馬清揚(yáng)，王 元，李傳步，范培莉，周俊芳，房文紅

（1.上海海洋大學(xué)，國(guó)家水生動(dòng)物病原庫(kù)，上海201306；2.中國(guó)水產(chǎn)科學(xué)研究院東海水產(chǎn)研究所，農(nóng)業(yè)農(nóng)村部東海漁業(yè)資源開(kāi)發(fā)利用重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，上海 200090）

中華絨螯蟹（Eriocheirsinensis）又名河蟹，是我國(guó)重要的淡水養(yǎng)殖經(jīng)濟(jì)蟹類(lèi)［1］，2018年全國(guó)養(yǎng)殖產(chǎn)量達(dá)75.7萬(wàn)t［2］。中華絨螯蟹養(yǎng)殖區(qū)域主要集中在長(zhǎng)江、黃河和遼河流域［3－4］，隨著養(yǎng)殖規(guī)模擴(kuò)大和放養(yǎng)密度增大，飼料大量投喂導(dǎo)致糞便和殘餌蓄積，使得養(yǎng)殖水體極易暴發(fā)藍(lán)藻（Cyanobacteria）水華［5］，不僅會(huì)破壞養(yǎng)殖水的生態(tài)系統(tǒng)［6－7］，有些藻類(lèi)還會(huì)釋放次級(jí)代謝產(chǎn)物，對(duì)水生動(dòng)物產(chǎn)生毒害作用，影響水生動(dòng)物的生存［8］。同人類(lèi)及其他哺乳動(dòng)物一樣，水生動(dòng)物的腸道中存在著數(shù)量龐大且結(jié)構(gòu)復(fù)雜的微生物群體，這些微小生物會(huì)對(duì)宿主的生長(zhǎng)發(fā)育、營(yíng)養(yǎng)代謝和免疫應(yīng)答等各方面發(fā)揮獨(dú)特的作用［9－10］。

近年來(lái)，國(guó)內(nèi)外學(xué)者利用16S高通量測(cè)序［11］、克隆文庫(kù)和實(shí)時(shí)熒光定量PCR［12］、高通量測(cè)序［15］等技術(shù)對(duì)不同生存條件［12］、不同地理位置和性別［19］等條件下多種蟹腸道和生存環(huán)境［15］中的菌群進(jìn)行了研究。結(jié)果表明，在不同生存條件下蟹體內(nèi)的微生物是有差異的［11－15］。本研究采用高通量測(cè)序技術(shù)，可以克服大多數(shù)微生物不可培育的技術(shù)難題，全面地解析微生物菌群結(jié)構(gòu)信息［16］。通過(guò)研究在暴發(fā)以拉氏擬柱胞藻（Cylindrospermopsis raciborskii）和浮絲藻（Planktothrixsp.）為主的藍(lán)藻水華池塘中的中華絨螯蟹鰓與腸道及其養(yǎng)殖環(huán)境中池水、水草和底泥的菌群結(jié)構(gòu)，以期為評(píng)價(jià)藍(lán)藻水華對(duì)中華絨螯蟹微生態(tài)健康的影響提供參考。

1 材料與方法

1.1 樣品采集

2018年9月對(duì)上海崇明東灘某一水產(chǎn)養(yǎng)殖專(zhuān)業(yè)合作社發(fā)生藍(lán)藻水華的中華絨螯蟹池塘進(jìn)行采樣，同時(shí)采集相鄰的未發(fā)生藍(lán)藻水華池塘的樣本作為對(duì)照。藍(lán)藻池和對(duì)照池池塘面積均為10 000 m2，池水水深1.0～1.4 m，蟹種、水源、飼料和養(yǎng)殖管理技術(shù)等均一致。藍(lán)藻池池水水溫（25.8±0.1）℃、溶解氧（4.05±0.22）mg·L－1、總氮（1.96±0.13）mg·L－1、總磷（0.45±0.03）mg·L－1、亞硝基氮（NO－2-N）（0.011±0.003）mg·L－1、pH 8.8，對(duì)照池池水水溫（25.9±0.1）℃、溶解氧（4.12±0.31）mg·L－1、總氮（1.72±0.15）mg·L－1、總磷（0.43±0.03）mg·L－1、亞硝基氮（0.007±0.003）mg·L－1、pH 8.7。采集藍(lán)藻水華池和對(duì)照池的池水、伊樂(lè)藻（Elodeanuttallii）、底泥和中華絨螯蟹的鰓和腸道。每種樣品4個(gè)重復(fù)（中華絨螯蟹的腸道和鰓取自4只雄蟹和4只母蟹），水樣為上、中、下3層水混合。將采集的池水、底泥、伊樂(lè)藻和中華絨螯蟹保存于4～8℃低溫樣品箱，帶回實(shí)驗(yàn)室處理。

1.2 樣品前處理

1.2.1 浮游植物定性和定量分析的樣品處理

采集的池水在現(xiàn)場(chǎng)采用魯哥氏溶液（魯哥氏溶液為1∶2比例的碘和碘化鉀水溶液）固定，1 L水樣添加15 mL魯哥氏溶液；靜置沉淀，以虹吸法吸去上清液，濃縮成50 mL后，再加1 mL甲醛溶液。

1.2.2 微生物多樣性分析的樣品處理

稱(chēng)取底泥2.00 g、剪碎的伊樂(lè)藻2.00 g分別置于5 mL無(wú)菌EP管中；取100 mL水樣，使用抽濾裝置（0.22μm水系濾膜，紫外消毒15 min）過(guò)濾水樣，將濾膜放入5 mL無(wú)菌EP管中，將所有樣品保存于－80℃冰箱備用。

取酒精棉球擦拭中華絨螯蟹體表，打開(kāi)頭胸甲取兩側(cè)的第3片鰓于無(wú)菌EP管中；取出腸道，去除腸道內(nèi)容物，放入無(wú)菌EP管中，保存于－80℃冰箱備用。

1.3 浮游植物定性和定量分析

浮游植物種類(lèi)鑒定主要參照《中國(guó)淡水生物圖譜》［17］和《淡水微型生物》［18］；定量計(jì)數(shù)時(shí)，取搖勻樣品0.1 mL，置血球計(jì)數(shù)板內(nèi)全片計(jì)數(shù)，每個(gè)水樣計(jì)數(shù)2片取其平均值，若2片計(jì)數(shù)結(jié)果之差大于15%，則取第3片計(jì)數(shù)，取3片的平均值。

1.4 微生物多樣性分析

1.4.1 基因組DNA提取、PCR擴(kuò)增及測(cè)序

池水、底泥、伊樂(lè)藻、中華絨螯蟹腸道和鰓分別采用PowerWater?DNA提取試劑盒（MoBio，美國(guó)）、土壤DNA提取試劑盒（MP Biomedicals，美國(guó)）、植物基因組DNA提取試劑盒（TIANGEN，中國(guó)）、DNA提取試劑盒（Omega，美國(guó)）。DNA提取后用1%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)DNA樣品質(zhì)量。將檢測(cè)合格后的樣品交送上海美吉生物醫(yī)藥科技有限公司采用Illumina PE300測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行細(xì)菌V3＋V4區(qū)高通量測(cè)序。

1.4.2 數(shù)據(jù)分析

根據(jù)PE reads之間的overlap關(guān)系將成對(duì)的reads進(jìn)行拼接。與此同時(shí)，對(duì)reads的質(zhì)量和拼接效果進(jìn)行質(zhì)量控制。采用RDP classifier貝葉斯算法對(duì)OTU進(jìn)行分類(lèi)學(xué)分析，并在合適的分類(lèi)水平進(jìn)行分析，通常情況下，細(xì)菌數(shù)據(jù)庫(kù)匹配采用Silva數(shù)據(jù)庫(kù)。

對(duì)注釋過(guò)的信息進(jìn)行Alpha多樣性分析、物種組成分析、NMDS分析（將樣本中包含的物種信息以點(diǎn)的形式反映在多維空間上）和樣本層級(jí)聚類(lèi)分析（使用UPGMA算法構(gòu)建樹(shù)狀結(jié)構(gòu)，可呈現(xiàn)不同樣本的差異）等，具體方法參照王元等［19］以及肖漢玉等［20］研究。

2 結(jié)果與分析

2.1 藍(lán)藻水華池塘和對(duì)照池浮游植物種類(lèi)與生物量

表1 為藍(lán)藻池與對(duì)照池浮游植物種類(lèi)組成、豐度和生物量。藍(lán)藻池浮游植物有21種，其總豐度為（9.18±0.94）×108個(gè)·L－1，生物量為（103.944±11.367）mg·L－1，而對(duì)照池浮游植物僅有12種，豐度為（1.22±0.60）×106個(gè)·L－1，生物量?jī)H為（0.545±0.056）mg·L－1。藍(lán)藻水華池塘的浮游植物生物量是正常池的190倍。藍(lán)藻水華池塘以藍(lán)藻門(mén)的浮絲藻和拉氏擬柱胞藻為優(yōu)勢(shì)種，其生物量分別為55.879 mg·L－1和39.544 mg·L－1，兩者生物量之和占總生物量的91.8%。對(duì)照池塘的優(yōu)勢(shì)藻為隱藻門(mén)的卵形隱藻（Cryptomonasovata）和嚙蝕隱藻（Cryptomonaserosa），其生物量分別為0.273 mg·L－1和0.126 mg·L－1。

2.2 高通量測(cè)序結(jié)果

2.2.1 Alpha多樣性分析

根據(jù)barcode和引物提取有效的序列，進(jìn)行去雜和修建，得到Trimmed序列。對(duì)其進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析發(fā)現(xiàn)，一共得到3 396 275個(gè)序列，落在401～500 bp長(zhǎng)度上的序列有3 393 885條（99.9%），表明測(cè)序片段大小正常。經(jīng)過(guò)物種注釋與分類(lèi)，樣品中的微生物涉及到52個(gè)門(mén)、106個(gè)綱、205個(gè)目、373個(gè)科、674個(gè)屬、1 163個(gè)種、2 302個(gè)OTU（相似性大于97%的序列歸為一個(gè)OTU）（表2）。

表2 Alpha多樣性分析Tab.2 Alpha diversity analysis

結(jié)合Shannon指數(shù)和Simpson分析微生物多樣性。環(huán)境樣品微生物多樣性由高到低分別為底泥、池水和伊樂(lè)藻。池水和底泥中的微生物多樣性對(duì)照池高于藍(lán)藻池，水草的微生物多樣性藍(lán)藻池較對(duì)照池低。腸道和鰓的微生物多樣性低于池水和底泥，腸道的微生物多樣性高于鰓。

結(jié)合Ace和Chao指數(shù)分析物種豐富度。腸道和鰓的群落豐富度總體上低于環(huán)境樣品（底泥、池水和伊樂(lè)藻）。底泥微生物最豐富，其次是伊樂(lè)藻和池水。水草和池水的群落豐富度藍(lán)藻池高于對(duì)應(yīng)的對(duì)照池中的樣本，而底泥的群落豐富度藍(lán)藻池低于對(duì)照池。

2.2.2 菌群結(jié)構(gòu)分析

2.2.2.1 門(mén)水平的優(yōu)勢(shì)菌群分布特征

如圖1所示，基于門(mén)水平下的菌群分類(lèi)，藍(lán)藻池和對(duì)照池的池水、底泥、伊樂(lè)藻中的細(xì)菌物種組成差異較大，分別呈現(xiàn)了不同的優(yōu)勢(shì)菌群分布特征。但相同的是，都從中發(fā)現(xiàn)了變形菌門(mén)（Proteobacteria）的生物。并且，未發(fā)生藍(lán)藻水華的對(duì)照池的樣本中也檢測(cè)到了一定量的藍(lán)細(xì)菌門(mén)生物。藍(lán)藻池水中優(yōu)勢(shì)菌群為藍(lán)細(xì)菌門(mén)（Cyanobacteria）、放線菌門(mén)（Actinobacteria）、變形菌門(mén)和疣微菌門(mén)（Verrucomicrobia），相對(duì)豐度分別為38.29%、27.38%、12.98%和7.05%；對(duì)照池水的優(yōu)勢(shì)菌群為變形菌門(mén)、放線菌門(mén)和擬桿菌門(mén)（Bacteroidetes），相對(duì)豐度分別為52.17%、21.88%和13.24%。底泥的優(yōu)勢(shì)菌群一致，藍(lán)藻池和對(duì)照池均為變形菌門(mén)、綠彎菌門(mén)（Chloroflexi）以及擬桿菌門(mén)，只是在相對(duì)豐度上有少量差別。水草中微生物多樣性很低，絕大部分為藍(lán)細(xì)菌門(mén)，藍(lán)藻池藍(lán)細(xì)菌門(mén)相對(duì)豐度在90%以上；對(duì)照池在80%以上；除藍(lán)細(xì)菌門(mén)的生物，水草中其余菌群為變形桿菌門(mén)，藍(lán)藻池中還含有疣微菌門(mén)的菌群。

圖1 門(mén)水平上的細(xì)菌種群結(jié)構(gòu)與豐度（n＝4）Fig.1 Microbial community structure and relative abundance at phylum level（n＝4）

藍(lán)藻池和對(duì)照池中華絨螯蟹鰓中均以放線菌門(mén)、擬桿菌門(mén)和變形菌門(mén)為優(yōu)勢(shì)菌，但在物種相對(duì)豐度上存在差異；中華絨螯蟹腸道均以擬桿菌門(mén)、柔膜菌門(mén)（Tenericutes）、變形菌門(mén)、厚壁菌門(mén)（Firmicutes）為優(yōu)勢(shì)菌。在中華絨螯蟹腸道樣本中，藍(lán)藻池中優(yōu)勢(shì)物種同對(duì)照池相比，變形桿菌門(mén)生物的相對(duì)豐度增多，相應(yīng)的柔膜菌門(mén)生物的含量減少，厚壁菌門(mén)的生物替代擬桿菌門(mén)的微生物定植中華絨螯蟹的腸道中。另外，藍(lán)藻池蟹鰓和腸道的樣品中都出現(xiàn)了一定豐度的Saccharibacteria門(mén)的生物。

2.2.2.2 屬水平的優(yōu)勢(shì)菌群分布特征

基于屬水平（圖2）分析各樣品的優(yōu)勢(shì)菌群分布特征，結(jié)果顯示，池水、伊樂(lè)藻和底泥中的細(xì)菌種類(lèi)均很豐富，尤其是底泥。

圖2 屬水平上的細(xì)菌種群結(jié)構(gòu)與豐度（n＝4）Fig.2 Microbial community structure and relative abundance at genus level（n＝4）

藍(lán)藻池和對(duì)照池池水中優(yōu)勢(shì)菌群結(jié)構(gòu)相差較大，藍(lán)藻池池水的優(yōu)勢(shì)菌群為浮絲藻屬（Planktothrix）、CL500-29＿marine＿group屬和hgcI＿clade屬，相對(duì)豐度分別為34.52%、11.28%和7.05%；對(duì)照池水中的優(yōu)勢(shì)菌群為不動(dòng)桿菌屬（Acinetobacter）、Candidatus＿Aquiluna屬和hgcI＿clade屬，相對(duì)豐度分別為15.59%、14.67%和2.30%。池塘底泥細(xì)菌種類(lèi)豐富，藍(lán)藻池底泥優(yōu)勢(shì)菌群結(jié)構(gòu)與對(duì)照池的差別體現(xiàn)在相對(duì)豐度上。對(duì)照池和藍(lán)藻池的底泥中優(yōu)勢(shì)屬為norank＿f＿Anaerolineaceae屬和norank＿f＿Xanthomonadales＿Incertae＿Sedis屬。對(duì)照池和藍(lán)藻池中伊樂(lè)藻的優(yōu)勢(shì)菌群為norank＿c＿Cyanobacteria屬，藍(lán)藻池中該菌屬的相對(duì)豐度高達(dá)92.42%。

對(duì)照池蟹腸道中優(yōu)勢(shì)物種為Candidatus＿Bacilloplasma屬、Candidatus＿Hepatoplasma屬和Prolixiibacter屬，相對(duì)豐度分別為17.38%、16.60%和12.95%。藍(lán)藻池中華絨螯蟹腸道中優(yōu)勢(shì)物種為Prolixiibacter屬，相對(duì)豐度為28.59%，大 約 是 對(duì) 照 池 的2倍。其 次 是Candidatus＿Bacilloplasma屬 和norank＿f＿Erysipelotrichaceae屬，相對(duì)豐度分別為17.84%、9.86%。在中華絨螯蟹腸道中還發(fā)現(xiàn)了一定豐度的氣單胞菌（Aeromonas）和弧菌（Vibrio）。

對(duì)照池中華絨螯蟹鰓中優(yōu)勢(shì)物種為Ilumatobacter屬，相對(duì)豐度為49.89%，其在藍(lán)藻池含量更高，為61.90%；而后是norank＿o＿Sphingobacteriales屬和Albimonas屬，相對(duì)豐度分別為22.90%和12.75%，藍(lán)藻池中norank＿o＿Sphingobacteriales屬和Albimonas屬的相對(duì)豐度相應(yīng)都低了5%，分別為17.99%和7.82%。

2.2.3 NMDS分析

圖3 是藍(lán)藻池和對(duì)照池中池水、底泥、伊樂(lè)藻以及人工養(yǎng)殖的中華絨螯蟹的腸道和鰓樣品細(xì)菌群落多樣性的NMDS分析。NMDS分析是根據(jù)樣本中包含的物種信息，以點(diǎn)的形式反映在多維空間上，不同樣本間的差異程度是通過(guò)點(diǎn)與點(diǎn)間的距離體現(xiàn)的。結(jié)果顯示，環(huán)境樣品（池水、底泥和伊樂(lè)藻）中，兩個(gè)池塘中底泥樣品間的距離最短，即菌落組成最相近，其次是伊樂(lè)藻，而池塘水樣相差最大。藍(lán)藻池和對(duì)照池的同一類(lèi)環(huán)境樣品未見(jiàn)重合，而兩個(gè)池塘中養(yǎng)殖中華絨螯蟹的腸道和鰓樣品有交集，其中腸道樣品重合程度較鰓樣品高，這表明中華絨螯蟹腸道的菌群結(jié)構(gòu)較為穩(wěn)定。另外，對(duì)照池和藍(lán)藻池中鰓樣品距離各自生活的池水更近，菌群組成更接近。

圖3 不同樣品中細(xì)菌群落多樣性的NMDS分析Fig.3 NMDS analysis of bacterial community diversity

2.2.4 樣本層級(jí)聚類(lèi)分析

如圖4所示，運(yùn)用UPGMA對(duì)樣本層級(jí)聚類(lèi)分析。不同種類(lèi)樣品大致可以各自聚成一個(gè)分支。環(huán)境樣品，例如伊樂(lè)藻、底泥和對(duì)照池池水，依據(jù)采樣環(huán)境和樣品種類(lèi)呈現(xiàn)不同的分組。其中，藍(lán)藻池中池水跟伊樂(lè)藻比較相近，可能是由于藍(lán)藻池的水中富含大量藍(lán)藻門(mén)的生物。對(duì)照池池水則和中華絨螯蟹的鰓樣品的物種組成距離更近，甚至對(duì)照池的部分鰓樣品（G4＿CON和G6＿CON）與對(duì)照池池水在同一簇內(nèi)。池塘底泥與中華絨螯蟹鰓也在同一簇內(nèi)，但處在不同分支下。不同池塘的腸道樣品和鰓樣品各自未呈現(xiàn)很好的聚類(lèi)，對(duì)照池的分支內(nèi)會(huì)出現(xiàn)一些藍(lán)藻池的樣品。其中腸道樣品與環(huán)境樣品不在一個(gè)簇內(nèi)，自成一個(gè)分支。而池塘底泥的分支與中華絨螯蟹鰓的分支在一個(gè)簇內(nèi)，部分池水樣品與鰓樣品被劃到一個(gè)分支內(nèi)。

圖4 各樣本的層級(jí)聚類(lèi)分析Fig.4 Hierarchical clustering of samples

3 討論

本次實(shí)驗(yàn)中引起藍(lán)藻水華的是以藍(lán)藻門(mén)拉氏擬柱胞藻和浮絲藻為主的藻類(lèi)，兩者生物量占總生物量的91.8%。藍(lán)藻池藍(lán)藻門(mén)的浮絲藻生物量最高，其次是拉氏擬柱胞藻，大約是浮絲藻的0.7倍。這與常孟陽(yáng)等［21］報(bào)道的藍(lán)藻暴發(fā)優(yōu)勢(shì)種為微囊藻的結(jié)果不同，可能是由于采樣地點(diǎn)不同導(dǎo)致的結(jié)果差異。同微囊藻一樣，拉氏擬柱胞藻也具備產(chǎn)生多種毒素的能力，并且該藻有較寬的溫度適應(yīng)能力，在11℃的低溫和35～39℃的高溫下，均長(zhǎng)勢(shì)良好［23－25］。有報(bào)道稱(chēng)擬柱胞藻已在中國(guó)廣東、云南、湖北、福建及臺(tái)灣等多個(gè)省份被發(fā)現(xiàn)［26－28］。在未來(lái)，擬柱胞藻可能會(huì)成為藍(lán)藻水華的重要來(lái)源。

藍(lán)藻水華對(duì)池塘微生物結(jié)構(gòu)產(chǎn)生了一定影響。綜合門(mén)水平和屬水平注釋的物種信息分析，藍(lán)藻暴發(fā)極大地改變了水環(huán)境的微生物結(jié)構(gòu)，特別在屬水平上，這種差異尤其明顯。并且在所有藍(lán)藻組的環(huán)境樣品中都檢測(cè)到了一定量的藍(lán)細(xì)菌門(mén)物種，且含量都比對(duì)照組的樣品高。這印證了藍(lán)藻水華會(huì)改變養(yǎng)殖池塘微生物組成這一論點(diǎn)。

相較于環(huán)境樣品，藍(lán)藻水華對(duì)養(yǎng)殖的中華絨螯蟹體內(nèi)微生物的影響較小。其對(duì)中華絨螯蟹腸道中的微生物菌群有一定的影響，但基本不改變結(jié)構(gòu)，只是改變各物種的占比。在金貝［31］的報(bào)道中，陽(yáng)澄西湖的中華絨螯蟹腸道優(yōu)勢(shì)菌群為柔膜菌門(mén)、變形菌門(mén)、擬桿菌門(mén)、CK-IC4-I9和厚壁菌門(mén)，與本研究結(jié)果相似的是中華絨螯蟹腸道中的優(yōu)勢(shì)物種都出現(xiàn)了柔膜菌門(mén)、變形菌門(mén)和擬桿菌門(mén)。根據(jù)LI等［12］的研究，中華絨螯蟹中腸道優(yōu)勢(shì)菌群主要是變形菌門(mén)、擬桿菌門(mén)、放線菌門(mén)和疣微菌門(mén)。在狄盼盼等［32］的研究中，中華絨螯蟹腸道優(yōu)勢(shì)菌群為變形菌門(mén)、厚壁菌門(mén)、擬桿菌門(mén)等?；陂T(mén)水平的物種注釋分析，本研究中中華絨螯蟹腸道優(yōu)勢(shì)菌群特征與上述兩文研究結(jié)果大致相似，不同之處可能是由于采樣地點(diǎn)、時(shí)間不同以及研究方法的不同導(dǎo)致。在馬文元等［34］研究中，中華絨螯蟹腸道優(yōu)勢(shì)細(xì)菌共計(jì)6種，屬于4個(gè)菌屬，分別為檸檬酸桿菌屬（Citrobacter）、假單胞菌屬（Pseudomonas）、氣單胞菌屬和摩根菌屬（Morganella），本文結(jié)果與其不同，其原因可能是上述文章的中華絨螯蟹被投喂了蝦青素，且運(yùn)用的是傳統(tǒng)分離培養(yǎng)的方法，而本文采用高通量測(cè)序的方法研究中華絨螯蟹腸道優(yōu)勢(shì)細(xì)菌組成。

另外，在中華絨螯蟹腸道中還發(fā)現(xiàn)了一定量的氣單胞菌和Tyzzerella3，這和馮光志［33］在小龍蝦腸道中發(fā)現(xiàn)的結(jié)果相似。此次實(shí)驗(yàn)在中華絨螯蟹的腸道中發(fā)現(xiàn)了一定量的弧菌和氣單胞菌，但鰓中卻幾乎沒(méi)有。

中華絨螯蟹鰓中的微生物結(jié)構(gòu)與環(huán)境微生物有緊密的聯(lián)系。本實(shí)驗(yàn)得到的中華絨螯蟹鰓中的優(yōu)勢(shì)物種為放線菌門(mén)、擬桿菌門(mén)和變形桿菌門(mén)，其中放線桿菌門(mén)和擬桿菌門(mén)也是藍(lán)藻池和對(duì)照池中池水和底泥樣品中的優(yōu)勢(shì)物種。本實(shí)驗(yàn)和馬文元等［34］研究的中華絨螯蟹鰓中優(yōu)勢(shì)物種為變形菌門(mén)和厚壁菌門(mén)的結(jié)果不同，可能是因?yàn)槠溆脗鹘y(tǒng)的分離培養(yǎng)方法進(jìn)行研究，而本文中中華絨螯蟹鰓中的優(yōu)勢(shì)物種也是其生存池水中的優(yōu)勢(shì)物種。

水生生物經(jīng)歷孵化后，在不同的發(fā)育階段，外界的微生物會(huì)經(jīng)歷一段演替和適應(yīng)的過(guò)程，部分或全部定植在生物體內(nèi)［29－30］。所以不同的外界微生物會(huì)影響水生物體內(nèi)的微生物結(jié)構(gòu)。綜上所述，環(huán)境的不同會(huì)改變中華絨螯蟹腸道和鰓的微生物結(jié)構(gòu)。

結(jié)合NMDS結(jié)果看，中華絨螯蟹腸道的菌群組成較為穩(wěn)定，鰓中的微生物結(jié)構(gòu)與生活的池水的關(guān)系更近。相比于腸道，鰓中菌群結(jié)構(gòu)差異更大，層級(jí)聚類(lèi)分析結(jié)果也從側(cè)面反映了這一點(diǎn)。中華絨螯蟹的鰓會(huì)接觸外界環(huán)境，大量的水流入鰓室，入水孔周?chē)猩脑S多剛毛雖然會(huì)阻擋一些外來(lái)物，顎足也會(huì)清理污雜物，但不能阻止微生物在鰓中定植［34］。中華絨螯蟹攝食過(guò)程中攝入了水，水中的細(xì)菌進(jìn)入腸道定植下來(lái)，同時(shí)其部分的消化功能要依靠腸道微生物來(lái)完成，中華絨螯蟹腸道內(nèi)有自身的微生物群落［34－36］，對(duì)于外來(lái)微生物的入侵可能有一定的防御力，入侵后體內(nèi)的微生物群落可能形成了緩沖，所以環(huán)境中微生物對(duì)腸道的影響相較于對(duì)鰓的影響要小。