管清梅,張 琳,王芳芳
(1.阜陽(yáng)師范學(xué)院 化學(xué)與材料工程學(xué)院,安徽 阜陽(yáng) 236037;2.濟(jì)南大學(xué) 化學(xué)化工學(xué)院,山東 濟(jì)南 250022)
煙堿(nicotine,NCT)不僅在香煙致癌的過程中起重要作用,而且是吸煙成癮的最主要物質(zhì)。對(duì)煙堿與人體內(nèi)生物大分子的相互作用,對(duì)預(yù)防和治療癌癥相關(guān)藥物的開發(fā)和研制具有重要的意義,已成為當(dāng)前理論和實(shí)驗(yàn)的研究熱點(diǎn)之一。在正常的人體環(huán)境中,蛋白質(zhì)和核酸等大分子與體內(nèi)的環(huán)境水分子形成較強(qiáng)的分子間相互作用,使之具有特殊的生物活性。而在煙堿致病的人體內(nèi),煙堿與蛋白質(zhì)的作用過程中,環(huán)境水分子也起到不可忽視的作用。因此,在分子水平上探究水分子與煙堿的相互作用具有非常重要的實(shí)際意義[1-3]。目前,對(duì)于煙堿-水體系的理論研究報(bào)道較少,本文對(duì)煙堿-水分子團(tuán)簇(NCT-(H2O)n(n=1~3)進(jìn)行理論計(jì)算,為研究煙堿與生物大分子在人體環(huán)境中的相互作用提供有力的理論參考。
用GaussView做出煙堿、水以及(NCT-(H2O)n(n=1~3)團(tuán)簇的初始構(gòu)型,利用Gaussian03W 程序[4],在B3LYP/6-311+G(d,p)水平下對(duì)其進(jìn)行全優(yōu)化,找到其在勢(shì)能面上可能存在的穩(wěn)定構(gòu)型[5]。所得團(tuán)簇結(jié)構(gòu)均無虛頻,即煙堿-水團(tuán)簇均對(duì)應(yīng)其勢(shì)能面上的能量極小點(diǎn)[5]。在MP2/6-311+G(d,p)水平下對(duì)穩(wěn)定構(gòu)型進(jìn)行能量分析,加入基組重疊校正(BSSE校正),得到分子總能量、相對(duì)能量和總結(jié)合能。
在B3LYP/6-311+G(d,p)水平下對(duì)煙堿單體(NCT)和煙堿-水分子團(tuán)簇 NCT-(H2O)n(n=1~3)進(jìn)行全優(yōu)化,得到其低能幾何構(gòu)型。圖1給出了煙堿單體低能幾何結(jié)構(gòu)及其全原子標(biāo)號(hào)。煙堿分子是由一個(gè)吡啶環(huán)和1-甲基吡咯烷相連而成,其中吡啶環(huán)中的N原子標(biāo)號(hào)為6,吡咯烷環(huán)中的N原子標(biāo)號(hào)為22。NCT-(H2O)n(n=1~3)低能幾何結(jié)構(gòu)分別列于圖2和圖3中。可以看出,水分子與煙堿中的N原子之間結(jié)合緊密,形成較強(qiáng)烈的分子間氫鍵相互作用。煙堿、水單體和NCT-(H2O)n(n=1~3)團(tuán)簇的部分鍵長(zhǎng)參數(shù)見表1和表2[5]。
由表1可見,與煙堿單體的幾何參數(shù)相比,團(tuán)簇中與N6原子相關(guān)的N-C鍵長(zhǎng)變化不大,在0.000 4 nm以內(nèi);與N22原子相關(guān)的N-C鍵長(zhǎng)變化稍大,最大增加0.001 9 nm。與單體水相比,團(tuán)簇中水分子的部分O-H鍵長(zhǎng)增加明顯,如團(tuán)簇NCT-(H2O)1的a構(gòu)型,水分子的一個(gè)O-H鍵長(zhǎng)為0.098 3 nm,比單體水增長(zhǎng)0.002 1 nm,這歸根于該水分子與吡咯烷環(huán)中的N22形成了分子間較強(qiáng)氫鍵相互作用[6],N22…HW 氫鍵長(zhǎng)為 0.193 3 nm。再如團(tuán)簇NCT-(H2O)2的b構(gòu)型,水分子與吡咯烷環(huán)中的N22形成了分子間氫鍵,N22…HW氫鍵長(zhǎng)為0.191 3 nm,參與該氫鍵的O-H鍵長(zhǎng)為0.099 5 nm;同時(shí)兩個(gè)水分子間也形成分子間氫鍵,OW…HW氫鍵長(zhǎng)為0.184 5 nm,參與該氫鍵的O-H鍵長(zhǎng)為0.097 6 nm;第二個(gè)水中的氧原子與吡咯烷環(huán)中的H18間的距離為0.248 8 nm,這樣形成煙堿與兩個(gè)水分子的八元環(huán),有助于團(tuán)簇結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定。NCT-(H2O)3的4種穩(wěn)定構(gòu)型都因分子間氫鍵形成環(huán)狀結(jié)構(gòu),參與氫鍵的O-H鍵長(zhǎng)增長(zhǎng)而未參與O-H鍵長(zhǎng)均未發(fā)生改變。這種分子間強(qiáng)烈的相互作用對(duì)分子電荷以及化學(xué)鍵的轉(zhuǎn)動(dòng)具有一定的影響[5]。
圖1 全優(yōu)化后煙堿(NCT)的幾何構(gòu)型及原子標(biāo)號(hào)
圖2 NCT-(H2O)n(n=1,2)的低能幾何構(gòu)型/nm
圖3 NCT-(H2O)3的低能幾何構(gòu)型/nm
表1 全優(yōu)化的NCT-(H2O)n(n=1-2)的部分鍵長(zhǎng)和氫鍵長(zhǎng)/nm
煙堿和水分子形成團(tuán)簇過程中不僅幾何參數(shù)發(fā)生變化,同時(shí)各原子所帶電荷也發(fā)生重排[7-8]。全優(yōu)化煙堿、水單體及NCT-(H2O)n(n=1~3)的部分原子電荷列于表3和表4。表中給出的部分原子電荷與單體相差較大,如C11、部分的N6和N22以及水中氧、氫原子。如表3NCT-(H2O)2團(tuán)簇的三種結(jié)構(gòu)中C11的電荷分別為-0.390 e,-0.279 e和-0.707 e,比單體中C11都有較大的增大或減??;N22的電荷分別為-0.169 e,-0.232 e和-0.007e,比單體中N22的-0.004 e更負(fù);而團(tuán)簇中氧原子電荷比單體水更負(fù),分別為-0.592 e,-0.630 e,-0.652 e,-0.552 e,-0.615 e 和-0.602 e。同時(shí)部分水中的氫原子電荷比單體水中更正。經(jīng)分析這些原子大多位于煙堿與水分子結(jié)合部位以及吡咯烷環(huán)與吡啶環(huán)的連接部位。表中數(shù)據(jù)說明,煙堿與水分子形成團(tuán)簇時(shí)分子中的原子電荷進(jìn)行了重新排布,即發(fā)生了極化。極化產(chǎn)生的原因是煙堿與水分子間以及水分子之間形成了較強(qiáng)烈的分子間氫鍵,使得(NCT-(H2O)n(n=1~3)團(tuán)簇的能量更低,結(jié)構(gòu)更穩(wěn)定。
表2 全優(yōu)化的NCT-(H2O)n(n=3)的部分鍵長(zhǎng)和氫鍵長(zhǎng)/nm
偶極矩是衡量分子電荷布居的重要物理量,可用來判斷分子的空間構(gòu)型。分子的偶極矩越大,表示分子的極性越大,分子的對(duì)稱性就越小[5-8]。表5中給出了團(tuán)簇(NCT-(H2O)n(n=1~3)低能幾何構(gòu)型的偶極矩。對(duì)比NCT單體的偶極矩2.719 D,各煙堿-水分子團(tuán)簇的偶極矩有增有減,說明水分子加入后團(tuán)簇的對(duì)稱性變化不一。對(duì)于NCT-(H2O)1,a構(gòu)型偶極矩為2.529 D,小于單體NCT,對(duì)稱性增強(qiáng);而b構(gòu)型偶極矩為5.382 D,對(duì)稱性有明顯的降低。從圖2中也明顯可以看出,a構(gòu)型中水分子與吡咯烷環(huán)中的N22形成氫鍵相互作用,使得團(tuán)簇的對(duì)稱性增強(qiáng);而b構(gòu)型中,吡啶環(huán)中的N6與水形成分子間氫鍵,對(duì)稱性降低。同樣,從表5中數(shù)據(jù)可見,對(duì)于NCT-(H2O)2三種構(gòu)型的偶極矩順序?yàn)閎<c<a,其中b的偶極矩最小,為1.357 D,極性最小。這是因?yàn)閎構(gòu)型中吡咯烷環(huán)中的N22與水形成氫鍵相互作用,而兩個(gè)水之間也形成分子間氫鍵[8],并與吡咯烷中的H18形成環(huán)狀結(jié)構(gòu),使團(tuán)簇的對(duì)稱性增強(qiáng)。NCT-(H2O)3團(tuán)簇的4種構(gòu)型的偶極矩順序?yàn)榈膁<c<a<b,d構(gòu)型的偶極矩最小為0.778 D。這是因?yàn)檫量┩榄h(huán)中的N22原子與三個(gè)水分子依次“手拉手”通過分子間氫鍵形成環(huán)狀結(jié)構(gòu),體系對(duì)稱性增強(qiáng)[9]。
表3 全優(yōu)化的煙堿、水單體以及NCT-(H2O)n(n=1,2)的部分原子電荷分布/e
表4 全優(yōu)化的煙堿、水單體以及NCT-(H2O)3的部分原子電荷分布/e
在MP2/6-311+G(d,p)//B3LYP/6-311+G(d,p)水平下,進(jìn)行BSSE校正,計(jì)算得到NCT-(H2O)n(n=1~3)低能構(gòu)型的總能量,相對(duì)能量和總結(jié)合能,列于表6中。從表6中數(shù)據(jù)可以看出,對(duì)于NCT-(H2O)1團(tuán)簇總能量 a<b,二者相差 8.93 kJ·mol-1;NCT-(H2O)2團(tuán)簇的總能量順序?yàn)?b<c<a;NCT-(H2O)3團(tuán)簇的總能量順序?yàn)?d<b<a<c;均與結(jié)合能大小順序一致。實(shí)驗(yàn)結(jié)果證明,團(tuán)簇的總能量越低,結(jié)合能越大,團(tuán)簇越穩(wěn)定[8-10]。NCT-(H2O)1團(tuán)簇,a構(gòu)型穩(wěn)定,結(jié)合能為-33.93 kJ·mol-1;NCT-(H2O)2團(tuán)簇,b 構(gòu)型最穩(wěn)定,結(jié)合能為-70.34 kJ·mol-1;而 NCT-(H2O)3團(tuán)簇,d 構(gòu)型最穩(wěn)定,結(jié)合能為-107.24 kJ·mol-1。NCT-(H2O)n(n=1~3)低能構(gòu)型的結(jié)合能均為負(fù)值且隨水分子數(shù)目的增多而增大;說明煙堿分子與水分子結(jié)合過程中均釋放出一定能量,使體系總能量降低,更穩(wěn)定,這是因?yàn)闊焿A與水分子以及水分子之間形成較強(qiáng)烈的分子間氫鍵相互作用[7-9],并且形成環(huán)狀氫鍵的團(tuán)簇結(jié)合能更大。
在MP2/6-311+G(d,p)//B3LYP/6-311+G(d,p)水平下,對(duì)煙堿、水分子和NCT-(H2O)n(n=1~3)團(tuán)簇進(jìn)行理論計(jì)算,得到NCT-(H2O)n(n=1~3)團(tuán)簇的9種低能穩(wěn)定構(gòu)型。從團(tuán)簇結(jié)構(gòu)和能量?jī)煞矫嫣接憻焿A與水分子的相互作用,得到各構(gòu)型的原子電荷布居、偶極矩、總能量、相對(duì)能量和總結(jié)合能。結(jié)果表明,煙堿與水分子形成強(qiáng)烈的分子間氫鍵相互作用,更易形成環(huán)狀氫鍵結(jié)構(gòu),使分子電荷重排,對(duì)稱性改變,并且形成環(huán)狀氫鍵的團(tuán)簇結(jié)合能更大。從總能量和結(jié)合能分析,團(tuán)簇中NCT-(H2O)1a、NCT-(H2O)2b和 NCT-(H2O)3d分別為最穩(wěn)定構(gòu)型。
表5 NCT-(H2O)n(n=1~3)低能構(gòu)型的偶極矩 μ/D
表6 NCT-(H2O)n(n=1-3)低能構(gòu)型的能量、相對(duì)能量和總結(jié)合能/kJ·mol-1
阜陽(yáng)師范大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版)2019年1期