宋琪， 郭憲光， 陳達(dá)麗

(1.中國科學(xué)院成都生物研究所，成都610041； 2. 中國科學(xué)院大學(xué)，北京100049；3. 四川大學(xué)華西基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)與法醫(yī)學(xué)院，成都610064)

微衛(wèi)星DNA又叫簡短串聯(lián)重復(fù)或簡單序列重復(fù)(simple sequence repeats，SSRs)，一般是以1～6個(gè)核苷酸為重復(fù)單位的串聯(lián)重復(fù)序列，在種群內(nèi)不同個(gè)體之間的重復(fù)數(shù)量不同(Tóthetal.，2000)。隨著PCR技術(shù)的出現(xiàn)，微衛(wèi)星DNA的這一特性被轉(zhuǎn)化為用途廣泛的遺傳標(biāo)記。同時(shí)，微衛(wèi)星DNA在病毒到真核生物的基因組中均有分布，且具有高度的長度多態(tài)性(Zaneetal.，2002)，加之微衛(wèi)星這一共顯性分子標(biāo)記有突變率快、多態(tài)性高、易于擴(kuò)增等優(yōu)點(diǎn)，被廣泛應(yīng)用于種群遺傳、譜系地理、個(gè)體識(shí)別和親子鑒定等領(lǐng)域(Selkoe & Toonen，2006)。開發(fā)微衛(wèi)星標(biāo)記的方法雖然很多，但步驟繁瑣、耗時(shí)耗力的問題在二代測(cè)序系統(tǒng)推出前一直存在。2007年，羅氏454公司推出了基于焦磷酸測(cè)序法的第二代基因組測(cè)序系統(tǒng)——Genome Sequencer FLX System (GS FLX)。454高通量測(cè)序除具有二代測(cè)序高效、快捷的普遍特點(diǎn)外，還有比其他二代測(cè)序的片段讀長更大的優(yōu)點(diǎn)，因此更適合于微衛(wèi)星標(biāo)記的開發(fā)(Allentoftetal.，2009；Xiaetal.，2018)。

南疆沙蜥Phrynocephalusforsythii隸屬于鬣蜥科Agamidae沙蜥屬Phrynocephalus，是我國特有的一種小型卵胎生爬行動(dòng)物(頭體長36～50 mm，尾長48～62 mm)，分布于新疆維吾爾自治區(qū)天山山脈以南海拔1 400～3 100 m 的廣大地區(qū)。南疆沙蜥的研究集中在生態(tài)適應(yīng)(戴昆，馬鳴，1991)、核型(曾曉茂等，1997)、組織學(xué)(吾瑪爾·阿布力孜，楊立中，1999；吾瑪爾·阿布力孜等，2000)、基于ND4基因的譜系地理格局(Zhangetal.，2010)以及線粒體基因組特征(Chenetal.，2016，2019；Shaoetal.，2016)等。微衛(wèi)星標(biāo)記的研究僅見于Nie等(2015)運(yùn)用轉(zhuǎn)錄組測(cè)序?qū)η嗪Ｉ瞅酨.vlangalii開展微衛(wèi)星位點(diǎn)篩選，跨物種在南疆沙蜥中檢測(cè)得到22個(gè)可擴(kuò)增的微衛(wèi)星位點(diǎn)。

本研究通過Roche 454 GS FLX高通量測(cè)序?qū)δ辖瞅徇M(jìn)行低覆蓋度基因組測(cè)序，并利用Krait(Duetal.，2018)首次在南疆沙蜥基因組中進(jìn)行微衛(wèi)星的查找與統(tǒng)計(jì)，旨在對(duì)其基因組水平上的微衛(wèi)星重復(fù)序列的種類、數(shù)量等分布特征進(jìn)行初步探索?？紤]到微衛(wèi)星標(biāo)記多態(tài)性，三堿基和四堿基重復(fù)微衛(wèi)星的不易產(chǎn)生由于滑鏈錯(cuò)配形成影子帶(O’reilly & Wright，1995)等優(yōu)越性(O’connell & Wright，1997)，因此，選取部分三、四堿基重復(fù)的微衛(wèi)星進(jìn)行引物設(shè)計(jì)篩選，得到可用于微衛(wèi)星分析的部分候選引物，以期為利用微衛(wèi)星標(biāo)記研究南疆沙蜥種群遺傳結(jié)構(gòu)奠定基礎(chǔ)。

1 材料和方法

1.1 樣品收集、基因組DNA提取及Roche 454 GS FLX高通量測(cè)序

用于基因組測(cè)序的南疆沙蜥標(biāo)本(標(biāo)本號(hào)：WGXG08351)于2008年6月采自新疆維吾爾自治區(qū)若羌縣(86.25804°E，41.33690°N，海拔827 m)，標(biāo)本經(jīng)75%乙醇固定后，保存于中國科學(xué)院成都生物研究所兩棲爬行動(dòng)物標(biāo)本館。其肝臟組織樣品固定于95%乙醇，-20 ℃保存。將提取的基因組DNA送至上海美吉生物信息科技有限公司進(jìn)行Roche 454 GS FLX基因組測(cè)序。采用GS FLX系統(tǒng)對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行過濾、整理，使用Newbler 2.6(Roche，2011)對(duì)優(yōu)化后的原始數(shù)據(jù)從頭拼裝，并將組裝出的contigs和未拼裝進(jìn)去的single read序列合并。

1.2 微衛(wèi)星序列的查找及引物設(shè)計(jì)

采用Krait(Duetal.，2018)對(duì)合并的總序列進(jìn)行完美型微衛(wèi)星位點(diǎn)的查找，搜索標(biāo)準(zhǔn)如下：單堿基重復(fù)≥12個(gè)拷貝，二堿基重復(fù)≥7個(gè)拷貝、三堿基重復(fù)≥5個(gè)拷貝，其他堿基重復(fù)(四堿基、五堿基、六堿基)≥4個(gè)拷貝；重復(fù)序列兩端的側(cè)翼序列長100 bp；其余參數(shù)采用默認(rèn)設(shè)置。同時(shí)，對(duì)部分三堿基和四堿基重復(fù)類型在Krait中基于primer3和primer3-py進(jìn)行引物設(shè)計(jì)，參數(shù)為：PCR產(chǎn)物長100～450 bp；引物長20～27 bp；引物熔解溫度55～65 ℃；GC含量30%～70%；其余采用默認(rèn)參數(shù)設(shè)置。對(duì)設(shè)計(jì)出的引物再依據(jù)以下原則二次篩選：①引物序列堿基盡量隨機(jī)分布，3’端不超過3個(gè)連續(xù)的G或C，避免引物在GC富集序列區(qū)的錯(cuò)誤引發(fā)；②引物自身及引物之間盡量無互補(bǔ)序列，避免引物自身折疊成發(fā)卡結(jié)構(gòu)使引物本身復(fù)性，引物自身無連續(xù)4個(gè)堿基或4個(gè)堿基的互補(bǔ)；③引物序列3’端盡量無連續(xù)的3個(gè)相同堿基相連的情況，避免引起錯(cuò)配。

2 結(jié)果

2.1 測(cè)序數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)及基因組組裝

采用Roche 454 GS FLX高通量測(cè)序?qū)υ紲y(cè)序數(shù)據(jù)的每條read質(zhì)量過濾后，對(duì)下機(jī)數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)，得到78 927條reads，共39 807 639 bp，最短的22 bp，最長的1 132 bp，平均長度為504.4 bp，本次測(cè)序獲得的reads長度主要為581～760 bp。利用Newbler對(duì)reads拼接得到670個(gè)contigs，共341 384 bp，最短的100 bp，最長的15 140 bp，平均為509.5 bp。未拼接上的reads有55 239個(gè)，共27 984 639 bp。

2.2 南疆沙蜥基因組微衛(wèi)星的數(shù)量和分布特點(diǎn)

將組裝出的contigs和未組裝進(jìn)去的single read序列合并，得到合并序列55 909個(gè)，共28 326 023 bp。對(duì)合并的總序列進(jìn)行微衛(wèi)星位點(diǎn)的查找，獲得南疆沙蜥全基因組中6種完美型微衛(wèi)星12 109個(gè)，總長度371 160 bp，占基因組的1.32%，相對(duì)豐度為427.62個(gè)/Mb。其中，數(shù)量最多的為四堿基重復(fù)類型，占重復(fù)類型序列總數(shù)的33.34%；其次是二堿基重復(fù)類型，占28.09%；其余幾種類型占比均小于20%，最少的為六堿基重復(fù)類型，只占1.46%，相對(duì)豐度為6.25個(gè)/Mb(表1)。

表1 不同重復(fù)類型的完美型微衛(wèi)星在南疆沙蜥基因組的分布情況Table 1 Distribution of perfect SSRs with different repeat types in the genome of Phrynocephalus forsythii

2.2.1 各種重復(fù)拷貝類別的數(shù)量和相應(yīng)的比例同一種類型的重復(fù)序列中，各重復(fù)拷貝類別所占的比例也不相同(表2)。單堿基重復(fù)類型中，C最多，有1 206個(gè)；二堿基重復(fù)類型中，AC最多，有2 101個(gè)。AAC(392個(gè))、AAAT(1 592個(gè))、AAAAT(181個(gè))和AACCCT(40個(gè))分別是三堿基、四堿基、五堿基和六堿基重復(fù)類型中最多的重復(fù)拷貝類別。所有搜索到的完美型微衛(wèi)星中，AC(17.35%)、AAAT(13.15%)、C(9.96%)、AG(9.67%)、A(3.95%)、ATAG(3.63%)、AAC(3.24%)、AGG(2.96%)、AAT(2.64%)和AAAC(2.58%)是數(shù)量最多的前10種重復(fù)拷貝類別。其他重復(fù)拷貝類別數(shù)量均不超過300個(gè)，相對(duì)豐度均不超過10個(gè)/Mb(圖1)。

2.2.2 各種重復(fù)類型微衛(wèi)星拷貝數(shù)的數(shù)量分布單堿基重復(fù)分布范圍為12～32次，主要分布在12～16次，有1 464個(gè)，占單堿基重復(fù)類型總數(shù)的86.94%；二堿基重復(fù)分布范圍為7～204次，主要分布在7～11次，有1 402個(gè)，占二堿基重復(fù)類型總數(shù)的41.21%；三堿基重復(fù)分布范圍為5～35次，主要分布在5～13次，有1 832個(gè)，占三堿基重復(fù)類型總數(shù)的80.81%；四堿基重復(fù)分布范圍為4～121次，主要分布在4～15次，共3 616個(gè)，占四堿基重復(fù)類型總數(shù)的89.57%；五堿基重復(fù)分布范圍主要為4～7次，共492個(gè)，占五堿基重復(fù)類型總數(shù)的90.77%；六堿基重復(fù)分布范圍為4～10次，主要分布在4～7次，共169個(gè)，占六堿基重復(fù)類型總數(shù)的95.48%(圖2，表3)。

2.2.3 微衛(wèi)星位點(diǎn)的引物設(shè)計(jì)及候選引物序列挑選了部分三堿基和四堿基重復(fù)的微衛(wèi)星進(jìn)行引物的設(shè)計(jì)，對(duì)引物二次篩選后，最后保留100對(duì)候選引物(表4)。

3 討論

本研究利用Roche 454 GS FLX高通量測(cè)序平臺(tái)對(duì)南疆沙蜥進(jìn)行了低覆蓋度基因組測(cè)序，并利用Krait(Duetal.，2018)進(jìn)行微衛(wèi)星的查找與統(tǒng)計(jì)。結(jié)果表明，不同類型的微衛(wèi)星在南疆沙蜥基因組中豐度差異很大，以四堿基重復(fù)類型最多。與以往對(duì)物種基因組中進(jìn)行微衛(wèi)星查找的研究相比，這種情況很少見。植物基因組中，已有研究表明占優(yōu)勢(shì)的微衛(wèi)星是二堿基重復(fù)(Tóthetal.，2000)或六堿基重復(fù)(馬秋月等，2013；廖卓毅等，2014)。對(duì)動(dòng)物的研究，無脊椎動(dòng)物中占主導(dǎo)的微衛(wèi)星重復(fù)類別沒有特別明顯的規(guī)律，最豐富的類型既有單堿基重復(fù)(汪自立等，2013)，又有二堿基重復(fù)(高煥等，2004)和三堿基重復(fù)(魏朝明等，2007；汪自立等，2013)；脊椎動(dòng)物中單堿基重復(fù)占主導(dǎo)的較多(黃杰等，2012，2015；戚文華等，2013；李午佼等，2014；聶虎等，2017；崔凱，岳碧松，2018)。有研究推測(cè)，多數(shù)物種基因組微衛(wèi)星中單堿基重復(fù)豐度最高，可能是由于微衛(wèi)星序列越長，突變率就越高，因此穩(wěn)定性就越差(Wierdletal.，1997)；在很多真核生物中，重復(fù)長度和重復(fù)頻率呈負(fù)相關(guān)(Kattietal.，2001)。然而，我們對(duì)南疆沙蜥的研究結(jié)果與之相差甚遠(yuǎn)，與南疆沙蜥同屬于爬行類的紅尾蚺Boaconstrictor和原矛頭蝮Protobothropsmucrosquamatus也并未表現(xiàn)出一致的微衛(wèi)星重復(fù)類型(聶虎等，2017)?？傮w而言，不同物種基因組中的微衛(wèi)星重復(fù)類型豐度表現(xiàn)不盡相同，重復(fù)長度和重復(fù)頻率的相關(guān)關(guān)系可能也不宜一概而論。

圖1 南疆沙蜥基因組中相對(duì)豐度最高的微衛(wèi)星基序分布Fig. 1 Relative abundance of the most relative abundant microsatellite motifsin the genome of Phrynocephalus forsythii

重復(fù)基序Motif數(shù)目Counts長度Length/bp占比Percent/%平均長度Average length/bp相對(duì)豐度Relative abundance/(個(gè)/Mb)AC2 10195 14417.3545.2974.19AAAT1 59247 76013.1530.0056.22C1 20617 2049.9614.2742.59AG1 17134 5629.6729.5141.35A4786 2943.9513.1716.88ATAG43925 9323.6359.0715.50AAC39210 5273.2426.8513.84AGG3587 5062.9620.9712.64AAT32013 1912.6441.2211.30AAAC3127 0722.5822.6711.02

圖2 南疆沙蜥不同重復(fù)拷貝類型微衛(wèi)星的重復(fù)次數(shù)分布
Fig. 2 Distribution of the copy number in different microsatellite motifs forPhrynocephalusforsythii

表3 分布頻率最高的重復(fù)拷貝類型微衛(wèi)星的拷貝數(shù)分布情況Table 3 Distribution of the number of copy repeats among the most frequent microsatellite motifs

表4 100對(duì)擴(kuò)增南疆沙蜥微衛(wèi)星DNA的候選引物Table 4 The list of 100 pairs of candidate primers to amplify the microsatellite DNA loci for Phrynocephalus forsythii

ssr-4503(ATC)18TCTCATAGGTCTGGTTCACTAAGC59.60GCTGTGCCTCACTGATAGACG60.80151ssr-5180(ATC)15GACAAACATGCACCACCACC59.97GGGTCACACTCAATATTCTGTGG59.06158ssr-6874(ATC)12CCATATCCAGTCTCCTGCTAGG59.17AGTAACAGGAGGGCATCAGG58.79206ssr-587(AAAT)4ATCCTTGCAGGTGGGAATGG56.99TTGTAAGCTGCCTTGAGTCC57.81102ssr-100(AAAT)5GATGGGTTCCTACCAGGTGC60.11ATTGCAGCCTTGTGTAAGCC59.11155ssr-141(AAAT)5CTGTAAACCGCCCAGAGTCC60.39AAACAGAACTCGAGGCAAAGG58.78158ssr-380(AAAT)5TCAATGACACCAAGCACTGC60.16TGTAAACCGCCCAGAGTAGC59.75102ssr-17(AAAT)5GTGCTCACAGGCCAGTACC60.38CTACAGCTGGTAGGCAGGC59.86147ssr-392(AAAT)6TCAATGACACCAAGCACTGC58.98TTGTAAACCGCCCTGAGTCC59.96154ssr-449(AAAT)6AGAGTGGGAGGGAAGGAAGG59.19TTTGTCGCCTGATTGTTCGC59.76123ssr-153(AAAT)7AGTTGTCCATGTACAGGCAGG60.00GTATTCTGTTAGCGCCCACG59.07161ssr-252(AAAT)7AATGTTGCTGATACTGGTACTAGG59.83GCTACAGCTCACTTGATATGGC59.19106ssr-213(AAAT)8TCAATGACACCAAGCACTGC60.14ATCATGGGCCAATCGTGGG60.15157續(xù)表4位點(diǎn)Locus重復(fù)基序Repeat motif上游引物序列Forward primersequence (5’-3’)熔解溫度Meltingtemperature/℃下游引物序列Reverse primersequence (5’-3’)熔解溫度Meltingtemperature/℃PCR產(chǎn)物長度PCR productlength/bpssr-636(AAAT)8ATAAGATGAGGTGCAGGCGG58.56GTGCAACTTGGTGAGGATCC58.83116ssr-84(AAAT)11TCAATGACACCAAGCACTGC59.05AACACACTGCCCAGAGTAGC59.96133ssr-1024(AAAT)11CGTCTTTCCTTGGGAGTGCC60.96TTGTTCGCCGCTTAGAGTCC60.39165ssr-1777(AAAT)11CTGTAAGACGCCTTGGGTCC60.39TGGGCCAGTTTGACTCTTGG60.18199ssr-990(AAAT)12TGAACTTTCAGTGACAACAGCC59.32AAACATGACCACAGTGCTGC59.33177ssr-1208(AAAT)14ACTGAGTGGAACGATGTCTGG59.73TGACCTTGTTGGCAGATGGG60.25120ssr-1223(AAAT)14ACCTTTGGGTAGTGGACAGC59.60CCTTAGTCCACTGAGCCACC59.75156ssr-1338(AAAT)14TGCTTCATTGCTGAACTGCC59.40TGAGCCGCTTAGGTCTTTCC59.75199ssr-1663(AAAT)14GCCAGCCAGCTTATAACAGG58.69CCCTGTCATGTGATTGCTTGC60.14169ssr-1771(AAAT)14TCTTGGAGGACTGATGAAGGC59.44TGGTGTTAAATGATGCTGTGACC59.49163ssr-1158(AAAT)15AGTTCTTCGGGAAGATGGCC59.75CAGGATGATCCAGTACGGCC59.97119ssr-1403(AAAT)15GCAGGCTTCGTGTACAATCC59.27GGAGAGTGCATGGTTTCATTCC59.58186ssr-835(AAAT)15CTGACATGCCTCACAATGCC59.55CTGGGTTGCCAAATGAGTGG59.40170ssr-1310(AAAT)16TTGTCACCCATACTGAGGCC59.38CAGGTTATCACACTGCTGGC58.91158ssr-1066(AAAT)16ACTGCAACTCCCAGAAGTCC59.60CCACCCAGAGTAGCCCTAGG60.76191ssr-262(ATAG)4CTGTAAACCGCCCAGAGTCC60.18AGATCCTGGCCGTGAAAGC60.08136ssr-910(ATAG)13CCAAAGTGGCCTTGCTGC59.66ATCCCCAGAGTGATGCATGG59.52117ssr-844(ATAG)17ATCTACCTCACTGGACCTGG57.83CACCCAGGTAGTGTAGTTTGC58.58203ssr-913(ATAG)17AAAGTGCCACCAAGCCCAGC63.90TAGCTGGCTGGCTGGCTGG64.61126ssr-789(ATAG)20ATGGGTCTCTTCAGGCAAGC60.03TGACTTGACTGACTAGCTGGC59.73198ssr-1668(ATAG)23AGGAAATACACTGCCCAGAGC60.07AATCAGCAAAGGTCAGTGGG58.08191ssr-83(AAAC)4TCAATGACACCAAGCACTGC59.05AACACACTGCCCAGAGTAGC59.96133ssr-240(AAAC)4AGCTGTCACCCATGTATGGC60.18GCTTAGCTCCAGTCTCAGGG59.54186ssr-379(AAAC)4CCACTTCCAGCCAGTGAAGC57.39TATATTGTTGGATGCTGCCC55.55109ssr-621(AAAC)4GTGCCTCAGCTGGTATCAGG60.07TCCTTGAGAATTTGCACCAACC59.37145ssr-1321(AAAC)13TTCTGTTGGGAAGACGGTGC60.53TTGTGGATACCCTGGACTGC59.38171ssr-183(AAAG)4GTGCTCACAGGCCAGTACC60.25CTCCCACTCACCTTCCTTCC59.38136ssr-1087(AAAG)11CGGATACAAATACAAAGAGCCC57.19CCTGTGTTAACCGACAACAGG59.13200ssr-1406(AAAG)14AACTCCAGGCTAGGCTGTGG61.56TGTCCTTGCAGAGTTCTCAGG59.65162ssr-1665(AAAG)14TATGGGCTTACCTCACCAGG58.49TTGCCACCATTGTCCTAGGC60.32148ssr-404(AAAG)16GATGGGTTCCTACCAGGTGC59.24CCAAATCCAGATCAGGTTGCC59.25202ssr-354(AATG)4GTGCTCACAGGCCAGTACC60.18TGATTCATTGTGGTTTCAGCTGG59.74117

ssr-1664(AATC)11ATCCTCCTGCAGATACAGCC58.94AGGTGTTCATGTAGAAGGCTAGC60.12104ssr-81(ATCC)10CCACTTCCAGCCAGTGAAGC61.24CCATCCATCCATCCATCCATCC60.36172ssr-3524(ATCC)13AATGCCTACTGCCAGAAACC58.16AGTGATTTGACTGCTGCTGC59.12147ssr-4478(ATCC)14GTCTGTCCGTCCATCCATCC59.89CTGACCCTGCTTAGCTTCCG60.46213ssr-5989(ATCC)12AAGCAAGCAACTGAGCAAGC59.97GCTAGTCTTGTTAGGATTGCACC59.38125ssr-8782(ATCC)11TCTGTGTTGATGTTCCATGTCC58.59GCACAATGCAAGAACAATGC57.13204ssr-113(AAGG)6GCTTGAGGAAGGAAGGGAGG59.75TGAACAATAGCTTGCAACAGCC60.03139ssr-581(AAGG)6GGTGCGCTGTTATTCTTGCC59.38GTGGGTGTGCTTGCTTATGC60.11138ssr-574(ACGG)4TTGGTTGGTGTACAGAGGCG60.32TTGATCCAACGGGCTCAAGG60.32145ssr-764(ACTG)4TGTTTAATTGTCGATTCAGGATGGC59.89GACAGGTGATCCCAGTACGC60.18138ssr-517(ACTC)9GTAGTCCATTGTTGCAAGCCG57.62CCATGGAGTCACAAAGAGTTGG59.18170ssr-91(AGGG)4AGCTGTCACCCATGTATGGC60.11AGGAGATGAAGAACGGGTTGG59.72176ssr-723(AGGG)5TGACTGAAGGGAGGAGGAGG57.84GCAGAATCACTAGCCATGGC59.05113

從南疆沙蜥重復(fù)基序的拷貝數(shù)分布來看，重復(fù)次數(shù)少的類型占多數(shù)。譜系(Weber & Wong，1993；Schl?ttereretal.，1998)、種群(Goldstein & Clark，1995)和克隆株(Wierdletal.，1997)的微衛(wèi)星分析結(jié)果均支持SSR位點(diǎn)的變異頻率與拷貝數(shù)存在一定相關(guān)性，即重復(fù)次數(shù)越多，SSR產(chǎn)生變異的可能性越大，但Schl?tterer(2000)認(rèn)為這種相關(guān)性是否呈線性關(guān)系還有待進(jìn)一步研究。

據(jù)Guichoux等(2011)統(tǒng)計(jì)，自1990年以來，有關(guān)微衛(wèi)星的論文數(shù)量增長迅猛，一定程度上也促進(jìn)了二代測(cè)序技術(shù)的發(fā)展。而二代測(cè)序出現(xiàn)之前，微衛(wèi)星重復(fù)類型的獲得對(duì)于非模式生物來說均是一個(gè)瓶頸(Guichouxetal.，2011)。隨著高通量測(cè)序技術(shù)的發(fā)展，測(cè)序成本逐漸降低，可獲得的數(shù)據(jù)越來越多，這為進(jìn)一步增進(jìn)對(duì)非模式物種的深度了解提供了很好的契機(jī)。Nie等(2015)運(yùn)用Illumina高通量RNA-seq測(cè)序技術(shù)對(duì)青海沙蜥進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，鑒定篩選出25個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)，其中22個(gè)位點(diǎn)可在南疆沙蜥中擴(kuò)增。本研究使用454 GS FLX高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)南疆沙蜥進(jìn)行基因組測(cè)序，SSR分子標(biāo)記開發(fā)及分析，利用軟件預(yù)測(cè)首次對(duì)南疆沙蜥基因組微衛(wèi)星進(jìn)行了搜索統(tǒng)計(jì)并設(shè)計(jì)篩選了100對(duì)基于三堿基和四堿基重復(fù)的候選引物，為利用微衛(wèi)星標(biāo)記研究南疆沙蜥種群遺傳結(jié)構(gòu)奠定了基礎(chǔ)。