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        基于高通量測序探索三伏貼對特稟質(zhì)人群腸道微生物影響

        2021-05-14 03:02:14周幫旻嘉士健雷行華寇瀟月陳麗妹曾德軍袁菱梅吳賢波
        西南國防醫(yī)藥 2021年3期
        關(guān)鍵詞:分析

        周 潔,周幫旻,嘉士健,雷行華,寇瀟月,陳麗妹,曾德軍,袁菱梅,吳賢波

        中醫(yī)體質(zhì)學(xué)以中醫(yī)理論為基礎(chǔ),以分類提煉、快速評估健康信息的方法,對人群進行中醫(yī)體質(zhì)分類,并制定針對性的干預(yù)措施,以預(yù)防及治療疾病。其中,由王琦[1]提出的9種體質(zhì)學(xué)說應(yīng)用最為廣泛。特稟質(zhì)為其中之一,該體質(zhì)人群易患哮喘、鼻炎、蕁麻疹等過敏性疾病,對外界環(huán)境適應(yīng)能力差[2]。目前,從中醫(yī)體質(zhì)分類角度對特稟質(zhì)的基礎(chǔ)及臨床研究較少,更多是從西醫(yī)角度針對過敏性疾病的研究。

        腸道微生物作為人體中最龐大的微生物群,對過敏反應(yīng)起著至關(guān)重要的調(diào)節(jié)作用,也是目前研究過敏反應(yīng)的重要方向[3-8]。因此,可用腸道微生物的變化作為突破口為特稟質(zhì)人群的生理病理改變尋找生物學(xué)基礎(chǔ)。目前,基因測序是獲得腸道微生物信息最為流行的檢測手段,尤其是高通量測序。為探索三伏貼對特稟質(zhì)人群的的影響及其生物學(xué)基礎(chǔ),本研究基于高通量測序的方法,對受試者腸道微生物的16S rDNA的V3-V4可變區(qū)域進行擴增測序,比較三伏貼前后特稟質(zhì)受試者腸道微生物變化,觀察三伏貼對特稟質(zhì)受試者腸道微生態(tài)的影響。

        1 對象與方法

        1.1 病例資料 研究對象均來自2018年成都市新都區(qū)中醫(yī)醫(yī)院門診患者。研究通過成都市新都區(qū)中醫(yī)醫(yī)院倫理審查(2018-01)。納入標準:年齡18~65周歲,性別不限;根據(jù)《中醫(yī)體質(zhì)分類與判定》標準判定體質(zhì),體質(zhì)辨識結(jié)果為特稟質(zhì)轉(zhuǎn)化分≥40分則納入試驗組(特稟質(zhì)人群),平和質(zhì)轉(zhuǎn)化分≥60分且其他8種體質(zhì)轉(zhuǎn)化分均<30分納入對照組(平和質(zhì)人群,即健康人群)[9];受試者簽署知情同意書。排除標準:有急慢性腸道疾病,需長期或間斷服用藥物者;有嚴重原發(fā)性疾病長期服用藥物者;近期1個月內(nèi)未接受過抗生素及微生態(tài)制劑治療;近3個月內(nèi)參加過其他臨床試驗者。

        根據(jù)研究方案招募20例受試者,其中試驗組10例,對照組10例,其基本資料見表1,兩組年齡、性別比較無統(tǒng)計學(xué)差異(P>0.05)。試驗中,特稟質(zhì)受試者1例因懷孕脫落,平和質(zhì)受試者1例因失訪脫落、1例要求退出試驗。試驗過程中未發(fā)生不良事件。

        表1 兩組受試者基本資料比較

        1.2 研究方法 采用自身對照的方法,對試驗組連續(xù)兩年貼敷三伏貼,對照組不接受任何干預(yù)。分別采集分析兩組受試者2018年7月初伏前及2020年12月的清晨大便標本和中醫(yī)體質(zhì)得分。

        1.3 三伏貼組方制備 組方為成都市新都區(qū)中醫(yī)醫(yī)院制劑室根據(jù)該院臨床處方經(jīng)驗及文獻自主配方,已在臨床應(yīng)用9年[10-11]。藥物組成為延胡索、白芥子、甘遂、細辛等,按比例研成粉末,用新鮮姜汁調(diào)成膏狀,制作成直徑約1 cm、厚度約2 mm的藥餅,用穴位貼敷固定貼固定在穴位上。

        1.4 干預(yù)過程 (1)貼敷穴位:肺俞、脾俞、腎俞、膈腧(均為雙側(cè));(2)貼敷時間:2018、2019年農(nóng)歷“三伏”每伏的第1 d各貼1次,共6次,每次貼敷4 h;(3)觀察反應(yīng):密切觀察藥物反應(yīng),記錄并及時處理不良反應(yīng)。

        1.5 高通量測序過程及方法 使用無菌大便采集器采集受試者清晨大便標本約2 g,立即密封并放至干冰(-20°)中保存,送蘇州金唯智生物科技有限公司進行基因測序、分析。提取糞便樣本中細菌總DNA后,對16S rDNA V3-V4區(qū)進行擴增子測序,測序平臺為Illumina MiSeq(Illumina,San Diego,CA,USA),對測序后得到的原始序列片段進行拼接、去除嵌合體序列后得到有效序列,并在97%閾值的相似度上進行操作分類單元(OTU)分析、物種分類學(xué)分析(比對數(shù)據(jù)庫為Silva_132 16S rRNA database),得到各個樣本的腸道菌群的物種特征(包括物種名稱、絕對豐度、相對豐度)。使用α多樣性分析、β多樣性分析描述腸道微生物的多樣性特征,使用Metastats分析描述腸道微生物門水平和屬水平的群落構(gòu)成差異,使用LEfSe(LDA Effect Size)分析尋找起重要作用的特異性微生物類群(biomarker)[12-13]。

        2 結(jié)果

        2.1 體質(zhì)得分比較 試驗組貼敷兩年三伏貼后,特稟質(zhì)得分降低,平和質(zhì)得分升高,特稟質(zhì)相關(guān)癥狀得到改善(表2)。

        表2 特稟質(zhì)受試者兩年前后體質(zhì)轉(zhuǎn)化分比較(?s)

        表2 特稟質(zhì)受試者兩年前后體質(zhì)轉(zhuǎn)化分比較(?s)

        注: 與2018年7月比較,①P < 0.05

        組別 取樣時間 特稟質(zhì)得分 平和質(zhì)得分試驗組2018年7月 53.18±9.85 60.76±16.18(n=9) 2020年12月 34.13±8.59? 72.92±6.99?

        2.2 腸道微生物檢測結(jié)果

        2.2.1 測序質(zhì)量 從稀疏曲線(圖1)可以看出,當測序達到一定深度時,各個樣本的稀疏曲線均趨于平緩,說明該研究的測序工作足夠充分,測序質(zhì)量可靠,每個樣本的序列數(shù)量足以檢測樣本中存在的大多數(shù)物種。

        圖1 各樣本稀疏曲線

        2.2.2 α多樣性分析 選擇α多樣性中的Simpson指數(shù)和Shannon指數(shù)對菌落物種組成的豐度及均勻度進行綜合評價,干預(yù)前,兩組受試者腸道微生物的Simpson指數(shù)和Shannon指數(shù)均無統(tǒng)計學(xué)差異(P>0.05)。2020年對照2018年,兩組受試者的Simpson指數(shù)和Shannon指數(shù)均無改變(P>0.05)。尚不能認為三伏貼貼敷對特稟質(zhì)受試者的腸道微生物的豐度及均勻度有影響。

        2.2.3 β多樣性分析 通過PCoA分析(圖2)發(fā)現(xiàn),兩組受試者2018年各樣本的坐標分布走向相似,說明兩組的腸道微生物的多樣性相似。兩組受試者2020年樣本的坐標分布走向相似,尚不能說明三伏貼能夠影響特稟質(zhì)人群的腸道微生物多樣性。

        圖2 各樣本的PCoA分析

        2.2.4 腸道微生物群落結(jié)構(gòu)及組間差異比較受試者的腸道微生物共檢測出9個菌屬:Bacter oidetes(擬桿菌屬)、Firmicutes(厚壁菌屬)、Proteob acteri a(變形菌屬)等。2018年,兩組受試者屬水平群落結(jié)構(gòu)無顯著差異,優(yōu)勢菌屬均為Bacter oidetes、Firmicutes,兩個菌屬總相對豐度占比>90%。2020年兩組受試者優(yōu)勢菌屬不變,兩個菌門總相對豐度占比均為89%。

        在菌屬水平上對兩受試者2018腸道微生物進行組間比較差異無統(tǒng)計學(xué)意義。相對豐度>0.01的菌屬,2020年對照2018年,兩組受試者的Bacter oides和Alistipes相對豐度均下降,Blautia相對豐度上升;試驗組的Parabacteroides、Parasutterella相對豐度下降(對照組的Faecalibacterium相對豐度上升,Sutt erella相對豐度下降),見表3、4。

        表3 試驗組兩年前后腸道微生物相對豐度>0.01的菌屬比較(?s)

        表3 試驗組兩年前后腸道微生物相對豐度>0.01的菌屬比較(?s)

        Taxon 2018年 2020年 P Alist ipes 0.0354±0.0113 0.004±0.0016 0.006 Bacteroides 0.4588±0.0849 0.0527±0.0249 0.001 Blautia 0.0141±0.0034 0.1051±0.0422 0.010 Parabacteroides 0.0175±0.0069 0.0015±0.0006 0.007 Parasutter ella 0.0106±0.0036 0.0005±0.0003 0.007

        表4 對照組兩年前后腸道微生物相對豐度>0.01的菌屬比較(?s)

        表4 對照組兩年前后腸道微生物相對豐度>0.01的菌屬比較(?s)

        Taxon 2018年 2020年 P Alistipes 0.0374±0.012 0.0050±0.0027 0.011 Bacteroi des 0.3649±0.0787 0.0546±0.0249 0.003 Blautia 0.0160±0.0048 0.0918±0.0339 0.011 Faecalibacterium 0.0610±0.0171 0.1434±0.0302 0.024 Sutterella 0.0101±0.005 0.0002±0.0002 0.023

        2.2.5 LEfSE分析 圖3為受試者兩年前后腸道微生物基于LeFse分析的物種聚類進化樹圖。其中,黃色節(jié)點表示在各組中均未起到重要作用的微生物類群,其他顏色圓點表示在該著色組別中起到重要作用的微生物類群(biomarker)。2018年,實驗組在厚壁菌門(Firmicutes)和放線菌門(Proteobacter ia)均有b iomarker,而對照組沒有。2020年,兩組受試者在屬水平上的biomarker不同,試驗組為Blautia、Sellimonas、But yrici coccus、Rumi nococcacesa_UCG、Subdoligranoul um,對照組為Parvimonas、Ambiguous_taxa、Tyzzer alla_3。

        圖3 基于LeFse分析的物種聚類進化樹

        3 討論

        3.1 特稟質(zhì)和平和質(zhì)受試者的腸道微生物多樣性比較無顯著差異,biomarker有顯著差異 本研究發(fā)現(xiàn),特稟質(zhì)和平和質(zhì)受試者的腸道微生物多樣性(α多樣性和β多樣性)無顯著差異,且各個菌屬、菌屬的群落結(jié)構(gòu)也沒有差異。但LeFSEf分析發(fā)現(xiàn),特稟質(zhì)受試者在厚壁菌屬(Firmicutes)和放線菌屬(Proteobacteria)均有biomarker,平和質(zhì)受試者沒有。既往研究表明,過敏性疾病患者的腸道微生物多樣性與健康人無顯著差異,但菌屬的相對豐度有顯著差異[1,5-6]。同樣是過敏疾病患者,研究結(jié)果不同,這是因為多數(shù)針對過敏疾病的研究均是在受試對象正在發(fā)生過敏反應(yīng)的急性期進行,而特稟質(zhì)是一種非穩(wěn)態(tài)的體質(zhì),它代表的是一種既往發(fā)生過過敏反應(yīng)或有過敏傾向的狀態(tài),更多地描述的是一種患病傾向而非病理過程,在參與研究的過程中,不一定處于過敏反應(yīng)急性期。既往研究提示不同體質(zhì)的人群其腸道微生物具有特異性表現(xiàn),如陽虛質(zhì)、痰濕質(zhì)人群與平和質(zhì)人群對比,其腸道微生物均有各自的特征,主要表現(xiàn)為群落結(jié)構(gòu)的不同[14-17]。而研究發(fā)現(xiàn),特稟質(zhì)受試者與平和質(zhì)受試者腸道微生物的群落結(jié)構(gòu)相同,但biomarker生物標記不同。

        3.2 三伏貼可以改善特稟質(zhì)受試者的健康狀態(tài),可能與調(diào)節(jié)腸道微生物有關(guān) 三伏貼可以改善特稟質(zhì)受試者的健康狀態(tài),降低其特稟質(zhì)得分,提高其平和質(zhì)得分,其療效可能與調(diào)節(jié)腸道微生物有關(guān)。特稟質(zhì)受試者經(jīng)過兩年三伏貼干預(yù)后,腸道微生物α多樣性無改變,其腸道微生物β多樣性的變化趨勢與平和質(zhì)組兩年前后的變化趨勢一致,三伏貼不影響特稟質(zhì)受試者的腸道微生物多樣性。在腸道微生物屬水平群落結(jié)構(gòu)方面,特稟質(zhì)受試的變化與平和質(zhì)受試者不同,三伏貼影響了特稟質(zhì)受試者腸道微生物屬水平的群落結(jié)構(gòu)。此外,LEfSE分析結(jié)果發(fā)現(xiàn)三伏貼干預(yù)特稟質(zhì)受試者后,其腸道微生物中的biomark er發(fā)生改變,且與平和質(zhì)受試者不同。該研究通過高通量測序分析三伏貼干預(yù)兩年后特稟質(zhì)受試者的腸道微生物變化后,尚未發(fā)現(xiàn)腸道微生物的多樣性有變化,但其屬水平的群落結(jié)構(gòu)及biomarker有變化。三伏貼改善特稟質(zhì)受試者體質(zhì)狀態(tài),可能與其腸道微生物屬水平群落結(jié)構(gòu)及biomarker有關(guān)。

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