鄭俊鳴,陳思凱,陳禮光,洪小龍,何天友,鄭郁善
(1.福建農(nóng)林大學(xué)園林學(xué)院;2.福建農(nóng)林大學(xué)林學(xué)院,福建 福州 350002;3.福建省東山赤山國有防護(hù)林場,福建 漳州 363400)
福建濱海沙地防護(hù)林以木麻黃、濕地松等為主,其退化快,生產(chǎn)力弱,結(jié)構(gòu)單一,影響了生態(tài)系統(tǒng)的穩(wěn)定性.大頭典竹(Bambusabeecheyanavar.pubescens)根系發(fā)達(dá),適生性強(qiáng),竹材纖維長,抗風(fēng)性相對較強(qiáng),具有極強(qiáng)的濱海沙地防護(hù)林應(yīng)用的潛力.2002年引種大頭典竹至福建東山島濱海沙地,其成活率較高、生態(tài)適應(yīng)性較強(qiáng),且能有效改良土壤環(huán)境、林分結(jié)構(gòu),定植成功后能有效提高其他生物的引種成活率,如水黃皮、潺槁木姜子等,產(chǎn)生了極大的生態(tài)效益[1].濱海沙地的土壤鹽分或鹽煞對植物生長造成較大的影響,根系或葉片細(xì)胞滲透壓改變,導(dǎo)致植物失水或死亡[2].目前,關(guān)于竹類對鹽脅迫的響應(yīng)主要集中在生理、生化方面[3-4].在蛋白質(zhì)組學(xué)方面的研究相對較少[5].蛋白質(zhì)組學(xué)是通過蛋白質(zhì)表達(dá)水平來解釋生命活動(dòng)現(xiàn)象.不同植物在鹽脅迫下的蛋白響應(yīng)不同,黑麥草、燕麥和草地早熟禾等抗氧化酶以及水稻根中的抗病蛋白、β-1-3葡聚糖酶等在鹽脅迫下出現(xiàn)表達(dá)上調(diào)[6-7],可能與抗鹽性有關(guān)[8-9].葉片是植物進(jìn)行光合作用和呼吸作用的營養(yǎng)器官,是進(jìn)行二氧化碳固定和碳同化的主要場所,能較快地反映鹽脅迫對植物的影響.本文通過分析與鑒定不同NaCl溶液脅迫下大頭典竹葉片的蛋白表達(dá)量,進(jìn)一步揭示大頭典竹的蛋白功能和代謝通路對鹽脅迫的適應(yīng)情況,為培育適宜濱海沙地生長的耐鹽品種提供依據(jù).
試驗(yàn)材料來源于福建省漳州市東山島濱海沙地,選取長勢良好、均勻一致的2年生側(cè)枝扦插到福州市福建農(nóng)林大學(xué)的盆缽中,待側(cè)枝萌發(fā)長出新葉,以供試驗(yàn)需要.試驗(yàn)前測得樣地鹽分為0.6%.因此,試驗(yàn)分別用0% (CK)、0.4%、0.6% NaCl溶液處理(用1/2 Hoagland營養(yǎng)液配制).處理7 d后,對大頭典竹進(jìn)行取樣,選取長勢一致的葉片作為試驗(yàn)材料,液氮保存,并提取竹葉蛋白,放入冰箱內(nèi)-80 ℃保存.樣品的制備和2-DE試驗(yàn)均設(shè)置3次生物學(xué)重復(fù)以確保試驗(yàn)的精確性和重復(fù)性.
1.2.1 全蛋白提取 葉全蛋白提取方法參考陳思凱等[10].稱取0.2 g葉片加入2 mL離心管內(nèi),加入少量聚乙烯吡咯烷酮.液氮冷卻后研磨至粉末,移至離心管,再加入液氮進(jìn)行冷卻,加滿10% TCA/丙酮溶液后進(jìn)行渦旋振蕩.在4 ℃,17 000×g離心10 min,去除上清液.用80%甲醇、0.1 mol·L-1醋酸銨溶液和80%丙酮溶液進(jìn)行清洗.風(fēng)干30 min后,加入SDS提取液和Tris飽和酚,渦旋振蕩,17 000×g離心,提取上層酚相后加滿甲醇醋酸銨溶液,待沉淀后離心,去除上清液,并干燥.依次加入80%丙酮溶液、100%甲醇溶液,并進(jìn)行渦旋振蕩和離心.重復(fù)3~4次至洗凈,風(fēng)干30 min,獲取蛋白干樣.
1.2.2 蛋白裂解和定量 稱取10 mg葉蛋白干粉,加入500 μL裂解液,渦旋振蕩10 min,超聲5 min,冰浴5 min.在4 ℃,17 000×g離心10 min,提取上清液,即純凈蛋白.運(yùn)用Brafford法[11]對蛋白質(zhì)含量進(jìn)行測定,選擇牛血清蛋白作為標(biāo)準(zhǔn).
1.2.3 雙向電泳分析 采用BIO-RAD公司的17 cm的pH 5~8 IPG膠條,具體操作步驟參考陳思凱[10].
1.2.4 差異蛋白的質(zhì)譜分析 顯色的膠片用UMAX Power Look 2100XL掃描儀采集圖像.凝膠圖像分析在PDQURST 8.0中完成.差異蛋白點(diǎn)運(yùn)用MALDI-TOF-MS 5800質(zhì)譜分析儀進(jìn)行蛋白鑒定.差異蛋白表達(dá)量以對照組的凝膠為參考膠,分別與0.4%、0.6% NaCl處理的凝膠進(jìn)行兩兩對比,篩選差異蛋白在蛋白表達(dá)量上調(diào)或下調(diào)差異大于1.5倍,并通過t檢驗(yàn)有顯著差異(P<0.05)的蛋白[12].
1.2.5 生物信息學(xué)分析 運(yùn)用Blast2GO軟件(https://www.blast2go.com/)對差異蛋白進(jìn)行GO功能注釋[13].通過基因本體數(shù)據(jù)庫計(jì)算GO分類的差異蛋白數(shù)量,按照生物過程、分子功能和細(xì)胞組分對已鑒定的差異蛋白進(jìn)行比較分析[14].利用在線分析工具KAAS(https://www.genome.jp/tools/kaas/)對差異蛋白進(jìn)行KEGG代謝通路注釋.通過比對KEGG數(shù)據(jù)庫(https://www.kegg.jp/),找到匹配度最高的蛋白質(zhì),進(jìn)行KO歸類,繼而獲取蛋白序列參與的通路信息[15].
運(yùn)用Excel 2013對數(shù)據(jù)進(jìn)行整理和統(tǒng)計(jì).運(yùn)用ImageMaster 2D Platinum 7.0進(jìn)行雙向凝膠譜圖分析.運(yùn)用Photoshop CS 5.0進(jìn)行作圖.
0.4%和0.6%NaCl溶液處理的竹葉蛋白的清晰凝膠圖譜,每個(gè)處理得到蛋白點(diǎn)約600個(gè)(圖1).不同含量NaCl溶液處理檢測的差異蛋白數(shù)量不同.經(jīng)PDQuest 8.0檢測,在0.4% NaCl處理下,34個(gè)差異蛋白表達(dá)量差異顯著,其中12個(gè)差異蛋白表達(dá)量顯著上調(diào),22個(gè)差異蛋白表達(dá)量顯著下調(diào).在0.6% NaCl處理下有40個(gè)表達(dá)量差異顯著的蛋白,其中有27個(gè)蛋白表達(dá)量顯著下調(diào),13個(gè)蛋白表達(dá)量顯著上調(diào).
圖中數(shù)字表示成功鑒定的蛋白樣品編號(hào).圖1 雙向電泳分析不同NaCl溶液處理大頭典竹葉片蛋白表達(dá)圖譜Fig.1 Protein expression maps under different concentrations of NaCl by 2-DE analysis
從差異蛋白中挑選出18個(gè)蛋白進(jìn)行質(zhì)譜分析,成功鑒定了15個(gè)差異蛋白(圖1,表1).15個(gè)成功鑒定的差異蛋白分別涉及光合作用、能量代謝、碳代謝和細(xì)胞防御等相關(guān)蛋白.涉及的光合作用相關(guān)蛋白有3個(gè),分別為葉綠體PsbP(2個(gè))和放氧增強(qiáng)子蛋白1(1個(gè));能量代謝相關(guān)蛋白有4個(gè),分別為ATP合酶α亞基(1個(gè))、ATP合酶β亞基(2個(gè))和磷酸甘油酸激酶(1個(gè));碳代謝相關(guān)蛋白有5個(gè),分別為核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶(5個(gè));細(xì)胞防御蛋白相關(guān)蛋白有2個(gè),分別為谷氨酰胺合成酶(1個(gè))和抗壞血酸過氧化物酶(1個(gè));其他和未知蛋白有1個(gè).其中,涉及碳代謝相關(guān)蛋白所占比例最大,達(dá)到33.33%,其次為能量代謝、光合作用相關(guān)蛋白,所占比例分別為26.67%和20.00%.由此說明,鹽脅迫主要影響碳代謝、能量代謝和光合作用相關(guān)蛋白,從而影響植物的正常生命活動(dòng).
表1 鹽脅迫響應(yīng)蛋白質(zhì)譜鑒定結(jié)果1)Table 1 Protein spectrum under salt stress
在0.4%和0.6% NaCl處理時(shí),葉綠體PsbP、放氧增強(qiáng)子蛋白1、核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶、谷氨酰胺合成酶、抗壞血酸過氧化物酶2、磷酸甘油酸激酶的蛋白表達(dá)量顯著上調(diào).而ATP合酶β亞基蛋白表達(dá)量在0.4%和0.6% NaCl處理時(shí)顯著下調(diào).ATP合酶α亞基表達(dá)量在0.4% NaCl處理后呈現(xiàn)上調(diào)趨勢,在0.6% NaCl處理后呈現(xiàn)下調(diào)趨勢.
15個(gè)成功鑒定的差異蛋白GO功能注釋,涉及生物過程、分子功能和細(xì)胞組分等3個(gè)方面(表2).生物過程涉及細(xì)胞過程、代謝過程、刺激反應(yīng)、定位過程等,蛋白數(shù)量分別為11、6、1、1個(gè).分子功能可分為離子結(jié)合功能、轉(zhuǎn)運(yùn)活性功能、催化活性功能,蛋白數(shù)量分別為9、3、10個(gè).細(xì)胞組分包含有細(xì)胞、細(xì)胞部件、細(xì)胞膜、細(xì)胞器,蛋白數(shù)量分別為10、10、4、9個(gè).
在GO注釋的基礎(chǔ)上,對差異蛋白參與的代謝通路進(jìn)行分析.15個(gè)差異蛋白的代謝通路參與了光合作用代謝通路、氧化磷酸化代謝通路、碳代謝作用、乙醛酸和二羧酸代謝等10條代謝通路(表3).1種差異蛋白可能參與多條代謝通路.其中,碳代謝作用、乙醛酸和二羧酸代謝、光合作用和氧化磷酸化涉及的蛋白數(shù)量相對較多,說明鹽脅迫對大頭典竹生長的影響主要在這些代謝途徑.
表2 鹽脅迫下大頭典竹葉片差異蛋白的GO功能分類Table 2 GO functional classification of differential proteins under different concentrations of NaCl
表3 鹽脅迫下大頭典竹葉片差異蛋白 的KEGG代謝通路分析Table 3 KEGG pathway analysis of differential proteins under different concentrations of NaCl
3個(gè)與光合作用相關(guān)的蛋白在0.4%、0.6% NaCl脅迫下蛋白表達(dá)量顯著上調(diào),分別為2個(gè)葉綠體PsbP和1個(gè)放氧增強(qiáng)子蛋白1(表1).葉綠體PsbP(又稱放氧增強(qiáng)子蛋白2)和放氧增強(qiáng)子蛋白1位于PSⅡ內(nèi)部,而PSⅡ是植物光合作用光反應(yīng)的重要成員[16-18].PSⅡ結(jié)構(gòu)中的放氧機(jī)構(gòu)易受到環(huán)境脅迫的影響[19].因此,葉綠體PsbP和放氧增強(qiáng)子蛋白1在鹽脅迫下,放氧反應(yīng)會(huì)遭受抑制,光合速率降低,造成植物光合作用的代謝通路受到影響(表3).
鹽脅迫使得放氧增強(qiáng)子蛋白1遭到破壞,釋放大量的氧氣以保持PSⅡ的穩(wěn)定和機(jī)體的代謝水平[20].植物的放氧增強(qiáng)子蛋白1表達(dá)量顯著上調(diào)以適應(yīng)鹽脅迫.葉綠體PsbP蛋白表達(dá)量顯著上調(diào),有利于PSⅡ的穩(wěn)定,維持光合速率,進(jìn)而抵御鹽脅迫對植物生命活動(dòng)的傷害[18].由此,鹽脅迫下植物葉綠體PsbP和放氧增強(qiáng)子蛋白1顯著上調(diào).
15個(gè)差異蛋白中有4個(gè)蛋白涉及能量代謝,分別為1個(gè)ATP合酶α亞基、2個(gè)ATP合酶β亞基和1個(gè)磷酸甘油酸激酶.磷酸甘油酸激酶主要參與糖酵解途徑,生成ATP,而糖酵解途徑是植物體內(nèi)能量代謝和碳代謝的主要途徑,也是植物對鹽脅迫的適應(yīng)性策略之一.應(yīng)對脅迫的響應(yīng),香蕉和鹽芥的磷酸甘油酸激酶表達(dá)豐度均呈現(xiàn)上調(diào)[18,21].受到鹽脅迫的大頭典竹需要更多的ATP提供能量,所以,磷酸甘油酸激酶蛋白表達(dá)量出現(xiàn)了顯著上調(diào),以維持生命活動(dòng).
ATP合成酶α亞基和β亞基分布在線粒體內(nèi)膜和葉綠體類囊體上,完成ADP和ATP的轉(zhuǎn)化,是生物體能量代謝的關(guān)鍵[22].大頭典竹在0.4%和0.6% NaCl脅迫下,ATP合酶β亞基呈現(xiàn)下調(diào)的趨勢.鹽脅迫導(dǎo)致植物ATP合成受到抑制,ATP合酶降解,從而ATP合酶β亞基蛋白表達(dá)量下調(diào).ATP合酶α亞基的蛋白表達(dá)量在0.4% NaCl處理后顯著上調(diào),在0.6% NaCl處理后下調(diào).大頭典竹通過調(diào)節(jié)ATP合酶亞基的表達(dá)能力,以緩解蛋白表達(dá)量下調(diào)對植物生長發(fā)育造成的影響,從而適應(yīng)鹽脅迫[18].
差異蛋白中核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶/加氧酶是碳代謝途徑中重要的羧化酶,參與了碳固定、三羧酸代謝等代謝通路;同時(shí),核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶/加氧酶又是植物中含量最高的蛋白質(zhì),具有催化羧化的功能,也能起到催化氧化的作用[23].羧化酶活性對植物光合速率有顯著影響[24].在0.4%和0.6% NaCl處理后核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶/加氧酶的蛋白表達(dá)量顯著上調(diào),通過加強(qiáng)碳代謝活動(dòng),提高植物的光合速率為植物應(yīng)對逆境脅迫提供更多的能量.
葉片在干旱處理后,抗氧性相關(guān)蛋白表達(dá)量顯著上調(diào)[22],以提高植物對逆境的適應(yīng)能力.在0.4%和0.6%NaCl處理后,2個(gè)防御型相關(guān)蛋白表達(dá)量顯著上調(diào),分別為谷氨酰胺合成酶和抗壞血酸過氧化物酶2.其中,谷氨酰胺合成酶起到細(xì)胞防御作用[25].谷氨酰胺合成酶的蛋白表達(dá)量顯著上調(diào),可能是通過增強(qiáng)氮同化以維持植物正常生理代謝.抗壞血酸過氧化物酶2起抗氧化作用,能減緩活性氧對植物的傷害[26].清除類囊體邊緣產(chǎn)生的H2O2,穩(wěn)定光合機(jī)構(gòu)[27].大頭典竹在0.4%和0.6% NaCl脅迫下,壞血酸過氧化物酶2的蛋白表達(dá)量升高,以維持正常的生理代謝,增強(qiáng)自由基清除系統(tǒng)功能,提高植物對鹽的忍耐度.
GO功能分析顯示,鹽脅迫使大頭典竹生命活動(dòng)的細(xì)胞過程和代謝過程受到較大影響.鹽脅迫的危害主要為離子毒害、滲透脅迫等[28].大頭典竹通過滲透調(diào)節(jié),維持離子平衡,緩解滲透脅迫,因此離子結(jié)合功能及催化活性功能的差異蛋白表達(dá)顯著,通過離子結(jié)合以降低離子對生長的脅迫,并通過催化活性提高代謝速率來抵御鹽脅迫.植物處于逆境脅迫時(shí),會(huì)在分子、細(xì)胞及生理水平上產(chǎn)生自我調(diào)節(jié),從而適應(yīng)逆境[29].KEGG代謝通路分析結(jié)果表明,大頭典竹在受到鹽脅迫時(shí),光合作用、碳代謝、乙醛酸和二羧酸代謝等代謝途徑受到顯著影響[30].蛋白質(zhì)之間通過相互作用,直接或間接參與各種代謝通路,從而實(shí)現(xiàn)相互調(diào)節(jié)的目的[31].因此,鹽脅迫對植物代謝通路的影響多達(dá)10條.乙醛酸和二羧酸代謝為機(jī)體提供能量,促進(jìn)植物生長發(fā)育.香蕉、甜高粱等植物受到鹽脅迫時(shí),光合作用途徑、碳代謝、乙醛酸和二羧酸代謝等途徑也受到顯著的影響[18,31],從而影響植物的生長發(fā)育.
大頭典竹在0.4%和0.6% NaCl脅迫下,共鑒定出15個(gè)差異顯著的蛋白.15個(gè)差異蛋白涉及生物過程、分子功能和細(xì)胞組分等方面,KEGG代謝通路參與了10條,以碳代謝作用、乙醛酸和二羧酸代謝為主.0.4%和0.6% NaCl溶液處理的葉綠體PsbP、放氧增強(qiáng)子蛋白1、核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶/加氧酶、谷氨酰胺合成酶、抗壞血酸過氧化物酶2、磷酸甘油酸激酶的蛋白表達(dá)量顯著上調(diào),ATP合酶β亞基蛋白表達(dá)量顯著下調(diào),而ATP合酶α亞基表達(dá)量呈現(xiàn)先上調(diào)后下調(diào)的趨勢.差異蛋白對鹽脅迫的響應(yīng)反映了植物在蛋白功能表達(dá)和代謝途徑上對逆境的協(xié)調(diào)和自適應(yīng),為進(jìn)一步探索大頭典竹的耐鹽機(jī)理提供基礎(chǔ).