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        稀有鮈鯽熱休克因子1的分子克隆與表達(dá)分析

        2020-04-23 06:16:16張夕梅
        淡水漁業(yè) 2020年2期
        關(guān)鍵詞:進(jìn)化樹休克克隆

        張夕梅,黃 宇,劉 堰

        (西南大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院淡水魚類資源與生殖發(fā)育教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,重慶 400716)

        熱休克因子1(heat shock factor 1,HSF1)是熱休克反應(yīng)中最重要的調(diào)節(jié)因子,它與熱休克基因相應(yīng)的啟動子結(jié)合,介導(dǎo)基因轉(zhuǎn)錄并促進(jìn)HSPs的表達(dá)[1]。水生生物HSF1的重要性在于它不僅受高溫誘導(dǎo),還受氧化劑、重金屬和病原體的影響。Wang等[2]首次克隆了橙斑石斑魚(Epinepheluscoioides)的HSF1同種型,并研究了熱應(yīng)激、免疫刺激和病毒感染后的轉(zhuǎn)錄變化。后續(xù)研究克隆了硬骨魚類如斑馬魚(Daniorerio),虹鱒(Rainbowtrout)和金魚(Carassiusauratus)的HSF1[3-5]。但HSF1在稀有鮈鯽(Gobiocyprisrarus)中的研究還未見報道。

        稀有鮈鯽作為我國特有的鯉科類,具有體型小,養(yǎng)殖容易,生命周期短,繁殖力強(qiáng)等特點(diǎn),是毒理學(xué)研究的本土模式生物[6]。目前,稀有鮈鯽被用于多種分泌干擾物如多雙酚A、有機(jī)磷阻燃劑、孕激素、五氯酚等的毒理學(xué)研究。

        五氯酚(pentachlorophenol,PCP)是一種典型的不易氧化和水解的環(huán)境污染物[7-8],PCP及其鈉鹽使用范圍廣,美國環(huán)境保護(hù)署將其列為優(yōu)先檢測污染物和潛在的致癌物,也是我國優(yōu)先監(jiān)測的環(huán)境污染物之一[9]。

        實(shí)驗(yàn)室前期曾對PCP暴露下稀有鮈鯽肝臟中HSP90及HSP70的表達(dá)進(jìn)行了研究,發(fā)現(xiàn)HSP90、HSP70對PCP較為敏感,提示這兩種HSPs能作為PCP的生物標(biāo)志物[9-10]。后續(xù)的研究也證明了HSP70,HSP90能作為環(huán)境污染物的標(biāo)志物[11-13],然而HSF1作為調(diào)節(jié)HSP70、HSP90等熱休克蛋白的轉(zhuǎn)錄因子,對于環(huán)境污染物的評估作用研究較少。已有研究指出鎘脅迫后能夠增加香魚(Plecoglossusaltivelis)肝、心和肌肉中HSF1基因表達(dá)量,降低脾、腎和鰓中HSF1的表達(dá)量,表明HSF1能夠參與香魚鎘脅迫應(yīng)激反應(yīng),作為鎘污染的生物標(biāo)志物[14]。HSF1除了作為鎘等重金屬的生物標(biāo)志物外,當(dāng)對暴露于納米材料的斑馬魚胚胎進(jìn)行基因組分析后發(fā)現(xiàn),納米材料也會誘導(dǎo)HSF1的表達(dá)量,提示HSF1能夠作為納米材料污染物的生物標(biāo)記物[15]。因此本研究表征了稀有鮈鯽的熱休克因子1(GrHSF1),并檢測了GrHSF1的組織表達(dá)以及溫度和內(nèi)分泌干擾物PCP暴露對其mRNA表達(dá)的影響,為GrHSF1對環(huán)境污染物PCP的評估作用奠定了理論基礎(chǔ)。

        1 材料與方法

        1.1 實(shí)驗(yàn)動物

        稀有鮈鯽種魚購于中國科學(xué)院武漢水生生物研究所,在本實(shí)驗(yàn)室飼養(yǎng)繁殖超過8年,光照周期為白晝∶黑夜=12 h∶12 h,水溫控制在23~25 ℃,全部喂養(yǎng)鹽水孵化的豐年蟲,實(shí)驗(yàn)用魚為孵化45 d的幼魚。實(shí)驗(yàn)前以連續(xù)曝氣24 h的自來水[DO>5 mg/L,pH:(7.6±1.5),總硬度為(7.8±0.7)dH,水溫(25±2)℃]馴化喂養(yǎng)2周。

        1.2 主要試劑

        試劑:五氯酚(PCP,純度99%),二甲基亞砜(DMSO,色譜純),17α-乙炔基雌二醇(EE2,純度>98%)購自Sigma;Total RNA 提取試劑(DP419),Prime Script?RT reagent kit with gDNA Eraser,SYBR?Premix Ex TaqTM Ⅱ購自Takara;其他試劑均為國產(chǎn)分析純。PCP和EE2母液以DMSO為共溶劑在蒸餾水中制備,濃度為1 mg/mL,4 ℃保存。

        1.3 實(shí)驗(yàn)方法

        1.3.1 分子克隆

        基于NCBI上稀有鮈鯽相近物種的HSF1氨基酸序列信息,在HSF1保守區(qū)域設(shè)計(jì)兩個簡并引物(HSF1-F,HSF1-R)(表1),由上海Invitrogen公司合成。PCR產(chǎn)物通過1%瓊脂糖凝膠電泳并觀察。通過膠回收試劑盒回收核心片段,亞克隆到pMD19-T載體中,并測序。基于獲得的核心片段設(shè)計(jì)兩對基因特異性引物(HSF1-F1,HSF1-F2,HSF1-R1,HSF1-R2)(表1)。根據(jù)SMARTerTM RACE cDNA擴(kuò)增試劑盒(Clontech,USA)的方案分別合成5′和3′ cDNA模板,選擇巢式PCR反應(yīng)擴(kuò)增以延伸5′/3′GrHSF1 cDNA序列,于-20℃保存。

        1.3.2 序列分析

        通過DNAMAN拼接序列全長,通過ProtParam工具(http://web.expasy.org/protparam/),計(jì)算分子量、理論pI和氨基酸組成;通過ClustalX1.83和SMART軟件對稀有鮈鯽的HSF1序列進(jìn)行多重比對、蛋白質(zhì)基序特征預(yù)測和域結(jié)構(gòu)分析;通過保守域結(jié)構(gòu)檢索工具(CDART)、保守域數(shù)據(jù)庫(CDD)以及NCBI檢測了稀有鮈鯽HSF1的保守結(jié)構(gòu)域?;贕rHSF1和公共數(shù)據(jù)庫中其他已知HSF1的氨基酸序列。使用鄰接法通過MEGA 7.0構(gòu)建了系統(tǒng)發(fā)育樹。

        表1 引物序列Tab.1 Sequences of primers in this research

        核苷酸代碼:Y=C/T;R=A/G;N=A/C/G/T;M=A/C;S=G/C

        1.3.3 暴露實(shí)驗(yàn)

        基于PCP對稀有鮈鯽七天亞毒性實(shí)驗(yàn)[16]以及實(shí)驗(yàn)室前期研究,設(shè)置4個PCP處理組(n=10)濃度分別為8、16、80、160 μg/L,一個DMSO溶劑對照組(n=10)(0.001% DMSO,v/v),以及一個陽性對照組(n=10)(EE2,50 ng/L),全部進(jìn)行7 d的PCP暴露處理;另取五組,一組(n=50)暴露于80 μg/L PCP不同時間(0、0.5、1、3、5、7 d),另四組(n=10)分別置于不同溫度(4、10、25、37 ℃)的培養(yǎng)箱中7 d,所有暴露體系均在10 L玻璃缸中進(jìn)行,每個濃度進(jìn)行兩次重復(fù)實(shí)驗(yàn)。采用半靜態(tài)水體暴露方法,每天更換一半體積暴露水,再補(bǔ)加暴露試劑至原濃度。每天喂食孵化的豐年蟲兩次。

        1.3.4GrHSF1的組織分布及暴露實(shí)驗(yàn)對肝臟HSF1表達(dá)的影響檢測

        從8條未經(jīng)處理的健康魚中收集血液、皮膚、鰾、鰭、脾、肝、性腺、鰓、腎、肌肉、腦、心臟和腸,將樣品在液氮中快速冷凍,然后在-80 ℃下保存,通過RT-PCR分析。

        處理組的稀有鮈鯽經(jīng)PCP暴露7 d后,將稀有鮈鯽通過冰浴麻醉,迅速解剖取出肝臟。每個處理組中的4條魚的肝臟分別收集于一個離心管中作為一個樣品用于RT-PCR,每處理組各兩個樣品,每個樣品進(jìn)行3次重復(fù)檢測。

        使用β-actin作為內(nèi)參基因,Real-time PCR的正向和反向引物列于表1。反應(yīng)條件為95 ℃保持30 s進(jìn)行預(yù)變性,40個循環(huán):95 ℃ 20 s,61 ℃ 45 s,72 ℃ 1 min,最后一個循環(huán)結(jié)束后繪制溶解曲線,所有樣品進(jìn)行三次檢測.各基因的相對表達(dá)量用2-△△Ct表示,擴(kuò)增達(dá)到熒光閾值時的PCR循環(huán)次數(shù),記作Ct值.

        1.4 統(tǒng)計(jì)方法

        使用SPSS統(tǒng)計(jì)軟件22.0進(jìn)行數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)分析,所有定量數(shù)據(jù)均表示為平均值±SEM;以GraphPad prism 7.0繪圖,P<0.05表示差異顯著,P<0.01表示差異極顯著。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 稀有鮈鯽HSF1基因的cDNA全長克隆

        結(jié)果如圖1所示,HSF1基因核心片段長度為480 bp(圖1A),5′和3′片段長度分別為879 bp(圖1B)和859 bp(圖1C)。運(yùn)用DNAMAN對核苷酸序列進(jìn)行拼接得到1條2 144 bp 的全長cDNA,包含一個1 581 bp的開放閱讀框,編碼527個氨基酸;以poly(A)尾截止的296 bp的3′-非編碼區(qū)(UTR)和位于起始密碼子(ATG)上游的119 bp的5′-UTR;分子量為58.4 kDa;等電點(diǎn)4.88;不穩(wěn)定指數(shù)為52.2,表明蛋白質(zhì)不穩(wěn)定。將其命名為GrHSF1,并將該序列提交到GenBank(Accession No.MK588748)。

        圖1 GrHSF1 PCR產(chǎn)物瓊脂糖凝膠電泳圖Fig.1 Electrophoresis of HSF1 from G.rarus amplification by PCRM:DL2000 DNA 標(biāo)準(zhǔn)品;A:GrHSF1核心片段;B:3′ RACE 擴(kuò)增片段;C:5′ RACE 擴(kuò)增片段

        2.2 稀有鮈鯽HSF1推導(dǎo)氨基酸序列多重比對及相似率分析

        運(yùn)用ClustalX 1.83序列比對軟件將稀有鮈鯽HSF1基因編碼的氨基酸序列與其它魚類HSF1基因所編碼的氨基酸序列進(jìn)行比對,發(fā)現(xiàn)稀有鮈鯽HSF1基因所編碼的氨基酸與其他魚類所編碼的HSF1氨基酸序列相似度高(圖2),稀有鮈鯽HSF1基因所編碼的氨基酸與草魚、鱇白魚、斑馬魚、鯽和墨西哥脂鯉所編碼的氨基酸相似性分別為95%、92%、84%、89%和74%.GrHSF1氨基酸序列相對保守,通過NCBI的CDD進(jìn)行的序列分析顯示,保守區(qū)域具有位于殘基17-121位的HSF-DNA結(jié)合超家族,位于殘基75-185位的轉(zhuǎn)移酶超家族及位于殘基247-527位的脊椎動物熱休克轉(zhuǎn)錄因子。

        2.3 稀有鮈鯽HSF1系統(tǒng)進(jìn)化樹分析

        用Clustal X和Mega 7.0的比鄰法建立系統(tǒng)進(jìn)化樹,用1000組復(fù)制抽樣分析,獲得GrHSF1氨基酸序列的系統(tǒng)進(jìn)化樹(圖3)。系統(tǒng)進(jìn)化樹包括稀有鮈鯽(Gobiocyprisrarus,MK588748),草魚(Ctenopharyngodonidella,ALK27859.1),斑馬魚(Daniorerio,NP_001300665.1),鯉(Carassiusauratus,AHN60082.1),虹鱒(Oncorhynchusmykiss,BAD10988.1),西洋鮭(Salmosalar,XP_01399 8218.1),食蟹獼猴(Macacafascicularis,XP_015 310862.1),斑馬擬麗魚(Maylandiazebra,XP_012 778243.1),慈鯛(Pundamilianyererei,XP_0137 69204.1),青鳉(Oryziaslatipes,XP_023815376.1),馬鹿(Cervuselaphushippelaphus,OWK04209.1),智人(Homosapiens,NP_005517.1),黑猩猩(Pantroglodytes,NP_001266850.1),老鼠(Musmusculus,AAH94064.1),牛(BosTaurus,NP_0010702 77.1)等的HSF1,系統(tǒng)進(jìn)化樹顯示GrHSF1與草魚的HSF1聚為一支,親緣性較近,之后與其它魚類聚為一支,與黑猩猩、老鼠、智人等哺乳動物的HSF1親緣性較遠(yuǎn)。

        2.4 GrHSF1在稀有鮈鯽各組織的分布

        用RT-PCR技術(shù)檢測了稀有鮈鯽體內(nèi)各組織中GrHSF1的表達(dá)狀況,發(fā)現(xiàn)GrHSF1在稀有鮈鯽血液、腦、性腺、鰓、心臟、肝臟、脾、肌肉、皮膚、鰾、腸和腎等12個組織中有表達(dá)(圖4),其中在肝臟中表達(dá)量最高,在血液、性腺和腦中也有較高的表達(dá),而在其余組織中表達(dá)量較少。

        2.5 PCP對稀有鮈鯽HSF1表達(dá)的影響

        稀有鮈鯽幼魚在不同濃度PCP暴露7 d后,檢測各處理組中稀有鮈鯽肝臟GrHSF1 mRNA的表達(dá)情況,實(shí)驗(yàn)結(jié)果如圖5(A)所示,GrHSF1 mRNA的表達(dá)量隨著PCP濃度的升高而增加,呈現(xiàn)出劑量依賴效應(yīng);稀有鮈鯽幼魚在80 μg/L PCP下暴露不同的時間后,檢測各個實(shí)驗(yàn)組用魚肝臟中GrHSF1 mRNA的表達(dá)情況,實(shí)驗(yàn)結(jié)果如圖(5B)所示,GrHSF1 mRNA的表達(dá)量隨著時間的推移而增加,呈現(xiàn)出時間依賴效應(yīng);而在熱激條件下,GrHSF1 mRNA的表達(dá)隨著溫度的升高或降低而降低,高溫對其表達(dá)的影響更為明顯(圖5C)。

        圖2 稀有鮈鯽HSF1基因預(yù)測氨基酸序列的多重比對Fig.2 Multiple sequence alignment of predicted GrHSF1陰影背景為高度保守的一致序列。HSF1的GenBank登錄號如下:GrHSF1(Gobiocypris rarus;MK588748),CiHSF1(Ctenopharyngodon idella ALK27859.1),AgHSF1(Anabarilius graham;ROL45973.1),DrHSF1(Danio rerio;NP_001300665.1),CaHSF1(Carassius auratus;AHN60082.1),AmHSF1(Astyanax mexicanus;XP_022518071.1)

        3 討論

        HSF1是進(jìn)化上高度保守的轉(zhuǎn)錄因子,能夠協(xié)調(diào)應(yīng)激誘導(dǎo)的轉(zhuǎn)錄并指導(dǎo)真核生物的多種生理過程。當(dāng)環(huán)境壓力觸發(fā)HSF1時,HSF1單體聚合在一起并磷酸化,隨后轉(zhuǎn)移到核內(nèi)與熱休克反應(yīng)DNA元件(HSEs)結(jié)合,從而上調(diào)HSPs的編碼。

        圖3 稀有鮈鯽HSF1系統(tǒng)進(jìn)化樹分析Fig.3 Phylogenetic analysis of HSF1sequences位于分支點(diǎn)的數(shù)字表示置信度,重復(fù)次數(shù)為1 000次。相似物種HSF1的Genbank登錄號如前所述

        圖4 稀有鮈鯽不同組織中HSF1的表達(dá)情況Fig.4 Relative HSF1 mRNA expression in different tissue of G.rarus*表示與空白對照組相比P<0.05;**表示P<0.01。圖5同。

        圖5 PCP對稀有鮈鯽HSF1的表達(dá)狀況分析Fig.5 Effect of PCP on HSF1 mRNA expressions in the liver of G.rarus將稀有鮈鯽暴露于(A)不同濃度的PCP 7天,或(B)80 μg/L PCP不同時間,以及(C)不同溫度7天。

        在脊椎動物中發(fā)現(xiàn)了四種HSF(HSF1-HSF4),而在無脊椎動物中只報道了一種HSF[17]。不同物種的HSF1同一亞型之間的序列高度相似,不同亞型之間存在結(jié)構(gòu)和功能上的差異[18]。我們首次通過RACE技術(shù)從稀有鮈鯽肝臟中克隆得到HSF1的全長cDNA序列GrHSF1(GenBank登錄號MK588748)。研究指出GrHSF1序列與魚類的相似性較高,而與哺乳動物的相似性較差。從進(jìn)化角度來看,早期進(jìn)化過程中,HSF1可能在應(yīng)激過程中發(fā)揮著不同的生理功能,這有助于動物更好的適應(yīng)環(huán)境和生存。GrHSF1的mRNA在稀有鮈鯽的不同組織中均被檢測到,與之前的海參(Apostichopusjaponicas)[19],比目魚(Haliotisdiversicolor)[20]等水生生物中發(fā)現(xiàn)的情況是相似的。這一結(jié)果表明HSF1對于維持稀有鮈鯽的基礎(chǔ)代謝和生長具有重要的意義。HSF1在稀有鮈鯽肝臟中表達(dá)量最高,在皮膚,肌肉等中表達(dá)量較低,因?yàn)楦闻K的細(xì)胞代謝比皮膚、肌肉等的代謝更活躍,因此我們推測,高表達(dá)的HSF1在非壓力環(huán)境下對于維持細(xì)胞蛋白穩(wěn)定發(fā)揮著更為重要的作用,而在壓力環(huán)境下能夠使得熱休克反應(yīng)快速啟動。如在低氧和高溫下,比目魚的HSF1的表達(dá)水平被上調(diào)[20]。還有的研究將斑馬魚經(jīng)過鎘前處理后再經(jīng)過熱處理,其中HSF1和HSF2等轉(zhuǎn)錄因子在鎘預(yù)處理實(shí)驗(yàn)組中,對熱處理更為敏感,在沒有預(yù)處理的對照組中,對熱處理不敏感,提示我們在尋找生物標(biāo)志物時應(yīng)該考慮生物是否有重金屬污染史[21]。

        在本文的研究中,發(fā)現(xiàn)GrHSF1在低于或者高于最適溫度時處理七天,其表達(dá)量顯著下降與以前的研究結(jié)論高溫脅迫會導(dǎo)致HSF1和HSP90表達(dá)量顯著上調(diào)[20]不一致,與MDBK細(xì)胞(Mardin-darby bovine kidnedy 馬-達(dá)氏牛腎細(xì)胞)熱激0.5 h或1 h后HSP70轉(zhuǎn)錄水平上調(diào),HSF1轉(zhuǎn)錄水平下降表達(dá)模式一致[22]。對植物的研究中發(fā)現(xiàn),植物進(jìn)行急性熱處理后HSFs表達(dá)上調(diào),在慢性熱處理中表達(dá)幾乎不發(fā)生改變[23],對雞胚成纖維細(xì)胞的研究表明不同的HSFs對溫度的閾值是不一樣的,重度熱休克處理導(dǎo)致HSF3的總量增加,HSF1的總量下降[24],提示不同的HSFs對不同的熱處理具有不同的表達(dá)模式。除此之外,可能是因?yàn)楫?dāng)高溫(37 ℃)處理7天后,HSP70,HSP90等熱休克蛋白表達(dá)量增加達(dá)到一定豐度后對HSF1具有反饋抑制作用[25];也可能是因?yàn)殚L時間的高溫處理造成稀有鮈鯽肝臟不可逆的損傷。

        通過暴露實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)GrHSF1與PCP具有時間/濃度效應(yīng),在斑馬魚中,HSF1表達(dá)與鋅也具有濃度效應(yīng)[26]。在對太平洋南美白對蝦(Litopenaeusvannamei)進(jìn)行硫化物暴露處理時,發(fā)現(xiàn)較低濃度(425.5 μg/L)硫化物對HSF1的表達(dá)幾乎沒有影響,較高濃度(851 μg/L)硫化物導(dǎo)致HSF1的表達(dá)水平顯著提高[27];在單環(huán)刺螠中,硫化物能夠以時間依賴的方式提高HSF1的表達(dá),表明硫化物能夠以時間/濃度依賴的方式調(diào)控HSF1的表達(dá)水平[28]。越來越多的研究指出,環(huán)境污染物能夠在一定程度上調(diào)控HSF1,提示我們HSF1能夠作為環(huán)境污染物PCP的生物標(biāo)志物。

        總的來說,本文首次從稀有鮈鯽肝臟中克隆得到HSF1基因(GenBank登錄號:MK588748)并研究了PCP和溫度暴露下GrHSF1的表達(dá)模式。還需要進(jìn)一步的研究指出GrHSF1是否能作為其他壓力環(huán)境下的生物標(biāo)志物以及GrHSF1的蛋白水平變化,為GrHSF1作為生物標(biāo)志物提供更多的理論依據(jù)。

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