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        實時熒光PCR的探針熔解曲線分析與質(zhì)譜分析應(yīng)用于耳聾基因診斷的對比研究

        2019-11-07 07:28:10王格
        醫(yī)藥前沿 2019年27期
        關(guān)鍵詞:雜合耳聾位點

        王格

        (珠海市婦幼保健院 廣東 珠海 519000)

        先天性耳聾是由多種環(huán)境和/或遺傳因素共同作用導(dǎo)致,也可由單一基因或不同基因的復(fù)合突變所導(dǎo)致,在新生兒期的發(fā)病率約為1‰~1.86‰[1]。目前針對基因檢測的方法主要有質(zhì)譜分析技術(shù)(MALDI-TOF-MS)[6]、基因測序技術(shù)[2]、反向點雜交技術(shù)和熔解曲線技術(shù)。實時熒光檢測技術(shù)的探針熔解曲線分析法(Probe melting curve analysis,PMCA),臨床應(yīng)用日趨廣泛,能夠在一次擴(kuò)增之后通過檢測PCR產(chǎn)物多色熒光熔解曲線就可鑒定多種突變。本研究以DNA測序技術(shù)為金標(biāo)準(zhǔn),比較PMCA和質(zhì)譜技術(shù)檢測突變耳聾基因的性能,評價其作為常規(guī)檢測耳聾基因技術(shù)的可行性。

        1.資料與方法

        1.1 一般資料

        收集2017年1月-4月在珠海市婦幼保健院出生,經(jīng)MALDITOF-MS技術(shù)診斷為耳聾基因攜帶者的嬰兒臍帶血標(biāo)本92份和正常標(biāo)本4份,本研究得到珠海市婦幼保健院倫理委員會批準(zhǔn),受檢者均簽署知情同意書。

        1.2 方法

        1.2.1 標(biāo)本處理 上述臍帶血標(biāo)本均采用乙二胺四乙酸三鉀(EDTA—K2)抗凝,采用致善快速DNA提取儀抽提人類白細(xì)胞基因組DNA,采用紫外分光儀于260、280 nm處測定吸光度(A)值,以鑒定所抽提DNA的質(zhì)量并計算其濃度,保證所抽提的DNA符合質(zhì)量要求,使用時稀釋至20 ng/ul。

        1.2.2 耳聾基因的檢測 PCR的探針熔解曲線分析試劑盒由廈門致善生物技術(shù)有限公司生產(chǎn)。檢測位點包括中國人群常見4個耳聾基因的20種基因突變,分別為GJB2:c.35delG,c.167delT,c.176-191del16bP,c.235delC,c.299-300delAT;GJB3:c.538C>T,c.547G>A;mtDNA:m.1494C>T,m.1555A>G;SLC26A4:c.749T>C;c.754T>C,c.919-2A>G,c.1174A>T,c.1226G>A,c.1229C>T,c.1707+5G>A,c.1975G>C,c.2017T>A,c.2162C>T,c.2168A>G。20種突變分為A、B、C、D四管進(jìn)行。檢測過程如下:先將泡罩包裝的耳聾檢測PCR 反應(yīng)管A/B/C/D從試劑盒取出,瞬時離心,然后將預(yù)先稀釋好的待測DNA標(biāo)本25ul直接加到含PCR反應(yīng)液粉末的A/B/C/D四管中,蓋嚴(yán)管蓋后于渦旋振蕩器中充分振蕩混勻20s,短暫離心后,轉(zhuǎn)移至SLAN-96上進(jìn)行PCR擴(kuò)增及熔解曲線分析。然后按照試劑盒說明書對所采集的熒光數(shù)據(jù)進(jìn)行結(jié)果分析。

        1.2.3 檢測結(jié)果不一致樣本的測序 檢測結(jié)果不一致樣本外送華大基因進(jìn)行測序分析。

        2.結(jié)果

        2.1 耳聾基因檢測方法的比較

        96例患者經(jīng)兩種方法進(jìn)行耳聾基因的檢測,其中94例檢測結(jié)果相同,分別為90例具有耳聾基因突變的患者和4例無耳聾基因突變患者。2例患者耳聾基因檢測結(jié)果不同。具體見表。

        表 96例患者耳聾基因檢測結(jié)果

        2.2 兩種檢測方法差異樣本的分析

        對2例檢測結(jié)果不同的樣本進(jìn)行了測序分析,發(fā)現(xiàn)都具有SLC26A4:281C>T的突變,而熔解曲線法檢測的耳聾基因沒有包括該位點。

        3.討論

        我國新生兒聽力篩查陽性率為1‰,而14歲以下兒童的耳聾患病率約為3.5‰,其中每年約有2.4萬遺傳性耳聾兒童不能通過新生兒聽力篩查檢測出來[2]。MALDI-TOF-MS作為常用的新生兒耳聾基因的篩查方法,具有高通量優(yōu)點,但高昂的設(shè)備和試劑費用以及適合大批量檢測,嚴(yán)重限制了該技術(shù)的普及,基本都是外送第三方檢測公司,時效性不足。熔解曲線法具有簡單快速的特點,而且對設(shè)備與場地要求相對較低,醫(yī)療機(jī)構(gòu)的分子生物學(xué)實驗室即可開展,具有巨大的應(yīng)用潛力。

        我們選取了2017年1月-4月96例樣本,其中90例經(jīng)MALDI-TOF-MS檢測為陽性,采用熔解曲線法進(jìn)行檢測,結(jié)果顯示突變位點相同。4例樣本經(jīng)MALDI-TOF-MS檢測為陰性,熔解曲線法檢測也為陰性。有2例樣本MALDI-TOF-MS檢測為陽性,熔解曲線法檢測為陰性,將該樣本進(jìn)行測序分析,發(fā)現(xiàn)兩例皆存在SLC26A4:281C>T位點的雜合突變,而熔解曲線法耳聾基因檢測沒有包括該位點。兩種檢測方法只有兩個耳聾基因檢測位點不同,都位于SLC26A4區(qū)域,MALDI-TOF-MS為281C>T,589G>A,熔解曲線法為749T>C,754T>C,國內(nèi)對新生兒281C>T,589G>A位點的突變進(jìn)行了一定的篩查,藍(lán)培基[3]對廣東省韶關(guān)市328例新生兒進(jìn)行耳聾基因檢測,沒有發(fā)現(xiàn)281和589位點的基因突變,李振安[4]對40672例佛山市新生兒進(jìn)行耳聾基因篩查,發(fā)現(xiàn)281C>T,589G>A雜合突變各2例。唐燕青[5]對21386例廣西新生兒進(jìn)行耳聾基因篩查,發(fā)現(xiàn)589G>A雜合突變2例,281C>T雜合突變1例。在前期研究中,我們對珠海9775例新生兒進(jìn)行耳聾篩查,發(fā)現(xiàn)了2例589G>A雜合突變,沒有存在281C>T的突變[6]。PU Dai[7]等人在205例非綜合征型感音神經(jīng)性聽力受損而顳骨無異?;純褐袡z測出一例749T>C突變,H-J Parkde[8]等人在86例耳聾患兒在檢測出1例754T>C的突變。檢測結(jié)果顯示在新生兒耳聾基因檢測方面上述兩種方法具有良好的一致性。但該研究還存在著以下幾個方面的不足:(1)陰性樣本數(shù)量不足;(2)兩種檢查方法中4個耳聾基因18個相同的熱點突變位點只評估了13個;(3)需進(jìn)行多重突變的評估。

        綜上所述,熔解曲線法與MALDI-TOF-MS在檢測新生兒耳聾基因方面具有良好的一致性,可以替代MALDI-TOF-MS,值得在臨床推廣應(yīng)用,可以促進(jìn)遺傳性耳聾患者的早發(fā)現(xiàn)、早診斷、早干預(yù),對該病的防控,提高出生人口素質(zhì)具有重要的意義。

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