張 瑞，馬 鈞，陳 燕，張?zhí)炝簦舵面?，?波，張路培，徐凌洋，高會江，李俊雅，高 雪

(中國農(nóng)業(yè)科學院北京畜牧獸醫(yī)研究所，牛遺傳育種創(chuàng)新團隊，北京 100193)

串聯(lián)重復序列(tandem repeats sequence，TRs)是指核心重復單元以首尾相連的方式多次重復所組成的序列，對細胞有絲分裂和減數(shù)分裂過程中染色體的分離及結(jié)構(gòu)穩(wěn)定起到至關(guān)重要的作用[1-2]。根據(jù)重復單元的長度不同，TRs可分為3大類，即衛(wèi)星DNA(satellite DNA)(>100 bp)、微衛(wèi)星DNA(microsatellite DNA)(≤6 bp)和小衛(wèi)星DNA(minisatellite DNA)(7～100 bp)[3-4]。微衛(wèi)星和小衛(wèi)星DNA為中度串聯(lián)重復，主要位于基因組非編碼區(qū)、內(nèi)含子和常染色質(zhì)區(qū)域，具有高度多態(tài)性，因此常被用來構(gòu)建個體DNA指紋圖譜[5]、評估遺傳多樣性[6-9]、分析種群結(jié)構(gòu)[10-11]或鑒定個體間親緣關(guān)系[12-14]；而衛(wèi)星DNA為高度串聯(lián)重復序列，是異染色質(zhì)的重要組成部分，主要集中在著絲粒區(qū)、端粒區(qū)附近以及Y染色體上[15-16]。研究表明，著絲粒區(qū)的衛(wèi)星DNA參與?？莆锓N染色體融合[17]；衛(wèi)星DNA序列變化加速物種和群體分化[18]；因此，可用衛(wèi)星序列在組成、物理位置的變化來推斷物種及染色體的進化關(guān)系[19-20]。

TRs的堿基改變、擴張收縮和大片段復制都會影響著絲粒和近著絲粒區(qū)序列快速進化[21]。Melters等[22]利用生物信息學方法對不同物種的TRs進行比較分析，結(jié)果表明，幾乎所有動植物基因組的著絲粒區(qū)都存在高拷貝的衛(wèi)星序列，且在物種間快速進化，但當分化時間超過5 000萬年，其序列相似度迅速降低。1978年，Macaya等[23]利用密度梯度離心法從?；蚪M中分離出包括1.709、1.715、1.723、1.720a、1720b、1.711a、1.711b、1.706在內(nèi)的8種衛(wèi)星DNA，其中1.720、1.711、1.706衛(wèi)星序列相似性較高。1982年，Taparowsky和Gerbi[24]提出了衛(wèi)星序列進化的假設(shè)模型，并將衛(wèi)星DNA分成了A、B兩大家族，家族A包括1.706、1.711a、1.720，家族B則包括1.715、1.711b。1996年，Modi等[25]對偶蹄目下46個物種分析發(fā)現(xiàn)，著絲粒區(qū)特異性衛(wèi)星序列-1.715衛(wèi)星家族和bovine-Pst廣泛存在反芻動物中。Kopecna等[26]通過激光顯微技術(shù)研究了10個牛科種群著絲粒區(qū)衛(wèi)星DNA-1.715，并分析了它們之間的親緣關(guān)系，發(fā)現(xiàn)野牛和普通牛、非洲水牛和亞洲水牛4個物種親緣關(guān)系更加緊密。2013年，Melters等[22]對282個動植物基因組研究發(fā)現(xiàn)，著絲粒區(qū)存在大量的TRs；瘤牛、普通牛、水牛、歐洲野牛等物種著絲粒區(qū)存在1 410 bp(1.715)和680 bp(1.723)衛(wèi)星家族，但兩者序列無相似性，且前者的密度更小，豐度更低；普通牛中，1 410 bp 序列達到了71%，而680 bp序列僅為29%。

目前，已報道的牛亞科基因組有普通牛、獨龍牛、非洲水牛、歐洲野牛等，它們的重復序列占比分別為48.81%[27]、48.13%[28]、37.21%[29]、47.03%[30]。2009年，Adelson等[31]分析了普通?；蚪M中轉(zhuǎn)座子和簡單重復序列(simple sequence repeats，SSR)的分布和特征，發(fā)現(xiàn)其與GC含量和基因密度等有一定的相關(guān)性。2012年，趙芳芳[32]研究了牦牛部分基因組(占全基因組9.51%)中微衛(wèi)星重復序列的特征。但目前關(guān)于串聯(lián)重復序列特征研究較少，且在普通牛及其他牛亞科物種中尚未有相關(guān)報道。本研究基于普通牛、瘤牛、水牛、牦牛、野牛、獨龍牛6個 牛亞科物種的基因組序列，通過TRF和RepeatMsker 軟件鑒別了6個牛亞科物種基因組中的TRs，研究了TRs在其基因組中的組成、分布及結(jié)構(gòu)特征，并分析了6個牛亞科物種染色體著絲粒區(qū)衛(wèi)星序列的進化，為牛亞科物種TRs的研究提供理論和數(shù)據(jù)支撐，也為進一步研究牛亞科物種的進化提供重要依據(jù)。

1 材料與方法

1.1 數(shù)據(jù)收集

本研究以普通牛、瘤牛、牦牛、水牛、野牛和獨龍牛的基因組序列為研究對象，其中普通牛、瘤牛、牦牛、水牛和野牛的參考基因組序列來源于NCBI基因組數(shù)據(jù)庫(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/)，下載版本分別為普通牛(Bostaurus, ARS-UCD1.2)、瘤牛(Bosindicus, Bos_indicus_1.0)、水牛(Bubalusbubalis, UOA_WB_1)、野牛(Bisonbison, Bison_UMD1.0)、牦牛(Bosmutus, BosGru_v2.0)；獨龍?；蚪M序列使用本團隊組裝版本。

1.2 串聯(lián)重復序列的鑒定

通過TRF(tandem repeats finder，V4.09)[33]和RepeatMasker(V4-0-9)兩個軟件對串聯(lián)重復序列進行鑒定，重復單體的長度在1～2 000 bp之間。1)TRF：參考Melters等[22]的方法，具體參數(shù)設(shè)置為1、1、2、80、10、200、2 000，分別表示匹配(match)、插入缺失(indel)、匹配概率(probability of match，PM)、插入缺失的概率(probability of indel，PI)、最大周期(maxperiod)、錯配(mismatch)、最低得分(minscore)。2)RepeatMasker：將不同物種的基因組分別與數(shù)據(jù)庫(Dfam_Consensus和RepBase)中的序列進行比對查找。運行命令為time RepeatMasker -parallel 2 -species ‘name’ -gff -dir repeat fasta_sequence，輸入文件格式為fasta序列，其中-parallel 2表示并行的線程數(shù)為2，-species ‘name’表示所對應物種的名字為’name’，-gff 表示輸出格式為gff，-dir repeat表示將結(jié)果輸出repeat文件夾中。3)數(shù)據(jù)整合與處理：將TRF和RepeatMasker兩個軟件鑒定的TRs進行整合。本研究中對于重疊部分的序列，只保留重復單元較短的序列。

1.3 串聯(lián)重復序列的分類

根據(jù)重復單體的長度，將TRs分為3類：1)衛(wèi)星DNA：重復單體長度>100 bp；2)小衛(wèi)星DNA：重復單體長度在7～100 bp之間；3)微衛(wèi)星DNA：重復單體長度≤6 bp。

參考Castoe等[34]的方法，具體為：對于單堿基、二堿基、三堿基、四堿基微衛(wèi)星，總長度≥12 bp；對于五堿基和六堿基微衛(wèi)星，其總長度≥15 bp。根據(jù)起始堿基順序差異和堿基互補配對原則，對不同的拷貝類別進行歸類處理。例如單堿基A及其互補堿基T歸為同一類；二堿基重復單元AC、CA其互補序列TG、GT歸為同一類；三堿基重復單元AAC、ACA、CAA及其互補序列TTG、TGT、GTT歸為同一類。

1.4 著絲粒區(qū)衛(wèi)星序列的提取

根據(jù)Melters等[22]的報道，牛亞科物種著絲粒區(qū)衛(wèi)星DNA主要有1.723(680 bp)和1.715(1 410 bp)兩類。因此，本研究主要對1.723和1.715衛(wèi)星DNA進行分析。1)衛(wèi)星DNA下載：從NCBI中的核酸數(shù)據(jù)庫(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/)中下載這兩個序列，登錄號分別為M36668.1和J00036.1；2)建庫：建立6個物種基因組序列的本地數(shù)據(jù)庫(makeblastdb -in fasta -parse_seqids -hash_index -dbtype nucl)；3)比對：將1.723和1.715衛(wèi)星序列分別作為參考序列，結(jié)合本地BLAST進行核酸比對(Blastn)；4)候選序列提取：根據(jù)比對結(jié)果中衛(wèi)星序列的位置信息，利用 Perl程序提取得分> 800的序列作為候選衛(wèi)星序列，進行后續(xù)分析。

1.5 系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建

首先，將6個物種基因組中的1.723和1.715衛(wèi)星序列整合到一個文件中；然后，利用ClustalW程序進行序列比對，采用默認參數(shù)，輸出結(jié)果為phylip格式；之后，利用 Phylip軟件構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(NJ樹)，重復1 000次，其他為默認參數(shù)，輸出文件為tree文件；最后，利用FigTree軟件(V1.4.3，http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/)可視化進化樹。

2 結(jié) 果

2.1 牛亞科物種TRs比較分析

通過TRF和RepeatMasker軟件鑒定出單元長度在1～2 000 bp的TRs，并將其分為微衛(wèi)星DNA、小衛(wèi)星DNA和衛(wèi)星DNA進行比較分析(表1)。由表1可知，TRs在6個物種基因組中的平均占比為2.03%，平均長度為54.93 Mb，其中普通牛所占比例最高，3.42%(93.00 Mb)，瘤牛比例最低1.42%(37.88 Mb)。這些TRs中，微衛(wèi)星DNA在6個物種基因組中的平均比例略高，為0.76%(20.46 Mb)，而小衛(wèi)星DNA和衛(wèi)星DNA在基因組中的比例相差不大，分別為0.65%(17.69 Mb)和0.62%(16.78 Mb)。

同時，本研究還統(tǒng)計分析了每個物種基因組中TRs位點數(shù)，如表2所示，6個物種基因組中，TRs總位點數(shù)為523 165～592 305，均值為564 611。微衛(wèi)星DNA在基因組中分布最廣泛，位點數(shù)最多(453 378～508 830)，占其總數(shù)的85.64%。小衛(wèi)星和衛(wèi)星DNA在基因組中的位點數(shù)較少，其均值分別為43 026(7.62%)和38 180(6.75%)，但每個位點的平均長度卻明顯高于微衛(wèi)星DNA(圖1)，表明重復單元較短的序列每個位點的重復序列長度可能也較短。

圖1 串聯(lián)重復序列平均每個位點的序列長度Fig.1 The sequence length of each locus in tandem repeats sequence

2.2 衛(wèi)星DNA的分布特點

由表1、表2可知，衛(wèi)星DNA在6個牛亞科物種基因組中平均長度為16.78 Mb，其中獨龍牛的衛(wèi)星DNA最長，為24.65 Mb，野牛則最短，為11.86 Mb；而衛(wèi)星DNA在6個牛亞科物種基因組中平均位點數(shù)為38 180(6.75%)，其中獨龍牛衛(wèi)星DNA位點數(shù)最多，為46 908(8.09%)；野牛的位點數(shù)最少，為31 144(5.53%)，略低于6個物種衛(wèi)星DNA位點平均比率6.75%。這表明，在衛(wèi)星DNA中，基因組中的位點數(shù)越多，其序列長度也越高。

2.3 小衛(wèi)星DNA的分布特點

由表1、表2可知，小衛(wèi)星DNA在6個牛亞科物種中比例為0.26%～1.98%，平均位點數(shù)為43 026，占TRs位點總數(shù)7.62%。6個物種中小衛(wèi)星DNA位點數(shù)相差不大，其中位點數(shù)最多的是野牛，為45 349， 占8.06%；而瘤牛最少，為37 708，占比7.21%。6個物種小衛(wèi)星DNA平均長度為17.69 Mb，占0.65%，其中瘤牛小衛(wèi)星DNA長度最短，為7.07 Mb，占瘤?；蚪M總長的0.26%；普通牛則最長，為53.79 Mb，占普通?；蚪M總長的1.98%。表明小衛(wèi)星DNA長度在6個物種間變化較大，可能是由物種間差異造成的，也有可能與不同基因組的組裝效果有關(guān)。

表1 串聯(lián)重復序列在6個牛亞科物種基因組中的長度及比例

表2 串聯(lián)重復序列在6個牛亞科物種基因組中的位點數(shù)及比例

2.4 微衛(wèi)星DNA分布特點

由表1、表2可知，微衛(wèi)星DNA在6個牛亞科物種中的比例為0.67%～0.85%，總長度在18.03～23.05 Mb之間，總數(shù)量在50萬左右，遠遠大于小衛(wèi)星和衛(wèi)星DNA；其中水牛的微衛(wèi)星位點數(shù)最高(508 830個)，其次是普通牛(490 638個)，牦牛的數(shù)量最少，為474 360個。通過對一至六堿基微衛(wèi)星序列的豐度和長度分析發(fā)現(xiàn)，6個牛亞科物種中，二堿基微衛(wèi)星序列的豐度最高(圖2a)，在基因組中分布最廣泛；三、五、六堿基微衛(wèi)星則相應較低，這與其他真核生物中的結(jié)果一致[35]。其中，二堿基微衛(wèi)星DNA豐度在牦牛中最高，為70.93 loci/Mb，但平均位點長度以普通牛的六堿基最高(圖2a, 2b)。

在單堿基微衛(wèi)星中，A/T的含量高于G/C的含量。在二堿基微衛(wèi)星中，牛亞科基因組中豐度最高的

loci/Mb表示每Mb序列所對應的重復序列位點數(shù)，bp/locus表示每個位點的序列平均長度；圖中紅色越深表示相應的值越高，藍色越深表示相應的值越低；1～6分別代表單堿基、二堿基、三堿基、四堿基、五堿基和六堿基。下同loci/Mb represents the locus number of microsatellites per Mb, and bp/locus represents the average sequence length of each locus. In the figure, the deeper the red, the higher the value, the darker the blue, the lower the value. 1-6 represents mononucleotide, dinucleotide, trinucleotide, tetranucleotide, pentanucleotide, hexanucleotide, respectively. The same as below圖2 微衛(wèi)星豐度(a)和每個位點的平均長度(b)Fig.2 The abundance of microsatellites(a) and the average length of each loci(b)

是AC拷貝(31.51～38.16 loci/Mb)(圖3a)，然后依次是AT、AG、CG，這與人及其它哺乳動物研究結(jié)果一致，在植物中以AT最豐富[36]。同時，由圖3b看出，AT拷貝的位點平均長度(52.79～56.53 bp/locus)均高于其他3種，尤以普通牛最高；而且無論是豐度還是位點平均長度，AT拷貝均高于CG。這可能與AT由兩個氫鍵相連，而CG由3個氫鍵連導致微衛(wèi)星的復雜度增加相關(guān)。

圖3 二堿基微衛(wèi)星豐度(a)和每個位點的平均長度(b)Fig.3 The abundance of dinucleotide microsatellites(a) and the average length of each loci(b)

圖4顯示，在三堿基微衛(wèi)星中，TAA為重復最多的拷貝類別(4.91～6.17 loci/Mb)，該類別在其他脊椎動物中出現(xiàn)的頻率也較高[35]。而每個位點的平均長度，普通牛的TAG(82.73 bp/locus)和GCC(73.62 bp/locus)高于其他拷貝類別。四堿基微衛(wèi)星中，AAAT和AAAC的豐度最高，而CGAT和ACCT的平均長度高于其他類型。五堿基和六堿基微衛(wèi)星中，含量較高的分別為TTTAT和TATACA。在不同的重復類型中，豐度高的拷貝類別其平均長度不一定處于較高水平，該結(jié)果與Adams等[35]對71個脊椎動物的研究結(jié)果類似。在一至六堿基微衛(wèi)星中，GC的比例低于AT，這可能由微衛(wèi)星的豐度和密度與GC含量呈負相關(guān)而引起的[37]。

2.5 牛亞科物種著絲粒區(qū)衛(wèi)星DNA的進化分析

在牛亞科物種的衛(wèi)星序列中，著絲粒區(qū)衛(wèi)星DNA在基因組中高度保守且具有物種特異性，主要包括1.723和1.715序列，后者廣泛存在于反芻動物中[25]。因此，本研究分別構(gòu)建了衛(wèi)星序列1.723和1.715在6個物種中的系統(tǒng)發(fā)育樹，如圖5a和5b所示。由圖5a可見，1.715衛(wèi)星DNA普遍存在于6個牛亞科物種中，序列在物種間存在分化，但分化不明顯。普通牛、獨龍牛、水牛各自的1.715衛(wèi)星序列較明顯聚在一起，表現(xiàn)出物種的特異性。由圖5b可見，衛(wèi)星序列1.723在牦牛中不存在，而其他5個 物種明顯分成兩支，獨龍牛和野牛聚在一起，普通牛、瘤牛、水牛聚在一起，但每個物種表現(xiàn)出較明顯的物種特異性。表明即便在近緣物種中，著絲粒衛(wèi)星DNA也是不斷進化的。

為進一步了解著絲粒區(qū)衛(wèi)星DNA在同一物種中不同染色體上的進化情況，本研究分別構(gòu)建了普通牛和瘤牛不同染色體上1.715衛(wèi)星DNA的系統(tǒng)發(fā)育樹，如圖5c和5 d所示。由圖5c和5d可以看出，普通牛1.715序列主要分布于2、4、11、15、19號染色體上，而瘤牛則主要分布在2和7號染色體上，而且發(fā)現(xiàn)在普通牛的2和4號染色體，瘤牛的2和7號染色體仍存在一些共享序列。由此表明，即便是同一物種，衛(wèi)星序列在不同染色體上既發(fā)生著進化，也存在著共享。

3 討 論

串聯(lián)重復序列在過去被認為是“垃圾”、“自私”、“寄生”的DNA，但隨著越來越多的研究表明，TRs對物種進化、基因遺傳變異、轉(zhuǎn)錄調(diào)控等具有重要的意義[38]，在基因組中扮演著重要的角色[39]。本研究分析了6個牛亞科基因組中TRs的分布特點，并著重研究了微衛(wèi)星1～6堿基重復單元的序列特征以及著絲粒區(qū)衛(wèi)星序列的進化。結(jié)果表明，TRs在6個物種基因組中的平均占比為2.03%，總位點數(shù)為564 611，平均長度為54.93 Mb，其中以微衛(wèi)星含量最高，分布最廣，微衛(wèi)星(483 405/85.64%)>小衛(wèi)星(43 026/7.62%)>衛(wèi)星序列(38 180/6.75%)。其中水牛的微衛(wèi)星數(shù)量最高，為508 830個，其次是普通牛(490 638個)，牦牛的微衛(wèi)星數(shù)量最少(474 360個)。 趙芳芳[32]研究了牦牛部分基因組(占全基因組9.51%)中微衛(wèi)星重復序列的特征，發(fā)現(xiàn)在9.51%牦?；蚪M中有43 409個微衛(wèi)星位點，全基因組則約有微衛(wèi)星位點456 456個，本研究結(jié)果與其基本一致。Wang和Glanzmann等[28-29]通過TRF鑒定出獨龍牛的串聯(lián)重復序列含量為0.62%、非洲水牛為1.41%，而本研究中獨龍牛串聯(lián)重復序列含量2.1%，非洲水牛為1.96%，整體占比偏高?？赡芘c基因組組裝情況及重復序列統(tǒng)計方法有關(guān)，由于TRs的序列相似性較高，給基因組測序和組裝帶來巨大困難，導致TRs在基因組中組裝不完全，同時鑒定方法的不同，也會造成結(jié)果的差異。本研究使用自己組裝的獨龍?；蚪M序列，組裝指標Contig N50和Scaffold N50都較Wang等[28]發(fā)表的獨龍?；蚪M有較大的提升，這為鑒定出更多的TRs提供了可能。同時本研究使用TRF和RepeatMasker兩個軟件來鑒定和篩選TRs，會比單純使用TRF軟件鑒定出較多的序列。

早期研究表明，幾乎所有動植物基因組著絲粒區(qū)都存在高拷貝的衛(wèi)星序列，對細胞有絲分裂和減數(shù)分裂中染色體的分離及結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性起到至關(guān)重要的作用[1-2]。Melters等[22]發(fā)現(xiàn)，在普通牛、瘤牛、歐洲野牛和水牛等物種著絲粒區(qū)普遍存在1.723(680 bp)和1.715(1 410 bp)兩類衛(wèi)星家族，且后者的豐度更高，密度更大；在普通牛中，1 410 bp序列占比達到了71%，而680 bp僅為29%。因此，本研究構(gòu)建了1.723和1.715衛(wèi)星DNA在6個牛亞科物種中的系統(tǒng)發(fā)育樹，發(fā)現(xiàn)牛亞科6個物種基因組中均存在1.715衛(wèi)星DNA，而牦牛中不存在1.723衛(wèi)星DNA。1.715和1.723衛(wèi)星DNA分布在不同的分支上，存在較明顯的分化，表明即便在近緣物種中，著絲粒衛(wèi)星序列也是在不斷進化的，具有物種特異性，這與Fry等[40]的研究結(jié)果一致。普通牛、獨龍牛、水牛各自的1.715序列較明顯聚在一起，而其他幾個物種的1.715序列變異較大。衛(wèi)星序列1.723在普通牛、瘤牛、水牛、獨龍牛和野牛5個 物種明顯分成兩支，獨龍牛和野牛聚在一起，普通牛、瘤牛、水牛聚在一起，表明獨龍牛和野牛的關(guān)系較近；而普通牛、瘤牛、水牛關(guān)系較近。這與Naji等[41]利用古等位基因AA和變異等位基因DA構(gòu)建的9個牛科物種系統(tǒng)進化樹結(jié)果較一致，獨龍牛和班騰牛、印度野牛、美洲野牛關(guān)系較近。另外，衛(wèi)星DNA一般不發(fā)生轉(zhuǎn)座，但仍有部分衛(wèi)星家族可以從一條染色體上傳播到另一條染色體，使非同源染色體的著絲粒區(qū)衛(wèi)星DNA高度相似[42]。研究發(fā)現(xiàn)，人類基因組中的衛(wèi)星DNA可以在1、5和19號染色體，13和21號染色體以及14和22號等不同染色體上共享[43-45]。本研究構(gòu)建了1.715衛(wèi)星DNA在普通牛和瘤牛不同染色體上的系統(tǒng)發(fā)育樹，發(fā)現(xiàn)1.715序列主要分布于普通牛的2、4、11、15、19號 染色體上，而瘤牛中則主要分布在2和7號染色體上，且2、7號染色體存在共享片段，這與人類的研究結(jié)果相似。

a、b、c、d分別表示三堿基、四堿基、五堿基和六堿基微衛(wèi)星重復類型的分布，其中b、c、d選取排名前30的微衛(wèi)星序列進行分析a,b,c,d represent distribution of trinucleotide, tetranucleotide,pentanucleotide, hexanucleotide, respectively, and the top 30 microsatellite sequences are selected for analysis in b，c，d圖4 三至六堿基微衛(wèi)星豐度和每個位點的平均長度Fig.4 The abundance of 3-6 base microsatellites and the average length of each loci

a和b分別表示1.715和1.723衛(wèi)星DNA在不同物種間的進化，不同顏色代表不同物種；c和d分別表示1.715衛(wèi)星序列在普通牛和瘤牛中的進化，不同顏色代表不同染色體a and b represent phylogenetic trees of 1.715 and 1.723 satellite sequence in different species，respectively, the different colors represent different species; c and d represent phylogenetic trees of the 1.715 satellite sequence in Bos taurus and Bos indicus, respectively, the different colors represent different chromosomes圖5 牛亞科物種著絲粒區(qū)衛(wèi)星DNA系統(tǒng)發(fā)育樹Fig.5 Phylogenetic trees of centromeric satellite sequence in the 6 bovinae genomes

4 結(jié) 論

本研究發(fā)現(xiàn)，TRs在牛亞科6個物種中平均占比為2.03%，微衛(wèi)星為TRs主導序列，占比85.64%；且二堿基微衛(wèi)星豐度最高，并以AC拷貝類別為主；1.715衛(wèi)星DNA普遍存在于6個牛亞科物種的基因組中，但在物種間或染色體間存在不同程度分化。本研究結(jié)果將為研究牛亞科物種間TRs的進化關(guān)系提供重要理論支撐。