近日,一種被命名為GOTI(Genomewide Off-target analysis by Two-cell embryo Injection)的新型脫靶檢測技術(shù)被我國科學(xué)家建立,該技術(shù)發(fā)現(xiàn):近年來興起的單堿基編輯技術(shù)有可能導(dǎo)致大量無法預(yù)測的脫靶,因而存在嚴重的安全風(fēng)險。此研究顯著提高了基因編輯技術(shù)脫靶檢測的敏感性,并且可以在不借助于任何脫靶位點預(yù)測技術(shù)的情況下發(fā)現(xiàn)之前的脫靶檢測手段無法發(fā)現(xiàn)的完全隨機的脫靶位點,為基因編輯工具的安全性評估帶來了新工具,有望成為新的行業(yè)檢測標準。
CRISPR/Cas9是廣泛關(guān)注的新一代基因編輯工具,自從2012年被發(fā)明以來,它一直以其高效性和特異性備受世人的期待,學(xué)術(shù)界普遍認為基于CRISPR/Cas9及其衍生工具的臨床技術(shù)將為人類的健康作出巨大貢獻。然而值得注意的是,CRISPR/Cas9從問世以來,其脫靶風(fēng)險一直備受關(guān)注,如果將CRISPR/Cas9及其衍生工具用于臨床的話,脫靶效應(yīng)可能會引起包括癌癥在內(nèi)的很多種副作用。因此一種能夠突破之前限制的脫靶檢測技術(shù),將會成為CRISPR/Cas9及其衍生工具是否能最終走上臨床的關(guān)鍵。人們迫切希望可以找到一種既能夠不依賴于脫靶位點預(yù)測,又能有足夠信噪比的精密脫靶檢測手段。
因此,如果要提升檢測脫靶效應(yīng)的精度,就必須徹底顛覆原有的脫靶檢測手段。首先,為了實現(xiàn)不借助于脫靶位點預(yù)測,這就要求必須找到非常嚴格的對照組來確定基因突變的位點;同時為了檢測不依賴于sgRNA的隨機突變,最好使用基于單細胞全基因組測序。為了實現(xiàn)以上目標,楊輝研究組與合作者建立了一種名叫“GOTI”的脫靶檢測技術(shù)。
借助于這個系統(tǒng),團隊成員先是檢測了最經(jīng)典的CRISPR/Cas9系統(tǒng)。結(jié)果發(fā)現(xiàn),設(shè)計良好的CRISPR/Cas9并沒有明顯的脫靶效應(yīng),這個結(jié)果結(jié)束了之前對于CRISPR/Cas9脫靶率的爭議。然而團隊還檢測了另一個同樣被寄予厚望的CRISPR/Cas9衍生技術(shù)BE3,這個系統(tǒng)可以精確引入點突變,在之前的研究中從未發(fā)現(xiàn)過有明顯的脫靶問題。然而在GOTI的檢測下發(fā)現(xiàn),BE3存在非常嚴重的脫靶,而且這些脫靶大多出現(xiàn)在傳統(tǒng)脫靶預(yù)測認為不太可能出現(xiàn)脫靶的位點,因此之前方法一直沒有發(fā)現(xiàn)其脫靶問題。團隊分析后認為,這些脫靶位點有部分出現(xiàn)在抑癌基因上,因此經(jīng)典版本的BE3有著很大的隱患,目前不適合作為臨床技術(shù)。研究團隊的這些重要發(fā)現(xiàn)證實了,以BE3為代表的部分基因編輯技術(shù)存在無法預(yù)測的脫靶風(fēng)險,讓世人重新審視了這些新興技術(shù)的風(fēng)險。更重要的是,此工作建立了一種在精度、廣度和準確性上遠超越之前的基因編輯脫靶檢測技術(shù),有望由此開發(fā)精度更高、安全性更大的新一代基因編輯工具,建立行業(yè)的新標準。