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        基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)探討十棗湯治療肝硬化腹水的作用機(jī)制

        2021-08-24 06:08:28王艷萍李文靜
        中國醫(yī)藥導(dǎo)報(bào) 2021年19期
        關(guān)鍵詞:數(shù)據(jù)庫

        王艷萍 李文靜 洪 博

        齊齊哈爾醫(yī)學(xué)院藥學(xué)院,黑龍江齊齊哈爾 161006

        肝硬化是功能性肝結(jié)構(gòu)被非功能性纖維化組織逐漸替代為特征的終末期肝臟紊亂[1]。腹水是肝硬化最常見的并發(fā)癥,腹水的出現(xiàn)是肝硬化患者不良預(yù)后的一個標(biāo)志,3 年病死率高達(dá)50%[2]。因此,提高肝硬化患者的生活質(zhì)量,減少肝硬化腹水(簡稱“肝腹水”)的并發(fā)癥及病死率變得越來越重要。

        肝腹水相當(dāng)于中醫(yī)“膨脹”“單腹脹”范疇。對于肝腹水的治療,中醫(yī)多采用“利水”“逐水”等方法。十棗湯由甘遂、芫花、大戟和大棗組成,是峻下逐水的代表性方劑[3]。近年來,研究發(fā)現(xiàn)十棗湯在臨床上多用于治療腹水[4-5],但對十棗湯抗肝腹水的作用機(jī)制少有研究。

        1 材料與方法

        1.1 十棗湯中化合物的收集

        通過TCMSP 數(shù)據(jù)庫[6]檢索十棗湯活性成分。

        1.2 活性化合物與靶點(diǎn)篩選

        通過口服生物利用度(oral bioavailability,OB),≥30%藥物相似性(drug likeness,DL)≥0.18[7-8]對十棗湯中化合物進(jìn)行篩選并得到靶點(diǎn)。UniProt 數(shù)據(jù)庫對得到的靶點(diǎn)進(jìn)行基因名轉(zhuǎn)換。

        1.3 肝腹水作用靶點(diǎn)篩選

        以“l(fā)iver cirrhosis”為關(guān)鍵詞在GeneCards[9]數(shù)據(jù)庫進(jìn)行檢索,根據(jù)疾病與靶點(diǎn)間的相關(guān)度進(jìn)行篩選,選出相關(guān)靶點(diǎn)。

        1.4 蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)(protein-protein interaction,PPI)的構(gòu)建

        利用Venny 2.1 在線軟件作圖工具平臺對十棗湯成分靶點(diǎn)與疾病靶點(diǎn)取交集,得到十棗湯抗-肝腹水交集靶點(diǎn)。將其導(dǎo)入String 數(shù)據(jù)庫,構(gòu)建PPI 網(wǎng)絡(luò)。

        1.5 基因富集通路可視化分析

        將藥物-疾病靶點(diǎn)導(dǎo)入Metascape 數(shù)據(jù)庫,進(jìn)行GO 與KEGG 通路富集分析,在微生信在線作圖平臺進(jìn)行可視化。

        1.6 藥物-化合物-靶點(diǎn)-通路網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建

        將藥物、化合物、十棗湯-疾病靶點(diǎn)及KEGG 信號通路導(dǎo)入Cytoscape 3.8.0 中,構(gòu)建藥物-化合物-靶點(diǎn)-通路網(wǎng)絡(luò)。

        2 結(jié)果

        2.1 十棗湯活性成分與靶點(diǎn)收集

        通過TCMSP 數(shù)據(jù)庫收集十棗湯中“甘遂”“芫花”“大棗”“京大戟”化合物共244 個。其中滿足OB≥30%,DL≥0.18的成分共58 個,包含靶點(diǎn)217 個。十棗湯活性成分信息見表1。

        表1 十棗湯部分活性成分

        2.2 肝腹水靶點(diǎn)

        通過Genecards 數(shù)據(jù)庫獲得肝腹水相關(guān)靶點(diǎn)2001 個,按得分≥5 選取后得到914 個靶點(diǎn)。

        2.3 PPI 網(wǎng)絡(luò)

        十棗湯-肝腹水交集靶點(diǎn)共99 個,見圖1。交集靶點(diǎn)PPI 網(wǎng)絡(luò)見圖2。圖中共87 個節(jié)點(diǎn),419 條邊,平均局部聚類系數(shù)為0.479,平均節(jié)點(diǎn)度為8.46。

        圖1 十棗湯-肝腹水交集靶點(diǎn)Venn 圖

        圖2 十棗湯抗肝腹水蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)圖

        2.4 靶點(diǎn)通路可視化

        十棗湯可能通過蛋白質(zhì)、轉(zhuǎn)錄因子等結(jié)合調(diào)節(jié)細(xì)胞增殖和凋亡等過程發(fā)揮抗肝腹水作用,見圖3(封四)。99 個靶點(diǎn)共得到160 條KEGG 通路,最重要的KEGG 信號通路有10 條,見圖4(封四)。

        圖3 GO富集分析圖

        圖4 KEGG通路富集分析圖

        2.5 藥物-化合物-靶點(diǎn)-通路網(wǎng)絡(luò)

        藥物-代合物-靶點(diǎn)-通路網(wǎng)絡(luò)中包括4 種藥材,25 個化合物,138 個節(jié)點(diǎn)及617 條邊,排名前三的化合物為槲皮素、木犀草素、山柰酚,分別能與148、41、30 個靶點(diǎn)相互作用。對靶點(diǎn)進(jìn)行分析,排名前五的靶點(diǎn)為PTGS2、RXRA、CASP3、AKT1 與JUN。對通路進(jìn)行分析,排名前三的通路為癌癥信號通路、乙型肝炎通路、PI3K/AKT 信號通路。見圖5。

        圖5 十棗湯中化合物-靶點(diǎn)-通路網(wǎng)絡(luò)圖

        3 討論

        本研究初步篩選出槲皮素、山柰酚、木犀草素等25 個活性成分,最終構(gòu)建出具有138 個節(jié)點(diǎn)與617 條邊的復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)圖,闡釋了中藥復(fù)方制劑治療疾病具有多成分、多靶點(diǎn)、多路徑的特點(diǎn)。

        從靶點(diǎn)方面:①PTGS2 在慢性丙型肝炎患者的活檢肝臟樣本中過表達(dá),導(dǎo)致進(jìn)行性肝纖維化,從而導(dǎo)致肝硬化及肝癌[10-11]。有研究發(fā)現(xiàn)[12],小鼠肝硬化中COX2 基因表達(dá)水平和lncRNACOX2 核糖核酸表達(dá)水平均有所增加。②CASP3 能夠產(chǎn)生促炎癥、血液動力學(xué)活性的微泡,這些微泡在肝臟內(nèi)產(chǎn)生重要的生物學(xué)效應(yīng)[13]。CASP3 與裂解的CASP3 在肝纖維化形成過程中發(fā)揮重要的作用[14]。③JUN 在小鼠模型中成纖維細(xì)胞的細(xì)胞周期調(diào)節(jié)非常重要,同時,JUN 能夠促進(jìn)肝細(xì)胞與角質(zhì)形成細(xì)胞的增殖[15-16]。④AKT 被激活后,能夠磷酸化下游的mTOR 等靶蛋白,從而調(diào)節(jié)細(xì)胞的增殖、分化與凋亡[17-18]。

        從通路方面:①乙型肝炎通路:大量的研究已經(jīng)顯示[19-20],慢性乙肝演變成為肝硬化,關(guān)鍵的致病機(jī)制主要是病毒和機(jī)體細(xì)胞免疫反應(yīng)共同作用的結(jié)果。目前已經(jīng)有研究證實(shí)[21],慢性乙肝患者中Treg/Th17 平衡失調(diào)可以導(dǎo)致持續(xù)性乙肝病毒感染和炎癥性肝損傷。②PI3K/AKT 信號通路:研究顯示[22],隨著肝星狀細(xì)胞的激活、增殖,并且細(xì)胞外基質(zhì)在肝臟中的合成或降解失衡,會導(dǎo)致肝纖維化,而PI3K/AKT 信號通路在此過程中具有重要作用。此外,PI3K/AKT 信號通路還可以使轉(zhuǎn)化生長因子-β 誘導(dǎo)上皮間質(zhì)轉(zhuǎn)化導(dǎo)致肝硬化[23]。③微小核糖核酸在肝臟中參與肝細(xì)胞的增長及應(yīng)激反應(yīng)等,可反映肝臟中肝細(xì)胞和肝組織的狀態(tài),在肝硬化和肝癌的發(fā)展中起到重要作用[24]。尤其是miR21 會誘導(dǎo)上皮間質(zhì)轉(zhuǎn)化,導(dǎo)致肝硬化[25]。

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