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        基因檢測(cè)在腫瘤免疫檢查點(diǎn)抑制劑應(yīng)用中的研究進(jìn)展

        2019-02-24 23:37:45許成劉朝奇黃艷芳白敦耀羅潔麗
        醫(yī)藥導(dǎo)報(bào) 2019年12期
        關(guān)鍵詞:抗原抑制劑癌癥

        許成,劉朝奇,黃艷芳,白敦耀,羅潔麗

        (1.武漢科技大學(xué)附屬武漢市普仁醫(yī)院藥學(xué)部,武漢 430081;2.三峽大學(xué)醫(yī)學(xué)院,宜昌 443002 )

        免疫檢查點(diǎn)抑制劑(immune checkpoint blockade,ICB)旨在通過抑制腫瘤微環(huán)境中免疫檢查點(diǎn)的負(fù)性調(diào)節(jié)作用,重新激活T細(xì)胞,恢復(fù)機(jī)體抗腫瘤免疫反應(yīng),從而達(dá)到識(shí)別和清除腫瘤的目的[1-2]。其獨(dú)特的臨床療效,使得癌癥治療的適應(yīng)證不斷擴(kuò)大,為腫瘤免疫治療開啟了新篇章。近年來,以細(xì)胞毒T淋巴細(xì)胞抗原4(cytotoxic T-lymphocyte-associated protein 4,CTLA-4) 和程序性死亡因子(programmed cell death protein-1,PD-1)及其配體(PD-ligand 1,PD-L1)為靶點(diǎn)的ICB在晚期癌癥患者中的臨床療效獲得肯定,美國食品藥品管理局(FDA)先后批準(zhǔn)了6種相關(guān)單克隆抗體,包括CTLA-4抑制劑ipilimumab(Yervoy);PD-1抑制劑nivolumab(Opdivo)和pembrolizumab(Keytruda);PD-L1抑制劑atezolizumab(Tecentriq)、durvalumab(Imfinzi)和avelumab(Bavencio),分別用于晚期黑色素瘤、非小細(xì)胞肺癌、膀胱上皮癌等惡性腫瘤的臨床治療。還有以LAG-3、TIM-3、VISTA等免疫檢查點(diǎn)為靶點(diǎn)的抑制劑在研究中[3]。目前,這種免疫治療尚不精準(zhǔn),只有少數(shù)癌癥患者能夠獲得良好的療效[4]?;驒z測(cè)技術(shù)的飛速發(fā)展以及腫瘤基因組學(xué)認(rèn)識(shí)的不斷深入,將使得基因組學(xué)驅(qū)動(dòng)的精準(zhǔn)腫瘤免疫治療成為可能。通過對(duì)腫瘤進(jìn)行基因檢測(cè),為患者選擇合適的給藥方案提供遺傳學(xué)依據(jù),能夠使免疫治療更加精準(zhǔn)有效。筆者將以臨床療效確切的CTLA-4、PD-1/PD-L1抑制劑為例,探討基因檢測(cè)對(duì)腫瘤ICB治療的重要意義以及其應(yīng)用。

        1 基因檢測(cè)對(duì)ICB治療的意義

        基于免疫組織化學(xué)法檢測(cè)腫瘤組織中PD-L1蛋白的表達(dá),是最早被應(yīng)用于篩選合適患者的方法。迄今為止的臨床數(shù)據(jù)顯示,PD-L1的表達(dá)與癌癥患者對(duì)于ICB的高應(yīng)答率和無進(jìn)展生存率有關(guān),但PD-L1表達(dá)陰性的患者也可能獲得很好療效[5]。CARBOGNIN等[6]基于Ⅰ~Ⅲ期臨床試驗(yàn)中nivolumab、pembrolizumab或atezolizumab對(duì)癌癥患者的治療結(jié)果,系統(tǒng)地分析了腫瘤細(xì)胞PD-L1表達(dá)與患者療效的相關(guān)性,結(jié)果顯示PD-L1表達(dá)陽性的腫瘤對(duì)抑制劑有更高的應(yīng)答率,但仍有19.9%(154/773例)PD-L1表達(dá)陰性癌癥患者表現(xiàn)出客觀的反應(yīng)。因此需要腫瘤微環(huán)境免疫調(diào)節(jié)的更多信息指導(dǎo)合理用藥。

        腫瘤細(xì)胞是由體細(xì)胞突變積累產(chǎn)生的,包括堿基替換、堿基插入和缺失、DNA斷裂和異常重組引起的重排以及DNA片段拷貝數(shù)的變化等[7]。在過去的十年中,基因檢測(cè)技術(shù),尤其是下一代基因測(cè)序(next-generation sequencing,NGS)的革命性進(jìn)步,以及分析工具的智能化,使得研究人員能夠更準(zhǔn)確地描述癌癥的分類,預(yù)測(cè)癌癥患者的預(yù)后,選擇有效的癌癥治療方法和個(gè)性化的癌癥治療,尤其是癌癥基因組圖譜(the cancer genome atlas,TCGA)計(jì)劃的完成及“泛癌癥圖譜(pan-cancer atlas)”計(jì)劃的推進(jìn),使NGS在腫瘤診斷和治療方面的應(yīng)用更為重要。NGS包括全基因組測(cè)序、全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、全外顯子測(cè)序和靶向測(cè)序等。NGS技術(shù)克服了Sanger測(cè)序局限性,它允許在一次試驗(yàn)中對(duì)整個(gè)基因組進(jìn)行系統(tǒng)分析,有助于識(shí)別腫瘤的分子特征,以及獲取腫瘤細(xì)胞的全基因組數(shù)據(jù)[8]。對(duì)這些數(shù)據(jù)的挖掘和分析將為臨床醫(yī)生提供有用的診斷和預(yù)后信息,成為腫瘤精準(zhǔn)治療的有力手段。

        2 基因檢測(cè)與ICB的治療

        2.1免疫檢查點(diǎn)基因檢測(cè) T細(xì)胞活化受CTLA-4、PD-1/PD-L1等負(fù)性信號(hào)通路調(diào)節(jié),CTLA-4、PD-1、PD-L1基因的單核苷酸多態(tài)性與自身免疫性疾病以及癌癥的治療和預(yù)后密切相關(guān)[9-11]。藥物基因組學(xué)的研究發(fā)現(xiàn)藥物的療效與藥物靶點(diǎn)基因多態(tài)性的關(guān)系密切[12]。因此ICB的作用靶點(diǎn)CTLA-4、PD-1、PD-L1的基因多態(tài)性可能是ICB療效差異的遺傳因素。在黑色素瘤患者中,BREUNIS等[13]已經(jīng)評(píng)估了7個(gè)CTLA-4單核苷酸多態(tài)性(rs 733618,rs 4553808,rs 11571317,rs 5742909,rs 231775,rs 3087243和rs 7565213)與ipilimumab反應(yīng),與臨床反應(yīng)顯著相關(guān)的基因型為CTLA-4 rs4553808的G等位基因、rs11571327的T等位基因、rs231775的A等位基因位。在50例接受了nivolumab治療晚期非小細(xì)胞肺癌患者中,NOMIZO等[14]檢測(cè)了患者血漿中PD-L1基因單核苷酸多態(tài)性,分析發(fā)現(xiàn)PD-L1 rs4143815為C/C或C/G基因型的患者和rs2282055為G/G或G/T基因型的患者有較高的無進(jìn)展生存率,而PD-L1 rs4143815為G/G基因型的患者和rs2282055為T/T基因型的患者均無治療效果,提示PD-L1 rs2282055和rs4143815的基因多態(tài)性與非小細(xì)胞肺癌患者的療效差異相關(guān)。因此通過單核苷酸多態(tài)性分析可以預(yù)測(cè)腫瘤患者對(duì)ICB治療的反應(yīng)性,指導(dǎo)臨床醫(yī)生的藥物選擇和治療方案設(shè)計(jì)。

        2.2腫瘤細(xì)胞的微衛(wèi)星分析 微衛(wèi)星是自身DNA中的一段簡(jiǎn)單重復(fù)的核苷酸序列。DNA錯(cuò)配修復(fù)(mismatch repair,MMR)功能異常造成微衛(wèi)星序列發(fā)生的錯(cuò)誤,稱為“微衛(wèi)星不穩(wěn)定性”(microsatellite instability,MSI)。MSI狀態(tài)可通過PCR或NGS技術(shù)檢測(cè)。腫瘤中DNA錯(cuò)配修復(fù)缺陷(mismatch repair deficiency,dMMR)導(dǎo)致高頻率微衛(wèi)星不穩(wěn)定(microsatellite instability-high,MSI-H)表型。MSI-H會(huì)引起腫瘤細(xì)胞突變的積累,導(dǎo)致腫瘤的高突變負(fù)荷、新的腫瘤抗原表達(dá)、腫瘤浸潤淋巴細(xì)胞增加以及上調(diào)免疫檢查點(diǎn)蛋白表達(dá)水平,從而影響ICB治療效應(yīng)[15-16]。近期的臨床試驗(yàn)數(shù)據(jù)表明,具有MSI-H表型的腫瘤使用PD-1抑制劑治療的有效率高于其他類型的腫瘤。LE等[16]在一項(xiàng)評(píng)估PD-1抑制劑pembrolizumab療效的Ⅱ期臨床試驗(yàn)中,將41例患者分為3組:11例dMMR結(jié)直腸癌,21例DNA錯(cuò)配修復(fù)正常的結(jié)直腸癌,9例非結(jié)直腸癌的dMMR癌癥患者包括膽管癌、胃癌等,結(jié)果顯示dMMR結(jié)直腸癌患者和非結(jié)直腸癌患者客觀反應(yīng)率分別為40%和71%,而DNA錯(cuò)配修復(fù)正常腫瘤患者沒有出現(xiàn)反應(yīng),說明dMMR/MSI-H與pembrolizumab效果之間存在直接的相關(guān)性。nivolumab的Ⅱ期臨床試驗(yàn)數(shù)據(jù)也顯示nivolumab對(duì)dMMR/MSI-H轉(zhuǎn)移性結(jié)直腸癌患者有持久的療效和疾病控制,在74例轉(zhuǎn)移性結(jié)直腸癌患者中,23例(31.1%)取得研究人員評(píng)估的客觀反應(yīng),51例(69%)患者在12周或更長(zhǎng)時(shí)間里出現(xiàn)疾病控制[17]?;谇捌诘呐R床研究結(jié)果,F(xiàn)DA在2017年5月加速批準(zhǔn)了PD-1抑制劑pembrolizumab(Keytruda)用于治療表型為MSI-H或dMMR的實(shí)體腫瘤;2017年7月加速批準(zhǔn)了PD-1抑制劑nivolumab(Opdivo)用于治療具有MSI-H或dMMR表型的轉(zhuǎn)移性結(jié)直腸癌患者[18-19]。因此通過微衛(wèi)星分析篩選的MSI-H表型腫瘤更能獲益于ICB的治療。

        2.3腫瘤突變負(fù)荷檢測(cè) 腫瘤突變負(fù)荷(tumor mutation burden,TMB)即腫瘤基因組中每兆堿基中突變的數(shù)目。使用全外顯子測(cè)序技術(shù)(whole exome sequencing,WES)能夠檢測(cè)腫瘤樣本中所有的體細(xì)胞突變[9]。高TMB的腫瘤具有產(chǎn)生更多腫瘤新抗原的潛力,從而激活免疫系統(tǒng)對(duì)腫瘤的識(shí)別和清除,提示高TMB能增強(qiáng)腫瘤對(duì)ICB治療的敏感性[20]。臨床試驗(yàn)發(fā)現(xiàn)ICB對(duì)于黑色細(xì)胞瘤和非小細(xì)胞肺癌等帶來了顯著療效,而對(duì)于胰腺癌、前列腺癌療效甚微。進(jìn)一步分析這些癌癥的突變負(fù)荷,發(fā)現(xiàn)對(duì)ICB治療有較高應(yīng)答率的腫瘤具有高突變負(fù)荷,包括黑色素細(xì)胞瘤和非小細(xì)胞肺癌;相反,胰腺癌和前列腺癌等具有較低的突變負(fù)荷,提示TMB與ICB治療的應(yīng)答率相關(guān)[21-22]。SNYDER等[23]應(yīng)用WES技術(shù)分析了64例接受CTLA-4抗體治療患者的惡性黑色素瘤外顯子基因,提示高突變負(fù)荷與持續(xù)的臨床反應(yīng)相關(guān)。RIZVI等[24]使用WES技術(shù)對(duì)患者進(jìn)行了非小細(xì)胞肺癌的外顯子序列分析,同樣發(fā)現(xiàn)具有較高突變負(fù)荷的非小細(xì)胞肺癌患者接受PD-1抗體的治療有較高的客觀反應(yīng)率和無進(jìn)展生成率。另外,吸煙肺癌患者的突變負(fù)荷遠(yuǎn)高于不吸煙肺癌患者[25]。因此,在PD-1抗體治療非小細(xì)胞肺癌患者中,觀察到吸煙患者的應(yīng)答率更高[5]。2017年,F(xiàn)DA批準(zhǔn)了基于NGS的癌癥體外診斷產(chǎn)品Foundation One CDx(F1CDx),用于對(duì)腫瘤324個(gè)基因的遺傳變異以及基因組MSI、TMB的檢測(cè)分析,進(jìn)一步肯定了MSI、TMB的應(yīng)用價(jià)值。因此TMB對(duì)于ICB療效具有潛在的預(yù)測(cè)意義。

        2.4腫瘤特異性抗原檢測(cè) 腫瘤特異性抗原(tumor specific antigens,TSAs)是由癌細(xì)胞的基因突變產(chǎn)生的,在正常細(xì)胞中不表達(dá)。由于這類抗原對(duì)腫瘤細(xì)胞具有高度的特異性,可使免疫細(xì)胞能夠區(qū)分癌變細(xì)胞和正常細(xì)胞,從而避免自身免疫風(fēng)險(xiǎn),是腫瘤免疫治療的潛在靶點(diǎn),近年來引起了廣泛的關(guān)注。有研究表明,TSA是ICB發(fā)揮治療效應(yīng)的關(guān)鍵因素之一。VAN ALLEN等[26]對(duì)110例轉(zhuǎn)移性黑色素瘤患者進(jìn)行了全外顯子測(cè)序,發(fā)現(xiàn)有大量新抗原的轉(zhuǎn)移性黑色素瘤腫瘤患者更有可能對(duì)CTLA-4抑制劑治療產(chǎn)生應(yīng)答。GUBIN等[27]在小鼠MCA肉瘤模型中展示了接受PD-1或/和CTLA-4抑制劑治療的小鼠能介導(dǎo)TSA激活T細(xì)胞并導(dǎo)致腫瘤排斥反應(yīng)?,F(xiàn)在NGS技術(shù)能以前所未有的精確度和速度揭示單個(gè)腫瘤(突變體)的突變譜,但從非同義突變中篩選出腫瘤特異性突變依賴于專業(yè)的分析技術(shù),因此,檢測(cè)腫瘤特異性抗原在臨床上的應(yīng)用仍受到限制。

        2.5人類白細(xì)胞抗原檢測(cè) 腫瘤抗原通過加工被呈遞到細(xì)胞表面才能被T細(xì)胞識(shí)別,這是ICB治療的前提基礎(chǔ)。腫瘤抗原需要與人類白細(xì)胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)相結(jié)合后才能提呈到細(xì)胞表面[1],因此HLA在某些腫瘤表達(dá)下調(diào)或丟失,直接影響ICB的療效。INOUE等[28]對(duì)比了13例轉(zhuǎn)移性黑色素瘤患者接受nivolumab治療前后的免疫相關(guān)基因mRNA表達(dá)水平,發(fā)現(xiàn)在治療前,應(yīng)答者的HLA-Ⅰ類的HLA-A基因mRNA表達(dá)水平顯著高于非應(yīng)答者,說明HLA-A基因的高表達(dá)水平與nivolumab較好的臨床療效相關(guān)。CHOWELL等[29]通過對(duì)1500多例接受過ICB治療的癌癥患者的HLA-Ⅰ類基因型分析,發(fā)現(xiàn)HLA-Ⅰ基因雜合性越高的癌癥患者越有可能從ICB的治療中獲益。此外,有研究表明HLA-Ⅰ類抗原表達(dá)與ICB的耐藥性有密切關(guān)系。ZARETSKY等[30]應(yīng)用全外顯子測(cè)序分析了4例轉(zhuǎn)移性黑色素瘤患者的活檢標(biāo)本,發(fā)現(xiàn)對(duì)PD-1抗體的獲得性耐藥可通過JAK 1/2突變失活下調(diào)IFNγ信號(hào)通路;或通過B2M基因突變介導(dǎo)HLA-Ⅰ類抗原表達(dá)的缺失。GETTINGER[31]等在對(duì)ICB耐藥的肺癌患者以及B2M基因敲除的肺癌小鼠模型中觀察到B2M的獲得性純合子丟失,使得HLA-Ⅰ類表達(dá)缺乏,導(dǎo)致對(duì)ICB抵抗。因此應(yīng)用基因檢測(cè)技術(shù)分析HLA的表達(dá)情況,可用于指導(dǎo)ICB治療。

        3 結(jié)束語

        基因檢測(cè)技術(shù)的發(fā)展以及其在臨床應(yīng)用的拓展為ICB的精準(zhǔn)治療帶來新的思路。針對(duì)每個(gè)腫瘤基因組進(jìn)行的基因檢測(cè)分析,掌握影響ICB療效的相關(guān)基因信息,可為每個(gè)患者提供個(gè)性化的用藥策略。一些ICB治療的相關(guān)基因變化,包括免疫檢查點(diǎn)基因多態(tài)性、微衛(wèi)星不穩(wěn)定狀態(tài)、腫瘤突變負(fù)荷等在臨床試驗(yàn)中已被證明對(duì)ICB臨床療效有一定的預(yù)測(cè)價(jià)值,但這些標(biāo)志物的適用范圍、協(xié)同關(guān)系和應(yīng)用標(biāo)準(zhǔn)還有待進(jìn)一步明確。NGS已在大規(guī)模的腫瘤基因檢測(cè)中展現(xiàn)了巨大應(yīng)用前景,在臨床試驗(yàn)中通過對(duì)晚期癌癥患者進(jìn)行基因組檢測(cè),為患者提供合理的治療方案,但目前NGS的臨床推廣應(yīng)用還存在若干問題,如成本效益、周轉(zhuǎn)時(shí)間和臨床結(jié)果解釋等。相信在未來的腫瘤治療中,隨著基因檢測(cè)技術(shù)在臨床應(yīng)用中的進(jìn)一步推廣,尤其是“泛癌癥圖譜”的研究進(jìn)展,及其對(duì)各類腫瘤相關(guān)基因的挖掘,使得基于基因檢測(cè)實(shí)時(shí)監(jiān)控抗腫瘤免疫的應(yīng)用成為可能,將能更好指導(dǎo)ICB藥物的個(gè)體化精準(zhǔn)治療。

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