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        m6A甲基轉(zhuǎn)移酶復(fù)合物在腫瘤發(fā)生、發(fā)展中的作用研究進展

        2021-01-03 00:34:00余夢霞謝亞萍
        浙江醫(yī)學(xué) 2021年23期
        關(guān)鍵詞:水平功能研究

        余夢霞 謝亞萍

        到目前為止已有超過150種RNA的轉(zhuǎn)錄后修飾方式被發(fā)現(xiàn),其中N6-甲基腺苷(N6-methyladenosine,m6A)是最常見的,最早于上世紀(jì)70年代被報道。隨后在純化出m6A特異性抗體的基礎(chǔ)上,通過m6A測序、RNA免疫共沉淀等方法,科學(xué)家們證實其主要發(fā)生在mRNA的3'端非翻譯區(qū)(3'untranslated regions,3'UTR)和終止密碼子的特定 RRACH(R:G,A,U;H:U,A,C)序列上。近年來,大量文獻報道m(xù)6A具有調(diào)節(jié)mRNA的功能,包括影響轉(zhuǎn)錄、調(diào)控剪切、調(diào)節(jié)出核、控制翻譯。此外,m6A在非編碼RNA,包括長鏈非編碼RNA(long non-coding RNA,lncRNA)、微小 RNA(microRNA,miRNA)、轉(zhuǎn)運 RNA(transfer RNA,tRNA)、環(huán)狀RNA(circular RNA,circRNA)、細胞內(nèi)小核 RNA(small nuclear RNA,snRNA)等的剪切、加工、成熟過程中也具有重要調(diào)節(jié)作用。m6A修飾介導(dǎo)超過80% RNA的甲基化[1],在各種生理或病理過程中發(fā)揮重要的作用。

        正常生理狀態(tài)下,m6A修飾通過甲基轉(zhuǎn)移酶復(fù)合物和去甲基化酶在人體中保持著一種動態(tài)平衡狀態(tài),而當(dāng)平衡被打破時就可能導(dǎo)致腫瘤的發(fā)生。到目前為止,科學(xué)家們認(rèn)為m6A的甲基化是由甲基轉(zhuǎn)移酶復(fù)合物協(xié)同完成,而其組成成員包括甲基轉(zhuǎn)移酶樣蛋白3(methyltransferase like-3,METTL3)、甲基轉(zhuǎn)移酶樣蛋白 14(methyltransferase like-14,METTL14)、甲基轉(zhuǎn)移酶樣蛋白 16(methyltransferase like-16,METTL16)、腎母細胞瘤1-結(jié)合蛋白(Wilms'tumor 1 associating protein,WTAP)、病毒樣m6A甲基轉(zhuǎn)移酶相關(guān)蛋白(virlike m6A methyltransferase associated protein,VIRMA)、RNA結(jié)合基序蛋白15/15B(RNA binding motif protein 15/15B,RBM15/15B)和鋅指CCCH域蛋白13(zinc finger CCCH domain-containing protein 13,ZC3H13)。近年來,越來越多的研究對這類成員的功能進行了探索,本文對m6A甲基轉(zhuǎn)移酶復(fù)合物不同成員在腫瘤發(fā)生、發(fā)展中的作用相關(guān)研究進展作一綜述。

        1 METTL3在腫瘤中的作用

        METTL3是第一個被識別的m6A甲基轉(zhuǎn)移酶[1],早在1997年就被發(fā)現(xiàn),隨后在不同物種中也相繼鑒定出同源基因,具有多個別稱,如IME4、Spo8或MT-A70,其結(jié)構(gòu)非常保守,提示具有重要功能。人類METTL3基因位于14q11.2,共有10個外顯子。現(xiàn)有的研究表明METTL3是m6A甲基轉(zhuǎn)移酶復(fù)合物中重要成員,具有RNA甲基化酶活性,在正常生理活動中具有重要調(diào)節(jié)作用,而近些年的研究證實在腫瘤的發(fā)生、發(fā)展中,METTL3也具有重要調(diào)控功能。在膠質(zhì)母細胞瘤(glioblastoma,GBM)中敲低METTL3可降低去整合素和金屬蛋白酶結(jié)構(gòu)域的跨膜蛋白19(a disintegrin and metalloprotease domain 19,ADAM19)的m6A水平,增強其在膠質(zhì)瘤干細胞(glioma stem-like cells,GSCs)中的表達,促進GSCs的增殖和自我更新,導(dǎo)致腫瘤的進展[2],另一研究發(fā)現(xiàn)METTL3通過招募人類抗原R與m6A修飾的SOX2、POU3F2等癌基因的mRNA結(jié)合,增強其穩(wěn)定性,促進GBM的進展[3]。在急性髓系白血?。╝cute myeloid leukemia,AML)中,METTL3可被轉(zhuǎn)錄因子 CCAAT/增強子結(jié)合蛋白 ζ(CCAAT/enhancer binding protein zeta,CEBPZ)招募至m6A修飾的SP1的啟動子區(qū),促進SP1的翻譯,激活原癌基因c-Myc,導(dǎo)致AML的發(fā)生、發(fā)展[4]?;诎┌Y基因組圖譜(The Cancer Genome Atlas,TCGA)數(shù)據(jù)庫資料,研究者發(fā)現(xiàn)高表達METTL3是肝癌患者預(yù)后不佳的危險因素,而后續(xù)研究證明過表達METTL3可使抑癌基因SOCS2 mRNA的m6A水平升高,被YTH結(jié)構(gòu)域家族蛋白2(YTH domain-containing family protein 2,YTHDF2)識別,誘導(dǎo)降解,引起肝癌的發(fā)生、發(fā)展[5]。在乳腺癌(breast cancer,BC)中,癌基因HBXIP可通過抑制let-7g上調(diào)METTL3,而METTL3可反向促進HBXIP表達,從而形成一個正反饋環(huán)路,促進疾病進展[6]。肺癌中有研究發(fā)現(xiàn)β-欖香烯可靶向METTL3的S-腺苷甲硫氨酸結(jié)合域,抑制其RNA甲基化酶活性,降低m6A的水平,抑制自噬相關(guān)蛋白,如微管相關(guān)蛋白1輕鏈3 beta(microtubule associated protein 1 light chain 3 beta,LC3β)、自噬相關(guān)蛋白 5(autophagy-related protein 5,ATG5)和自噬相關(guān)蛋白7(ATG7),從而發(fā)揮抑癌功能[7]。Li等[8]發(fā)現(xiàn)前列腺癌(prostate cancer,PCa)患者中METTL3往往高表達,RNA甲基化免疫共沉淀測序(methylated RNA immunoprecipitation followed by highthroughput sequencing,MeRIP-seq)和轉(zhuǎn)錄組測序(RNA sequencing,RNA-seq)明確LHPP與NKX3-1是METTL3的靶基因,敲低METTL3可激活靶基因,抑制蛋白激酶B(protein kinase B,Akt)通路活性,阻礙腫瘤進展。在口腔鱗癌中,Liu等[9]利用體內(nèi)外實驗證實METTL3可增強多梳家族環(huán)指蛋白4(polycomb group ring finger protein 4,PCGF 4)mRNA的m6A水平,招募胰島素樣生長因子2 mRNA結(jié)合蛋白1(insulin-like growth factor 2 mrna-binding protein 1,IGF2BP1)穩(wěn)定其 mRNA,促進癌細胞的增殖和轉(zhuǎn)移。而在胃癌中過表達METTL3可增加pri-miR-17~92的m6A水平,促進DiGeorge綜合征危象區(qū)基因8(DiGeorge syndrome critical region 8,DGCR8)與其結(jié)合,誘導(dǎo)剪切成熟,最終激活A(yù)KT/哺乳動物雷帕霉素靶蛋白(mammalian target of rapamycin,mTOR)通路,導(dǎo)致胃癌發(fā)生。定點突變實驗表明pri-miR-17~92的m6A結(jié)合位點中A879最重要[10]。以上研究表明METTL3在腫瘤中具有重要的調(diào)控作用,是腫瘤精準(zhǔn)治療的潛在靶點。

        2 METTL14在腫瘤中的作用

        人類METTL14基因位于染色體4q26,共有12個外顯子,與METTL3有43%相似的序列,是m6A甲基轉(zhuǎn)移酶復(fù)合物重要的組件,兩者在核斑上以1∶1的比例形成穩(wěn)定的異二聚體,其中METTL14是RNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域。在肝癌中高表達METTL14是患者預(yù)后良好的因素,機制研究證實過表達METTL14后可促進m6A修飾的pri-miR-126與DGCR8的結(jié)合,導(dǎo)致其剪切成熟,繼而抑制肝癌細胞的轉(zhuǎn)移能力[11]。在GBM中,METTL14可增強ADAM19 m6A的水平,從而抑制GSCs的增殖和自我更新能力[2]。在BC中過表達METTL14可以抑制癌細胞的活性,而利用免疫熒光雜交和RNA pull-down實驗證實lncRNA LNC942的+176~+265序列可與METTL14結(jié)合,增加下游靶基因CXCR4和CYP1B1的m6A水平并促進蛋白表達,導(dǎo)致BC進展,反向證明 METTL14的抑癌功能[12]。Ban等[13]發(fā)現(xiàn)METTL14可通過增加頭頸鱗癌患者LNCAROD的m6A水平加強其穩(wěn)定性,促進YBX1和HSPA1A的結(jié)合,避免YBX1蛋白被蛋白酶體降解,提高腫瘤細胞的增殖能力。在結(jié)腸癌中,Yang等[14]發(fā)現(xiàn)METTL14是低表達的,且與不良預(yù)后相關(guān),通過RNA-seq和RNA免疫共沉淀發(fā)現(xiàn)METTL14可調(diào)控lncRNA XIST的m6A水平,促進YTHDF2與其結(jié)合并誘導(dǎo)降解,從而發(fā)揮抑癌作用。Gu等[15]在膀胱癌中發(fā)現(xiàn)METTL14可增加Notch1的m6A水平,降低其穩(wěn)定性從而增強癌細胞的增殖和遷移能力。Weng等[16]研究發(fā)現(xiàn)METTL14在造血干細胞(hematopoietic stem cell,HSC)中高表達,而在其向髓系分化過程中逐漸降低,沉默METTL14可通過抑制下游MYB和MYC兩個靶基因的m6A修飾水平,促進HSC及白血病干細胞向髓系分化,從而抑制AML細胞的增殖。這些結(jié)果提示靶向METTL14可能是惡性腫瘤治療的一個新方向。

        3 METTL16在腫瘤中的作用

        METTL16又稱為METT10D,是一種新識別的m6A甲基轉(zhuǎn)移酶,主要的作用包括調(diào)控腺苷蛋氨酸的水平和對snRNA進行甲基化[17]。Liu等[18]發(fā)現(xiàn)METTL16在結(jié)腸腺癌中高表達,而在直腸腺癌中無表達差異。然而,單因素分析發(fā)現(xiàn)高表達METTL16的直腸腺癌患者總體生存時間(overall survival,OS)顯著延長。Yeon等[19]發(fā)現(xiàn)在結(jié)腸癌中METTL16存在移碼突變,但對腫瘤的意義不明。目前有關(guān)METTL16的研究有限,需進行更多的探索明確其功能。

        4 WTAP在腫瘤中的作用

        WTAP又稱為Mum2,其本身沒RNA甲基化的功能,但可起協(xié)調(diào)作用,輔助METTL3和METTL14進行m6A修飾。早在2000年,WTAP作為腎母細胞瘤1基因(Wilms'tumor-1,WT1)的協(xié)作因子已被識別,隨后WTAP被發(fā)現(xiàn)在AML中高表達,敲低WTAP后可顯著抑制K562及HL60細胞株增殖,增強依托泊苷的細胞毒反應(yīng)[20]。而Naren等[21]發(fā)現(xiàn)WTAP蛋白高表達,且與AML更短的OS相關(guān)。敲低WTAP可降低c-Myc的m6A水平,促進表達,但c-Myc是原癌基因,與結(jié)果矛盾,值得深入分析。Hu等[22]發(fā)現(xiàn)miR-550-1可抑制WTAP表達,降低WWTR1 m6A的水平,抑制Hippo通路,阻礙AML的進展。胰腺癌中,研究表明WTAP可穩(wěn)定粘著斑激酶(focal adhesion kinase,Fak)mRNA,激活Fak/磷脂酰肌醇3-激酶(phosphoinositide 3-kinase,PI3K)/Akt和 Fak/類固醇受體共激活劑 1(steroid receptor coactivator 1,Src1)/生長因子受體結(jié)合蛋白 2(growth factor receptor bound protein 2,GRB2)通路,增強癌細胞的遷移和侵襲能力。而Fak抑制劑GSK2256098可逆轉(zhuǎn)WTAP誘導(dǎo)的促癌作用[23]。Han等[24]發(fā)現(xiàn)piRNA-30473是彌漫大B細胞淋巴瘤的癌性因子,其高表達預(yù)示不良OS,通過上調(diào)WTAP,增加m6A水平,piRNA-30473可促進HK2的表達,導(dǎo)致腫瘤發(fā)生、發(fā)展。lncRNA PCGEM1在肺癌中過表達,通過靶向miR-433-3p/WTAP可促進癌細胞增殖和遷移,過表達WTAP可部分逆轉(zhuǎn)敲低PCGEM1的抑癌作用[25]。WTAP高表達是肝癌患者預(yù)后不良的獨立危險因素。通過升高m6A,WTAP可抑制ETS1的表達,影響p21/p27的功能,發(fā)揮促癌作用[26]。Li等[27]發(fā)現(xiàn)高表達WTAP是胃癌患者預(yù)后不佳因素,其致癌作用和T細胞免疫反應(yīng)相關(guān)基因的RNA高度甲基化相關(guān)。Tang等[28]發(fā)現(xiàn)在腎癌中WTAP高表達,且與更短的OS相關(guān)。體外敲低WTAP可促進ACHN和Caki-1細胞株的凋亡。機制研究表明WTAP可與CDK2的3'UTR結(jié)合,增強mRNA穩(wěn)定性,而CDK2抑制劑(SU9516和K03861)可逆轉(zhuǎn)WTAP的癌性功能。碳酸酐酶Ⅳ被認(rèn)為是結(jié)腸癌中的抑癌因子,通過與WTAP結(jié)合可促進其泛素化降解,抑制Wnt通路的活性,阻礙腫瘤的進展[29]。因此,以上研究表明WTAP表達失調(diào)對于腫瘤的發(fā)生、發(fā)展具有重要意義。

        5 VIRMA在腫瘤中的作用

        VIRMA又被稱為KIAA1429,在骨肉瘤中,研究發(fā)現(xiàn)其高表達,且與更短的OS相關(guān)[30],而體外敲低KIAA1429后可抑制癌細胞增殖、遷移和侵襲能力。Lan等[31]在肝癌中發(fā)現(xiàn)KIAA1429高表達,且預(yù)示不良預(yù)后。沉默KIAA1429后可抑制癌細胞增殖和遷移能力,利用MeRIP-seq、RNA免疫共沉淀測序(RNA immunoprecipitation sequencing,RIP-seq)和 RNA-seq等方法,GATA3被證實為KIAA1429下游靶基因,通過增加m6A水平,引起RNA結(jié)合蛋白HuR分離,促進GATA3前體mRNA的降解。Qian等[32]發(fā)現(xiàn)BC中KIAA1429高表達,且與更短的OS相關(guān)。過表達KIAA1429可促進癌細胞的增殖和遷移。而RIP-seq方法確定其下游靶基因CDK1,KIAA1429通過非m6A修飾方法促進CDK1的表達,從而發(fā)揮促癌功能。在去勢抵抗的PCa中,Barros-Silva等[33]發(fā)現(xiàn)VIRMA是高表達的。敲除VIRMA后可降低m6A修飾的水平,繼而降低CCAT1和CCAT2的穩(wěn)定性,發(fā)揮抑癌功能?,F(xiàn)有的研究發(fā)現(xiàn)VIRMA在腫瘤中均起到致癌作用,但更多的研究需要被執(zhí)行,進一步明確其功能。

        6 RBM15/15B在腫瘤中的作用

        RBM15又稱為OTT或SPEN,而HUMAGCGB或OTT3是RBM15B的別稱。Patil等[34]報道RBM15/15B在lncRNA XIST介導(dǎo)X染色體上基因的轉(zhuǎn)錄沉默過程中具有重要作用。通常XIST至少有78個N-甲基腺苷殘基是呈高度甲基化狀態(tài),由RBM15/15B介導(dǎo)實現(xiàn),當(dāng)敲低RBM15/15B,可逆轉(zhuǎn)XIST的甲基化狀態(tài),影響其基因沉默功能。后續(xù)的研究表明RBM15/15B在實體瘤中表達異常,可參與疾病預(yù)后風(fēng)險模型的構(gòu)建,然而,分子機制還未闡明,有待進一步研究明確其功能。

        7 ZC3H13在腫瘤中的作用

        ZC3H13又被稱為KIAA0853或Xio。2018年Wen等[35]發(fā)現(xiàn)ZC3H13在細胞核內(nèi)可調(diào)控m6A修飾,在小鼠胚胎干細胞中,當(dāng)敲低ZC3H13后,WTAP/Virilizer/Hakai所形成的RNA甲基化催化復(fù)合物失去了核內(nèi)定位功能,導(dǎo)致RNA甲基化失調(diào),抑制干細胞自我更新,促進分化。而在果蠅體內(nèi),Knuckles等[36]研究發(fā)現(xiàn)ZC3H13與WTAP相互作用對m6A甲基化調(diào)控具有關(guān)鍵作用,并對果蠅的性別決定具有重要意義。而在腸癌中,Zhu等[37]發(fā)現(xiàn)ZC3H13是一個抑癌基因,通過抑制Snail、Cyclin D1和增加Occludin的表達,可激活Ras-ERK通路并抑制癌細胞的增殖和侵襲力。目前有關(guān)ZC3H13的研究還較少,其具體功能和作用機制未完全闡明,亟待將來的研究可以明確ZC3H13在腫瘤中的作用。

        8 m6A甲基轉(zhuǎn)移酶復(fù)合物調(diào)控腫瘤發(fā)生、發(fā)展的機制

        基于目前已發(fā)表的文獻,m6A甲基轉(zhuǎn)移酶復(fù)合物調(diào)控基因表達的機制具體為:(1)增加pri-miRNAs的m6A水平,招募DGCR8,促進其剪切成熟,抑制靶基因的表達;(2)增加靶基因m6A水平,與YTHDF2結(jié)合,促進靶基因的降解;(3)增加靶基因 m6A水平,與YTHDF1結(jié)合,促進靶基因的翻譯;(4)增加靶基因m6A水平,與IGF2BPs結(jié)合,增加靶基因的穩(wěn)定性;(5)招募或誘導(dǎo)分離mRNA結(jié)合蛋白,影響mRNA的穩(wěn)定性;(6)非依賴m6A方式結(jié)合靶基因的3'UTR,增強其穩(wěn)定性;(7)干擾m6A甲基轉(zhuǎn)移酶復(fù)合物的核內(nèi)定位信號,影響其甲基化功能。m6A甲基轉(zhuǎn)移酶復(fù)合物不同成員可通過上述機制調(diào)控下游癌性或抑癌性基因的表達,繼而影響腫瘤的發(fā)生、發(fā)展。

        9 小結(jié)與展望

        近年來,隨著氣相-液相質(zhì)譜、m6A測序、m6A單個核苷酸交聯(lián)免疫沉淀等技術(shù)的出現(xiàn),科學(xué)家們發(fā)現(xiàn)m6A修飾廣泛存在于真核生物的RNA中并具有重要生物學(xué)功能,成為近十年來的研究熱點。盡管已發(fā)現(xiàn)了m6A修飾過程中“讀碼器”“消碼器”和“閱讀器”相關(guān)基因,但仍有許多機制未被闡明,新的調(diào)控基因陸續(xù)被報道。所以,目前有關(guān)m6A相關(guān)蛋白及其功能的研究尚處于探索階段。m6A甲基轉(zhuǎn)移酶在腫瘤中表達紊亂,對腫瘤的發(fā)生、發(fā)展具有重要意義,本綜述總結(jié)了已有研究中其對腫瘤的調(diào)控機制,但仍未完整。已有的研究發(fā)現(xiàn)部分m6A甲基轉(zhuǎn)移酶在不同腫瘤中與藥物治療及放射性治療敏感性、化學(xué)治療耐藥性密切相關(guān),靶向m6A甲基轉(zhuǎn)移酶相應(yīng)基因可增強腫瘤細胞的放、化療敏感性。雖然,目前只成功研發(fā)出了m6A去甲基化酶FTO的特異性小分子抑制劑,但m6A甲基轉(zhuǎn)移酶的靶向治療仍具有重大潛力。因此,在將來的研究中,進一步挖掘其作用機制對深入認(rèn)識表觀遺傳學(xué)在惡性腫瘤中的功能、探索新的治療靶點具有重要意義,將為臨床精準(zhǔn)治療提供重要指導(dǎo)作用。

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