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        大環(huán)內(nèi)酯類耐藥肺炎支原體研究進(jìn)展

        2020-02-12 17:28:23王冰潔
        檢驗(yàn)醫(yī)學(xué) 2020年10期
        關(guān)鍵詞:耐藥檢測方法

        王冰潔, 張 泓

        (上海交通大學(xué)附屬兒童醫(yī)院 上海市兒童醫(yī)院檢驗(yàn)科,上海 200040)

        肺炎支原體(Mycoplasma pneumoniae,MP)是上、下呼吸道感染,包括社區(qū)獲得性肺炎(community-acquired pneumonia,CAP)最常見的病原體之一,常引起非典型肺炎,尤其是兒童社區(qū)獲得性非典型肺炎,也會(huì)同時(shí)或依次引起神經(jīng)系統(tǒng)、消化系統(tǒng)等肺外癥狀[1-4]。各年齡人群均易感MP,但多發(fā)于兒童和青少年,易引起暴發(fā)流行。MP缺乏細(xì)胞壁,對作用于細(xì)胞壁的β-內(nèi)酰胺類抗菌藥物天然耐藥。此外,不推薦兒童使用喹諾酮類和四環(huán)素類抗菌藥物。因此,大環(huán)內(nèi)酯類抗菌藥物是治療兒童MP感染的首選藥物[5]。隨著此類藥物的廣泛應(yīng)用,大環(huán)內(nèi)酯類耐藥肺炎支原體(macrolide-resistantMycoplasma pneumoniae,MRMP)肺炎在世界范圍內(nèi)蔓延,嚴(yán)重限制了兒童患者的治療選擇。本文就MP對大環(huán)內(nèi)酯類抗菌藥物的耐藥情況、耐藥機(jī)制及流行基因型和實(shí)驗(yàn)室檢測等進(jìn)行綜述,以了解MRMP感染的流行病學(xué)特征,為疾病的早期診斷和及時(shí)治療提供參考。

        1 MP大環(huán)內(nèi)酯類抗菌藥物耐藥現(xiàn)狀

        自2001年日本首次報(bào)道從臨床樣本中分離出MRMP后,亞洲、歐洲和北美洲相繼出現(xiàn)相關(guān)報(bào)道。MRMP在不同地區(qū)的流行差異較大,在中國、日本和韓國等亞洲國家普遍高度流行,在北美洲、歐洲、非洲地區(qū)相對低度流行。國內(nèi)外MP對大環(huán)內(nèi)酯類的耐藥形勢較為嚴(yán)峻,美國MRMP占3%~10%[6],歐洲除意大利(26%)外,其他地區(qū)均低于10%[7],法國大環(huán)內(nèi)酯類耐藥株檢出率為8.3%[8],德國2016—2018年大環(huán)內(nèi)酯類耐藥率約3%[9],南非2012—2015年的MP均為敏感株[10],日本2008—2015年兒童MRMP的檢出率為50%~90%[11],我國除南京外(20%),北京、上海、新疆、云南和哈爾濱等地兒童MRMP的檢出率仍然較高(66.7%~86.7%)[12]。QU等[13]發(fā)現(xiàn)北京2010—2012年兒童MRMP檢出率為94.3%,略高于成人(83.8%),但這種差異與特定的多位點(diǎn)可變數(shù)目串聯(lián)重復(fù)序列分析(multiple-locus variantnumber tandem-repeat assay,MLVA)型別無相關(guān)性。韓國2015年MRMP檢出率為87.2%,較2011年的62.9%明顯上升[14]。

        有研究結(jié)果顯示,日本2008—2012年MRMP檢出率高達(dá)81.6%,2013年逐漸降低至43.6%,可能與2011年日本MP治療指南允許對部分MRMP感染患兒使用氟喹諾酮類藥物有關(guān)[11]。我國也有研究報(bào)道部分地區(qū)MRMP檢出率下降,但具體原因仍需進(jìn)一步分析[12]。相關(guān)研究結(jié)果[15-16]提示,合理使用抗菌藥物可能是控制MRMP的關(guān)鍵。

        2 MP對大環(huán)內(nèi)酯類抗菌藥物的耐藥機(jī)制

        大環(huán)內(nèi)酯類抗菌藥物可結(jié)合核糖體50S亞基23SrRNA結(jié)構(gòu)域V區(qū)或Ⅱ區(qū)的特定核酸,通過使肽?;鵷RNA與核糖體提前分離而抑制蛋白質(zhì)合成,達(dá)到抑菌作用。MP耐藥株的體外藥物敏感性試驗(yàn)結(jié)果顯示,23SrRNA點(diǎn)突變與大環(huán)內(nèi)酯類抗菌藥物耐藥高度相關(guān),常見的突變位點(diǎn)是2063、2064和2617[17]。A2063G點(diǎn)突變、A2064G與14元、15元大環(huán)內(nèi)酯類高水平耐藥有關(guān),而2617點(diǎn)突變導(dǎo)致的耐藥性水平相對較低[17-19]。值得注意的是,我國MRMP最常見的是23Sr RNA 結(jié)構(gòu)域V區(qū)A2063G突變。北京2010—2012年MP耐藥監(jiān)測數(shù)據(jù)表明,分離自成人和兒童的MRMP幾乎都攜帶A2063G突變,2014—2016年分離的53株MRMP中,除1株攜帶A2064G突變外,其他菌株均攜帶A2063G突變[13,17],與其他文獻(xiàn)[20-21]結(jié)果一致。同樣,日本和美國大環(huán)內(nèi)酯類耐藥MP也以A2063G位點(diǎn)突變?yōu)橹鱗11,22]。此外,PEREYRE等[23]發(fā)現(xiàn)核糖體蛋白L4、L22保守區(qū)的缺失或插入也可能導(dǎo)致MP對大環(huán)內(nèi)酯類耐藥,他們用克林霉素和泰利霉素在體外誘導(dǎo)核糖體蛋白L4發(fā)生單核苷酸H70R或H70L突變,泰利霉素誘導(dǎo)核糖體蛋白L22出現(xiàn)P112R和A114T替換和111IPRA114缺失。但其他相關(guān)研究結(jié)果表明,MP臨床分離株中核糖體蛋白L4、L22突變在所有耐藥和敏感菌株中均可出現(xiàn),與耐藥性無關(guān)[15,24]。另外,MP也可能通過主動(dòng)外排系統(tǒng)或核糖體甲基化修飾等其他機(jī)制對大環(huán)內(nèi)酯類抗菌藥物產(chǎn)生抗性[25]。

        由于MP的23SrRNA只有1個(gè)拷貝,所以單個(gè)突變就可以改變大環(huán)內(nèi)酯類耐藥表型,而大環(huán)內(nèi)酯類抗菌藥物的過度使用會(huì)增加23SrRNA基因突變的可能性。有研究結(jié)果顯示,感染大環(huán)內(nèi)酯類敏感的肺炎支原體(macrolide-sensitive M. pneumoniae,MSMP)的患者在使用阿奇霉素24 d后可發(fā)生耐藥突變[15],大規(guī)模使用大環(huán)內(nèi)酯類抗菌藥物后耐藥性克隆的出現(xiàn)頻率顯著增加[16],提示耐藥菌株的出現(xiàn)與流行可能與大環(huán)內(nèi)酯類抗菌藥物的過度使用有關(guān),合理使用抗菌藥物十分重要。

        3 MP的分子流行病學(xué)特征

        目前常用的MRMP的感染流行病學(xué)監(jiān)測方法有P1基因限制性片段長度多態(tài)性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)分型和MLVA分型。隨著全基因組測序技術(shù)的發(fā)展,多位點(diǎn)序列分析(multilocus sequence typing,MLST)和單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism,SNP)等分辨力更高的分型方法將被用于臨床常規(guī)檢測和暴發(fā)流行調(diào)查[2]。

        P1基因RFLP分型方法已被使用了約20年,該法將MP分為P1-Ⅰ型和P-Ⅱ型2種型別。SUN等[26]發(fā)現(xiàn),北京2003—2015年分離的480株MP中,P1-Ⅰ型為主要型別(82.6%~95.4%)。美國、法國也以P1-Ⅰ型為主[8,22]。 俄羅斯、哥倫比亞等國流行P1-Ⅱ型或其變體[27]。除P1基因分型外,MLVA也是一種常用的分子分型方法。MLVA 4-5-7-2和3-5-6-2是主要類型。分別占50.6%~55.1%和14%~20.8%[28-29]。P1基因RFLP分型與MLVA分型有一定關(guān)聯(lián),如MLVA-4-5-7-2與P1-Ⅰ型相關(guān),而MLVA3-5-6-2通常屬于P1-Ⅱ型或其變異體[30]。也有研究發(fā)現(xiàn)P1基因RFLR分型或MLVA型與大環(huán)內(nèi)脂類耐藥無明顯聯(lián)系,其存在多克隆傳播,耐藥基因的不斷出現(xiàn)與治療過程中不斷出現(xiàn)的突變有關(guān),而不是人與人之間的單克隆傳播[2,30]。然而,在多數(shù)耐藥率相對較高的研究中,大環(huán)內(nèi)酯類耐藥的MP中檢出的MLVA4-5-7-2顯著多于其他型別,而在非耐藥的菌株中MLVA3-5-6-2為主要優(yōu)勢型別[12-13,30-31]。我國香港的一項(xiàng)研究發(fā)現(xiàn),2011—2014年MP對大環(huán)內(nèi)酯類抗菌藥物的耐藥率增長了3倍,MLVA單一型別的克隆傳播導(dǎo)致耐藥率的增長,MLVA 4-5-7-2型從25%增長到100%[29],與其他相關(guān)報(bào)道[12-13,32]一致。另外,日本對2011—2017年MP的流行病學(xué)分析結(jié)果表明,2015年后MRMP的檢出率降低與P1-Ⅱ型譜系菌株的增加有關(guān)[33]。但目前尚無證據(jù)直接證明耐藥與P1基因亞型或MLVA亞型有明顯關(guān)聯(lián)。2014年,有學(xué)者利用MP基因組中8個(gè)管家基因(ppa、pgm、gyrB、gmk、glyA、atpA、arcC、andadk)把57株MP分為12個(gè)ST型別、2個(gè)主要克隆群,其分辨率比P1基因RFLP分型和MLVA分型更高[34]。韓國學(xué)者用MLST把2000—2016年146株MP臨床分離株分為8個(gè)ST型別,其中常見的是ST3型和ST14型,分別占74.7%和15.1%,其中98.3%的MRMP為ST3型[35]。日本2002—2016年MP中最常見的型別是ST3,而MRMP主要為ST3(74.6%)和ST19(11.4%)[36]。這些研究結(jié)果均表明ST3型的克隆傳播可能與MRMP的增加有關(guān)。

        4 實(shí)驗(yàn)室檢測方法

        控制MRMP感染的重要措施是早期快速檢出MP及耐藥MP,從而指導(dǎo)臨床治療。MP分離培養(yǎng)和體外藥物敏感性試驗(yàn)是診斷MRMP感染和治療的金標(biāo)準(zhǔn),但由于生長條件要求苛刻,且培養(yǎng)周期長,結(jié)果受多種因素影響,不適合常規(guī)檢查。建立新的快速檢測方法,如目前臨床常用的聚合酶鏈反應(yīng)擴(kuò)增法,具有快速、靈敏的優(yōu)點(diǎn),有助于及時(shí)控制MRMP的暴發(fā)流行[37]。

        4.1 常規(guī)方法

        MP培養(yǎng)法是世界衛(wèi)生組織推薦的診斷金標(biāo)準(zhǔn),可分為固體培養(yǎng)法和快速液體培養(yǎng)法。MP固體培養(yǎng)法需要2~4周時(shí)間,靈敏度也較低,盡管隨著培養(yǎng)基的改進(jìn),其敏感性得到一定程度的提高,但特異性仍較低,易受其他微生物的污染而出現(xiàn)假陽性。血清學(xué)檢測方法由于快速、經(jīng)濟(jì)的優(yōu)點(diǎn)而在臨床中被廣泛應(yīng)用,但通常需要收集急性期和恢復(fù)期雙份血清,抗體滴度呈4倍或4倍以上增高或減低時(shí)才有意義,且耗時(shí)2~3周,結(jié)果受抗體產(chǎn)生、患者年齡、免疫功能的影響,如某些輕度感染者或嬰幼兒及免疫缺陷者不能產(chǎn)生抗體,會(huì)導(dǎo)致漏診,也不宜作為早期快速診斷方法[38-39]。

        4.2 分子生物學(xué)檢測技術(shù)

        近年來,臨床常用核酸擴(kuò)增技術(shù)檢測MP的DNA或RNA,常用的實(shí)驗(yàn)方法有傳統(tǒng)聚合酶鏈反應(yīng)、實(shí)時(shí)定量聚合酶鏈反應(yīng)和環(huán)介導(dǎo)等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)等,常用的擴(kuò)增靶基因有P1黏附蛋白基因、16S rRNA、ATP酶基因和各種轉(zhuǎn)錄翻譯因子等。這類技術(shù)具有特異性高,檢測速度快等優(yōu)點(diǎn),具有廣泛的應(yīng)用前景[40]。

        胡文娟等[41]建立了新型MP實(shí)時(shí)熒光定量聚合酶鏈反應(yīng)檢測方法,并與傳統(tǒng)的巢式聚合酶鏈反應(yīng)、分離培養(yǎng)法等進(jìn)行對比,總符合率分別達(dá)88.1%、83.5%,且檢測靈敏度可達(dá)10拷貝,更快速、經(jīng)濟(jì),具有很高的科研和臨床應(yīng)用價(jià)值。環(huán)介導(dǎo)等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)是一種較新的直接檢測臨床標(biāo)本中多種微生物的等溫?cái)U(kuò)增技術(shù),其利用寡核苷酸引物和鏈置換聚合酶在恒溫下擴(kuò)增目的片段,結(jié)果肉眼可見。該方法目前已被成功運(yùn)用于檢測MP。YUAN等[42]使用環(huán)介導(dǎo)等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)在北京307醫(yī)院2016—2017年收集的125份標(biāo)本中檢出43例MP,而實(shí)時(shí)定量聚合酶鏈反應(yīng)檢出40例。提示環(huán)介導(dǎo)等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)具有很高的特異性和靈敏度,尤其適合MP的快速檢測,在兒童患者中有很好的應(yīng)用前景。

        目前,學(xué)者們對MP是否為上呼吸道正常菌群存在爭議。有研究結(jié)果表明,健康人上呼吸道MP攜帶率很高,且死亡MP的DNA可持續(xù)7個(gè)月之久,血清學(xué)方法和實(shí)時(shí)定量聚合酶鏈反應(yīng)不能區(qū)分無癥狀攜帶和感染[43-44]。而RNA只存在于增殖存活的病原體內(nèi),故以RNA為基礎(chǔ)的檢測MP RNA放大技術(shù)能夠區(qū)分MP的感染和攜帶。實(shí)時(shí)熒光核酸恒溫?cái)U(kuò)增檢測(simultaneous amplification and testing,SAT)技術(shù)是我國自主研發(fā)的專利技術(shù),通過磁珠法提取特異性核酸,具有很高的特異性,目前在結(jié)核分枝桿菌檢測中應(yīng)用廣泛,但在MP檢測中應(yīng)用較少。LI等[45]分別采用MP-SAT、實(shí)時(shí)定量聚合酶鏈反應(yīng)檢測315例患兒MP,發(fā)現(xiàn)兩者具有較好的一致性,且SAT具有更高的特異性和敏感性。

        目前,一般采用體外藥物敏感性試驗(yàn)分析MP對大環(huán)內(nèi)酯類抗菌藥物的耐藥情況,但由于MP培養(yǎng)條件苛刻,臨床實(shí)驗(yàn)室一般無法常規(guī)開展。大環(huán)內(nèi)酯類抗菌藥物耐藥性的產(chǎn)生多與23SrRNA結(jié)構(gòu)域Ⅱ區(qū)和V區(qū)基因位點(diǎn)突變有關(guān)。目前臨床上主要通過熒光定量聚合酶鏈反應(yīng)和測序技術(shù)快速檢測耐藥性點(diǎn)突變進(jìn)行耐藥分析,如Sanger測序法和實(shí)時(shí)聚合酶鏈反應(yīng)-高分辨率熔解曲線(polymerase chain reaction-high resolution melting,PCR-HRM)。最近有研究結(jié)果表明,有商業(yè)化試劑盒通過熔解曲線分析MP耐藥突變,與測序法比較,敏感性和特異性均為100%[46]。美國疾病預(yù)防與控制中心也使用PCR-HRM檢測在MP暴發(fā)流行中的大環(huán)內(nèi)酯類耐藥突變[47],但很少有方法可以同時(shí)檢測MP及其耐藥性突變。有學(xué)者設(shè)計(jì)了一種實(shí)時(shí)定量聚合酶鏈反應(yīng)方法,可以從臨床標(biāo)本中快速檢測MP,并同時(shí)快速檢測23SrRNA 3個(gè)常見的耐藥突變[48]。LIU等[49]開發(fā)了一種循環(huán)探針法,利用RNA和DNA構(gòu)成的嵌合cycling探針,可以快速檢測出MP,并區(qū)分出耐藥突變株,與傳統(tǒng)聚合酶鏈反應(yīng)有良好的一致性。

        核酸擴(kuò)增方法有助于更好地了解MP的流行病學(xué)特征,可為臨床治療提供一定的依據(jù)。但是目前尚無統(tǒng)一的檢測標(biāo)準(zhǔn),故還未常規(guī)應(yīng)用于臨床。我們?nèi)孕杼剿鞲m用于臨床的MP檢測方法,指導(dǎo)臨床制定合理的治療方案,獲得理想的治療效果。

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