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        纖維亞麻種間雜交D1代的RAPD-PCR鑒定

        2019-04-14 08:26:42宋鑫玲曹洪勛孫宇峰王曉楠夏尊民
        中國麻業(yè)科學(xué) 2019年6期
        關(guān)鍵詞:瓊脂糖亞麻供體

        宋鑫玲,曹洪勛,孫宇峰,王曉楠,夏尊民

        (黑龍江省科學(xué)院大慶分院,黑龍江 大慶 163319)

        種間雜交是育種工作者創(chuàng)造新變異的重要手段,種間雜交技術(shù)不僅能創(chuàng)新種質(zhì)資源,而且能夠拓寬種質(zhì)資源遺傳基礎(chǔ),豐富遺傳背景。通常情況下,同一作物同一屬、不同種之間雜交會出現(xiàn)不親和的現(xiàn)象,表現(xiàn)為種間雜交結(jié)實率降低、不結(jié)實、種子干癟、種子不能萌發(fā)、幼胚敗育等現(xiàn)象,很難得到完整種子?;谝陨蠁栴}周光宇等[1]首次提出利用花粉管通道技術(shù)打破種間雜交不親和的障礙?;ǚ酃芡ǖ兰夹g(shù)是利用自然授粉之后能發(fā)出花粉管,外源DNA直接經(jīng)花粉管進(jìn)入子房而實現(xiàn)與染色體配對交換的過程。這一技術(shù)已在玉米[2]、水稻[3]、小麥[4]等作物實現(xiàn)了應(yīng)用,并得到了豐富變異的導(dǎo)入后代。王玉富等[5]首次將這一技術(shù)應(yīng)用于亞麻育種上,并獲得亞麻新品種黑亞14號。由于外源DNA導(dǎo)入后代中僅有一部分是真正的導(dǎo)入后代,而哪些是真正的變異材料,需要開展科學(xué)規(guī)范的鑒定,因此,采用一定的方法將后代中真正的雜交變異材料篩選出來十分必要。

        目前常用的技術(shù)有AFLP、RAPD、SSR、SNP等。前人對于外源DNA導(dǎo)入后代真實性鑒定的研究鮮有報道,張麗麗等[6]采用SSR技術(shù)對宿根亞麻與栽培亞麻雜交的后代進(jìn)行鑒定,結(jié)果發(fā)現(xiàn)雜交后代中僅有1株為真正的雜交種。由于作物遺傳變異是以性狀變異為單位,一個性狀可能由單基因控制,也可能由多基因控制,而且外源DNA導(dǎo)入后代的變異是多方向的[7],故而本試驗擬采用RAPD技術(shù)對后代進(jìn)行鑒定,利用特異性引物對參試的后代群體進(jìn)行PCR擴(kuò)增,篩選出后代群體中出現(xiàn)供體條帶的個體,計算導(dǎo)入率,旨在為創(chuàng)新種質(zhì)資源奠定基礎(chǔ)。

        1 材料與方法

        1.1 試驗材料

        試驗采用野亞麻為供體材料,Viking為受體材料,隨機(jī)取130個個體作為導(dǎo)入后代參試群體,RAPD引物10個,2 × Taq Master Mix (Dye Plus),ddH2O,Argorse(瓊脂糖),1×TAE,EB(溴化乙錠),DL2000 bp DNA Marker,DL15000 bp DNA Marker。

        1.2 試驗方法

        1.2.1 亞麻種子DNA提取

        試驗采用改良的高鹽低pH值法[8],提取供體、受體、參試群體種子的總DNA,采用超微量分光光度計及瓊脂糖檢測純度及條帶的完整性。

        1.2.2 引物篩選

        試驗采用李秋芝等[9]篩選的試驗引物10個,引物編號及序列見表1。

        表1 10個RAPD引物編號及序列

        Table 1 10 RAPD primer numbers and sequences

        序號名稱序列序號名稱序列1S1047CCCTCCCTAA6S1353CCGCTCGTAA2S1230CCCGTCTACC7S2105CACCCCGAAA3S1238GTTGCGCAGT8SC07GTCCCGACGA4S1270GGCGTATGGT9SH04GGAAGTCGCC5S1314GGTTCTGCTC10ST09CACCCCTGAG

        RAPD反應(yīng)體系:2×Taq Master Mix 12.5 μL+DNA模板2 μL+Primer 1 μL+無菌水4.5 μL。

        PCR過程:94 ℃ 5 min預(yù)變性,94 ℃ 1 min,36 ℃ 1 min,72 ℃ 2 min,35次循環(huán)之后,72 ℃ 5 min延伸,4 ℃保持。將PCR產(chǎn)物經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳檢測,篩選供體與受體有差異的引物條帶。

        1.2.3 群體鑒定

        采用篩選得到的RAPD多態(tài)引物,經(jīng)PCR擴(kuò)增后,將產(chǎn)物經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳檢測,選擇與供體具有相同條帶的個體。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 亞麻種子DNA提取效果及檢測結(jié)果分析

        由圖1可知,提取的DNA產(chǎn)物在260 nm下有最大吸收峰,3次重復(fù)顯示的吸收峰較為一致。第3、5、6泳道檢測出明顯條帶,第5泳道濃度最大,提取的野亞麻DNA條帶完整清晰,無拖尾,片段大于1.5 kb,RNA消化比較干凈,其他泳道沒有檢測出條帶(見圖2)?;趥鹘y(tǒng)DNA提取亞麻種子的方法優(yōu)化一粒亞麻種子DNA提取技術(shù),結(jié)果如圖3所示,可以看出微量DNA能夠檢測到完整條帶,通過與marker亮度比對,估算其濃度約為50 ng/uL,條帶片段大于1.5 kp,無降解,略有少量RNA,但不影響PCR反應(yīng)。

        圖1 野亞麻DNA的超微量檢測Fig.1 Ultra-micro-detection of wild flax DNA

        圖2 DNA大量提取的瓊脂糖電泳檢測Fig.2 Agarose electrophoresis detection of DNA extraction

        圖3 DNA超微量提取的瓊脂糖檢測Fig.3 Detection of DNA ultra-micro extraction agarose

        2.2 RAPD引物篩選結(jié)果分析

        參試的10個引物經(jīng)PCR擴(kuò)增獲得如下結(jié)果(見圖4、 5),由圖4可知,引物S1314在受體Viking擴(kuò)增出一條介于250~500 bp的條帶,在供體野亞麻上擴(kuò)增出750 bp和500 bp兩條條帶,證明該引物在供體與受體之間具有多態(tài)性。從圖5可以看出,引物SH04在受體擴(kuò)增出一條250 bp的條帶,在供體擴(kuò)增出1000、750、500 bp以及介于500~750 bp和250~500 bp之間的5條條帶,因此證明該引物在供體與受體之間具有多態(tài)性。

        圖4 特異引物S1314的篩選與條帶Fig.4 Screening and banding of specific primer S1314

        圖5 特異性引物SH04篩選與條帶Fig.5 Specific primer SH04 screening and banding

        2.3 導(dǎo)入后代群體真實雜交種的篩選

        將Viking為受體的部分后代做鑒定,隨機(jī)抽取的后代個體經(jīng)PCR擴(kuò)增獲得如下結(jié)果:參試的130個個體中,經(jīng)引物SH04擴(kuò)增后,有5個與供體一致的條帶,圖6顯示的是部分群體的PCR鑒定結(jié)果。從圖中可以看出,14號個體在引物SH04下共擴(kuò)增出7條帶,其中存在和供體與受體相同的條帶;17號個體擴(kuò)增出 7條帶,包含供體與受體的條帶;22號個體擴(kuò)增出6條帶,也同時包含供體與受體的條帶。圖7是經(jīng)過引物S1314篩選得到的14號個體,可見14號個體在引物S1314擴(kuò)增出 6條帶,包含供體和受體的條帶。證明上述個體為種間雜交種,導(dǎo)入率為1.3%。

        圖6 引物SH04篩選出的差異個體Fig.6 Differential individuals screened by primer SH04

        圖7 引物S1314篩選出的差異個體Fig.7 Differential individuals screened by primer S1314

        3 討論

        外源DNA導(dǎo)入對提取的DNA要求較高,研究[10]表明,DNA濃度對導(dǎo)入率影響差異顯著,濃度過低,導(dǎo)入率降低,濃度過高則DNA很難隨花粉管進(jìn)入子房,以250 ng/μL為適宜濃度。在野亞麻DNA提取過程中,由于野亞麻種皮含有大量的果膠質(zhì),果膠作為一種多糖,與DNA分子屬耦合關(guān)系,很難與其分離,傳統(tǒng)的CTAB法提取的DNA粘度很大,可采用分光光度計檢測其濃度,但瓊脂糖凝膠電泳無法跑出完整條帶。本試驗中提取緩沖液為酸性,可將DNA-果膠最大程度釋放,經(jīng)尼龍網(wǎng)過濾可去除大部分果膠質(zhì),再用酸性醋酸鉀去除雜質(zhì),便可得到大量的DNA,溶液的粘度幾乎為零,最高濃度1200 ng/μL。在此研究基礎(chǔ)上,同時實現(xiàn)了一粒亞麻種子DNA的超微量提取,濃度約為50 ng/μL,條帶清晰完整,滿足PCR的基本需求。

        采用外源DNA導(dǎo)入技術(shù)獲得的后代中,有一部分是真正的雜交后代,大部分是自花授粉的后代。前人[11]采用具有明顯差異的供體受體為研究對象,通過田間篩選選出后代中具有受體性狀的植株。王黎明等[12]采用同工酶法研究高粱導(dǎo)入外源DNA后的同工酶譜的變化,發(fā)現(xiàn)酶譜出現(xiàn)增加或減少的現(xiàn)象,說明有部分基因整合到了受體DNA上。隨著分子生物學(xué)的發(fā)展,可以從基因水平鑒定后代中是否有供體條帶出現(xiàn)以及基因片段的大小。本試驗在引物篩選中獲得了兩個RAPD多態(tài)性引物,分別是S01314和SH04。參試的130個個體經(jīng)SH04引物篩選得到個體14號、17號、22號、84號和105號具有差異性的條帶。經(jīng)引物S1314篩選得到個體14號具有差異性條帶。在本試驗中外源DNA導(dǎo)入率為3.8%,這一結(jié)果與周光宇[13]的研究結(jié)果相一致。本試驗中篩選的5個差異個體中均有受體條帶的出現(xiàn),這些片段與供體的DNA發(fā)生整合,說明外源DNA導(dǎo)入法在野生資源利用方面具有重要價值,發(fā)生基因整合的個體可以通過田間表型來觀測變異的方向,同時擴(kuò)增出的基因片段可以用來測序,進(jìn)一步開展變異基因的功能等研究。

        種間雜交的最終目的是創(chuàng)造新變異材料,最終形成品種,而新品種的鑒定技術(shù)與方法具有多樣性[14]。RAPD技術(shù)并不是唯一的檢測手段,變異株的形態(tài)學(xué)、農(nóng)藝學(xué)性狀的變異仍需在大田或盆栽中進(jìn)行,觀察活體植株的變異,下一步將圍繞導(dǎo)入后代的表型鑒定開展變異株DNA擴(kuò)增片段個體重測序,尋找有利變異基因。

        4 結(jié)論

        參試的10對引物中,具有特異性的引物2個,分別是S1314、SH04。參試的130個個體中有5個個體檢測出與供體具有相同的條帶,導(dǎo)入率為3.8%。

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