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        兒童馬方綜合征患者原纖維蛋白1基因突變與臨床表型的相關(guān)性研究

        2019-06-10 07:35:28李玉琳張曉平溫海初
        心肺血管病雜志 2019年3期
        關(guān)鍵詞:錯義外顯子基因突變

        孔 煜 李 揚(yáng) 李玉琳 張曉平 鄭 萍 溫海初 杜 杰

        馬方綜合征(Marfan syndrome,MFS)是嚴(yán)重遺傳性結(jié)締組織病,為常染色體顯性遺傳,發(fā)病率在1/3 000~5 000[1-2],MFS臨床表現(xiàn)不一,主要累及眼睛、骨骼、心血管等器官組織。骨骼系統(tǒng)的主要表現(xiàn)包括身材高大,胸廓畸形,蜘蛛指,脊柱側(cè)凸等;眼睛主要表現(xiàn)在高度近視和晶狀體異位;心血管系統(tǒng)主要表現(xiàn)在主動脈根部的擴(kuò)張以及伴隨的主動脈瘤和主動脈夾層,其他還包括二尖瓣和三尖瓣的脫垂以及鄰近肺動脈的擴(kuò)張,是MFS患者就醫(yī)和死亡的主要原因[3]。目前,MFS的診斷標(biāo)準(zhǔn)主要依據(jù)2010年發(fā)布的修訂版Ghent標(biāo)準(zhǔn)[4]。

        MFS主要由編碼原纖維蛋白1的(fibrillin 1,F(xiàn)BN1)基因突變引起[5],F(xiàn)BN1基因位于人類第15號染色體,有65個外顯子,迄今已經(jīng)發(fā)現(xiàn)超過3 000種FBN1基因的突變[6],每個家庭的突變幾乎都是獨(dú)特的,突變方式包括無義、移碼、剪接、插入/缺失以及錯義突變[7],也包括整個基因和多個外顯子的丟失[2]。

        基因型和臨床表型的復(fù)雜多變[8],對MFS的臨床決策造成了極大的困難。目前,國人對MFS基因型和表型研究十分有限,基因型和表型的關(guān)聯(lián)尚不清楚,本研究試圖分析我院兒童MFS患者FBN1基因的突變譜,尋找FBN1基因新的致病位點(diǎn),發(fā)現(xiàn)基因型與臨床表型之間的關(guān)聯(lián),為國人中兒童MFS患者的臨床診療提供理論基礎(chǔ)。

        資料與方法

        1.研究對象 本研究納入了2014年至2016年間,就診于北京安貞醫(yī)院的30例臨床確診或疑似MFS的兒童患者(年齡<18周歲),診斷標(biāo)準(zhǔn)依據(jù)2010修訂版Ghent標(biāo)準(zhǔn)[4]。所有的兒童患者都經(jīng)過專業(yè)醫(yī)師的評估并且有詳細(xì)的臨床信息。本研究通過了北京安貞醫(yī)院倫理委員會的審查,所有患者均簽署了知情同意書。所有患者都是漢族人。

        2.血液樣本獲取及DNA提取 取兒童MFS患者外周靜脈血2 mL(EDTA抗凝),用QIAamp全血DNA提取試劑盒(QIAamp DNA Blood Mini Kit)提取基因組DNA。

        3.Ion AmpliSeq NGS Panel目標(biāo)測序 應(yīng)用Ion AmpliSeq NGSPanel靶向目標(biāo)測序技術(shù)(賽默飛),對FBN1基因目標(biāo)區(qū)域進(jìn)行NGS測序。針對FBN1基因用AmpliSeq Panel擴(kuò)增目的片段,進(jìn)行磁珠純化、鏈霉素標(biāo)記測序。將100 pmol文庫與磁珠結(jié)合在油包水?dāng)U增后,鏈霉素標(biāo)記目的基因,進(jìn)行Ion PGM上機(jī)測序。

        4.生物信息學(xué)分析 (1)原始數(shù)據(jù)的處理:①處理原始數(shù)據(jù)生成BAM文件(軟件:Torrent Suite);②BAM文件分類、索引、再分類去除錯誤的SNP(軟件:Genome Analysis Tool Kit、Samtools)。

        (2)信息注釋以及過濾篩選:1)信息注釋包括:基因參考序列、染色體和cDNA位置、氨基酸變化以及相關(guān)公共數(shù)據(jù)庫信息。(軟件:ANNOVAR;數(shù)據(jù)庫:SNP數(shù)據(jù)庫(dbSNP142),千人基因組,外顯子測序計劃(ESP6500),人類外顯子數(shù)據(jù)庫(ExAC03),全基因組數(shù)據(jù)庫(cg60),人類基因突變數(shù)據(jù)庫(HGMD),以及眾多的功能預(yù)測軟件);2)過濾標(biāo)準(zhǔn):①在千人基因組,外顯子測序計劃(ESP6500),人類外顯子數(shù)據(jù)庫(ExAC03)中最小等位基因頻率(MAF)<0.1%;②破壞性突變包括:移碼突變、插入或缺失、終止突變、剪接突變;③非同義突變:a.M-CAP score>0.025;b.REVEL score>0.5;c.6項(xiàng)標(biāo)準(zhǔn)中至少符合5項(xiàng):SIFT<0.1,Polyphen2>0.9,CADD score>30,GERP>5,Mutation-Taster=“A”or“D”,and LRT=“D”。

        (3)篩選結(jié)果分為兩類:已知致病突變和疑似致病突變。

        (4)計算患者主動脈根部Z評分:Z評分是一個用來標(biāo)化數(shù)據(jù)的統(tǒng)計方法,計算公式是主動脈根徑實(shí)測值與平均值的差值(單位為mm)再除以標(biāo)準(zhǔn)差,評分越高代表患者主動脈擴(kuò)展程度越高。

        5.Sanger sequencing驗(yàn)證 對篩選出的突變合成對應(yīng)的DNA引物,用PCR法進(jìn)行擴(kuò)增,用ABI 3730xl測序儀(美 國Applied Biosystems公司)以Sanger測序法進(jìn)行測序,測序結(jié)果與靶向目標(biāo)測序的結(jié)果進(jìn)行比對。

        6.統(tǒng)計學(xué)分析 所有統(tǒng)計分析均使用SPSS軟件完成。應(yīng)用Shapiro-Wilk檢驗(yàn)來確定數(shù)據(jù)是否符合正態(tài)分布。符合條件的分類變量以頻數(shù)(率)表示,使用χ2檢驗(yàn)或使用Fisher精確概率法。以P<0.05為差異有統(tǒng)計學(xué)意義。

        結(jié)果

        1.我們對30例兒童先證者進(jìn)行了基因測序,發(fā)現(xiàn)27例兒童患者攜帶致病或者疑似致病的FBN1突變,其中錯義突變19例,截短突變8例,剪接突變3例(表1)。

        2.用主動脈Z評分對兒童MFS患者的主動脈直徑量化結(jié)果 在主動脈Z評分≥3的患者中,大部分患者攜帶截短或者剪接突變(70.0%),小部分患者攜帶錯義突變(30.0%),在主動脈Z評分<3的患者中,大部分患者攜帶錯義突變(76.5%),小部分患者攜帶截短或者剪接突變(23.5%)。和主動脈Z評分<3的兒童患者相比,主動脈Z評分≥3的兒童患者有更多的患者攜帶截短或者剪接突變(70.0%vs.23.5%,P<0.05),差異有統(tǒng)計學(xué)意義,故攜帶截短或者剪接突變的兒童患者主動脈擴(kuò)張的程度更高(表2)。

        表1 27例患者FBN1基因突變類型測序結(jié)果

        表2 27例患者的主動脈Z評分組間FBN1基因突變類型分布[n(%)]

        3.FBN1基因中半胱氨酸相關(guān)基因突變與臨床表型關(guān)系[9]本研究發(fā)現(xiàn)16例攜帶FBN1錯義突變的患者中,按照突變是否和半胱氨酸相關(guān)將患者分為兩個亞組,其中一組有8例攜帶半胱氨酸相關(guān)FBN1突變,另一組有8例攜帶非半胱氨酸相關(guān)FBN1突變,攜帶半胱氨酸相關(guān)突變的兒童患者有更容易出現(xiàn)晶狀體異位的趨勢(P=0.119,表3)。

        表3 半胱氨酸相關(guān)FBN1基因突變與晶狀體異位

        討論

        自Dietz等[5]第一次發(fā)現(xiàn)FBN1基因突變導(dǎo)致MFS已經(jīng)有20余年,F(xiàn)BN1基因編碼的原纖維蛋白1是一種糖蛋白,廣泛的分布在細(xì)胞外基質(zhì)中,對彈性纖維的形成至關(guān)重要,F(xiàn)BN1基因的突變會引起原纖維蛋白1的異常,從而引起MFS的一系列表型。人們對這其中的發(fā)病機(jī)制進(jìn)行了深入的研究。有研究認(rèn)為,F(xiàn)BN1基因突變引起MFS的機(jī)制可以用單倍劑量不足和顯性負(fù)效應(yīng)兩種機(jī)制來解釋,單倍劑量不足指一個等位基因突變后,另一個等位基因能正常表達(dá),但這只有正常水平50%的蛋白質(zhì)不足以維持細(xì)胞正常的生理功能;顯性負(fù)效應(yīng)指某些蛋白突變后不僅自身無功能,還能抑制或阻斷其他蛋白的作用[3]。近來也有研究發(fā)現(xiàn),MFS和TGP-β信號通路的異常有關(guān)[10-12],在MFS患者中,F(xiàn)BN1基因的突變導(dǎo)致TGP-β配體的釋放失控,上調(diào)經(jīng)典和非經(jīng)典TGP-β信號通路,從而導(dǎo)致TGP-β靶基因的過度表達(dá),進(jìn)而導(dǎo)致原纖維蛋白的異常,引發(fā)MFS的臨床表型。

        人們也對MFS基因型和臨床表型的關(guān)聯(lián)進(jìn)行了大量的研究,但是只獲得了為數(shù)不多的發(fā)現(xiàn)。有研究發(fā)現(xiàn)FBN1基因發(fā)生半胱氨酸替換與晶狀體異位有關(guān)[9];攜帶截短或者剪接突變的MFS患者更易發(fā)生主動脈事件[13];FBN1單倍劑量不足突變的患者更多地出現(xiàn)了雞胸、硬腦膜擴(kuò)張、皮紋等表現(xiàn)[14],并且這些患者有更高的風(fēng)險出現(xiàn)主動脈事件和心血管相關(guān)的死亡[15];FBN1基因第47號外顯子跳躍突變的MFS患者更容易發(fā)生主動脈相關(guān)疾病[16];FBN1基因24-32號外顯子的突變和新生兒MFS或者嚴(yán)重的MFS表型相關(guān)[17]。

        本研究是中國人群中少有的有關(guān)兒童MFS患者的研究,我們發(fā)現(xiàn)在中國人群中攜帶截短或剪接突變的兒童MFS患者主動脈擴(kuò)張的程度更高,相比之下攜帶錯義突變的兒童MFS患者主動脈擴(kuò)張程度較小,這一發(fā)現(xiàn)和Baudhuin等[13]的發(fā)現(xiàn),在某種層面上是一致的,他們的結(jié)果提示攜帶截短或剪接突變的患者更易出現(xiàn)主動脈事件(主動脈瘤和主動脈夾層)。

        本研究也存在局限性,首先,北京安貞醫(yī)院是中國最大的MFS診療中心之一,這些兒童患者可能都有比較嚴(yán)重的表型;其次,患者人數(shù)相對較少,數(shù)據(jù)可能有所偏倚;再者,很多新報道的突變的判定都是基于生物信息學(xué)的分析和相關(guān)軟件的預(yù)測,缺少對應(yīng)的功能學(xué)實(shí)驗(yàn);在以后的研究中,我們會做出相應(yīng)的改進(jìn)。

        總之,主動脈相關(guān)的表型仍然是MFS患者最嚴(yán)重的臨床表現(xiàn),本研究發(fā)現(xiàn)攜帶截短或剪接突變的兒童MFS患者主動脈擴(kuò)張的程度更高,這對兒童MFS患者的未來臨床診療具有重要的意義。

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