談蘇慧,盧海強(qiáng),陳 偉,張莉娟,田洪濤,谷新晰*
(河北農(nóng)業(yè)大學(xué)食品科技學(xué)院,河北 保定 071000)
β-甘露聚糖酶(β-1,4-D-mannanase,EC 3.2.1.78)是內(nèi)切水解酶,可隨機(jī)水解甘露聚糖分子內(nèi)部的β-1,4糖苷鍵,將甘露聚糖降解為葡萄糖、甘露寡糖等低聚糖[1-2]。β-甘露聚糖酶在食品行業(yè)應(yīng)用前景廣闊,其可降解角豆膠[3]、瓜兒豆膠[4]、魔芋膠[5]等富含甘露聚糖的植物膠生產(chǎn)甘露寡糖。甘露寡糖具有促進(jìn)腸道有益菌生長、調(diào)節(jié)腸道黏膜免疫、改善腸道菌群環(huán)境等作用,是一種新型的優(yōu)質(zhì)益生元[6-7]。β-甘露聚糖酶還可用于降低咖啡、巧克力及可可液等的黏性以利于其進(jìn)一步加工[8]。Suryawanshi等[9]發(fā)現(xiàn)甘露聚糖酶的多酶系統(tǒng)固定化后,β-甘露聚糖酶可在澄清蘋果汁、獼猴桃汁、橙汁、桃汁等果汁的同時(shí),增加其還原糖含量。Singh等[10]的研究結(jié)果表明β-甘露聚糖酶可高效去除含甘露聚糖食物引起的污漬。崔婷婷等[11]研究發(fā)現(xiàn)在面團(tuán)中添加β-甘露聚糖酶處理15 min的體積分?jǐn)?shù)為2.0%魔芋葡甘聚糖,能夠顯著抑制二硫鍵的斷裂和二級(jí)結(jié)構(gòu)的變化,防止面團(tuán)的水分散失,維持面團(tuán)的拉伸能力。Comfort等[12]報(bào)道的甘露聚糖酶多為最適反應(yīng)溫度在50~60 ℃之間的中低溫酶,無法滿足工業(yè)生產(chǎn)中較高的溫度要求。因此,熱穩(wěn)定性較好的嗜熱甘露聚糖酶逐漸成為新的研究熱點(diǎn)[13]。
嗜熱真菌能在45 ℃以上正常生長,且在19 ℃無法生長[14],嗜熱真菌分泌的酶類大部分為嗜熱酶[15]。嗜熱甘露聚糖酶具有熱穩(wěn)定性好、可提高反應(yīng)的催化效率、高溫時(shí)底物黏度低、促進(jìn)酶與底物的結(jié)合、具有催化等優(yōu)勢(shì)[16]。迄今為止,獲得的近30 種嗜熱甘露聚糖酶僅有少部分來源于嗜熱真菌[17],如來自黑曲霉Aspergillus nigerBK01的酶Man BK[18]、來自小巢狀曲霉Aspergillus nidulansXZ7的酶Man5XZ7[19]和來自籃狀菌Talaromyces leycettanusJCM12802的酶Man5A[16]。因此,分離鑒定嗜熱真菌并獲得嗜熱甘露聚糖酶,對(duì)提高微生物資源利用率以及解決甘露聚糖酶工業(yè)應(yīng)用受限等問題有較高的理論價(jià)值和指導(dǎo)意義。
碳水化合物活性酶(carbohydrate-active enzymes,CAZymes)是參與復(fù)雜碳水化合物合成或分解蛋白酶的統(tǒng)稱,具有降解、修飾及生成糖苷鍵的功能[20]。根據(jù)氨基酸序列相似性、蛋白結(jié)構(gòu)及催化功能的不同,主要分為5 類催化酶及一類非催化模塊,催化酶分別為碳水化合物酯酶(carbohydrate esterases,CEs)、糖苷水解酶(glycoside hydrolases,GHs)、糖基轉(zhuǎn)移酶(glycosyltransferases,GTs)、多糖裂解酶(polysaccharide lyases,PLs)、輔助氧化還原酶(auxiliary activities,AAs)、非催化模塊即碳水化合物結(jié)合模塊(carbohydrate-binding modules,CBMs)[21]。近幾年,以轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序技術(shù)為基礎(chǔ),探究真菌編碼碳水化合物酶基因的數(shù)量以及種類,并以此為指標(biāo)篩選高效產(chǎn)碳水化合物酶的菌株,成為分離篩選優(yōu)良產(chǎn)酶菌株新依據(jù)。
本研究以大曲中分離、篩選的嗜熱真菌GZFH7為研究對(duì)象,對(duì)該菌株進(jìn)行生物學(xué)鑒定,并對(duì)其誘導(dǎo)的嗜熱甘露聚糖酶的酶學(xué)性質(zhì)進(jìn)行研究。同時(shí),利用轉(zhuǎn)錄組學(xué)探究該菌株產(chǎn)碳水化合物活性酶的性能,為進(jìn)一步開發(fā)利用該菌株提供理論依據(jù)。
菌株GZFH7篩選自貴州醬香型大曲,并由本實(shí)驗(yàn)室于4 ℃保存;馬鈴薯葡萄糖瓊脂(potato dextrose agar,PDA)培養(yǎng)基、馬鈴薯葡萄糖肉湯(potato dextrose broth,PDB)培養(yǎng)基 上海博微生物科技有限公司;真菌DNA提取試劑盒、真菌通用引物ITS1、ITS4、PCR mix、ddH2O 北京博邁德基因技術(shù)有限公司;乳酸酚棉藍(lán)染色液 青島海博生物技術(shù)有限公司;Oligo(dT)磁珠 無錫百邁格生物科技有限公司。。
基礎(chǔ)鹽溶液:(NH4)2SO4、KH2PO4、MgSO4·7H2O、FeSO4·7H2O、CaCl2的質(zhì)量濃度分別為1.00、1.00、0.01、5.00、0.20 g/L。
魔芋發(fā)酵培養(yǎng)基:基礎(chǔ)鹽溶液中加入魔芋膠、酵母浸粉質(zhì)量濃度均為3.00 g/L;多碳源發(fā)酵培養(yǎng)基:基礎(chǔ)鹽溶液中加入魔芋膠、麩皮、酒糟質(zhì)量濃度均為1.00 g/L。
MJX-250B-Z恒溫霉菌培養(yǎng)箱 上海博訊實(shí)業(yè)有限公司醫(yī)療設(shè)備廠;MODEL YS100電子顯微鏡 日本Nikon公司;TU-1810PC紫外-可見光分光光度計(jì) 北京普析通用儀器有限公司;NDJ-5S數(shù)字式黏度計(jì) 上海佑科儀器儀表有限公司;CR-G立式高速低溫離心機(jī)日本Hitachi公司;Biometra Tprofessional聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(polymerase chain reaction,PCR)儀 德國Biometra公司。
1.3.1 菌株篩選
取研碎的大曲樣品10.0 g于100 mL無菌水中,于37 ℃、150 r/min搖床振蕩2 h。靜置后取上清液,用無菌水適當(dāng)稀釋,涂布于PDA培養(yǎng)基,45 ℃倒置培養(yǎng),挑取單菌落點(diǎn)植于PDA培養(yǎng)基上,分離、純化得到的單一菌株保藏于麩皮管中,4 ℃存放、備用。
1.3.2 粗酶液的制備
將保藏于麩皮管的GZFH7接種于PDB活化培養(yǎng)基中,45 ℃搖床培養(yǎng)1 d。按1%的接菌量從活化培養(yǎng)基中吸取菌液加入魔芋發(fā)酵培養(yǎng)基中,45 ℃搖床培養(yǎng)3 d。發(fā)酵液于4 ℃、8 000 r/min離心15 min,收集上清液,即為粗酶液,4 ℃?zhèn)溆弥苽浜玫拇置敢骸?/p>
1.3.3 菌株的鑒定
1.3.3.1 菌株嗜熱性鑒定
將菌株GZFH7點(diǎn)植于PDA平板中心處,分別于19、45 ℃倒置培養(yǎng),觀察并記錄菌株的生長情況。
1.3.3.2 菌落形態(tài)特征觀察
采用點(diǎn)植法將GZFH7接種于PDA平板中,45 ℃倒置培養(yǎng),觀察菌落的形狀、大小、顏色及生長狀況等情況并進(jìn)行記錄,對(duì)照真菌鑒定手冊(cè)[22],初步確定菌株的種屬地位。
采用棉藍(lán)染色法[23]進(jìn)行制片觀察:于潔凈的載玻片中央滴一滴乳酸酚棉藍(lán)染色液,用接種環(huán)挑取GZFH7平板中的少量帶有孢子的菌絲置于染液中,細(xì)心地將菌絲挑散開,加蓋玻片,在電子顯微鏡40 倍鏡觀察霉菌形態(tài),記錄菌株菌絲孢子、孢子囊以及孢子梗的形態(tài)特征。
1.3.3.3 菌株的分子鑒定
采用CTAB法提取菌株GZFH7的基因組DNA;獲得的基因組DNA經(jīng)ITS序列PCR擴(kuò)增后,得到的PCR產(chǎn)物由華大基因科技服務(wù)有限公司進(jìn)行測(cè)序。將獲得的測(cè)序結(jié)果提交NCBI數(shù)據(jù)庫(http://www.ncbi.nlm.gov/blast/)進(jìn)行BLAST同源性分析,采用MEGA 7.0軟件構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹并分析。
1.3.4 生長曲線的測(cè)定
采用菌落直線生長法測(cè)定菌株GZFH7的生長曲線[23],將菌株GZFH7點(diǎn)植于PDA平板中心處,45 ℃倒置培養(yǎng),分別在6、11、23、25、29、36、48、54、56 h(菌落長滿整個(gè)平板)測(cè)其菌落直徑,繪制菌株的生長曲線。
1.3.5 甘露聚糖酶活力的測(cè)定
參考Miller[24]的3,5-二硝基水楊酸(dinitrosalicylic acid,DNS)方法。取100 μL適當(dāng)稀釋酶液和900 μL角豆膠(底物由pH 5.0、50 mmol/L磷酸氫二鈉-檸檬酸緩沖液配制、體積分?jǐn)?shù)0.5%),以甘露聚糖酶最適反應(yīng)溫度(1.3.6.1節(jié)方法)進(jìn)行水浴反應(yīng)10 min后,加入1.5 mL DNS終止反應(yīng)。對(duì)照則在加入1.5 mL DNS后,補(bǔ)加100 μL稀釋酶液。沸水浴5 min后冷卻至室溫,在540 nm波長處測(cè)定吸光度。
酶活力單位(U):以每分鐘生成1 μmol甘露糖所需的酶量定義為1 U。
1.3.6 酶學(xué)性質(zhì)分析
1.3.6.1 最適反應(yīng)溫度的測(cè)定
酶液與底物在不同溫度(20、30、40、50、60、70、80、90 ℃)進(jìn)行反應(yīng),按1.3.5節(jié)的方法測(cè)定酶活力,以最高酶活力為100%,測(cè)定酶的最適反應(yīng)溫度。
1.3.6.2 最適反應(yīng)pH值的測(cè)定
在最適反應(yīng)溫度,酶液與不同pH值(2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12)的底物進(jìn)行反應(yīng),按照1.3.5節(jié)方法測(cè)定酶活力,以最高酶活力為100%,測(cè)定酶的最適反應(yīng)pH值。
1.3.6.3 溫度穩(wěn)定性的測(cè)定
在最適反應(yīng)pH值,按照1.3.6.1節(jié)的方法測(cè)酶液在最適反應(yīng)溫度,及最適反應(yīng)溫度浮動(dòng)10 ℃處理不同時(shí)間(0、2、5、10、20、30 min和60 min)的酶活力,以最高酶活力為100%,研究甘露聚糖酶的熱穩(wěn)定性。
1.3.6.4 pH值穩(wěn)定性的測(cè)定
用不同pH值(2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12)的緩沖液稀釋酶液后,冰浴1 h。最適反應(yīng)溫度按1.3.5節(jié)的方法測(cè)定酶活力,以最高酶活力為100%,研究甘露聚糖酶的pH值穩(wěn)定性。
1.3.7 酶解產(chǎn)物黏度的測(cè)定
粗酶液與體積分?jǐn)?shù)1%魔芋膠底物1∶2(V/V),70 ℃水浴反應(yīng)1 h后,迅速冷卻至室溫,測(cè)其黏度。通過比較滅活酶液與正常酶液反應(yīng)產(chǎn)物的黏度差異,反映甘露聚糖酶降解甘露聚糖酶的能力大小。
1.3.8 平均聚合度(mean degree of polymerization,mDP)的測(cè)定及計(jì)算
聚合度是指組成寡糖的單糖單位的個(gè)數(shù),mDP越接近于1則底物水解越徹底。直接還原糖與總還原糖參照Somogyi等[25]的方法測(cè)定,mDP按下式計(jì)算:
式中:C1、C2分別為酶解液中總糖和還原糖的質(zhì)量濃度/(mg/mL)。
1.3.9 菌株GZFH7的碳源譜測(cè)定分析
不同碳源固體培養(yǎng)基的配制參照Hüttner等[26]的方法,將菌株點(diǎn)分別植于含有不同單一碳源(果膠、纖維素、木聚糖、幾丁質(zhì)、可溶性淀粉、殼聚糖、魔芋精粉)的固體培養(yǎng)基上,相同條件培養(yǎng)相同時(shí)間,以PDA平板作為對(duì)照,觀察菌株GZFH7的生長狀況。
1.3.10 菌株GZFH7的轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析
菌株GZFH7接入多碳源發(fā)酵培養(yǎng)基,45 ℃搖床培養(yǎng)3 d后收集菌體。采用Trizol法提取總RNA,檢測(cè)其濃度及純度,完整性采用RNA專用瓊脂糖電泳或者Agilent 2100 Bioanalyzer進(jìn)行測(cè)定、分析。通過Oligo(dT)磁珠富集總RNA中帶有polyA結(jié)構(gòu)的mRNA,采用離子打斷的方式,將RNA打斷約長度為300 bp的片段,并以此為模板構(gòu)建表達(dá)文庫。
采用PCR擴(kuò)增進(jìn)行文庫片段富集,之后根據(jù)片段長度進(jìn)行文庫選擇,文庫長度在450 bp。通過Agilent 2100 Bioanalyzer對(duì)文庫進(jìn)行質(zhì)檢,再對(duì)文庫總濃度及有效濃度進(jìn)行檢測(cè)。根據(jù)文庫的有效濃度及文庫所需數(shù)據(jù)量,將含有不同Index序列的文庫按比例進(jìn)行混合?;旌衔膸旖y(tǒng)一稀釋到2 nmol/L通過堿變性,形成單鏈文庫。
采用第2代測(cè)序技術(shù),基于Illumina HiSeq測(cè)序平臺(tái),對(duì)這些文庫進(jìn)行雙末端測(cè)序,獲得長度約380 bp測(cè)序reads。對(duì)獲得的原始測(cè)序序列進(jìn)行分析,去除帶接頭、長度小于50 bp、序列平均質(zhì)量低于Q20的Reads。對(duì)得到的高質(zhì)量序列進(jìn)行從頭拼接得到轉(zhuǎn)錄本序列。對(duì)轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行聚類,挑選最長的轉(zhuǎn)錄本作為Unigene,最后用Unigene進(jìn)行后續(xù)無參轉(zhuǎn)錄組分析,并依據(jù)CAZymes數(shù)據(jù)庫(http://www.cazy.org/)分類標(biāo)準(zhǔn),對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析。
每次實(shí)驗(yàn)重復(fù)測(cè)定3 次,利用Excel和SPSS19.0軟件對(duì)測(cè)定結(jié)果進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析,數(shù)據(jù)結(jié)果以±s表示。
在19 ℃培養(yǎng)3 d,菌株GZFH7幾乎不生長。45 ℃培養(yǎng)3 d后,該菌株生長旺盛,菌絲如圖1A所示,可鋪滿整個(gè)平皿。生長初期菌落呈白色絨毛狀,后期變成灰褐色厚氈狀,且菌落表面粗糙。如圖1B所示,顯微鏡可觀察到菌絲有較多分支,且匍匐絲彼此有間隔,囊軸呈球形,孢囊孢子的形狀有球形,橢圓形以及其他形狀。對(duì)菌株GZFH7的ITS PCR產(chǎn)物測(cè)序結(jié)果進(jìn)行BLAST比對(duì),結(jié)果如圖1C所示。菌株GZFH7與微小根毛霉(Rhizomucor pusillusT3B)的相似度為100%,并且位于進(jìn)化樹的同一分支中,親緣關(guān)系相近,因此判斷該菌為微小根毛霉,命名為R.pusillusGZFH7。
圖1 菌株GZFH7菌落特征(A)、微觀鏡像(B)及系統(tǒng)發(fā)育樹(C)Fig.1 Colony characteristics (A), microscopic image (B), and phylogenetic tree (C) of strain GZFH7
如圖2所示,0~10 h為該菌株的生長停滯期,10~54 h之間菌株迅速生長,生物量迅速增加,此階段為快速生長期,此后隨培養(yǎng)時(shí)間延長,菌株的生物量趨于平穩(wěn),即進(jìn)入穩(wěn)定期。通過對(duì)GZFH7甘露聚糖酶活力測(cè)定分析,發(fā)現(xiàn)該菌在迅速生長期開始進(jìn)行產(chǎn)酶,其產(chǎn)酶量隨菌株自身的生長而增加。直至穩(wěn)定期,甘露聚糖酶產(chǎn)酶量達(dá)到穩(wěn)定值9.5 U/mL,之后隨發(fā)酵時(shí)間延長,產(chǎn)酶量幾乎不再增加。因此,GZFH7菌株在45 ℃生長迅速,能夠短周期發(fā)酵生產(chǎn)甘露聚糖酶。
圖2 菌株GZFH7生長及產(chǎn)酶曲線Fig.2 Growth curve and enzyme production curve of strain GZFH7
由圖3A可知,菌株GZFH7誘導(dǎo)甘露聚糖酶的最適反應(yīng)溫度為70 ℃,屬于嗜熱酶。在50~80 ℃范圍內(nèi),相對(duì)酶活力均可達(dá)到50%以上。如圖3B所示,甘露聚糖酶在60 ℃熱處理1 h,其相對(duì)酶活力在90%以上;70 ℃處理1 h,酶活力基本保持不變;當(dāng)該酶在80 ℃處理30 min,能保持高于50%的酶活力,且在處理1 h后,依然能夠維持大約50%的酶活力。因此,菌株GZFH7所產(chǎn)的甘露聚糖酶具有較好的熱穩(wěn)定性。如圖3C所示,甘露聚糖酶的最適反應(yīng)pH值為5.0,底物pH 4.0~6.0范圍內(nèi)時(shí),能夠維持50%以上的酶活力,具有一定的pH值適應(yīng)性。如圖3D所示,甘露聚糖酶在pH 2.0~12.0范圍內(nèi)均表現(xiàn)一定的酶活力,在酸性范圍內(nèi)(2.0<pH<6.0)酶活力較高,能夠維持70%以上的酶活力。酶活力隨pH值從5.0開始增加而降低。
圖3 甘露聚糖酶的酶學(xué)性質(zhì)Fig.3 Enzymatic properties of mannanase
經(jīng)酶水解后,魔芋膠溶液的黏度由125 mPa·s降低為74 mPa·s,該結(jié)果表明菌株GZFH7產(chǎn)生的甘露聚糖酶可有效降解魔芋膠,使其由黏度較高的甘露聚糖降解為黏度較低的甘露低聚糖。測(cè)得酶解產(chǎn)物的直接還原糖質(zhì)量濃度為0.39 mg/mL,總還原糖質(zhì)量濃度為0.37 mg/mL,mDP為0.96,接近于1。該結(jié)果表明由菌株GZFH7產(chǎn)生的甘露聚糖酶可較徹底的降解魔芋膠,酶的水解能力較高。
對(duì)菌株的碳源譜進(jìn)行探究,根據(jù)其在不同碳源平板上的生長狀況,可對(duì)該菌株的產(chǎn)酶能力進(jìn)行初步判斷。菌株GZFH7在不同碳源上的生長情況如圖4所示,45 ℃培養(yǎng)相同時(shí)間后,分別以果膠、纖維素、木聚糖、淀粉、魔芋精粉為單一碳源的生長情況分別如圖4B、C、D、F、H所示,菌株長勢(shì)良好,菌絲均布滿整個(gè)平板。以幾丁質(zhì)、殼聚糖為單一碳源的生長情況分別如圖4E、G所示,菌株長勢(shì)較差。另外菌株在不同碳源培養(yǎng)基上的菌落形態(tài)基本一致,但產(chǎn)生色素情況差異較大。因此,菌株GZFH7碳源譜較廣,除了產(chǎn)生甘露聚糖酶外,還具有產(chǎn)果膠酶、幾丁質(zhì)酶、淀粉酶、木聚糖酶、纖維素酶等的可能性,是待開發(fā)利用的理想菌株,在食品工業(yè)酶制劑生產(chǎn)中有較大應(yīng)用潛能。
圖4 菌株GZFH7在單一碳源平板上的生長情況Fig.4 Growth status of strain GZFH7 on single carbon source plates
2.6.1 Unigene的功能注釋分析
對(duì)Unigene進(jìn)行基因功能注釋。在Nr數(shù)據(jù)庫中被注釋到的Unigene最多,共8 586 個(gè),占總數(shù)的69.73%;其次為eggNOG數(shù)據(jù)庫和Swiss-Prot數(shù)據(jù)庫,分別為6 876、6 543 個(gè),占總數(shù)的55.84%和53.13%;在數(shù)據(jù)庫Pfam中被注釋到的最少為1 588 個(gè),僅占12.90%。778 個(gè)Unigene在所有的數(shù)據(jù)庫中都被注釋到,占總數(shù)的6.32%。
通過BLAST程序,將Unigene序列與Nr數(shù)據(jù)庫比對(duì),共有8 586 個(gè)Unigene被注釋到,占總Unigene的69.73%。微小根毛霉GZFH7轉(zhuǎn)錄組測(cè)序組裝的Unigene與橫梗霉的相似性最多,為2 810 個(gè),占32.75%;其次是傘狀毛霉菌,比對(duì)上的Unigene為2 262 個(gè),占26.36%。值得注意的是,有19.75%的Unigene屬于其他序列,可能包含微小根毛霉與大多數(shù)物種不同的、自身特有的基因序列。
對(duì)微小根毛霉Unigene進(jìn)行基因本體論(Gene Ontology,GO)功能分析。有4 987 個(gè)Unigene被注釋到,共分為3 類41 個(gè)分支。統(tǒng)計(jì)每一類的基因數(shù)量發(fā)現(xiàn),在細(xì)胞組成類的13 個(gè)分支中,涉及本轉(zhuǎn)錄組的Unigene最多,為11 124 個(gè);生物過程類次之,為9 951 個(gè);分子功能類最少,為5 452 個(gè)。其中細(xì)胞過程(2 645 個(gè))、代謝過程(2 491 個(gè))、催化活性(2 398 個(gè))、細(xì)胞(2 367 個(gè))、細(xì)胞組分(2 354 個(gè))及連接(2 267 個(gè))功能組涉及的Unigene較多,多細(xì)胞生物過程(8 個(gè))、病毒(8 個(gè))、病毒組分(8 個(gè))、擬核(5 個(gè))、通道調(diào)節(jié)活性(2 個(gè))、蛋白標(biāo)簽(2 個(gè))及翻譯調(diào)節(jié)器活動(dòng)(2 個(gè))功能組涉及的Unigene較少。
經(jīng)Unigene的京都基因與基因組百科全書(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)數(shù)據(jù)庫注釋分析,微小根毛霉GZFH7共有4 367 個(gè)Unigene在KEGG數(shù)據(jù)庫中被注釋到,占總Unigene的35.46%,共涉及代謝、遺傳信息處理、環(huán)境信息處理、生物系統(tǒng)以及細(xì)胞過程中5 個(gè)一級(jí)層級(jí)。其中被注釋最多基因個(gè)數(shù)的為遺傳信息處理過程中的翻譯(494 個(gè)),其次是環(huán)境信息處理中的信號(hào)傳導(dǎo)(469 個(gè))、代謝過程中的碳水化合物代謝(464 個(gè))。生物系統(tǒng)過程中被注釋最多基因個(gè)數(shù)的為內(nèi)分泌系統(tǒng)(232 個(gè)),細(xì)胞過程中被注釋最多基因個(gè)數(shù)的為運(yùn)輸和分解代謝(313 個(gè))。這些Unigene及其注釋信息為今后對(duì)菌株GZFH7的代謝途徑及相關(guān)功能基因的更進(jìn)一步研究提供一定理論依據(jù)。
2.6.2 菌株CAZymes基因表達(dá)分析
通過對(duì)菌株GZFH7的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析,共獲得該菌的4.38×107條reads,數(shù)據(jù)量為6.56×109bp,GC含量為46.80%,Q20值為97.36%,Q30值為92.95%,Clean Data值為93.76%。大部分堿基序列Q值分布在33~37之間,代表堿基質(zhì)量良好,可進(jìn)行后續(xù)分析。
以魔芋膠、麩皮以及酒糟的混合物為碳源時(shí),菌株GZFH7共有253 個(gè)CAZymes基因表達(dá),表達(dá)結(jié)果如圖5所示,其中包括31 個(gè)CEs基因,95 個(gè)GHs基因,104 個(gè)GTs基因,1 個(gè)PLs基因,16 個(gè)AAs基因以及6 個(gè)CBMs基因,與Hüttner等[27]對(duì)R.pusillusFCH 5.7的研究結(jié)果基本一致(12 個(gè)CEs基因、81 個(gè)GHs基因、77 個(gè)GTs基因、2 個(gè)PLs基因、11 個(gè)AAs基因、1 個(gè)CBMs基因)。其中GTs基因的表達(dá)最為豐富,約占CAZymes酶類表達(dá)總數(shù)的41.1%,約占總GTs家族的27.4%(29 種),主要包括纖維素合成酶、幾丁質(zhì)合成酶、透明質(zhì)酸合成酶、葡萄糖基轉(zhuǎn)移酶、甘露糖基轉(zhuǎn)移酶、葡聚糖合成酶、乙酰氨基葡萄糖氨基轉(zhuǎn)移酶、磷酸合成酶等。其次為GHs基因,約占CAZymes酶類表達(dá)總數(shù)的37.5%,約占總GHs家族的22.2%(34 種),主要種類有幾丁質(zhì)酶、半乳糖苷酶、葡萄糖苷酶、葡聚糖酶、甘露糖苷酶、甘露聚糖酶、淀粉酶、木聚糖酶、纖維素酶、海藻糖酶等。因此,菌株R.pusillusGZFH7酶系較豐富,是高效產(chǎn)碳水化合物活性酶的菌株。
圖5 R.pusillus GZFH7碳水化合物活性酶基因表達(dá)分布Fig.5 Distribution of CAZymes gene expression in R.pusillus GZFH7
微生物來源的甘露聚糖酶因其資源豐富、成本低、易培養(yǎng)、活性高等優(yōu)勢(shì)[17,28],是科學(xué)研究以及工業(yè)應(yīng)用的長期熱點(diǎn)。大曲所含微生物種類豐富,組成復(fù)雜,是極具利用價(jià)值的資源庫[29-30]。菌株GZFH7為大曲中分離、篩選的嗜熱真菌,通過對(duì)其菌落形態(tài)特征觀察以及ITS序列分子鑒定,判定該菌為微小根毛霉(R.pusillus),命名為R.pusillusGZFH7?,F(xiàn)階段研究的較多的是利用微小根毛霉產(chǎn)凝乳酶[31],除凝乳酶之外,還有其他一些已產(chǎn)生并鑒定編碼的酶,如聚半乳糖醛酸酶、糖淀粉酶、植酸酶和葡聚糖酶[27]。姚燦等[32]發(fā)現(xiàn)該嗜熱真菌能產(chǎn)生淀粉酶和酸性淀粉酶,具有應(yīng)用于白酒生產(chǎn)的開發(fā)潛力。但利用微小根毛霉產(chǎn)甘露聚糖酶的研究鮮有報(bào)道。
目前,實(shí)際投入生產(chǎn)應(yīng)用的甘露聚糖酶大多為中低溫酶且熱穩(wěn)定性較差,無法滿足工業(yè)生產(chǎn)過程中部分高溫環(huán)節(jié)對(duì)溫度的要求。如來源于密黏褶菌ATCC 11539的甘露聚糖酶,在50 ℃處理30 min,酶活力剩余60%[33];來源于枯草芽孢桿菌MAFIC-S11的β-甘露聚糖酶Mann S,在60 ℃處理10 min,酶活力僅剩余10%[34]。菌株GZFH7所產(chǎn)的甘露聚糖酶最適反應(yīng)溫度70 ℃,為嗜熱酶,并且該酶在70 ℃處理1 h仍能維持原酶活力不變,熱穩(wěn)定性優(yōu)良。該嗜熱甘露聚糖的最適pH值為5.0,與目前已獲得的大多數(shù)真菌來源的甘露聚糖酶的最適pH值一致[35-37],且在pH 2.0~11.0的范圍內(nèi)均表現(xiàn)較理想的pH值耐受性。該酶滿足工業(yè)生產(chǎn)需求,有效解決甘露聚糖酶的生產(chǎn)應(yīng)用受限問題。魔芋膠溶液(1%)經(jīng)酶解后黏度降低51 mPa·s,且酶解產(chǎn)物的mDP為0.96,而多數(shù)β-甘露聚糖酶水解魔芋膠、角豆膠等主要產(chǎn)生聚合度為2~5的甘露寡糖和一些帶半乳糖殘基側(cè)鏈的半乳甘露寡糖[38]。此結(jié)果很可能是由于粗酶液中的甘露聚糖酶與其中的多種酶協(xié)同作用而導(dǎo)致的。
菌株GZFH7在不同單一碳源的平板上45 ℃培養(yǎng)時(shí)均能生長,其中以果膠、纖維素、木聚糖、淀粉、魔芋精粉為單一碳源的平板長勢(shì)較好,以幾丁質(zhì)、殼聚糖為單一碳源的平板,長勢(shì)較差,這可能是由于R.pusillusGZFH7中缺乏參與幾丁質(zhì)、殼聚糖降解的基因?qū)е碌?。?jīng)轉(zhuǎn)錄組分析,共發(fā)現(xiàn)253 個(gè)CAZymes基因表達(dá),其中包括以纖維素合成酶、甘露糖基轉(zhuǎn)移酶、葡聚糖合成酶、乙酰氨基葡萄糖氨基轉(zhuǎn)移酶等為主的GTs,以及以幾丁質(zhì)酶、半乳糖苷酶、淀粉酶等為主的GHs。綜上所述,菌株R.pusillusGZFH7碳源譜較廣,酶系豐富,是一株高效產(chǎn)碳水化合物活性酶的菌株,具有較高的研發(fā)利用價(jià)值。
本研究從大曲中分離嗜熱真菌微小根毛霉R.pusillusGZFH7,在對(duì)該菌株誘導(dǎo)的甘露聚糖酶進(jìn)行相關(guān)性質(zhì)研究的同時(shí),對(duì)菌株進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組學(xué)的分析。微小根毛霉GZFH7為嗜熱真菌,其誘導(dǎo)的嗜熱甘露聚糖酶有較好的熱穩(wěn)定性和pH耐受性。轉(zhuǎn)錄組學(xué)結(jié)果表明,菌株GZFH7有較好的產(chǎn)碳水化合物活性酶的能力。本研究不僅豐富嗜熱甘露聚糖酶資源,同時(shí)也為微小根毛霉GZFH7在酶制劑的開發(fā)與應(yīng)用提供參考。