孫滔

新冠病毒的單倍型網(wǎng)絡(luò)。藍色代表 L 亞型，紅色代表 S 亞型。橙色箭頭表示 L 亞型是從 S 亞型演變而來的

《國家科學(xué)評論》（NSR）發(fā)表題為《關(guān)于 SARS-CoV-2 的起源和持續(xù)進化》研究稱，新冠病毒已經(jīng)演化出 L 和 S 兩個亞型，并且這兩種亞型的傳播能力、致病嚴重程度或許存在明顯區(qū)別。

研究發(fā)布后，媒體紛紛以 “新冠病毒已突變?yōu)?2 個亞型” 等字眼報道，似乎新冠病毒已經(jīng)突變產(chǎn)生了新的威脅。事實上，病毒突變符合正常流行病學(xué)規(guī)律，目前研究也沒有發(fā)現(xiàn)病毒產(chǎn)生重組，那么就不應(yīng)該引起人們無端恐慌?！秶铱茖W(xué)評論》發(fā)表的這項研究是一個針對基因分型的研究，并沒有確證新冠病毒產(chǎn)生了功能的分型，對其傳染力和毒性的比較也只是猜測。

經(jīng)多方了解發(fā)現(xiàn)，對于一個 3 萬堿基對大小的 RNA 病毒來說，數(shù)月來的大規(guī)模傳播過程中累積產(chǎn)生 149 個突變并非意外。相反，業(yè)內(nèi)認為新冠病毒還是比較穩(wěn)定的。

新冠病毒并沒有質(zhì)的突變

突變對于病毒來說是“家常便飯”，尤其是對于新冠病毒這類 RNA 病毒更是如此。新冠病毒在宿主中快速復(fù)制、傳播過程中，隨機突變（即拷貝 RNA 時的錯誤）會在基因組中累積。這種隨機突變可以幫助追蹤病原體的傳播，并了解其傳播途徑和動態(tài)。

《國家科學(xué)評論》論文的通訊作者系北京大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院生物信息中心陸劍研究員與中國科學(xué)院上海巴斯德研究所崔杰研究員。他們分析了公共數(shù)據(jù)庫里的 103 個新冠病毒基因組數(shù)據(jù)，發(fā)現(xiàn)這些病毒株一共存在 149 個突變位點，且多數(shù)突變在近期發(fā)生。

研究人員依據(jù)病毒 RNA 基因組的第 28144 位點將這些基因組數(shù)據(jù)分為 2 個組，L 亞型是 T 堿基（對應(yīng)亮氨酸，Leu），S 亞型是 C 堿基（對應(yīng)絲氨酸，Ser）。并得出 S 亞型新冠病毒與蝙蝠來源的冠狀病毒在進化樹上更接近，即 S 亞型相對更古老的結(jié)論。

作者表示，相對于 S 亞型，L 亞型更具毒性，傳染力更強。論文稱，這個推斷將有助于新冠肺炎的差異化的治療和防控。復(fù)旦大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院姜寧博士表示，這個研究只是針對基因組上的突變分型，要說 2 個亞型在功能上有區(qū)別的話，至少現(xiàn)在是證據(jù)不足的，還需要進一步的功能驗證。因為這種區(qū)別是很多原因造成的，單純從目前的證據(jù)得不出 2 個亞型傳染力強弱區(qū)分的結(jié)論。

對于新冠病毒這類 RNA 病毒來說，最需要關(guān)注的特性就是傳染力和毒性，目前還沒有看到兩者發(fā)生了質(zhì)的突變。姜寧表示，2 個亞型的比較只是一個猜測，需要實驗來驗證，要知道生物信息學(xué)的分析都需要實驗來驗證。但是這個推測是有意義的，應(yīng)該引起注意或者引起重視。

中國科學(xué)院西雙版納熱帶植物園郁文彬等人的論文將 93 份樣本基因組數(shù)據(jù)分為 ABCDE 等 5 個組。其中 A、B 組對應(yīng)《國家科學(xué)評論》論文中的 S 亞型，C、D、E 對應(yīng)《國家科學(xué)評論》論文中的 L 亞型

論文顯示，從武漢分離出的 27 種病毒中，有 26 種（96.3%）為 L 亞型，只有 1 種（3.7%）為 S 亞型。但是，在武漢以外地區(qū)分離出的其他 73 種病毒中，L 亞型為 45 種（61.6%），S 亞型為 28 種（38.4%）。 L 亞型在武漢暴發(fā)的早期階段更為普遍，作為祖先型的 S 亞型幾乎完全被 L 亞型取代，而 L 亞型的發(fā)生頻率在 2020 年 1 月初后有所下降，隨著時間推移，S 亞型又逐漸上升。

作者認為，人為干預(yù)可能對 L 亞型施加了更大的選擇性壓力，使其傳染能力更強，復(fù)制速度更快。另一方面，隨著醫(yī)療和隔離措施的加強，L 亞型的負選擇壓力變大，S 亞型選擇壓力變?nèi)?，所?S 亞型頻率逐漸上升。對于病毒不同亞型與其致病性的關(guān)系，作者表示本可通過把基因組數(shù)據(jù)和病例結(jié)合起來分析，從而加強證據(jù)等級。但由于無法得到患者資料，也就無法得到更多基因組數(shù)據(jù)。

與西雙版納植物園研究異曲同工

據(jù)了解，中國科學(xué)院西雙版納熱帶植物園郁文彬等人的論文（下稱 ChinaXiv 論文）正在同行評議中。ChinaXiv 論文和《國家科學(xué)評論》論文有相似之處。其一，都是依據(jù)目前公開的新冠病毒基因組數(shù)據(jù)庫。只是前者用了 93 份樣本，后者用了 103 份樣本。其二，都對基因組樣本進行了基因分型。前者關(guān)注的是新冠病毒的傳播特性，分為 ABCDE 等 5 個組;后者依據(jù)突變位點將樣本分為 2 個組。

有學(xué)者指出，兩個研究在確定古老基因型的方法和數(shù)據(jù)上差別不大，差異在于研究的目標。ChinaXiv 論文的硬傷在于將新冠病毒溯源作為目標之一，而目前武漢新冠病毒樣本的缺陷很容易導(dǎo)致結(jié)論偏倚。因為最大疫情暴發(fā)地的武漢病毒樣本數(shù)據(jù)太少，而確診病例少得多的其他國家和省份卻數(shù)據(jù)更多。而《國家科學(xué)評論》論文并沒有將新冠病毒溯源作為研究目標，這就讓它避免了有關(guān)樣本缺陷導(dǎo)致的批評。

在《國家科學(xué)評論》論文中提到，2020 年 1 月 7 日之前分離出的 26 個樣本全部來自武漢，而 2020 年 1 月 7 日以來收集的 74 個樣本中，只有一個來自武漢，33 個來自中國其他地方，40 個來自中國以外的患者。值得注意的是，這里的樣本只有100個，是因為有2個樣本不符合兩個亞型分類而未計入，另有一個患者的樣本同時具備L和S兩個亞型。這與 ChinaXiv 論文的樣本分析接近?！秶铱茖W(xué)評論》論文作者也表示，103 個病毒株基因組數(shù)據(jù)量較少，后續(xù)工作需要擴大樣本量，以驗證這些結(jié)論或推測。

有學(xué)者指出，ChinaXiv 論文和《國家科學(xué)評論》論文用的分析方法是傳統(tǒng)的植物系統(tǒng)進化和分類研究方法，或者是基因組比較大的樣本研究，而這些研究的基因組大小和新冠病毒不是一個等級的。這樣的話，“這個進化分析結(jié)果的穩(wěn)健性是值得進一步分析確認的”。（摘自美《深科技》）（編輯/小文）