000進(jìn)行上機(jī)測序。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 中溫大曲、茶曲微生物聚類

        2.1.1 花瓣圖分析

        根據(jù)聚類得到OTUs結(jié)果,分析不同樣本之間共有、特有的OTUs,當(dāng)樣本數(shù)大于5時,繪制成花瓣圖如圖1。中溫大曲在8個時間點所取樣品共獲得細(xì)菌OTU數(shù)目為220個,其中共有的細(xì)菌OTU為98個,茶曲共獲得細(xì)菌OTU數(shù)目為303個,其中共有的細(xì)菌OTU為92個;中溫大曲在8個時間點所取樣品共獲得真菌OTU數(shù)目為345個,其中共有的真菌OTU為32個,茶曲共獲得真菌OTU數(shù)目為310個,其中共有的真菌OTU為23個。

        圖1 OTU分布花瓣圖

        2.1.2 物種分布情況分析

        根據(jù)分類學(xué)分析結(jié)果,可以得知不同組樣品在各類水平(界、門、綱、目、科、屬、種)上的群落結(jié)構(gòu)組成情況。根據(jù)群落柱形圖,可以直觀呈現(xiàn)兩方面信息:(1)各樣本在某一分類學(xué)水平上主要包括的微生物;(2)樣本中各微生物的相對豐度(所占比重)[13]。如圖2、圖3分別為中溫大曲、茶曲中細(xì)菌及真菌在屬水平上各物種的豐度組成結(jié)構(gòu)。

        圖2 中溫大曲、茶曲在屬水平上細(xì)菌物種豐度組成

        圖3 中溫大曲、茶曲在屬水平上真菌物種豐度組成

        本研究中,利用高通量測序方法從中溫大曲、茶曲中共檢測出266個菌屬。從圖2可以看出,從曲塊入房剛開始就網(wǎng)羅了環(huán)境中的微生物資源,隨著曲塊培育時間的增加,曲塊中微生物菌屬也發(fā)生著一些變化。主要細(xì)菌屬有Lactobacillus(乳桿菌屬)、Pseudomonas(假單孢菌屬)、Acetobacter(醋菌屬)、Staphylococcus(葡萄球菌屬)、Pantoea(泛菌屬)、Kocuria(考克氏菌屬)、Leuconostoc(明串珠菌屬)、Brevibacterium(短桿菌屬),其中Kocuria(考克氏菌屬)在茶曲中屬于主要菌屬但在中溫大曲中非主要菌屬。在整個培曲過程中,Lactobacillus屬于優(yōu)勢菌種,其含量一直大于10%;Pseudomonas在剛?cè)敕壳?天屬于優(yōu)勢菌種,且僅處于中溫大曲時含量高于10%,但后期含量下降明顯;Acetobacter隨著曲塊培養(yǎng)時間增加呈現(xiàn)出先增加后降低的趨勢,中期8~10 d時含量最高,但在中溫大曲中不屬于優(yōu)勢菌種,在茶曲中含量大于10%屬于優(yōu)勢菌種。由此可見,原料使用不同對大曲中細(xì)菌多樣性存在影響,在不同的培曲時間下大曲中的優(yōu)勢菌種發(fā)生變化,但乳桿菌屬一直屬于優(yōu)勢菌屬。陳申習(xí)等[14]采用傳統(tǒng)分離方法和現(xiàn)代分子技術(shù)對清香型小曲白酒機(jī)械化生產(chǎn)中微生物動態(tài)變化進(jìn)行了研究,發(fā)現(xiàn)酒醅微生物的細(xì)菌主要為乳桿菌屬和芽孢桿菌屬。

        從圖3可以看出,中溫大曲、茶曲從入房到培養(yǎng)結(jié)束有8個真菌屬相對豐度大于1%,分別為Blumeria(布氏白粉菌屬)、Saccharomycopsis(扣囊復(fù)膜孢酵母屬)、Rhizopus(根霉菌屬)、Thermoascus(熱子囊菌屬)、Issatchenkia(伊薩酵母屬)、Wickerhamomyces(異常威克漢姆酵母)、Aspergillus(曲霉菌屬)、Hanseniaspora(西方有孢漢遜酵母),其中Blumeria、Saccharomycopsis、Rhizopus、Thermoascus、Issatchenkia、Wickerhamomyces相對豐度均大于10%,屬于培曲過程中的優(yōu)勢菌種。研究表明,Blumeria在中溫大曲及茶曲培養(yǎng)前期0~8 d含量最高,但隨后下降明顯且最終含量低于1%;Saccharomycopsis、Wickerhamomyces在中溫大曲及茶曲培養(yǎng)階段呈現(xiàn)出先上升后下降的趨勢;Issatchenkia在中溫大曲及茶曲中初始含量均為零,在中期6~8 d時含量增加到10%以上,但后期含量明顯降低且低于1%;Rhizopus、Thermoascus在中溫大曲及茶曲培養(yǎng)過程中呈現(xiàn)出逐漸增加的趨勢,且最終成為主導(dǎo)菌種。值得一提的是,Saccharomycopsis在中溫大曲中最終含量為12.12%,茶曲中最終含量為25.31%,差異明顯。由此可見,大曲中茶葉的添加對真菌優(yōu)勢菌種的分布有一定的影響,在不同的培曲時間下中溫大曲及茶曲中的優(yōu)勢菌種變化明顯。雷振河[15]應(yīng)用高通量測序技術(shù)對清香型白酒釀造用大曲和酒醅中微生物構(gòu)成進(jìn)行了分析,發(fā)現(xiàn)大曲中優(yōu)勢真核微生物主要包括曲霉菌屬、熱子囊菌屬、根霉菌屬、嗜熱真菌屬、假絲酵母屬,其中本研究中曲霉菌屬、熱子囊菌屬、根霉菌屬與其結(jié)果相似,存在差異可能是環(huán)境、原料、工藝等因素造成的[16]。

        2.2 Alpha多樣性分析

        2.2.1 微生物多樣性指數(shù)分析

        使用Illumian MiSeq高通量測序技術(shù)分別對8個中溫大曲、8個茶曲樣品中微生物多樣性進(jìn)行分析,其細(xì)菌16S rRNA測序結(jié)果及多樣性見表1,真菌ITS測序結(jié)果及多樣性見表2。Observed_species:直觀觀測到的物種數(shù)目(也即是OTUs數(shù)目)。Shannon:樣品中的分類總數(shù)及其占比。群落多樣性越高,物種分布越均勻,Shannon指數(shù)越大。Simpson:表征群落內(nèi)物種分布的多樣性和均勻度。Chao1:估計群落樣品中包含的物種總數(shù)。ACE:估計群落中OTU數(shù)目。Goods_coverage:測序深度指數(shù)。PD_whole_tree:群落內(nèi)物種的親緣關(guān)系。

        如表1所示,中溫大曲中CHU7細(xì)菌豐富度最高,茶曲中CHA8細(xì)菌豐富度最高,中溫大曲中CHU8細(xì)菌多樣性最高,茶曲中CHA7細(xì)菌多樣性最高。如表2所示,中溫大曲中CHU6真菌豐富度最高,茶曲中CHA1真菌豐富度最高,中溫大曲中CHU3真菌多樣性最高,茶曲中CHA4真菌多樣性最高。

        表1 中溫大曲、茶曲細(xì)菌多樣性指數(shù)

        表2 中溫大曲、茶曲真菌多樣性指數(shù)

        2.2.2 稀疏曲線和等級聚類曲線分析

        稀釋曲線是從樣本中隨機(jī)抽取一定測序量的數(shù)據(jù),統(tǒng)計它們所代表物種數(shù)目(即OTUs數(shù)目),以抽取的測序數(shù)據(jù)量與對應(yīng)的物種數(shù)來構(gòu)建曲線。稀釋曲線可直接反映測序數(shù)據(jù)量的合理性,并間接反映樣本中物種的豐富程度,當(dāng)曲線趨向平坦時,說明測序數(shù)據(jù)量漸進(jìn)合理,更多的數(shù)據(jù)量只會產(chǎn)生少量新的物種(OTUs)。如圖4所示,中溫大曲、茶曲的細(xì)菌和真菌稀釋曲線都隨測序深度的增加呈現(xiàn)先增加后平緩的趨勢,這表明細(xì)菌、真菌的測序量合理,能夠反映出樣品中的微生物信息。

        圖4 細(xì)菌、真菌稀釋曲線分析圖

        等級聚類曲線是將樣本中的OTUs按相對豐度(或者包含的序列數(shù)目)由大到小排序得到對應(yīng)的排序編號,再以O(shè)TUs的排序編號為橫坐標(biāo),OTUs中的相對豐度(也可用該等級OTU中序列數(shù)的相對百分含量)為縱坐標(biāo),將這些點用折線連接,即繪制得到Rank Abundance曲線,它可直觀的反映樣本中物種的豐富度和均勻度。在水平方向上,物種的豐富度由曲線的寬度來反映,物種的豐富度越高,曲線在橫軸上的跨度越大;在垂直方向上,曲線的平滑程度,反映了樣本中物種的均勻程度,曲線越平緩,物種分布越均勻[17]。如圖5所示,各樣品細(xì)菌、真菌等級聚類曲線均趨向平緩,說明各樣品細(xì)菌、真菌的測序數(shù)據(jù)物種組成的均勻度高,細(xì)菌微生物多樣性豐度及均勻度高于真菌。

        圖5 細(xì)菌、真菌等級聚類曲線分析圖

        2.3 Beta多樣性

        2.3.1 NMDS分析

        無度量多維標(biāo)定法(NMDS,Non-Metric Multi-Dimensional Scaling)[18]統(tǒng)計是一種適用于生態(tài)學(xué)研究的排序方法。NMDS是基于Bray-Curtis距離來進(jìn)行分析的非線性模型,根據(jù)樣本中包含的物種信息,以點的形式反映在二維平面上,克服了線性模型(包括PCA、PCoA)的缺點,更好地反映生態(tài)學(xué)數(shù)據(jù)的非線性結(jié)構(gòu)[19]。應(yīng)用NMDS分析,根據(jù)樣本中包含的物種信息,以點的形式反映在多維空間上,而對不同樣本間的差異程度,則是通過點與點間的距離體現(xiàn),能夠反映樣本的組間和組內(nèi)差異等。

        在NMDS分析中stress值大小體現(xiàn)了分析結(jié)果的優(yōu)劣性,如圖6所示stress值<0.001,NMDS分析圖可被認(rèn)為一個好結(jié)果的差異性排序。其中CHU1、CHU2、CHU3、CHU4、CHU5 聚 為 一 類 ,CHA1、CHA2、CHA3、CHA4、CHA5聚為一類,可以看出中溫大曲與茶曲在培養(yǎng)前期細(xì)菌多樣性區(qū)別明顯,這與細(xì)菌前中期多樣性分布分析結(jié)果相似,說明在大曲中添加茶葉對曲塊培養(yǎng)前中期的細(xì)菌多樣性影響明顯,可能是前中期茶葉的添加影響了曲塊水分含量、水分散失速度、pH值等,使茶曲升溫較慢,因此對細(xì)菌微生物菌落差異影響較大。CHU6、CHU7、CHU8、CHA7、CHA8聚為一類,可以看出傳統(tǒng)大曲與茶曲在培養(yǎng)后期細(xì)菌多樣性區(qū)別較小,曲塊各項理化指標(biāo)也基本相同,對細(xì)菌的生長代謝影響小,因此后期中溫大曲與茶曲細(xì)菌生態(tài)結(jié)構(gòu)之間不存在明顯差異。CHA6單獨(dú)聚為一類,推測可能與翻曲過程中工藝操作差異性有關(guān),需進(jìn)一步研究分析。

        圖6 中溫大曲、茶曲細(xì)菌生態(tài)結(jié)構(gòu)中屬水平上的NMDS分析

        如圖7所示,在屬類水平上stress值為0.149,而當(dāng)stress<0.2時,可用NMDS二維點圖表示,其圖形更能說明分析數(shù)據(jù)所體現(xiàn)出的意義。其中CHU1、CHU2、CHU3、CHU4 聚為一類,CHA1、CHA2、HCA3、HCA4、CHA5 聚為一類 ,CHU5、CHU6、CHU7 聚為一類,CHA6、CHA7、CHA8、CHU8聚為一類,可以看出中溫大曲、茶曲在培養(yǎng)過程中真菌差異性明顯,說明原料不同對曲塊前中期真菌微生物多樣性影響較大,可能是茶葉的添加影響了曲塊中水分含量、曲塊透氣性、pH值等理化因素,從而使曲塊在培養(yǎng)前中期升溫差異較大,因而影響曲塊中真菌微生物多樣性。其中CHU8與茶曲聚為一類,推測可能與環(huán)境因素有關(guān),需進(jìn)一步研究分析。

        圖7 中溫大曲、茶曲真菌生態(tài)結(jié)構(gòu)中屬水平上的NMDS分析

        2.3.2 聚類樹分析

        對中溫大曲、茶曲樣品中微生物OTUs信息進(jìn)行加權(quán)聚類分析[20-21],結(jié)果見圖8、圖9。由圖8可知,中溫大曲及茶曲中細(xì)菌優(yōu)質(zhì)序列中可以歸類為9個門,分別為厚壁菌門(Firmicutes)、變形菌門(Proteobacteria)、放線菌門(Actinobacteria)、類桿菌門(Bacteroidota)、藍(lán)藻門(Cyanobacteria)、綠彎菌門(Chloroflexi)、脫硫菌門(Desulfobacterota)、彎曲桿菌門(Campilobacterota)、脫鐵桿菌門(Deferribacteres)。其中厚壁菌門、變形菌門、類桿菌門和放線菌門占比較大,分別為40.44%、20.94%、14.50%、12.13%,另外,4種菌門中,中溫大曲中的厚壁菌門占比較多,茶曲中變形菌門、類桿菌門和放線菌占比較多。厚壁菌門為大曲中的優(yōu)勢微生物,可能是優(yōu)勢細(xì)菌屬屬于該門,且厚壁菌門主要由芽孢桿菌綱(Bacilli)和梭菌綱(Clostridia)等微生物組成[22],具有很強(qiáng)的環(huán)境適應(yīng)性,能夠在相對極端的條件下保持生長代謝;放線菌廣泛分布于土壤環(huán)境、海洋環(huán)境、植物體及其他極端自然生態(tài)環(huán)境中,與厚壁菌門相似,也具有極強(qiáng)的耐受性[23]。

        圖8 中溫大曲、茶曲細(xì)菌生態(tài)結(jié)構(gòu)中門水平上的聚類樹分析

        由圖9可知,中溫大曲及茶曲中真菌優(yōu)質(zhì)序列中可以歸類為10個門,分別為子囊菌門(Ascomycota)、毛霉門(Mucoromycota)、擔(dān)子菌門(Basidiomycota)、壺菌門(Chytridiomycota)、被孢霉門(Mortierellomycota)、球囊菌門(Glomeromycota)、羅茲菌門(Rozellomycota)、油壺菌門(Olpidiomycota)、無孢子菌門(Aphelidiomycota)、捕蟲霉門(Zoopagomycota)。其中子囊菌門、毛霉門、擔(dān)子菌門占比比較大,分別為66.44%、5.19%、4.19%,3種菌門中,中溫大曲中擔(dān)子菌門占比較多,茶曲中子囊菌門、毛霉門占比豐富。子囊菌門是曲皮和曲心中的唯一優(yōu)勢菌門,也是中溫大曲中的優(yōu)勢真菌菌門。

        圖9 中溫大曲、茶曲真菌生態(tài)結(jié)構(gòu)中門水平上的聚類樹分析

        3 結(jié)論

        大曲是白酒釀造過程中微生物的主要來源,大曲微生物的群落結(jié)構(gòu)的組成往往影響著白酒的品質(zhì)。本研究利用高通量測序技術(shù),分別對同一時間入房培養(yǎng)的中溫大曲、茶曲以及它們在培養(yǎng)階段的微生物群落結(jié)構(gòu)多樣性變化進(jìn)行研究,得出兩種大曲主要微生物群落構(gòu)成。結(jié)果表明:(1)中溫大曲細(xì)菌OTU數(shù)目為220個,茶曲細(xì)菌OTU數(shù)目為303個;中溫大曲真菌OTU數(shù)目為345個,茶曲真菌OTU數(shù)目為310個,中溫大曲中真菌OTU數(shù)目占優(yōu)勢,茶曲中細(xì)菌OTU數(shù)目占優(yōu)勢;(2)大曲中優(yōu)勢細(xì)菌菌屬分別為乳桿菌屬、假單孢菌屬、醋菌屬、葡萄球菌屬、泛菌屬、考克氏菌屬、明串珠菌屬、短桿菌屬,其中考克氏菌屬僅在茶曲中屬于主要菌屬;大曲中優(yōu)勢真菌菌屬分別為布氏白粉菌屬、扣囊復(fù)膜孢酵母屬、根霉菌屬、熱子囊菌屬、伊薩酵母屬、異常威克漢姆酵母、曲霉菌屬、西方有孢漢遜酵母,各菌屬在中溫大曲、茶曲中含量差異較大;由此可見,原料中添加茶葉對曲塊細(xì)菌、真菌多樣性影響明顯;(3)在培曲過程中,隨著培育時間的增加,中溫大曲與茶曲中的乳桿菌屬(Lactobacillus)在整個培曲過程中都屬于優(yōu)勢菌屬,而其他菌屬受環(huán)境因素影響明顯;(4)NMDS多樣性分析結(jié)果表明,曲塊中添加茶葉對細(xì)菌前期多樣性影響明顯,但對后期多樣性影響較小,對于真菌而言,前后期多樣性影響均明顯。

        從曲塊原料配制到曲塊入房培養(yǎng)的過程都是微生物選擇、富集的過程,因此對大曲微生物群落的構(gòu)成,不同原料對大曲微生物多樣性影響,培養(yǎng)過程中微生物多樣性變化等研究,將有助于從生物學(xué)角度為制曲工藝的調(diào)整、優(yōu)化提供科學(xué)依據(jù)。

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