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        金槐ISSR-PCR反應體系的優(yōu)化研究

        2019-03-25 12:10:10陳恒宇笪舫芳王孝勛曾錦燕
        廣西中醫(yī)藥 2019年1期
        關鍵詞:蘆丁條帶凝膠

        傅 鵬,陳恒宇,謝 鋒,笪舫芳,王孝勛,高 潔,曾錦燕

        (廣西中醫(yī)藥大學,廣西 南寧 530001)

        槐花為豆科植物槐Sophora japonica L.的干燥花及花蕾,前者習稱“槐花”,后者習稱“槐米”。金槐Sophora japonica cv.Jinhuai是從槐樹中選育出的優(yōu)良栽培品種;因其槐米顏色金黃,故名為金槐[1]?;泵字懈缓J丁、槲皮素、桑色素等黃酮類物質[2],其蘆丁的含量較高,在醫(yī)藥工業(yè)中常以槐米為原料提取蘆?。?],蘆丁也是其有效成分和指標成分[4]?,F(xiàn)有研究表明,蘆丁和槲皮素具有廣泛的藥理活性[5],尤其在心腦血管疾病治療中發(fā)揮著獨特的功效[6]。開展金槐的種質資源研究,了解金槐遺傳變異水平和基因組進化分類體系,探尋遺傳多樣性和金槐品種的相關性,挖掘金槐的優(yōu)良品種,并指導金槐的良種選育、品種鑒定,對于金槐產業(yè)經濟的發(fā)展具有重要意義。為此,需要建立一套有效、快速、穩(wěn)定的鑒定體系為金槐質量提供保障。

        ISSR(inter simplesequencerepeat)分子標記是以植物中廣泛存在的微衛(wèi)星序列為基礎,開發(fā)出以簡單重復序列為單引物進行多位點PCR擴增的檢測技術。該標記的首要特點就是引物設計無需預知分析物種的基因組序列,能夠直接擴增2個序列相同但方向相反的反向重復序列之間的DNA片段。ISSR技術具有操作簡單,且同時綜合了其他分子標記多態(tài)性好、可重復性、低成本以及無需知道基因組序列等優(yōu)點[7]。由于植物基因組中微衛(wèi)星廣泛分布,且等位變異特別豐富,采用ISSR擴增條帶多態(tài)性較豐富,因此被認為是一種理想的遺傳標記。目前廣泛用于植物研究,可對植物進行基因定位[8]、指紋圖譜[9]、品種鑒定[10]及遺傳多樣性[11]等研究。

        目前,唐健民等[12]對金槐的ISSR-PCR反應體系進行了相關的研究,并就Mg2+、dNTPs、引物、模板DNA、Taq酶的濃度建立了金槐ISSR-PCR反應體系。而且也有較多相關研究就上述五種因素建立了多種植物的ISSR-PCR反應體系[13-15]。但是隨著科學技術的發(fā)展,發(fā)現(xiàn)傳統(tǒng)的ISSR-PCR體系由于操作繁瑣等原因,產生的誤差較大,并不能達到很高的重復性和快速鑒定的效果。PCRMaster MIX是目前市面上很常見的一種常規(guī)PCR預混合液,含有Taq DNA Polymerase、dNTP混合物、MgCl2以及優(yōu)化的緩沖體系。反應時需要加入引物和模板即可進行擴增,能夠大大簡化實驗的操作步驟,減少實驗操作誤差,增強擴增效果,提高實驗的重復性。本實驗采用上海翊圣生物科技有限公司的2×HieffTMPCRMaster MIX對金槐的ISSR-PCR反應體系進行探索,以期為金槐品種建立一種分子標記技術快速鑒定的技術?,F(xiàn)報道如下。

        1 實驗材料

        1.1 供試品 金槐ISSR分子材料取自廣西臨桂地區(qū)的金槐嫩葉,采摘后用硅膠干燥保存并帶回室內,于-20℃冰箱中保存。

        1.2 主要儀器 PCR儀(BIO-RADT100 Thermal Cycler);DDY-6C型電泳儀(北京六一生物科技有限公司);BIO-RAD凝膠成像儀(BIO-RAD GelDoc XR+);Merck Millipore Direct-Q 3,5,8純水/超純水一體機(德國默克集團);H1650-W型離心機(湘儀);MLS-3781L-PC型滅菌鍋(日本松下);超微量分光光度計(北京天根);TGemspectrophotometer Plus、移液槍等。

        1.3 試劑 2×HieffTMPCR Master MIX(上海翊圣生物科技有限公司);無菌無酶水[生工生物工程(上海)股份有限公司];10×PCR buffer、Mg2+、dNTP、TaqDNA 聚合酶、模板 DNA、DNA Marker、ISSR-PCR 引物(華大基因)、EB液、瓊脂糖等。

        2 方法

        2.1 DNA提取與檢測 采用改進的CTAB方法[16]進行金槐DNA的提取,并于超微量分光光度計檢測DNA濃度,最后置于-20℃冰箱保存。

        2.2 ISSR-PCR反應體系的對比 參考ISSR引物的設計,選用哥倫比亞大學(Universityof British Columbia,UBC)公布的序列。本文選用的兩套引物分別是UBC840[(GA)8YT]和 UBC843[(CT)8RA]。分別設計兩組:組別1采用傳統(tǒng)擴增體系和上述兩套引物對金槐DNA進行擴增,組別2將使用PCRMaster MIX(常規(guī)PCR預混合液)和上述兩套引物對金槐DNA進行擴增。組別1將參考同種植物金槐的PCR反應體系,在 25 μl反應體系中含有:10×PCRbuffer 2.5 μl,MgCl22.5 mmol/L,ISSR 引物 0.6 μmol/L,dNTPs 0.25 mmol/L,Taq酶 1.0 U,模板 DNA 約 50 ng;組別 2 參考 2×HieffTMPCRMaster MIX說明書的反應體系,在25μl的體系中含有:2×HieffTMPCR Master MIX 12.5 μl,ISSR 引物0.6μmol/L,模板DNA約50 ng。擴增程序參考唐健民等[12]和 2×HieffTMPCRMaster MIX 說明書:94℃預變性5 min,然后進行94℃變性30 s,退火45 s(退火溫度根據(jù)引物Tm值在PCR儀上進行40℃~60℃之間的梯度設置,PCR儀將形成8個溫度梯度,即:40℃、41.3℃、43.7℃、47.6 ℃、52.2 ℃、55.8 ℃、58.4 ℃、60.0 ℃),35 個循環(huán),72℃延伸7 min,最后于4℃保存。取經上樣緩沖液染色后的擴增產物10μl,在2%瓊脂糖凝膠和0.5×緩沖電泳液中電泳,電泳條件設置為:恒壓155 V電泳30~40 min,即染色帶移動至約瓊脂糖凝膠的2/3位置處,然后將電泳后的瓊脂糖凝膠放置于EB液(0.5 μg/ml)中染色 10 min,最后放置于 BIO-RAD 凝膠成像系統(tǒng)中拍照。

        3 結 果

        3.1 金槐DNA樣品的質量檢測 用天根超微量分光光度計分析所提樣本DNA濃度和質量。核酸濃度在160~220 ng/μl之間,DNA 在 260 nm 和 280 nm 波長下的吸光度比值(OD260/OD280)在 1.70~1.90 之間,說明DNA純度較高,蛋白和RNA的污染都比較少。所以,樣本所提取的DNA質量和濃度符合要求,可以進行后續(xù)試驗。

        3.2 ISSR-PCR反應體系的對比與直觀分析 在BIO-RAD凝膠成像儀下觀察不同引物分別在兩個ISSR-PCR體系中的擴增條帶,見圖1,圖2。對比圖1和圖2可以明顯看到,組別2的條帶清晰,條帶數(shù)明顯比組別1多??梢钥闯鯬CRMaster MIX的擴增效果明顯比傳統(tǒng)擴增體系好。

        4 討論

        PCR反應體系按照以往的研究方式一般都會對Mg2+、引物、dNTPs、DNA模板和Taq酶的濃度進行探索,得出最佳的ISSR-PCR反應體系,但根據(jù)實驗研究發(fā)現(xiàn),按以往的方法摸索得到的ISSR-PCR反應體系操作較繁瑣,反復凍融也容易導致試劑失活,容易產生較大的實驗誤差,最終導致實驗的重復性下降,難以達到鑒別的效果。而采用PCRMaster MIX進行金槐DNA-PCR擴增,所得效果明顯,條帶清晰,條帶數(shù)目多,一是因為PCR Master MIX是即用型的常規(guī)PCR預混合溶液,減少了試劑的多次凍融導致失活;二是加入了穩(wěn)定劑,增加了試劑的穩(wěn)定性,提高了擴增的效果。本研究對比了引物UBC840和引物UBC843分別在不同體系的擴增效果,采用了梯度溫度進行擴增,結果對比性強,結果清晰,各個溫度都能明顯看到PCRMaster MIX的擴增效果更好。ISSR分子標記在鑒定領域中應用廣泛,而PCR擴增正是ISSR分子標記必不可少的步驟,快速穩(wěn)定的擴增效果將直接提高分子鑒定的穩(wěn)定性和可靠性。PCRMaster MIX的擴增效果穩(wěn)定、效率高,使分析結果更加科學可靠,更具說服力,可為今后的分子鑒定提供一個更好的選擇。

        圖1 組別1采用傳統(tǒng)擴增體系擴增金槐DNA

        圖2 組別2使用PCR Master MIX擴增金槐DNA

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