系統(tǒng)論方法從根本上克服了還原論和整體論的缺陷，并有機整合了二者的長處，為現(xiàn)代針灸學診療方案的制定原則奠定了理論基礎。系統(tǒng)科學方法強調還原論方法和整體論方法相結合、分析方法與綜合方法相結合、定性描述與定量描述相結合、局部描述與整體描述相結合。所謂系統(tǒng)是指由一些互相關聯(lián)、互相作用、互相影響的組成部分所構成的具有某些功能的整體。其核心問題是方法論。根據(jù)系統(tǒng)論的基本思想，研究和認識問題應當從“向下”和“向上”兩個方向展開，從局部和整合兩個方向進行探索，但目標要著眼于系統(tǒng)的整體性，在系統(tǒng)各部分的聯(lián)系性、動態(tài)性中認識和把握整體。傳統(tǒng)針灸學的聯(lián)系觀以整合觀為基礎，但缺乏對局部、對子系統(tǒng)的精細認識。而現(xiàn)代針灸學的整體觀首先體現(xiàn)在對疾病的正確診斷和針灸療法適宜性的判斷上，還要關注患者的基礎狀態(tài)或原發(fā)性疾病?，F(xiàn)代針灸學體穴療法的取穴組方所循的基本原則應當與人體生命活動特征和生理病理規(guī)律相契合。比如無論是胃潰瘍和十二指腸潰瘍，可以取用相同的穴位，但胃潰瘍患者用弱刺激手法，十二指腸患者用強刺激手法。耳針療法的取穴組方規(guī)律也體現(xiàn)出還原論方法與整體論方法的有機結合。非加和觀、動態(tài)觀、穩(wěn)態(tài)觀在現(xiàn)代針灸學的治療方案中也有典型體現(xiàn)。人體是具有自組織能力的復雜系統(tǒng)，有大規(guī)模性、非線性、隨機性、涌線性、自穩(wěn)性，決定了針刺作用的雙向調節(jié)、多靶點調節(jié)、飽和調節(jié)等特征?？傊?，既往的有關研究在方法論上存在明顯局限性，極端條件下的研究結果能夠在多大程度上真實反映現(xiàn)實環(huán)境下的整體變化規(guī)律，這是一個尚待探索的問題。