張曉慧,羅建民,索曉慧,孫國鋒,劉洪峰,李 靜,牛廣旭
1.河北省邯鄲市中心醫(yī)院血液內(nèi)科,河北 邯鄲 056001;
2.河北醫(yī)科大學(xué)第二醫(yī)院血液內(nèi)科,河北 石家莊 050000;
3.河北省邯鄲市中心醫(yī)院腫瘤內(nèi)科,河北 邯鄲 056001;
4.河北省邯鄲市中心醫(yī)院病理科,河北 邯鄲 056001
細(xì)胞因子信號轉(zhuǎn)導(dǎo)抑制因子1(suppressor of cytokine signaling 1,SOCS1)基因是細(xì)胞因子信號轉(zhuǎn)導(dǎo)抑制因子家族中的重要成員,是一類調(diào)節(jié)細(xì)胞信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路的蛋白,它通過負(fù)反饋調(diào)節(jié)細(xì)胞信號的轉(zhuǎn)導(dǎo)來發(fā)揮生物學(xué)功能。SOCS1被公認(rèn)為抑癌基因,近年多項研究發(fā)現(xiàn),SOCS1的啟動子是位于該基因5’端功能區(qū)的CpG島,它的表觀遺傳學(xué)修飾會導(dǎo)致SOCS1表達(dá)沉默,表達(dá)沉默的SOCS1基因在致癌過程中發(fā)揮重要的作用[1],特別是在造血系統(tǒng)的惡性腫瘤和增殖性疾病中[2]。本研究旨在明確SOCS1基因的甲基化和組蛋白去乙?;率蛊浔磉_(dá)沉默與急性髓系白血?。╝cute myeloid leukemia,AML)發(fā)生、發(fā)展的關(guān)系。
2016年2月—2018年12月邯鄲市中心醫(yī)院血液內(nèi)科和河北醫(yī)科大學(xué)第二醫(yī)院血液內(nèi)科收治的110例AML患者和10名健康志愿者?;颊叩囊话闱闆r見表1。初治(initial treatment,IT)組為AML初次就診未進(jìn)行任何治療的患者,復(fù)發(fā)難治(relapsed/refractory,RR)組為治療后再次復(fù)發(fā)或兩個療程仍未緩解的AML患者,緩解(remission,RE)組為經(jīng)過治療后達(dá)到完全緩解的患者,正常對照組(normal control group,NC)為健康志愿者。AML的診斷和分型按照法國-美國-英國(French-American-British,F(xiàn)AB)標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行,包括M0(2例)、M1(9例)、M2(50例)、M4(36例)、M5(13例)。研究標(biāo)本均取自骨髓單個核細(xì)胞。
從疾病確診之日開始計算生存期,對所有患者采用電話、門診、住院等方式隨訪至2019年8月31日。總生存期(overall survival,OS)定義為患者從確診開始至死亡的日期(月),無事件生存期(event-free survival,EFS)定義為患者從接受治療開始至疾病進(jìn)展、反復(fù)或死亡的日期(月)。完全緩解(complete remission,CR)按照美國國家綜合癌癥網(wǎng)絡(luò)(National Comprehensive Cancer Network,NCCN)評價標(biāo)準(zhǔn)判定。
AML細(xì)胞系U937和THP-1購自美國典型培養(yǎng)物保藏中心(American Type Culture Collection,ATCC)。U937和THP-1細(xì)胞系懸浮培養(yǎng)于含有10%胎牛血清(美國Gibco公司)的RPMI-1640培養(yǎng)液(美國Gibco公司),在37 ℃、CO2體積分?jǐn)?shù)為5%的恒溫培育箱中溫育,每2~3 d換液傳代。
表1 研究對象的一般情況Tab.1 Characteristics of patients
將U937和THP-1細(xì)胞系接種于96孔板中,密度為1×104個細(xì)胞/孔,用不同濃度的去甲基化藥物5-氮雜胞苷(5-azacytidine,5-azaC;美國Sigma公司)和組蛋白去乙?;敢种苿┪鬟_(dá)本胺(美國CSNpharm公司)處理兩種白血病細(xì)胞系,在培養(yǎng)箱中分別培養(yǎng)24、48和72 h,使用酶標(biāo)儀測量波長450 nm處的吸光度(D)值。制作細(xì)胞標(biāo)準(zhǔn)增殖率曲線,最終選取5-azaC 2.0和5.0 μmol/L干預(yù)U937細(xì)胞,干預(yù)THP-1細(xì)胞的濃度為20.0和50.0 μmol/L,西達(dá)本胺干預(yù)U937細(xì)胞和THP-1細(xì)胞的濃度為0.5和1.0 μmol/L,培養(yǎng)時間為48 h。兩藥聯(lián)合時低濃度組和高濃度組中5-azaC和西達(dá)本胺濃度、培養(yǎng)時間均不變。同時設(shè)置空白組和對照組,每次實(shí)驗(yàn)重復(fù)3次。
RNA和DNA均提取自骨髓單個核細(xì)胞或細(xì)胞系,按照反轉(zhuǎn)錄試劑盒說明書[天根生化科技(北京)有限公司]進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄,按照DNA甲基化試劑盒說明書(美國Zymo Research Biotech公司)進(jìn)行基因的甲基化處理。PCR擴(kuò)增條件:50 ℃,2 min;95 ℃,10 min;95 ℃,10 s,60 ℃,20 s,72 ℃,15 s,40個循環(huán);72 ℃,7 min。β-actin為內(nèi)參。ΔΔCt方法分析基因的相對表達(dá)。每次實(shí)驗(yàn)重復(fù)3次。甲基化PCR產(chǎn)物進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳,用溴化乙錠染色并在UV照射下顯現(xiàn)。引物序列見表2。
用冰磷酸鹽緩沖液(phosphate-buffered saline,PBS)洗滌細(xì)胞3次,然后用RIPA緩沖液溶解細(xì)胞。用10%十二烷基硫酸鈉聚丙烯酰胺凝膠電泳(sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis,SDS-PAGE)分離50 μg總蛋白,將裂解物轉(zhuǎn)移到聚偏二氟乙烯(polyvinylidene fluoride,PVDF)膜上。用SOCS1(1∶1 000)、DNMT1(1∶1 000)、DNMT3a (1∶1 000)、HDAC1(1∶1 000)和β-actin(1∶2 000)(美國Cell Signaling Technology公司)的抗體對膜進(jìn)行4 ℃溫育,隨后與二抗共同溫育1 h,洗滌后進(jìn)行膠片顯影。Sicon Image J軟件對其蛋白水平進(jìn)行半定量分析,計算蛋白和內(nèi)參蛋白的相對積分光密度(integral optical density,IOD)值來顯示其相對表達(dá)量。
表2 引物序列Tab.2 Primer sequence
將U937和THP-1細(xì)胞接種在6孔板上,在培養(yǎng)孔中接種濃度為2×105個/mL的細(xì)胞。抑制DNMT1基因的小干擾RNA(DNMT1-siRNA)序列為:5’-GGGAGAAAUUAAACUUACUTT-3’和5’-AGUAAGUUUAAUUUCUCCCTT-3’。用不靶向任何基因的siRNA序列作為干擾序列對照。培養(yǎng)孔中加入DNMT1-siRNA和Lipofectamine RNAiMax(美國Invitrogen公司),37 ℃共同溫育48 h,同時設(shè)置空白對照孔。
在IT組和RR組中SOCS1 mRNA的相對表達(dá)量顯著低于RE組和NC組(P<0.05),RR組中的表達(dá)低于IT組,但差異無統(tǒng)計學(xué)意義(P>0.05,圖1)。AML IT組中SOCS1基因甲基化者有24例(48%,24/50),RR組中有8例(80%,8/10),而在RE組和NC組均為非甲基化狀態(tài)甲基化率為0%(0/50)和0%(0/10),SOCS1基因甲基化率在IT組和RR組中顯著高于RE組和NC組(圖2)。
圖1 SOCS1基因mRNA的相對表達(dá)水平Fig.1 Relative expression of SOCS1 mRNA in IT,RR,RE and NC groups
圖2 SOCS1基因甲基化狀態(tài)Fig.2 SOCS1 gene methylation status in IT,RR,RE and NC groups
DNA甲基轉(zhuǎn)移酶1(DNA methyltransferase1,DNMT1)和DNMT3a及組蛋白去乙?;?(histone deacetylase 1,HDAC1)的mRNA在AML IT組和RR組中表達(dá)顯著高于RE組和NC組(P<0.05)。IT組和RR組中表達(dá)差異均無統(tǒng)計學(xué)意義,RE組和NC組中表達(dá)差異均無統(tǒng)計學(xué)意義(圖3)。
圖3 DNMT1,DNMT3a and HDAC1 mRNA的相對表達(dá)水平Fig.3 mRNA relative expressions of DNMT1,DNMT3a and HDAC1
AML IT組和RR組中SOCS1蛋白相對表達(dá)量比RE組和NC組顯著減少(P<0.05),而DNMT1、DNMT3a和HDAC1蛋白相對表達(dá)量在RE組和NC組顯著低于IT組和RR組(P<0.05,圖4)。
將AML IT根據(jù)有無SOCS1的甲基化分為甲基化組和非甲基化組,分別檢測兩組患者CR、EFS和OS的差異。SOCS1甲基化組中治療后CR明顯低于非甲基化組(P<0.05),但兩組間EFS和OS差異無統(tǒng)計學(xué)意義(P>0.05,圖5)。
隨著5-azaC和西達(dá)本胺濃度的增加,SOCS1 mRNA的表達(dá)量逐漸增加,各組間差異均有統(tǒng)計學(xué)意義(P<0.05)。5-azaC干預(yù)后U937和THP-1細(xì)胞株中SOCS1基因甲基化條帶逐漸減弱,非甲基化條帶逐漸增強(qiáng),由完全甲基化狀態(tài)轉(zhuǎn)變?yōu)橥耆羌谆癄顟B(tài)(圖6)。
5-azaC處理白血病細(xì)胞系后,SOCS1基因mRNA表達(dá)增多,DNMT1、DNMT3a表達(dá)較無藥物處理組明顯下降(P<0.05);西達(dá)本胺處理白血病細(xì)胞系后,SOCS1基因mRNA表達(dá)同樣升高,HDAC1表達(dá)較無藥物處理組明顯下降(P<0.05),而在同時有5-azaC和西達(dá)本胺的處理組,SOCS1基因較同濃度單藥組升高更加明顯(P<0.05),且DNMT1、DNMT3a、HDAC1表達(dá)均較同濃度單藥組下降更加明顯(P<0.05,圖7)。
圖4 蛋白相對水平Fig.4 Relative level of protein
圖5 SOCS1甲基化對AML患者CR、EFS和OS預(yù)后的影響Fig.5 The prognostic value of SOCS1 methylation for CR,EFS and OS among AML patients
圖6 藥物處理后SOCS1的改變Fig.6 Changes of SOCS1 after drug treatment
5-azaC對U937和THP-1細(xì)胞株的半數(shù)抑制濃度(the half maximal inhibitory concentrations,IC50)分別為0.92和13.65 μmol/L;西達(dá)本胺對U937和THP-1細(xì)胞系的IC50分別為0.17和0.42 μmol/L;兩藥組對U937(5-azaC∶西達(dá)本胺為4∶1配制)和THP-1(5-azaC∶西達(dá)本胺chidamide為40∶1配制)細(xì)胞系的IC50分別為5-azaC 0.85 μmol/L、西達(dá)本胺0.21 μmol/L和5-azaC 11.25 μmol/L、西達(dá)本胺0.28 μmol/L。隨著5-azaC和西達(dá)本胺濃度的增加,兩種白血病細(xì)胞系U937和THP-1的增殖率逐漸下降,隨藥物處理時間的延長,細(xì)胞增殖率也在逐漸下降(圖8~9)。
U937和THP-1細(xì)胞系轉(zhuǎn)染入DNMT1-siRNA后,細(xì)胞內(nèi)DNMT1基因mRNA和蛋白的表達(dá)均較前下降,而SOCS1基因mRNA和蛋白的表達(dá)均明顯升高。白血病細(xì)胞增殖曲線隨轉(zhuǎn)染時間推移開始逐漸上升(圖10~11)。
圖7 AML細(xì)胞系中表觀遺傳學(xué)相關(guān)基因表達(dá)的變化Fig.7 Changes of epigenetic gene expression in AML lines
圖8 藥物干預(yù)AML細(xì)胞系后增殖率濃度的變化Fig.8 Cell viability of AML cell lines after demethylation treatment
圖9 AML細(xì)胞系增殖曲線Fig.9 Cell proliferation curves of AML cell lines
圖10 AML細(xì)胞系轉(zhuǎn)染DNMT1-siRNA后SOCS1、DNMT1基因變化Fig.10 Changes of SOCS1 and DNMT1 gene expressions in AML lines transfected with DNMT1-siRNA
圖11 轉(zhuǎn)染DNMT1-siRNA后AML細(xì)胞系的增殖曲線Fig.11 Cell proliferation curves of AML lines transfected with DNMT1-siRNA
在腫瘤的發(fā)生過程中,細(xì)胞表觀基因組發(fā)生了關(guān)鍵性的改變,表觀遺傳學(xué)修飾僅改變基因的表達(dá)但不影響基因序列,意味著基因表觀遺傳學(xué)修飾與癌癥的發(fā)生、發(fā)展密切相關(guān)[3-5]?;蛲蛔儼ㄒ职┗蚝桶┗虻耐蛔儯蠖枷蚣?xì)胞增殖失控的方向傾斜。表觀遺學(xué)修飾更為復(fù)雜,主要包括DNA甲基化、組蛋白去乙?;⑷旧|(zhì)重塑和非編碼RNA[6]。其中抑癌基因啟動子區(qū)CpG島的甲基化和組蛋白去乙?;谀[瘤的發(fā)生過程中發(fā)揮了關(guān)鍵性的作用[7-8]。
SOCS1被公認(rèn)為抑癌基因,在肝細(xì)胞癌中甲基化發(fā)生率高達(dá)39%~60%,且與肝癌的淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移及疾病進(jìn)展相關(guān)[9]。SOCS1的甲基化還發(fā)生于其他腫瘤性疾病中,例如61%的子宮頸癌[10],45%的食管鱗狀細(xì)胞癌[11],40%的肝母細(xì)胞癌[12]等。隨后,在胃腸道腫瘤、胰腺腫瘤等疾病中都相繼有SOCS1基因被高度甲基化的研究報道。Kim等[13]在對宮頸癌的研究中發(fā)現(xiàn),SOCS1的表達(dá)沉默不僅與其啟動子區(qū)的甲基化有關(guān),同時還發(fā)現(xiàn)與基因的組蛋白去乙?;嘘P(guān),用組蛋白去乙酰化酶抑制劑處理后,SOCS1的表達(dá)明顯增高,可抑制腫瘤細(xì)胞的增殖[14]。
最近的研究[15-17]表明,SOCS1可上調(diào)多發(fā)性骨髓瘤、乳腺癌和前列腺癌中微小RNA的表達(dá),進(jìn)一步驗(yàn)證了SOCS1作為腫瘤抑制基因的作用。本研究也發(fā)現(xiàn),在AML的發(fā)生中SOCS1的甲基化、組蛋白去乙?;l(fā)揮重要的作用。在疾病初治組和復(fù)發(fā)難治組中SOCS1基因的甲基化(甲基化率為48%和80%)導(dǎo)致mRNA和蛋白的表達(dá)減少,SOCS1基因的甲基化與該基因的表達(dá)呈負(fù)相關(guān)。同時,DNMT1、DNMT3a和HDAC1隨之升高,與SOCS1甲基化率及表達(dá)減低趨勢一致,提示DNMT1、DNMT3a和HDAC1基因可能參與了SOCS1表觀遺傳學(xué)修飾的過程,致使SOCS1基因表達(dá)沉默。而在RE和NC中,SOCS1基因均為非甲基化狀態(tài)且其mRNA和蛋白的表達(dá)量均較高,且在初治AML患者中SOCS1非甲基化組CR明顯高于甲基化組,但兩組間EFS和OS無顯著性差異,說明SOCS1基因的表觀遺傳學(xué)改變與白血病的診斷、治療緩解有相關(guān)性。
本實(shí)驗(yàn)對AML細(xì)胞系U937和THP-1進(jìn)行了去甲基化和抑制基因組蛋白去乙?;难芯?,用去甲基化藥物5-氮雜胞苷干預(yù)兩種AML細(xì)胞系后,發(fā)現(xiàn)SOCS1基因由原本的甲基化狀態(tài)轉(zhuǎn)變?yōu)榉羌谆癄顟B(tài),mRNA和蛋白表達(dá)均顯著升高,呈藥物濃度依賴性,組蛋白去乙酰化抑制劑西達(dá)本胺干預(yù)兩種細(xì)胞系后,SOCS1基因表達(dá)也出現(xiàn)升高,甲基化相關(guān)基因DNMT1、DNMT3a和HDAC1的mRNA和蛋白相對表達(dá)量逐漸減少,而腫瘤細(xì)胞的增殖率隨之下降。本研究發(fā)現(xiàn),在同時有5-氮雜胞苷和西達(dá)本胺的處理組,SOCS1基因表達(dá)升高程度更加明顯,對DNMT1、DNMT3a、HDAC1基因的抑制作用更強(qiáng)。同時應(yīng)用去甲基化藥物和組蛋白去乙?;种苿?,可明顯抑制腫瘤細(xì)胞的生長。將可干擾DNMT1基因表達(dá)的小干擾RNA轉(zhuǎn)染入U937和THP-1細(xì)胞系內(nèi),研究發(fā)現(xiàn),隨著DNMT1基因表達(dá)受到抑制,SOCS1基因mRNA和蛋白表達(dá)均顯著升高,而AML細(xì)胞系增殖受到抑制。DNMT1基因敲除使SOCS1基因啟動子甲基化減弱,上調(diào)了SOCS1的表達(dá),抑制了腫瘤細(xì)胞的生長。提示在AML中,通過抑制SOCS1基因的表觀遺傳學(xué)修飾以提高該基因表達(dá)可以起到抑制腫瘤發(fā)展促進(jìn)腫瘤細(xì)胞凋亡的作用。
因此,本研究證實(shí),SOCS1作為AML診斷、治療緩解和預(yù)后的標(biāo)志物具有一定的可靠性和特異性?;謴?fù)或提高SOCS1表達(dá)的方法或許可作為抗癌療法[18-19],但在其他種類的腫瘤中SOCS1是否均發(fā)揮抑癌作用,仍需要通過對不同種類腫瘤的研究來進(jìn)一步證實(shí)。