王靜 劉侖 楊勇 胡圣 李立芹
(1. 四川農(nóng)業(yè)大學作物科學國家級實驗教學示范中心,成都 611130;2. 四川農(nóng)業(yè)大學農(nóng)學院,成都 611130)
植物在非生物脅迫和生物脅迫下會導致細胞活性氧(Reactive oxygen species,ROS)過量的積累,過量的ROS 積累會非特異性的損害細胞組分,包括細胞核、核酸、蛋白質(zhì)以及光合色素等,在生物體內(nèi)抗氧化酶可以清除活性氧,維持細胞內(nèi)ROS 平衡,在抗氧化物酶中POD 起著關鍵的作用[1]。在植物中廣泛存在過氧化物酶,且具有多種功能[2]。過氧化物酶是多基因家族酶類,參與植物多種代謝途徑,如植物的抗旱、抗鹽、抗寒等多種抗逆功能[3-5]。煙草是中國非常重要的經(jīng)濟作物,煙草的產(chǎn)量與品質(zhì)受到鹽堿、冷害以及干旱等非生物脅迫的影響,因此在分子水平上研究POD 對提高煙草非生物脅迫耐逆性具有重要意義。
POD 是廣泛存在于植物中的氧化還原酶,在植物生長發(fā)育和應激反應中發(fā)揮著重要的作用,是植物重要的保護酶類,最常見的是第Ⅲ類分泌過氧化物酶(Secretory peroxidase,POD),其功能是催化去除H2O2,參與木質(zhì)部合成和降解、還原劑氧化和植物形態(tài)的形成,并參與環(huán)境脅迫相應[6-9]。目前,研究表明,POD 家族基因與植物生長發(fā)育有關,如植物木質(zhì)素聚合、栓化作用、細胞壁結構蛋白的交聯(lián)等[10-11]。在許多植物中POD 的作用都有過報道,而最主要的作用是利用H2O2為底物來參加各種還原物質(zhì)的氧化。ROS 是植物在脅迫刺激下產(chǎn)生的,并被POD 還原為H2O 和O2,因此POD 是植物非生物脅迫下清除ROS 的關鍵酶。Sierla 等[12]研究表明,在植物脅迫下,POD 活性增加,且參與了脅迫途徑調(diào)控。Kumar 等[13]和Neill 等[14]研究表明,植物中的ROS 可以被POD 部分清除。目前,植物中POD 基因研究取得了很大進展,在山楂、水稻、小麥等多種植物中成功克隆POD 家族基因[15-17]。但植物中POD 與ROS 具體作用機制仍不明確。
本研究成功克隆到過氧化物酶家族基因NtPOD2,預測NtPOD2編碼蛋白結構與功能,同時運用熒光定量測定NtPOD2在煙草各個組織中表達水平,以及在非生物脅迫處理下的表達模式,為進一步研究POD 基因在煙草中與ROS 作用機制提供科學依據(jù)。
挑選飽滿均一的普通煙草(K326)種子,消毒(75%乙醇和20%NaClO),反復用無菌水清洗,播種于MS 培養(yǎng)基培養(yǎng)2 周,取大小均勻的幼苗進行ABA、H2O2、干旱、低溫、低鉀及高鹽脅迫處理,每項處理設置3 次重復,分別在0、3、6、12 和24 h 共5 個時間點整株取樣。ABA 與H2O2非生物脅迫具體處理方法參照張雪薇等[18]。
1.2.1NtPOD2的 克 隆 用Primer 5.0 軟 件 設 計NtPOD2引 物NtPOD2-F 和NtPOD2-R( 表1)。 以煙草葉片為材料,提取RNA,按照反轉(zhuǎn)錄試劑盒步驟進行反轉(zhuǎn)錄合成cDNA,將cDNA 稀釋10 倍進行PCR 擴增,PCR 反應程序為95℃ 5 min;95℃ 30 s,55℃ 30 s,72℃ 3 min,35 個循環(huán)。1%瓊脂糖凝膠電泳檢測,回收目的片段,將其與pMD19-T載體連接,轉(zhuǎn)化,在含有Kn 的LB 固體培養(yǎng)基進行涂板,過夜培養(yǎng)后,挑取3 個單克隆菌落進行測序。
表1 引物序列
1.2.2 生物信息學分析 參照王靜等[19]方法進行NtPOD2的生物信息學分析。
1.2.3 煙草NtPOD2的表達分析 采用Primer 5.0 設計熒光定量引物,煙草18SrRNA為內(nèi)參,引物序列為18S-F 和18S-R(表1)。每個樣品重復4 次,結果分析參考王靜等[19]方法。
1.2.4 構建過表達載體 重組克隆載體NtPOD2-pMD19-T 與表達載體pBI121 酶切反應,NtPOD2-pMD19-T 進行37℃雙酶切,酶切體系為10×T Buffer、1 μL;XbaⅠ 0.5 μL、SmaⅠ 0.5 μL、載 體3 μL 和ddH2O 5 μL。酶切過后產(chǎn)物與pBI121 載體16℃連接過夜,連接后產(chǎn)物轉(zhuǎn)化DH5α 大腸桿菌感受態(tài),在涂有Kn 的LB 培養(yǎng)基平板式上篩選,挑取單克隆菌株搖菌并送去測序公司進行測序,檢測是否構建成功。
以煙草葉片cDNA 為模板進行PCR 擴增,獲得一條大小為750-1 000 bp 條帶。經(jīng)回收和測序,片段大小為897 bp(圖1)。
通過對NtPOD2-pMD19-T 質(zhì)粒進行雙酶切和測序,結果一致,目的片段大小為897 bp(圖2)。
圖1 NtPOD2 的克隆
圖2 NtPOD2-pBI121 重組質(zhì)粒酶切
對NtPOD2 蛋白進行生物學分析,理化性質(zhì)分析結果表明,NtPOD2 蛋白分子量為32.55 kD,等電點為5.78,不穩(wěn)定系數(shù)為37.72。疏水性分析結果顯示該蛋白屬于親水性蛋白(圖3)。NCBI 在線分析NtPOD2 蛋白保守功能域(圖4),該蛋白屬于Class Ⅲ型分泌性過氧化物酶。采用SMART 和Scan Prosite 分析NtPOD2 蛋白理化性質(zhì),結果為NtPOD2 蛋白含有6 個蛋白激酶C 磷酸化位點(67-69 SeK;70-72 TaR;77-79 SaR;183-185 TfR;200-202 SqR;235-237 SkK)、1 個N-糖基化位點(75-78 NNSA)、5 個酪氨酸激酶Ⅱ磷酸化位點(89-92 SevD;101-104 ScaD;183-186 TfrD;192-195 TniD;209-212 SggD)、1 個氨基化位點(126-129 lGRR)、1 個依賴于cAMP 和cGMP 的蛋白激酶磷酸化位點(128-131 RRdS)。NtPOD2 蛋白信號肽預測結果顯示,NtPOD2 蛋白不存在信號肽,定位在細胞質(zhì)中的概率最大(0.65)。二級結構分析表明,NtPOD 蛋白二級結構的最大元件為α-螺旋,最小元件為β-轉(zhuǎn)角(圖5-A)。三級結構分析結果表明,6個半胱氨酸殘基48-53、102-294 和181-206 分別形成3 個保守的二硫鍵橋(圖5-B)。
圖3 疏水性分析
圖4 保守結構域分析
圖5 NtPOD2 編碼蛋白的結構預測
把NtPOD2編碼氨基酸序列與絨毛狀煙草、美花煙草、番茄、馬鈴薯以及胡楊POD2通過Dnaman多重序列比對(圖6-A),發(fā)現(xiàn)NtPOD2 蛋白具有POD 家族典型的結構特征,在N 端都包含peroxidase活性位點GAslLRLhFHDC。把NtPOD2編碼氨基酸序列通過Blast 比對,選擇不同物種POD2 氨基酸序列下載,通過MEGA5 構建系統(tǒng)進化樹(圖6-B),結果表明,NtPOD2 蛋白序列與絨毛狀煙草POD2 以及美花葉煙草POD2 蛋白序列有較高同源性,分別為99%和94.65%。
采用qRT-PCR 對煙草K326 各個組織進行表達分析,發(fā)現(xiàn)NtPOD2在根、莖、葉、花中均有表達,在根中表達量明顯高于莖、葉、花(圖7-A)。
煙草K326 幼苗上在培養(yǎng)皿上用ABA 和H2O2處理,對處理后煙草幼苗NtPOD2表達分析表明,在12 h 之前,ABA 處理下NtPOD2的表達受到抑制,24 h 時受到顯著誘導,為對照的3.14 倍(圖7-B);H2O2處理的早期,NtPOD2的表達受到強烈誘導,12 h 時上升至最大,為對照的120.67 倍(圖7-C)。以上結果表明NtPOD2能夠響應逆境脅迫相關的信號分子調(diào)控。
圖6 NtPOD2 同源性分析
PEG 和低溫處理后,該基因分別在12 h 和6 h 時達到最大值,分別為對照的2.48 倍(圖8-A)、8.60 倍(圖8-B)。低鉀處理下,NtPOD2表達量上升,NaCl 處理下該基因下調(diào)(圖8-C-D)。結果表明,NtPOD2可能參與了PEG、低溫等非生物脅迫。
生物信息學分析表明,NtPOD2 蛋白含有3 個二硫鍵,屬于分泌蛋白,含有活性位點(GAslLRLhFHDC),屬于典型的Class Ⅲ型分泌性過氧化物酶。信號肽預測顯示NtPOD2 蛋白定位在細胞質(zhì)中,因此該基因可能在內(nèi)質(zhì)網(wǎng)加工成熟,進而通過高爾基體運輸?shù)郊毎|(zhì)。該蛋白與其他物種Class Ⅲ型分泌性過氧化物酶相比含有相似的保守結構域(6A)以及二硫鍵橋[20]。該蛋白含有最大元件為α-螺旋,最小元件為β-轉(zhuǎn)角。NtPOD2蛋白以Asp47、Val50、Gly52、Asp54 和Ser56 為中心的Ca2+結合位點構成遠端的氧供體結構域,而Thr175、Asp219、Thr221 和Asp226 為 中 心 的Ca2+結合位點構成近端的氧供體結構域,位于這兩個結構域中間的血紅素則由Fe2+與His46 和His174 形成共價鍵,構成活性中心。蛋白質(zhì)空間結構影響其功能,NtPOD2 蛋白特定的空間結構為其發(fā)揮功能奠定了基礎。同源性分析表明,NtPOD2 蛋白與其他植物POD 蛋白含有較高同源性,其中與美花煙草POD2同源性為99%,可能與美花煙草POD2是POD 家族的同一成員。通過對NtPOD2生物學分析,旨在為研究POD 基因家族奠定基礎。
圖7 NtPOD2 的不同組織及信號分子處理下的表達模式
圖8 NtPOD2 在非生物逆境脅迫下的表達模式
煙草Ntpx在花中表達量最高,銀杏GbPOD1和小桐子JcPOD73莖中表達量最高[21-22]。郭媖等[23]從陸地棉中克隆的GhPOD1和GhPOD2,兩者相似性達99%,但表達模式相差很大。作為多基因家族的POD基因,具有功能多樣性的特點。本研究表明NtPOD2在組織中都有表達,但根中表達最高,而莖、葉、花表達量相對較少,不同植物中POD 基因在不同部位表達模式不同,說明POD 家族基因表達存在特異性。NtPOD2在ABA 處理下,表達量在3 h 先下降,20 h 又上升至最大,約為對照的3.14 倍(圖5-B),說明NtPOD2受ABA 誘導。Gao 等[1]研究表明檉柳ThPODs參與非生物脅迫反應(PEG、ABA、NaCl 等),并依賴ABA 信號轉(zhuǎn)導途徑。鐘新榕等[24]用不同濃度的ABA 處理黃瓜幼苗,POD 活性在短時間內(nèi)可以提高。Anderberg 等[25]研究結果表明低溫脅迫、鹽脅迫以及干旱脅迫下,能較短時間內(nèi)增加植物體內(nèi)ABA 含量,進而誘導ABA 調(diào)控相關基因的表達。司叢叢等[26]研究表明,煙草Ntpx在5%PEG6000脅迫下,Ntpx在最初無明顯變化,在6 h 后表達量上調(diào)在ABA 和干旱脅迫下,表達量上調(diào)。本研究采用10 mmol/L H2O2處理煙草幼苗,NtPOD2的表達受到強烈誘導,12 h 時上升至最大,為對照的120.67 倍。蘇亞春等[27]用100 μmol/L ABA 處理甘蔗,結果表明,ScPOD02表達量在3 h 顯著增加,500 mmol/L H2O2處理下隨著時間的延長,ScPOD02表達量基本不變。而這與蘇亞春等在ABA、H2O2處理甘蔗后,ScPOD02表達模式不同,這可能是不同的濃度ABA、H2O2造成的。由此說明NtPOD2可能受干旱、ABA、NaCl、H2O2脅迫誘導,并依賴ABA 信號轉(zhuǎn)導途徑進而參加植物生長發(fā)育。
在200 mmol/L NaCl 處理下NtPOD2表達量呈現(xiàn)先下降后上升又下降的表達模式,在12 h 表達量達到最大,約為對照1.12 倍。蘇亞春等[27]用250 mmol/L 的NaCL 處理下ScPOD02表達量先在6 h 下降,而在12 h 表達量又上升,約為對照的1.91 倍。與蘇亞春用NaCl 處理甘蔗后ScPOD02表達模式一致,在6 h 前表達量下降,在12 h 時表達量上升為最大,之后又下降。程華等[21]用200 mmol/L NaCl噴灑銀杏幼苗后,POD1表達量降低。Bae 等[11]用200 mmol/L NaCl 處理白楊后PoPOD1基因表達水平下調(diào)。低鉀脅迫下,NtPOD2受到強烈誘導,NtPOD2表達量上調(diào)。王偉等[28]研究表明,大豆在低鉀脅迫下,細胞內(nèi)氧負離子O2-增加,超氧化物歧化酶催化O2-發(fā)生歧化反應生成H2O2-含量增加,進而引起過氧化物酶活性上升。在低溫脅迫下,NtPOD2在6 h 表達量達到最大,在12 h 后又降低。Guo 等[29]在4℃條件下處理檉柳葉和根,葉中ThPOD1表達量在6 h 強烈誘導后又逐漸下降,根ThPOD16 h 強烈誘導后在24 h 達最大值后又下降。外源基因的表達增加宿主細胞的耐受性,植物受到生物脅迫以及非生物脅迫下,可以引起活性氧產(chǎn)生,進而破壞細胞穩(wěn)態(tài)以及防御機制[30-31]。由此說明煙草NtPOD2,在不同脅迫下表達模式發(fā)生改變,以上均說明該基因在生物脅迫以及非生物脅迫中發(fā)揮著重要作用,由此推測,NtPOD2參與生物脅迫與非生物脅迫,可能引起活性氧的改變,進而參與植物生理調(diào)控與防御機制。
NtPOD2可能通過ABA 信號通路來參與生物脅迫以及非生物脅迫。