姜竹 陳丹丹 劉宏波
摘要:花生(Arachis hypogaea)是我國的主要油料作物,花生油脂的合成受3-磷酸甘油酰基轉(zhuǎn)移酶(GPAT)調(diào)控,但其調(diào)控機(jī)制尚不清楚。從花生中克隆了13個GPAT基因,編碼含有4個?;D(zhuǎn)移酶保守結(jié)構(gòu)域的蛋白;同時,運(yùn)用酵母遺傳互補(bǔ)體系對基因功能進(jìn)行了鑒定。在該體系中,酵母雙突變體菌株ZAFU1(Δgat1/Δgat2)因缺少GPAT而不能在特定的葡萄糖培養(yǎng)基上生長。結(jié)果表明,AhGPAT1/2/3/6/9與空白載體一樣,其導(dǎo)入并不能恢復(fù)酵母雙突變體ZAFU1在葡萄糖中的生長缺陷,而AhGPAT5B、AhGPAT7A/B的導(dǎo)入能恢復(fù)酵母雙突變體ZAFU1在葡萄糖中的生長缺陷,說明上述3個基因具有?;D(zhuǎn)移酶活性,從而為進(jìn)一步研究花生油脂的合成代謝調(diào)控提供了參考。
關(guān)鍵詞:花生;3-磷酸甘油酰基轉(zhuǎn)移酶(GPAT);遺傳互補(bǔ);酵母雙突變體菌株
中圖分類號: S565.201 ?文獻(xiàn)標(biāo)志碼: A ?文章編號:1002-1302(2019)22-0056-05
油脂是高等植物的主要能量儲存形式,可為植物的種子萌發(fā)、花粉發(fā)育和有性生殖等提供能量,對于植物的生長發(fā)育至關(guān)重要[1]。植物油可為人類提供能量和營養(yǎng),同時也是重要的工業(yè)原料[2]。我國的花生(Arachis hypogaea)總產(chǎn)量、單位面積產(chǎn)量和出口量一直位居我國油料作物之首,在我國油脂供應(yīng)、出口創(chuàng)稅和國民經(jīng)濟(jì)發(fā)展中占有舉足輕重的地位,但是花生油脂的合成機(jī)制目前尚不清楚[3-4]。
植物油的主要成分是三酰甘油(TAG),由3-磷酸甘油?;D(zhuǎn)移酶(GPAT)、溶血磷脂酸?;D(zhuǎn)移酶(LPAAT)和二酰甘油?;D(zhuǎn)移酶(DGAT)依次催化脂肪酸鏈摻入甘油骨架的sn-1、sn-2、sn-3位而生成[5-6]。目前,關(guān)于甘油脂合成前2步酰化反應(yīng)的酶,特別是第1步?;磻?yīng)的酶知之甚少。研究者在擬南芥、油菜、水稻和向日葵等多種植物中已成功克隆了多個編碼?;D(zhuǎn)移酶的GPAT基因[7],但普遍認(rèn)為,除了ATS1,只有GPAT9直接參與甘油脂的合成,其他GPAT是否參與甘油脂合成并不清楚[8-10]。已有研究者從花生中克隆了部分GPAT基因,并對其表達(dá)特性進(jìn)行了分析,但是關(guān)于花生GPAT酶的特性尚無相關(guān)報道[11-12]。本研究從山花15中分離了13個3-磷酸甘油?;D(zhuǎn)移酶基因,并用酵母遺傳互補(bǔ)體系對上述基因進(jìn)行了功能鑒定,發(fā)現(xiàn)AhGPAT1/2/3/6/9不能恢復(fù)酵母雙突變體ZAFU1在葡萄糖中的生長,AhGPAT5B、AhGPAT7A/B能恢復(fù)酵母雙突變體ZAFU1在葡萄糖中的生長,說明上述3個基因具有?;D(zhuǎn)移酶活性。
1 材料與方法
1.1 試驗材料
花生品種山花15、酵母菌株ZAFU1[13]、大腸桿菌菌株DH5α和酵母表達(dá)載體pYES2-yADH1-Kan V2[14]均由筆者所在實驗室保存。RNA提取試劑盒,購自杭州新景生物試劑開發(fā)有限公司;質(zhì)粒提取試劑盒、PCR產(chǎn)物回收試劑盒、膠回收試劑盒,購自生工生物工程(上海)股份有限公司;高保真酶PrimeSTAR、PrimeScriptTM Ⅱ 1st Strand cDNA Synthesis Kit反轉(zhuǎn)錄試劑盒、DNA連接酶以及限制性內(nèi)切酶,購自TaKaRa公司。引物由賽默飛世爾科技有限公司合成?;驕y序由鉑尚生物技術(shù)有限公司完成。
1.2 RNA的提取及cDNA的合成
參照植物總RNA提取試劑盒說明書提取花生根、葉的總RNA。測定總RNA的濃度和純度,用瓊脂糖凝膠電泳檢測驗證RNA的完整性,用反轉(zhuǎn)錄試劑盒反轉(zhuǎn)錄合成cDNA。
1.3 基因克隆和重組載體的構(gòu)建
參考已有的研究,檢索得到花生GPAT1/2/3/5/6/8/9基因的核苷酸序列,以這些基因結(jié)合擬南芥GPAT氨基酸序列,在花生數(shù)據(jù)庫peanutbase中進(jìn)行同源檢索,得到候選AhGPAT序列,基于此確定花生GPAT1A/1B/2A/2B/3B/5B/6A/7A/7B/8A/9A-1/9A-2/9B序列的信息。結(jié)合候選基因序列和表達(dá)載體酶切位點,在SIGMA網(wǎng)站上設(shè)計各基因的PCR擴(kuò)增引物(表1)。
以花生cDNA為模板,用帶有酶切位點的引物進(jìn)行RT-PCR擴(kuò)增,并對目的片段進(jìn)行膠回收。將酶切后的AhGPAT與酵母表達(dá)載體pYES2-yADH1-Kan V2進(jìn)行連接,轉(zhuǎn)化至大腸桿菌DH5α中,涂布在含有50 mg/L卡那霉素的LB培養(yǎng)基上,37 ℃過夜培養(yǎng),次日進(jìn)行菌落PCR檢測,并進(jìn)行測序和序列比對。最后提取測序成功的AhGPAT-pYES2-yADH1-Kan V2重組質(zhì)粒備用。
1.4 系統(tǒng)發(fā)育樹分析
使用DNAMAN對已克隆的10個AhGPAT基因(AhGPAT1A/1B/2A/2B/3B/5B/6A/7A/7B/8A)編碼的蛋白氨基酸序列進(jìn)行比對,使用MEGAX軟件對AhGPAT的氨基酸序列進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育樹分析,系統(tǒng)發(fā)育樹采用Neighbour-Joining(鄰接)方法[15-16]構(gòu)建。
1.5 AhGPAT-pYES2-yADH1-Kan V2載體轉(zhuǎn)化酵母雙突變體及酵母濃度梯度稀釋試驗
通過LiAc法制備ZAFU1酵母感受態(tài)細(xì)胞,將重組質(zhì)粒AhGPAT-pYES2-yADH1-Kan V2、pYES2-yADH1-Kan V2空白載體和GAT1-pYES2-yADH1-Kan V2陽性對照轉(zhuǎn)入酵母雙突變體ZAFU1感受態(tài)中。分別涂布于含有葡萄糖(glucose)、半乳糖(galactose)的SC-Ura-His-Leu固體培養(yǎng)基上,于30 ℃培養(yǎng)4~7 d。挑選SC-Ura-His-Leu+葡萄糖固體培養(yǎng)基中的酵母單菌落進(jìn)行搖菌培養(yǎng),將菌液分別稀釋至D600 nm=1、0.2,0.04、0.008、0.000 16,取5 μL分別涂布于SC-Ura-His-Leu+半乳糖、SC-Ura-His-Leu+葡萄糖固體培養(yǎng)基上,于30 ℃培養(yǎng)4~7 d。
2 結(jié)果與分析
2.1 不同AhGPAT氨基酸序列的差異分析
本研究分離了AhGPAT的8個不同成員,共13個基因。分離的由AhGPAT編碼的蛋白羧基端均有典型的?;D(zhuǎn)移酶的4個保守結(jié)構(gòu)域(AhGPAT9除外):AT-Ⅰ、AT-Ⅱ、AT-Ⅲ 和AT-Ⅳ(圖1),保守結(jié)構(gòu)域中與?;D(zhuǎn)移酶催化活性相關(guān)的氨基酸是AT-Ⅰ 的組氨酸(His)及天冬氨酸(Asp)、AT-Ⅲ 的甘氨酸(Gly)、AT-IV的脯氨酸(Pro);與底物甘油綁定相關(guān)的氨基酸是AT-Ⅱ的精氨酸(Arg)、AT-Ⅲ 的谷氨酸(Glu)。
為了更好地確定花生GPAT的親緣關(guān)系,對AhGPAT進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育樹分析,并對部分AhGPAT進(jìn)行氨基酸序列比對。
結(jié)果顯示,分離的由AhGPAT編碼的蛋白之間的氨基酸序列相似度為19.1%~99.7%。栽培花生A/B 2個亞基因組和亞基因組內(nèi)由AhGPAT編碼的蛋白氨基酸相似度極高,為 96.3%~99.7%。系統(tǒng)發(fā)育樹結(jié)果表明,分離的由AhGPAT編碼的蛋白可聚成兩大分支:AhGPAT1/2/3/5/6/7/8和AhGPAT9(圖2)。其中,AhGPAT1/2/3/5/6/7/8蛋白可分為3個亞家族:AhGPAT1/2/3、AhGPAT5/7和AhGPAT6/8;AhGPAT2和AhGPAT3的親緣關(guān)系較近,AhGPAT3B氨基酸序列與AhGPAT2A、AhGPAT2B氨基酸序列的相似度分別為73.0%、73.2%。AhGPAT5/7的親緣關(guān)系較近,AhGPAT5B氨基酸序列與AhGPAT7A、AhGPAT7B氨基酸序列的相似度分別為80.4%、80.9%。AhGPAT6A與AhGPAT8A的親緣關(guān)系較近,二者的氨基酸序列相似度為74.9%。AhGPAT9與其他AhGPAT的親緣關(guān)系較遠(yuǎn)。
2.2 AhGPAT的功能分析
2.2.1 重組酵母表達(dá)載體的構(gòu)建 對AhGPAT-pYES2-yADH1-Kan V2重組質(zhì)粒進(jìn)行酶切鑒定,獲得如圖3所示與預(yù)期大小一致的目的條帶,表明AhGPAT-pYES2-yADH1-KanV2重組質(zhì)粒已構(gòu)建成功。
2.2.2 酵母遺傳互補(bǔ)及酵母濃度梯度稀釋試驗 筆者所在實驗室構(gòu)建了GAT1、GAT2雙敲除的ZAFU1(gat1Δgat2Δ+[pGAL1::At1g06520 Leu2])菌株,其本身含有His3篩選標(biāo)記, 同時含有Leu2篩選標(biāo)記的YEplac181-AtGPAT1重組質(zhì)粒,該質(zhì)粒GAL1啟動子在半乳糖條件下能夠誘導(dǎo)AtGPAT1基因的表達(dá),但在葡萄糖條件下,AtGPAT1基因不能表達(dá)。因此該酵母雙突變體ZAFU1只能在SC+Ura-His-Leu+Galactose培養(yǎng)基中生長,不能在SC+Ura-His-Leu+Glucose培養(yǎng)基中生長。pYES2-yADH1-Kan V2空白載體含有合成尿嘧啶的基因,該質(zhì)粒yADH1啟動子受葡萄糖誘導(dǎo),受半乳糖抑制,因此轉(zhuǎn)入該載體的酵母菌株若能在 SC-Ura-His-Leu+Glucose 培養(yǎng)基上生長,則證明轉(zhuǎn)入酵母雙突變體ZAFU1的目的基因具有?;D(zhuǎn)移酶活性。
本研究將轉(zhuǎn)化重組質(zhì)粒AhGPAT-pYES2-yADH1-Kan V2、pYES2-yADH1-Kan V2空白載體和GAT1-pYES2-yADH1-Kan V2的酵母雙突變體分別培養(yǎng)在SC-Ura-His-Leu+Galactose、SC-Ura-His-Leu+Glucose培養(yǎng)基上,發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)pYES2-yADH1-Kan V2空白載體和AhGPAT1A/1B/2A/2B/3B/6A/9A-1/9A-2/9B的酵母雙突變體均不能在SC-Ura-His-Leu+Glucose培養(yǎng)基上生長,而轉(zhuǎn)GAT1陽性對照、AhGPAT5B、AhGPAT7A/B的酵母雙突變體能在SC-Ura-His-Leu+Glucose培養(yǎng)基上生長,說明AhGPAT5B、AhGPAT7A/B具有酰基轉(zhuǎn)移酶活性(圖4)。將轉(zhuǎn)AhGPAT5B、AhGPAT7A/B的酵母雙突變體進(jìn)行濃度梯度稀釋培養(yǎng)后,發(fā)現(xiàn)它們均能很好地恢復(fù)酵母雙突變體ZAFU1在葡萄糖培養(yǎng)基上的生長(圖5)。轉(zhuǎn)AhGPAT8A的ZAFU1酵母在SC-Ura-His-Leu+Glucose上有少數(shù)幾個酵母菌落生長,其功能有待進(jìn)一步探究。將AhGPAT轉(zhuǎn)入條件致死型酵母雙突變體ZAFU1中,從葡萄糖或半乳糖培養(yǎng)基上挑取單個菌落稀釋(1 ∶ 5)后,分別涂布在SC-Ura-His-Leu+Glucose、SC-Ura-His-Leu+Galactose固體培養(yǎng)基上。
3 結(jié)論與討論
本研究從花生中分離了13個3-磷酸甘油?;D(zhuǎn)移酶基因,編碼的蛋白均具有酰基轉(zhuǎn)移酶的4個保守結(jié)構(gòu)域[17]。運(yùn)用酵母遺傳互補(bǔ)體系對AhGPAT的?;D(zhuǎn)移酶活性進(jìn)行了鑒定,發(fā)現(xiàn)AhGPAT5B/7A/7B能恢復(fù)酵母雙突變體ZAFU1在葡萄糖培養(yǎng)基中的生長,表明其具有?;D(zhuǎn)移酶活性。
擬南芥AtGPAT1具有酰基轉(zhuǎn)移酶活性,而花生AhGPAT1A、AhGPAT1B在酵母遺傳互補(bǔ)體系中均不能恢復(fù)酵母雙突變體ZAFU1的生長,AhGPAT1A/B與AtGPAT1的氨基酸相似度分別只有65.8%、66.1%,AhGPAT1A/B與AtGPAT1的氨基酸序列差異較大,目前尚不清楚這些序列差異是否影響了AhGPAT1A/B的?;D(zhuǎn)移酶活性。
根據(jù)前人的研究及花生基因組數(shù)據(jù)庫信息,AhGPAT5、AhGPAT7在根、花中的表達(dá)量較高,但是這些基因在種子中的表達(dá)量較低,而花生根和花的油脂含量低[11]。目前尚不清楚這些基因是否參與種子中油脂、膜脂合成,AhGPAT5、AhGPAT7的功能差異有待進(jìn)一步探究。
參考文獻(xiàn):
[1]dos Santos Maraschin F,Kulcheski F,Segatto A,et al. Enzymes of glycerol-3-phosphate pathway in triacylglycerol synthesis in plants:function,biotechnological application and evolution[J]. Progress in Lipid Research,2019,73:46-64.
[2]Durrett T P,Benning C,Ohlrogge J B. Plant triacylglycerols as feed stocks for the production of biofuels[J]. The Plant Journal,2008,54(4):593-607.
[3]萬書波. 我國花生產(chǎn)業(yè)面臨的機(jī)遇與科技發(fā)展戰(zhàn)略[J]. 中國農(nóng)業(yè)科技導(dǎo)報,2009,11(1):7-12.
[4]許婷婷,宮清軒,江 晨,等. 我國花生產(chǎn)業(yè)的發(fā)展現(xiàn)狀與前景展望[J]. 山東農(nóng)業(yè)科學(xué),2010(7):117-119.
[5]Li-Beisson Y H,Shorrosh B,Beisson F,et al. Acyl-lipid metabolism[J]. Arabidopsis Book,2013(11):e0161
[6]Wang L P,Shen W Y,Kazachkov M,et al. Metabolic interactions between the Lands cycle and the Kennedy pathway of glycerolipid synthesis in Arabidopsis developing seeds[J]. The Plant Cell,2012,24(11):4652-4669.
[7]Waschburger E,Kulcheski F R,Veto N M,et al. Genome-wide analysis of the glycerol-3-phosphate acyltransferase (GPAT) gene family reveals the evolution and diversification of plant GPATs[J]. Genetics and Molecular Biology,2018,41(suppl 1):355-370.
[8]Shockey J,Regmi A,Cotton K,et al. Identification of Arabidopsis GPAT9 (At5g60620) as an essential gene involved in triacylglycerol biosynthesis[J]. Plant Physiology,2016,170(1):163-179.
[9]Kunst L,Browse J,Somerville C. Altered regulation of lipid biosyn thesis in a mutant of Arabidopsis deficient in chloroplast glycerol-3-phosphate acyltransferase activity[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America,1988,85(12):4143-4147.
[10]Singer S D,Chen G,Mietkiewska E,et al. Arabidopsis GPAT9 contributes to synthesis of intracellular glycerolipids but not surface lipids[J]. Journal of Experimental Botany,2016,67(15):4627-4638.
[11]郝翠翠,梁成偉,石 蕾,等. 花生甘油-3-磷酸酰基轉(zhuǎn)移酶(GPAT)基因的克隆及表達(dá)分析[J]. 花生學(xué)報,2018,47(1):1-10,18.
[12]Chi X Y,Yang Q,Pan L,et al. Isolation and expression analysis of glycerol-3-phosphate acyltransferase genes from peanuts(Arachis hypogaea L.)[J]. Grasasy Aceites,2015,66(3):e093.
[13]Lei J,Miao Y C,Lan Y,et al. A novel complementation assay for quick and specific screen of genes encoding glycerol-3-phosphate acyltransferases[J]. Frontiers in Plant Science,2018,9:353.
[14]陳丹丹,劉宏波. 篩選GPAT基因的酵母遺傳互補(bǔ)體系的優(yōu)化[J]. 江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué),2019,47(13):64-66.
[15]李向陽,湯 宏,張國輝. 比較基因組分析斯氏假單胞菌遺傳多樣性及固氮基因島進(jìn)化機(jī)制[J]. 江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué),2017,45(1):33-38.
[16]禹海鑫,安榆林,郭驍駒,等. 不同種類白條天?;驐l形碼特征與系統(tǒng)發(fā)育初探[J]. 江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué),2017,45(13):90-94.
[17]Lewin T M,Wang P,Coleman R A. Analysis of amino acid motifs diagnostic for the sn-glycerol-3-phosphate acyltransferase reaction[J]. Biochemistry,1999,38(18):5764-5771.