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        2016年-2017年吉安市乙型流感病毒基因特性分析

        2018-12-21 04:40:48劉麗孫愛猛羅青朱端昊李健雄施勇周信云馮萍英羅瀅娟
        實驗與檢驗醫(yī)學(xué) 2018年6期
        關(guān)鍵詞:乙型流感病毒B型

        劉麗 ,孫愛猛 ,羅青 ,朱端昊 ,李健雄 ,施勇 ,周信云 ,馮萍英 ,羅瀅娟

        (1、吉安市疾病預(yù)防控制中心,江西 吉安 343000;2、江西省疾病預(yù)防控制中心,江西 南昌 330029)

        乙型流感病毒是引起人流行性感冒的重要病原,致病性較強,人普遍易感,只在人間傳播,常呈暴發(fā)或小流行。其在世界范圍內(nèi)多個國家都有過流行,我國在1994年、1997年、和2000年出現(xiàn)乙流高峰,2005年呈引起小規(guī)模暴發(fā)[1],近年來我市監(jiān)測的流感樣病例陽性標本中,乙型流感病毒占居較大比例,2016年為我市優(yōu)勢型別,且在2016年3月及2017年12月均出現(xiàn)過乙型流感病毒引起的局部流行。流感病毒的抗原漂移性強,易發(fā)生變異,及時正確掌握流感流行及變異趨勢,對預(yù)防和控制流感大流行具有重要的作用。本文通過對吉安市2016年-2017年分離到的乙型流感病毒的HA(血凝素)和NA(神經(jīng)氨酸酶)進行基因測序,分析其系統(tǒng)進化及分子變異特征,了解乙型流感病毒的基因特點,為吉安市流感流行的防控工作提供一定的科學(xué)依據(jù)。

        1 材料與方法

        1.1 樣本選擇我市2016年-2017年不同時間段的流感樣病例監(jiān)測及疑似流感疫情咽拭標本中分離到的乙型流感病毒,進行基因擴增和測序。

        1.2 病毒RNA提取采用德國QIAGEN公司的RNeasy Mini Kit對選取的乙型流感病毒毒株進行病毒RNA提取,具體步驟參考試劑說明書。

        1.3 引物 基因測序引物序列參考WHO[2],由上海生工生物工程技術(shù)服務(wù)有限公司合成。

        1.4 基因RT-PCR擴增 擴增采用Qiagen One Step RT-PCR Kit試劑盒進行RT-PCR反應(yīng),RT反 應(yīng) 條 件 :60℃ ,1min;42℃ ,10min;50℃ ,30mm;95℃,15min,PCR 循 環(huán) 條 件 :94℃,30s;55℃,30s;72℃,2min,循環(huán) 35 次,72℃ 10min。

        1.5 核苷酸序列測定PCR產(chǎn)物送上海生工生物工程技術(shù)服務(wù)有限公司進行雙向測定。

        1.6 序列分析采用DNAStar5.0、Mage6.0軟件對測序結(jié)果進行拼接及分析。從Influenza Sequence Database中下載B/Brisbane/60/2008(2016年-2018年度疫苗株,Victoria 系,CY115151,CY115153),B/Phuket/3073/2013(2016年-2018年度疫苗株,Yamagata 系,EPI544264,EPI544263)HA 和 NA 基因序列作為參比序列進行分析。

        2 結(jié)果

        2.1 2016年-2017年吉安市乙型流感基因亞型分布2016年-2017年吉安市流感監(jiān)測樣本中乙型流感占一定比例,2016年乙型流感病毒的陽性率超過甲型流感,占 51.3%;2017年有所降低,占29.6%;病毒培養(yǎng)結(jié)果顯示本市2016年乙型流感病毒主要為Bv系,占乙型流感病毒培養(yǎng)陽性總數(shù)的89.2%,2017年主要為BY系,占該年乙型流感病毒培養(yǎng)陽性總數(shù)的71.7%。

        表1 2016年-2017年吉安市乙型流感病毒核酸檢測及病毒分離情況

        2.2 乙型流感病毒序列測定 選取乙型流感病毒2016年的毒株11株 (6株Victoria系,5株Yamagata系),2017年的毒株 4株(2株 Victoria系,2株Yamagata系)進行HA和NA基因。15株病毒的HA、NA基因擴增產(chǎn)物經(jīng)純化、雙向測序、序列拼接后,Victoria系B型流感病毒獲得1758bp HA基因序列和1401bp NA基因序列,Yamagata系B型流感病毒獲得1401bp HA基因序列和1041bp NA基因序列,所有毒株序列均未發(fā)現(xiàn)核苷酸的丟失和插入。

        2.3 HA基因特征分析

        2.3.1 核苷酸同源性 8株 Victoria系 B型毒株HA 基因之間的同源性為 99.3%~99.9%,7株 Yamagata系乙型毒株HA基因之間的同源性為98.8%~99.8%。 HA 基因核苷酸進化樹(見圖 1)上顯示,8株Victoria系B型毒株HA基因均為同一分支,且與疫苗株B/Brisbane/60/2008處于同一分支,同源性為 98.7%~99.0%。7株 Yamagata系 B 型毒株 HA基因均為同一分支,與疫苗株B/Phuket/3073/2013處于同一分支,同源性為 99.1%~99.5%。

        圖1 HA基因進化樹

        2.3.2 與WHO推薦疫苗株在HA1區(qū)域氨基酸序列的比較 2016年-2018年 WHO北半球 B型Victoria系流感疫苗推薦株為B/Brisbane/60/2008,本研究的8株Victoria系毒株HA1氨基酸變異較小,與其的差異數(shù)為2~3個,分別有1株毒株發(fā)生172P>S、189T>A 變異,7 株毒株發(fā)生 117I>V 變異、并且全部發(fā)生了129N>D變異,其中117位和129位均位于抗原決定簇上。

        與乙型Yamagata系流感疫苗推薦株B/Phuket/3073/2013相比,本研究的7株Victoria系毒株HA1氨基酸變異較小,與其的差異數(shù)為1-4個 , 分 別 為 56D>N、137L>I、150I>V、172L >Q、196D>N、211K>R、251M>V、278R>K, 其中 8 株毒株均在172、251、278位發(fā)生了變異。137位和150位位于抗原決定簇上,且該處變異發(fā)生于同一毒株(B/JiangxiJizhou/1306/2016)。

        2.4 NA 基因特征分析

        2.4.1 核苷酸同源性 8株Victoria系乙型毒株NA基因之間的同源性為 99%~99.8%,7株Yamagata系乙型毒株 NA基因之間的同源性為 98.3%~99.9%。NA基因核苷酸進化樹(見圖2)上顯示,8株Victoria系乙型毒株NA基因均為同一分支,且與疫苗株B/Brisbane/60/2008處于同一分支,同源性為 98.7%~99.1%。7 株 Yamagata系乙型毒株 HA基因均為同一分支,與疫苗株B/Phuket/3073/2013處于同一分支,同源性為99%~99.6%。

        圖2 NA基因進化樹

        2.4.2 NA基因耐藥性位點分析 與乙型流感病毒神經(jīng)氨酸酶抑制劑敏感株B/JiangxiJizhou/1306/2016相比,本研究的15株毒株NA基因酶催化活性位點 (R-116、D-149、R-150、R-223、E-275、R-292、R-374 和 P-406)氨基酸和輔助位點(E-117、R-154、W-177、S-178、D-197、I-221、E-226、H-273、E-276和 N-294,E-428 位) 氨基酸均未發(fā)生替 換 。 對 E105、G108、G141、N144、S249、T325、R374、G407等其他位點進行分析,均未發(fā)生氨基酸替換。

        3 討論

        乙型流感病毒1940年在美國的一次流感中首次被檢出,為單股負鏈分節(jié)段帶包膜的RNA病毒[3],1983年以來根據(jù)其基因特征和抗原性的不同分成兩大譜系,分別為Yamagata系和Victoria系[4]。2016年-2017年我市監(jiān)測流感樣病例陽性標本中,乙型流感病毒占居較大比例,且2016年為我市優(yōu)勢病毒株,2016年-2017年吉安市B型流感病毒分離情況表明,我市人群中流行的乙型流感毒株中 2016年以 Victoria系為優(yōu)勢,2017年以Yamagata系為優(yōu)勢。

        乙型流感病毒在復(fù)制過程中易發(fā)生基因變異,通過抗原漂移和抗原轉(zhuǎn)變方式引起抗原性改變,乙型流感病毒基因組分8個節(jié)段編碼11種蛋白,其中RNA4與RNA6分別編碼血凝素(HA)及神經(jīng)氨酸酶(NA),血凝素(HA)變異最大,乙型流感病毒和甲型一樣都是依靠病毒外膜蛋白,尤其是血凝素的重鏈HA1的變異,改變抗原特性,逃避抗體已有的免疫保護,導(dǎo)致流感流行[5-8]。目前,已知的B型流感病毒HA1蛋白分子的抗原決定簇主要包括了4個區(qū)域,分別是:120環(huán) (116~137)、150 環(huán) (141~150)、160 環(huán) (162~170) 和 190 螺旋(197~205),其中 Victoria系的120環(huán)還包括了 75和77兩個位點[9],這些位點氨基酸的改變,會引起病毒抗原性發(fā)生改變[10]。本研究的8株Victoria系流感毒株與疫苗株相比在120環(huán)上發(fā)生了兩處變異,提示我市2016年-2017年Victoria系可能發(fā)生了抗原性的改變,有可能會導(dǎo)致疫苗的保護作用減弱,從而導(dǎo)致流感的流行,這與我市2016年Victoria系流行可能存在一定的關(guān)系。但一般認為,一個具有流行病學(xué)意義的新變種必須具備,在其血凝素重鏈(HA1)區(qū)蛋白分子上,至少有4個以上氨基酸發(fā)生了替換,而且這4個替換必須分布在兩個以上抗原決定簇區(qū)[11]。

        神經(jīng)氨酸酶抑制劑(NAIs)為乙型流感的特效治療藥物,其藥物靶點為神經(jīng)氨酸酶,因為它不僅在病毒傳播中發(fā)揮重要的抑制作用,而且其酶催化活性位點氨基酸以及周圍的輔助氨基酸非常保守。流感病毒神經(jīng)氨酸酶的8個氨基酸(R-116、D-149、R-150、R-223、E-275、R-292、R-374 和 P-406)作為酶催化活性位點直接作用底物或者作為維持功能的重要因素,而其他11個氨基酸(E-117、R-154、W-177、S-178、D-197、I-221、E-226、H-273、E-276 和 N-294,E-428 位) 作為輔助位點[12]。NA抑制劑作用于酶催化活性位點或輔助位點[13],可以有效地阻斷流感病毒感染、復(fù)制和傳播的過程。目前美國FDA批準的NAIs有Oseltamivir和Zanamivir,我國2002年批準了Oseltamivir在我國注冊,然而隨著NAIs的臨床使用,耐藥株將不可避免的出現(xiàn)。許多研究人員從臨床研究中發(fā)現(xiàn)分離自NAIs治療的病人標本的流感病毒出現(xiàn)耐藥位點的突變[14,15],這些研究都提示B型流感NA的耐藥位點的多樣性和耐藥病毒株越來越多的涌現(xiàn)。

        本次研究并未發(fā)現(xiàn)我市乙型流感毒株HA基因抗原性發(fā)生較大的變異和NA基因耐藥位點的變異,但是乙型流感病毒抗原性和耐藥性監(jiān)測應(yīng)予以長期、持續(xù)的加強,以期及時在監(jiān)測中發(fā)現(xiàn)有意義的變異,為本市流感的預(yù)防和控制提供技術(shù)支持。

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