李豪,鄒偉,2*,白光劍,徐靜
1(四川理工學院 生物工程學院,四川 自貢,643000) 2(釀酒生物技術及應用四川省重點實驗室(四川理工學院),四川 自貢,643000)
農作物秸稈是目前自然界中最豐富的可再生資源,目前的利用方式主要包括還田、秸稈飼料、秸稈能源、秸稈工業(yè)原料和栽培食用菌[1]。農作物秸稈的主要成分為纖維素、半纖維素以及木質素[2-3],3種物質相互結合形成木質纖維素占秸稈干重的一半以上[4]。目前化學處理法如稀酸、濃酸處理等會帶來成本問題、環(huán)境污染而難以推廣,物理處理法多高耗能而不宜推廣[5-6]。使用微生物處理秸稈具有綠色環(huán)保、成本低的優(yōu)勢,近年來受到越來越多的關注。
目前主要運用高產纖維素酶的菌株來處理農作物秸稈。纖維素酶是由多種復合酶系組成,主要包括內切葡聚糖酶、外切葡聚糖酶和β-1,4葡萄糖苷酶,3種酶相互協同作用于纖維素,并將其降解[7-8]。纖維素酶主要來自細菌與絲狀真菌,細菌由于產酶不多且多產在胞內故較少作為纖維素酶生產菌[9],霉菌產生的菌絲能進入纖維素、半纖維素和木質素之中,分泌的纖維素酶能由內而外地降解纖維素,降解能力較強[10]。目前已發(fā)現有多種微生物菌屬有纖維素降解功能,其中包括木霉屬(Trichoderma)、曲霉屬(Aspergillus)、青霉屬(Penicillium)等菌株[11-12]。關于產纖維素酶真菌的篩選目前也有很多,田云等[13]從蘑菇培養(yǎng)基質中獲得1株高產纖維素酶的肉座菌株(Hypocrealessp.)真菌,李曉秀等[14]從土壤中篩選獲得1株尖孢鐮刀菌(Fusariumoxysporum),曾思泉等[15]從紅樹林根際土壤中獲得一株枝孢屬菌(Cladosporiumsp.)等。目前工業(yè)用產纖維素酶菌株主要為真菌,并多集中在木霉屬菌株[16],其他高產纖維素酶真菌也具有很好的研究潛力。
本研究從樹林腐殖質土壤中分離篩選出3株高產纖維素酶的菌株,以分離獲得的3株菌株為研究對象,進行形態(tài)學鑒定和分子鑒定,為纖維素酶應用奠定一定的理論基礎。
1.1.1 試驗樣品
土壤取自自貢市附近樹林腐爛樹木和腐質土壤。
1.1.2 培養(yǎng)基
種子培養(yǎng)基[17]:羧甲基纖維素鈉(CMC-Na) 10 g,蛋白胨3.0 g,KH2PO44.0 g,MgSO4·7H2O 0.3 g,溶于去離子水1 000 mL。
分離培養(yǎng)基[18]:CMC-Na 10 g,(NH4)2SO44.0 g,蛋白胨1.0 g,MgSO4·7H2O 0.5 g,KH2PO41.0 g,瓊脂20 g,溶解至1 000 mL去離子水中。
液體產酶培養(yǎng)基[19](g):CMC-Na 10,蛋白胨3.0,酵母膏0.2,(NH4)2SO42.0,KH2PO44.0,MgSO4·7H2O 0.3 g, 溶于1 000 mL去離子水中。
秸稈培養(yǎng)基:油菜秸稈粉10 g,蛋白胨3.0 g,酵母膏0.2 g,(NH4)2SO42.0 g,KH2PO44.0 g,MgSO4·7H2O 0.3 g,去離子水1 000 mL。
1.1.3 試劑及藥品
檸檬酸鈉緩沖液(0.05mol/L,pH 4.8),羧甲基纖維素鈉(CMC-Na)、蛋白胨、KH2PO4、MgSO4·7H2O、酵母膏、(NH4)2SO4等藥品均為分析純,購自成都市科龍化工試劑廠。
1.1.4 儀器與設備
MJ-250恒溫培養(yǎng)箱、TG-16醫(yī)用離心機,四川蜀科儀器有限公司;phs-3C酸度計、YX280A型高壓蒸汽滅菌鍋、SW-CJ-1F凈化工作臺、HH-6D數顯恒溫水浴鍋,常州普天儀器制造;V-1000可見分光光度計,翱藝儀器有限公司;SKY-2102C恒溫振蕩器,上海蘇坤實業(yè)有限公司。
1.2.1 菌株分離和初篩
取10 g土壤樣品,溶解于已滅菌的100 mL蒸餾水中,放入搖床28 ℃、180 r/min振蕩30 min進行富集培養(yǎng)。取出靜置10 min后在超凈工作臺內取上清液1 mL梯度稀釋到10-1~10-6,吸取10-4、10-5、10-6各0.2 mL涂布于分離培養(yǎng)基上,每個濃度設置2個重復。28 ℃恒溫培養(yǎng)箱中培養(yǎng)3 d,選擇生長旺盛的菌株轉接到分離培養(yǎng)基上進行劃線培養(yǎng),直到得到純培養(yǎng)進行初篩[18]。
將得到純培養(yǎng)的菌株以三點法用牙簽點種到分離培養(yǎng)基上,恒溫培養(yǎng)箱28 ℃培養(yǎng)3 d,用1 mg/mL 剛果紅溶液倒入平板染色30 min,蒸餾水漂洗后用1 mol/L NaCl溶液脫色30 min,測定菌落直徑與透明圈直徑,篩選出直徑比大的菌株進行復篩[19]。
1.2.2 菌株復篩
將菌株接種于種子培養(yǎng)基培養(yǎng)36 h,按5%接種量接種于發(fā)酵培養(yǎng)基中28 ℃、180 r/min培養(yǎng)3 d,先將菌液紗布過濾再8 000 r/min離心10 min,取上清液進行酶活測定。
羥甲基纖維素酶(CMC酶)活測定:在25 mL比色管中加入1.5 mL質量濃度為10 mg/mL的CMC溶液,再加入0.5 mL粗酶液,空白管不加酶液,在50 ℃ 下反應30 min,取出后加入1.5 mLDNS溶液,空白管加入0.5 mL 粗酶液迅速沸水浴10 min,冷卻至室溫后定容到25 mL,測定吸光值,計算酶活。
濾紙酶(FPA酶)活測定:將重50 mg的濾紙(長6 cm、寬1 cm)折成M形裝入25 mL比色管中,加入1.5 mL pH為4.8的磷酸緩沖液,再加入0.5 mL粗酶液,空白管不加酶液,50 ℃下反應60 min,取出后加入1.5 mL DNS溶液,空白管加入0.5 mL粗酶液迅速沸水浴10 min,冷卻至室溫后定容到25 mL,測定吸光值,計算酶活。酶活定義:在一定條件下,1 mL 粗酶液每分鐘水解底物產生1 μg葡萄糖所需酶量定義為1個酶活單位(U)。
1.2.3 菌種鑒定
形態(tài)學鑒定:將菌株在CMC培養(yǎng)基上劃線培養(yǎng)3 d后觀察菌落形態(tài)特征,挑取少量菌體涂于載玻片在顯微鏡下觀察菌株的形態(tài)特征。
分子鑒定:將菌株在種子培養(yǎng)基中液體培養(yǎng)36 h, 使用真菌DNA提取試劑盒進行DNA提取。將提取得到的DNA作為模板,用真菌18S rDNA通用引物ITS1:(5’-TCCGTAGGTGAACCTGCGG-3’),ITS2:(5’-TCCTCCGCTTATTGATATGC-3’)進行PCR擴增。
PCR反應體系為50 μL:I5Mix 25 μL,上下游引物各1 μL,DNA模板1 μL,dH2O 22 μL。PCR反應條件:預變性溫度94 ℃,5 min;變性:98 ℃,10 s;退火:53 ℃,15 s;延伸:72 ℃,10 s;循環(huán)數:35;總延伸:72 ℃, 5 min;4 ℃保持。
將PCR擴增產物送至成都擎科梓熙生物技術有限公司進行測序,測序結果上傳至NCBI進行序列同源性比對,選擇同源性高的序列用MEGA 6.0軟件構建菌株系統(tǒng)發(fā)育樹,鑒定菌株種屬。
1.2.4 菌株利用秸稈產酶及秸稈降解率
將菌株培養(yǎng)好的種子液接種到秸稈培養(yǎng)基中,在28 ℃、180r/min條件下搖床培養(yǎng)3 d,然后測定CMC、FPA酶活。同時在培養(yǎng)的第3天、第6天時測定秸稈降解率。測定方法為使用濾紙過濾發(fā)酵液,將濾渣在烘箱內80 ℃烘干至恒重,用失重法計算油菜秸稈失重率[20]。
將樣品土壤稀釋液涂布于以CMC-Na為唯一碳源的分離培養(yǎng)基培養(yǎng),一共分離純化出23株菌株,通過進一步點種于分離培養(yǎng)基,剛果紅染色后測定透明圈直徑與菌落比,篩選出8株透明圈菌落比值較大的菌株,其中菌株B03透明圈與菌落直徑比最大達到2.53±0.23(圖1),詳見表1。
圖1 菌株B03剛果紅染色的透明圈Fig.1 Transparent hydrolysis circle by Congo red staining of strain B03
將分離得到的透明圈與菌落直徑比較大的菌株接種到種子培養(yǎng)基,180 r/min、28 ℃培養(yǎng)2 d后以5%的接種量接種到發(fā)酵培養(yǎng)基中,180 r/min、28 ℃條件下發(fā)酵3 d后取發(fā)酵液紗布過濾后于8 000 r/min條件下離心10 min得上清液測定酶活。結果顯示,菌株B03的CMC酶活最高,達到(427.62±2.78)U/mL,FPA酶活也較高為(46.83±1.85)U/mL。菌株D11、E15 CMC酶活力也較高,將此3株菌作為后續(xù)研究對象。結果詳見表1。
表1 菌株透明圈與菌落直徑比和酶活Table 1 The diameter ratios of the transparent ring to the colony and enzyme activity
2.3.1 形態(tài)學鑒定
將菌株B03、D11和E15于CMC分離培養(yǎng)基上28 ℃條件下培養(yǎng)4 d后,觀察菌株菌落形態(tài)。結果表明,3株菌的菌落形態(tài)相似,顏色均為灰綠色,菌落平鋪狀表面有絨毛狀菌絲,為圓形或橢圓形。顯微鏡下3株菌株形態(tài)也相似,分身孢子梗端生或者側生于菌絲,孢子梗直長少有彎曲,在其頂端產生孢子鏈,分身孢子為卵圓形(圖2)。根據《中國真菌志》,菌株B03、D11和E15依據形態(tài)學特征初步鑒定為枝孢屬(Cladosporiumsp.)。
圖2 菌株形態(tài)特征Fig.2 Morphological characteristic of strain
2.3.2 分子鑒定
利用試劑盒提取獲得的3株菌株基因組DNA,以提取得到的DNA為模板進行PCR擴增,將擴增產物送至成都擎科梓熙生物技術有限公司進行18S rDNA測序,將測序結果與NCBI上與已有微生物18S rDNA序列進行Blast分析,結果表明3株菌株與枝孢菌屬有較高的同源性,達99%。選擇與菌株同源性較高的菌株下載其18S rDNA基因序列,使用MEGA6.0構建系統(tǒng)發(fā)育樹,最終鑒定篩選所得菌株B03、E15為枝孢菌(Cladosporiumsp.),D11為極細枝孢菌(Cladosporiumtenuissimum),如圖3、圖4所示。
圖3 菌株電泳圖Fig.3 The DNA and PCR fragments of strains
圖4 菌株的18S rDNA系統(tǒng)發(fā)育樹Fig.4 Phylogenetic tree of strains based on the 18S rDNA sequence
將菌株在以油菜秸稈為唯一碳源的液體培養(yǎng)基中培養(yǎng)3 d,然后濾紙過濾取濾液,8 000 r/min離心10 min得粗酶液,按照1.2.2中方法測定CMC、FPA酶活。在同樣培養(yǎng)條件下分別培養(yǎng)了3、6 d的發(fā)酵過濾殘渣,在80 ℃下烘干至恒重,以失重法計算油菜秸稈的降解率。由表2可知,3株菌株以油菜秸稈為底物發(fā)酵產酶能力比以CMC為底物時低,可能是由于油菜秸稈成分復雜,菌株不能完全利用其所有成分物質,導致產酶能力有一定降低,但酶活力依然保持較高。培養(yǎng)6 d后秸稈降解率均達到20%及以上,B03達26.80%,對油菜秸稈粉均有較好的降解效果。
表2 菌株酶活力和秸稈降解率Table 2 Enzyme activity and the degradation rate of straw of strains
土壤中富含大量微生物,包括細菌、真菌、放線菌等,腐殖土中含有較多木質纖維素,是自然富集產纖維素酶菌株的地方。目前關于產纖維素酶真菌的研究多集中于木霉屬(Trichoderma)、曲霉屬(Aspergillus)、青霉屬(Penicillium)等,關于枝孢菌屬(Cladosporiumsp.)產纖維素酶的報道較少[16]。枝孢菌在自然界中分布廣泛,具有耐壓、耐熱等生理特性[21],大多數已知的枝孢菌的模式菌為植物寄生或腐生菌,枝孢菌的生活方式決定了其具有分解木質纖維素的能力[22]。
本研究從腐質土壤樣品中,利用剛果紅染色初篩、酶活復篩篩選獲得3株高產纖維素酶真菌,通過顯微鏡形態(tài)特征觀察及分子生物學鑒定,該3株菌均屬于枝孢菌屬。3株菌中B03菌株以CMC為底物產酶CMC酶活達(427.62±2.78)U/mL,FPA酶活為(46.83±1.85)U/mL,其CMC酶活顯著高于田云等[13]、陳麗燕等[23]報道的菌株。在以油菜秸稈為底物產酶時CMC酶活也有(352.50±4.17)U/mL,FPA酶活為(35.67±1.85)U/mL,以油菜秸稈粉為底物時產酶能力雖不如以CMC為底物時高,但其CMC酶活還是具有較高酶活,高于柴秀娟等[17]報道的酶活。在培養(yǎng)6 d后油菜秸稈降解率達26.8%,因測定時有菌體生長影響,故實際分解率應大于測定值。據報道,枝孢菌還有產木質素酶的能力[24],后續(xù)還可研究其木質素酶能力。
綜上本研究獲得高產纖維素酶真菌是1株高產CMC酶的枝孢菌,所產CMC酶活力較高,同時也能以油菜秸稈為底物產酶,對油菜秸稈具有較好的分解率,是1株具有較高研究價值的菌株。