李 曄,陳振婭,王瑞麗,沈 榮,危 晴,陳 亮
(1.北京電子科技職業(yè)學(xué)院 生物工程學(xué)院,北京 100176;2.北京理工大學(xué) 生命學(xué)院,北京 100081)
硫酸軟骨素(chondroitin sulfate,CS)是糖胺多糖的一種,是以D-葡萄糖醛酸和2-乙酰氨基-2-脫氧硫酸-D-半乳糖通過β-1,3糖苷鍵相結(jié)合的雙糖為基本單位,聚合而成的一類大分子多糖,雙糖單位數(shù)目一般在50~70個,分子質(zhì)量約在5~50 kDa之間。糖胺多糖作為蛋白聚糖的組成成分,主要分布在細(xì)胞外基質(zhì)和細(xì)胞表面,用來指導(dǎo)很多生物過程,如細(xì)胞增殖、信號傳輸和炎癥介導(dǎo)等[1-3]。
硫酸軟骨素酶(chondrotinase,ChSase)是一類能將糖胺聚糖催化裂解為小分子多糖的酶,ChSase根據(jù)其作用底物的不同分為ChSase ABC、ChSase AC、ChSase B及ChSase C等類型。盡管CS已有很多的藥效,但小分子的CS藥效更為顯著。小分子的硫酸軟骨素(CS),以硫酸軟骨素為主體構(gòu)成的可聚蛋白聚糖在軟骨基質(zhì)中起著一種“分子彈簧”的作用,具有止痛,促進(jìn)軟骨再生的功效,可從根本改善關(guān)節(jié)問題。ChSase ABC還具有緩解視網(wǎng)膜變性[4],提高后肢運動能力[5],降解囊性纖維變性部位的黏液物,緩解突出椎間盤癥狀[6-8]。另外,LEE M C等[9]研究發(fā)現(xiàn),當(dāng)軟骨用ChSase ABC處理后,移植的軟骨細(xì)胞與軟骨創(chuàng)面的黏附能力大大增強。
ChSase ABC分為I和II,ChSase ABC I的晶體結(jié)構(gòu)與ChSase ABC II相似,主要包含三個主要的區(qū)域,N-端區(qū)域有雙層的β-折疊,催化區(qū)域有雙層的(α/α)5的折疊和C-端的反平行β-折疊區(qū)域[10],ChSase ABC I在相同底物的作用下催化效率比ChSase ABC II高,ChSase ABC I的米氏常數(shù)(Km)比ChSase ABC II低,最大反應(yīng)速率(Vmax)比ChSase ABC II高[11]。
ChSase ABC I由997個氨基酸殘基構(gòu)成,ChSase ABC II由990個氨基酸殘基構(gòu)成[11]。通過重原子置換法和多波長反常散射法技術(shù)分析,ChSase ABC I在1.9? 的分辨率下R因子和自由R因子分別為0.157和0.214,具有很好的立體化學(xué)性[12]。ChSase ABC I的N端是由1~210位的氨基酸構(gòu)成的雙層β折疊和一個短的α螺旋,該區(qū)域的氨基酸序列與裂解碳水化合物酶相似,如木聚糖酶和一些凝集素。中間區(qū)域是由211~593位氨基酸構(gòu)成的15個α螺旋,是主要的催化區(qū)域。C端是由594~997位氨基酸構(gòu)成的4個反向平行的β折疊,氨基酸序列與ChSase AC酶的C端有21%的相似性,與肺炎鏈球菌(Streptococcus pneumoniae)的透明質(zhì)酸酶有17%~19%的相似性,ChSase ABC I的C端氨基酸的主要作用是裂解CS A、CS C 和透明質(zhì)酸[13]。
ChSase ABC II的晶體結(jié)構(gòu)與ChSase ABC I非常相似,主要包含3個主要的區(qū)域,N端是由14~170位的氨基酸構(gòu)成的雙層β折疊,且Ca2+結(jié)合在第二和第三個β鏈之間。中間區(qū)域是由171~593位氨基酸構(gòu)成的雙層的(α/α)5折疊,與ChSase AC,透明質(zhì)酸裂解酶,黃原膠裂解酶和肝素酶II相似,有一個與底物結(jié)合區(qū)域。C端是由594~1 014位氨基酸構(gòu)成的4個反向平行的β折疊[12,14]。與ChSase AC結(jié)構(gòu)對比后,推測其活性位點為His454,Tyr461,Arg514和Glu628,同樣通過定點突變實驗驗證了推測結(jié)果[15]。
目前也有許多關(guān)于ChSase ABC的固定化和穩(wěn)定性的研究,但是這些酶大多都是從菌株中分離得到,分離步驟繁瑣,且得到的酶活較低,酶的主要來源為彭氏變形桿菌(Proteus penneri)和溫和氣單胞菌(Aeromonas sobria),酶活為0.3 U/mL和0.9 U/mL[16-20]。目前重組菌構(gòu)建越來越受到關(guān)注,ChSase ABC重組菌也越來越多,但是仍然面臨著許多的困難:一方面通過菌體表達(dá)得到的重組酶,多數(shù)都以包涵體形式表達(dá),再經(jīng)過后續(xù)的包涵體分離純化及復(fù)性,得到的酶量有限。另一方面ChSase ABC的分離純化,常用的是硫酸銨沉淀法,這種方法的成本很高,是制約酶工業(yè)化生產(chǎn)的主要瓶頸。融合蛋白主要由兩部分組成,即功能蛋白和連接肽。功能蛋白為所要融合的具有特定功能活性的原始蛋白,通常結(jié)構(gòu)功能已知,選擇上不存在困難。而連接肽由于其在融合蛋白整體結(jié)構(gòu)中的重要性,在選擇和設(shè)計上需要加以研究思考[21-23],從而確保融合蛋白的整體活性不變[24]。因此,本研究選用兩種連接肽與目的蛋白進(jìn)行融合,首次將來源于普通變形桿菌(Proteus vulgaris)KCTC 2579的ChSase ABC I與麥芽糖結(jié)合蛋白(maltose binging protein,MBP)分別用FFFFF和RRRRR兩種連接肽連接,并克隆到pMAL-c2X載體上,在大腸桿菌(Escherichia coli)BL21(DE3)高效表達(dá),并且利用直連淀粉柱實現(xiàn)了一步純化,并探究了這兩種柔性和剛性連接肽在ChSase ABC I表達(dá)中的影響。為該酶的基因改造提供一種新手段,為酶的性質(zhì)優(yōu)化和工業(yè)化應(yīng)用奠定基礎(chǔ)。
普通變形桿菌(Proteusvulgaris)KCTC2579:韓國KCTC保藏中心;E.coliDH5α、E.coliBL21(DE3)感受態(tài)細(xì)胞:北京博邁德生物技術(shù)有限公司;pMAL-c2x:本實驗室保存;FFFFF、RRRRR:北京普爾普樂生物技術(shù)有限公司合成;Q5TMHigh-Fidelity 2×Master Mix、T4連接酶和所有的限制性內(nèi)切酶:New England Biolabs公司;硫酸軟骨素A(分子質(zhì)量為50 000):南京奧多福尼生物科技有限公司;細(xì)菌全基因組提取試劑盒、質(zhì)粒提取試劑盒、膠回收試劑盒、柱回收試劑盒:美國OMEGA公司;其他試劑均國產(chǎn)分析純。
Proteus vulgarisKCTC 2579采用牛肉膏蛋白胨培養(yǎng)基:牛肉膏提取物0.3%,蛋白胨0.5%,pH值自然,115 ℃滅菌30 min。
大腸桿菌培養(yǎng)采用LB培養(yǎng)基:胰蛋白胨1%,酵母提取物0.5%,NaCl 1%,pH值自然,115 ℃滅菌30 min。
全合成的RRRRR基因序列為:5'-GTCGATGAAGCC CTGAAAGACGCGCAGACTGAGGCTGCCGCAAAGGAA GCGGCAGCGAAAGAGGCGGCCGCAAAAGAGGCAGC GGCGAAAGAAGCTGCGGCCAAGCTCGAGGCCACCAG CAATCCTGCATTTGATCCTAAAAATC-3'
全合成的FFFFF基因序列為:5'-CTGTCGATGAAGC CCTGAAAGACGCGCAGACTGGTGGTGGCGGCAGCGG TGGCGGCGGTAGCGGCGGTGGTGGATCCGGTGGCGG TGGTTCTGGTGGTGGTGGCAGCCTCGAGGCCACCAG CAATCCTGCATTTGATCCTAAAAATCTGAT-3'
1-14K離高速冷凍離心機:美國Sigma公司;MBPTrapHP親和柱(1 mL):美國GE Healthcare公司;HT-400B恒溫培養(yǎng)箱:上海赫田科學(xué)儀器有限公司;ZQZY-78AV搖床:上海知楚儀器有限公司;DYCP-31CN型瓊脂糖凝膠電泳儀:北京六一儀器廠;165-8001蛋白電泳儀:美國伯樂公司。
1.3.1 重組質(zhì)粒pMAL-c2x-FFFFF-ChSase ABC I和pMALc2x-RRRRR-ChSase ABC I的構(gòu)建
將ProteusvulgarisKCTC2579從安培管中接入到牛肉膏蛋白胨培養(yǎng)基,37 ℃靜置培養(yǎng)72 h,菌體12 000 r/min離心1 min,收集菌體,用OMEGA公司細(xì)菌全基因組提取試劑盒提取基因組,以此為模板,并采用Q5TMHigh-Fidelity2×Master Mix對ChSase ABC I進(jìn)行聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(polymerase chain reaction,PCR)擴增。根據(jù)已知的ChSase ABC I基因序列(GenBank:GQ996964.1)設(shè)計PCR引物,ChSase ABC I-F:5'-GCCACCAGCAATCCTGCATTTGATCCTAAA-3',ChSase ABC I-R:5'-AGAGGATCCGAATTCTTATCAAGGGAGTGGCGAGAGTTTGATTTCT-3'。以pMAL-c2x為模板,以MBP-F:CCGTTTAGGTGTTTTCACGA,MBP-R:AGTCTGCGCGTCTTTCAGGG為引物,PCR獲得MBP基因。
以MBP、FFFFF、ChSase ABC I 為模板,MBP-F/ChSase ABC I-R為引物,PCR 擴增得到MBP-FFFFF-ChSase ABC I基因;以MBP,RRRRR,ChSase ABC I 基因為模板,MBP-F/ChSase ABC I-R為引物,PCR擴增得到MBP-RRRRR-ChSase ABC I基因。
將擴增得到的MBP-FFFFF-ChSaseABCI,MBP-RRRRRChSase ABC I和pMAL-c2x基因均用NdeI/EcoRI酶切,酶切后進(jìn)行膠回收。然后用T4DNA連接酶進(jìn)行連接,連接后轉(zhuǎn)化到E.coliDH5α,并進(jìn)行菌落PCR,酶切和測序驗證。
1.3.2 重組酶MBP-FFFFF-ChSase ABC I和MBP-RRRRRChSase ABC I的表達(dá)
將重組質(zhì)粒pMAL-c2x-FFFFF-ChSase ABC I和pMALc2x-RRRRR-ChSase ABC I轉(zhuǎn)化到E.coliBL21(DE3)中,用接種環(huán)挑取一環(huán)菌體接種到預(yù)先滅菌的裝有4 mL LB培養(yǎng)基和100 μg/mL氨芐青霉素的試管中,37 ℃、180 r/min振蕩培養(yǎng)12 h后,作為種子液。按1%的接種量將種子液接到裝液量為50 mL/250 mL含100 μg/mL氨芐青霉素的LB培養(yǎng)基中,37 ℃、180 r/min振蕩培養(yǎng)至對數(shù)生長中期(OD600nm值為0.6左右)。加入一定量異丙基-β-D-硫代半乳糖苷(isopropylbeta-D-thiogalactoside,IPTG)至濃度為0.5 mmol/L,16 ℃、180 r/min誘導(dǎo)表達(dá)20 h。
1.3.3 重組酶MBP-FFFFF-ChSase ABC I和MBP-RRRRRChSase ABC I的純化
將誘導(dǎo)表達(dá)20 h后的菌,6 000 r/min條件下離心6 min,并用適量的水洗菌體。加入適量的Tris-HCl,pH 7.4緩沖液重懸菌體,超聲破碎菌體,超聲條件為:超聲5 s,間歇6 s,超聲功率0.3 kW,破碎總時間為15 min。破碎時要保證低溫破碎。破碎液離心后收集上清,并用0.22 μm濾膜過濾上清,過濾后置于冰上備用,并用十二烷基硫酸鈉-聚丙烯酰胺凝膠電泳(sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis,SDS-PAGE)驗證蛋白大小。按照直鏈淀粉柱的說明書上的一步純化的方法進(jìn)行親和分離純化。
1.3.4 酶活及酶比活測定
重組酶MBP-FFFFF-ChSase ABC I 和MBP-RRRRRChSase ABC I可裂解底物硫酸軟骨素A為4,5-不飽和糖醛酸產(chǎn)物,此產(chǎn)物在232 nm波長處有強烈吸收,故通過在波長232 nm處測定吸光度值,計算重組酶MBP-FFFFF-ChSase ABC I和MBP-RRRRR-ChSase ABC I的酶活[25-26]。蛋白濃度測定采用Bradford法。
PCR擴增得到MBP、ChSase ABC I、MBP-FFFFF-ChSase ABCI和MBP-RRRRR-ChSase ABC I的基因見圖1。已知MBP基因片段的堿基長度為1 173 bp,ChSase ABC I基因片段的堿基長度為3 000 bp,RRRRR基因片段的堿基長度為145 bp,F(xiàn)FFFF基因片段的堿基長度為151 bp。所以可以計算得知,MBP-RRRRR-ChSaseABCI基因片段的堿基長度為4 318 bp,MBP-FFFFF-ChSase ABC I基因片段的堿基長度為4 324 bp。由圖1可知,PCR擴增得到的MBP-FFFFF-ChSase ABC I和MBP-RRRRR-ChSaseABCI的堿基長度與預(yù)期一致,故PCR擴增已成功獲得MBP-FFFFF-ChSase ABC I和MBP-RRRRRChSase ABC I的基因。
圖1 瓊脂糖凝膠電泳驗證PCR結(jié)果Fig.1 Results of PCR verification by agarose gel electrophoresis
連接轉(zhuǎn)化后獲得的陽性轉(zhuǎn)化子,通過提取質(zhì)粒和酶切驗證,用NdeI/EcoRI酶切驗證重組質(zhì)粒pMAL-c2x-FFFFFChSase ABC I和pMAL-c2x-RRRRR-ChSase ABC I,結(jié)果見圖2。由圖2可知,成功獲得5 473 bp和4 318 bp,5 473 bp和4 324 bp的基因片段,表明已成功獲得重組質(zhì)粒pMAL-c2x-FFFFF-ChSase ABC I和pMAL-c2x-RRRRR-ChSase ABC I。測序結(jié)果同樣表明已成功構(gòu)建了重組質(zhì)粒pMAL-c2x-FFFFFChSaseABC I和pMAL-c2x-RRRRR-ChSase ABC I。
圖2 重組質(zhì)粒pMAL-c2x-FFFFF-ChSase ABC I和pMAL-c2x-RRRRR-ChSase ABC I經(jīng)Nde I/EcoR I酶切產(chǎn)物Fig.2 Enzyme-digested product of recombinant plasmids pMALc2x-FFFFF-ChSase ABC I and pMAL-c2x-RRRRRChSase ABC I by Nde I/EcoR I
將重組質(zhì)粒pMAL-c2x-FFFFF-ChSase ABC I和pMALc2x-RRRRR-ChSase ABC I分別轉(zhuǎn)化到E.coliBL21(DE3)中,在相同的條件下誘導(dǎo)表達(dá),結(jié)果見圖3。分別測定蛋白濃度,酶活力和酶比活,結(jié)果見表1。
圖3 重組質(zhì)粒pMAL-c2x-FFFFF-ChSase ABC I裂解底物硫酸軟骨素A后的全掃描圖Fig.3 Full scan of chondroitin sulfate cracked by recombinant plasmid pMAL-c2x-FFFFF-ChSase ABC I
由圖3可知,重組酶MBP-FFFFF-ChSase ABC I和MBPRRRRR-ChSase ABC I可裂解底物硫酸軟骨素A為4,5-不飽和糖醛酸產(chǎn)物,此產(chǎn)物在波長232 nm處有強烈吸收。結(jié)果表明,重組酶MBP-FFFFF-ChSase ABC I已成功表達(dá),同樣方法驗證了重組酶MBP-RRRRR-ChSase ABC I也成功表達(dá)。
表1 重組酶MBP-FFFFF-ChSase ABC I和MBP-RRRRR-ChSase ABC I酶活、蛋白含量及比酶活Table 1 Activities,protein contents and specific enzyme activities of recombinases MBP-FFFFF-ChSase ABC and MBPRRRRR-ChSase ABC I
由表1可知,重組酶MBP-FFFFF-ChSase ABC I的酶活和比酶活分別為716.5 IU/L發(fā)酵液和1.15 IU/mg蛋白,重組酶MBP-RRRRR-ChSase ABC I的酶活和比酶活分別為741.0 IU/L發(fā)酵液和1.13 IU/mg蛋白。剛性連接肽RRRRR的總酶活比柔性連接肽FFFFF的總酶活高。剛性連接肽RRRRR的菌體量、蛋白含量比柔性連接肽FFFFF的高。
SDS-PAGE測定重組酶MBP-FFFFF-ChSase ABC I和MBP-RRRRR-ChSase ABC I的分子質(zhì)量,結(jié)果見圖4。由圖4可知,重組酶MBP-FFFFF-ChSase ABC I和MBP-RRRRRChSase ABC I已在BL21(DE3)中成功表達(dá),并且獲得了可溶性的重組酶MBP-FFFFF-ChSase ABC I和MBP-RRRRRChSase ABC I,上清液基本包含了90%以上的總蛋白。SDSPAGE結(jié)果表明,重組酶MBP-FFFFF-ChSase ABC I和MBPRRRRR-ChSase ABC I的分子質(zhì)量均為130 kDa。
圖4 SDS-PAGE驗證重組酶MBP-FFFFF-ChSase ABC I和MBP-RRRRR-ChSase ABC I分子質(zhì)量Fig.4 Verification of molecular mass of recombinases MBP-FFFFFChSase ABC I and MBP-RRRRR-ChSase ABC I by SDS-PAGE
本研究通過一步親和純化的方法獲得重組酶MBPFFFFF-ChSase ABC I和MBP-RRRRR-ChSase ABC I。采用直連淀粉柱親和MBP實現(xiàn)一步純化,MBP可以與直鏈淀粉結(jié)合,從而吸附在直鏈淀粉柱上,再利用親和力更強的麥芽糖將MBP-HepC融合蛋白洗脫,利用此特性實現(xiàn)重組酶MBP-FFFFF-ChSase ABC I和MBP-RRRRR-ChSase ABC I的親和純化。本研究表明直鏈淀粉柱能夠有效地吸附重組酶MBP-FFFFF-ChSase ABC I和MBP-RRRRR-ChSase ABC,通過一步親和分離純化,目標(biāo)蛋白的純度即可達(dá)95%以上,大大縮減了純化步驟并降低了分離純化成本。
ChSase ABC I的發(fā)展同樣還受到諸多因素的限制,需從以下幾方面入手來改變現(xiàn)狀,首先,需要尋找新型菌株,表達(dá)策略及代謝途徑來實現(xiàn)酶的高效分泌表達(dá),避免后續(xù)的包涵體復(fù)性對酶活性的影響,實現(xiàn)其在工業(yè)化中的應(yīng)用。其次,通過構(gòu)建含有不同標(biāo)簽的融合表達(dá)載體來實現(xiàn)酶快速和高效分離純化。最后,需研究新方法來增強酶的熱穩(wěn)定性,延長酶的保藏時間,如尋找耐熱菌來源的ChSase ABC I等。另外,ChSase ABC I的固定化也是研究的一個重要方面,特別是在醫(yī)藥領(lǐng)域,如何找到能夠承載ChSase ABC I的合適的藥物載體,來協(xié)助其完成特定的藥效功能是亟待解決的問題。
ChSaseABCI是一類能夠?qū)⒘蛩彳浌撬亍④浌撬?、透明質(zhì)酸等糖胺多糖降解為寡糖及不飽和二糖的裂解酶。本研究所用的ChSase ABC I基因來源于Proteus vulgarisKCTC 2579,首次將ChSase ABC I與麥芽糖結(jié)合蛋白分別用FFFFF和RRRRR兩種連接肽連接,并克隆到pMAL-c2x載體上,成功在E.coliBL21(DE3)高效表達(dá)。表達(dá)后重組酶MBP-FFFFFChSase ABC I的酶活和比酶活分別為716.5 IU/L發(fā)酵液和1.15 IU/mg蛋白,重組酶MBP-RRRRR-ChSase ABC I的酶活和比酶活分別為741.0 IU/L發(fā)酵液和1.13 IU/mg蛋白。SDS-PAGE表明MBP-FFFFF-ChSase ABC I和MBP-RRRRRChSase ABC I的分子質(zhì)量均為130 KDa,并且基本都為可溶性蛋白。